891

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

<<< 2.      Моделирование молекулярной динамики белка нейрональной ...
[06.03.2012 22:38:56] Кушелев Александр Юрьевич: Динамика бывает разная
[06.03.2012 22:39:02] Кушелев Александр Юрьевич: А начинать надо со статики
[06.03.2012 22:39:12] Кушелев Александр Юрьевич: У них ведь иллюзия, что статику они уже знают smile
[06.03.2012 22:39:27] V: завтра напишешь, что виктория соколик сказала
[06.03.2012 22:39:33] Кушелев Александр Юрьевич: КОгда они увидят реальную структуру их белков, то у них глаза на лоб полезут...
[06.03.2012 22:39:36] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[06.03.2012 22:39:43] V: или посмеются
[06.03.2012 22:39:53] Кушелев Александр Юрьевич: Им будет не до смеха smile
[06.03.2012 22:40:40] Кушелев Александр Юрьевич: Прикинь, если ты всю жизнь ломал голову, как можно на какой-то загогулине-велосипеде кататься, а тут вдруг увидел этот велосипед в реале
[06.03.2012 22:40:42] V: но у тебя то нет алгоритма составления их белков ?
[06.03.2012 22:40:56] V: я бы испугался и не поверил
[06.03.2012 22:40:57] Кушелев Александр Юрьевич: Программа Пикотех универсальная
[06.03.2012 22:41:11] Кушелев Александр Юрьевич: В науке верить не принято smile
[06.03.2012 22:41:27] Кушелев Александр Юрьевич: СМотреть надо и думать
[06.03.2012 22:41:37] Кушелев Александр Юрьевич: Если не видишь, - не наш клиент smile
[06.03.2012 22:42:16] Кушелев Александр Юрьевич: Раз она написала, значит увидела...
[06.03.2012 22:42:21] V: много слепых клиентов
[06.03.2012 22:42:33] V: на вс случай попробовать
[06.03.2012 22:42:40] Кушелев Александр Юрьевич: Слепых - в конец очереди! smile
[06.03.2012 22:44:20] V: но пообщаться следует попробовать
[06.03.2012 22:45:01] Кушелев Александр Юрьевич: Естественно
[06.03.2012 22:47:12] V: ладушки  - завтра остальное. спать теперь. завтра попробем еще
[06.03.2012 22:47:18] V: ё  попрограмить ?
[06.03.2012 22:47:28] V: или уже ничего и не надо ?
[06.03.2012 22:48:09] Кушелев Александр Юрьевич: Как это не надо? От одной точки - к четырём smile
[06.03.2012 22:49:36] V: 1,7 надо умножать?
[06.03.2012 22:49:57] Кушелев Александр Юрьевич: А ты вроде уже 1 точку умножил
[06.03.2012 22:50:12] V: мы же уже говорим про 4ре и совсем другие точки
[06.03.2012 22:50:27] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно придётся
[06.03.2012 22:50:35] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты-то не умноженные у них...
[06.03.2012 22:50:40] Кушелев Александр Юрьевич: И не поставлены в исходную позицию
[06.03.2012 22:51:06] Кушелев Александр Юрьевич: Савин похоже их какой-то матрицей преобразования в исходную позицию ставит и на 0.03 масштабирует
[06.03.2012 22:51:14] V: не в курсе
[06.03.2012 22:51:22] Кушелев Александр Юрьевич: Мы у него спросим smile
[06.03.2012 22:51:26] V: попробуй
[06.03.2012 22:51:30] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[07.03.2012 15:54:05] V: Конечно придётся
[06.03.2012 23:49:06] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты-то не умноженные у них...
[06.03.2012 23:49:11] Кушелев Александр Юрьевич: И не поставлены в исходную позицию
[06.03.2012 23:49:37] Кушелев Александр Юрьевич: Савин похоже их какой-то матрицей преобразования в исходную позицию ставит и на 0.03 масштабирует

выяснил ?
[07.03.2012 16:00:14] Кушелев Александр Юрьевич: Он пока не отвечает
[07.03.2012 16:01:57] Кушелев Александр Юрьевич: Это легко выяснить следующим образом. Нужно визуализировать в 3DS Одну аминокислоту, например, глицин. А потом подвинуть его и повернуть, чтобы он занял исходную позицию. Запомнить это преобразования и пременять его ко всем остальным аминокислотам
[07.03.2012 16:02:59] Кушелев Александр Юрьевич: Правильную позицию можно получить с помощью скрипта Савина smile
[07.03.2012 16:03:11] Кушелев Александр Юрьевич: А наш скрипт "подогнать"
[07.03.2012 16:03:46] V: не понял
[07.03.2012 16:04:33] Кушелев Александр Юрьевич: Берём координаты аминокислоты, умножаем на 0.03
[07.03.2012 16:04:45] Кушелев Александр Юрьевич: Создаём по ним объект в 3DS
[07.03.2012 16:05:04] Кушелев Александр Юрьевич: Потом запускаем скрипт Савина и смотрим, где появляется объект после установки в исходную позицию
[07.03.2012 16:06:01] Кушелев Александр Юрьевич: После этого двигаем объект и поворачиваем, чтобы он попал из положения, заданного координатами, в исходную позицию, откуда идёт строительство белка
[07.03.2012 16:06:52] Кушелев Александр Юрьевич: Я предполагаю, что это преобразование делается матрицей из скрипта Дениса Савина.
[07.03.2012 16:07:00] Кушелев Александр Юрьевич: Видел у него матрицу?
[07.03.2012 16:07:09] Кушелев Александр Юрьевич: Типа correctAtoms
[07.03.2012 16:07:24] V: начинай )!
[07.03.2012 16:08:05] Кушелев Александр Юрьевич: Ага, сейчас... Я с матрицами не умею работать. Я не программист.
[07.03.2012 16:08:33] V: [7 марта 2012 г. 17:02] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< Берём координаты аминокислоты, умножаем на 0.03
Создаём по ним объект в 3DS
Потом запускаем скрипт Савина и смотрим, где появляется объект после установки в исходную позицию
После этого двигаем объект и поворачиваем, чтобы он попал из положения, заданного координатами, в исходную позицию, откуда идёт строительство белкаэт разве ты не умеешь длать ?
[07.03.2012 16:11:23] Кушелев Александр Юрьевич: Так это надо с помощью матрицы из программы Савина сделать. А я не умею с матрицами работать
[07.03.2012 16:11:36] Кушелев Александр Юрьевич: Ну ладно, меня обедать зовут. Если будут вопросы, то чуть позже...
[07.03.2012 17:03:56] V: а матрицу и как ею пользоваться конечно же ты не знаешь )
[07.03.2012 17:04:36] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас попробую тебе показать то, что мне показалось этой матрицей
[07.03.2012 17:16:11] Кушелев Александр Юрьевич: Вот одна матрица, которая может претендовать на эту роль: local sysTM = (matrix3 [-0.0289494,-0.0072179,-0.00313582] [0.00304267,0.000758627,-0.0298357] [0.00725766,-0.0291089,0] [2.04156,0.787284,-0.138013])
[07.03.2012 17:18:15] Кушелев Александр Юрьевич: Вот второе место в скрипте Савина, которое может делать это:
[07.03.2012 17:18:16] Кушелев Александр Юрьевич: -- procedure CorrectAtom(var p: TVertex);
fn CorrectAtom p sad
local t = .0
local tCos = .0
local tSin = .0
[07.03.2012 17:18:49] Кушелев Александр Юрьевич: Может здесь:
[07.03.2012 17:18:50] Кушелев Александр Юрьевич: fn CorrectAtom p sad
--/*
p = p * rotateZMatrix -60
p = p * rotateXMatrix  90
p = p * transMatrix [80,9,11]
p = p * rotateZMatrix 14
p = p * scaleMatrix [.03,.03,.03]
--*/
--local s = 0.1
--p = p * scaleMatrix [s,s,s]

p
)
[07.03.2012 17:19:56] Кушелев Александр Юрьевич: А для моделей из колец может это:
[07.03.2012 17:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: local ACenterPos = #([0,0,0], [3.40825,0,0], [1.70413,-2.40587,0], [1.70413,-4.40587,0])
[07.03.2012 17:20:58] Кушелев Александр Юрьевич: И эта:local tm3 = (matrix3 [-0.0289494,-0.0072179,-0.00313582] [0.00304267,0.000758627,-0.0298357] [0.00725766,-0.0291089,0] [2.04156,0.787284,-0.138013])
[07.03.2012 17:21:15] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что это для колец
[07.03.2012 17:23:22] Кушелев Александр Юрьевич: [7 марта 2012 г. 17:16] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< (matrix3 [-0.0289494[7 марта 2012 г. 17:20] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< local tm3 = (matrix3 [-0.0289494И числа как-то одни и те же. Вероятно, одинаковые матрицы применяются для установки в рабочую позицию шариков-палочек и колечек
[07.03.2012 17:23:47] Кушелев Александр Юрьевич: Ты же программист, тебе виднее, что там за матрицы...
[07.03.2012 17:25:01] V: абсолютно не виднее
[07.03.2012 17:27:05] Кушелев Александр Юрьевич: А мне и подавно непонятно, что там за подпрограммы написаны. Надо Савина попросить подробно прокомментировать всю программу, а ты будешь контролировать. Если что-то непонятно, задавать Савину вопросы. Я так понял, что он откуда-то издалека приехал и должен несколько дней в себя прийти smile
[07.03.2012 17:31:34] V: есть определённые сомнения
[07.03.2012 17:31:38] V: что он тебе ответит
[07.03.2012 17:33:30] V: значит пытайся объяснить что же дожен делать алгоритм
[07.03.2012 17:34:00] Кушелев Александр Юрьевич: Он мне отвечает, поэтому сомнения лишь в сроках
[07.03.2012 17:35:29] Кушелев Александр Юрьевич: А что должен делать алгоритм, я тебе уже рассказывал.
[07.03.2012 17:36:12] Кушелев Александр Юрьевич: Он должен двигать множество точек (аминокислотный остаток с радикалом) так же, как двигает сейчас твой скрипт одну точку
[07.03.2012 17:36:27] Кушелев Александр Юрьевич: Для начала нам нужно научиться правильно двигать 4 точки
[07.03.2012 17:36:50] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты мы берём из скрипта Савина, а он их взял, как я понял, из программы Неделько
[07.03.2012 17:37:04] Кушелев Александр Юрьевич: Скорее всего и матрицу тоже у Неделько взял
[07.03.2012 17:37:15] Кушелев Александр Юрьевич: Может посмотришь исходник Неделько?
[07.03.2012 17:37:21] Кушелев Александр Юрьевич: У него там всё подробно описано
[07.03.2012 17:39:38] Кушелев Александр Юрьевич: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … /index.htm
[07.03.2012 17:39:47] Кушелев Александр Юрьевич: таблица координат атомов

098 Atoms_Common: array [1..4] of TAtom = (

099 (p:(x: 23.1; y: 9.7; z: 31.3); ch1:'N'; ch2:' '; ch3:' '),
[07.03.2012 17:39:55] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты те?
[07.03.2012 17:41:01] Кушелев Александр Юрьевич: Atoms_Common = #(
      TAtom p:[  27.85,  -19, -26.5] ch1:"N" ch2:" " ch3:" ",
      TAtom p:[   9.7, -14.4,    0 ] ch1:"C" ch2:"A" ch3:" " con:#(3,5),
      TAtom p:[ -23.5, -21.0,    0 ] ch1:"C" ch2:" " ch3:" ",
      TAtom p:[ -44.5, -11.6,    0 ] ch1:"O" ch2:" " ch3:" " con:#())
   
