661

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

http://img-fotki.yandex.ru/get/6109/126580004.4d/0_bacbb_11631373_XL.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/6209/126580004.4d/0_bacc1_b248f261_XL.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6109/126580004.4e/0_bad05_ff9b70f2_XL.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6109/126580004.4e/0_bad13_2d86a224_XL.gif

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/5/page/178/

662

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype:

[10.01.2017 11:16:50] Andrei: В вашем алгоритме нет серых линий а значит он явно ошибочен
[10.01.2017 11:21:02] Andrei: Согласно мнению специалиста
[10.01.2017 11:22:04] Andrei: А вы носитесь как сумасшедший со своими перевертышами хотя это всего лишь глюк программы smile
[10.01.2017 11:22:34] Andrei: это называется сам придумываю и сам же в это верую smile
[10.01.2017 11:26:28] Кушелев Александр Юрьевич: А по Вашему могут два 100%-но достоверных метода показывать противоположные результаты?
[10.01.2017 11:27:30] Andrei: А Виктория утверждала что ее алгоритм совпадает на 100% с РСА?
[10.01.2017 11:28:18] Andrei: Там где не совпадает то значит это под вопросом...
[10.01.2017 11:29:12] Andrei: Но косяков в программе у вас больше судя по отсутствию серых линий которые есть в РСА
[10.01.2017 11:30:22] Andrei: Причем вы упрямо избегаете ответа куда они у вас делись и переводите стрелки на других smile
[10.01.2017 11:32:39] Andrei: Кстати что там с программой, ошибка исправлена?
[10.01.2017 11:33:11] Andrei: И будет ли опция автоматического докинга чтобы показать что расчеты белков верны?
[10.01.2017 11:34:31] Andrei: это нужно для расчета лекарств
[10.01.2017 11:44:56] Кушелев Александр Юрьевич: А Виктория утверждала что ее алгоритм совпадает на 100% с РСА?Виктория утверждала, что РСА верен на 100% и её алгоритм тоже верен на 100%. Вот я и спрашиваю, как два верных на 100% метода могут показывать противоположные результаты?
[10.01.2017 11:45:30] Кушелев Александр Юрьевич:
Андрей: Но косяков в программе у вас больше судя по отсутствию серых линий которые есть в РСА
Кушелев: РСА сам себе противоречит smile
[10.01.2017 11:45:33] Andrei: приведите точные цитаты что ее алгорит верен
[10.01.2017 11:46:11] Кушелев Александр Юрьевич:
Андрей: вы упрямо избегаете ответа куда они у вас делись
Кушелев: Серые линии - это линии отсутствия знаний smile
[10.01.2017 11:46:48] Кушелев Александр Юрьевич: Программа ещё не доделана. Программист занят на основной работе.
[10.01.2017 11:47:14] Кушелев Александр Юрьевич: Что касается доккинга, то это дело будущих версий Пикотех
[10.01.2017 11:48:18] Кушелев Александр Юрьевич: Что касается цитат Виктории, то Вы сами только что писали, что алгоритм Виктории более правильный, чем алгоритм Кушелева. Вот и подумайте, почему правильный алгоритм Виктории противоречит правильному РСА? wink
[10.01.2017 11:57:59] Кушелев Александр Юрьевич: Спросите Викторию, почему её правильный алгоритм не может замкнуть фрагменты двух лизоцимов дисульфидными мостиками, а неправильный алгоритм Кушелева может?
[26.01.2017 11:16:04] Andrei: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0 … 0%BB%D0%BB
[11:16:49] Andrei: Может у него сплагиатничали свою идею про атомы? smile
[11:38:01] Кушелев Александр Юрьевич: Какую конкретно идею?
[11:38:43] Andrei: " настоящее время известны сотни видов квазикристаллов, имеющих точечную симметрию икосаэдра, а также десяти-, восьми- и двенадцатиугольника."
[11:38:49] Кушелев Александр Юрьевич: Вы уже нашли автора композиционного генетического кода?
[11:39:20] Кушелев Александр Юрьевич: А разве я говорил, что открыл квазикристаллы?
[11:39:43] Andrei: тоже самое только другими словами
[11:40:27] Кушелев Александр Юрьевич: Ну-ка, ну-ка, сформулируйте моими словами smile
[11:40:51] Andrei: квазикристалы это и есть атомы кристалического внешнего вида smile
[11:40:54] Кушелев Александр Юрьевич: Вы американскому заказчику послали вторичную структуру интересующих его/её белков?
[11:41:19] Кушелев Александр Юрьевич: Квазикристаллы - это атомы? Идите срочно за нобелевкой!
[11:41:54] Andrei: состоят из атомов кристалического вида
[11:42:27] Andrei: как ни крути а плагиат на лицо smile
[11:43:02] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что Вы почти независимо дошли до идеи Платона о многогранных атомах smile
[11:43:04] Andrei: с той заказчицей дело закончилось ничем
[11:43:23] Кушелев Александр Юрьевич: Вы ей послали вторичные структуры интересующих её белков?
[11:43:38] Andrei: послал то что она просила
[11:43:57] Кушелев Александр Юрьевич: А она не могла у Вас попросить то, о чём она не знает
[11:44:13] Кушелев Александр Юрьевич: Лопухнулись Вы однако. Пошлите хоть сейчас. Напишите, что Кушелев настоял
[11:44:39] Andrei: не тратьте зря силы, сосредоточьтесь лучше на чем-то более полезном
[11:45:18] Andrei: насильничество это не только невоспитанно но и глупо
[11:45:26] Кушелев Александр Юрьевич: У Вас ещё есть шанс вернуть заказчика
[11:45:49] Andrei: шанса нет никакого
[11:46:04] Andrei: к тому же вы отказываетесь сотрудничать по тех части
[11:46:11] Andrei: устраиваете фокусы
[11:46:16] Кушелев Александр Юрьевич: Объясните, что 3D-версия программы Пикотех ещё до конца не отлажена. Обнаружились ошибки, кстати, благодаря Вам и потенциальному заказчику
[11:47:00] Andrei: К ней возможно вернуться только после объективного доказательства о правильности программы
[11:47:36] Andrei: а ваши рекламные индийские мантры уж больно подозрительны людям
[11:47:42] Andrei: никто не поведется на них
[11:48:24] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас создаётся новая 3D версия, в которой будут адекватно учтены углы скручивания и изгиба спиралей. А 2D-версия уже готова:

