1

Тема: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

http://img-fotki.yandex.ru/get/6212/126580004.58/0_bd6e7_80586d01_orig.jpg

Все PDB-файлы, загруженные на сайт nanoworld88 можно скачать здесь: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/index.html

***

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Кушелев: Данная нуклеотидная последовательность позволит увидеть разницу между пикотехнологическими моделями белков Виктории Соколик и Александра Кушелева. Я сейчас тоже построю модель с помощью программы "Пикотехнология" этого белка:

cat gga ggt ggc ggt caс

Кстати, что нам мешает организовать собственный международный конкурс, где известны участники и все их данные?
На наш конкурс смогут зайти потенциальные заказчики PDB-файлов и сами выбрать те PDB-файлы, которые им понравятся, т.е. те, которые они смогут проверить на экспериментальных данных.

Нуклеотидная последовательность первого конкурсного белка: cat gga ggt ggc ggt caс

http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126580004.50/0_bc5c0_1a8a67a8_orig.gif

Композиционный код: 3,2,3,1,3,1

http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126580004.50/0_bc5c1_39b42d78_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126 … 8_orig.gif

Пластмассовая модель белка His_His

http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126580004.50/0_bc5c2_bc255cb9_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126 … 9_orig.gif
Компьютерная модель, построенная с помощью текущей версии программы Пикотехнология (скрипта Савина-Кушелева) не учитывает изменение транспозиционных углов, поэтому хотя цикл замыкается, но во-первых, атомы налезают друг на друга, а во-вторых, радикалы гистидинов не дотягиваются друг до друга. Цикл в реальности слегка развёрнут, как показывает пластмассовая модель. Как Вы уже догадались, речь идёт о циклическом фрагменте белка, который замкнут не через дисульфидный мостик, а через радикалы гистидина. При этом наиболее точной является пластмассовая модель, доработанная вручную.

2

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

647

FT   CDS             1..471
     ATGACAGAGC GCCTGTCGGC TGAGCAGATC AAGGAGTACA AGGGAGTCTT TGAGATGTTC
     GACGAAGAGG GCAACGGGGA GGTGAAGACG GGGGAGCTGG AGTGGCTCAT GAGCCTGCTG
     GGTATCAACC CCACCAAGAG TGAGCTGGCC TCAATGGCCA AGGATGTGGA CAGAGACAAC
     AAAGGGTTCT TCTTCAACTG CGATGGTTTC CTGGCACTAA TGGGAGTTTA CCATGAGAAG
     GCCCAGAACC AGGAGAGCGA GCTGAGGGCG GCATTCCGTG TCTTTGACAA AGAGGGCAAG
     GGCTACATTG ACTGGAACAC ACTCAAGTAC GTGCTAATGA ACGCAGGGGA GCCCCTCAAC
     GAGGTGGAGG CGGAGCAGAT GATGAAGGAG GCCGACAAGG ATGGGGACAG GACCATCGAC
     TATGAGGAGT TTGTGGCCAT GATGACGGGG GAGTCCTTCA AGCTGATCCA G
//

Композиционный код:

1,2,1,1,4,4,3,1,1,1,1,1,1,1,2,1,3,1,1,1,1,3,1,1,1,4,1,4,1,4,
4,1,4,1,1,1,1,1,4,4,3,1,1,1,1,1,3,1,4,1,2,1,1,1,3,4,1,3,1,1,
3,4,1,1,1,1,1,3,3,1,4,2,2,1,2,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,4,
2,1,3,1,3,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,2,1,1,1,4,2,1,1,2,4,1,1,1,1,
1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,1,1,1,1,3,1,1,3,4,1,1,1,4,4,
1,1,1,1,4,1,1

http://img-fotki.yandex.ru/get/6306/126580004.50/0_bc686_4ab8f647_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126580004.50/0_bc6c6_bd6c1cca_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126 … a_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0647.pdb