  -- TAtom p:[  23.1,   9.7,  31.3] ch1:"N" ch2:" " ch3:" ",
  -- TAtom p:[ -20.3, -24.6,    0 ] ch1:"C" ch2:" " ch3:" ",
     -- TAtom p:[ -45.5, -10.7,    0 ] ch1:"O" ch2:" " ch3:" " con:#())
[07.03.2012 17:41:30] Кушелев Александр Юрьевич: [7 марта 2012 г. 17:39] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< 099 (p:(x: 23.1; y: 9.7; z: 31.3)[7 марта 2012 г. 17:41] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< -- TAtom p:[  23.1,   9.7,  31.3]Ага... Денис поменял координаты
[07.03.2012 17:41:45] Кушелев Александр Юрьевич: Он мне говорил, что у Неделько получаются аминокислотные остатки разной длины...
[07.03.2012 17:42:14] V: разные
[07.03.2012 17:42:28] Кушелев Александр Юрьевич: Но это - дело десятое. Главное, что он взял те же исходные позиции, что и у Е.Неделько. А значит описание можно брать отсюда: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … /index.htm
[07.03.2012 17:42:45] Кушелев Александр Юрьевич: Он закомментировал старые координаты. Но нам-то что?
[07.03.2012 17:43:10] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты возьмём новые, а описание - из программы Неделько.
[07.03.2012 17:43:19] Кушелев Александр Юрьевич: Углы-то вообще те же
[07.03.2012 17:43:55] Кушелев Александр Юрьевич: Но координаты Савин радикально изменил...
[07.03.2012 17:44:06] V: угу
[07.03.2012 17:44:55] Кушелев Александр Юрьевич: А нельзя просто написать преобразование через матрицу и проверить, туда ли встанут 4 точки или не туда?
[07.03.2012 17:45:06] Кушелев Александр Юрьевич: Если туда, то "и всех делов" smile
[07.03.2012 17:54:58] V: хзю может и можно а может и не можно
[07.03.2012 17:56:12] Кушелев Александр Юрьевич: Почему нельзя?
[07.03.2012 18:01:39] V: 1 - начнём с того - что маша не есть система программирования
[07.03.2012 18:02:24] V: маша ест система для работы с объектами
с  коими ты и работал и визуально прикидывал отросток к носу и смотрел - на что это похоже )
[07.03.2012 18:06:30] V: далее - ты всё время пишешь - возьмём точки и начнём их вращать

взть то возьмём и повращать сможем - но тутвстанет сразу же вторая проблема - ужна то другая спирать  - левая
[07.03.2012 18:09:23] Кушелев Александр Юрьевич: Для тебя проблема промасштабировать и зеркально отразить? smile
[07.03.2012 18:09:35] Кушелев Александр Юрьевич: А я думал, что ты уже с этой проблемой справился навсегда smile
[07.03.2012 18:10:30] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория Соколик до сих пор фыркает, когда я ей предлагаю воспользоваться зеркалом.
[07.03.2012 18:11:20] V: саша не тупи
зеркалирование которое ты применил - это не зеркалирование как таковое
и оно сработало в ситуации когда все вычисления начинаются в центре

я же тебе на матлабе написал вариант с 4мя цепочками - он павильный ?
[07.03.2012 18:12:17] Кушелев Александр Юрьевич: Какая разница, в центре, не в центре?
[07.03.2012 18:12:50] Кушелев Александр Юрьевич: На Матлабе с 4 точками надо доводить, т.к. точки стартуют не оттуда
[07.03.2012 18:13:10] Кушелев Александр Юрьевич: Попробуй их координаты на матрицу Савина умножить
[07.03.2012 18:13:18] Кушелев Александр Юрьевич: Может быть тогда они попадут на своё место
[07.03.2012 18:13:46] Кушелев Александр Юрьевич: У Евгения Неделько была матрица, которая ставит аминокислоту в исходную позицию?
[07.03.2012 18:14:09] Кушелев Александр Юрьевич: Или матрица появилась только у Савина?
[07.03.2012 18:14:39] V: что такое исходная позиция?
что такое ставит аминокислоту в исходную позицию?
[07.03.2012 18:14:51] V: в математие геометрии нет таких выражений )
[07.03.2012 18:15:26] Кушелев Александр Юрьевич: У Савина заданы координаты. Если их промасштабировать на 0.03, после чего начать строить белок, то аминокислоты торчат хрен знает как
[07.03.2012 18:15:36] V: есть другое;
аминокислота затана точками с такими-то координатами
а ты мне предлагаешь искть это координаты
[07.03.2012 18:15:48] Кушелев Александр Юрьевич: Это значит, что нужно их сначала куда-то подвинуть, как-то повернуть, а потом уже начать строить спираль
[07.03.2012 18:17:33] V: тебе 2 человека написали программы - кто-то же им объяснил ? это был кто?
[07.03.2012 18:18:06] Кушелев Александр Юрьевич: Я
[07.03.2012 18:18:16] Кушелев Александр Юрьевич: Я и тебе объяснял. Забыл? wink
[07.03.2012 18:18:29] Кушелев Александр Юрьевич: Ты же писал программу Пикотех
[07.03.2012 18:18:31] V: я не понял.
[07.03.2012 18:18:33] Кушелев Александр Юрьевич: Или это был не ты?
[07.03.2012 18:18:51] Кушелев Александр Юрьевич: В твоей программе даже углы можно было визуально настраивать
[07.03.2012 18:18:59] V: да.
[07.03.2012 18:19:00] Кушелев Александр Юрьевич: Помнишь треугольник входа и треугольник выхода?
[07.03.2012 18:19:02] Кушелев Александр Юрьевич: Ну вот
[07.03.2012 18:19:37] Кушелев Александр Юрьевич: Савин треугольник входа куда-то двигает, прежде, чем начать строить спираль
[07.03.2012 18:19:46] Кушелев Александр Юрьевич: И делает он это, похоже, с помощью матрицы
[07.03.2012 18:21:16] V: кто ему сказал - куда и как надо двигать?
[07.03.2012 18:21:47] V: ты говришь - взял у недельк
[07.03.2012 18:21:54] V: а кт сказал неделько ? )
[07.03.2012 18:21:55] V: ты
[07.03.2012 18:26:25] Кушелев Александр Юрьевич: Неделько сказал Я
[07.03.2012 18:26:45] Кушелев Александр Юрьевич: А Савин посмотрел комментарии, задал вопросы и написал скрипт
[07.03.2012 18:27:04] Кушелев Александр Юрьевич: Это было в 2004-ом году
[07.03.2012 18:27:11] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт не заработал
[07.03.2012 18:27:18] Кушелев Александр Юрьевич: Строил криво и неправильно
[07.03.2012 18:27:19] V: я работаю сейчас с точками а не с объектами
и то что там написаны какие-то матрицы - они имеют отношение к внутренним стрктурам маи. к точкам они относятся неизвестным способом и более того неизвесными функциями
[07.03.2012 18:27:35] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и забросили его до 2010 года, когда Виктория Соколик нашла первую ошибку
[07.03.2012 18:27:43] V: я не хочу повторять ошибки савина и неделько
[07.03.2012 18:27:55] Кушелев Александр Юрьевич: Обождите..
[07.03.2012 18:28:18] V: поэтому тебя и расспрашиваю. более того - маша не есть язык програмимрования - это я per команд над объектами - с натяжкой язык програмимрования
[07.03.2012 18:28:19] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт Савина работает правильно, если смотреть через зеркало и лупу
[07.03.2012 18:28:51] Кушелев Александр Юрьевич: Наша задача написать более понятный и компактный скрипт
[07.03.2012 18:29:14] Кушелев Александр Юрьевич: Ты, конечно, можешь задать координаты с нуля
[07.03.2012 18:29:14] V: не скрипт - программу. забудь про Машу
[07.03.2012 18:29:25] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт и программа - синонимы
[07.03.2012 18:29:50] V: нет - это разные вещи
[07.03.2012 18:29:50] Кушелев Александр Юрьевич: То, что ты пишешь в Матлабе, то же можно написать и на языке МаксСкрипт
[07.03.2012 18:30:03] V: тебе просто удобно видеть красивости в Маше - но это не программа
[07.03.2012 18:30:15] Кушелев Александр Юрьевич: Ага. Массивы с одинаковыми координатами - разные вещи. Вешай лапшу кому-нибудь другому
[07.03.2012 18:30:42] Кушелев Александр Юрьевич: Меня скрипт привлекает возможностью его модификации
[07.03.2012 18:30:50] V: это не система для научных разработок - это что-то что может с достойными ошибками показать красиво боле мене
[07.03.2012 18:30:56] Кушелев Александр Юрьевич: Твою программу на компиллирующем языке я вообще не могу модифицировать
[07.03.2012 18:31:25] Кушелев Александр Юрьевич: Научные разработки можно вести, применяя что угодно, в т.ч. и Машу
[07.03.2012 18:31:30] V: в матлабе - можешь - я как есть тебе её и посылаю. ты просто не умеешь програмить )
[07.03.2012 18:31:40] V: ты умеешь кубики клеем клеить )
[07.03.2012 18:31:56] Кушелев Александр Юрьевич: Кого волнует, что я умею, и что не умею?
[07.03.2012 18:32:06] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт я править могу
[07.03.2012 18:32:12] V: клей у тебя состоит из 5ти команд - повернуть поменять подвинуть нарисовать очистить )
[07.03.2012 18:32:24] Кушелев Александр Юрьевич: А Матлабовский скрипт я не понимаю, поэтому для меня он пока непригоден
[07.03.2012 18:32:29] V: увы - это так. и я буду тебя насиловать пока не пойму что же нужно
[07.03.2012 18:33:15] Кушелев Александр Юрьевич: Да мне по фиг, поворачивать одной командой или пачкой формул, которые называются кватернион или как угодно
[07.03.2012 18:33:34] Кушелев Александр Юрьевич: Ты написал скрипт. Он работает. Всё. Теперь я могу его модифицировать
[07.03.2012 18:33:41] Кушелев Александр Юрьевич: Но это для одной точки
[07.03.2012 18:33:52] Кушелев Александр Юрьевич: Для четырёх точек ещё надо написать
[07.03.2012 18:34:26] Кушелев Александр Юрьевич: И единственная проблема, это как от имеющихся координат перейти к координатам, которые нужны для построения спирали.
[07.03.2012 18:34:46] Кушелев Александр Юрьевич: Если не получается преобразовать с помощью матрицы, ну и хрен с ним
[07.03.2012 18:34:51] Кушелев Александр Юрьевич: Давай зададим координаты с нуля
[07.03.2012 18:34:55] V: а теперь объясняй по делу
[07.03.2012 18:35:07] V: с нуля мы с тобой построили - врное
[07.03.2012 18:35:10] V: верно ?
[07.03.2012 18:35:22] Кушелев Александр Юрьевич: Для этого нужно взять скрипт Савина из запустить для глицина
[07.03.2012 18:35:42] Кушелев Александр Юрьевич: И просто измерить координаты 4 точек
[07.03.2012 18:35:54] Кушелев Александр Юрьевич: Для одной точки верно
[07.03.2012 18:36:02] Кушелев Александр Юрьевич: Но где нужно поставить 4 точки я пока не знаю
[07.03.2012 18:36:08] Кушелев Александр Юрьевич: Зато знает скрипт Савина
[07.03.2012 18:36:13] Кушелев Александр Юрьевич: Давай у скрипта и спросим
[07.03.2012 18:36:27] V: не просто для одной точки - а для одной точки с цетром свпадающим с началом коорд осей!
[07.03.2012 18:36:32] Кушелев Александр Юрьевич: Только нужно, чтобы он не поворачивал глицин
[07.03.2012 18:36:40] Кушелев Александр Юрьевич: Да пофиг
[07.03.2012 18:37:05 | Изменены 18:37:30] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно узнать координаты 4 точек до того, как скрипт Савина их сдвинет и повернет
[07.03.2012 18:37:37] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь?
[07.03.2012 18:37:48] V: если мы добавляем вторую точку для вторй цепочки с другими координатами (не 000)
то эта цепочка должна быть похожа нацепочку, которая начиналась в 000 ?
[07.03.2012 18:37:59] Кушелев Александр Юрьевич: Где-то да
[07.03.2012 18:38:17] V: т.е. эта цепочка не будет похожа на улевую
[07.03.2012 18:38:36] Кушелев Александр Юрьевич: Я бы что сделал. Я бы отключил сдвиг и поворот и вывел глицин после первого "нулевого" преобразования
[07.03.2012 18:39:12] Кушелев Александр Юрьевич: Если ты кинешь бумеранг, то ясно же, что концы будут описывать более длинные траектории, чем середина
[07.03.2012 18:39:22] Кушелев Александр Юрьевич: Но это неважно
[07.03.2012 18:39:39] Кушелев Александр Юрьевич: Давай отключим поворот и сдвиг у Савина и выведем координаты глицина
[07.03.2012 18:39:53] V: давай - отключай и кидай мне - посмотрим
[07.03.2012 18:40:04] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, таким образом можно вывести координаты всех аминокислотных остатоков с радикалами...
[07.03.2012 18:40:17] Кушелев Александр Юрьевич: Я отключать не умею пока. Я же не программер smile
[07.03.2012 18:40:28] Кушелев Александр Юрьевич: Ну ладно, я появлюсь где-то через минут 40
[07.03.2012 18:40:50] V: а я могу у себя отключить ) а у савина не могу - у нго через ... написано
[07.03.2012 18:42:13] Кушелев Александр Юрьевич: Ну вот... Не можешь заменить сдвиги и повороты на нулевые? Ай-яй-яй... Это даже я могу. Тогда жди 40 минут smile
[07.03.2012 18:43:37] V: жду.
[07.03.2012 20:02:25] Кушелев Александр Юрьевич: Вот это всё обнуляешь, и вперёд smile
[07.03.2012 20:02:26] Кушелев Александр Юрьевич: -- Kushelev's tuning...
--
-- alpha-helix
  Point3 (-24.0000) (-10.89167) 92.000 , -- 10 30 97
--
-- beta-helix
  Point3 180.00  (83.0000) 120.000 , -- 0 120 120
--
-- pi-helix
  Point3 60.000  (0.0000) 60.000 , -- 0  30 -60
--
-- 310-helix   
  Point3 (-45.0000) (15.0000) 110.000 , -- 10 30  80
--
-- Single-alpha
  Point3 (-45.0000) (15.0000) 110.000 ) -- 10 30  89     -- in original not this string