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.3c5/0_171474_b7e752a6_orig.png
[11:49:33] Andrei: а док-во вы отказываетесь искать
[11:49:36] Кушелев Александр Юрьевич: Заказчик / заказчица может убедиться в полезности 2D-версии программы Пикотех. Даже 2D-версия может дать больше полезной информации, чем 3D-модели из PDB
[11:49:54] Кушелев Александр Юрьевич: Заказчики сами разберутся, нужна им информация или нет.
[11:50:05] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы им её не даёте, поэтому у них и интерес пропал.
[11:50:52] Кушелев Александр Юрьевич: Объясните, что мы работаем на уровне пикометров:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6109/126580004.4d/0_bacbb_11631373_XL.gif
[11:51:08] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/67/
[11:52:17] Кушелев Александр Юрьевич: И та информация, которую даёт даже 2D-Пикотех, может оказаться гораздо полезнее информации из PDB. Тем более, что "лишней информации не бывает". Мы же даём дополнительную информацию smile
[11:53:01] Andrei: вы опять за свои "сказки" принялись бездоказательные smile
[11:53:27] Andrei: это называется синдром изобретателя
[11:53:40] Andrei: им мерещаться гениальные открытия
[11:53:55] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы понять научную ценность, нужно владеть материалом. Вы кто по образованию?
[11:54:38] Andrei: а хоть один с образованием кого вы встречали ваши сказания может подтвердить? smile
[11:54:55] Кушелев Александр Юрьевич: Вы с какой Луны упали?
[11:55:06] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория Соколик по нашим материалам книгу написала
[11:55:56] Andrei: и что это доказывает?
[11:55:58] Кушелев Александр Юрьевич: Одна лишь таблица композиционного генетического кода может дать больше информации, чем вся база PDB
[11:56:10] Andrei: опять 25
[11:56:12] Кушелев Александр Юрьевич: 64 цифры
[11:56:29] Andrei: все это пока гипотеза бездоказательная
[11:57:09] Andrei: вы даже не осилили статистический анализ сделать по научному между вашей программой и Базой
[11:57:39] Кушелев Александр Юрьевич: Каждый потенциальный заказчик сам может решить, что доказано, что не доказано. Вы-то кто по образованию? Кристалл от молекулы сможете отличить?
[11:58:11] Andrei: речь о том можете ли вы решить сами или нет
[11:58:21] Кушелев Александр Юрьевич: Вы за форумом следите?
[11:58:32] Andrei: ибо доказательств у вас ноль
[11:59:12] Andrei: и полосочки цветные не сложно сгенирировать на компе
[11:59:20] Кушелев Александр Юрьевич: aest просил 6 фрагментов, замкнутых через дисульфидные мостики. Вот они: http://nanoworld.org.ru/post/82855/#p82855
[11:59:52] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы про полосочки... Вы же молекулу от кристалла не отличите smile
[12:00:24] Andrei: все бы хорошо, но доказаетельств что ваши полосочки правильны на самом деле у вас нет
[12:00:37] Кушелев Александр Юрьевич: Про отличие молекулы от атома я Вас уже не спрашиваю. Это всё равно, что от козла молока ждать smile
[12:00:59] Andrei: так это я от вас жду молока но безрезультатно smile
[12:01:01] Кушелев Александр Юрьевич: Вы взялись за работу менеджера, а сами лезете в науку.
[12:01:21] Кушелев Александр Юрьевич: Зачем мне такой "менеджер"? smile
[12:01:45] Andrei: приходится лезть когда изобретатель безграмотный в методах научных доказательств
[12:01:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если Вы сами в науке разбираетесь, то я Вам не нужен
[12:02:06] Кушелев Александр Юрьевич: Прощайте. С Вами только время терять
[12:02:48] Andrei: есть сейчас один эксперт можно попробовать ее спросить
[12:03:22] Andrei: но если вы будете вести себя неадекватно то смысла нет этим заниматься вообще
[12:24:19] Andrei:
Кушелев: заказчик / заказчица может убедиться в полезности 2D-версии программы Пикотех. Даже 2D-версия может дать больше полезной информации, чем 3D-модели из PDB
Андрей: там и так была 2D модель
[12:24:40] Andrei: смысла заново слать нет
[12:31:14] Кушелев Александр Юрьевич: Вы мне писали, что послали только 3D-модели
[12:31:49] Andrei: все что было то и послал
[12:32:03] Andrei: там и 2Д тоже была
[12:32:44] Кушелев Александр Юрьевич: Это меняет дело
[12:32:45] Andrei: но в любом случае это не заинтерсовало из-за ошибки в 6 раз от РСА
[12:33:18] Кушелев Александр Юрьевич: Надо было объяснить, что 3D версия ещё не протестирована. Обнаружились ошибки. Зато 2D-версия работает безошибочно
[12:33:36] Andrei: так еще хуже будет
[12:33:44] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и заодно объяснить, что точность моделей в PDB ещё хуже
[12:33:55] Andrei: надо молчать пока никто не понимает как оно на самом деле
[12:34:18] Andrei: там хоть фигу рисуй никто не сможет ни доказать ни опровергнуть
[12:34:22] Кушелев Александр Юрьевич: Лучше открыть глаза заказчикам на реальную погрешность моделей из PDB
[12:34:34] Кушелев Александр Юрьевич: Иначе они на PDB молятся, а там пшик...
[12:35:10] Andrei: вот как докинг сделаете автоматический то тогда другое дело
[12:35:30] Andrei: а пока там можно фиги рисовать и никто не удивится
[12:35:41] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда ждите. А другие менеджеры будут работать smile
[12:35:53] Andrei: я только за smile
[12:37:03] Andrei: когда хоть одному удасться что-то продать то пишите
[12:37:13] Andrei: это может изменить положение дел
[12:38:26] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно изменит! И 80% тоже изменятся wink
[12:39:09] Andrei: лучше 1% от милиона чем 80% от нуля smile
[12:40:09] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому Вы до сих пор и на нуле smile
[12:40:40] Andrei: ноль это то что имеем от изобретателя на данный момент smile
[12:41:21] Andrei: тут хоть 800% пообещайте и будет то же самое
[12:41:35] Кушелев Александр Юрьевич: Мои модели уже школьники с 2004 года изучают, а Вы в 2017-ом году ещё тормозите...
[12:42:13] Andrei: Ну ок... ждем результатов от новых менеджеров нетормозных smile
[12:43:20] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю за то, что нашли время для  нашей научной дискуссии smile
[12:44:31] Andrei: но если и новые менеджеры не осилят ничего то нужно будет серьезно научно задуматься "а есть ли ребенок" smile
[13:17:02] Andrei: https://www.mathworks.com/help/bioinfo/ … hworks.com
[13:18:57] Andrei: https://www.mathworks.com/help/bioinfo/ … cules.html
[13:21:29] Кушелев Александр Юрьевич: Когда напишите, чем отличается кристалл от молекулы, тогда продолжим научную дискуссию wink
[13:36:01] Andrei: вы подозрительно невнимательны, там речь идет об атомах имеющих кольцегранную структуру
[13:36:37] Andrei: в данном случае об атомах металлов
[13:37:04] Andrei: ну дак и ежу понятно что и другие атомы тоже могут иметь подобное строение
[13:38:30] Andrei: вернее не кольцегранную а многогранную
[13:38:51] Andrei: по сути это одно и то же
[13:40:06] Andrei: а про вращение спирали белка - это тоже не новость
[13:40:40] Andrei: так что новизна стремится к нулю
[13:44:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я же говорю, что для Вас без разницы, кольцегранная, многогранная... молекула, кристалл... Пока не научитесь отличать молекулу от кристалла, я не готов с Вами дискутировать на научные темы...
[13:44:44] Кушелев Александр Юрьевич: Что касается "вращения спирали белка", то для Вас, похоже и ДНК от белка неотличима smile
[13:45:48] Andrei: ДНК это типичный пример вращения.. и ежу понятно что и в других белках тоже самое может происходить
[13:50:26] Кушелев Александр Юрьевич: Вы мне напомнили один армейский анекдот: "Копать будете от меня и до следующего дуба" smile

663

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype:

[25.01.2017 17:03:36] Va12220(valqwa): что-то тебя часто перестало бывать в интернете.
куда мотаешься ?
[25.01.2017 18:18:10] Кушелев Александр Юрьевич: "Волка ноги кормят" smile
[25.01.2017 18:20:02] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6209/126580004.4d/0_bacc1_b248f261_orig.jpg
[25.01.2017 18:20:29] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6109/126580004.4e/0_bad05_ff9b70f2_orig.jpg
[25.01.2017 18:20:56] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6109/126580004.4d/0_bacbb_11631373_XL.gif
[25.01.2017 18:24:43] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6109/126580004.4e/0_bad13_2d86a224_XL.gif
[25.01.2017 23:01:14] Va12220(valqwa): моё представление не совсем правильное ?
[25.01.2017 23:31:49] Кушелев Александр Юрьевич: Кольца нормальные
[25.01.2017 23:33:06] Кушелев Александр Юрьевич: Но при большом количестве атомов их желательно уметь делать толще и тоньше
[25.01.2017 23:33:07] Va12220(valqwa): у меня 6 колец
у тебя 8
[25.01.2017 23:33:18] Кушелев Александр Юрьевич: С количеством колец беда...
[25.01.2017 23:33:58] Кушелев Александр Юрьевич: А качество нормальное
[25.01.2017 23:34:47] Va12220(valqwa): Я пка что  "учусь" строить графику, подбираю варианты, и я строил кольца по "старому" варианту  когда делали коллаген

но для колец нужны центры и нормали
[25.01.2017 23:35:04] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно
[25.01.2017 23:35:21] Va12220(valqwa): толщину цвет умею задавать и варьировать
[25.01.2017 23:35:29] Кушелев Александр Юрьевич: ЗдОрово!
[25.01.2017 23:35:47] Кушелев Александр Юрьевич: Их можно и в торы превращать с тенями?
[25.01.2017 23:36:08] Va12220(valqwa): ну и радиусы.
[25.01.2017 23:36:57] Va12220(valqwa): нет. у меня сейчас именно рисуются окружности.
радиус, вектор (нормали), толщина и цвет - такие параметры задания окружности
[25.01.2017 23:37:12] Кушелев Александр Юрьевич: Уже хорошо
[25.01.2017 23:37:24] Va12220(valqwa): окружность - как линия (толстая-тонкая толщиной в количество пикселей)
[25.01.2017 23:37:31] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно
[25.01.2017 23:37:48] Кушелев Александр Юрьевич: В будущем нужно будет переходить и на торы, как в 3DS
[25.01.2017 23:38:12] Кушелев Александр Юрьевич: Но это можно будет сделать добавив подпрограмму
[25.01.2017 23:39:01] Va12220(valqwa): это тоже можно, умею так сделать, но торы "тяжелый" элемент, поэтому пока отлаживаю механику на окружностях.
[25.01.2017 23:39:35] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[25.01.2017 23:40:14] Кушелев Александр Юрьевич: Жаль, что ты скрипты в Максе не пишешь. Тогда задача упростилась бы, а "чёрную работу" по визуализации сделала бы "Маша" smile
[25.01.2017 23:40:29] Кушелев Александр Юрьевич: Можно ведь прозрачный скрипт написать, не как у Савина
[25.01.2017 23:40:35] Va12220(valqwa): увы )
[25.01.2017 23:40:43] Кушелев Александр Юрьевич: Ты же понимаешь, как работает скрипт Кушелева?
[25.01.2017 23:40:55] Кушелев Александр Юрьевич: Задаются координаты, прозрачный алгоритм...
[25.01.2017 23:41:29] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт Макса - тот же Си...
[25.01.2017 23:41:52] Va12220(valqwa): через раз. у маши проблема в том что она все формирует в полигонах.
т.е. отсутствует как таковое геометрическое хранение структуры.
маше это не нужно, для визуализации важны именно полигоны.
[25.01.2017 23:42:05] Кушелев Александр Юрьевич: Ты просто не в курсе
[25.01.2017 23:42:13] Кушелев Александр Юрьевич: Неделько писал не в полигонах
[25.01.2017 23:42:28] Кушелев Александр Юрьевич: Видел его скрипты?
[25.01.2017 23:43:12] Кушелев Александр Юрьевич: Посмотри тексты: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … /index.htm
[25.01.2017 23:43:14] Va12220(valqwa): в курсе.
но и самое главное - программу в маше можно отлаживать настолько корявыми методам, что проще повесится.
поэтому у савина и неделько практически все "приблизительно" или "почти"
[25.01.2017 23:43:28] Кушелев Александр Юрьевич: Там всё на Си. Сплошные массивы и прозрачные алгоритмы
[25.01.2017 23:43:42] Va12220(valqwa): это не скрипты - это картинки
[25.01.2017 23:43:52] Кушелев Александр Юрьевич: А в конце он просто выводит массив в виде графиеских объектов
[25.01.2017 23:44:15] Кушелев Александр Юрьевич: Ты под картинками ссылки нажимай. Там к каждой картинке ссылка на скрипт.
[25.01.2017 23:45:51] Кушелев Александр Юрьевич: Видишь, какие классные торы?
[25.01.2017 23:45:52] Кушелев Александр Юрьевич:

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010428/12b.gif
[25.01.2017 23:46:03] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … /index.htm
[25.01.2017 23:46:20] Va12220(valqwa): я и у себя делаю так же. практически на си, только в специальной оболочке. что бы каждый шаг контролировать
[25.01.2017 23:46:54] Кушелев Александр Юрьевич: Ну так на скрипте в маше тоже можно каждый шаг контролировать: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … /index.htm
[25.01.2017 23:47:39] Va12220(valqwa): и как )
[25.01.2017 23:49:12] Кушелев Александр Юрьевич: 3D-студия может и точки рендерить. Не только треугольники. И линии
[25.01.2017 23:49:20] Va12220(valqwa): и скажи мне  - точнее вытащи из маши центры торов и нормали к ним
[25.01.2017 23:49:43] Кушелев Александр Юрьевич: Но нам как раз треугольники вполне подходят. Три точки задал и целый треугольник smile
[25.01.2017 23:49:59] Va12220(valqwa): я тебя неделю тому просил это сделать. коль ты спец в маше (а я спец в ином) то дай мне центры торов и нормали к ним
[25.01.2017 23:50:06] Кушелев Александр Юрьевич: А зачем нам вытаскивать то, что мы закладываем?
[25.01.2017 23:50:18] Кушелев Александр Юрьевич: Я же тебе дал все центры
[25.01.2017 23:50:21] Va12220(valqwa): мне надо.
[25.01.2017 23:51:09] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6203/126580004.4a/0_b71cc_c3b3d7c6_M.gif
[25.01.2017 23:51:15] Va12220(valqwa): нету там ничего в том что ты дал.

