1

Тема: Научная пикотехнологическая викторина

http://img-fotki.yandex.ru/get/5607/nanoworld2003.2d/0_511f9_6e6ffda2_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5607/nan … 2_orig.png

Виктория Соколик обозначила атомы азотистых оснований комплементарной пары G-C

http://img-fotki.yandex.ru/get/5807/nanoworld2003.2d/0_511fa_463a462_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5807/nan … 2_orig.png

Все желающие могут иначе обозначить атомы азотистых оснований. Кто знает, может быть Вам повезёт в это пикотехнологическое "спортлото", и Вы выиграете Нобелевскую за правильное заполнение "лотерейных билетов" smile

2

Re: Научная пикотехнологическая викторина

Кушелев: Я тоже решил попытать счастья в научной пикотехнологической викторине. Предлагаю два варианта заполнения. Наиболее симметричный вариант может оказаться наиболее устойчивым, т.к. связь C-N сильнее, чем C-C и N-N.

http://img-fotki.yandex.ru/get/5010/nanoworld2003.2d/0_511fe_ac01e841_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5010/nan … 1_orig.png

http://img-fotki.yandex.ru/get/5408/nanoworld2003.2d/0_511fd_46b5c8b5_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5408/nan … 5_orig.png

3

Re: Научная пикотехнологическая викторина

Научная пикотехнологическая викторина

http://img-fotki.yandex.ru/get/4515/nanoworld2003.2d/0_51201_b17a2fe1_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4515/nan … 1_orig.png

Карточка пикотехнологической научной викторины N2 A-U

http://img-fotki.yandex.ru/get/5408/nanoworld2003.2d/0_51202_93d6df4d_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5408/nan … d_orig.png

http://img-fotki.yandex.ru/get/4705/nanoworld2003.2d/0_51203_7f72f985_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4705/nan … 5_orig.png

http://img-fotki.yandex.ru/get/4407/nanoworld2003.2d/0_51200_62a8cf2e_XL.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4407/nan … e_orig.png

Асимметричная схема расположения атомов наиболее логична при наличии симметричного урацилу псевдоурацила.

4

Re: Научная пикотехнологическая викторина

http://www.biochemistry.ru/biohimija_se … 5-141.html

Согласно этой классификации, номера атомов рибозы получаются такими:

http://img-fotki.yandex.ru/get/5807/nanoworld2003.2d/0_51206_e425db8d_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5807/nan … d_orig.png

Желающие могут предложить свой вариант:

http://img-fotki.yandex.ru/get/4911/nanoworld2003.2d/0_51205_d6d7772d_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4911/nan … d_orig.png

5

Re: Научная пикотехнологическая викторина

http://img-fotki.yandex.ru/get/4407/nanoworld2003.2d/0_5120b_71f851c_L.png
Похоже, что к грани N2. Теперь осталось разобраться с формой Вашей модели аминокислоты.

6

Re: Научная пикотехнологическая викторина

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nanoworld2003.2d/0_5121a_b8c53841_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nan … 1_orig.png

Надо добавить в модель аминокислоты группу азота. Если она будет добавлена с ближней стороны, то она должна быть справа или слева от группы СО?

http://nanoworld88.narod.ru/data/208.files/0_47c6d_7c10f9c9_L.png
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/208.htm

Какую модель делать, ту, что слева или ту, что справа?

Радикал делать пока не будем. Пусть это будет модель аминокислоты глицин.

7

Re: Научная пикотехнологическая викторина

http://img-fotki.yandex.ru/get/5010/nanoworld2003.2d/0_51220_46e68e42_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5010/nan … 2_orig.png

8

Re: Научная пикотехнологическая викторина

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Кушелев: Изучив модели Виктории Соколик по 207-ому выпуску рассылки "Новости лаборатории Наномир",

http://nanoworld88.narod.ru/data/207.files/0_44d1e_c3568f0_XL.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/207.htm

мне удалось выбрать вариант модели аминокислоты, как у Виктории Соколик.

Далее поступаем следующим образом.

