561

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Victoria пишет:

А.Ю., у меня для Вас есть интересная идея описания кварков геометрическим способом. Смотрите: форму атома можно аппроксимировать полуправильными многогранниками (Архимедовыми телами): усечённый октаэдр, усеченный гексаэдр, усеченный тетраэдр и др. Элементарные частицы (электрон, протон, нейтрон) в первом приближении -- тором. Переходя на уровень кварков не видели ли Вы аналогии их структуры с неделимыми треугольниками (правда они плоские), о которых знал ещё Платон. Быть может вращение таких треугольников может иллюстрировать движение солитонов в торе, как вращение секундной стрелки по циферблату часов, формируя те самые пучности волн.
Если это так на самом деле, то Вы сможете их вычислять чисто геометрически.

Кушелев: Из кварков складываются не только нуклоны (трёхкварковые системы), но и мезоны (двухкварковые системы). Так что с треугольниками явный облом...

Меня в первую очередь интересует физический смысл модели. Круговая траектория или многозаходная резьба на торе - это траектория фронта солитона / волнового пакета. А треугольник - это что? Чистая абстракция? smile

562

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Victoria пишет:
Kushelev пишет:

CASP: Server dry run - third round on April 23 
Prediction Center  20 апр. в 18:46
?Язык письма — английский.
Dear CASP10 participants,

We are happy to announce that the second round of testing servers is over and we were able to get practically all of the currently registered 87 servers properly connected and returning predictions in the correct format. There are still a few servers that either are not online yet or do not accept the parameters that our distribution server is sending to them. If you have not received a request from us or have not seen confirmation/rejection messages from our verification system - it should be something wrong with your connectivity or the parameters specified at the registration. Please get back to us as soon as you can to remedy the situation. We will be having our last round of servers dry testing next Monday.

CASP organizers

Кушелев: Это они о чём?

Они успешно протестировали взаимодействие с 87 серверами, зарегистрировавшихся в конкурсе CASP10. Осталось несколько не отвечающих, у которых последний шанс в понедельник. Они просят их откликнуться до этого момента.

В этом письме меня смущает только одно, может под серверами они понимают не только автоматические (как мы понимаем), а всех участников. Мы ведь не откликались. Хотя они нашу группу автоматически сами перерегистрировали из CASP ROLL в CASP10.

Кушелев: ОК. Будем думать...

563

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Для дальнейшей работы над программой предсказания пространственной структуры белка понадобился молекулярный конструктор, который бы по смоделированной в виртуальном пространстве молекуле определял координаты атомов. Алгоритм программы я написала на обычном языке smile. Теперь нужно это запрограммировать. Prosolver за этот проект не взялся, поскольку здесь нужны специалисты по программированию графики.
Если кто-либо хочет попробовать, я выложу алгоритм. Его можно реализовать на какой-либо готовой платформе графической игры типа тетриса.

564

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Вести c ускорителей и не только!

http://img-fotki.yandex.ru/get/6108/126580004.4d/0_ba85c_13d69be0_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6108/126 … 0_orig.png

Скрипт для 3DS Max:

el = #()
N1 = sphere radius:3 segs:20 pos:[0,0,3] wirecolor:[0,200,255]; Converttomesh N1
--el1 = box length:3 width:3 height:9  position:[13.5,0,0] wirecolor:[250,100,100]; Converttomesh el1
el1 = mesh vertices: #([13,-1.705,0], [13,1.705,0], [19,2.5,0], [19,-2.5,0], [13,-1.705,9], [13,1.705,9], [19,2.5,9], [19,-2.5,9]) \
faces: #([1,2,3],[1,3,4],[5,6,7],[5,7,8]
    ,[1,5,6],[1,6,2]
    ,[3,4,7],[4,8,7]) \
wirecolor: [250,100,100]
for j in 1 to 24 by 1 do(
    el[j] = copy el1 wirecolor:[250,100,100]
    el[j].pivot = [0,0,0]
    rotate el[j] (15*j) [0,0,1])
   
Если проводящий экран не даст добротности 30 000, то придётся делать диэлектрический экран из поликорунда или аналогичного диэлектрика.

http://img-fotki.yandex.ru/get/6207/126580004.4d/0_ba85b_16f17507_L.jpg
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6207/126 … 7_orig.jpg

Твёрдый "орешек" smile

565

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Victoria пишет:

Для дальнейшей работы над программой предсказания пространственной структуры белка понадобился молекулярный конструктор, который бы по смоделированной в виртуальном пространстве молекуле определял координаты атомов. Алгоритм программы я написала на обычном языке smile. Теперь нужно это запрограммировать. Prosolver за этот проект не взялся, поскольку здесь нужны специалисты по программированию графики.
Если кто-либо хочет попробовать, я выложу алгоритм. Его можно реализовать на какой-либо готовой платформе графической игры типа тетриса.

