Пикотехнология белков, ДНК, РНК
Victoria пишет:А.Ю., дело в том, что в цитоплазме практически насыщенный раствор белка с огромной вязкостью. Не говоря уже об актиновом цитоскелете. Поэтому Ваши расчеты скорости вращения ошибочны. Я скорее представлю, что тРНК скользят по актиновым нитям, как по монорельсу, к рибосоме, по аналогии с описанным механизмом для везикул, чем тРНК в виде вращающихся торпед.
По вышеуказанным причинам остановиться тРНК в рибосоме совсем не
проблема.
Кушелев: А я и не говорил, что остановить тРНК в рибосоме - проблема. Просто сразу не
получится. Есть инерция. Пикотехнологическая модель антикодоновой петли как раз и показывает
механику взаимодействия тРНК с иРНК и рибосомой.
На первом этапе идёт узнавание кодона. Если кодон не тот, то тРНК проплывёт мимо,
отталкнувшись от триплета иРНК.
На втором этапе, когда узнавание кодона произошло дублет тРНК начинает притягиваться к первому и второму нуклеотидам кодона иРНК.
На третьем этапе метилинозин перерезает продольную диэфирную связь иРНК.
На четвёртом этапе триплет иРНК вращается вместе с тРНК и аминокислотой. При этом аминокислота в моей модели вращается вокруг оси, проходящей через группу азота, т.е. в процессе вращения она последовательно занимает все позиции, которые могли бы привести к формированию альфа-спирали, 310-спирали, пи-спирали и бета-спирали. Осталось лишь остановить вращение тРНК на нужном угле поворота.
На пятом этапе происходит остановка вращения тРНК на том угле поворота, на котором третий нуклеотид отрезанного триплета иРНК совпадает с комплементарным нуклотидом сайта рРНК.
На шестом этапе рРНК вставляет аминокислоту в растущую белковую молекулу под нужным, т.е. запрограммированным углом, реализуя таблицу композиционного генетического кода.
На седьмом этапе триплет иРНК снова встраивается в иРНК. При этом восстанавливается баланс энергии, т.к. отрезание триплета и встраивание на место в сумме дают ноль.
На восьмом этапе тРНК отделяется от триплета и возвращается в цитоплазму.
На девятом этапе иРНК продвигается на один триплет.
Далее все этапы повторяются для следующего триплета иРНК.
Вы видите хоть одно противоречие?