Ориентируем связь C-N аминокислоты вдоль оси симметрии акцепторного стебля. Совмещаем центр атома азота аминокислоты с центром атома кислорода OH-группы рибозы и начинаем вращать аминокислоту вокруг связи C-N в надежде, что ориентация атома азота совпадёт с ориентацией атома кислорода хотя бы при одном угле вращения. Хотя при такой ориентации совпадение должно повторяться через каждые 120 градусов...

http://img-fotki.yandex.ru/get/5211/nanoworld2003.2d/0_5122c_7111d2e2_M.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5211/nan … 2_orig.gif
Первый ракурс

http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nanoworld2003.2d/0_5122d_6b76767d_M.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nan … d_orig.gif
Второй ракурс

Как видим, ориентация OH-группы не подходит для того, чтобы группа азота аминокислоты совпала с ней хотя бы при одном угле поворота. Это говорит о том, что гипотеза закрепления аминокислоты таким способом не подтверждается в модельном эксперименте...

Скрипт, используемый для проверки общепринятой гипотезы закрепления аминокислоты на АСС-конце тРНК:

-- Nanoworld Laboratory
-- Alexander Kushelev
-- Pikotechnological DNA / RNA - model
-- ACC-test
-- http://nanoworld.narod.ru/

aa = #(); ax = #(); ay = #(); nuclcol = #()
-- adenosine, cytosine, guanine, timidine, uracil, inosine, pseudouracil, dihydrouracil, methyl inosine, x-circles maximum, w-methyl-2-guanine, v-methyl-1-guanine
nucl = #("a","c","g","t","u","i","p","d","m","x","w","v")
nuclcolor = #([200,0,0],[200,100,100],[0,200,200],[0,0,200],[100,0,200],[200,0,200],[150,0,0],[100,50,0],[0,80,50],[100,100,100])
--*****************************************************************************************************************
seq = #("a","c","c","a","c","c","u","g","c","u"
-- 11
,"c","a","g","g","c","c","u","u","a","g"
-- 21
,"c","p","t","g","g","c","c","u","c","d"
-- 31
,"g","g","a","g","a","g","g","g","p","m"
-- 41
,"c","g","i","u","u","c","c","c","u","c"
-- 51
,"w","c","g","c","g","a","d","g","g","c"
-- 61
,"d","g","a","u","g","c","g","v","u","g"
-- 71                76
,"u","g","c","g","g","g")
--*****************************************************************************************************************
-- seq = #("c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c")
-- seq = #("i","i","i","i","i","i","i","i","i","i","i","i","i","i","i","i","i","i","i")
--*****************************************************************************************************************
-- complement
complement = #("0","0","0","0","g","g","g","c","g","u"
-- 11
,"g","u","c","c","g","g","0","t","p","0"
-- 21
,"0","0","0","0","0","0","0","0","0","w"
-- 31
,"0","0","0","c","u","c","c","c","i","0"
-- 41
,"0","0","0","0","0","0","0","0","0","0"
-- 51
,"0","g","c","g","u","a","g","d","0","0"
-- 61
,"0","0","0","0","0","0","0","0","0","0"
-- 71                 76
,"0","0","0","0","0","0")
-- complement = #("t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t","t")
-- complement = #("p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p","p")
ci = #(0,0,0,0,1,1,1,1,1,1
-- 11
,1,1,1,1,1,1,0,2,3,0
-- 21
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
-- 31
,0,0,0,1,1,1,1,1,3,0
-- 41
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
-- 51
,0,1,1,1,4,5,6,6,0,0
-- 61
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
-- 71      76
,0,0,0,0,0,0)
-- ci = #(2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2) 
-- ci = #(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1)
-- ci = #(3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3)
--*****************************************************************************************************************
--                                                      turn
anglecomp1 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
-- 11
,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 120,   0,   0
-- 21
,-120,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0
-- 31
,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, -20, -40,  40
-- 41
,   0, -30,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0
-- 51
,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 120,   0
-- 61
,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0
-- 71                       76
,   0,   0,   0,   0,   0,   0)
anglecomp2 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
-- 11
, 120,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, -30, -60
-- 21
, 120,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0
-- 31
,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,-120
-- 41
,   0, 120,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0
-- 51
,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,  60,   0
-- 61
,0   ,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0
-- 71                       76
,   0,   0,   0,   0,   0,   0)
--*****************************************************************************************************************
trnk = torus radius1:0.1 radius2:0.04 segs:3 sides:3 position: [0,0,0] wirecolor:[200,200,200]
Converttomesh trnk

