Хотите участвовать в обсуждениях?

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Тема: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

Все PDB-файлы, загруженные на сайт nanoworld88 можно скачать здесь: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/index.html

***

Кушелев: Данная нуклеотидная последовательность позволит увидеть разницу между пикотехнологическими моделями белков Виктории Соколик и Александра Кушелева. Я сейчас тоже построю модель с помощью программы "Пикотехнология" этого белка:

cat gga ggt ggc ggt caс

Кстати, что нам мешает организовать собственный международный конкурс, где известны участники и все их данные?
На наш конкурс смогут зайти потенциальные заказчики PDB-файлов и сами выбрать те PDB-файлы, которые им понравятся, т.е. те, которые они смогут проверить на экспериментальных данных.

Нуклеотидная последовательность первого конкурсного белка: cat gga ggt ggc ggt caс

Композиционный код: 3,2,3,1,3,1

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126 … 8_orig.gif

Пластмассовая модель белка His_His

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126 … 9_orig.gif
Компьютерная модель, построенная с помощью текущей версии программы Пикотехнология (скрипта Савина-Кушелева) не учитывает изменение транспозиционных углов, поэтому хотя цикл замыкается, но во-первых, атомы налезают друг на друга, а во-вторых, радикалы гистидинов не дотягиваются друг до друга. Цикл в реальности слегка развёрнут, как показывает пластмассовая модель. Как Вы уже догадались, речь идёт о циклическом фрагменте белка, который замкнут не через дисульфидный мостик, а через радикалы гистидина. При этом наиболее точной является пластмассовая модель, доработанная вручную.

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

647

FT CDS 1..471
ATGACAGAGC GCCTGTCGGC TGAGCAGATC AAGGAGTACA AGGGAGTCTT TGAGATGTTC
GACGAAGAGG GCAACGGGGA GGTGAAGACG GGGGAGCTGG AGTGGCTCAT GAGCCTGCTG
GGTATCAACC CCACCAAGAG TGAGCTGGCC TCAATGGCCA AGGATGTGGA CAGAGACAAC
AAAGGGTTCT TCTTCAACTG CGATGGTTTC CTGGCACTAA TGGGAGTTTA CCATGAGAAG
GCCCAGAACC AGGAGAGCGA GCTGAGGGCG GCATTCCGTG TCTTTGACAA AGAGGGCAAG
GGCTACATTG ACTGGAACAC ACTCAAGTAC GTGCTAATGA ACGCAGGGGA GCCCCTCAAC
GAGGTGGAGG CGGAGCAGAT GATGAAGGAG GCCGACAAGG ATGGGGACAG GACCATCGAC
TATGAGGAGT TTGTGGCCAT GATGACGGGG GAGTCCTTCA AGCTGATCCA G
//

Композиционный код:

1,2,1,1,4,4,3,1,1,1,1,1,1,1,2,1,3,1,1,1,1,3,1,1,1,4,1,4,1,4,
4,1,4,1,1,1,1,1,4,4,3,1,1,1,1,1,3,1,4,1,2,1,1,1,3,4,1,3,1,1,
3,4,1,1,1,1,1,3,3,1,4,2,2,1,2,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,4,
2,1,3,1,3,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,2,1,1,1,4,2,1,1,2,4,1,1,1,1,
1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,1,1,1,1,3,1,1,3,4,1,1,1,4,4,
1,1,1,1,4,1,1

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126 … a_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0647.pdb