3

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

651

FT   CDS             1..762
     ATGAAAGACA TTATTATTGC ATCATTTTAT AAGTTCATTC CTCTCAATGA TTTTGAATCA
     CTGAGAGAGC CCATACTCAC TAAAATGCAT GAAATAGGCA TAAAAGGAAC TATCATCCTG
     GCCCATGAGG GCGTCAACGG CGGATTTGCC GGGAATAGAG AACAAATGAA TGTTTTTTAT
     GATTACCTGC GTTCTGATTC GCGCTTTGCC GACCTGCATT TTAAAGAAAC CTATGACAAC
     AAAAACCCTT TTGATAAAGC GAAAGTGAAA CTCCGTAAAG AGATAGTGAC CATGGGCGTC
     CAGAAAGTTG ACCCCTCTTA TAATGCTGGG ACCTATCTAA GCCCTGAGGA ATGGCATCAG
     TTCATTCAAG ATCCTAATGT TATTTTATTA GACACCCGCA ATGATTATGA ATACGAACTG
     GGTACTTTCA AGAATGCAAT TAATCCTGAC ATAGAAAATT TCAGGGAATT TCCCGACTAC
     GTTCAGCGCA ATTTAATTGA TAAAAAGGAC AAGAAAATAG CCATGTTTTG TACTGGCGGA
     ATTCGTTGCG AAAAAACGAC AGCCTATATG AAAGAGCTGG GCTTTGAGCA TGTTTACCAA
     CTTCATGATG GCATTCTAAA TTACCTGGAG TCTATTCCTG AAAGCGAATC ACTTTGGGAA
     GGCAAATGTT TTGTTTTTGA TGACCGCGTT GCAGTGGATC AAAAATTAGA TCGTGTTTAT
     CCACAGTTAC CTCAGGATTA TAAATACGAA AGAGAGCAGA AA
//

Композиционный код:

1,3,1,3,3,3,2,2,3,3,1,1,3,3,1,3,3,3,3,2,4,3,1,1,2,1,3,3,1,3,
3,2,1,2,3,2,3,1,1,4,1,3,1,1,1,1,1,2,3,1,4,3,3,3,3,1,3,3,3,3,
3,1,4,3,3,3,4,1,3,1,1,4,3,3,3,3,1,3,1,1,3,1,3,3,3,3,4,3,4,3,
1,3,3,1,2,4,1,1,1,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,4,1,3,2,1,3,1,3,1,3,1,
1,3,3,3,3,3,3,3,3,3,1,1,1,3,3,3,3,1,3,4,3,3,1,1,3,2,3,3,3,1,
2,3,3,1,1,3,3,1,1,1,3,1,1,3,3,3,3,3,1,1,1,3,2,1,1,3,3,3,1,2,
3,3,1,3,3,4,2,1,3,1,3,1,4,1,3,1,3,3,1,3,3,3,3,1,3,2,3,1,4,1,
3,3,3,3,1,3,2,3,1,3,1,3,3,3,3,3,3,1,1,3,2,4,3,3,3,3,3,3,3,3,
2,1,3,3,1,3,3,3,1,3,3,1,1,3

http://img-fotki.yandex.ru/get/6306/126580004.50/0_bc6be_f1e1697c_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126580004.50/0_bc6cd_b6ec12e8_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126 … 8_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0651.pdb

4

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

652

FT   CDS             1..876
     ATGAGCGACG ACAATTCACA CAGTAGTGAC ACGATAAGCA ACAAGAAGGG ATTTTTCTCC
     CTGTTACTCA GCCAACTTTT CCACGGTGAA CCGAAAAACC GTGACGAACT GCTGGCGCTG
     ATCCGTGATT CCGGGCAGAA CGACCTTATC GACGAAGATA CGCGCGATAT GCTCGAAGGG
     GTGATGGACA TCGCAGACCA ACGCGTCCGC GACATCATGA TCCCCCGCTC CCAGATGATT
     ACCCTGAAAC GCAACCAGAC GCTGGACGAA TGCCTTGATG TCATCATCGA GTCCGCCCAC
     TCACGTTTCC CGGTGATTAG CGAAGACAAA GATCACATTG AAGGGATTCT GATGGCGAAA
     GACTTGCTGC CGTTTATGCG CAGCGATGCT GAAGCCTTCA GCATGGACAA AGTGTTACGT
     CAGGCGGTTG TCGTTCCTGA AAGTAAGCGC GTAGACCGGA TGCTGAAAGA GTTTCGCTCT
     CAGCGTTACC ACATGGCGAT CGTTATTGAC GAATTCGGTG GGGTTTCCGG TCTGGTAACC
     ATTGAAGACA TCCTGGAACT GATTGTTGGT GAGATTGAAG ACGAATATGA CGAAGAAGAT
     GATATCGACT TCCGTCAGCT GAGTCGTCAT ACCTGGACCG TGCGCGCACT GGCTTCCATT
     GAAGACTTCA ACGAAGCGTT CGGCACCCAC TTTAGCGATG AAGAAGTCGA CACTATCGGT
     GGTCTGGTGA TGCAGGCATT TGGGCATCTT CCGGCACGTG GCGAAACCAT CGACATCGAC
     GGTTACCAGT TCAAAGTGGC GATGGCCGAC AGTCGGCGTA TTATTCAGGT TCATGTCAAA
     ATCCCGGATG ACTCACCCCA GCCGAAGCTG GATGAA
//

