Тема: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"
Все PDB-файлы, загруженные на сайт nanoworld88 можно скачать здесь: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/index.html
***
Пикотехнология белков, ДНК, РНК
Кушелев: Данная нуклеотидная последовательность позволит увидеть разницу между пикотехнологическими моделями белков Виктории Соколик и Александра Кушелева. Я сейчас тоже построю модель с помощью программы "Пикотехнология" этого белка:
cat gga ggt ggc ggt caс
Кстати, что нам мешает организовать собственный международный конкурс, где известны участники и все их данные?
На наш конкурс смогут зайти потенциальные заказчики PDB-файлов и сами выбрать те PDB-файлы, которые им понравятся, т.е. те, которые они смогут проверить на экспериментальных данных.
Нуклеотидная последовательность первого конкурсного белка: cat gga ggt ggc ggt caс
Композиционный код: 3,2,3,1,3,1
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126 … 8_orig.gif
Пластмассовая модель белка His_His
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126 … 9_orig.gif
Компьютерная модель, построенная с помощью текущей версии программы Пикотехнология (скрипта Савина-Кушелева) не учитывает изменение транспозиционных углов, поэтому хотя цикл замыкается, но во-первых, атомы налезают друг на друга, а во-вторых, радикалы гистидинов не дотягиваются друг до друга. Цикл в реальности слегка развёрнут, как показывает пластмассовая модель. Как Вы уже догадались, речь идёт о циклическом фрагменте белка, который замкнут не через дисульфидный мостик, а через радикалы гистидина. При этом наиболее точной является пластмассовая модель, доработанная вручную.