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

651

FT CDS 1..762
ATGAAAGACA TTATTATTGC ATCATTTTAT AAGTTCATTC CTCTCAATGA TTTTGAATCA
CTGAGAGAGC CCATACTCAC TAAAATGCAT GAAATAGGCA TAAAAGGAAC TATCATCCTG
GCCCATGAGG GCGTCAACGG CGGATTTGCC GGGAATAGAG AACAAATGAA TGTTTTTTAT
GATTACCTGC GTTCTGATTC GCGCTTTGCC GACCTGCATT TTAAAGAAAC CTATGACAAC
AAAAACCCTT TTGATAAAGC GAAAGTGAAA CTCCGTAAAG AGATAGTGAC CATGGGCGTC
CAGAAAGTTG ACCCCTCTTA TAATGCTGGG ACCTATCTAA GCCCTGAGGA ATGGCATCAG
TTCATTCAAG ATCCTAATGT TATTTTATTA GACACCCGCA ATGATTATGA ATACGAACTG
GGTACTTTCA AGAATGCAAT TAATCCTGAC ATAGAAAATT TCAGGGAATT TCCCGACTAC
GTTCAGCGCA ATTTAATTGA TAAAAAGGAC AAGAAAATAG CCATGTTTTG TACTGGCGGA
ATTCGTTGCG AAAAAACGAC AGCCTATATG AAAGAGCTGG GCTTTGAGCA TGTTTACCAA
CTTCATGATG GCATTCTAAA TTACCTGGAG TCTATTCCTG AAAGCGAATC ACTTTGGGAA
GGCAAATGTT TTGTTTTTGA TGACCGCGTT GCAGTGGATC AAAAATTAGA TCGTGTTTAT
CCACAGTTAC CTCAGGATTA TAAATACGAA AGAGAGCAGA AA
//

Композиционный код:

1,3,1,3,3,3,2,2,3,3,1,1,3,3,1,3,3,3,3,2,4,3,1,1,2,1,3,3,1,3,
3,2,1,2,3,2,3,1,1,4,1,3,1,1,1,1,1,2,3,1,4,3,3,3,3,1,3,3,3,3,
3,1,4,3,3,3,4,1,3,1,1,4,3,3,3,3,1,3,1,1,3,1,3,3,3,3,4,3,4,3,
1,3,3,1,2,4,1,1,1,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,4,1,3,2,1,3,1,3,1,3,1,
1,3,3,3,3,3,3,3,3,3,1,1,1,3,3,3,3,1,3,4,3,3,1,1,3,2,3,3,3,1,
2,3,3,1,1,3,3,1,1,1,3,1,1,3,3,3,3,3,1,1,1,3,2,1,1,3,3,3,1,2,
3,3,1,3,3,4,2,1,3,1,3,1,4,1,3,1,3,3,1,3,3,3,3,1,3,2,3,1,4,1,
3,3,3,3,1,3,2,3,1,3,1,3,3,3,3,3,3,1,1,3,2,4,3,3,3,3,3,3,3,3,
2,1,3,3,1,3,3,3,1,3,3,1,1,3

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126 … 8_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0651.pdb

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

652

FT CDS 1..876
ATGAGCGACG ACAATTCACA CAGTAGTGAC ACGATAAGCA ACAAGAAGGG ATTTTTCTCC
CTGTTACTCA GCCAACTTTT CCACGGTGAA CCGAAAAACC GTGACGAACT GCTGGCGCTG
ATCCGTGATT CCGGGCAGAA CGACCTTATC GACGAAGATA CGCGCGATAT GCTCGAAGGG
GTGATGGACA TCGCAGACCA ACGCGTCCGC GACATCATGA TCCCCCGCTC CCAGATGATT
ACCCTGAAAC GCAACCAGAC GCTGGACGAA TGCCTTGATG TCATCATCGA GTCCGCCCAC
TCACGTTTCC CGGTGATTAG CGAAGACAAA GATCACATTG AAGGGATTCT GATGGCGAAA
GACTTGCTGC CGTTTATGCG CAGCGATGCT GAAGCCTTCA GCATGGACAA AGTGTTACGT
CAGGCGGTTG TCGTTCCTGA AAGTAAGCGC GTAGACCGGA TGCTGAAAGA GTTTCGCTCT
CAGCGTTACC ACATGGCGAT CGTTATTGAC GAATTCGGTG GGGTTTCCGG TCTGGTAACC
ATTGAAGACA TCCTGGAACT GATTGTTGGT GAGATTGAAG ACGAATATGA CGAAGAAGAT
GATATCGACT TCCGTCAGCT GAGTCGTCAT ACCTGGACCG TGCGCGCACT GGCTTCCATT
GAAGACTTCA ACGAAGCGTT CGGCACCCAC TTTAGCGATG AAGAAGTCGA CACTATCGGT
GGTCTGGTGA TGCAGGCATT TGGGCATCTT CCGGCACGTG GCGAAACCAT CGACATCGAC
GGTTACCAGT TCAAAGTGGC GATGGCCGAC AGTCGGCGTA TTATTCAGGT TCATGTCAAA
ATCCCGGATG ACTCACCCCA GCCGAAGCTG GATGAA
//