  Script_Angles = #(
    Point3 0 20 20 , -- 0 -5 -60
  Point3 0 20 145 , -- 0 -5 141
  Point3 0 20 265 , -- 0 -5  21
  Point3 0 20 30 , -- 0 -5 -138
  Point3 0 20 25 ) -- 0 -5  99      -- in original not this string
 
  Script_Coordinats = #(
    Point3 -2  -4  2.5 ,
  Point3 4.4  0.4  2.5 ,
  Point3 -2.4 3.7  2.5 ,
  Point3 -2  -4  2.5 ,
  Point3 -2  -4  2.5 )
[07.03.2012 20:02:52] V: и что получилост ?:
[07.03.2012 20:03:11] Кушелев Александр Юрьевич: Не получилось, а получится. Обнуляй smile
[07.03.2012 20:03:46] Кушелев Александр Юрьевич: И число в цикле надо заменить с 473 на 1 smile
[07.03.2012 20:06:21] V: поменяй и посмотри ))
[07.03.2012 20:06:37] V: что ждёшь  - в данный момент ты и есть тот самый программист-экспериментатор )
[07.03.2012 20:09:13] Кушелев Александр Юрьевич: Ты мне предлагаешь программированием заняться? Я объяснил тебе, как получить правильные координаты. Программист это может сделать с помощью программы, а ты мне предлагаешь вручную делать то, что компьютер может сделать по программе? wink
[07.03.2012 20:11:08] Кушелев Александр Юрьевич: Ты лучше попробуй воспользоваться матрицей Дениса Савина. Зачем делать вручную то, что может сделать программа? smile
[07.03.2012 20:13:12] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, у Неделько написано, что делать с этими координатами:
[07.03.2012 20:13:13] Кушелев Александр Юрьевич: 098 Atoms_Common: array [1..4] of TAtom = (

099 (p:(x: 23.1; y: 9.7; z: 31.3); ch1:'N'; ch2:' '; ch3:' '),

100 (p:(x: 9.7; y:-14.4; z: 0 ); ch1:'C'; ch2:'A'; ch3:' '),

101 (p:(x:-20.3; y:-24.6; z: 0 ); ch1:'C'; ch2:' '; ch3:' '),

102 (p:(x:-45.5; y:-10.7; z: 0 ); ch1:'O'; ch2:' '; ch3:' '));
[07.03.2012 20:13:28] Кушелев Александр Юрьевич: Может и не нужно возиться с координатами от Савина?
[07.03.2012 20:14:10] Кушелев Александр Юрьевич: У Неделько же программа написана на ПРАВИЛЬНОМ языке. Да-а-а? wink
[07.03.2012 20:15:30] Кушелев Александр Юрьевич: Давай возьмём у Неделько координаты и углы.
[07.03.2012 20:16:00] Кушелев Александр Юрьевич: У Неделько должны быть настроены 3 угла из 4. 4-ый угол я настрою.
[07.03.2012 20:19:36] V: вот матрице савина и есть вручную
[07.03.2012 20:21:17] Кушелев Александр Юрьевич: 1.1781,0.4947,1.5963
[07.03.2012 20:21:44] Кушелев Александр Юрьевич: Это я посчитал координаты первой общей точки из четырёх, умножив координаты Неделько на 0.051
[07.03.2012 20:23:12] V: т.е. ты ничего не сделал - просто пересчтал (уменьшил) вектор на первую точку
[07.03.2012 20:23:30] Кушелев Александр Юрьевич: Ну да.
[07.03.2012 20:23:35] Кушелев Александр Юрьевич: Вот координаты второй точки:
[07.03.2012 20:23:36] Кушелев Александр Юрьевич: 0.4947,-0.7344,0
[07.03.2012 20:24:15] V: ну да. а толку то - не важно в какой системе координатной сетки будет точка - преобразования на неё будут действовать так же как и на ту точку что была
просто конец короче
[07.03.2012 20:25:08] V: если раньше конец был до носа то теперь он до пупка
[07.03.2012 20:25:25] Кушелев Александр Юрьевич: Если эти точки двигать по алгоритму Неделько, то получится правильная модель
[07.03.2012 20:26:46] Кушелев Александр Юрьевич: Вот координаты третьей точки:
[07.03.2012 20:26:48] Кушелев Александр Юрьевич: -1.0353,-1.2546,0
[07.03.2012 20:28:31] Кушелев Александр Юрьевич: 1.1781, 0.4947,1.5963
0.4947,-0.7344,0
-1.0353,-1.2546,0
-2.3205,-0.5457,0
[07.03.2012 20:28:51] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты всех 4 точек из алгоритма Неделько, умноженные на 0.051
[07.03.2012 20:29:19] Кушелев Александр Юрьевич: Давай проверим, попадут ли они на спираль?
[07.03.2012 20:58:23] V: т.е. беру например 1.1781,0.4947,1.5963 эту точку - 0 0 0  меняю на неё. и запускаю вчеашний скрипт
[07.03.2012 20:58:40] V: и ты смотришь  - что получилось
[07.03.2012 20:59:36] Кушелев Александр Юрьевич: Ну да
[07.03.2012 20:59:45] Кушелев Александр Юрьевич: А лучше все 4 точки
[07.03.2012 20:59:52] Кушелев Александр Юрьевич: По одной хрен поймёшь...
[07.03.2012 21:00:14] V: одну то легко заменить - 4 надо дописывать прграмму )
[07.03.2012 21:01:42] Кушелев Александр Юрьевич: Давай допишем. По одной точке непонятно будет
[07.03.2012 21:01:57] Кушелев Александр Юрьевич: Всё-равно придётся дописывать до 4 точек smile
[07.03.2012 21:04:22] V: сдвиг оставлять умноженным на 1.7 ?
[07.03.2012 21:04:51] Кушелев Александр Юрьевич: Естественно. А зеркальное преобразование придётся пока отключить...
[07.03.2012 21:05:01] V: хорошо
[07.03.2012 21:20:03] *** V отправил Col9.pdb ***
[07.03.2012 21:20:09] *** V отправил Col9.pdb ***
[07.03.2012 21:20:17] V: читай
[07.03.2012 21:20:33] V: -н убрал!
[07.03.2012 21:20:38] V: -Y
[07.03.2012 21:21:15] Кушелев Александр Юрьевич: Убрал или не убрал?
[07.03.2012 21:21:48] V: убрал
[07.03.2012 21:24:27] Кушелев Александр Юрьевич: Что-то все 4 шарика "слиплись" так, что оказались внутри одного из 4
[07.03.2012 21:24:44] Кушелев Александр Юрьевич: Масштаб не тот...
[07.03.2012 21:24:50] V: ага )
[07.03.2012 21:25:21] Кушелев Александр Юрьевич: Мы на какую величину двигаем?
[07.03.2012 21:25:42] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно двигать где-то на 2
[07.03.2012 21:26:02] V: px1[ii] += dx[kk[k]]*1.7; py1[ii] += dy[kk[k]]*1.7; pz1[ii] += dz[kk[k]]*1.7
[07.03.2012 21:26:31] Кушелев Александр Юрьевич: Кинь-ка скрипт
[07.03.2012 21:26:45] *** V отправил 20120307-4-01.ms ***
[07.03.2012 21:32:26] Кушелев Александр Юрьевич: Странно. Такое ощущение, что и ориентация неправильная, и расстояние от начала координат и масштаб smile
[07.03.2012 21:33:23] Кушелев Александр Юрьевич: А нельзя ли взять углы и сдвиги у Неделько?
[07.03.2012 21:34:03] Кушелев Александр Юрьевич: Или обнулить их у Савина и вывести координаты 4 точек
[07.03.2012 21:34:17] V: обнули у савина и выведи - я не могу
[07.03.2012 21:34:28] Кушелев Александр Юрьевич: Почему не можешь?
[07.03.2012 21:34:40] V: непонимаю что ты говоршь.
[07.03.2012 21:34:53] V: ты быстро это сделаешь и порверим
[07.03.2012 21:35:11] Кушелев Александр Юрьевич: Заменить все числа на нули
[07.03.2012 21:35:16] Кушелев Александр Юрьевич: [7 марта 2012 г. 20:02] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< -- Kushelev's tuning...
--
-- alpha-helix
  Point3 (-24.0000) (-10.89167) 92.000 , -- 10 30 97
--
-- beta-helix
  Point3 180.00  (83.0000) 120.000 , -- 0 120 120
--
-- pi-helix
  Point3 60.000  (0.0000) 60.000 , -- 0  30 -60
--
-- 310-helix   
  Point3 (-45.0000) (15.0000) 110.000 , -- 10 30  80
--
-- Single-alpha
  Point3 (-45.0000) (15.0000) 110.000 ) -- 10 30  89     -- in original not this string

  Script_Angles = #(
    Point3 0 20 20 , -- 0 -5 -60
  Point3 0 20 145 , -- 0 -5 141
  Point3 0 20 265 , -- 0 -5  21
  Point3 0 20 30 , -- 0 -5 -138
  Point3 0 20 25 ) -- 0 -5  99      -- in original not this string
 
  Script_Coordinats = #(
    Point3 -2  -4  2.5 ,
  Point3 4.4  0.4  2.5 ,
  Point3 -2.4 3.7  2.5 ,
  Point3 -2  -4  2.5 ,
  Point3 -2  -4  2.5 )[7 марта 2012 г. 20:02] Кушелев Александр Юрьевич:

892

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

<<< -- Kushelev's tuning...
--
-- alpha-helix
  Point3 (-24.0000) (-10.89167) 92.000 , -- 10 30 97
--
-- beta-helix
  Point3 180.00  (83.0000) 120.000 , -- 0 120 120
--
-- pi-helix
  Point3 60.000  (0.0000) 60.000 , -- 0  30 -60
--
-- 310-helix   
  Point3 (-45.0000) (15.0000) 110.000 , -- 10 30  80
--
-- Single-alpha
  Point3 (-45.0000) (15.0000) 110.000 ) -- 10 30  89     -- in original not this string

  Script_Angles = #(
    Point3 0 20 20 , -- 0 -5 -60
  Point3 0 20 145 , -- 0 -5 141
  Point3 0 20 265 , -- 0 -5  21
  Point3 0 20 30 , -- 0 -5 -138
  Point3 0 20 25 ) -- 0 -5  99      -- in original not this string
 