newmat = multimaterial name:"MyMultiMat" numsubs: (13)
newmat[1].faceted = on
newmat[2].faceted = on
newmat[3].faceted = on
newmat[4].faceted = on
newmat[5].faceted = on
newmat[6].faceted = on
newmat[7].faceted = on
newmat[8].faceted = on
newmat[9].faceted = on
newmat[10].faceted = on
newmat[11].faceted = on
newmat[12].faceted = on
newmat[13].faceted = on
newmat[1].diffuse = (color 200 0 0)
newmat[2].diffuse = (color 200 100 100)
newmat[3].diffuse = (color 0 200 200)
newmat[4].diffuse = (color 0 0 200)
newmat[5].diffuse = (color 100 0 200)
newmat[6].diffuse = (color 200 0 200)
newmat[7].diffuse = (color 150 0 0)
newmat[8].diffuse = (color 100 50 0)
newmat[9].diffuse = (color 180 250 200)
newmat[10].diffuse = (color 100 100 100)
newmat[11].diffuse = (color 0 200 0)
newmat[12].diffuse = (color 200 200 0)
newmat[13].diffuse = (color 255 255 255)
--
m3 = mesh vertices: #([-2.828,-45.5,-2.828]
,[2.828,-45.5,-2.828],[2.828,-45.5,2.828],[-2.828,-45.5,2.828],[-2.828,-61.5,-2.828],[2.828,-61.5,-2.828]
,[2.828,-61.5,2.828],[-2.828,-61.5,2.828],[-2.828,-53.5,-8.485],[-5.657,-49.5,-5.657],[-8.485,-53.5,-2.828]
,[-5.657,-57.5,-5.657],[8.485,-53.5,2.828],[5.657,-49.5,5.657],[2.828,-53.5,8.485],[5.657,-57.5,5.657]
,[5.657,-49.5,-5.657],[2.828,-53.5,-8.485],[5.657,-57.5,-5.657],[8.485,-53.5,-2.828],[-5.657,-49.5,5.657]
,[-8.485,-53.5,2.828],[-5.657,-57.5,5.657],[-2.828,-53.5,8.485]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[9,11,10],[9,12,11],[13,14,15],[13,15,16],[17,19,18],[17,20,19],[21,22,23],[21,23,24]
,[1,2,17],[17,18,9],[9,10,1],[1,17,9],[10,22,4],[4,1,10],[10,11,22],[22,21,4],[11,5,23],[23,22,11],[11,12,5],[5,8,23]
,[12,18,6],[6,5,12],[12,9,18],[18,19,6],[8,16,24],[24,23,8],[16,15,24],[8,7,16],[15,3,21],[21,24,15],[15,14,3]
,[3,4,21],[14,20,2],[2,3,14],[14,13,20],[20,17,2],[13,7,19],[19,20,13],[13,16,7],[7,6,19]) \
wirecolor: [255,255,0]
--
ami1 = copy m3
ami1.material = newmat[1]
move ami1 [0,-30,0]
ami2 = copy ami1
move ami2 [-9,-20,0]
-- ami22 = copy ami2
-- ami22.pivot = [0,-107.5,5.7]
-- rotate ami22 180 [1,0,0]
ami3 = copy ami2
move ami3 [18,0,0]
ami33 = copy ami3
ami33.pivot = [0,-107.5,5.7]
rotate ami33 180 [1,0,0]
ami1.pivot = [0,-83.5,0]
rotate ami1 90 [0,0,1]
ami4 = copy ami1
move ami4 [0,-10,0]
-- attach ami2 ami22
attach ami1 ami2
attach ami3 ami33
attach ami1 ami3
attach ami1 ami4
ami1.pivot = [0,-83.5,0]
rotate ami1 (90-35.27) [1,0,0]
move ami1 [-12.5,42,5]
amiaxis = box length:1 width:1 height:1  position:[-21.5,-64,-12]
Converttomesh amiaxis
amiaxis.material = newmat[13]
attach amiaxis ami1
-- ami1.pivot = [-21.5,-64,-12]
amiaxis.pivot = [-21.5,-64,-12]
-- ami1.parent = amiaxsis