Композиционный код:

1,1,1,1,3,2,1,3,3,1,4,2,1,1,1,1,2,3,1,1,4,3,1,1,3,3,1,1,3,3,
4,3,1,3,1,3,4,4,4,4,1,3,3,1,4,1,1,1,3,1,1,3,3,4,1,3,1,1,3,4,
4,1,1,1,2,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,4,3,1,1,1,4,4,1,3,
1,3,3,1,1,1,1,1,1,1,2,3,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,3,3,4,3,4,1,4,3,
1,1,4,4,3,1,1,1,3,3,3,1,1,1,1,1,3,4,3,3,1,4,3,1,3,3,3,3,1,1,
2,1,4,1,4,3,1,3,1,3,1,3,1,1,1,4,1,3,3,1,3,1,3,4,3,1,3,4,2,1,
3,3,1,1,4,3,4,3,3,3,1,3,3,1,3,3,1,3,3,3,3,1,1,1,3,1,4,3,3,3,
1,1,1,4,1,2,4,3,1,3,3,1,1,1,3,4,1,1,1,1,3,1,3,3,3,1,1,3,1,3,
3,4,4,1,1,2,3,4,3,3,4,2,3,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,4,4,1,1,1,
3,4,3,3,3,1,3,3,1,3,1,4,3,1,2,1,1,4,1,4,3,3

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6301/126 … 1_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0652.pdb

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

653

FT CDS 1..1242
ATGAATAAAA TTATAAGTAT AATCGCTTTA TTGCTCATCC TGCCTATTTT TAAAGTGGAA
GCATACGATT TTGTAATTGA TGAAATTACA TATAATTTCA CAAAAGAACA TGGTACGGTT
GAAGTGTCTG GGCTTCGAGA ATTTTTAAAT CTCGAACCTG GAGACCGAAA TTCAAGTCTG
CCTCTTGTGG TGAATATTCC TCCTGTCGTT ACTTATAAGG ATAATAAATA TGACGTTGTT
AGCATTGGAT ATGCTGCATT TCAAGGGTGT AGAAAAGTTA CTGAAATAAA AATACCATCG
ACAGTTCGAG AGATTGGAGA ATTTGCTTTT GAAAATTGTT CCAAACTTGA AATTATCAAC
ATACCTGATT CCGTAAAGAT GATTGGGCGA TGTACTTTTT CTGGTTGTTA CGCTCTGAAA
TCAATATTAT TACCTCTGAT GCTTAAGAGT ATAGGAGTTG AAGCATTTAA AGGTTGTGAT
TTTAAAGAAA TAACTATACC GGAGGGGGTA ACCGTAATTG GGGATGAAGC ATTTGCTACA
TGCGAAAGCC TTGAATATGT ATCGTTGCCT GATAGCATGG AAACTCTTCA TAATGGTTTG
TTTAGTGGTT GTGGAAAATT GAAATCAATA AAACTTCCAA GAAATTTGAA AATAATAAGG
GACTATTGTT TTGCTGAATG TATTTTATTG GAAAACATGG AATTTCCAAA TTCATTGTAT
TATTTAGGAG ATTTTGCGCT ATCTAAGACT GGTGTGAAAA ATATAATAAT TCCAGATTCT
TTCACAGAAT TAGGGAAATC TGTCTTTTAT GGTTGTACCG ATTTAGAAAG TATTTCAATA
CAAAATAATA AGTTGAGGAT AGGTGGATCA TTATTTTATA ATTGTAGCGG TCTAAAGAAA
GTTATATATG GGAGTGTCAT AGTTCCTGAA AAAACATTTT ATGGATGTTC GTCCTTGACC
GAGGTGAAGT TATTAGATTC AGTAAAGTTT ATTGGAGAAG AAGCGTTTGA ATCATGCACA
TCACTTGTAT CAATTGATTT ACCGTATTTA GTAGAGGAAA TTGGGAAACG AAGTTTTAGA
GGATGTACCT CATTAAGTAA TATAAATTTT CCTTTGTCTT TAAGGAAAAT TGGGGCAAAT
GCCTTTCAAG GATGTATAAA TCTCAAAAAG GTAGAATTGC CTAAAAGGCT GGAACAGTAT
AGGTACGATT TTGAAGATAC TACAAAATTT AAGTGGATTA AA
//