  Script_Coordinats = #(
    Point3 -2  -4  2.5 ,
  Point3 4.4  0.4  2.5 ,
  Point3 -2.4 3.7  2.5 ,
  Point3 -2  -4  2.5 ,
  Point3 -2  -4  2.5 )
[07.03.2012 21:36:01] Кушелев Александр Юрьевич: И тогда скрипт Савина выведет в первом цикле (этим и ограничиться) координаты 4 точек глицина (общих)
[07.03.2012 21:36:19] Кушелев Александр Юрьевич: Мы их и вставим в твой скрипт
[07.03.2012 21:40:10] V: саша - замени -  и пришли мне скрипт где ты поменял
[07.03.2012 21:40:20] V: и посмотрим - если увидим
[07.03.2012 21:41:16] Кушелев Александр Юрьевич: Я буду это делать слишком долго вручную...
[07.03.2012 21:41:26] Кушелев Александр Юрьевич: Я же не программист smile
[07.03.2012 21:41:33] V: я тоже делаю всё вручную
[07.03.2012 21:41:42] V: это же МАША - тут всё вручную
[07.03.2012 21:41:48] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас бы сюда Евгения Неделько. Он свои программы пишет не вручную...
[07.03.2012 21:41:54] V: но я не вижу где менять - а ты уже нашёл все эти места - поменяй )
[07.03.2012 21:42:18] Кушелев Александр Юрьевич: Я не только нашёл, я тебе показал всё, что нужно на нули поменять.
[07.03.2012 21:42:37] Кушелев Александр Юрьевич: Слабо?
[07.03.2012 21:42:45] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда жди. Освобожусь, буду вручную менять
[07.03.2012 21:43:26] V: жду.
[07.03.2012 21:55:46 | Изменены 21:55:57] Кушелев Александр Юрьевич: А Неделько такие штуки делает в Экселе за пару минут
[07.03.2012 22:00:46] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил EMBLReader2012021804_00.ms ***
[07.03.2012 22:01:01] Кушелев Александр Юрьевич: У меня заняло 5 минут вручную
[07.03.2012 22:02:34] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил gly.dne ***
[07.03.2012 22:03:47] V: gly.dne - тт вообще ничего нет
[07.03.2012 22:04:03] Кушелев Александр Юрьевич: FT   CDS             1..1
XX
SQ   Sequence  250 BP;  36 A; 105 C; 78 G; 31 T; 0 other;
     ggc
//
[07.03.2012 22:04:05] Кушелев Александр Юрьевич: А так?
[07.03.2012 22:04:25] V: мне это ничего не говорит
[07.03.2012 22:04:37] V: поэтому и говорю - не вижу ничего
[07.03.2012 22:04:43] Кушелев Александр Юрьевич: Не видишь dne-файл?
[07.03.2012 22:05:05] V: это то что должен скрипт загрузить?
[07.03.2012 22:05:40] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил gly.pdb ***
[07.03.2012 22:05:46] Кушелев Александр Юрьевич: И получить pdb
[07.03.2012 22:06:21] Кушелев Александр Юрьевич: Вот, зараза, не выводит координты...
[07.03.2012 22:06:53] V: PFRMAT TS
TARGET R00xx
AUTHOR
REMARK Predictor remarks.
REMARK http://nanoworld.narod.ru
REMARK
REMARK Target sequence (0 acids)
REMARK
METHOD Method description
METHOD The strong correlation dependence of spatial structure
METHOD of the protein from its nucleotide sequence was
METHOD theoretically predicted by physical modelling,
METHOD experimentally  discovered and statistically confirmed.
METHOD In the process of biosynthesis the third nucleotide of
METHOD the codon controls the orientation of the amino acid
METHOD forming the concrete spatial isomer that is the
METHOD conformation of the protein molecule cutting off
METHOD competition ways of the forming of 2D and 3D structures.
METHOD On this base the computer program "Pikotechnology" for
METHOD the prediction of 2D structure of the proteins on their
METHOD nucleotide sequence was created.
MODEL 1
PARENT N/A 1
TER
END
[07.03.2012 22:06:54] V: и ?
[07.03.2012 22:07:37] V: и вт результат:)
[7 марта 2012 г. 22:37] V:

<<< саша - замени -  и пришли мне скрипт где ты поменял
и посмотрим - если увидим
[07.03.2012 22:08:28] Кушелев Александр Юрьевич: ATOM      1  N   GLY A   1       3.476   2.373  -1.132  1.00  0.50      A   
ATOM      2  CA  GLY A   1       3.520   1.565  -0.591  1.00  0.50      A   
ATOM      3  C   GLY A   1       2.871   1.403   0.172  1.00  0.50      A   
ATOM      4  O   GLY A   1       2.802   1.386   0.858  1.00  0.50      A   
ATOM      5  N   GLY A   2       1.997   1.595  -0.678  1.00  0.50      A   
ATOM      6  CA  GLY A   2       2.041   0.787  -0.138  1.00  0.50      A   
ATOM      7  C   GLY A   2       1.391   0.625   0.625  1.00  0.50      A   
ATOM      8  O   GLY A   2       1.323   0.608   1.312  1.00  0.50      A
[07.03.2012 22:08:38] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил gly.dne ***
[07.03.2012 22:09:04] Кушелев Александр Юрьевич: Всё-таки он двигает, зараза, хотя вроде сдвиг я отключил. Вероятно, не везде...
[07.03.2012 22:10:00] V: ищи )
[07.03.2012 22:11:12] Кушелев Александр Юрьевич: ATOM      1  N   GLY A   1       6.435   3.930  -2.039  1.00  0.50      A   
ATOM      2  CA  GLY A   1       6.479   3.121  -1.498  1.00  0.50      A   
ATOM      3  C   GLY A   1       5.830   2.959  -0.734  1.00  0.50      A   
ATOM      4  O   GLY A   1       5.761   2.942  -0.048  1.00  0.50      A   
ATOM      5  N   GLY A   2       4.956   3.152  -1.585  1.00  0.50      A   
ATOM      6  CA  GLY A   2       5.000   2.343  -1.044  1.00  0.50      A   
ATOM      7  C   GLY A   2       4.350   2.181  -0.281  1.00  0.50      A   
ATOM      8  O   GLY A   2       4.282   2.164   0.405  1.00  0.50      A   
ATOM      9  N   GLY A   3       3.476   2.373  -1.132  1.00  0.50      A   
ATOM     10  CA  GLY A   3       3.520   1.565  -0.591  1.00  0.50      A   
ATOM     11  C   GLY A   3       2.871   1.403   0.172  1.00  0.50      A   
ATOM     12  O   GLY A   3       2.802   1.386   0.858  1.00  0.50      A   
ATOM     13  N   GLY A   4       1.997   1.595  -0.678  1.00  0.50      A   
ATOM     14  CA  GLY A   4       2.041   0.787  -0.138  1.00  0.50      A   
ATOM     15  C   GLY A   4       1.391   0.625   0.625  1.00  0.50      A   
ATOM     16  O   GLY A   4       1.323   0.608   1.312  1.00  0.50      A
[07.03.2012 22:11:16] Кушелев Александр Юрьевич: Ну, вот уже понятно
[07.03.2012 22:12:05] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 000.png ***
[07.03.2012 22:12:31] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, он куда-то двигает, но откуда начинает, легко понять
[07.03.2012 22:13:25] Кушелев Александр Юрьевич: Достаточно вычесть из n+1-ой координаты n-ую, и будет ясно, на сколько он двигает. Ну и сдвинуть первую обратно на столько же
[07.03.2012 22:13:50] Кушелев Александр Юрьевич: Таким образом получим начальные координаты всех 4 точек
[07.03.2012 22:15:13] V: говори эти нормальные координаты )
[07.03.2012 22:16:22] Кушелев Александр Юрьевич: Щас. Ты уже не можешь вычесть из одного числа другое? smile
[07.03.2012 22:16:35] Кушелев Александр Юрьевич: До чего дошла квалификация программиста...
[07.03.2012 22:17:49] Кушелев Александр Юрьевич: Попробуй запрограммировать эту задачу в Матлабе smile
[07.03.2012 22:18:05] V: у меня тонны коодинат под рукой b какая из какой - это вопрос
[07.03.2012 22:18:56] Кушелев Александр Юрьевич: [7 марта 2012 г. 22:11] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< ATOM      5  N   GLY A   2       4.956От этой нужно отнять
[07.03.2012 22:18:57] Кушелев Александр Юрьевич: [7 марта 2012 г. 22:11] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< ATOM      1  N   GLY A   1       6.435
[07.03.2012 22:19:19] Кушелев Александр Юрьевич: Узнаешь сдвиг по x
[07.03.2012 22:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: После этого нужно отнять этот сдвиг от первой координаты. Узнаешь начальное положение по х
[07.03.2012 22:20:06] Кушелев Александр Юрьевич: Аналогично по y и по z
[07.03.2012 22:20:33] Кушелев Александр Юрьевич: Из координаты пятого атома вычитаешь соответствующую координату первого
[07.03.2012 22:21:29] V: у меня другие цифры
вычитай ты
[07.03.2012 22:22:13] Кушелев Александр Юрьевич: Как это другие?
[07.03.2012 22:22:27] Кушелев Александр Юрьевич: [7 марта 2012 г. 22:11] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< ATOM      1  N   GLY A   1       6.435   3.930  -2.039  1.00  0.50      A   
ATOM      2  CA  GLY A   1       6.479   3.121  -1.498  1.00  0.50      A   
ATOM      3  C   GLY A   1       5.830   2.959  -0.734  1.00  0.50      A   
ATOM      4  O   GLY A   1       5.761   2.942  -0.048  1.00  0.50      A   
ATOM      5  N   GLY A   2       4.956   3.152  -1.585  1.00  0.50      A   
[07.03.2012 22:22:36] Кушелев Александр Юрьевич: Ты не получил от меня в скайпе этих цифр?
[07.03.2012 22:23:33] V: саша - вычисляй - эт онадо что бы ты понимал что происходит с цифрами
[07.03.2012 22:24:03] V: потому чт ты не всегда говоришь то как думаешь
[07.03.2012 22:24:03] Кушелев Александр Юрьевич: -1,479 Это сдвиг по х
[07.03.2012 22:24:17] V: не надо мне объяснять
ты мне дай цифры
[07.03.2012 22:24:26] Кушелев Александр Юрьевич: Твоя задача вычесть Y-координаты и Z-координаты.
[07.03.2012 22:24:37] Кушелев Александр Юрьевич: Или квалификация уже не позволяет? smile
[07.03.2012 22:24:48] V: не позволяет
[07.03.2012 22:25:07] Кушелев Александр Юрьевич: Ну тогда подожди, я тут переписываюсь по финансам...
[07.03.2012 22:25:09] V: ты сейчас получаешь 4 точки - вот их и надо ТЕБЕ получить
[07.03.2012 22:25:30] Кушелев Александр Юрьевич: Ты сначала сдвиг получи
[07.03.2012 22:25:53] Кушелев Александр Юрьевич: А потом посчитаешь начальные координаты всех 4 точек.
[07.03.2012 22:26:23] V: а то что один что другой - сами прдумывали точки, сами потом их поворачивали смещали и подгоняли под картинку, которая тебе лично подходила
извини - но ты при этом НИЧЕГО не понимал
а значит и половина твоих результатов тебе же и не понятна
[07.03.2012 22:27:48] Кушелев Александр Юрьевич: Они не сами придумывали. Они брали из моих моделей.
[07.03.2012 22:28:05] Кушелев Александр Юрьевич: Я же делал модели в 3DS, и на языке Genetics
[07.03.2012 22:28:10] Кушелев Александр Юрьевич: Оттуда и брали цифры
[07.03.2012 22:28:38] Кушелев Александр Юрьевич: Но Неделько это делал автоматически, а ты делаешь вручную, поэтому лучше не надо...
[07.03.2012 22:29:52] V: я думаю, что всё было не так
немножко - но не так.
[07.03.2012 22:29:57] Кушелев Александр Юрьевич: -0,778 - сдвиг по Y
[07.03.2012 22:31:00] Кушелев Александр Юрьевич: 0,454 Сдвиг по Z
[07.03.2012 22:31:49] Кушелев Александр Юрьевич: Теперь от Х-координат всех 4 точек отнимаешь сдвиг по Х
[07.03.2012 22:31:59] Кушелев Александр Юрьевич:  от Y-координат всех 4 точек отнимаешь сдвиг по Y
[07.03.2012 22:32:08] Кушелев Александр Юрьевич:  от Z-координат всех 4 точек отнимаешь сдвиг по Z
[07.03.2012 22:33:16] Кушелев Александр Юрьевич: И получаешь начальные координаты всех 4 точек, которые надо двигать скриптом Савина. А мы знаем, что мой скрипт двигает так же, как и скрипт Савина
[07.03.2012 22:33:37] Кушелев Александр Юрьевич: Сможешь прибавить?
[07.03.2012 22:33:53] Кушелев Александр Юрьевич: Надо прибавить 12 раз smile
[07.03.2012 22:34:10] Кушелев Александр Юрьевич: 3 координаты на 4 точки...
[07.03.2012 22:37:56] V: честно говрю - ничего не понял из твоего описания
[07.03.2012 22:39:24] Кушелев Александр Юрьевич: Вот координаты 4 точек, сдвинутых из начального положения на вектор [-1.479, -0.778,0.454]
[07.03.2012 22:39:34] Кушелев Александр Юрьевич: [7 марта 2012 г. 22:22] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< ATOM      1  N   GLY A   1       6.435   3.930  -2.039  1.00  0.50      A   
ATOM      2  CA  GLY A   1       6.479   3.121  -1.498  1.00  0.50      A   
ATOM      3  C   GLY A   1       5.830   2.959  -0.734  1.00  0.50      A   
ATOM      4  O   GLY A   1       5.761   2.942  -0.048  1.00  0.50      A
[07.03.2012 22:40:01] Кушелев Александр Юрьевич: Слабо из координат этих 4 точек вычесть этот вектор? wink
[07.03.2012 22:40:24] Кушелев Александр Юрьевич: И ты узнаешь начальное положение 4 точек
[07.03.2012 22:40:33] Кушелев Александр Юрьевич: Их нужно будет вставить в наш алгоритм
[07.03.2012 22:40:47] V: ты мне скажти точки и всё -
[07.03.2012 22:40:52] Кушелев Александр Юрьевич: Ага.
[07.03.2012 22:40:55] V: и я их вставлю в алгоритм
[07.03.2012 22:41:00] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас буду вычитать...
[07.03.2012 22:42:01] Кушелев Александр Юрьевич: x-координата первой точки: 7.914
[07.03.2012 22:44:17] Кушелев Александр Юрьевич: y-координата первой точки: 4.708
[07.03.2012 22:46:00] Кушелев Александр Юрьевич: z-координата первой точки: -2.493
[07.03.2012 22:46:13] Кушелев Александр Юрьевич: Остальные сам считай или жди минут 15
[07.03.2012 22:50:20] V: хорошо. я всё равно болею. подожду
[07.03.2012 23:00:39] Кушелев Александр Юрьевич: x2 = 6.479 - (-1.479) = 7.958
[07.03.2012 23:01:36] Кушелев Александр Юрьевич: y2 = 3.121 - (-0.778) = 3.899
[07.03.2012 23:02:46] Кушелев Александр Юрьевич: z2 =  -1.498 - 0.454 = -1.952
[07.03.2012 23:03:46] Кушелев Александр Юрьевич: x3 =  5.830 - (-1.479) = 7.309
[07.03.2012 23:05:08] Кушелев Александр Юрьевич: y3 = 2.959 - ( -0.778) = 4.438
[07.03.2012 23:07:18] Кушелев Александр Юрьевич: z3 = -0.734 - 0.454 = -1.188
[07.03.2012 23:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: x4 = 5.761 -(-1.479) = 7.24
[07.03.2012 23:09:35] Кушелев Александр Юрьевич: y4 =  2.942 - (-0.778) = 3.72
[07.03.2012 23:10:42] Кушелев Александр Юрьевич: z4 =  -0.048 - 0.454 = -0.502
[07.03.2012 23:10:58] Кушелев Александр Юрьевич: Ну вот, собственно и все координаты 4 точек
[07.03.2012 23:12:47] *** V отправил Col9.pdb ***
[07.03.2012 23:15:04] Кушелев Александр Юрьевич: Что-то не тот масштаб...
[07.03.2012 23:15:10] Кушелев Александр Юрьевич: Кинь-ка скрипт
[07.03.2012 23:15:21] *** V отправил 20120307-4-02.ms ***
[07.03.2012 23:20:40] Кушелев Александр Юрьевич: Такое впечатление, что расстояние между атомами на порядок меньше, чем надо
[07.03.2012 23:21:25] V: пожал плечами
[07.03.2012 23:22:00] Кушелев Александр Юрьевич: Помнишь, я умножал на 0.051 ?
[07.03.2012 23:22:04] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что зря...
[07.03.2012 23:22:30] V: в 20 раз практически сделал меньше
[07.03.2012 23:22:43] Кушелев Александр Юрьевич: Ну да
[07.03.2012 23:23:04] Кушелев Александр Юрьевич: Как бы увеличить размер аминокислоты?
[07.03.2012 23:23:15] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь добавить масштабный коэффициент?
[07.03.2012 23:25:45] V: а может заново пересчитать всё чт оты считал ?
[07.03.2012 23:26:42] Кушелев Александр Юрьевич: Я кажется понял, в чём проблема. Это всё относится к моделям из колечек, но не факт, что в алгоритме для шариков и палочек те же коэффициенты...
[07.03.2012 23:27:12] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя, может я ошибаюсь
[07.03.2012 23:27:16] V: как близко друг к другу длжны быть расположены точки ?
какой масштаб в прнципе у тебя задан