ты мне напиши 8 точек с координатами x y z и 6 нормалей
[25.01.2017 23:51:24] Va12220(valqwa): картинки я видел
[25.01.2017 23:51:28] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/66/
[25.01.2017 23:51:54] Кушелев Александр Юрьевич: Там ссылка на нашу с тобой беседу 2012 года. Там все точки я тебе давал
[25.01.2017 23:51:54] Va12220(valqwa):  ao = mesh vertices: #([1.36,1.414,-0.5],[1.36,1.414,0.5],[1.36,-1.414,-0.5],
[1.36,-1.414,0.5],[0.3599,-1.414,0.5],[0.3599,-1.414,-0.5],[1.86,0.7071,-1],
[2.36,0,-0.5],[1.86,-0.7071,-1],[1.36,0,-1.5],[-0.1401,-0.7071,1],
[1.86,0.7071,1],[2.36,0,0.5],[1.86,-0.7071,1],[1.36,0,1.5],[-0.1401,-0.7071,-1],
[-1.347,4.776,1.022],[-0.6401,4.276,1.522],[0.06697,4.776,1.022],[-0.6401,5.276,0.5217],
[-2.054,4.276,0.5217],[-2.054,4.276,-0.4783],[0.7741,4.276,0.5217],
[0.7741,4.276,-0.4783],[-0.6401,4.276,-1.478],[-1.347,4.776,-0.9783],
[-0.6401,5.276,-0.4783],[0.06697,4.776,-0.9783],[-0.6401,0,-1.478],
[-2.054,1.414,-0.4783],[-2.054,1.414,0.5217],[0.7741,1.414,-0.4783],
[0.7741,1.414,0.5217],[-0.6401,0,1.522],[-2.64,1.414,0.5],[-2.64,1.414,-0.5],
[-1.64,-1.414,-0.5],[-1.64,-1.414,0.5],[-2.64,-1.414,0.5],[-2.64,-1.414,-0.5],
[-1.14,-0.7071,-1],[-3.14,0.7071,1],[-2.64,0,1.5],[-3.14,-0.7071,1],
[-3.64,0,0.5],[-1.14,-0.7071,1],[-3.14,0.7071,-1],[-2.64,0,-1.5],
[-3.14,-0.7071,-1],[-3.64,0,-0.5]) \
faces: #([3,4,5],[5,6,3],[7,8,9],[9,10,7],[13,12,14],[15,14,12],[6,5,11],[3,9,4],
[4,9,13],[13,14,4],[9,8,13],[15,11,4],[4,14,15],[11,5,4],[15,12,2],[9,3,6],
[1,7,10],[1,2,12],[12,8,1],[1,8,7],[12,13,8],[17,18,19],[19,20,17],[25,26,27],
[27,28,25],[24,28,23],[28,20,23],[28,27,20],[20,19,23],[17,21,18],[23,19,18],
[26,22,21],[21,20,26],[26,20,27],[21,17,20],[22,26,25],[21,22,30],[30,31,21],
[22,25,29],[29,30,22],[34,18,21],[21,31,34],[33,23,18],[18,34,33],[23,33,24],
[24,33,32],[25,28,24],[32,29,25],[25,24,32],[37,38,39],[39,40,37],[43,42,44],
[45,44,42],[47,48,49],[49,50,47],[45,50,44],[50,40,44],[50,49,40],[40,39,44],
[37,41,38],[44,39,38],[41,40,48],[48,40,49],[41,37,40],[50,45,42],[42,36,50],
[50,36,47],[42,35,36],[38,46,44],[46,43,44],[43,46,34],[11,15,34],[6,16,9],
[9,16,10],[16,29,10],[41,48,29],[43,35,42],[43,31,35],[43,34,31],[34,15,33],
[33,15,2],[10,32,1],[10,29,32],[29,48,30],[48,47,36],[36,30,48],[30,36,31],
[31,36,35],[1,32,33],[33,2,1],[41,46,38],[16,6,11],[11,34,16],[16,34,29],
[29,34,46],[46,41,29]) \
[25.01.2017 23:52:01] Va12220(valqwa): НЕТУ ТУТ ТОГО ЧТО Я ПРОШУ
[25.01.2017 23:52:18] Кушелев Александр Юрьевич: Я же тебе дал ссылку на 2012 год
[25.01.2017 23:52:22] Кушелев Александр Юрьевич: Там всё есть
[25.01.2017 23:52:33] Va12220(valqwa): нету. факт.
[25.01.2017 23:52:44] Кушелев Александр Юрьевич:  Блин. Мне искать?
[25.01.2017 23:53:00] Va12220(valqwa): а в 12м  я плучил с тобой центры молекул аминокислотного остатка. - это есть - это то как раз я у тебя и не прошу
[25.01.2017 23:53:37] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6203/126580004.4a/0_b71cc_c3b3d7c6_M.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6203/126 … 6_orig.gif

Кушелев: Ну вот, теперь мы знаем координаты центров всех электронов общих атомов аминокислотных остатков...
[25.01.2017 23:53:49] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/topic/223/page/91/
[25.01.2017 23:54:00] Va12220(valqwa): я прошу хотя бы центры тех самых 8ми граней которые ты рисуешь - нету их - есть сборище треугольников, которые ты мне все время даёшь

и при этом утверждаешь что в маше все прозрачно  ))
[25.01.2017 23:54:26] Va12220(valqwa):
Кушелев: Ну вот, теперь мы знаем координаты центров всех электронов общих атомов аминокислотных остатков...
Валентин: это я не прошу )
[25.01.2017 23:54:45] Кушелев Александр Юрьевич: То ты просишь центры электронов, то уже не просишь
[25.01.2017 23:54:57] Кушелев Александр Юрьевич: Винни ты сгущёнку ешь? Дай!
[25.01.2017 23:55:00] Кушелев Александр Юрьевич: -Нет.
[25.01.2017 23:55:04] Кушелев Александр Юрьевич: -Может мёд?
[25.01.2017 23:55:06] Кушелев Александр Юрьевич: -Нет
[25.01.2017 23:55:10] Кушелев Александр Юрьевич: Ну дай, дай!
[25.01.2017 23:55:25] Кушелев Александр Юрьевич: -Отстань, свинья, сам не знаешь, что просишь...
[25.01.2017 23:55:28] Va12220(valqwa): пятачок, а ты слушай меня а не свой внутренний голос
[25.01.2017 23:56:34] Кушелев Александр Юрьевич: Ты просил центры колец: http://nanoworld.org.ru/post/11986/#p11986
[25.01.2017 23:56:38] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе их дал
[25.01.2017 23:57:04] Va12220(valqwa): мне нужны
- ЦЕНТРЫ тех самых торов что ты рисуешь вокруг атомов
- НОРМАЛИ к ним
- РАДИУС

все это как ты пишешь не ЗНАЕТ маша, ибо процесс рисования (построения геометрии) у неё полностью тобой контролируется

ДАЙ мне эти данные
[25.01.2017 23:57:10] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/11986/#p11986
[25.01.2017 23:57:22] Кушелев Александр Юрьевич: Ты на ссылку-то нажми, и увидишь то, что просишь.
[25.01.2017 23:57:28] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе их ещё в 2012 году дал
[25.01.2017 23:59:07] Va12220(valqwa):

N = sphere radius:0.3 segs:20 pos:[2.33,1.63,-5.2] wirecolor:[0,0,255]
N_E1 = torus radius1:0.527 radius2:0.06 segs:30 sides:12 position:[1.92,0.585,-2.5] transform:(matrixFromNormal [0.65,-0.42,0.65]) wirecolor:[255,0,0]
N_E2 = torus radius1:0.527 radius2:0.06 segs:30 sides:12 position:[2.06,0.68,-3.44] transform:(matrixFromNormal [-0.792,0.317,0.5]) wirecolor:[255,0,0]
N_E3 = torus radius1:0.527 radius2:0.06 segs:30 sides:12 position:[1.59,1.48,-2.46] transform:(matrixFromNormal [0.22,0.66,0.66]) wirecolor:[255,0,0]
N_E4 = torus radius1:0.527 radius2:0.06 segs:30 sides:12 position:[1.03,0.27,-2.66] transform:(matrixFromNormal [0.42,0.8,-0.47]) wirecolor:[255,0,0]
N_E5 = torus radius1:0.527 radius2:0.06 segs:30 sides:12 position:[1.73,1.57,-3.40] transform:(matrixFromNormal [0.42,0.8,-0.47]) wirecolor:[255,0,0]
N_E6 = torus radius1:0.527 radius2:0.06 segs:30 sides:12 position:[1.17,0.36,-3.6] transform:(matrixFromNormal [0.22,0.66,0.66]) wirecolor:[255,0,0]
N_E7 = torus radius1:0.527 radius2:0.06 segs:30 sides:12 position:[0.84,1.26,-3.56] transform:(matrixFromNormal [0.65,-0.42,0.65]) wirecolor:[255,0,0]

