1,111

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

http://img-fotki.yandex.ru/get/58191/137150420.1/0_6a0ee_7be6088_L.jpg
http://fotki.yandex.ru/users/sokolik67- … ew/434414/

Первые четыре атома:

N = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:0.92 pos:[0,0,0] p:0.4 wirecolor:[0,0,250]; Converttomesh N
rotate N 54.73 [0,1,0]
rotate N 60 [1,0,0]
move N [1.33,0,0]
CA = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:0.91 pos:[0,0,0] p:0.4 wirecolor:[200,250,250]; Converttomesh CA
rotate CA 54.73 [0,1,0]
move CA [2.79,0,0]
C = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:0.91 pos:[0,0,0] p:0.4 wirecolor:[200,250,250]; Converttomesh C
move C [3.28,1.43,0]
rotate C 15 [0,0,1]
C.pivot = [0,0,0]
rotate C -30 [1,0,0]
move C [0,-0.06,0]
O = copy C wirecolor:[250,0,0]
move O [0.33,0.5,0.06]
O.pivot = [3.28,1.43,-0.5]
scale O [0.99,0.99,0.99]

http://img-fotki.yandex.ru/get/4408/126580004.45/0_b4e64_ddcb21cd_M.gif

В принципе из этой модели уже можно пытаться собирать альфа-спираль и другие типы структур (пи-спираль, бета-спираль, 310-спираль)...

1,112

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

http://img-fotki.yandex.ru/get/26/126580004.45/0_b4e74_357f4bff_M.gif
Я правильно присоединил второй аминокислотный остаток?

Скрипт:

N = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:0.92 pos:[0,0,0] p:0.4 wirecolor:[0,0,250]; Converttomesh N
rotate N 54.73 [0,1,0]
rotate N 60 [1,0,0]
move N [1.33,0,0]
CA = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:0.91 pos:[0,0,0] p:0.4 wirecolor:[200,250,250]; Converttomesh CA
rotate CA 54.73 [0,1,0]
move CA [2.79,0,0]
C = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:0.91 pos:[0,0,0] p:0.4 wirecolor:[200,250,250]; Converttomesh C
move C [3.28,1.43,0]
rotate C 15 [0,0,1]
C.pivot = [0,0,0]
rotate C -30 [1,0,0]
move C [0,-0.06,0]
O = copy C wirecolor:[250,0,0]
move O [0.33,0.5,0.06]
O.pivot = [3.28,1.43,-0.5]
scale O [0.99,0.99,0.99]
N1 = copy N wirecolor:[0,0,250]
CA1 = copy CA wirecolor:[200,250,250]
C1 = copy C wirecolor:[200,250,250]
O1 = copy O wirecolor:[250,0,0]
gr1 = group #(N, CA, C, O)
gr2 = group #(N1, CA1, C1, O1)
gr2.pivot = [0,0,0]
rotate gr2 75 [0,0,1]
rotate gr2 90 [0,1,0]
rotate gr2 40 [1,0,0]
rotate gr2 -15 [0,0,1]
rotate gr2 -30 [0,1,0]
move gr2 [2.15,0.85,-1.8]
peptide = group #(gr1,gr2)
peptide.pivot = [0,0,0]

1,113

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Отлично. Скрипт для общей части всех аминокислот Вы закончили. Действительно, из таких глицинов получаются и спирали, и бета-тяжи: проверено на физических моделях.

Теперь осталось смоделировать радикалы. Это непростая задача и я думаю начать с ручной работы.

А.Ю., в отличие от остальных атомов аминокислоты (N, CA, C) кислород (О) Вы не прописали в скрипте заново, а скопировали с имеющегося октаэдра для углерода С. Хотелось бы поправить его радиус, уменьшим до 0.88 и установить координаты его центра. Вы многократно использовали в скрипте команды move и rotate поэтому я не пойму, где конечные координаты центра красного октаэдра.

