611

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Kushelev пишет:
Victoria пишет:

почему Анатолий Шестопалов характеризует меня в этом письме как "пользователя моделями белков Кушелева". Насколько я в курсе, я всегда публиковала только свои модели

Кушелев: Вероятно, Анатолий Васильевич имел в виду открытие композиционного генетического кода. Естественно, что можно уточнить, что Виктория составила собственную таблицу композиционного кода, которая отличается числом вариантов композиции. Виктория изготовила пикотехнологические модели аминокислот и нуклеотидов ДНК/РНК другой формы. Тем не менее отличия во вторичной структуре белка так малы, что современные экспериментальные способы не позволяют их заметить.

Дело в том, что эти минимальные отличия не главное. Главное, что в клетке есть механизм реализации моей таблицы генетического кода пространственной структуры белка из той формы аминокислот, на которой я настаиваю, в виде пула изоакцепторных тРНК. Сам механизм трансляции информации я тоже уже неоднократно описывала. Для Вашей же избыточной (до 12 вариантов) таблицы композиционного кода природа в настоящее время ещё не раскошелилась, если не учитывать гиперзов рибосомы, конечно smile.

Kushelev пишет:

Что же касается форм аминокислот, то из тетраэдрических моделей пока не удалось получить, например, модель альфа-спирали, в которой на один виток приходится 3.6 остатков. В той модели, где остатки принудительно расположены по 3.6 на виток, атомы налезают друг на друга, поэтому эту модель пока тоже нельзя считать удовлетворительной....

Ну во-первых октаэдрических, а не тетраэдрических. А во-вторых, не всё так плохо, как Вы описали, а даже лучше smile. Это "не получательство" октаэдрической альфа-спирали сразу на входе из рибосомы навело меня на многообещающую идею, что мотивы вторичной структуры (как и белок полностью) также синтезируются в виде собственных структурных шаблонов (заготовок). После выхода из рибосомы при взаимодействии с микроокружением происходит их фолдинг в хорошо известные правые альфа-спирали (3.6 а.о. на виток), бета-складчатые листы из бета-спиралей, повороты и левых пи-спиралей (4.4 а.о на виток) за счет усадки спиралей при образовании межвитковых водородных связей.
Кстати, хорошие новости: я честно заявляю, что исходя из последнего варианта объединения аминокислот в пептиде в октаэдрических моделях получается заготовка левой пи-спирали с 4 а.о. на виток, которая фолдирует в виток пи-спирали с 4.4 а.о. на виток. Ранее (при другом положении карбоксильной группы) у меня получалась левая 3-10 спираль с 3 а.о. на виток.
Таким образом, можно обобщить, что в геноме кодируются ШАБЛОНЫ правых альфа-спиралей, левых пи-спиралей и бета-спиралей (или бета-тяжей), которые на выходе из рибосомы фолдируют в известные нам структуры.

612

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Kushelev пишет:
Victoria пишет:

почему Анатолий Шестопалов характеризует меня в этом письме как "пользователя моделями белков Кушелева". Насколько я в курсе, я всегда публиковала только свои модели

Вероятно, Анатолий Васильевич имел в виду открытие композиционного генетического кода...

Не знаю я никакого вашего "композиционного генетического кода", понятия не имею smile

613

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Kushelev пишет:
Victoria пишет:

Конечно Вы всё это сделали, но даже не заметили, что длины связей получились не правильными, пока я для Вас их не посчитала. А в молекулярном конструкторе будет всё перед глазами.

Кушелев: По поводу правильности длины связей вопрос пока открытый, т.к. современными экспериментальными методами измерить длину связи не удаётся. Все оценки косвенные, ненадёжные. Поэтому пикотехнологическая модель может дать более точное значение межъядерного расстояния, чем другие косвенно-экспериментальные методы.

Пока существуют разные ионные/атомные радиусы, говорить о точном определении межъядерных расстояний в молекулах преждевременно. smile

По моему представлению диаметр атома водорода определяется диаметром электрона и составляет ~1.7A. Это в ~1.7 раз больше, чем первая Боровская орбита...

Что касается конструктора, то в нём можно собирать как правильные, так и неправильные модели тех же аминокислот.

Вы, например, считаете правильными модели, из которых альфа-спираль не получается. smile

Если не получается сразу, то это не значит, что не получается вообще smile. Даже в клетке синтезируется сначала шаблон правой спирали, который потом фолдирует в правые альфа-спираль или 3-10 спираль, или их микс.

614

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Kushelev пишет:
Victoria пишет:

Кстати, когда Вы моделировали радикалы аминокислот, Вы их координаты рассчитывали с помощью геометрии, подгоняли по готовым моделям в 3DMax или просто взяли координаты из моделей вьюера?

Кушелев: Радикалы аминокислот получились в модельном пикотехнологическом эксперименте по структурным формулам из учебника и с использованием дополнительных соображений. Например, радикал метионина был изготовлен с учётом того факта, что он гнёт альфа-спираль, подкладывая атом кислорода между атомом кислорода СО-группы данного аминокислотного остатка и группой азота аминокислотного остатка следующего витка спирали.

Некоторые радикалы имеют вполне однозначную структуру, некоторые имеют варианты. При этом два разных варианта могут использоваться и кодироваться разными группами триплетов.