я этого языка не понимаю

я прошу перевести на геометрический язык. школьный

тор. центр тора - координаты X Y Z
       нормаль (что бы понимать плоскость в которой он расположен)
       радиус
[25.01.2017 23:59:41] Va12220(valqwa): N_E1 = torus radius1:0.527 radius2:0.06 segs:30 sides:12 position:[1.92,0.585,-2.5] transform:(matrixFromNormal [0.65,-0.42,0.65]) wirecolor:[255,0,0]
что это в моей просьбе ) ?
[0:00:17] Кушелев Александр Юрьевич: pos - это и есть координаты центра тора
[0:01:05] Va12220(valqwa): N = sphere radius:0.3 segs:20 pos:[2.33,1.63,-5.2] wirecolor:[0,0,255]а это ?
[0:01:27] Кушелев Александр Юрьевич: pos:[2.33,1.63,-5.2]А это координаты центра сферы
[0:01:46] Va12220(valqwa): transform:(matrixFromNormal [0.65,-0.42,0.65]) wirecolor:[255,0,0]
[0:02:23] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь сам трансформировать координаты центра
[0:02:27] Va12220(valqwa): нет.
[0:02:34] Кушелев Александр Юрьевич: Почему?
[0:02:41] Кушелев Александр Юрьевич: Не умеешь масштабировать?
[0:02:43] Va12220(valqwa): но может маша, котрой ты умеешь пользоваться и знаешь как смотреть
[0:02:59] Va12220(valqwa): я вообще этой команды не понимаю
[0:03:12] Кушелев Александр Юрьевич: А зачем тебе понимать машину трансформацию?
[0:03:18 | Изменены 0:03:41] Кушелев Александр Юрьевич: Сам трансформируй smile
[0:03:44] Va12220(valqwa): я просто тебя прошу это сделать. ты сделаешь быстро
[0:03:57] Кушелев Александр Юрьевич: Ты же координаты просил. Я тебе дал. А матрицу трансформаций не бери.
[0:04:25] Кушелев Александр Юрьевич: Ты модель по координатам построй, а размер всё-равно придётся уточнять
[0:04:36] Кушелев Александр Юрьевич: Какая разница, на какой коэффициент шкалировать?
[0:07:46] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь я отдельно все координаты задал: http://nanoworld.org.ru/post/12069/#p12069
[0:07:55] Va12220(valqwa): ну вот началось. а говорил что все можешь в маше делать

просто запусти машу и выпиши координаты нормали
[0:09:01] Кушелев Александр Юрьевич: Так тебе координаты центров колец нужно или нормалей?
[0:09:02] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/12077/#p12077
[0:09:05] Va12220(valqwa): координаты центров ториков - я уже получил - мы с тобой обсуждаем вектора нормалей для ториков этих. что бы их правильно позиционировать в пространстве
[0:09:19] Кушелев Александр Юрьевич: Это я не умею
[0:10:07] Кушелев Александр Юрьевич: А в скрипте же прописано, как получается направление
[0:10:28] Кушелев Александр Юрьевич: Кольца создаются с нормалью по оси X, например
[0:10:49] Кушелев Александр Юрьевич: Потом поворачиваются на октаэдрический угол 35.28 градусов
[0:10:51] Va12220(valqwa): ну как это не умеешь
- ты в маше это строишь - факт
- только что ты мне писал, что в маше все прозрачно как на СИ и можно контролировать каждый этап
- контроль каждого 'этапа - это возможность видеть построение геометрии на каждом этапе.
- геометрия тора - это радиусы, положение и нормаль
[0:11:35] Кушелев Александр Юрьевич: Посмотри, как строится модель аминокислоты. Там все углы прозрачные
[0:11:46] Va12220(valqwa): нормаль на каждом этапе построения тора и помещения его в нужное положение так же как и центр тора - изменяет значения - ты должен уметь их видеть - в маше все прозрачно и контролируемо
[0:12:10] Va12220(valqwa): ты мне просто цифры дай. и все. маша же показывает это все для тебя. с твоих слов.
[0:13:23] Кушелев Александр Юрьевич: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 502/55.txt
[0:13:36] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь есть алгоритм поворотов кольца.
[0:13:48] Кушелев Александр Юрьевич: Там октаэдрический угол.
[0:14:02] Кушелев Александр Юрьевич: Поверни кольцо в своей программе и извлекай вектор нормали
[0:14:16] Кушелев Александр Юрьевич: Слабо повернуть кольцо на 35.28 ?
[0:14:49] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, я тебе даже в уме могу рассчитать вектор нормали
[0:14:57] Va12220(valqwa): тут нету цифр. я прошу мне цифры.
запусти этот алгоритм и дай мне цифры для первого атома.
я более не прошу ничего. не надо мне картинок, не надо мне описаний алгоритмов.
тольк цифирьки

это ОЧЕНЬ ЛЕГКО взять из МАШИ, поскольку там все ПРОЗРАЧНО
[0:15:02] Кушелев Александр Юрьевич: [1,1,1]
[0:15:32] Кушелев Александр Юрьевич: Это для первого электрона октаэдра
[0:15:40] Va12220(valqwa): не. мне не надо придумывать )
я прошу выписать именно из маши с точностью до 4х знаков после запятой
[0:15:46] Кушелев Александр Юрьевич: А потом знаки меняй, и получишь все 8 нормалей
[0:16:05] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе дал с точностью до бесконечного числа знаков
[0:17:34] Кушелев Александр Юрьевич: Ты любую нормаль можешь получить в своей программе, повернув кольцо по моему алгоритму
[0:18:13] Va12220(valqwa): ничего ты мне не дал. и маша у тебя нерпозрачна, поскольку она такая по сути
и ты сам не понимаешь как она работает, не можешь координатки выцепить

мой алгоритм - это мой алгоритм.

я прошу просто цифры. они мне нужны.
[0:18:14] Кушелев Александр Юрьевич: Модель аминокислоты вся на октаэдрических углах построена
[0:18:56] Кушелев Александр Юрьевич: Как я тебе цифры дам? Ты построй одно кольцо по нормали 1,1,1, а остальные отражением
[0:19:10] Va12220(valqwa): дай мне эти цифры
коордиаты ты дал
#(1.92,0.585,-2.5,0.65,-0.42,0.65,0,0,255,2.06,0.68

теперь к ним дай нормали, именно к этому тору
[0:19:11] Кушелев Александр Юрьевич: Быстрее будет чем трепаться smile
[0:19:40] Кушелев Александр Юрьевич: Построй октаэдр в своей программе
[0:19:46] Кушелев Александр Юрьевич: Получишь все нормали оптом smile
[0:19:52] Va12220(valqwa): я не могу построить, ты можешь. ты это строишь в маше.
построй один этот тор и дай мне координаты нормали. в маше это есть
[0:19:58] Кушелев Александр Юрьевич: 1,1,1
[0:20:06] Кушелев Александр Юрьевич: 1,1,-1
[0:20:12] Кушелев Александр Юрьевич: 1,-1,1
[0:20:17] Кушелев Александр Юрьевич: 1,-1,-1
[0:20:25] Кушелев Александр Юрьевич: -1,1,1
[0:20:35] Кушелев Александр Юрьевич: -1,1,-1
[0:20:44] Кушелев Александр Юрьевич: -1,-1,1
[0:20:48] Кушелев Александр Юрьевич: -1,-1,-1
[0:20:49] Va12220(valqwa): 6
7 и 8 где ?
[0:21:08] Кушелев Александр Юрьевич: Все восемь smile
[0:21:32] Кушелев Александр Юрьевич: Октаэдр построй и двигай его куда хочешь smile
[0:21:42] Кушелев Александр Юрьевич: Лишние кольца удаляй
[0:22:07] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6203/126580004.4a/0_b71cc_c3b3d7c6_M.gif
[0:22:18] Кушелев Александр Юрьевич: Это всё из одного октаэдра делается за несколько минут
[0:29:09] Va12220(valqwa): в коллагене мы с тобой расстояние между атомами уменьшили в 2 раза от того, что у тебя в твоих данных сейчас показано.

т.е. первое расстояние между первым и вторым атомом не 1.85 а 0.925

вернуться к 1.85 ?
[0:31:47] Кушелев Александр Юрьевич: Главное, чтобы можно было масштабировать модель
[0:31:55] Кушелев Александр Юрьевич: Так что делай, как есть
[0:33:39] Va12220(valqwa): ну ну ) как есть - это как ?
[0:33:56] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть будет 1.85
[0:34:00] Va12220(valqwa): хорошо

https://img-fotki.yandex.ru/get/100036/158289418.3c7/0_17251a_d57227cb_XL.png
[1:23:52] Va12220(valqwa): а это та хрень что ты мне написал в виде циферек )
[1:25:30] Va12220(valqwa): вот так вот по ним строится кольцегранная моделька вокруг атома.