Кушелев: Алгоритм желательно выложить в любом случае. Не справится один, справится другой. Не справятся двое, справятся трое smile

566

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Алгоритм:
Главная задача этой программы будет состоять не только в конструировании молекул различной сложности на экране монитора, но и определении координат в декартовой системе центра каждого атома. Никакие повороты программировать не нужно.
Я не знаю как это можно описать на языке программирования, поэтому расскажу как это должно работать.
Итак, на мониторе (табл. 1, см. прикреплённый файл) виртуальная система координат, в трёхмерном пространстве которой мы моделируем молекулы, а программа определяет координаты входящих в них атомов. Справа в настройках Template или Шаблон (красная стрелка) мы выбираем, с чего собираемся начинать модель. Если нажимаем курсором на атом, то появляется модель атома в центре координат (например, усечённый октаэдр) в качестве исходного шаблона (см. таблицу 2), а внизу монитора он прописывается строкой с координатами (0, 0, 0). Цветные стрелки моделировать не надо.
http://img-fotki.yandex.ru/get/6109/137150420.5/0_71486_73f8d59e_XXL.jpg
http://fotki.yandex.ru/users/sokolik67- … ew/464006/
Далее, в настройках левой части монитора указываем курсором уровень (зелёная стрелка) этого атома в молекуле (чтобы их потом не перепутать). Этот уровень отображается в записи внизу монитора (таблица 2). Потом указываем разновидность атома в настройках АТОМ. При этом октаэдр становиться соответствующего цвета (например, красный) и размера. И наконец, корректируем вид фигуры, если нам нужен не октаэдр, а например куб, во вкладке ФИГУРА, щелкая изображению нужной фигуры.
Закончив с первым атомом и получив запись его координат, нажимаем Enter и переходим к присоединению следующего атома. Теперь работаем только с левой вкладкой и новые фигуры атомов, после щелканья по буквам столбца УРОВЕНЬ, появляются на экране уже не в центре системы координат, а внизу монитора (таблица  4). Если мы нажимаем два раза на одну и ту же букву уровня, то второй раз он прописывается с цифрой два (например, СG2).
http://img-fotki.yandex.ru/get/5114/137150420.5/0_71487_bf6230d0_XXL.jpg
http://fotki.yandex.ru/users/sokolik67- … ew/464007/
Далее, мы с новым атомом поступаем аналогичным образом и в конце курсором подтягиваем к первому атому со стороны той грани, куда хотим его присоединить. На каком-то близком расстоянии новый атом примагничивается грань в грань и ребро в ребро к предыдущему, а внизу монитора появляется запись с его координатами (табл. 3). Нужно предусмотреть возможность переставлять атомы более одного раза (если промахнешься с первого). Опять Enter и переходим к следующему атому.  Быть может каждый раз отщелкивать Enterom – это лишнее. Вам виднее.
В записи внизу монитора (см. таблицы 2 и 3) справа есть  колонка длина связи:  после определения координат нового атома программа считает расстояние между его центром и центром предыдущего атома и указывает в этой колонке записью между какими атомами она посчитала длину связи (С-СВ, например) и собственно значение. Важно обеспечить трёхстороннее взаимодействие между значением длины связи, молекулой на мониторе и координатами центров атомов. Я имею в виду,  что если я уменьшаю или увеличиваю значение длины связи в записи, то присоединяемый атом отдвигается от присоединяющего на указанную величину по прямой, соединяющей их центры и высвечиваются его новые координаты.
Если мы во вкладке Template выбираем а.о. (красная стрелка), то на мониторе появляется глицин, который является общим структурным шаблоном для всех остальных аминокислот (табл. 5), а внизу прописываются координаты его атомов. Начинать моделирование аминокислот с глицина, а не с АТОМА (один октаэдр) удобно тем, что в результате мы получаем одинаковую ориентацию всех аминокислот, которая задаётся положением глицина.   
http://img-fotki.yandex.ru/get/5114/137150420.5/0_71488_f2236a66_XXL.jpg
http://fotki.yandex.ru/users/sokolik67- … ew/464008/
Обратите внимание, что в строке