Для проверки форм и положений радикалов нужны дополнительные модельные и натурные эксперименты. В процессе исследований удастся выбрать правильные модели и получить более адекватные результаты. Спорить о форме и расположении некоторых радикалов до этих экспериментов - пустая трата времени.
"Один правильный эксперимент лучше десятка заумных теорий" smile

Я знаю более короткий путь: моделируем в молекулярном конструкторе различные варианты радикалов аминокислот или что угодно другое, контролируем длины связей (расстояние между центрами соседних атомов) и получаем набор координат атомов. Далее сравниваем их с экспериментально зарегистрированными в белках огромной базы PDB и вуаля smile, готово. Сходимось с экспериментом практически 100% (кстати лучшая, чем у моделей вьюеров). Я проверяла для общей части всех аминокислот (глицин) на выборке из 100 различных аминокислот по 5 штук для каждой из 5 различных случайно выбранных pdb.файлов белков этой базы данных. Вот только координаты глицина мне пришлось рассчитывать вручную с помощью тригонометрии и закона Пифагора, а это достаточно трудоёмко даже для 4-5 атомов. В структуре например триптофана 14 атомов и я не хочу считать вручную на бумаге с помощью калькулятора, если молекулярный конструктор может это сделать за секунду.

615

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Kushelev пишет:

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

А коты не помогают smile?

http://img-fotki.yandex.ru/get/5114/126580004.4d/0_ba8e1_4f2884bb_L.jpg
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5114/126 … b_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6201/126580004.4d/0_ba8e0_b7050b3e_L.jpg
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6201/126 … e_orig.jpg

Помогают, но пока в качестве фотомоделей smile

И то хлеб smile. Какие же они у Вас (точнее у Вашей кошки) замечательные.

616

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Анатолий Шестопалов пишет:
Victoria пишет:

Отличное письмо Анатолия Шестопалова Снельсону. Сразу видно увлеченного человека.
Вот только почему Анатолий Шестопалов характеризует меня в этом письме как "пользователя моделями белков Кушелева". Насколько я в курсе, я всегда публиковала только свои модели и мы уже не один год дискутируем на этом форуме об их различиях в кодировании и реализации этого кода, а также о самих моделях аминокислот и белков.

Виктория Васильевна, я перешлю ваши эти замечания-возражения Кеннету Снельсону.
Проблема моей ошибки в том что я поверхностно знаком с вашей перепиской с АЮ. Я и сейчас уверен что кольцегранные модели атомов водорода, углерода, азота и др. которые используются при построении моделей белков, вы пользуете (юзаете) модели Кушелева-Кожевникова.

Если вы меня не поправите, то я напишу Кеннету Снельсону, что вы "пользователь не моделей белков Кушелева, а моделей атомов Кушелева из которых строите свои модели белков".

Тут Вы абсолютно правы. В пикотехнологии мы все используем кольцегранную модель АТОМА (Огжевальского, Снельсона, Кушелева, Кожевникова и др.). А вот модели аминокислот, белков, нуклеотидов и нуклеиновых кислот из кольцегранных атомов у нас с Александром Юрьевичем получаются разные.
Передавайте мои самые тёплые пожелания радости и здоровья К. Снельсону. Я им восхищаюсь как гениальным и творческим художником, который всю жизнь стремится не только отображать совершенство устройства окружающего мира (в том числе и микромира), но и активно его познаёт. Так жил и работал в своё время великий Леонардо да Винчи.

617

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

----- Original Message -----
From: Anatoly V. Shestopalov
To: kenneth snelson
Sent: Sunday, April 22, 2012 3:02 PM
Subject: Re: Atom models

Дорогой Кеннет, а каким вы видите текст на русскоязычном форуме? Вы можете делать машинный перевод с форума? Виктория Соколик обратила мое внимание на ошибку которую я допустил в письме к вам http://nanoworld.org.ru/post/14720/#p14720 Я ей ответил здесь http://nanoworld.org.ru/post/14731/#p14731

В связи с этим, пожалуйста примите исправления к моему письму. У Victoriya Sokolik свои собственные модели белков. Она не пользователь моделей белков Кушелева. Victoriya - пользователь моделей атомов Ogrzhevalsky - Snelson - Kushelev. А уже из этих моделей атомов она строит свои модели белков".

***

Dear Kenneth, and how do you see the text on the Russian-speaking forum? You can do machine translation from the forum? Victoria Sokolik drew my attention to a mistake I made in a letter to you http://nanoworld.org.ru/post/14720/ # p14720 I told her there http://nanoworld.org.ru/post/14731/ # p14731

Therefore, please accept corrections to my letter. In Victoriya Sokolik their own models of proteins. It is not a user model proteins Kushelev. Victoriya - user models of atoms Ogrzhevalsky - Snelson - Kushelev. And on the atoms of these models it builds its own models of proteins. "

Best regards, Anatoly.

618

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

----- Original Message -----
From: Anatoly V. Shestopalov
To: kenneth snelson
Sent: Sunday, April 22, 2012 3:15 PM
Subject: Re: Atom models Part 2

Victoriya Sokolik передает вам привет и самые тёплые пожелания радости и здоровья http://nanoworld.org.ru/post/14739/#p14739 Она пишет: «Я им восхищаюсь как гениальным и творческим художником, который всю жизнь стремиться не только отображать совершенство устройства окружающего мира (в том числе и микромира), но и активно его познаёт. Так жил и работал в своё время великий Леонардо да Винчи.»

619

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Спасибо.

620

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Телепередача с РЕН-ТВ о том что Луна--искусственный объект и доказателства о пребывании американцев на Луне---ссылка  : http://www.youtube.com/watch?v=C9txAkzDkWw