Композиционный код:

1,3,3,3,2,3,2,1,3,3,1,1,1,4,3,3,3,3,4,3,2,1,3,3,2,3,3,3,3,2,
3,3,1,2,3,3,3,3,4,3,3,4,3,4,3,2,3,3,3,3,1,3,3,2,1,2,3,2,3,4,
3,3,4,4,3,3,3,3,1,3,3,3,1,3,3,3,3,1,3,3,1,3,2,3,3,2,3,3,4,3,
3,3,3,3,3,2,3,2,2,4,2,3,2,1,3,2,3,3,3,3,3,3,3,1,3,3,3,3,1,1,
2,3,3,1,2,1,1,3,4,2,3,3,3,3,3,3,1,3,4,3,2,2,3,3,3,4,1,3,1,3,
2,2,3,3,2,3,3,3,3,3,3,3,3,2,3,2,4,1,4,2,1,2,3,4,3,3,2,3,3,2,
1,3,1,3,3,3,2,4,1,3,3,1,1,3,3,3,3,3,3,1,3,3,3,3,2,3,1,3,2,2,
3,3,2,3,3,1,3,2,2,1,1,3,3,3,3,3,3,3,3,1,3,1,1,3,3,2,3,2,1,3,
3,3,2,3,3,4,2,3,1,3,3,4,3,3,2,2,3,2,3,3,1,2,3,3,4,3,3,1,3,3,
3,3,1,3,3,3,3,3,2,2,3,3,3,1,1,1,2,3,2,2,3,3,3,3,3,1,3,2,1,3,
3,2,3,4,3,1,2,3,3,3,3,2,3,3,2,3,4,1,1,1,1,4,1,3,3,3,2,2,1,3,
3,2,3,3,4,3,3,2,1,2,2,3,2,2,3,3,3,4,3,3,2,1,3,3,4,3,2,3,3,3,
2,3,1,2,3,3,3,2,3,3,3,1,3,3,1,3,3,4,2,3,1,3,3,2,3,2,3,1,3,1,
2,3,1,3,3,1,4,3,1,3,1,1,3,3,3,3,3,2,3,3,1,1,3,3

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6301/126 … 5_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0653.pdb

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

654

FT CDS 1..498
ATGAAGGTAA GAGCTTATGT TCTCATCGCA TCGGTAGCGT TATTAGGAAT GTCTGCCGGT
TCGAAAAAGG CGAAACTTAC CGAGGGTGTG AACCCCGGTG ATCTAGCTCC GAGAATAGAG
TTTTTGGGAA ACGACGCTAA AGCCAGTTTC CACAACCAAT TAGGACGTTA TACATTGCTC
AACTTTTGGG CGGCTTACGA TGCGGAATCG CGGGCTCGTA ACGTGCAATT GGCGAATGAG
GTTAACAAGT TTGGTCCGGA CAAAATTGCG ATGTGTTCGA TCTCTATGGA TGAGAAAGAA
TCTATTTTTA CCGAGACGGT AAAGATTGAC AAGTTGGATC TGTCAACGCA ATTTCACGAA
GGACTGGGTA AAGAGTCAGA GTTGTACAAG AAGTATGATT TAAGAAAAGG TTTCAAGAAC
TTCTTGATTA ACGACGAAGG AGTGATAATC GCCGCCAACG TCACCCCGGA AAAACTGACC
GAGATTCTGA AAGCAATT
//