Композиционный код:

1,1,1,1,3,2,1,3,3,1,4,2,1,1,1,1,2,3,1,1,4,3,1,1,3,3,1,1,3,3,
4,3,1,3,1,3,4,4,4,4,1,3,3,1,4,1,1,1,3,1,1,3,3,4,1,3,1,1,3,4,
4,1,1,1,2,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,4,3,1,1,1,4,4,1,3,
1,3,3,1,1,1,1,1,1,1,2,3,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,3,3,4,3,4,1,4,3,
1,1,4,4,3,1,1,1,3,3,3,1,1,1,1,1,3,4,3,3,1,4,3,1,3,3,3,3,1,1,
2,1,4,1,4,3,1,3,1,3,1,3,1,1,1,4,1,3,3,1,3,1,3,4,3,1,3,4,2,1,
3,3,1,1,4,3,4,3,3,3,1,3,3,1,3,3,1,3,3,3,3,1,1,1,3,1,4,3,3,3,
1,1,1,4,1,2,4,3,1,3,3,1,1,1,3,4,1,1,1,1,3,1,3,3,3,1,1,3,1,3,
3,4,4,1,1,2,3,4,3,3,4,2,3,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,4,4,1,1,1,
3,4,3,3,3,1,3,3,1,3,1,4,3,1,2,1,1,4,1,4,3,3

http://img-fotki.yandex.ru/get/6301/126580004.50/0_bc6bf_5173afdc_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/6301/126580004.50/0_bc6ce_20327581_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6301/126 … 1_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0652.pdb

5

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

653

FT   CDS             1..1242
     ATGAATAAAA TTATAAGTAT AATCGCTTTA TTGCTCATCC TGCCTATTTT TAAAGTGGAA
     GCATACGATT TTGTAATTGA TGAAATTACA TATAATTTCA CAAAAGAACA TGGTACGGTT
     GAAGTGTCTG GGCTTCGAGA ATTTTTAAAT CTCGAACCTG GAGACCGAAA TTCAAGTCTG
     CCTCTTGTGG TGAATATTCC TCCTGTCGTT ACTTATAAGG ATAATAAATA TGACGTTGTT
     AGCATTGGAT ATGCTGCATT TCAAGGGTGT AGAAAAGTTA CTGAAATAAA AATACCATCG
     ACAGTTCGAG AGATTGGAGA ATTTGCTTTT GAAAATTGTT CCAAACTTGA AATTATCAAC
     ATACCTGATT CCGTAAAGAT GATTGGGCGA TGTACTTTTT CTGGTTGTTA CGCTCTGAAA
     TCAATATTAT TACCTCTGAT GCTTAAGAGT ATAGGAGTTG AAGCATTTAA AGGTTGTGAT
     TTTAAAGAAA TAACTATACC GGAGGGGGTA ACCGTAATTG GGGATGAAGC ATTTGCTACA
     TGCGAAAGCC TTGAATATGT ATCGTTGCCT GATAGCATGG AAACTCTTCA TAATGGTTTG
     TTTAGTGGTT GTGGAAAATT GAAATCAATA AAACTTCCAA GAAATTTGAA AATAATAAGG
     GACTATTGTT TTGCTGAATG TATTTTATTG GAAAACATGG AATTTCCAAA TTCATTGTAT
     TATTTAGGAG ATTTTGCGCT ATCTAAGACT GGTGTGAAAA ATATAATAAT TCCAGATTCT
     TTCACAGAAT TAGGGAAATC TGTCTTTTAT GGTTGTACCG ATTTAGAAAG TATTTCAATA
     CAAAATAATA AGTTGAGGAT AGGTGGATCA TTATTTTATA ATTGTAGCGG TCTAAAGAAA
     GTTATATATG GGAGTGTCAT AGTTCCTGAA AAAACATTTT ATGGATGTTC GTCCTTGACC
     GAGGTGAAGT TATTAGATTC AGTAAAGTTT ATTGGAGAAG AAGCGTTTGA ATCATGCACA
     TCACTTGTAT CAATTGATTT ACCGTATTTA GTAGAGGAAA TTGGGAAACG AAGTTTTAGA
     GGATGTACCT CATTAAGTAA TATAAATTTT CCTTTGTCTT TAAGGAAAAT TGGGGCAAAT
     GCCTTTCAAG GATGTATAAA TCTCAAAAAG GTAGAATTGC CTAAAAGGCT GGAACAGTAT
     AGGTACGATT TTGAAGATAC TACAAAATTT AAGTGGATTA AA
//