ATOM O   Template а.о.       2.538   2.469   0.364        C=O     1.24

прописана двойная связь С=О, которая моделируется фигурой из въехавших углом друг в друга октаэдров (см. голубая стрелка). Эта связь всегда короче одинарных связей, которые моделируются смагничиванием граней фигур. Поэтому во вкладке ФИГУРА эта штука задана двумя октаэдрами сразу, втиснутыми друг в друга, а внизу монитора (см. таблицы 5 и 6) они прописываются сразу в двух строчках двумя атомами (С и О) с разным уровнем (уровень О всегда следующий).
В таблице 7 приведены фигуры, которые надо задать в виртуальном пространстве в качестве моделей атомов молекул. Для аминокислот будет достаточно трёх из них: усечённый октаэдр, усеченный гексаэдр и усеченный куб. Усеченный гексаэдр представляет собой комплекс двух усеченных тетраэдров, так что тетраэдры всё равно задавать придётся. Что касается двух остальных фигур, то их можно оставить на потом, поскольку они моделируют форму тяжёлых атомов таблицы Менделеева, которые не встречаются в структуре биомолекул, разве что в качестве кофакторов. Идя по пути упрощения, усечённые куб и тетраэдр можно задать неусечёнными аналогами.
http://img-fotki.yandex.ru/get/6109/137150420.5/0_71489_8083c7c9_XXL.jpg
http://fotki.yandex.ru/users/sokolik67- … ew/464009/
Очевидно, что и гексаэдр получиться тоже не усеченным. А вот октаэдр должен быть ТОЛЬКО усечённым.
Вы обратили внимание, что в этой версии молекулярного конструктора прописано всего 5 видов атомов. В принципе, для неорганики можно прописать всю таблицу Менделеева, но пока мне достаточно пяти. Обратите внимание, что Template разработаны ПОКА только для АТОМ и а.о.,  для всех остальных надо сейчас просто предусмотреть место (чтобы не переписывать заново всю программу), а я их рассчитаю позже.
И наконец, в таблице 8 представлены параметры фигур для всех пяти видов атомов, с помощью которых можно откалибровать оси координат и моделировать сами фигуры.

В принципе последовательность ходов можно поменять. Например сначала присоединять фигуру универсального размера и серого цвета, а потом после состыковки грань в грань её раскрашивать и корректировать размер. Для цвета тоже можно не делать жёсткую привязку к виду атомов, а просто закодировать палитру и раскрашивать атомы как угодно.

567

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Бародинамика Шестопалова А.В.

Анатолий Шестопалов пишет:

Пересмотрел видео о вручении http://video.mail.ru/mail/gopri/89/148.html Он даже не вручал, а приветствовал лауреатов. Так это его рутинная ежедневная была работа заседать и приветствовать

http://img-fotki.yandex.ru/get/6207/31556098.b3/0_6bf49_56954217_orig

Даже тот академик который награждает, я предполагаю что до момента отрытия и прочтения грамоты не знает кого в этот раз будет награждать. Все готовят помощники, комиссии из чиновников от науки. Во времена СССР это уже был бизнес: все научные награды состоят из 2-х частей - медали и(или) диплома, грамоты + денежное вознаграждение. Последнее уходило всегда на всякие представительские раходы и подкуп нужных людей.

Зря вы Александр Юрьевич оправдываете преступника. Даже в ВОВ не все с немцами сотрудничали. И если он был не таким карьеристом как все, то у него всегда была возможность умереть, но не продаваться системе, о которой вы пишите.

Зря вы Александр Юрьевич, зная что у меня тоже есть такая Медаль академии наук, вынуждаете меня повторять, что:
- содержание работы на соискание медали никого не интересует и никто ее не читает (в лучшем случае читают 3 странички аннотации);
- это конкурс не работ, а фамилий тех кто стоит за соискателями;
- все "рыбины" (заготовки отзывов) пишет сам соискатель и везет друзьм рецензентам на подпись, а потом сам же эти отзывы пересылает в комиссию по награждению;
- одним из необходимых условий для получения есть гарантия соискателя и того кто его рекомендует, что в пояснительной записке все наукообразно, есть список публикаций, проставлены страницы и красиво все оформлено. Чем менее влиятельные фамилии стоящих за соискателем, тем красивее нужно было оформлять. Мы даже все переплели, сделали золотое тиснение как на пояснительной записке так и специально изготовленной для этого папке. Чего совсем не требовалось, но это потому что у нас не было мощной поддержки "папика"

http://img-fotki.yandex.ru/get/5114/31556098.b3/0_6bf48_b135d2ae_orig

Кушелев: Вы, конечно, правы, Анатолий Васильевич. Тем не менее, "с волками жить, по-волчьи выть", поэтому выделять Гинзбурга, например, из 40 академиков, которые подписали "телегу" против Сахарова, бессмысленно. Тем более, что подписи тех, кто не подписывал всё-равно стоят smile
Либо грызть "диссидента", либо тебя загрызёт стая. Это сегодня "ортодоксы" оказались "за решёткой собственного изготовления", а во времена Гинзбурга альтернативы не было.
У меня все заложники той системы вызывают только жалость...

568

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Никак не могу найти в инете выражение для радиусов описанной и вписанной окружностей для ромбокубооктаэдра через сторону последнего.
Может кто знает на вскидку?

569

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Анатолий Шестопалов пишет:

Александр Никонов: не-хе-ра-шо когда начальник вечный ("Наука подбирается к тайне бессмертия") http://tv.km.ru/aleksandr-nikonov-nauka-podbirae

http://img-fotki.yandex.ru/get/6107/31556098.b3/0_6bf56_1c8d512f_orig

Кушелев: Придётся Александру Петровичу книгу переписывать... Отстал он от научного прогресса smile

570

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 36

Victoria пишет:

Никак не могу найти в инете выражение для радиусов описанной и вписанной окружностей для ромбокубооктаэдра через сторону последнего.
Может кто знает на вскидку?

Вообще-то ромбокубооктаэдр можно вписать в сферу, а не в окружность...