Композиционный код:

1,1,2,3,3,3,3,1,1,2,4,2,4,3,3,2,1,3,1,3,4,3,1,4,3,3,1,1,3,4,
1,1,3,3,2,3,4,3,2,1,3,1,2,1,1,3,3,1,3,1,1,1,3,3,2,3,3,2,1,1,
1,3,1,4,3,1,3,4,3,4,4,3,3,1,4,3,1,4,3,1,3,1,1,3,3,4,1,3,3,4,
1,3,4,1,3,1,3,1,3,3,3,3,3,1,1,4,2,1,3,1,1,1,3,4,2,4,3,3,1,3,
2,4,3,3,1,2,1,1,1,1,1,3,3,3,3,3,3,1,1,1,1,1,3,1,1,3,2,4,2,1,
1,1,1,1,1,4,3,3,4,1,1,3,4,3,2,3

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6304/126 … 7_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0654.pdb

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

655

FT CDS 1..546
ATGGCGTCAG GTCAGGCGAC GGAGCGTGCC CTCGGCCGGC GCACCATCCC GGCCGGCGAG
GCCCGCAGCA TCATCATCCG GCAACGGTAC GACGCGCCCG TCGACGAGGT CTGGAGCGCC
TGCACCGACC CGAACCGCAT CAACCGCTGG TTCATCGAGC CCAAGGGCGA CCTCCGCGAG
GGTGGCAACT TCGCCCTGCA GGGCAACGCC AGCGGCGACA TCCTGCGCTG CGAGCCACCG
CGCCGGCTCA CCATCAGCTG GGTGTACGAG GGCAAGCCGG ACAGCGAGGT GGAGCTGCGG
CTGAGCGAGG AGGGCGACGG CACCCTGCTG GAGCTGGAGC ACGCCACGAC CTCGGAGCAG
ATGCTCGTGG AGGTCGGCGT CGGCTGGGAG ATGGCGCTCG ACTTCCTCGG TATGTTCATC
CGGGGCGACC TGCCGGGCGG CCCGGTCCCG GAGGACGCGG CCGAGGAGTT CGAGCCGAGC
CCCGAGATGA TGCGGATCTC GCAGGAGCGC GGCGAGGCCT GGGCCGCGCT GGTCCACTCC
GGCTCG
//

Композиционный код:

1,4,2,3,1,4,4,1,3,1,1,1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,4,1,
1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
3,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,2,4,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,
1,1,4,1,1,1,4,1,4,4,4,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,4,1,1,1,4,1,4,1,1,
1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,4,1,1,4,4,1,1,4,1,4,
1,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,1,1,
1,4

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6305/126 … 6_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0655.pdb

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

656

FT CDS 1..438
ATGGTTAATA TAAATCACCG AATTGGTATT AAGGCTTCAC CTGAAAAAAT ATATCAAGCA
TTGACTACAG ATGATGGACT AAAAAAATGG TGGACTAACG ATATATCTGG AGCAGGAGTT
GTGGGCTCAA CGATTAAGTT TCGTTTTAAC GGTGGAGGTC CCGATTTTAA GGTTACAAAA
CTCATTCCAA ATAAAACTGT ATGTTGGCAA CATGCTGGGA ATATGCCCGA ATCATGGATG
GGTACAGAGA TTTCATTTCA GTTAGAAACT GTAGAGAATC AAACATTTGT AAGGTTTACT
CATTCTAACT GGCATGAAAC AACTGATTTT ATGGCTCATT GTAATACTAA ATGGGCAGTA
TTCTTACTTA GCCTCAAGGA TGCGCTTGAA ATTGGTAAGG GAACCCCCTT TCCAAATGAT
ATACAAATTG ATCATTCT
//