Композиционный код:

1,3,3,3,2,3,2,1,3,3,1,1,1,4,3,3,3,3,4,3,2,1,3,3,2,3,3,3,3,2,
3,3,1,2,3,3,3,3,4,3,3,4,3,4,3,2,3,3,3,3,1,3,3,2,1,2,3,2,3,4,
3,3,4,4,3,3,3,3,1,3,3,3,1,3,3,3,3,1,3,3,1,3,2,3,3,2,3,3,4,3,
3,3,3,3,3,2,3,2,2,4,2,3,2,1,3,2,3,3,3,3,3,3,3,1,3,3,3,3,1,1,
2,3,3,1,2,1,1,3,4,2,3,3,3,3,3,3,1,3,4,3,2,2,3,3,3,4,1,3,1,3,
2,2,3,3,2,3,3,3,3,3,3,3,3,2,3,2,4,1,4,2,1,2,3,4,3,3,2,3,3,2,
1,3,1,3,3,3,2,4,1,3,3,1,1,3,3,3,3,3,3,1,3,3,3,3,2,3,1,3,2,2,
3,3,2,3,3,1,3,2,2,1,1,3,3,3,3,3,3,3,3,1,3,1,1,3,3,2,3,2,1,3,
3,3,2,3,3,4,2,3,1,3,3,4,3,3,2,2,3,2,3,3,1,2,3,3,4,3,3,1,3,3,
3,3,1,3,3,3,3,3,2,2,3,3,3,1,1,1,2,3,2,2,3,3,3,3,3,1,3,2,1,3,
3,2,3,4,3,1,2,3,3,3,3,2,3,3,2,3,4,1,1,1,1,4,1,3,3,3,2,2,1,3,
3,2,3,3,4,3,3,2,1,2,2,3,2,2,3,3,3,4,3,3,2,1,3,3,4,3,2,3,3,3,
2,3,1,2,3,3,3,2,3,3,3,1,3,3,1,3,3,4,2,3,1,3,3,2,3,2,3,1,3,1,
2,3,1,3,3,1,4,3,1,3,1,1,3,3,3,3,3,2,3,3,1,1,3,3

http://img-fotki.yandex.ru/get/6304/126580004.50/0_bc6c0_a8bfa4de_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/6301/126580004.50/0_bc6cf_c5b44cb5_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6301/126 … 5_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0653.pdb