очень даже может быть
[07.03.2012 23:27:22] Кушелев Александр Юрьевич: Мы же pdb-файл анализировали...
[07.03.2012 23:27:48] Кушелев Александр Юрьевич: Атомы должны находиться друг от друга на расстоянии порядка 1
[07.03.2012 23:28:04] Кушелев Александр Юрьевич: А они ближе, причём сильно
[07.03.2012 23:35:15] V: я не знаю что где и как длжно находится )
ты и сам не понимаешь чт тыпересчитываешь
какие точки берёшь, где они лежат, что они делаю,
к сожлению
я тем более не понимаю
ты сам мне и написал - чт ты нарисовал - а ребята сидели и придумывали , как же твои рисунки реализовать
каждый по своему, каждый со своими ошибками и закидонами
очень давно, т.е. всё уже настолько забылось
а учитывая уотсутствие отладчика в маше - то просто нереально разобраться в наворотах скриптовых команд, во всех структурах, которые денис напридумывал,
ты ведь не зря начал писать "моноскрипт" а потом упрощёнку
[07.03.2012 23:35:33] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 001.png ***
[07.03.2012 23:36:15] Кушелев Александр Юрьевич: Колечки скрипт Савина рисует у начала координат, а точки как-то далеко...
[07.03.2012 23:36:40] Кушелев Александр Юрьевич: Там два алгоритма и они разные...
[07.03.2012 23:37:21] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь в скрипте Савина включить прорисовку шариков с палочками?
[07.03.2012 23:37:31] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда может быть картина прояснится
[07.03.2012 23:37:56] V: я про то и пишу. свои навороты, наслоения, ....
не мгу
в маше отсутствует отладка скрипта пошагово
[07.03.2012 23:38:11] Кушелев Александр Юрьевич: В норме у Савина шарики попадают в центр кольцегранников. И они же выводятся в pdb-файл
[07.03.2012 23:38:56] Кушелев Александр Юрьевич: А что происходит после обнуления, я не вижу. То ли шарики с координатами съехали, то ли ещё что...
[07.03.2012 23:39:07] V: и не только ты не видишь )
[07.03.2012 23:39:23] Кушелев Александр Юрьевич: Маша всё может показать, только надо уметь...
[07.03.2012 23:39:35] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь включить прорисовку шариков и палочек?
[07.03.2012 23:39:36] V: через Ж она может показать
[07.03.2012 23:39:45] V: не могу
[07.03.2012 23:40:19] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда придётся вручную снимать координаты точек из окон параллельных проекций...
[07.03.2012 23:40:27] V: например
[07.03.2012 23:41:16] V: попробуй хотя бы так - протестируем посмотрим
[07.03.2012 23:41:22] Кушелев Александр Юрьевич: Для этого нужно снова устанавливать 3DS Max версия 6 (у меня она не запускается больше)
[07.03.2012 23:41:24] V: хотя бы н точно
[07.03.2012 23:41:48] Кушелев Александр Юрьевич: В этой версии я смогу увидеть шарики с палочками и всё измерить
[07.03.2012 23:41:57] V: я подожду
[07.03.2012 23:42:05] Кушелев Александр Юрьевич: В 9-ой версии я не могу увидеть шариков с палочками
[07.03.2012 23:42:25] Кушелев Александр Юрьевич: Ну жди. Сегодня я уже не смогу поставить эту версию и инсталлировать скрипты
[07.03.2012 23:42:35] Кушелев Александр Юрьевич: Это такой геморрой, что вообще не хочется делать
[07.03.2012 23:42:44] Кушелев Александр Юрьевич: Я пол дня возился
[07.03.2012 23:43:26] Кушелев Александр Юрьевич: Я же не программист. Для меня установить 3DS или другую прогу со всякими ключами заглушками и прочими заморочками - почти, как пожар...
[07.03.2012 23:43:57] Кушелев Александр Юрьевич: Другое дело - моноскрипт запустить, когда уже 3DS установлена
[07.03.2012 23:45:04] Кушелев Александр Юрьевич: Моноскрипт pdb-файл сохраняет, но координаты совпадают с визуализацией только в том случае, если ничего в скрипте не менять
[07.03.2012 23:45:27] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда надо подумать, как вытащить координаты исходных точек, ничего не меняя в скрипте Савина
[07.03.2012 23:46:21] Кушелев Александр Юрьевич: А он зараза не показывает исходную позицию. Первая аминокислота у него уже сдвинута и повёрнута
[07.03.2012 23:47:23] V: никак - я не могу нормально нигде (даже не знаю в каком месте) остановить выполнение скрипта и посмотреть координаты, и деже не знаю где он их прячет
это так называемое визуальное скриптование ))
и внутри тоны всяких матриц, каким образом вычисленных - не ясно
может даже посто руками так как ты и говорил - смотрели в 3DS и считывали с проекций цифры
если это так - то - мне стыдно
[07.03.2012 23:47:29] V: я так не умею
[07.03.2012 23:48:56] Кушелев Александр Юрьевич: Давай попробуем вот что сделать. Коллаген-то у меня был сделан с помощью полновесного скрипта.
[07.03.2012 23:49:14] Кушелев Александр Юрьевич: Это значит, что там есть прорисовка шариков и палочек.
[07.03.2012 23:50:08] Кушелев Александр Юрьевич: Надо взять первые 4 точки, снять их координаты, кстати, они есть в pdb-файле и сделать реверс в твоём алгоритме. И мы получим исходные координаты 4 точек
[07.03.2012 23:52:07] V: Надо взять первые 4 точки, снять их координаты - вот это делать где?
[07.03.2012 23:52:36] V: и что знчит реверс ?
[07.03.2012 23:53:14] Кушелев Александр Юрьевич: Как получены координаты первых 4 точек в скрипте САвина?
[07.03.2012 23:53:49] Кушелев Александр Юрьевич: Очено просто. Начальные координаты пересчитаны по композиционному коду, т.е. если код альфа-спирали, то повёрнуты на углы альфа-спирали и соответственно сдвинуты
[07.03.2012 23:54:18] Кушелев Александр Юрьевич: Реверс, это значит нужно их обратно повернуть и обратно сдвинуть. И мы получим исходные координаты 4 точек
[07.03.2012 23:54:40 | Изменены 23:54:52] Кушелев Александр Юрьевич: А обратно повернуть можно твоим скриптом
[07.03.2012 23:58:20] V: я думаю что нельзя )
хотя - давай 1ю точку
[07.03.2012 23:59:45] Кушелев Александр Юрьевич: Надо её сначала получить...
[07.03.2012 23:59:54] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил GGCOL9.DNE ***
[08.03.2012 0:00:04] Кушелев Александр Юрьевич: Это файл коллагена
[08.03.2012 0:08:08] V: ну и что?
[08.03.2012 0:08:51] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и что? 3DS захлебнулась. Сейчас укорочу коллаген вдвое
[08.03.2012 0:13:32] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 002.png ***
[08.03.2012 0:13:46] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что алгоритм Савина строит модель задом наперёд...
[08.03.2012 0:14:24] Кушелев Александр Юрьевич: Точнее раньше строила задом наперёд, а потом стала строить типа правильно, но ... задом наперёд...
[08.03.2012 0:15:57] V: и )?
[08.03.2012 0:16:40] Кушелев Александр Юрьевич: Пытаюсь запустить с 1000 по конец
[08.03.2012 0:19:43] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 003.png ***
[08.03.2012 0:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, тебе придётся запускать 3DS Max
[08.03.2012 0:20:04] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил col9_2012030512.max ***
[08.03.2012 0:20:35] Кушелев Александр Юрьевич: Этот максовский файл - две наши совпадающие модели. Мои многогранники и твои крестики в центре многогранников
[08.03.2012 0:21:02] V: не.  я не умею координаты в маше считывать
я не визуальный программист )
[08.03.2012 0:21:14] V: могу не то считать
[08.03.2012 0:21:15] Кушелев Александр Юрьевич: Ты открываешь этот файл Машей, после чего запускаешь скрипт Савина и открываешь dne-файл коллагена. Сейчас кину
[08.03.2012 0:21:33] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил GGCOL9.DNE ***
[08.03.2012 0:22:03] Кушелев Александр Юрьевич: А тебе и не надо ничего считать. Тебе нужно просто получить максовский файл.
[08.03.2012 0:22:07] Кушелев Александр Юрьевич: И кинуть мне
[08.03.2012 0:22:22] Кушелев Александр Юрьевич: Моя Маша на этом компе не может по скрипту построить целую модель коллагена
[08.03.2012 0:22:31] Кушелев Александр Юрьевич: Ну ты помнишь эту проблему
[08.03.2012 0:22:38] Кушелев Александр Юрьевич: Ты же строил коллагеновую спираль
[08.03.2012 0:23:21] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно, совпадёт ли модель из колец с нашими моделями из многогранников и крестиков?
[08.03.2012 0:23:51] Кушелев Александр Юрьевич: У меня-то совпадала до исправления ошибки smile
[08.03.2012 0:24:14] Кушелев Александр Юрьевич: http://img-fotki.yandex.ru/get/2708/126 … c_orig.gif
[08.03.2012 0:26:34] *** V отправил pair.max ***
[08.03.2012 0:27:07] Кушелев Александр Юрьевич: Фигакс! 40 мегов...
[08.03.2012 0:27:54] Кушелев Александр Юрьевич: А что у тебя за интернет-канал?
[08.03.2012 0:28:03] Кушелев Александр Юрьевич: Через мобильник что ли?
[08.03.2012 0:28:11] Кушелев Александр Юрьевич: GPRS ?
[08.03.2012 0:28:54] Кушелев Александр Юрьевич: Придётся попить чайку...
[08.03.2012 0:29:05] V: у меня на отдачу слабый
[08.03.2012 0:34:32] Кушелев Александр Юрьевич: А что за интернет такой странный?
[08.03.2012 0:34:53] V: стрим
[08.03.2012 0:35:00] Кушелев Александр Юрьевич: А...
[08.03.2012 0:35:23] Кушелев Александр Юрьевич: А я и не знал, что он такой асимметричный...
[08.03.2012 0:36:08] Кушелев Александр Юрьевич: А на экране что видишь? Модели совпадают или фигушки?
[08.03.2012 0:36:58] Кушелев Александр Юрьевич: Но алгоритм Савина явно через одно место пропущен... smile
[08.03.2012 0:37:20] V: явно )
[08.03.2012 0:37:37] Кушелев Александр Юрьевич: Он хорошо для врагов подходит, которые захотят разобраться, как он работает wink
[08.03.2012 0:38:41] Кушелев Александр Юрьевич: Его можно смело давать в качестве рекламной версии. Ну и сказать, что в принципе там надо коэффициентик подправить и зеркально отобразить... Ну и ещё несколько мелочей...
[08.03.2012 0:39:15] Кушелев Александр Юрьевич: Враги всю жизнь будут разбираться smile
[08.03.2012 0:40:43] V: да. типа того
[08.03.2012 0:40:54] Кушелев Александр Юрьевич: А нормальный алгоритм самим пользовать и врагам не показывать
[08.03.2012 0:41:25] Кушелев Александр Юрьевич: А я не мог понять, почему у него в скрипте какой-то реверс добавлен
[08.03.2012 0:41:53] Кушелев Александр Юрьевич: А он, оказывается сначала задом наперёд что-то делает, а потом передом назад модель собирает. Прикольно...
[08.03.2012 0:42:10] V: черз Ж
[08.03.2012 0:42:32] Кушелев Александр Юрьевич: Я про этом место и имел ввиду "пропускал алгоритм" smile
[08.03.2012 0:42:46] Кушелев Александр Юрьевич: Причём, как я понял, с реверсом smile
[08.03.2012 0:43:09] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что Савин гурман...
[08.03.2012 0:43:27] Кушелев Александр Юрьевич: А может у него такой стиль, чтобы других программистов отшить раз и навсегда smile
[08.03.2012 0:43:37] V: хз
[08.03.2012 0:43:44] Кушелев Александр Юрьевич: Монополист...
[08.03.2012 0:43:48] V: ты мне точки скажии продолжим
[08.03.2012 0:44:12] Кушелев Александр Юрьевич: Попробую. Ты мне не сказал, модели на экране совпадают или нет?
[08.03.2012 0:44:58] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя я и сам через минуту увижу...
[08.03.2012 0:46:53] Кушелев Александр Юрьевич: Хрен я увидел. У тебя 12-ая версия, а у меня 11-ая
[08.03.2012 0:47:09] Кушелев Александр Юрьевич: Завтра запущу новый комп, тогда увижу. Тогда спокойной ночи...
[08.03.2012 0:48:37] V: НЕТ
[08.03.2012 0:48:44] V: Ночи )
[08.03.2012 0:49:13] Кушелев Александр Юрьевич: Это как?
[08.03.2012 0:49:26] Кушелев Александр Юрьевич: С большой буквы что ли?
[08.03.2012 0:49:46] V: завтра увидишь )
[08.03.2012 0:50:14] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[08.03.2012 16:07:21] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты атома азота N [0.876, 0.489, -0.256]
[08.03.2012 16:08:24] Кушелев Александр Юрьевич: Это для немасштабированной, левой спирали. Нужно будет умножать на 1.7 и потом зеркалить, т.е. менять Y-координату pdb-файла.
[08.03.2012 16:15:08] V: [8 марта 2012 г. 17:06] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< умножать на 1.7 ичто умножать? координаты ии сдвиг ?
[08.03.2012 16:28:29] Кушелев Александр Юрьевич: Пока нужно отключить множитель 1.7, если он включен и зеркальное преобразование.
[08.03.2012 16:28:36] Кушелев Александр Юрьевич: Посмотрим, что получится...
[08.03.2012 16:28:47] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас измерю координаты остальных атомов...
[08.03.2012 16:32:55] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты атома углерода CA[0.18, 0.327,0.386]
[08.03.2012 16:33:08] Кушелев Александр Юрьевич: Ещё два атома через 10 мин
[08.03.2012 16:43:07] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты атома углерода группы СО Он называется C или CB[0.189,0.631,1.345]
[08.03.2012 16:46:15] Кушелев Александр Юрьевич: Атом кислорода O[-0.067,1.412,1.992]
[08.03.2012 16:46:40] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты 4 атомов готовы. Давай посмотрим, что получится...
[08.03.2012 16:51:46] Кушелев Александр Юрьевич: px1 = #(); py1 = #(); pz1 = #();
px2 = #(); py2 = #(); pz2 = #();
px3 = #(); py3 = #(); pz3 = #();
px4 = #(); py4 = #(); pz4 = #();
t1 = #();t2 = #();t3 = #();t4 = #();
angx = #(-24,180,60,-45,-45);
angy = #(-10.89167,83,0,15,15);
angz = #(92,120,60,110,110);
dx = #(2,1.5,1.6,2,2);
dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6);
dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45);
--collagen
kk = #(3,3,1,3,3,1,1,1,1,2,1,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,2,3,1,3,3,1,3,1,3,3,1,1,3,
1,1,3,3,1,3,1,1,3,1,3,3,1,4,1,3,1,1,1,3,3,3,1,3,1,1,3,1,1,1,1,1,3,3,
3,1,3,3,2,3,1,3,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,1,3,1,3,3,3,3,3,3,3,3,1,3,3,3,1,
1,1,3,1,1,1,3,3,1,2,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,1,1,2,1,3,3,1,1,3,3,3,
3,3,3,1,1,3,3,1,3,1,1,3,2,1,3,3,3,3,1,1,3,1,1,1,3,1,3,1,3,4,4,1,1,1,
1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,3,3,1,1,1,3,3,1,1,1,3,1,1,1,4,3,3,1,1,1,1,1,1,1,
1,1,1,1,1,4,3,3,4,1,3,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,4,
1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,4,1,4,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,
4,1,1,1,1,4,3,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,
1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,1,1,1,4,3,3,1,1,1,3,4,1,1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,3,4,4,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,
1,3,2,1,1,1,1,1,3,4,1,1,1,3,1,1,4,3,1,3,2,2,1,1,3,2,4,3,1,1,1,4,4,1,
1,4,1,4,1,1,3,1,1,3,3,1,1,3,1,3,4,1,1,3,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1)