Композиционный код:

1,3,3,2,3,1,2,3,3,3,1,3,2,3,3,3,2,3,3,2,1,3,2,3,3,2,2,3,3,1,
1,3,1,3,2,3,2,2,2,3,4,1,2,4,3,1,3,3,3,1,3,2,3,1,3,3,1,3,2,3,
1,3,2,3,3,3,2,3,1,3,3,3,4,3,1,1,3,2,1,1,3,2,1,3,2,3,1,3,3,3,
2,1,3,3,2,3,2,1,3,3,3,3,1,1,3,3,2,3,3,3,1,3,3,3,3,3,3,1,2,2,
1,3,3,1,1,1,3,4,3,3,3,3,1,2,1,1,3,2,3,3,2,3,3,3,3,3

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6302/126 … 8_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0656.pdb

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

657

FT CDS 1..462
ATGAATTTTA ACACTATTTT GGAGGAGATT CTTATTAAGA GGTCACAGCA GAAAAAGAAG
ACATCGCCCT TAAACTACAA AGAGAGACTT TTTGTACTTA CAAAGTCCAT GCTAACCTAC
TATGAGGGTC GAGCAGAGAA GAAATACAGA AAGGGGTTTA TTGATGTTTC AAAAATCAAG
TGTGTGGAAA TAGTGAAGAA TGATGATGGT GTCATTCCCT GTCAAAATAA GTATCCATTT
CAGGTTGTTC ATGATGCTAA CACACTTTAC ATTTTTGCAC CTAGTCCACA AAGCAGGGAC
CTGTGGGTGA AGAAGTTAAA AGAAGAAATA AAGAACAACA ATAATATTAT GATTAAATAT
CATCCTAAAT TCTGGACAGA TGGAAGTTAT CAGTGTTGTA GACAAACTGA AAAATTAGCA
CCCGGATGTG AAAAATACAA TCTTTTTGAG AGCAGTATAA GA
//

Композиционный код:

1,3,3,1,3,3,1,1,1,3,3,3,1,1,2,1,1,3,1,1,2,4,1,3,1,1,3,1,3,3,
3,2,3,2,1,1,1,2,1,1,3,1,3,2,2,1,1,3,1,3,1,4,3,3,3,3,2,3,1,1,
3,4,3,2,4,1,3,3,3,3,1,3,1,3,3,3,1,3,2,3,1,3,3,3,3,3,1,2,3,1,
3,3,2,3,3,2,3,1,1,1,4,1,4,1,1,3,3,3,3,2,1,1,1,3,3,3,1,3,3,3,
3,3,3,1,1,2,3,2,3,3,1,3,3,3,3,3,3,3,3,2,1,2,3,3,3,1,3,3,3,1,
1,3,2,3

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6308/126 … 4_orig.gif

pdb-файл: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/T0657.pdb

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Victoria пишет:

На самом деле последовательность глицинов в этом белке реализует поворот 2-го типа (т.е. структура есть, но отличная от Вашей). Именно такой поворот кодируется чередованием ротамеров пептидных связей LRL, которые детерминированы последовательностью кодонов: ggt ggc ggt.
PDB файл:
ATOM 1 N HIS A 1 1.213 0.613 -0.734 1.00 00.000 N
ATOM 2 CA HIS A 1 1.001 1.708 -1.677 1.00 00.000 C
ATOM 3 C HIS A 1 -0.488 1.997 -1.773 1.00 00.000 C
ATOM 4 O HIS A 1 -1.562 2.616 -1.716 1.00 00.000 O
ATOM 5 CB HIS A 1 1.513 1.289 -3.045 1.00 00.000 C
ATOM 6 CG HIS A 1 2.683 2.109 -3.515 1.00 00.000 C
ATOM 7 CD2 HIS A 1 4.016 1.867 -3.209 1.00 00.000 C
ATOM 8 ND1 HIS A 1 2.542 3.241 -4.315 1.00 00.000 N
ATOM 9 CE1 HIS A 1 3.831 3.607 -4.427 1.00 00.000 C
ATOM 10 NE2 HIS A 1 4.771 2.844 -3.805 1.00 00.000 N
ATOM 11 N GLY A 2 0.373 1.004 -1.970 1.00 00.000 N
ATOM 12 CA GLY A 2 -0.751 0.161 -2.368 1.00 00.000 C
ATOM 13 C GLY A 2 -0.535 -0.310 -3.797 1.00 00.000 C
ATOM 14 O GLY A 2 -0.379 -1.074 -4.762 1.00 00.000 O
ATOM 15 N GLY A 3 -0.661 0.817 -3.102 1.00 00.000 N
ATOM 16 CA GLY A 3 -0.500 1.557 -4.350 1.00 00.000 C
ATOM 17 C GLY A 3 0.721 2.456 -4.237 1.00 00.000 C
ATOM 18 O GLY A 3 1.832 2.950 -4.482 1.00 00.000 O
ATOM 19 N GLY A 4 -0.451 2.248 -3.644 1.00 00.000 N
ATOM 20 CA GLY A 4 -0.128 3.326 -2.715 1.00 00.000 C
ATOM 21 C GLY A 4 1.240 3.888 -3.065 1.00 00.000 C
ATOM 22 O GLY A 4 2.116 4.701 -3.397 1.00 00.000 O
ATOM 23 N GLY A 5 0.669 2.743 -2.704 1.00 00.000 N
ATOM 24 CA GLY A 5 1.986 2.114 -2.765 1.00 00.000 C
ATOM 25 C GLY A 5 1.951 0.990 -3.788 1.00 00.000 C
ATOM 26 O GLY A 5 2.230 0.320 -4.793 1.00 00.000 O
ATOM 27 N HIS A 6 1.356 1.360 -2.657 1.00 00.000 N
ATOM 28 CA HIS A 6 0.541 0.152 -2.738 1.00 00.000 C
ATOM 29 C HIS A 6 0.929 -0.625 -3.985 1.00 00.000 C
ATOM 30 O HIS A 6 1.331 -1.553 -4.703 1.00 00.000 O
ATOM 31 CB HIS A 6 -0.923 0.549 -2.837 1.00 00.000 C
ATOM 32 CG HIS A 6 -1.736 0.114 -1.648 1.00 00.000 C
ATOM 33 CD2 HIS A 6 -1.874 0.819 -0.460 1.00 00.000 C
ATOM 34 ND1 HIS A 6 -2.438 -1.089 -1.611 1.00 00.000 N
ATOM 35 CE1 HIS A 6 -2.954 -1.017 -0.371 1.00 00.000 C
ATOM 36 NE2 HIS A 6 -2.672 0.084 0.379 1.00 00.000 N
ATOM 37 OXT HIS A 6 0.439 0.612 -3.617 1.00 00.000 O
TER
END

Кушелев: Вариант Виктории Соколик в программе RasTop

Мой вариант в программе RasTop

Мой вариант PDB-файла:

ATOM 1 N HIS A 1 4.119 0.010 -1.341 1.00 0.50 A N
ATOM 2 CA HIS A 1 2.662 -0.012 -2.123 1.00 0.50 A C
ATOM 3 C HIS A 1 1.273 0.768 -1.460 1.00 0.50 A C
ATOM 4 O HIS A 1 0.554 1.691 -1.562 1.00 0.50 A O
ATOM 5 CB HIS A 1 3.048 0.906 -3.278 1.00 0.50 A C
ATOM 6 CG HIS A 1 2.973 1.831 -4.000 1.00 0.50 A C
ATOM 7 CD2 HIS A 1 1.962 3.130 -4.139 1.00 0.50 A C
ATOM 8 ND1 HIS A 1 2.909 2.751 -4.723 1.00 0.50 A N
ATOM 9 CE1 HIS A 1 2.105 1.285 -2.700 1.00 0.50 A C
ATOM 10 NE2 HIS A 1 2.032 2.210 -3.420 1.00 0.50 A N
ATOM 11 N GLY A 2 1.698 -0.614 -0.403 1.00 0.50 A N
ATOM 12 CA GLY A 2 0.187 -0.180 0.109 1.00 0.50 A C
ATOM 13 C GLY A 2 -0.867 -1.323 0.860 1.00 0.50 A C
ATOM 14 O GLY A 2 -1.348 -1.656 1.878 1.00 0.50 A O
ATOM 15 N GLY A 3 -1.093 -1.547 -0.971 1.00 0.50 A N
ATOM 16 CA GLY A 3 -1.486 -2.973 -0.231 1.00 0.50 A C
ATOM 17 C GLY A 3 -0.367 -4.286 -0.156 1.00 0.50 A C
ATOM 18 O GLY A 3 0.348 -4.893 0.544 1.00 0.50 A O
ATOM 19 N GLY A 4 -0.899 -4.083 -1.804 1.00 0.50 A N
ATOM 20 CA GLY A 4 -0.032 -5.488 -1.938 1.00 0.50 A C
ATOM 21 C GLY A 4 1.236 -5.870 -0.835 1.00 0.50 A C
ATOM 22 O GLY A 4 1.545 -6.552 0.066 1.00 0.50 A O
ATOM 23 N GLY A 5 1.999 -4.775 -2.132 1.00 0.50 A N
ATOM 24 CA GLY A 5 2.887 -4.615 -0.745 1.00 0.50 A C
ATOM 25 C GLY A 5 2.657 -3.278 0.320 1.00 0.50 A C
ATOM 26 O GLY A 5 2.220 -2.944 1.357 1.00 0.50 A O
ATOM 27 N HIS A 6 3.395 -2.712 -1.153 1.00 0.50 A N
ATOM 28 CA HIS A 6 3.470 -1.338 -0.235 1.00 0.50 A C
ATOM 29 C HIS A 6 2.365 -1.063 1.063 1.00 0.50 A C
ATOM 30 O HIS A 6 2.249 -1.034 2.230 1.00 0.50 A O
ATOM 31 CB HIS A 6 4.770 -1.663 0.491 1.00 0.50 A C
ATOM 32 CG HIS A 6 5.488 -1.841 1.406 1.00 0.50 A C
ATOM 33 CD2 HIS A 6 5.321 -1.799 3.050 1.00 0.50 A C
ATOM 34 ND1 HIS A 6 6.208 -2.020 2.312 1.00 0.50 A N
ATOM 35 CE1 HIS A 6 3.890 -1.442 1.227 1.00 0.50 A C
ATOM 36 NE2 HIS A 6 4.605 -1.620 2.142 1.00 0.50 A N
END

Если промасштабировать pdb-файл от Виктории Соколик на коэффициент 1.3, то становится лучше видна структура.

В частности бросается в глаза, что некоторые атомы "налезают" друг на друга (показано красными стрелками). Это означает, что модель некорректна...

Длина связей C-N в отличается в несколько раз в одной и той же модели.

Хотите участвовать в обсуждениях?

[Закрыто] Международный конкурс "Пикотехнология-2012" (Страница 1 из 3)

Сообщений [ с 1 по 10 из 24 ]

1 Тема от Kushelev 2012.05.09 23:18:02

Тема: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

2 Ответ от Kushelev 2012.05.10 12:16:44

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

3 Ответ от Kushelev 2012.05.10 13:47:47

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

4 Ответ от Kushelev 2012.05.10 13:52:13

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

5 Ответ от Kushelev 2012.05.10 13:57:35

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

6 Ответ от Kushelev 2012.05.10 13:59:58

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

7 Ответ от Kushelev 2012.05.10 14:03:47

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

8 Ответ от Kushelev 2012.05.10 14:13:03

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

9 Ответ от Kushelev 2012.05.10 14:14:20

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

10 Ответ от Kushelev 2012.05.10 21:23:41

Re: Международный конкурс "Пикотехнология-2012"

Сообщений [ с 1 по 10 из 24 ]