1

Тема: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Продолжение. Начало см. здесь: http://nanoworld.org.ru/post/15513/#p15513

2

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:

На самом деле последовательность глицинов в этом белке реализует поворот 2-го типа (т.е. структура есть, но отличная от Вашей). Именно такой поворот кодируется чередованием ротамеров пептидных связей LRL, которые детерминированы последовательностью кодонов: ggt ggc ggt.
PDB файл:
ATOM      1  N   HIS A   1       1.213   0.613  -0.734  1.00 00.000           N
ATOM      2  CA  HIS A   1       1.001   1.708  -1.677  1.00 00.000           C
ATOM      3  C   HIS A   1      -0.488   1.997  -1.773  1.00 00.000           C
ATOM      4  O   HIS A   1      -1.562   2.616  -1.716  1.00 00.000           O
ATOM      5  CB  HIS A   1       1.513   1.289  -3.045  1.00 00.000           C
ATOM      6  CG  HIS A   1       2.683   2.109  -3.515  1.00 00.000           C
ATOM      7  CD2 HIS A   1       4.016   1.867  -3.209  1.00 00.000           C
ATOM      8  ND1 HIS A   1       2.542   3.241  -4.315  1.00 00.000           N
ATOM      9  CE1 HIS A   1       3.831   3.607  -4.427  1.00 00.000           C
ATOM     10  NE2 HIS A   1       4.771   2.844  -3.805  1.00 00.000           N
ATOM     11  N   GLY A   2       0.373   1.004  -1.970  1.00 00.000           N
ATOM     12  CA  GLY A   2      -0.751   0.161  -2.368  1.00 00.000           C
ATOM     13  C   GLY A   2      -0.535  -0.310  -3.797  1.00 00.000           C
ATOM     14  O   GLY A   2      -0.379  -1.074  -4.762  1.00 00.000           O
ATOM     15  N   GLY A   3      -0.661   0.817  -3.102  1.00 00.000           N
ATOM     16  CA  GLY A   3      -0.500   1.557  -4.350  1.00 00.000           C
ATOM     17  C   GLY A   3       0.721   2.456  -4.237  1.00 00.000           C
ATOM     18  O   GLY A   3       1.832   2.950  -4.482  1.00 00.000           O
ATOM     19  N   GLY A   4      -0.451   2.248  -3.644  1.00 00.000           N
ATOM     20  CA  GLY A   4      -0.128   3.326  -2.715  1.00 00.000           C
ATOM     21  C   GLY A   4       1.240   3.888  -3.065  1.00 00.000           C
ATOM     22  O   GLY A   4       2.116   4.701  -3.397  1.00 00.000           O
ATOM     23  N   GLY A   5       0.669   2.743  -2.704  1.00 00.000           N
ATOM     24  CA  GLY A   5       1.986   2.114  -2.765  1.00 00.000           C
ATOM     25  C   GLY A   5       1.951   0.990  -3.788  1.00 00.000           C
ATOM     26  O   GLY A   5       2.230   0.320  -4.793  1.00 00.000           O
ATOM     27  N   HIS A   6       1.356   1.360  -2.657  1.00 00.000           N
ATOM     28  CA  HIS A   6       0.541   0.152  -2.738  1.00 00.000           C
ATOM     29  C   HIS A   6       0.929  -0.625  -3.985  1.00 00.000           C
ATOM     30  O   HIS A   6       1.331  -1.553  -4.703  1.00 00.000           O
ATOM     31  CB  HIS A   6      -0.923   0.549  -2.837  1.00 00.000           C
ATOM     32  CG  HIS A   6      -1.736   0.114  -1.648  1.00 00.000           C
ATOM     33  CD2 HIS A   6      -1.874   0.819  -0.460  1.00 00.000           C
ATOM     34  ND1 HIS A   6      -2.438  -1.089  -1.611  1.00 00.000           N
ATOM     35  CE1 HIS A   6      -2.954  -1.017  -0.371  1.00 00.000           C
ATOM     36  NE2 HIS A   6      -2.672   0.084   0.379  1.00 00.000           N
ATOM     37  OXT HIS A   6       0.439   0.612  -3.617  1.00 00.000           O
TER
END

http://img-fotki.yandex.ru/get/6307/126580004.50/0_bc6e6_f15818b3_M.gif
Кушелев: Вариант Виктории Соколик в программе RasTop

http://img-fotki.yandex.ru/get/6308/126580004.50/0_bc6e5_76e67354_M.gif
Мой вариант в программе RasTop

Мой вариант PDB-файла:


ATOM      1  N   HIS A   1       4.119   0.010  -1.341  1.00  0.50      A    N 
ATOM      2  CA  HIS A   1       2.662  -0.012  -2.123  1.00  0.50      A    C 
ATOM      3  C   HIS A   1       1.273   0.768  -1.460  1.00  0.50      A    C 
ATOM      4  O   HIS A   1       0.554   1.691  -1.562  1.00  0.50      A    O 
ATOM      5  CB  HIS A   1       3.048   0.906  -3.278  1.00  0.50      A    C 
ATOM      6  CG  HIS A   1       2.973   1.831  -4.000  1.00  0.50      A    C 
ATOM      7  CD2 HIS A   1       1.962   3.130  -4.139  1.00  0.50      A    C 
ATOM      8  ND1 HIS A   1       2.909   2.751  -4.723  1.00  0.50      A    N 
ATOM      9  CE1 HIS A   1       2.105   1.285  -2.700  1.00  0.50      A    C 
ATOM     10  NE2 HIS A   1       2.032   2.210  -3.420  1.00  0.50      A    N 
ATOM     11  N   GLY A   2       1.698  -0.614  -0.403  1.00  0.50      A    N 
ATOM     12  CA  GLY A   2       0.187  -0.180   0.109  1.00  0.50      A    C 
ATOM     13  C   GLY A   2      -0.867  -1.323   0.860  1.00  0.50      A    C 
ATOM     14  O   GLY A   2      -1.348  -1.656   1.878  1.00  0.50      A    O 
ATOM     15  N   GLY A   3      -1.093  -1.547  -0.971  1.00  0.50      A    N 
ATOM     16  CA  GLY A   3      -1.486  -2.973  -0.231  1.00  0.50      A    C 
ATOM     17  C   GLY A   3      -0.367  -4.286  -0.156  1.00  0.50      A    C 
ATOM     18  O   GLY A   3       0.348  -4.893   0.544  1.00  0.50      A    O 
ATOM     19  N   GLY A   4      -0.899  -4.083  -1.804  1.00  0.50      A    N 
ATOM     20  CA  GLY A   4      -0.032  -5.488  -1.938  1.00  0.50      A    C 
ATOM     21  C   GLY A   4       1.236  -5.870  -0.835  1.00  0.50      A    C 
ATOM     22  O   GLY A   4       1.545  -6.552   0.066  1.00  0.50      A    O 
ATOM     23  N   GLY A   5       1.999  -4.775  -2.132  1.00  0.50      A    N 
ATOM     24  CA  GLY A   5       2.887  -4.615  -0.745  1.00  0.50      A    C 
ATOM     25  C   GLY A   5       2.657  -3.278   0.320  1.00  0.50      A    C 
ATOM     26  O   GLY A   5       2.220  -2.944   1.357  1.00  0.50      A    O 
ATOM     27  N   HIS A   6       3.395  -2.712  -1.153  1.00  0.50      A    N 
ATOM     28  CA  HIS A   6       3.470  -1.338  -0.235  1.00  0.50      A    C 
ATOM     29  C   HIS A   6       2.365  -1.063   1.063  1.00  0.50      A    C 
ATOM     30  O   HIS A   6       2.249  -1.034   2.230  1.00  0.50      A    O 
ATOM     31  CB  HIS A   6       4.770  -1.663   0.491  1.00  0.50      A    C 
ATOM     32  CG  HIS A   6       5.488  -1.841   1.406  1.00  0.50      A    C 
ATOM     33  CD2 HIS A   6       5.321  -1.799   3.050  1.00  0.50      A    C 
ATOM     34  ND1 HIS A   6       6.208  -2.020   2.312  1.00  0.50      A    N 
ATOM     35  CE1 HIS A   6       3.890  -1.442   1.227  1.00  0.50      A    C 
ATOM     36  NE2 HIS A   6       4.605  -1.620   2.142  1.00  0.50      A    N 
END

Если промасштабировать pdb-файл от Виктории Соколик на коэффициент 1.3, то становится лучше видна структура.

http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126580004.50/0_bc6ea_b044f9d0_orig.gif
В частности бросается в глаза, что некоторые атомы "налезают" друг на друга (показано красными стрелками). Это означает, что модель некорректна...

Длина связей C-N в отличается в несколько раз в одной и той же модели.