-- peptide = point pos:[0,0,0] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1; Converttomesh peptide
-- for k = 1 to 2 do(
-- element = point pos:[0,0,0] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1; Converttomesh element
-- attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
-- rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])

Stx1 = 0.876;  Sty1 =   0.489; Stz1 = -0.256;
Stx2 = 0.18;  Sty2 =  0.327; Stz2 = 0.386;
Stx3 = 0.189;  Sty3 =  0.631; Stz3 = 1.345;
Stx4 =  -0.067;   Sty4 =  1.412;   Stz4 = 1.992;
C_Size = 2
for k = 1 to C_Size do(
-- zadanie nachal'nyh koordinat [0,0,0] 
px1[k] = Stx1;  py1[k] = Sty1;  pz1[k] = Stz1
px2[k] = Stx1;  py2[k] = Sty1;  pz2[k] = Stz2
px3[k] = Stx1;  py3[k] = Sty1;  pz3[k] = Stz3
px4[k] = Stx1;  py4[k] = Sty1;  pz4[k] = Stz4
    --t[k] = point pos:[px1[k],py1[k],pz1[k]] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1
-- translate all points (with new point)
    for i = 1 to k do(
       px1[ii] += dx[kk[k]]*1.7; py1[ii] += dy[kk[k]]*1.7; pz1[ii] += dz[kk[k]]*1.7
    px2[ii] += dx[kk[k]]*1.7; py2[ii] += dy[kk[k]]*1.7; pz2[ii] += dz[kk[k]]*1.7
    px3[ii] += dx[kk[k]]*1.7; py3[ii] += dy[kk[k]]*1.7; pz3[ii] += dz[kk[k]]*1.7
    px4[ii] += dx[kk[k]]*1.7; py4[ii] += dy[kk[k]]*1.7; pz4[ii] += dz[kk[k]]*1.7
)
-- rotate all points
  -- solve angles
AX=angx[kk[k]];
AY=angy[kk[k]];
AZ=angz[kk[k]];
for i = 1 to k do (
  ------------------------------------------------------------------------------
  -- rotaye x
  px1[ii] = px1[ii]
  py1N = -pz1[ii]*sin(AX) + py1[ii]*cos(AX)
  pz1N = py1[ii] * (sin AX) + pz1[ii] * (cos AX)
  py1[ii]=py1N; pz1[ii]=pz1N;
  --  rotate y
  px1N =  px1[ii] * (cos AY) + pz1[ii] * (sin AY)
  py1[ii] =  py1[ii]
  pz1N = -px1[ii] * (sin AY) + pz1[ii] * (cos AY)
  px1[ii]=px1N; pz1[ii]=pz1N;
  --  rotate z
  px1N = px1[ii] * (cos AZ) - py1[ii] * (sin AZ)
  py1N = px1[ii] * (sin AZ) + py1[ii] * (cos AZ)
  pz1[ii] = pz1[ii]
  px1[ii]=px1N; py1[ii]=py1N;
  ------------------------------------------------------------------------------
  -- rotaye x
  px2[ii] = px2[ii]
  py2N = -pz2[ii]*sin(AX) + py2[ii]*cos(AX)
  pz2N = py2[ii] * (sin AX) + pz2[ii] * (cos AX)
  py2[ii]=py2N; pz2[ii]=pz2N;
  --  rotate y
  px2N =  px2[ii] * (cos AY) + pz2[ii] * (sin AY)
  py2[ii] =  py2[ii]
  pz2N = -px2[ii] * (sin AY) + pz2[ii] * (cos AY)
  px2[ii]=px2N; pz2[ii]=pz2N;
  --  rotate z
  px2N = px2[ii] * (cos AZ) - py2[ii] * (sin AZ)
  py2N = px2[ii] * (sin AZ) + py2[ii] * (cos AZ)
  pz2[ii] = pz2[ii]
  px2[ii]=px2N; py2[ii]=py2N;
  ------------------------------------------------------------------------------
  -- rotaye x
  px3[ii] = px3[ii]
  py3N = -pz3[ii]*sin(AX) + py3[ii]*cos(AX)
  pz3N = py3[ii] * (sin AX) + pz3[ii] * (cos AX)
  py3[ii]=py3N; pz3[ii]=pz3N;
  --  rotate y
  px3N =  px3[ii] * (cos AY) + pz3[ii] * (sin AY)
  py3[ii] =  py3[ii]
  pz3N = -px3[ii] * (sin AY) + pz3[ii] * (cos AY)
  px3[ii]=px3N; pz3[ii]=pz3N;
  --  rotate z
  px3N = px3[ii] * (cos AZ) - py3[ii] * (sin AZ)
  py3N = px3[ii] * (sin AZ) + py3[ii] * (cos AZ)
  pz3[ii] = pz3[ii]
  px3[ii]=px3N; py3[ii]=py3N;
  ------------------------------------------------------------------------------
  -- rotaye x
  px4[ii] = px4[ii]
  py4N = -pz4[ii]*sin(AX) + py4[ii]*cos(AX)
  pz4N = py4[ii] * (sin AX) + pz4[ii] * (cos AX)
  py4[ii]=py4N; pz4[ii]=pz4N;
  --  rotate y
  px4N =  px4[ii] * (cos AY) + pz4[ii] * (sin AY)
  py4[ii] =  py4[ii]
  pz4N = -px4[ii] * (sin AY) + pz4[ii] * (cos AY)
  px4[ii]=px4N; pz4[ii]=pz4N;
  --  rotate z
  px4N = px4[ii] * (cos AZ) - py4[ii] * (sin AZ)
  py4N = px4[ii] * (sin AZ) + py4[ii] * (cos AZ)
  pz4[ii] = pz4[ii]
  px4[ii]=px4N; py4[ii]=py4N;
)