я же прошу тебя из маши вытащить. а не придумывать цифры

ты вот не хочешь даже прочитать что я прошу. тихо сам с собою разговариваешь. и вот такую чушь несешь в итоге.
[1:32:43] Кушелев Александр Юрьевич: Ты октаэдр из колец построил?
[1:33:36] Кушелев Александр Юрьевич: А теперь подвинь его 4 раза и получишь модель аминокислоты.
[1:34:37] Кушелев Александр Юрьевич: Я бы задавал модель не набором координат, а именно алгоритмом. Тогда не нужно будет каждый раз искать координаты. Они рассчитаются сами по алгоритму и начальному положению одного кольца в начале системы координат.
[9:38:30] Кушелев Александр Юрьевич: Вот же, в 2012-ом году я тебе объяснял, как получить нормали ко всем электронам: http://nanoworld.org.ru/search/2357816/page/7/
Цитата: S - нормаль к плоскости симметрии электрона в первом приближении может быть задана вектором, соединяющим центр атома с центром электрона. Направление магнитного момента задано символом в 5 столбце. S означает южный полюс направлен от центра атома. N - северный.
[12:17:53] Va12220(valqwa): ну молодец. алгоритмист.
после того как твой алгоритм отработал - координаты готовые из маши дай мне.
[12:32:12] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты содержатся в скрипте, где заданы ядра и центры колец. Вычитаешь координаты ядер из координат центров колец и получаешь нормали.
[14:52:49] Va12220(valqwa): ну вычти если они там есть и напиши мне
[14:53:09] Va12220(valqwa): я не могу вычесть. не получается )
[17:03:26] Кушелев Александр Юрьевич: Вычесть не можешь? Напиши программу для вычитания. Не вручную же вычитать smile Команда называется "вычитание векторов" или "вычитание матриц". В модели аминокислоты меньше трёх десятков колец-электронов и 5 ядер. Напиши программку, которая вычтет координаты ядер из координат колец.
[17:03:53] Кушелев Александр Юрьевич: Но я бы на твоём месте сделал проще.
[17:04:46] Кушелев Александр Юрьевич: Создал бы кольцо в первом квадранте. Нормаль у него будет 1,1,1
[17:10:08] Кушелев Александр Юрьевич: Дальше повернул бы его на 90 градусов вокруг оси Z 3 раза с дублированием. Получил бы ещё 3 кольца. Это уже половина октаэдрической оболочки атома. Потом повернул бы первое кольцо вокруг оси X на 180 с дублированием. Получил бы 5-е кольцо. Его опять вокруг оси Z 3 раза с дублированием. Вот тебе и октаэдр. А дальше поверни его и подвинь с дублированием вдоль X. Получится CA. Подвинь с дублированием обратно на двойное расстояние. Получится OH. Поверни исходную модель в центре координат и подними по оси Z. Получится C. Подними ещё выше с дублированием. Получится O. Если не сможешь таким же способом получить атом азота, спроси меня, как smile
[17:43:46] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, алгоритмы построения аминокислот, ДНК и т.д. есть в этом архиве: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … netics.zip
[17:44:51] Кушелев Александр Юрьевич: Евгений Неделько оттуда и вытащил все координаты в своё время.

664

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype:

[27.01.2017 0:26:03] Va12220(valqwa): вот видишь. ничего ты не можешь делать в маше. абсолютно. только рисовать.
зачем мне писать вычисления того, что неделько посчитал в маше, и ты в маше это посчитанное используешь. Взял бы и вытянул из маши это в цифре - нет - не можешь. только в виде картинки.

ты не можешь ничего из маши вытянуть кроме картинок, а мне предлагаешь программировать в маше. Извини - но маша не дает точных моделей. она изначально раcсчитана на построение изображений. Вот поэтому ты уже вторую ночь пытаешься меня заставить посчитать все координаты и вектора показывая постоянно гифки,  ссылаешься на алгоритмы, предлагаешь копаться в кодах программ на паскале... а даже на элементарную просьбу дать центры торов и соответствующие им нормали - ты ответ не смог дать. зато картинок насовал ... уже не грузится Эксплорер )))

вот потому сиди и жди, коль не владеешь цифрами. смотри на картинки
[27.01.2017 0:38:23] Кушелев Александр Юрьевич: Неделько в Маше не считал. Он взял координаты из программы Ggenedit, которая построила модели по моим генам виртуальной реальности.
[27.01.2017 0:39:16] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе сказал, как получить то, что ты хочешь за несколько минут.
[27.01.2017 0:39:19] Кушелев Александр Юрьевич: Ты не хочешь
[27.01.2017 0:39:23] Va12220(valqwa): вот поэтому ты до сих пор ничего не понимаешь, только строишь картинки.
а дальше не смог сдвинуться
[27.01.2017 0:40:07] Кушелев Александр Юрьевич: Это не картинки. Это модели белков, но без радикалов. Ну и без интерактивного режима, что сильно усложняет настройку. Я же не программист, чтобы писать сложные программы.
[27.01.2017 0:40:31] Кушелев Александр Юрьевич: Ты одно кольцо смог же создать? Смог!
[27.01.2017 0:40:49] Кушелев Александр Юрьевич: Ну так покрути его 7 раз, получишь октаэдр smile
[27.01.2017 0:41:03] Кушелев Александр Юрьевич: Или ты только кубик можешь? wink
[27.01.2017 0:41:34] Кушелев Александр Юрьевич: Алгоритм хорош тем, что его можно в любой среде быстро повторить.
[27.01.2017 0:41:48] Кушелев Александр Юрьевич: А координаты каждый раз нужно заново пересчитывать
[27.01.2017 0:42:57] Кушелев Александр Юрьевич: Почему ты не хочешь построить 8 колец по элементарному алгоритму?
[27.01.2017 0:43:39] Кушелев Александр Юрьевич: Достаточно будет изменить радиус одного кольца, и по тому же алгоритму пересчитаются радиусы всех колец белковой молекулы
[27.01.2017 0:44:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если у тебя октаэдр не получается, спроси, я тебе по шагам подскажу, что, куда поворачивать и на сколько двигать.
[27.01.2017 0:48:36] Va12220(valqwa): как ты не хочешь понять. с завидным упорством долбишь стену.

неделько (и многие другие) дали тебе способ построения картинок.
ура
ты благодаря этому смог сдвинуться. и "на глазок" смог настроить весьма много "очень похож на оригиналы известные"

но вот уже несколько лет буксуешь. потому что у тебя есть алгоритм построения картинок.
да простой агоритм. взл. скопировал. повернул три раза. подвинул. добавил. сдвинул. повернул 3 раза. и т.д.

но ты ведь и сам видишь  - этого мало. и тем не менее все равно просишь сделать ну чуть более сложный алгоритм и тоже именно "построения картинок"

я же тебя пытаю и прошу мне помочь скинуть то что ты высчитываешь (а ты не можешь этого сделать ибо ты не высчитываешь - ты строишь картинки) - Но так и напиши - нету у меня цифр, не проси у меня. есть только картинки и представление как из них делать более сложные.

вот я и пытаюсь из твоего долбостукания об стену сообразить как построить модель (компьютерную) в которой можно менять и и радиусы, и углы, и их "жесткость" и "мягкость" ... и ещё много иных параметров.
мне не интересно написать ещё одну программу построения картинок - их у тебя и так хватает.
[27.01.2017 0:50:42] Кушелев Александр Юрьевич: И как ты собираешься строить модель 8-гранного атома, если у меня же и нормали просишь?
[27.01.2017 0:50:50] Кушелев Александр Юрьевич: И я тебе их дал, но ты по ним не смог построить.
[27.01.2017 0:50:55] Кушелев Александр Юрьевич: Знаешь почему?
[27.01.2017 0:51:20] Кушелев Александр Юрьевич: Потому что нужно было ещё центры электронов правильно задать. И их радиусы
[27.01.2017 0:51:51] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе подсказал, как их точно и быстро посчитать, но ты ждёшь, чтобы я за тебя это сделал smile
[27.01.2017 0:52:09] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе в уме всё посчитал. Чего ты ещё ждёшь?
[27.01.2017 0:52:20] Кушелев Александр Юрьевич: Вставляй в свою прогу
[27.01.2017 0:52:54] Кушелев Александр Юрьевич: Точнее не сможешь посчитать всё равно
[27.01.2017 0:53:14] Кушелев Александр Юрьевич: Атом углерода - идеальный октаэдр
[27.01.2017 0:53:39] Кушелев Александр Юрьевич: А в идеальном октаэдре нормали имеют координаты 1,1,1 и т.д.
[27.01.2017 0:54:13] Va12220(valqwa): я просто попросил у тебя цифры. их у тебя нет. мне надо было для тестовых построений и для внедрения в модель дополнительных данных

на выходе ты хочешь ведь получить не картинку а структуру. объект PDB формат
PDB формат  = внктри компьютера - это не очень сложная но и не сильно прстая структура.
эта структура к сожалению не позволяет сделать кольцегранный(кольцевой) вьювер. её надо дополнить немалым количеством переменных. непростых переменных, а тоже структурных.
если это не сделать сейчас, то потом они уже не появятся. и снова будет у тебя огрызок. я так не хочу
[27.01.2017 0:54:34] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты центра электрона возьми 0.5,0.5,0.5
[27.01.2017 0:55:00] Va12220(valqwa): а поскольку цифр у тебя нет  - я вот сижу и сам "придумываю" их.
вот я и просил у тебя дать мне цифры, поскольку ты это уже 20 лет как используешь.

кстати - это неправильные координаты )
координаты первого электрона должны быть 0 0 0
и уже от этого можно легко построить кольцегранник согласно твоим векторам )