--
m3.material = newmat[12]
metil = copy m3 wirecolor: [255,0,0]
metil.material = newmat[1]
m4 = copy m3 wirecolor: [255,255,0]
m4.material = newmat[12]
m4.pivot = [0,-40,0]
rotate m4 -120 [0,0,1]
move m4 [-7.5,-0.5,0]
m6 = copy m3  wirecolor: [255,255,0]
m6.material = newmat[12]
m13 = copy m3 wirecolor: [255,255,0]
m13.material = newmat[12]
m13.pivot = [0,-66,0]
rotate m13 -72 [1,0,0]
m14 = copy m13 wirecolor: [0,255,0]
m14.material = newmat[11]
g1 = group #(m6, m14)
g1.pivot = [0,-40,0]
rotate g1 -45 [0,0,1]
move g1 [-5.5,2.5,0]
ungroup g1
m5 = copy m6 wirecolor: [255,255,0]
m5.material = newmat[12]
m7 = copy m4 wirecolor: [255,255,0]
m7.material = newmat[12]
g2 = group #(m5, m7)
g2.pivot = [0,-40,0]
rotate g2 180 [0,1,0]
ungroup g2
m8 = mesh vertices: #([-4,0,-8],[0,-4,-8],[4,0,-8],[0,4,-8],[-4,0,8],[0,-4,8],[4,0,8],[0,4,8]
,[-8,-4,0],[-8,0,-4],[-8,4,0],[-8,0,4],[8,-4,0],[8,0,-4],[8,4,0],[8,0,4]
,[0,-8,-4],[-4,-8,0],[0,-8,4],[4,-8,0],[0,8,-4],[-4,8,0],[0,8,4],[4,8,0]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[9,11,10],[9,12,11],[13,14,15],[13,15,16],[17,19,18],[17,20,19],[21,22,23],[21,23,24]
,[1,2,17],[17,18,9],[9,10,1],[1,17,9],[10,22,4],[4,1,10],[10,11,22],[22,21,4],[11,5,23],[23,22,11],[11,12,5],[5,8,23]
,[12,18,6],[6,5,12],[12,9,18],[18,19,6],[8,16,24],[24,23,8],[16,15,24],[8,7,16],[15,3,21],[21,24,15],[15,14,3]
,[3,4,21],[14,20,2],[2,3,14],[14,13,20],[20,17,2],[13,7,19],[19,20,13],[13,16,7],[7,6,19]) \
wirecolor: [0,255,0]
m8.material = newmat[11]
rotate m8 45 [1,0,0]
rotate m8 90 [0,0,1]
move m8 [-37.5,0,0]
m9 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m9.material = newmat[11]
m9.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m9 72 [1,0,0]
m10 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m10.material = newmat[11]
m10.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m10 144 [1,0,0]
m11 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m11.material = newmat[11]
m11.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m11 18 [1,0,0]
rotate m11 90 [0,0,1]
rotate m11 180 [1,0,0]
rotate m11 -18 [1,0,0]
move m11 [0,7,24]
m12 = copy m9 wirecolor: [255,255,0]
m12.material = newmat[12]
m12.pivot = [-37.5,-23.5,15]
rotate m12 -120 [0,0,1]
attach m3 m4
attach m5 m7
attach m6 m13
attach m3 m5
attach m3 m6
attach m8 m9
attach m8 m11
attach m3 m10
attach m12 m14
attach m3 m12
--
for k = 2 to 2 do(
-- adenosine, cytosine, guanine, timidine, uracil, inosine, pseudouracil, dihydrouracil, methyl inosine, x-circles maximum, w-methyl-2-guanine, v-methyl-1-guanine
if (seq[k] == nucl[10]) then (ai = #(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1); axi = #(1,1,1,1,1,1,1,1); ayi = #(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1); nuclcol = nuclcolor[10]; nc=10)
if (seq[k] == nucl[1]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[1]; nc=1)
if (seq[k] == nucl[2]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[2]; nc=2)
if (seq[k] == nucl[3]) then (ai = #(0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[3]; nc=3)
if (seq[k] == nucl[4]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[4]; nc=4)
if (seq[k] == nucl[5]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[5]; nc=5)
if (seq[k] == nucl[6]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[6]; nc=6)
if (seq[k] == nucl[7]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[7]; nc=7)
if (seq[k] == nucl[8]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[8]; nc=8)
if (seq[k] == nucl[9]) then (ai = #(0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[9]; nc=9)
--
element1 = box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-0.5] wirecolor: nuclcol
Converttomesh element1
for i = 1 to 3 do for j = 1 to 5 do (n = i + 3*(j-1)
if ai[n] > 0 then (aa[n] = box length:9.8 width:9.8 height:9.8 position:[9.9*(i-2),9.9*(j-5),9.9*0.5-9.9] wirecolor: nuclcol
select #(aa[n]); macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"
attach element1 aa[n]
element1.material = newmat[nc]))
element2 = copy m8
element3 = copy m3
attach element1 element3
--
if ci[k] > 0 then (
--
if (complement[k] == nucl[10]) then (ai = #(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1); axi = #(1,1,1,1,1,1,1,1); ayi = #(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1); nuclcol = nuclcolor[10]; nc=10)
if (complement[k] == nucl[1]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[1]; nc=1)
if (complement[k] == nucl[2]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[2]; nc=2)
if (complement[k] == nucl[3]) then (ai = #(0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[3]; nc=3)
if (complement[k] == nucl[4]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[4]; nc=4)
if (complement[k] == nucl[5]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[5]; nc=5)
if (complement[k] == nucl[6]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[6]; nc=6)
if (complement[k] == nucl[7]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[7]; nc=7)
if (complement[k] == nucl[8]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[8]; nc=8)
if (complement[k] == nucl[9]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[9]; nc=9)
element4 = box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-0.5] wirecolor: nuclcol
Converttomesh element4
for i = 1 to 3 do for j = 1 to 5 do (n = i + 3*(j-1)
if ai[n] > 0 then (aa[n] = box length:9.8 width:9.8 height:9.8 position:[9.9*(i-2),9.9*(j-5),9.9*0.5-9.9] wirecolor: nuclcol
select #(aa[n]); macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"
attach element4 aa[n]
element4.material = newmat[nc]))
element5 = copy m8
element6 = copy m3
attach element4 element6
attach element4 element5
element4.pivot = [0,0,0]
if ci[k] == 1 then (rotate element4 180 [1,0,0])
if ci[k] == 2 then (rotate element4 180 [1,0,0]; rotate element4 -90 [0,1,0]; move element4 [0,-20,0])
if ci[k] == 3 then (rotate element4 180 [1,0,0]; rotate element4 180 [0,1,0])
if ci[k] == 4 then (rotate element4 180 [1,0,0]; rotate element4 22.5 [0,1,0]; move element4 [0,10,0])
if ci[k] == 5 then (rotate element4 180 [1,0,0]; rotate element4 45 [0,1,0]; rotate element4 45 [0,0,1]; move element4 [-20,20,0])
if ci[k] == 6 then (rotate element4 180 [1,0,0]; rotate element4 -135 [0,1,0])
attach element1 element4)
-- first vector
-- gr1 = group #(element1,trnk)
-- gr1.pivot = [-37.451, -2.887, 14.138]
-- rotate gr1 anglecomp1[k] [0, -27.384, -9.84]
-- if k == 40 then (rotate gr1 -90 [0, 0, 1] ; rotate gr1 -20 [0, 1, 0] )
-- ungroup gr1
-- second vector
-- gr2 = #(element1, element2, trnk)
-- gr2.pivot = [-43.391, -10.855, 7.631]
-- rotate gr2 anglecomp2[k] [-11.880, -2.245, -8.094]
-- ungroup gr2
-- translation vector
-- attach trnk element1
-- attach trnk element2
-- move trnk [0,-50, 0]
-- trnk.pivot = [-60,0,0]
-- translation angles
-- rotate trnk 36 [0, 1, 0]
)
--
delete m3
delete m8
delete metil
amiaxis.rotation.controller[2].controller.value = 0
animate on
at time 100 amiaxis.rotation.controller[2].controller.value = 360