)
--  --  change Y coordinate
--  for i=1 to C_Size do(
--   py1[ii]=-py1[ii]
--  )
--  make boxes
for i=1 to C_Size do(
  t1[ii] = point pos:[px1[ii],py1[ii],pz1[ii]] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1
  t2[ii] = point pos:[px2[ii],py2[ii],pz2[ii]] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1
  t3[ii] = point pos:[px3[ii],py3[ii],pz3[ii]] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1
  t4[ii] = point pos:[px4[ii],py4[ii],pz4[ii]] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1
  )

-- save to file
fpdb=fopen "d:\Col9.pdb" "w"
Strout   = "PFRMAT TS \r\n";
Strout += "TARGET\r\n";
Strout += "AUTHOR VV test\r\n";
Strout += "REMARK Nanoworld laboratory\r\n";
Strout += "METHOD Method description\r\n";
Strout += "MODEL 1\r\n";
Strout += "PARENT N/A\r\n";
  for i=1 to C_Size do(
  -----------------------------------------------------------------------------------------
  str="ATOM         N   GLY A   1                              1.00  0.50      A    N\r\n"
  -- 7 - 11        Integer       serial       Atom  serial number.
  s1=formattedPrint ((i-1)*4+1) format:"5i"
  str = replace str 7 s1.count s1
  -- 31 - 38        Real(8.3)     x            Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
  s1 = formattedPrint px1[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 31 s1.count s1
  -- 39 - 46        Real(8.3)     y            Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
  s1 = formattedPrint py1[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 39 s1.count s1
  -- 47 - 54        Real(8.3)     z            Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
  s1 = formattedPrint pz1[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 47 s1.count s1
  -- add to output string
  Strout += str
  -----------------------------------------------------------------------------------------
  str="ATOM         CA  GLY A   1                              1.00  0.50      A    N\r\n"
  -- 7 - 11        Integer       serial       Atom  serial number.
  s1=formattedPrint ((i-1)*4+2) format:"5i"
  str = replace str 7 s1.count s1
  -- 31 - 38        Real(8.3)     x            Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
  s1 = formattedPrint px2[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 31 s1.count s1
  -- 39 - 46        Real(8.3)     y            Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
  s1 = formattedPrint py2[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 39 s1.count s1
  -- 47 - 54        Real(8.3)     z            Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
  s1 = formattedPrint pz2[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 47 s1.count s1
  -- add to output string
  Strout += str
  -----------------------------------------------------------------------------------------
  str="ATOM         C   GLY A   1                              1.00  0.50      A    N\r\n"
  -- 7 - 11        Integer       serial       Atom  serial number.
  s1=formattedPrint ((i-1)*4+3) format:"5i"
  str = replace str 7 s1.count s1
  -- 31 - 38        Real(8.3)     x            Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
  s1 = formattedPrint px3[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 31 s1.count s1
  -- 39 - 46        Real(8.3)     y            Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
  s1 = formattedPrint py3[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 39 s1.count s1
  -- 47 - 54        Real(8.3)     z            Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
  s1 = formattedPrint pz3[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 47 s1.count s1
  -- add to output string
  Strout += str
  -----------------------------------------------------------------------------------------
  str="ATOM         O   GLY A   1                              1.00  0.50      A    N\r\n"
  -- 7 - 11        Integer       serial       Atom  serial number.
  s1=formattedPrint ((i-1)*4+4) format:"5i"
  str = replace str 7 s1.count s1
  -- 31 - 38        Real(8.3)     x            Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
  s1 = formattedPrint px4[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 31 s1.count s1
  -- 39 - 46        Real(8.3)     y            Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
  s1 = formattedPrint py4[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 39 s1.count s1
  -- 47 - 54        Real(8.3)     z            Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
  s1 = formattedPrint pz4[ii] format:"8.3f"
  str = replace str 47 s1.count s1
  -- add to output string
  Strout += str
  -----------------------------------------------------------------------------------------   
)
  writestring fpdb Strout
fclose fpdb
[08.03.2012 16:53:30] V: ты мне скрипт кинь
[08.03.2012 16:56:01] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 2012030801.ms ***
[08.03.2012 16:56:22] V: и что получилось? ъ
[08.03.2012 16:56:51] V: то чт о надо ?
[08.03.2012 16:57:40] Кушелев Александр Юрьевич: Ни фига не то, что надо...
[08.03.2012 16:57:53] V: и знаешь почему ?
[08.03.2012 16:57:54] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас попробую вместо коллагена забабахать альфа-спираль
[08.03.2012 17:02:24] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 2012030802.ms ***
[08.03.2012 17:02:28] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 001.png ***
[08.03.2012 17:03:17] Кушелев Александр Юрьевич: Что-то не то с преобразованиями. Во-первых, бросается в глаза, что непрямая аминокислота после первого же преобразования становится прямой
[08.03.2012 17:03:29] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь вывести крестики до начала рабты алгоритма?
[08.03.2012 17:03:38] Кушелев Александр Юрьевич: До поворотов и сдвигов?
[08.03.2012 17:03:47] Кушелев Александр Юрьевич: Они должны попавть в центры кольцегранников
[08.03.2012 17:05:09] V: ))
-- zadanie nachal'nyh koordinat [0,0,0] 
px1[k] = Stx1;  py1[k] = Sty1;  pz1[k] = Stz1
px2[k] = Stx1;  py2[k] = Sty1;  pz2[k] = Stz2
px3[k] = Stx1;  py3[k] = Sty1;  pz3[k] = Stz3
px4[k] = Stx1;  py4[k] = Sty1;  pz4[k] = Stz4
[08.03.2012 17:05:12] V: тут лшибка
[08.03.2012 17:06:10] Кушелев Александр Юрьевич: Давай исправим smile
[08.03.2012 17:06:20] V: исправляю
[08.03.2012 17:17:39] V: 1) я ввёл для удобства еременные
C_Size  = 473  -- length of chain
C_sdvig = 1.7  -- scale of shift of moving
C_scale = 1.0  --  scale of point coordinates

длина цепочки
коэффициенты для сдвига и для координат
что бы не перевычислять всякий раз их
[08.03.2012 17:18:07] Кушелев Александр Юрьевич: Отлично!
[08.03.2012 17:18:18] V: и сейчас я тебе верну скрипт вчерашний ночной последний - который уже былне правильным
[08.03.2012 17:18:27] V: с этого момента заново пойдём
[08.03.2012 17:18:50] Кушелев Александр Юрьевич: ОК!
[08.03.2012 17:19:48] *** V отправил 20120307-4-02.ms ***
[08.03.2012 17:20:00] V: держи смотри что получается
[08.03.2012 17:22:07] V: [8 марта 2012 г. 18:15] V:

893

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

<<< C_scale = 1.0  --  scale of point coordinates
это собственно тот самый коефф который приближает точку к центру или наоборот удалёет её  - думаю что ты понимаешь это геометрически
[08.03.2012 17:22:43] V: действует на все 4 точки одновременно и одинаково на все их координаты
[08.03.2012 17:25:34] V: "d:\Col9.pdb" "w"
тут у тебя что указано ? я поставлю и себе так же
[08.03.2012 17:31:46] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 009.max ***
[08.03.2012 17:31:56] Кушелев Александр Юрьевич: Ориентация уже вроде правильная
[08.03.2012 17:32:07] Кушелев Александр Юрьевич: Осталось со смещениями разобраться
[08.03.2012 17:37:13] V: каким смещением ?
[08.03.2012 17:38:31] Кушелев Александр Юрьевич: dx, dy, dz
[08.03.2012 17:38:39] Кушелев Александр Юрьевич: Я же их для многогранников подбирал
[08.03.2012 17:38:50] Кушелев Александр Юрьевич: А для крестиков другое будет...
[08.03.2012 17:38:56] V: а тут центры
[08.03.2012 17:38:59] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 2012030805.ms ***
[08.03.2012 17:39:07] Кушелев Александр Юрьевич: Вот уже ближе...
[08.03.2012 17:43:57] Кушелев Александр Юрьевич: У тебя из крестиков левая спираль строится или правая?
[08.03.2012 17:46:05] V: --  for i=1 to C_Size do(
--   py1[ii]=-py1[ii]

тут у нас закоментирован процесс "зеркалирования" по Y
если убрать комент - то будет зеркало внесено
[08.03.2012 17:46:47] Кушелев Александр Юрьевич: Понял
[08.03.2012 17:47:16] V: --  for i=1 to C_Size do(
--   py1[ii]=-py1[ii]
--  )
эти 3 строки
[08.03.2012 17:47:44] Кушелев Александр Юрьевич: GA  GLY A
[08.03.2012 17:47:52] Кушелев Александр Юрьевич: Надо заменить GA на CA
[08.03.2012 17:49:10] *** V отправил 2012030805.ms ***
[08.03.2012 17:49:13] V: заменил
[08.03.2012 17:49:44] V: всё ещё болею - могу быть немного нвнимателен
[08.03.2012 17:49:51] V: в мелочах )))
[08.03.2012 17:57:46] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, буду настраивать смещения. Это дело кропотливое... Может быть и начальные координаты придётся менять
[08.03.2012 18:03:36] V: хорошо - я на вязи
[08.03.2012 18:09:16] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 2012030811.ms ***
[08.03.2012 18:09:27] Кушелев Александр Юрьевич: Я заменил точки на шарики разных цветов
[08.03.2012 18:09:36] Кушелев Александр Юрьевич: Теперь настройка пойдёт веселее...
[08.03.2012 18:12:29] Кушелев Александр Юрьевич: Давай-ка выведем координаты и объекты до начала поворотов и сдвигов. Сдаётся мне, что что-то тут не так...
[08.03.2012 18:13:32] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 2012030812.ms ***
[08.03.2012 18:13:43] Кушелев Александр Юрьевич: Я заменил цвет СА на белый
[08.03.2012 18:13:53] Кушелев Александр Юрьевич: Теперь все 4 атома разных цветов
[08.03.2012 18:14:06] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно показать их до начала выполнения алгоритма
[08.03.2012 18:14:55] V: Stx1 = 0.876;  Sty1 =   0.489; Stz1 = -0.256;
Stx2 = 0.18;  Sty2 =  0.327; Stz2 = 0.386;
Stx3 = 0.189;  Sty3 =  0.631; Stz3 = 1.345;
Stx4 =  -0.067;   Sty4 =  1.412;   Stz4 = 1.992;