но вопрос 2 на каком расстоянии должны располагаться торы-окружности ?
вопрос 3 - координаты цента тора-окружности для данного тобой расстояния ?
[27.01.2017 0:55:19] Кушелев Александр Юрьевич: Что ты придумываешь? Всё уже придумано 20 лет назад
[27.01.2017 0:55:50] Кушелев Александр Юрьевич: Построй электрон по координатам центра и нормали
[27.01.2017 0:56:08] Кушелев Александр Юрьевич: Чего тянуть-то?
[27.01.2017 0:56:19] Кушелев Александр Юрьевич: Других координат ты не найдёшь
[27.01.2017 0:56:40] Кушелев Александр Юрьевич: И точнее не построишь.
[27.01.2017 1:00:33] Va12220(valqwa): а сл этап -научить прграмму правиьно поворачивать и сдвигать построенную структуру.
кстати в маше кажется правило "буравчика" обратное общепринятому. по-моему.
[27.01.2017 1:01:02] Va12220(valqwa): ну да ладно
[27.01.2017 1:02:01] Кушелев Александр Юрьевич: Ты одно кольцо правильно построй по координатам центра и нормали, которые я тебе дал.
[27.01.2017 1:02:21] Кушелев Александр Юрьевич: Если получится, будем строить остальные 7 граней октаэдра smile
[27.01.2017 1:12:10] Va12220(valqwa): и так - где расстояние от центра атома до центра тора ?
радиус тора ?
[27.01.2017 1:13:37] Кушелев Александр Юрьевич: Это - длина вектора, соединяющая начало координат с центром кольца
[27.01.2017 1:14:14] Va12220(valqwa): это я знаю ) я спрашиваю цифру
[27.01.2017 1:14:33] Va12220(valqwa): чему равна "длина вектора, соединяющая начало координат с центром кольца"
[27.01.2017 1:14:41] Кушелев Александр Юрьевич: Увеличь его и будет ОК smile
[27.01.2017 1:15:06] Va12220(valqwa): нет. я так не умею. это ты на картинках увеличиваешь и смотришь - ок или нет.
[27.01.2017 1:15:18] Кушелев Александр Юрьевич: Там что-то типа синуса или косинуса 35.28
[27.01.2017 1:15:33] Va12220(valqwa): можешь посмотреть на своих картинках ))) и сказать мне длину вектора
[27.01.2017 1:15:39] Кушелев Александр Юрьевич: Есть такой угол. Называется тетраэдрическим
[27.01.2017 1:15:52] Va12220(valqwa): Саша - не могу.
[27.01.2017 1:15:59] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас
[27.01.2017 1:16:41] Va12220(valqwa): ну и заодно радиус большого диаметра тора )
[27.01.2017 1:19:09] Кушелев Александр Юрьевич: Радиус электрона равен длине вектора, соединяющего начало координат с центром электрона умножить на тангенс 35.28
[27.01.2017 1:19:56] Va12220(valqwa): ты вообще то понял что я попросил ?
[27.01.2017 1:20:33] Кушелев Александр Юрьевич: Если координаты вектора 0.5,0.5,0.5, то нужно взять квадраты, т.е. 0.25+0.25+0.25, извлечь из этой суммы квадратный корень.
[27.01.2017 1:20:53] Кушелев Александр Юрьевич: Дальше умножай на тангенс 35.28 и получишь радиус электрона smile
[27.01.2017 1:21:30] Va12220(valqwa): факт что не понял
[27.01.2017 1:21:44] Va12220(valqwa): а если координаты вектора 1 1 1 ?
[27.01.2017 1:21:53] Va12220(valqwa): или 1 0 1
[27.01.2017 1:21:58] Va12220(valqwa): или 10 2 50
[27.01.2017 1:22:10] Кушелев Александр Юрьевич: Вектора, соединяющего начало координат с центром электрона?
[27.01.2017 1:22:31] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда в два раза больше и радиус электрона будет
[27.01.2017 1:22:39] Va12220(valqwa): начало координат в центре атома. а центр электрона мне неизвестен
[27.01.2017 1:22:59] Кушелев Александр Юрьевич: Я же тебе сказал, что координаты центра электрона 0.5,0.5,0.5
[27.01.2017 1:23:10] Кушелев Александр Юрьевич: Вектор нормали 1,1,1
[27.01.2017 1:24:07] Кушелев Александр Юрьевич: Радиус электрона будет sqrt(0.25+0.25+0.25)*tg 35.28
[27.01.2017 1:24:12] Va12220(valqwa): с какого бодуна там центр электрона по этой нормали ?

ну построй себе там в маше картинку именно так что бы центр атома был в начале координат
а центры электронов так как ты пишешь - и посмотри
[27.01.2017 1:24:47] Кушелев Александр Юрьевич: Зачем мне маша, когда я это на бумаге тремя линиями могу нарисовать?
[27.01.2017 1:25:09] Va12220(valqwa): ну и рисуй на бумаге. а мне цифры.
[27.01.2017 1:25:10] Кушелев Александр Юрьевич: Ты, вероятно, уже 2+2 в Матлабе считаешь smile
[27.01.2017 1:25:32] Кушелев Александр Юрьевич: Тебе сложить 0.25 три раза? 0.75 будет
[27.01.2017 1:25:44] Кушелев Александр Юрьевич: Квадратный корень из 0.75 извлечь?
[27.01.2017 1:25:59] Кушелев Александр Юрьевич: На tg 35.28 умножить?
[27.01.2017 1:26:02] Va12220(valqwa): да
[27.01.2017 1:26:18] Кушелев Александр Юрьевич: Ну, блин, Вы и даёте, Семён Семёныч...
[27.01.2017 1:27:05] Кушелев Александр Юрьевич: sqrt(0.75)=0.866
[27.01.2017 1:28:07] Кушелев Александр Юрьевич: Тангенс 35.28 = 0.7075
[27.01.2017 1:28:38] Кушелев Александр Юрьевич: Их произведение 0.613
[27.01.2017 1:28:45] Кушелев Александр Юрьевич: Это радиус электрона будет.
[27.01.2017 1:29:25] Кушелев Александр Юрьевич: Нам радиус электрона нужен 0.85. Значит координаты центра электрона будут:
[27.01.2017 1:30:07] Кушелев Александр Юрьевич: 0.694,0.694,0.694
[27.01.2017 1:31:15] Кушелев Александр Юрьевич: Я такой ерундой никогда не занимаюсь. В Маше можно просто подправить радиус на глазок. Та же точность 0.1% будет, только за минуту.
[27.01.2017 1:31:51] Va12220(valqwa): я тебе верю) особенно с машей на мазок на глазах
[27.01.2017 1:32:20] Кушелев Александр Юрьевич: А зачем тебе точность выше 3 десятичных цифр?
[27.01.2017 1:32:27] Va12220(valqwa): если честно то у тебя по всем ссылкам твои что ты мне накидал - совсем иные стоят цифры
[27.01.2017 1:32:58] Va12220(valqwa): у тебя ВООБЩЕ другие цифры из того что ты ранее мне кидал
[27.01.2017 1:33:18] Va12220(valqwa): при чем не 0.1 % а 10-20% разница
[27.01.2017 1:33:26] Кушелев Александр Юрьевич: Там кольцо создавалось в начале координат. Потом отодвигалось, поворачивалось вокруг одной из осей на 35.28, потом вокруг другой оси на 45...
[27.01.2017 1:33:50] Кушелев Александр Юрьевич: Я делал модель, которую потом нужно было масштабировать.
[27.01.2017 1:34:11] Кушелев Александр Юрьевич: А сейчас я тебе сразу дал цифры для радиуса электрона 0.85А
[27.01.2017 1:34:27] Кушелев Александр Юрьевич: Ты пока строй одно кольцо, а я спать. smile
[27.01.2017 1:35:02] Va12220(valqwa): это не влияет на постоянные константы.
в данном случае радиус электрона и расстояние до его центра от центра атома - постоянные константы. именно эти цифры я попросил тебя мне дать. что бы ты потом не говорил мне -что я мол неверно считаю
[27.01.2017 1:35:27] Va12220(valqwa): завтра нарисую покажу. сейчас тоже выключаюсь
[27.01.2017 1:36:13] Кушелев Александр Юрьевич:

https://img-fotki.yandex.ru/get/4410/158289418.3c7/0_172523_32242283_XL.jpg
[27.01.2017 1:36:27] Кушелев Александр Юрьевич: Глянь, что творится: http://nanoworld.org.ru/topic/1567/
[27.01.2017 1:36:34] Кушелев Александр Юрьевич: Можно завтра, на свежую голову smile

665

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 008

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

aest пишет:

Если замыкание произошло автоматическим способом без вмешательства руками, то в целом для разумного человека, специалиста по молекулярной биологии это должно быть аргументом (таково мое мнение). И это важный результат.

Кушелев: Конечно автоматически. Я вручную модели не строю smile

666

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype:

[30.01.2017 16:54:26] Va12220(valqwa): постараюсь сегодня слепить все "остатки" воедино
[30.01.2017 16:54:59] Кушелев Александр Юрьевич: ЗдОрово!
[31.01.2017 0:32:53] Va12220(valqwa): мы с тобой когда лепили коллаген, совершенно иные брали точки чем это сделано в скрипте Неделько
[31.01.2017 0:33:26] Va12220(valqwa): ну то есть абсолютно разные
[31.01.2017 0:36:25] Va12220(valqwa): мы с тобой начинали с такой вот конфигурации центров
[0.8355 -0.57 -0.795],
[0.291 -0.432  0],
[-0.705 -0.63  0],
[-1.335 -0.348 0]

а у скрипта ты-Неделько начало такое
1.364,   0.954,    -3.04,
0,       1.41,     -2.24,
0,       1.7,       -0.539,
0,       2.53,      0.293,
[31.01.2017 0:43:03] Va12220(valqwa): буду отталкиваться от того, что мы делали при коллагене.
[31.01.2017 0:51:02] Кушелев Александр Юрьевич: А правильное расположение ещё нужно определить...
[31.01.2017 0:51:20] Кушелев Александр Юрьевич: Главное, чтобы алгоритм работал правильно.
[31.01.2017 0:51:43] Кушелев Александр Юрьевич: Ты знаешь, как сделать, чтобы нулевой композиционный угол был углом альфа-спирали?
[31.01.2017 0:52:08] Va12220(valqwa): я понял из твоего вопроса только первые 5 слов
[31.01.2017 0:52:21] Кушелев Александр Юрьевич: Тот алгоритм, что я предложил, с твоей точки зрения не имеет явных ошибок?
[31.01.2017 0:52:35] Va12220(valqwa): ты про какой алгоритм ?
[31.01.2017 0:53:00] Кушелев Александр Юрьевич: Там где про реверс
[31.01.2017 0:53:51] Va12220(valqwa): не помню такое
[31.01.2017 0:56:37] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/82872/#p82872
[31.01.2017 0:57:03] Кушелев Александр Юрьевич: Вот с этого места: [20.01.2017 16:11:59] Кушелев Александр Юрьевич: Угол должен быть один
[31.01.2017 0:57:53] Va12220(valqwa): т.е. интерактивный подход
[31.01.2017 0:59:12] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно. Иначе очень долго будем всё настраивать
[02.02.2017 15:10:32] Va12220(valqwa):
https://img-fotki.yandex.ru/get/101435/158289418.3ca/0_172e68_1bff78c7_XL.png
[16:25:33] Кушелев Александр Юрьевич: Класс!
Если радиус колец 0.85, то расстояние от начала системы координат нужно увеличить процентов на 5

667

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

http://nanoworld88.narod.ru/data/493_files/0_13756e.jpg
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm

VAK пишет:

Не сочтите за труд, расскажите нам, о чем написано в тексте ниже, взятого из оригинальной статьи журнала?

Кушелев: Не можете перевести на русский? Точно иностранный диверсант. Вас и окончания слов типа "взятого" выдают с головой...