6

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

654

FT   CDS             1..498
     ATGAAGGTAA GAGCTTATGT TCTCATCGCA TCGGTAGCGT TATTAGGAAT GTCTGCCGGT
     TCGAAAAAGG CGAAACTTAC CGAGGGTGTG AACCCCGGTG ATCTAGCTCC GAGAATAGAG
     TTTTTGGGAA ACGACGCTAA AGCCAGTTTC CACAACCAAT TAGGACGTTA TACATTGCTC
     AACTTTTGGG CGGCTTACGA TGCGGAATCG CGGGCTCGTA ACGTGCAATT GGCGAATGAG
     GTTAACAAGT TTGGTCCGGA CAAAATTGCG ATGTGTTCGA TCTCTATGGA TGAGAAAGAA
     TCTATTTTTA CCGAGACGGT AAAGATTGAC AAGTTGGATC TGTCAACGCA ATTTCACGAA
     GGACTGGGTA AAGAGTCAGA GTTGTACAAG AAGTATGATT TAAGAAAAGG TTTCAAGAAC
     TTCTTGATTA ACGACGAAGG AGTGATAATC GCCGCCAACG TCACCCCGGA AAAACTGACC
     GAGATTCTGA AAGCAATT
//

Композиционный код:

1,1,2,3,3,3,3,1,1,2,4,2,4,3,3,2,1,3,1,3,4,3,1,4,3,3,1,1,3,4,
1,1,3,3,2,3,4,3,2,1,3,1,2,1,1,3,3,1,3,1,1,1,3,3,2,3,3,2,1,1,
1,3,1,4,3,1,3,4,3,4,4,3,3,1,4,3,1,4,3,1,3,1,1,3,3,4,1,3,3,4,
1,3,4,1,3,1,3,1,3,3,3,3,3,1,1,4,2,1,3,1,1,1,3,4,2,4,3,3,1,3,
2,4,3,3,1,2,1,1,1,1,1,3,3,3,3,3,3,1,1,1,1,1,3,1,1,3,2,4,2,1,
1,1,1,1,1,4,3,3,4,1,1,3,4,3,2,3

http://img-fotki.yandex.ru/get/6306/126580004.50/0_bc6c1_e2fa71c1_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/6304/126580004.50/0_bc6d0_bdb7e727_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6304/126 … 7_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0654.pdb

7

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

655

FT   CDS             1..546
     ATGGCGTCAG GTCAGGCGAC GGAGCGTGCC CTCGGCCGGC GCACCATCCC GGCCGGCGAG
     GCCCGCAGCA TCATCATCCG GCAACGGTAC GACGCGCCCG TCGACGAGGT CTGGAGCGCC
     TGCACCGACC CGAACCGCAT CAACCGCTGG TTCATCGAGC CCAAGGGCGA CCTCCGCGAG
     GGTGGCAACT TCGCCCTGCA GGGCAACGCC AGCGGCGACA TCCTGCGCTG CGAGCCACCG
     CGCCGGCTCA CCATCAGCTG GGTGTACGAG GGCAAGCCGG ACAGCGAGGT GGAGCTGCGG
     CTGAGCGAGG AGGGCGACGG CACCCTGCTG GAGCTGGAGC ACGCCACGAC CTCGGAGCAG
     ATGCTCGTGG AGGTCGGCGT CGGCTGGGAG ATGGCGCTCG ACTTCCTCGG TATGTTCATC
     CGGGGCGACC TGCCGGGCGG CCCGGTCCCG GAGGACGCGG CCGAGGAGTT CGAGCCGAGC
     CCCGAGATGA TGCGGATCTC GCAGGAGCGC GGCGAGGCCT GGGCCGCGCT GGTCCACTCC
     GGCTCG
//

Композиционный код:

1,4,2,3,1,4,4,1,3,1,1,1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,4,1,
1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
3,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,2,4,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,
1,1,4,1,1,1,4,1,4,4,4,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,4,1,1,1,4,1,4,1,1,
1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,4,1,1,4,4,1,1,4,1,4,
1,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,1,1,
1,4

http://img-fotki.yandex.ru/get/6300/126580004.50/0_bc6c2_25b45b5a_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126580004.50/0_bc6d1_982a9066_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126 … 6_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0655.pdb