9

Re: Научная пикотехнологическая викторина

http://img-fotki.yandex.ru/get/5211/nanoworld2003.2d/0_5122c_7111d2e2_M.gif
Кушелев: Рассматривая анимацию модельного эксперимента, нетрудно заметить, что группа азота вращается вокруг оси третьего порядка, а группа OH рибозы ориентирована вдоль оси вращения тРНК осью симметрии четвёртого порядка. Отсюда следует, что присоединить аминокислоту под нужным углом нельзя.

10

Re: Научная пикотехнологическая викторина

http://nanoworld.org.ru/post/485/#p485

diprospan пишет:

А.Ю. А чем плохи существующие официальные "модели", которыми все пользуются ?
тРНК
http://lowelab.ucsc.edu/GtRNAdb/

Кушелев: Пользование этими моделями не помогло исследователям открыть композиционный генетический код. Его можно открыть лишь на основе пикотехнологии. smile

А композиционный генетический код позволяет экономить на определении структуры каждого из миллионов белков по ~10 000 долл. Причём эта сумма относится к стоимости РСА, т.е. для тех белков, которые можно закристаллизовать. А большинство белков не кристаллизуется, поэтому экономический эффект на несколько порядков больше, чем 1 000 000 белков * 10 000 долл.

Эта информация опубликована мною ещё в 1992-ом году, но "народ не чешется" smile