3

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype, 2012-05-10

[16:34:27] Дмитрий Кожевников: Посмотреть где? Это который квадратами?
[16:35:57] Дмитрий Кожевников: Специально повторять ошибочные варианты неинтересно! Ты их сам-исторические модели делай. 3 типа из них я помню.
[17:14:31] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь описать эти три типа? А посмотреть модель Виктории можно здесь: http://nanoworld.org.ru/topic/5/page/194/
[17:15:06] Кушелев Александр Юрьевич: Из наших вроде эти относились к промежуточным моделям бензола: http://nanoworld.org.ru/topic/5/page/199/
[17:15:57] Кушелев Александр Юрьевич: Исторические модели восстановить интересно. Ведь главное в научном исследовании не результат, а методика. Методика позволяет получать результаты непрерывно smile
[21:29:52] Дмитрий Кожевников: Нет тех двух, которые мне нравились. Я их могу найти в гараже. Там лежит мешок с мелкими домашними моделями. Из треугольных кольцегоанных приза-лучшая! Ещё была из 6-ти колец, свернутых в браслеты разного диаметра: снаружи-большего радиуса, соединенные сверху и внизу кольцами. Твоя модель с незакрепленными кольцами, радиально из центрального браслета.
[21:32:42] Дмитрий Кожевников: Модели на мой взгляд не хуже, но бритва Оккама. Простая была нами  признана лучшей, хотя остальные тоже дают плоскости из электронов. Проблема в малом различии энергий связи внутри молекулы! Этого ни одна из них не объясняет...
[21:36:03] Кушелев Александр Юрьевич: А ты можешь сделать модель одной из 6 групп каждой модели? Тогда я могу быстро сделать их целиком в 3DS Max
[21:36:25] Кушелев Александр Юрьевич: По одному атому углерода и водорода
[21:36:41] Кушелев Александр Юрьевич: Или нарисовать так, чтобы я понял
[21:41:35] Дмитрий Кожевников: Все не обещаю, а пару-тройку могу. Поищу скоро-фото убедительней рисунка!
[21:42:40] Кушелев Александр Юрьевич: Мне убедительность не нужна. Мне нужно понять, как в пространстве расположены кольца. Достаточно для одного атома углерода и одного водорода
[21:43:14] Кушелев Александр Юрьевич: Достаточно изобразить карандашом в двух проекциях или в программе Paint
[21:46:22] Дмитрий Кожевников: Словами уже написал, а рисовать я плохо умею. Не горело 17 лет, ну ещё немного подождет, пока найду и фото сделаю. Будет и то и другое. А уж что не найду, придется рисовать по памяти...
[21:47:44] Дмитрий Кожевников: Ты лучше старые черно-белые фото Василия сам посмотри-наверняка ты их с ним фотографировал для коллекции!
[21:48:32] Кушелев Александр Юрьевич: Словами я не понял. Нужен рисунок в двух проекциях (вид сверху на бензольное кольцо и сбоку на атом углерода. Бензольное кольцо можно обрисовать окружностью, а кольца-электроны для одного атома углерода. Могу пример показать
[21:55:57] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6306/126580004.50/0_bc6eb_f5a6c6a7_orig.png

4

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

http://img-fotki.yandex.ru/get/6306/126580004.50/0_bc6ed_559986f3_L.jpghttp://img-fotki.yandex.ru/get/6111/126580004.50/0_bc6f7_c37702bd_S.gif
Оригиналы: http://img-fotki.yandex.ru/get/6306/126 … 3_orig.jpg
http://img-fotki.yandex.ru/get/6111/126 … d_orig.gif
Пикотехнологическая модель квазикристалла с пятиричной симметрией (фрагмент)

5

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

http://img-fotki.yandex.ru/get/6300/126580004.50/0_bc6ec_a2a14e1a_L.jpghttp://img-fotki.yandex.ru/get/6304/126580004.50/0_bc6ef_9900f18b_M.gif
Оригиналы: http://img-fotki.yandex.ru/get/6300/126 … a_orig.jpg
http://img-fotki.yandex.ru/get/6304/126 … b_orig.gif

В центре расположена модель предвнешней оболочки марганца, по краям - "гибридизированная" оболочка алюминия.

Напомню, как выглядела модель фрагмента квазикристалла, состоящего из марганца и алюминия в 1990-ом году:

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/pictures/geometry/quazy5_0.jpg
Соедининие марганца с алюминием в структуру с двоично-пятиричной симметрией (ячейка кристалла с пятиричной симметрией)

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/pictures/geometry/quazy5_1.jpg

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/pictures/geometry/quazy5_2.jpg
Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … /index.htm

6

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

http://img-fotki.yandex.ru/get/6308/126580004.50/0_bc6f0_c398558b_M.gifhttp://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126580004.50/0_bc6f1_8a9f3494_M.jpg
Оригиналы: http://img-fotki.yandex.ru/get/6308/126 … b_orig.gif
http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126 … 4_orig.jpg
Фрагмент электронной структуры квазикристалла с пятиричной симметрией.

7

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

А.Ю., тема ПИКОТЕХНОЛОГИЯ (200 стр) весит 555 МБ. Как Вы хотите их получить?

8

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Страница CASP10:
http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi

9

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Новые задачи конкурса:

>T0660 HR3534I, , 108 residues
MYRALYAFRSAEPNALAFAAGETFLVLERSSAHWWLAARARSGETGYVPPAYLRRLQGLE
QDVLQAIDRAIEAVHNTAMRDGGKYSLEQRGVLQKLIHHRKETLSRRG

>T0661 PpR99, , 215 residues
MISILRRGLLVLLAAFPLLALAVQTPHEVVQSTTNELLGDLKANKEQYKSNPNAFYDSLN
RILGPVVDADGISRSIMTVKYSRKATPEQMQRFQENFKRSLMQFYGNALLEYNNQGITVD
PAKADDGKRASVGMKVTGNNGAVYPVQYTLENIGGEWKVRNVIVNGINIGKLFRDQFADA
MQRNGNDLDKTIDGWAGEVAKAKQAADNSPEKSVK

>T0662 PaT415, , 79 residues
MPNDMEDHLLTVLSVASGVPKEEISRDSRMEDLAFDSLVVSELSLKLRKEFGVTGVDDEL
DLLETVDELFQLVEKHRAA

10

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:

А.Ю., тема ПИКОТЕХНОЛОГИЯ (200 стр) весит 555 МБ. Как Вы хотите их получить?

Вы можете заархивировать её в виде одного файла и закачать на яндекс?