Ловите перевод:

Kushelev: The second row (B,F,J) shows the AFM signal (frequency shift) recorded in constant-current topographic imaging with a CO-terminated tip. The dark spots in the flat regions correspond to Cu surface atoms that allow us to register the lattice overlay in the third row (C,G and K). The last row (D,H and L) shows the proposed adsorption sites, indicating top, fcc and hcp positions. An adatom centered on a fcc site thus continues the bulk fcc structure, whereas an adatom on a hcp site would break the crystalline order of the bulk. DFT calculations (21) reveal that dimers (D) adsorb with the two Fe atoms close to next-nearest bridge sites. On-top centered trimers (H) also adsorb with the three Fe atoms close to bridge sites, and tetramers (L) absorb on fcc sites. The top row and the rows below show different clusters.

Кушелев: Вторая строка (B, F, J) показывает сигнал AFM (сдвиг частоты), записанный при  топографической съемке в режиме постоянного тока с CO-наконечником. Темные пятна в плоских участках соответствуют поверхности атомов Cu, с наложенной решёткой в третьем ряду (C, G и K). Последняя строка (D, H и L) показывает предполагаемые участки адсорбции, что указывает на вершину в ГЦК и ГПУ позиции. Адсорбированный атом находится в центре участка ГЦК, продолжая объемную структуру ГЦК, в то время как адсобрированный атом на участке ГПУ нарушил бы кристаллический порядок основной массы. Расчеты DFT (21) показывают, что адсорбированные димеры (D) состоят из двух атомов Fe, связанных с ближайшими атомами решётки. Тримеры в центре илл. (H) связаны с тремя ближайшими атомами Fe решётки. Тетрамеры (L) находятся на сайтах ГЦК. В разных рядах показаны разные кластеры.

Кушелев: Атомы меди имеют один валентный электрон. Из этих электронов и образуется электронная кольцегранная поверхность димера, тримера и тетрамера.

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/models/molecule/p4_02.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/5807/nanoworld2003.2c/0_50542_7543dc7c_XL.png

Взгляните на кольцегранную модель молекулы четырехатомного фосфора. Она тоже имеет молекулярную кольцегранную оболочку. Общую для 4 атомов.

Изучайте современную химию и физику. И будет Вам счастье tongue

http://img-fotki.yandex.ru/get/5812/126580004.7/0_aaaf4_9fd81ee2_M.jpg http://img-fotki.yandex.ru/get/4813/126580004.7/0_aaa3e_a854fe1a_M.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/4412/126580004.7/0_aaa3f_40815c3d_M.jpg http://img-fotki.yandex.ru/get/5014/126580004.7/0_aaa40_a6a95285_M.jpg

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm

668

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Уважаемый АЮ!
Вы пишите о музыкальных перевертышах. А Вы в курсе, что у композитора Лядова есть симфоническое сочинение "Перевертыш"?

669

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Кушелев: Благодарю! Очень интересно. Но что-то я не могу найти через Гугл...

670

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype, 2017-01-05:

[11:12:02] Andrei: Как продвигаются новые менеджеры по белкам?
[11:12:47] Andrei: На форуме ничего не нашел про это
[11:15:20] Andrei: Есть одна идея с этим, если захотите попробовать
[11:16:11] Кушелев Александр Юрьевич: Пока никак. Давайте пробовать.
[11:17:00] Andrei: Американка намекала раньше что хочет попользоваться этой программкой
[11:17:39] Кушелев Александр Юрьевич: Для начала предлагаю дать ей 2D-версию, которая надёжна на все 100%
[11:18:16] Andrei: цель не в этом
[11:18:21] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.narod.ru/Pikotech2D_3.6.zip
[11:19:24] Кушелев Александр Юрьевич: А 3D-версия во-первых не отлажена, т.е. не все ошибки исправлены, а во-вторых не подлежит передаче третьим лицам.
[11:19:46] Andrei: А почему не подлежит?
[11:20:03] Кушелев Александр Юрьевич: Потому что это - рабочий инструмент разработчика.
[11:20:14] Andrei: И что?
[11:20:39] Кушелев Александр Юрьевич: Это всё равно, что дать поюзать кусок коры головного мозга smile
[11:21:13] Andrei: У нее своя кора есть, ей чужие не нужны smile
[11:21:25] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть книгу "Пикотехнология белков" почитает.
[11:22:05] Andrei: Так вы поняли идею о чем я говорю?
[11:22:41] Кушелев Александр Юрьевич: Вы ей отправляли эту ссылку?
http://nanoworld.org.ru/topic/1150/
[11:22:56] Кушелев Александр Юрьевич: Вашу идею я пока не понял. Если можно, напишите доступно.
[11:23:16] Andrei: Тогда послушайте а не пихайте всякие ссылки
[11:24:18] Andrei: Идея дать полнофункциональную программу для некоммерческого использования взамен дачи отзыва
[11:25:00] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте начнём с 2D-версии. Это полнофункциональная, простая в использовании программа.
[11:25:08] Кушелев Александр Юрьевич: Без ошибок
[11:25:32] Кушелев Александр Юрьевич: На ней можно набирать статистику
[11:25:43] Кушелев Александр Юрьевич: Видеть высокую корреляцию
[11:26:11] Andrei: 2Д это только список аминокислот?
[11:26:19] Andrei: кодонов
[11:27:06] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Это вторичная структура:

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.3c5/0_171474_b7e752a6_orig.png
[11:27:50] Кушелев Александр Юрьевич:

https://img-fotki.yandex.ru/get/55431/158289418.3c5/0_171660_1745a0bd_orig.png
[11:28:25] Andrei: Ну так это список кодонов?
[11:28:31] Andrei: последовательность?
[11:30:30] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Последовательность аминокислотных остатков - это первичная структура
[11:30:39] Кушелев Александр Юрьевич: А вторичная - это спираль, не спираль
[11:31:42] Кушелев Александр Юрьевич: Наша программа показывает 5 фундаментальных вторичных структур (альфа-спираль, 310-спираль, бета-спираль, пи-спираль и новую метиониновую спираль).
[11:32:06] Кушелев Александр Юрьевич: Кроме того программа показывает большое разнообразие программных спиралей
[11:32:31] Кушелев Александр Юрьевич: Всё это недоступно для РСА и других современных методов, т.к. базируется на научном открытии композиционного генетического кода.
[11:33:23] Кушелев Александр Юрьевич: Недавно мне удалось открыть ещё один композиционный генетический код. Митохондриальный. Виктория Соколик считала, что у митохондрий нет композиционного кодирования, но оказалось, что есть...
[11:33:52] Andrei: Она признала что ошибалась?
[11:34:01] Andrei: Подтверждает это?
[11:35:07] Andrei: Она ведь эксперт, не забывайте
[11:37:38] Andrei: Если ни один эксперт еще не подтвердил, то для корректности нужно добавлять слово "возможно", то есть возможно, что открыли.
[11:38:34] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория написала, что метионин не может образовать альфа-спираль, т.к. в пробирке полиметионин в спираль не сворачивается.
[11:39:18] Кушелев Александр Юрьевич: Но в пробирке ни один полимер из любой аминокислоты в альфа-спираль не сворачивается, так что аргумент Виктории не просто слабый, а никакой
[11:40:26] Andrei: Ну а я тем более не понимаю в этих аргументах, поэтому для надежности употребляйте более подходящее ситуации определение
[11:40:45] Кушелев Александр Юрьевич:

https://img-fotki.yandex.ru/get/198361/158289418.3c3/0_170b41_4189c7d2_orig.png
[11:41:06] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее, как было сделано открытие метиониновой спирали: http://subscribe.ru/archive/science.new … 2836.html/
[11:41:17] Andrei: возможно открытие
[11:41:33] Andrei: это разные вещи
[11:41:42] Andrei: не подменяйте понятия
[11:41:51] Кушелев Александр Юрьевич:

https://img-fotki.yandex.ru/get/145691/158289418.3c4/0_17112e_2dd03a10_orig.png
[11:42:06] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://subscribe.ru/archive/science.new … 5906.html/
[11:42:15] Кушелев Александр Юрьевич: Возможно, возможно...
[11:42:46] Andrei: Поймите Вы хоть миллион ссылок дайте, это не сравнится с одним экспертным мнением
[11:43:22] Кушелев Александр Юрьевич: Вот Вы и покажите эти материалы американскому заказчику. Инетесно же узнать её мнение smile
[11:43:45] Andrei: которое кстати еще и ошибочным может быть, поэтому нужно скромнее себя вести
[11:44:02] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть она скажет про метионин в альфа-спиралях и о метиониновых спиралях
[11:44:18] Andrei: у нас есть только один выстрел
[11:44:40] Andrei: то есть заинтересовать полной версией
[11:45:14] Andrei: подумайте
[11:45:52] Andrei: если еще не готово, то подождем
[11:46:14] Кушелев Александр Юрьевич: 2D-версия готова. Ей и надо заинтересовать.
[11:46:48] Кушелев Александр Юрьевич: А 3D-версия может готовиться ещё долго и вызывать больше спорных вопросов. Да и давать её я никому не планирую
[11:47:21] Кушелев Александр Юрьевич: Другое дело - результаты её работы
[11:47:33] Andrei: Ну так и останетесь сидеть на ней как кощей на яйце
[11:48:04] Кушелев Александр Юрьевич: Результаты тоже могут заинтересовать
[11:48:10] Кушелев Александр Юрьевич: потенциальных заказчиков
[11:48:36] Andrei: Так и не нужно давать исходники, а только результаты
[11:48:43] Andrei: ехе файл
[11:48:58] Кушелев Александр Юрьевич: Это не результат. Результат - PDB-файл
[11:49:30] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, 2D-версия уже более информативна, чем РСА
[11:49:37] Andrei: нужно чтобы она сама могла это сгнерировать независимо
[11:49:49] Кушелев Александр Юрьевич: Не проблема
[11:50:04] Кушелев Александр Юрьевич: РСА часто не позволяет определить даже тип белка
[11:50:24] Кушелев Александр Юрьевич: А программа 2D работает безошибочно. На все 100%
[11:50:45] Andrei: вы опять забыли добавить слово "возможно"
[11:51:10] Кушелев Александр Юрьевич: А здесь это уже не нужно. РСА сам себе противоречит. Особенно, если это РСА разных лет
[11:51:31] Andrei: доказать это можете документально?
[11:51:41] Кушелев Александр Юрьевич: По старым РСА данным все спирали белка были прямыми. По новым уже гнутые smile
[11:52:27] Кушелев Александр Юрьевич: На форуме выложены данные по гнутым спиралям, которые ещё несколько лет считали бы ошибочными принципиально.
[11:53:04] Andrei: на форуме у вас что угодно можно выложить, это необъективный источник
[11:53:17] Кушелев Александр Юрьевич: Там ссылки есть на PDB
[11:53:46] Andrei: вот сейчас можете дать ссылку на разные версии одного и того же белка?
[11:53:57] Andrei: чтобы каждый мог убедиться?
[11:54:00] Кушелев Александр Юрьевич: Там старые версии удаляют
[11:54:09] Andrei: Ну вот видите
[11:54:44] Andrei: так какое решение вы предлагаете?
[11:55:04] Кушелев Александр Юрьевич:

https://img-fotki.yandex.ru/get/109344/158289418.3b7/0_16fb98_3421bc68_orig.jpg
[11:55:07] Andrei: чтобы результаты она могла получить?
[11:55:11] Кушелев Александр Юрьевич: Эта картинка из PDB
[11:55:33] Кушелев Александр Юрьевич: Такие гнутые спирали несколько лет назад в PDB были просто запрещены
[11:55:46] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1544/page/28/
[11:55:54] Andrei: ссылки с вашего форума ничего не доказывают, я уже объяснил
[11:56:01] Кушелев Александр Юрьевич: Предлагаю переслать ей программу 2D
[11:56:15] Кушелев Александр Юрьевич: Я Вам дал материал из PDB
[11:56:18] Andrei: мы про 3Д говорим
[11:56:28] Кушелев Александр Юрьевич: 3D не готова и не подлежит
[11:56:57] Andrei: собираетесь сидеть на ней как кощей?
[11:57:06] Кушелев Александр Юрьевич: Не на чем ещё сидеть
[11:57:10] Andrei: в чем логика?
[11:57:28] Кушелев Александр Юрьевич: Нет ещё отлаженной 3D
[11:57:36] Andrei: это не важно
[11:57:42] Andrei: я про суть
[11:57:55] Кушелев Александр Юрьевич: И программу я не собираюсь никому давать. Только результаты её работы. PDB-файлы
[11:58:33] Кушелев Александр Юрьевич: Вы видели 6 фрагментов разных белков, которые замкнулись через дисульфидные мостики?
[11:58:40] Andrei: так ей и нужны эти файлы но чтобы было видно что это файл генерирует
[11:58:52] Andrei: то есть нужно дать генератор
[11:59:32] Andrei: можете ограничение внести туда например
[11:59:44] Andrei: на количество генераций
[12:00:11] Andrei: иначе никак, останетесь как кощей на яйце
[12:01:03] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/82560/#p82560
[12:01:41] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь показаны коды 6 фрагментов белков, замкнутых через дисульфидные мостики
[12:02:01] Кушелев Александр Юрьевич: А как Вы их вручную сделаете?
[12:02:01] Andrei: не переводите тему
[12:02:14] Кушелев Александр Юрьевич: Вручную это сделать невозможно
[12:02:23] Andrei: давайте закончим с одним вопросом
[12:02:29] Кушелев Александр Юрьевич: Жизни не хватит
[12:02:30] Andrei: потом на другие
[12:02:42] Andrei: вы поняли мой вопрос?
[12:02:56] Кушелев Александр Юрьевич: Для проверки программа не нужна.
[12:03:27] Кушелев Александр Юрьевич: Там же коды есть. Композиционные варианты можно проверить вручную выборочно по таблице композиционного кода за несколько минут
[12:03:58] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/5502/nanoworld.202/0_4840b_b2101c2f_orig.gif
[12:04:01] Andrei: это вы про что сейчас?
[12:04:16] Кушелев Александр Юрьевич: Про провекру Вашим экспертом моих данных
[12:04:35] Кушелев Александр Юрьевич: Она может все 6 фрагментов проверить по таблице вручную за несколько минут
[12:04:48] Кушелев Александр Юрьевич: Для этого программа не нужна
[12:05:36] Кушелев Александр Юрьевич:

https://img-fotki.yandex.ru/get/222565/158289418.3c3/0_170881_f56f1106_orig.png
[12:05:47] Andrei: как проверять это ее дело
[12:05:51] Кушелев Александр Юрьевич: Там есть коды
[12:05:55] Andrei: она эксперт
[12:06:13] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и дайте ей ссылку на 6 фрагментов белка
[12:06:17] Andrei: вопрос про 3Д вы поняли?
[12:07:22] Кушелев Александр Юрьевич: Так 3D строится по схеме композиционных углов, которые выводятся в 2D тоже
[12:07:41] Andrei: вопрос понятен мой или нет?
[12:07:51] Кушелев Александр Юрьевич: Не очень
[12:08:05] Кушелев Александр Юрьевич: Программа для проверки не нужна. Это Вы понимаете?
[12:08:23] Andrei: я задал другой вопрос
[12:08:28] Кушелев Александр Юрьевич: Какой?
[12:08:55] Andrei: ну так сосредоточьтесь и прекратите ссылки давать не по теме обсуждения
[12:09:32] Andrei: у нас есть только один выстрел
то есть заинтересовать полной версией
подумайте
если еще не готово, то подождем
[12:11:26] Кушелев Александр Юрьевич: Чем Вас не устраивает полная 2D-версия и результаты для 6 фрагментов, полученных недоделанной 3D-версией?
[12:11:42] Кушелев Александр Юрьевич: 3D-версию я по любому никому давать не планирую
[12:12:18] Andrei: не планируете значит собираетесь сидеть на ней как кощей на яйце.
[12:12:34] Andrei: это ваше право
[12:13:48] Кушелев Александр Юрьевич: Не сидеть, а зарабатывать с помощью 3D-версии. Что в этом плохого?
[12:14:02] Кушелев Александр Юрьевич: А анализировать результаты эксперты могут уже сегодня
[12:15:13] Andrei: с вашим мышлением сложно верится что можно на этом заработать хоть копейку, при условии отсутствия экспертного заключения даже самого захудалого.
[12:16:17] Andrei: версия с кощеем на яйце выглядит более правдоподобно, а не заработок.
[12:16:40] Andrei: но я могу ошибаться, поспрашивайте других людей
[12:17:01] Andrei: есть хоть один кто верит в ваш прогноз?
[12:17:39] Кушелев Александр Юрьевич: Вы читали рецензии на книгу "Пикотехнология белков"?
[12:17:58] Andrei: ну так вопрос мой исчерпан?
[12:18:09] Кушелев Александр Юрьевич: Если не читали, то почитайте
[12:18:37] Andrei: а это повлияет на кощея быть не кощеем?
[12:19:08] Кушелев Александр Юрьевич: Это ответ на Ваш вопрос по поводу наличия экспертных оценок: http://nanoworld.org.ru/topic/1150/
[12:19:45] Andrei: речь идет не о книге а программе
[12:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы приложения к книге видели?
[12:20:05] Andrei: вы же ее результаты хотите продавать а не книги
[12:20:26] Кушелев Александр Юрьевич:

https://img-fotki.yandex.ru/get/9803/158289418.20f/0_129778_35eeac24_orig.png
[12:20:40] Кушелев Александр Юрьевич: Я для книги определил 100 белковых структур
[12:20:45] Andrei: в книге есть 3Д структура белка?
[12:20:57] Andrei: или только о 2Д речь?
[12:21:04] Кушелев Александр Юрьевич: Приложение 8 100 структур в формате PDB, PNG ... https://yadi.sk/d/nWEkBJRdhpP4D
[12:22:26] Кушелев Александр Юрьевич: Но выяснилось, что в программе есть несколько ошибок, поэтому в структурах белков тоже есть ошибки, что само по себе нормально. С каждой новой версией программы число ошибок и их величина будут уменьшаться.
[12:22:44] Andrei: ну так дайте ту что есть
[12:24:14] Кушелев Александр Юрьевич: Зачем?
[12:24:35] Andrei: Чтобы было видно что направление правильное например
[12:24:46] Кушелев Александр Юрьевич: Это можно вручную проверить
[12:24:56] Andrei: вручную никому не интересно
[12:25:25] Кушелев Александр Юрьевич: Коды на входе и на выходе известны. Они выводятся в 2D-версии
[12:25:33] Кушелев Александр Юрьевич: Таблица тоже опубликована
[12:25:50] Кушелев Александр Юрьевич: На любом шаге можно сделать выборочную проверку, которая займёт минуты
[12:25:58] Кушелев Александр Юрьевич: Если это неинтересно, значит неинтересно
[12:26:14] Andrei: ну тогда тем более непонятно чего бояться
[12:26:32] Andrei: если желания нет то и смысла нет
[12:26:48] Кушелев Александр Юрьевич: Я и не боюсь
[12:27:08] Andrei: надеюсь вопрос вам понятен?
[12:27:18] Кушелев Александр Юрьевич: Нет
[12:28:26] Кушелев Александр Юрьевич: Существующая версия 3D работает с ошибками, но для некоторых белков и их фрагментов без ошибок. Именно эти фрагменты я и предлагаю для эксперта. С каждой новой версией ошибок будет меньше и безошибочных моделей больше.
[12:28:55] Andrei: я не спрашивал про это
[12:29:02] Andrei: вопрос не об этом
[12:29:43] Кушелев Александр Юрьевич: Для экспертизы достаточно 6 примеров, которые я Вам дал
[12:29:55] Andrei: не хотите отвечать на вопрос так и скажите
[12:30:11] Кушелев Александр Юрьевич: И 2D-программы, которую я Вам тоже дал.
[12:30:23] Кушелев Александр Юрьевич: А вопрос Ваш мне непонятен
[12:31:04] Andrei: я понял, вопрос сложный и поэтому занимает время чтобы он дошел.
[12:31:37] Кушелев Александр Юрьевич: Угу
[12:31:43] Andrei: ок