8

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

656

FT   CDS             1..438
     ATGGTTAATA TAAATCACCG AATTGGTATT AAGGCTTCAC CTGAAAAAAT ATATCAAGCA
     TTGACTACAG ATGATGGACT AAAAAAATGG TGGACTAACG ATATATCTGG AGCAGGAGTT
     GTGGGCTCAA CGATTAAGTT TCGTTTTAAC GGTGGAGGTC CCGATTTTAA GGTTACAAAA
     CTCATTCCAA ATAAAACTGT ATGTTGGCAA CATGCTGGGA ATATGCCCGA ATCATGGATG
     GGTACAGAGA TTTCATTTCA GTTAGAAACT GTAGAGAATC AAACATTTGT AAGGTTTACT
     CATTCTAACT GGCATGAAAC AACTGATTTT ATGGCTCATT GTAATACTAA ATGGGCAGTA
     TTCTTACTTA GCCTCAAGGA TGCGCTTGAA ATTGGTAAGG GAACCCCCTT TCCAAATGAT
     ATACAAATTG ATCATTCT
//

Композиционный код:

1,3,3,2,3,1,2,3,3,3,1,3,2,3,3,3,2,3,3,2,1,3,2,3,3,2,2,3,3,1,
1,3,1,3,2,3,2,2,2,3,4,1,2,4,3,1,3,3,3,1,3,2,3,1,3,3,1,3,2,3,
1,3,2,3,3,3,2,3,1,3,3,3,4,3,1,1,3,2,1,1,3,2,1,3,2,3,1,3,3,3,
2,1,3,3,2,3,2,1,3,3,3,3,1,1,3,3,2,3,3,3,1,3,3,3,3,3,3,1,2,2,
1,3,3,1,1,1,3,4,3,3,3,3,1,2,1,1,3,2,3,3,2,3,3,3,3,3

http://img-fotki.yandex.ru/get/6304/126580004.50/0_bc6c3_6656ed65_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/6302/126580004.50/0_bc6d2_1a12def8_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6302/126 … 8_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0656.pdb

9

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

657

FT   CDS             1..462
     ATGAATTTTA ACACTATTTT GGAGGAGATT CTTATTAAGA GGTCACAGCA GAAAAAGAAG
     ACATCGCCCT TAAACTACAA AGAGAGACTT TTTGTACTTA CAAAGTCCAT GCTAACCTAC
     TATGAGGGTC GAGCAGAGAA GAAATACAGA AAGGGGTTTA TTGATGTTTC AAAAATCAAG
     TGTGTGGAAA TAGTGAAGAA TGATGATGGT GTCATTCCCT GTCAAAATAA GTATCCATTT
     CAGGTTGTTC ATGATGCTAA CACACTTTAC ATTTTTGCAC CTAGTCCACA AAGCAGGGAC
     CTGTGGGTGA AGAAGTTAAA AGAAGAAATA AAGAACAACA ATAATATTAT GATTAAATAT
     CATCCTAAAT TCTGGACAGA TGGAAGTTAT CAGTGTTGTA GACAAACTGA AAAATTAGCA
     CCCGGATGTG AAAAATACAA TCTTTTTGAG AGCAGTATAA GA
//

Композиционный код:

1,3,3,1,3,3,1,1,1,3,3,3,1,1,2,1,1,3,1,1,2,4,1,3,1,1,3,1,3,3,
3,2,3,2,1,1,1,2,1,1,3,1,3,2,2,1,1,3,1,3,1,4,3,3,3,3,2,3,1,1,
3,4,3,2,4,1,3,3,3,3,1,3,1,3,3,3,1,3,2,3,1,3,3,3,3,3,1,2,3,1,
3,3,2,3,3,2,3,1,1,1,4,1,4,1,1,3,3,3,3,2,1,1,1,3,3,3,1,3,3,3,
3,3,3,1,1,2,3,2,3,3,1,3,3,3,3,3,3,3,3,2,1,2,3,3,3,1,3,3,3,1,
1,3,2,3

http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126580004.50/0_bc6c4_18f44e26_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/6308/126580004.50/0_bc6d3_9aa83064_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6308/126 … 4_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0657.pdb

10

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:

На самом деле последовательность глицинов в этом белке реализует поворот 2-го типа (т.е. структура есть, но отличная от Вашей). Именно такой поворот кодируется чередованием ротамеров пептидных связей LRL, которые детерминированы последовательностью кодонов: ggt ggc ggt.
PDB файл:
ATOM      1  N   HIS A   1       1.213   0.613  -0.734  1.00 00.000           N
ATOM      2  CA  HIS A   1       1.001   1.708  -1.677  1.00 00.000           C
ATOM      3  C   HIS A   1      -0.488   1.997  -1.773  1.00 00.000           C
ATOM      4  O   HIS A   1      -1.562   2.616  -1.716  1.00 00.000           O
ATOM      5  CB  HIS A   1       1.513   1.289  -3.045  1.00 00.000           C
ATOM      6  CG  HIS A   1       2.683   2.109  -3.515  1.00 00.000           C
ATOM      7  CD2 HIS A   1       4.016   1.867  -3.209  1.00 00.000           C
ATOM      8  ND1 HIS A   1       2.542   3.241  -4.315  1.00 00.000           N
ATOM      9  CE1 HIS A   1       3.831   3.607  -4.427  1.00 00.000           C
ATOM     10  NE2 HIS A   1       4.771   2.844  -3.805  1.00 00.000           N
ATOM     11  N   GLY A   2       0.373   1.004  -1.970  1.00 00.000           N
ATOM     12  CA  GLY A   2      -0.751   0.161  -2.368  1.00 00.000           C
ATOM     13  C   GLY A   2      -0.535  -0.310  -3.797  1.00 00.000           C
ATOM     14  O   GLY A   2      -0.379  -1.074  -4.762  1.00 00.000           O
ATOM     15  N   GLY A   3      -0.661   0.817  -3.102  1.00 00.000           N
ATOM     16  CA  GLY A   3      -0.500   1.557  -4.350  1.00 00.000           C
ATOM     17  C   GLY A   3       0.721   2.456  -4.237  1.00 00.000           C
ATOM     18  O   GLY A   3       1.832   2.950  -4.482  1.00 00.000           O
ATOM     19  N   GLY A   4      -0.451   2.248  -3.644  1.00 00.000           N
ATOM     20  CA  GLY A   4      -0.128   3.326  -2.715  1.00 00.000           C
ATOM     21  C   GLY A   4       1.240   3.888  -3.065  1.00 00.000           C
ATOM     22  O   GLY A   4       2.116   4.701  -3.397  1.00 00.000           O
ATOM     23  N   GLY A   5       0.669   2.743  -2.704  1.00 00.000           N
ATOM     24  CA  GLY A   5       1.986   2.114  -2.765  1.00 00.000           C
ATOM     25  C   GLY A   5       1.951   0.990  -3.788  1.00 00.000           C
ATOM     26  O   GLY A   5       2.230   0.320  -4.793  1.00 00.000           O
ATOM     27  N   HIS A   6       1.356   1.360  -2.657  1.00 00.000           N
ATOM     28  CA  HIS A   6       0.541   0.152  -2.738  1.00 00.000           C
ATOM     29  C   HIS A   6       0.929  -0.625  -3.985  1.00 00.000           C
ATOM     30  O   HIS A   6       1.331  -1.553  -4.703  1.00 00.000           O
ATOM     31  CB  HIS A   6      -0.923   0.549  -2.837  1.00 00.000           C
ATOM     32  CG  HIS A   6      -1.736   0.114  -1.648  1.00 00.000           C
ATOM     33  CD2 HIS A   6      -1.874   0.819  -0.460  1.00 00.000           C
ATOM     34  ND1 HIS A   6      -2.438  -1.089  -1.611  1.00 00.000           N
ATOM     35  CE1 HIS A   6      -2.954  -1.017  -0.371  1.00 00.000           C
ATOM     36  NE2 HIS A   6      -2.672   0.084   0.379  1.00 00.000           N
ATOM     37  OXT HIS A   6       0.439   0.612  -3.617  1.00 00.000           O
TER
END

http://img-fotki.yandex.ru/get/6307/126580004.50/0_bc6e6_f15818b3_M.gif
Кушелев: Вариант Виктории Соколик в программе RasTop

http://img-fotki.yandex.ru/get/6308/126580004.50/0_bc6e5_76e67354_M.gif
Мой вариант в программе RasTop

Мой вариант PDB-файла:


