21

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:

Насчет длины связи С-N, то в моих моделях она абсолютно одинакова. Вы приняли наползание двух атомов РАЗНЫХ аминокислот за маленькую длину связи в одной аминокислоте.

Кушелев: Если атомы не могут сблизиться больше, чем на полтора ангстрема в одной аминокислоте, то почему они могут сблизиться на полангстрема, если будут "принадлежать разным аминокислотам"? smile

Если Ваши два бильярдных шара не могут сблизиться сильнее, чем на диаметр, то почему чужой шар сможет? Где логика? smile

22

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:

моя программа декодирует только структурный шаблон, который должен свернуться в нативную конформацию в зависимости от микроокружения.

Кушелев: "Пол работы дураку и начальнику не показывают" smile

23

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:

А.Ю., я бы и дальше загружала Ваши модели вместо Вас, если бы Вы не стали настаивать, что мои модели никуда не годятся и я пользуюсь Вашими.

Кушелев: Я не утверждал и не утверждаю, что Ваши модели никуда не годятся. Но на конкурсе, где ждут окончательный результат, половина результата может сыграть отрицательную роль. Представьте, что Вы пришли на экзамен и вместо решения задачи дали промежуточный результат. Ладо, если экзаменатор понимает, что Вы ему дали. В данном случае организаторы конкурса не смогут прочитать Ваши мысли smile Они увидят в браузере, что расстояние между центрами атомов азота и углерода в нескольких случаях в три раза меньше, чем даже в одной молекуле, и сделают вывод, что pdb-файл некорректен на элементарном уровне. А это значит, что он будет отсеян на первом этапе проверки. Вам это нужно?

24

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:
Kushelev пишет:

http://narod.yandex.ru/

"Загрузить файлы"

Загрузила сюда: http://narod.ru/disk/48731455001.866793 … 0.rar.html

Кушелев: Благодарю! Скачиваю...

25

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Да я всю эту философию лучше Вас понимаю, но в Ваших моделях радикалы торчат не верно. Вы бы хоть как в моделях вьюера переставили, если по моему не хотите. Там тоже не совсем верно (показано усреднённое положение от вращения радикалов по одинарным связям), но всё же ближе к цели.

26

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:

Да я всю эту философию лучше Вас понимаю, но в Ваших моделях радикалы торчат не верно. Вы бы хоть как в моделях вьюера переставили, если по моему не хотите. Там тоже не совсем верно (показано усреднённое положение от вращения радикалов по одинарным связям), но всё же ближе к цели.

Кушелев: Можно сделать модель N3, где стебли белков строятся по таблице композиционного генетического кода, а радикалы берутся из стандартного браузера. Не исключено, что такая модель имеет больше шансов на успех, как "не слишком сумасшедшая" smile

Но для этого нужно делать ещё одну программу. Если же загрузить два варианта моделей, то другую программу делать не нужно. Она уже сделана и с её помощью получены pdb-файлы: http://nanoworld.org.ru/topic/296/

Вам решать, нужно это или не нужно. Мне CASP не нужен, т.к. скорее всего про нас с Вами никто, кроме организаторов, не узнает. А через рассылку и форум узнают. Но если Вы ещё верите в порядочность организаторов, то можете продолжить участие. Я просто пытаюсь объяснить Вам, что два варианта имеют больше шансов, чем один. smile

Что касается "неправильных радикалов", то это детали, т.к. в первую очередь будут смотреть на форму белка в первом приближении, т.е. вообще без радикалов. Если программа показывает белки в первом приближении правильно, то это уже большой шанс, т.к. "предсказатели" не могут даже этого smile

http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126580004.50/0_bc6c6_bd6c1cca_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126580004.50/0_bc6d1_982a9066_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6308/126580004.50/0_bc6d3_9aa83064_S.gif

27

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Меня амбиции в конкурсе тоже не напрягают smile, но в порядочность людей, в том числе и организаторов, я верю априори до тех пор, пока мне не докажут обратное.
Давайте Ваши pdb.файлы для Т0645, Т0647 и Т0648, а то завтра может быть поздно.

28

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:

Меня амбиции в конкурсе тоже не напрягают smile, но в порядочность людей, в том числе и организаторов, я верю априори до тех пор, пока мне не докажут обратное.
Давайте Ваши pdb.файлы для Т0645, Т0647 и Т0648, а то завтра может быть поздно.

http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0645.pdb

http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0647.pdb

http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0648.pdb

29

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Уважаемая Виктория!

Если бы я был организатором конкурса, то я бы Вам дал первое место только за таблицу композиционного генетического кода smile

Но они же не понимают, что эта таблица - научное открытие, которое значит больше, чем результаты "тех гигантов, на плечах которых мы с Вами стоим" smile

Естественно в сумме с результатами гигантов wink

30

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Не знаю почему, но добавить или заменить мои уже загруженные на конкурс pdb. файлы (с 644 по 654) Вашими не удаётся.
Давайте начнём с Т0655.
Кстати на конкурсе ввели проверку загружаемых файлов программой MaxSprout на межатомное расстояние СА(n)--CA(n+1).