1,114

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Александр Юрьевич, а Сильвия (Silvia Crivelli)  до сих пор не ответила?

1,115

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

из таких глицинов получаются и спирали, и бета-тяжи: проверено на физических моделях.

Интересно увидеть компьютерные модели альфа-спирали, пи-спирали, бета-спирали и 310-спирали.

Victoria пишет:

Теперь осталось смоделировать радикалы. Это непростая задача и я думаю начать с ручной работы.

Давайте сначала стебель белка проверим. Если он не сойдётся, то радикалы не помогут...

Victoria пишет:

А.Ю., в отличие от остальных атомов аминокислоты (N, CA, C) кислород (О) Вы не прописали в скрипте заново, а скопировали с имеющегося октаэдра для углерода С. Хотелось бы поправить его радиус, уменьшим до 0.88 и установить координаты его центра. Вы многократно использовали в скрипте команды move и rotate поэтому я не пойму, где конечные координаты центра красного октаэдра.

http://img-fotki.yandex.ru/get/58191/70695945.6/0_82207_17474376_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/58191/70 … 6_orig.png

Координаты можно измерить в параллельных проекциях 3DS Max. Вы на весь экран одно окно, например, вид сверху, сделайте и мышку поставьте в центр нужного атома. Внизу увидите пару координат. В другом окне, например, фронтальная проекция, увидите другую пару координат. Показать скрин?

Victoria пишет:

Александр Юрьевич, а Сильвия (Silvia Crivelli)  до сих пор не ответила?

Пока молчит...

1,116

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Модель правой альфа спирали из последней модели шаблона для аминокислот:

http://img-fotki.yandex.ru/get/29/137150420.1/0_6a364_29ffb883_L.jpg
http://fotki.yandex.ru/users/sokolik67- … ew/435044/

Сам файл создан не по скрипту, а практически в ручном режиме smile. А.Ю., я Вам пришлю по электронке, покрутите в своей 3D MAX, рассмотрите водородные связи. Обратите внимание, что аминокислоты L-ряда. Примерно так же получается и бета-тяж, и левая 3-10 спираль, но в виртуальном пространстве этих моделей пока нет, только в реальном.

1,117

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

Модель правой альфа спирали из последней модели шаблона для аминокислот:

http://img-fotki.yandex.ru/get/29/137150420.1/0_6a364_29ffb883_L.jpg
http://fotki.yandex.ru/users/sokolik67- … ew/435044/

Сам файл создан не по скрипту, а практически в ручном режиме smile. А.Ю., я Вам пришлю по электронке, покрутите в своей 3D MAX, рассмотрите водородные связи. Обратите внимание, что аминокислоты L-ряда. Примерно так же получается и бета-тяж, и левая 3-10 спираль, но в виртуальном пространстве этих моделей пока нет, только в реальном.

OK! Жду файл для 3DS Max

1,118

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

http://img-fotki.yandex.ru/get/31/126580004.45/0_b5141_5f63c3d9_orig.gif
Уважаемая Виктория!
К сожалению, в Вашей модели альфа-спирали на один виток приходится не 3.6 аминокислотных остатка, а меньше трёх, т.е. ~2/5

Попытайтесь ещё раз сделать модель альфа-спирали.

1,119

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Мне пришло письмо от CASP:

Dear prospective CASP10 participants,

We have posted at the FORCASP site the suggested changes to the CASP10 QA prediction and evaluation procedures. Please follow this link to read the details:
http://predictioncenter.org/forcasp/vie … 3d213bdc52

CASP organizers

1,120

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Kushelev пишет:

Уважаемая Виктория!
К сожалению, в Вашей модели альфа-спирали на один виток приходится не 3.6 аминокислотных остатка, а меньше трёх, т.е. ~2/5

Не может быть. А Вы не ошиблись? Вертикальные водородные связи образуются в этой модели как раз между кислородом первого а.о. и азотом четвёртого. Это значит, что всё-таки 3,5 - 4 а.о. на виток.