ATOM      1  N   HIS A   1       4.119   0.010  -1.341  1.00  0.50      A    N 
ATOM      2  CA  HIS A   1       2.662  -0.012  -2.123  1.00  0.50      A    C 
ATOM      3  C   HIS A   1       1.273   0.768  -1.460  1.00  0.50      A    C 
ATOM      4  O   HIS A   1       0.554   1.691  -1.562  1.00  0.50      A    O 
ATOM      5  CB  HIS A   1       3.048   0.906  -3.278  1.00  0.50      A    C 
ATOM      6  CG  HIS A   1       2.973   1.831  -4.000  1.00  0.50      A    C 
ATOM      7  CD2 HIS A   1       1.962   3.130  -4.139  1.00  0.50      A    C 
ATOM      8  ND1 HIS A   1       2.909   2.751  -4.723  1.00  0.50      A    N 
ATOM      9  CE1 HIS A   1       2.105   1.285  -2.700  1.00  0.50      A    C 
ATOM     10  NE2 HIS A   1       2.032   2.210  -3.420  1.00  0.50      A    N 
ATOM     11  N   GLY A   2       1.698  -0.614  -0.403  1.00  0.50      A    N 
ATOM     12  CA  GLY A   2       0.187  -0.180   0.109  1.00  0.50      A    C 
ATOM     13  C   GLY A   2      -0.867  -1.323   0.860  1.00  0.50      A    C 
ATOM     14  O   GLY A   2      -1.348  -1.656   1.878  1.00  0.50      A    O 
ATOM     15  N   GLY A   3      -1.093  -1.547  -0.971  1.00  0.50      A    N 
ATOM     16  CA  GLY A   3      -1.486  -2.973  -0.231  1.00  0.50      A    C 
ATOM     17  C   GLY A   3      -0.367  -4.286  -0.156  1.00  0.50      A    C 
ATOM     18  O   GLY A   3       0.348  -4.893   0.544  1.00  0.50      A    O 
ATOM     19  N   GLY A   4      -0.899  -4.083  -1.804  1.00  0.50      A    N 
ATOM     20  CA  GLY A   4      -0.032  -5.488  -1.938  1.00  0.50      A    C 
ATOM     21  C   GLY A   4       1.236  -5.870  -0.835  1.00  0.50      A    C 
ATOM     22  O   GLY A   4       1.545  -6.552   0.066  1.00  0.50      A    O 
ATOM     23  N   GLY A   5       1.999  -4.775  -2.132  1.00  0.50      A    N 
ATOM     24  CA  GLY A   5       2.887  -4.615  -0.745  1.00  0.50      A    C 
ATOM     25  C   GLY A   5       2.657  -3.278   0.320  1.00  0.50      A    C 
ATOM     26  O   GLY A   5       2.220  -2.944   1.357  1.00  0.50      A    O 
ATOM     27  N   HIS A   6       3.395  -2.712  -1.153  1.00  0.50      A    N 
ATOM     28  CA  HIS A   6       3.470  -1.338  -0.235  1.00  0.50      A    C 
ATOM     29  C   HIS A   6       2.365  -1.063   1.063  1.00  0.50      A    C 
ATOM     30  O   HIS A   6       2.249  -1.034   2.230  1.00  0.50      A    O 
ATOM     31  CB  HIS A   6       4.770  -1.663   0.491  1.00  0.50      A    C 
ATOM     32  CG  HIS A   6       5.488  -1.841   1.406  1.00  0.50      A    C 
ATOM     33  CD2 HIS A   6       5.321  -1.799   3.050  1.00  0.50      A    C 
ATOM     34  ND1 HIS A   6       6.208  -2.020   2.312  1.00  0.50      A    N 
ATOM     35  CE1 HIS A   6       3.890  -1.442   1.227  1.00  0.50      A    C 
ATOM     36  NE2 HIS A   6       4.605  -1.620   2.142  1.00  0.50      A    N 
END

Если промасштабировать pdb-файл от Виктории Соколик на коэффициент 1.3, то становится лучше видна структура.

http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126580004.50/0_bc6ea_b044f9d0_orig.gif
В частности бросается в глаза, что некоторые атомы "налезают" друг на друга (показано красными стрелками). Это означает, что модель некорректна...

Длина связей C-N в отличается в несколько раз в одной и той же модели.