это надо показать?
[08.03.2012 18:21:58] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[08.03.2012 18:23:40] V: нарисуй отделным скриптом - ты умеешь это рисовать
[08.03.2012 18:24:44] Кушелев Александр Юрьевич: Ну ладо...
[08.03.2012 18:26:53] *** V отправил 2012030812.ms ***
[08.03.2012 18:27:05] V: нарисовал - попробуй видет
[08.03.2012 18:30:50] Кушелев Александр Юрьевич: Я тоже smile
[08.03.2012 18:32:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я ошибся с координатами атома кислорода. Остальные правильно
[08.03.2012 18:32:16] Кушелев Александр Юрьевич: Ну ладно, через часик продолжим...
[08.03.2012 18:34:02] V: ок
[08.03.2012 22:09:34] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что надо всё-таки сначала поворачивать, а потом двигать...
[08.03.2012 22:10:01] Кушелев Александр Юрьевич: Иначе настроить как-то нереально...
[08.03.2012 22:10:54] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил 2012030819.ms ***
[08.03.2012 22:11:07] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь исправлены начальные координаты атома кислорода
[08.03.2012 22:17:29] V: что будем делать?
[08.03.2012 22:17:45] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь поменять местами вращения и сдвиг?
[08.03.2012 22:18:26] V: т.е. сначала вращаем - потом сдвигаем повёрнутое ?
[08.03.2012 22:19:08] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[08.03.2012 22:20:30] *** V отправил 2012030820.ms ***
[08.03.2012 22:20:31] V: pls
[08.03.2012 23:02:10] Кушелев Александр Юрьевич: Ну вот, жизнь налаживается...
[08.03.2012 23:02:19] Кушелев Александр Юрьевич: http://img-fotki.yandex.ru/get/6203/126 … 4_orig.gif
[08.03.2012 23:09:31] Кушелев Александр Юрьевич: http://img-fotki.yandex.ru/get/6202/126 … d_orig.png
[08.03.2012 23:10:30] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, RasTop покажет правильную картинку (не только на крестиках) после масштабирования, но уже понятно, что pdb-файл интерпретируется правильно.
[08.03.2012 23:11:13] Кушелев Александр Юрьевич: Я пока настроил сдвиги только для кода альфа-спирали. Завтра попробую настроить остальные. Дело нехитрое, но времязатратное...
[08.03.2012 23:11:45] V: пока я болею   у тебя етсь ещё 2 деька wink
[08.03.2012 23:11:52] V: потом начну работать
[08.03.2012 23:13:23] Кушелев Александр Юрьевич: ОК!
[08.03.2012 23:17:33] V: по крайней мере мы нашли вторую ошибку в твоём алгоритме
не возились с тоннами цифр в скрипте савина
и вообще не занимались этим безумным скриптом
[08.03.2012 23:18:53] Кушелев Александр Юрьевич: [8 марта 2012 г. 23:16] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< В принципе ты можешь не дожидаться настройки сдвигов.
Дальше можно добавлять радикалы и анализ нуклеотидной последовательности. Т.е. переводить ggcggaggtggg в композиционный код 1234
[08.03.2012 23:19:31] Кушелев Александр Юрьевич: Ты о какой ошибке говоришь?
[08.03.2012 23:20:51] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно, какой размер скрипта может получиться после добавления радикалов, названий аминокислот и анализа нуклеотидной последовательности?
[08.03.2012 23:21:12] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, ты делаешь Матлабовский аналог?
[08.03.2012 23:22:05] V: втрая ошибка - порядок преобразоваий
[08.03.2012 23:22:21] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что это - не ошибка smile
[08.03.2012 23:22:27] V: пока не делаю. но мне это быстро сделать
[08.03.2012 23:22:35] V: а что?
[08.03.2012 23:23:23 | Изменены 23:23:36] Кушелев Александр Юрьевич: Дело в том, что если сначала сдвигать, а потом поворачивать, то настроить вообще не получится. Так что похоже, что порядок операций именно такой. Сначала поворот, а потом сдвиг
[08.03.2012 23:24:32] V: В принципе ты можешь не дожидаться настройки сдвигов.
Дальше можно добавлять радикалы и анализ нуклеотидной последовательности. Т.е. переводить ggcggaggtggg в композиционный код 1234


где это описано?
[08.03.2012 23:27:37] Кушелев Александр Юрьевич: Радикалы (не общие атомы) можно взять из программы Неделько. Координаты мне придётся определять
[08.03.2012 23:28:00] Кушелев Александр Юрьевич: Тебе нужно только названия атомов забить и место для координат
[08.03.2012 23:28:31] Кушелев Александр Юрьевич: А алгоритм перевода нуклеотидной последовательности в композиционный код тоже можно взять у Неделько. Он не изменился в скрипте Савина smile
[08.03.2012 23:29:23] Кушелев Александр Юрьевич: Распознавать CDS (начало и конец нуклеотидной последовательности) не обязательно.
[08.03.2012 23:30:03] Кушелев Александр Юрьевич: Главное, чтобы не было разницы между заглавными и прописными символами. Ну и пробелы с цифрами нужно игнорировать
[08.03.2012 23:31:31] V: т.е всякой подобной тройке  ggc соотв цифра 1-2-3-4
[08.03.2012 23:33:54] Кушелев Александр Юрьевич: Да, согласно таблице композиционного генетического кода: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.fi … f_orig.png
[08.03.2012 23:34:12] Кушелев Александр Юрьевич: И название аминокислоты
[08.03.2012 23:34:45] Кушелев Александр Юрьевич: В файле pdb нужно писать порядковый номер, название аминокислоты, название атома и координаты
[08.03.2012 23:37:12] V: но не в маше wink
[08.03.2012 23:38:15] Кушелев Александр Юрьевич: Так ты уже в Маше шаблон pdb-файла сделал. Там только разные названия аминокислот нужно будет писать, а не только Gly smile
[08.03.2012 23:38:33] V: на 3 буквы МАШУ )
[08.03.2012 23:38:33] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и больше названий атомов будет. Разница чисто количественная smile
[08.03.2012 23:38:54] Кушелев Александр Юрьевич: Ты же смог вместо одной точки двигать и поворачивать 4
[08.03.2012 23:39:09] Кушелев Александр Юрьевич: Теперь нужно поворачивать 16, например
[08.03.2012 23:39:12] Кушелев Александр Юрьевич: Какая разница?
[08.03.2012 23:39:20] V: НЕ в МАШЕ!
маша - не система длоя программирования
[08.03.2012 23:39:35] Кушелев Александр Юрьевич: Так алгоритм уже написан
[08.03.2012 23:39:49] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно добавить число точек
[08.03.2012 23:40:09] Кушелев Александр Юрьевич: Я, конечно, и сам могу попробовать, но у тебя лучше получится
[08.03.2012 23:40:15] V: у тебя не получится
[08.03.2012 23:40:22] Кушелев Александр Юрьевич: Почему?
[08.03.2012 23:40:49] Кушелев Александр Юрьевич: Я, конечно, не программист, но ... "если долго мучиться, что-нибудь получится" smile
[08.03.2012 23:41:02] Кушелев Александр Юрьевич: Написал же я алгоритм, который одну точку двигает smile
[08.03.2012 23:41:33] V: мы не о том говорим
[08.03.2012 23:41:37] Кушелев Александр Юрьевич: Правда, pdb-файл вывести не удалось...
[08.03.2012 23:41:42] Кушелев Александр Юрьевич: А о чём?
[08.03.2012 23:41:55] Кушелев Александр Юрьевич: Что ты не сможешь добавить ещё точек?
[08.03.2012 23:42:14] Кушелев Александр Юрьевич: Или увеличить число названий атомов?
[08.03.2012 23:42:20] Кушелев Александр Юрьевич: В чём проблема-то?
[08.03.2012 23:42:44] V: вернусь через пол часа
[08.03.2012 23:42:48] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[09.03.2012 22:52:37] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
[09.03.2012 22:52:45] Кушелев Александр Юрьевич: Фигня какая-то со скриптом Савина
[09.03.2012 22:53:04] V: не удивительно )
[09.03.2012 22:54:03] Кушелев Александр Юрьевич: Если задать вместо альфа-спирали другую спираль, например, бета, т.е. вместо последовательности ggcggcggcggc задать ggaggaggagga, т.е. композиционный код не 1111, а 2222, то начальное положение первой аминокислоты оказывается другим!
[09.03.2012 22:54:26] Кушелев Александр Юрьевич: Т.е. он как бы строит из разных точек!
[09.03.2012 22:55:01] Кушелев Александр Юрьевич: На самом деле он перенормирует, но из-за этого я не могу воспользоваться начальными координатами из скрипта Савина
[09.03.2012 22:55:13] Кушелев Александр Юрьевич: Придётся с нуля координаты атомов определять...
[09.03.2012 22:56:06] Кушелев Александр Юрьевич: А чтобы это сделать точнее, желательно прорисовать в новом скрипте не только центры атомов, но и электроны...
[09.03.2012 22:56:44] V: хуже того - невозможно остановить скрипт в опр строчке (у меня программа виснет кстати, если останавливаю принудительно) и потом посмотреть координаты в этой точке. даже строчку где надо остановить не знаю
[09.03.2012 22:57:31] Кушелев Александр Юрьевич: Я тут определил координаты центров электронов, правда не в нулевой позиции: http://nanoworld.org.ru/topic/254/
[09.03.2012 22:58:13] Кушелев Александр Юрьевич: Я появлюсь через полчаса и расскажу тебе о новой идее, как сделать скрипт вообще без всяких координат, т.е. по типу GENETICS
[09.03.2012 22:58:20] V: ))
[09.03.2012 22:58:23] Кушелев Александр Юрьевич: А pdb-файл вывести можно будет
[09.03.2012 23:30:15] Кушелев Александр Юрьевич: Но это позже. Стебель белка (координаты 4 точек) уже заданы. Так что тут надо только ещё 3 вектора смещений задать.
[09.03.2012 23:31:04] Кушелев Александр Юрьевич: Но это уже завтра. Сегодня не получается...
[11.03.2012 22:06:24] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
[11.03.2012 22:06:43] Кушелев Александр Юрьевич: А можно координаты разных атомов загонять не в разные массивы, а в один многомерный?
[11.03.2012 22:06:52] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда скрипт получился бы более компактным
[11.03.2012 22:07:35] Кушелев Александр Юрьевич: Я тут немного приболел, поэтому вернусь к настройке углов завтра или послезавтра
[11.03.2012 22:12:20] V: вот и ты аболел
да. конечно можно. я это и хотел сделать (но не в маше)
[11.03.2012 22:21:13] V: как только выздоровеешь и соопределишься - начнём развивать и переписывать
[12.03.2012 8:51:42] Кушелев Александр Юрьевич: У меня есть идея создать массив атомов с координатами и названиями, из которого можно выделять аминокислоту матрицей, состоящей из единиц и нулей. 1 - данный атом присутствует в данной аминокислоте, 0 - отсутствует.
[12.03.2012 8:51:57] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда не будет дублирования координтат атомов разных аминокислот
[12.03.2012 8:52:03] Кушелев Александр Юрьевич: И алгоритм упростится
[12.03.2012 8:52:39] Кушелев Александр Юрьевич: Крутишь универсальную аминокислоту, а потом проявляешь (визуально и в файле pdb) только те атомы, которые отмечены в матрице единицами.
[12.03.2012 9:26:59] V: опиши матрицу
[12.03.2012 9:27:50] Кушелев Александр Юрьевич: Общие атомы 1111. Остальные - продолжение строки 100101011100
[12.03.2012 9:27:59] Кушелев Александр Юрьевич: Таких 23 строчки по числу аминокислот
[12.03.2012 9:28:14] Кушелев Александр Юрьевич: Туда же можно впендярить название аминокислот и атомов
[12.03.2012 9:28:44] Кушелев Александр Юрьевич: В будущем строку нулей и единиц можно заменить на строку 16-ричных символов
[12.03.2012 9:29:12] Кушелев Александр Юрьевич: Эту строку можно добавить в таблицу композиционного генетического кода: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.fi … f_orig.png
[12.03.2012 9:37:41] Кушелев Александр Юрьевич: А "универсальную аминокислоту" нужно будет ставить в правильную позицию и определять координаты всех атомов, а позднее и всех электронов.
[12.03.2012 9:38:39] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт может формировать модель и из шариков и из колец и pdb-файл делать в старом формате (только центры атомов) и в новом (моём, с центрами электронов).
[12.03.2012 9:39:21] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь я описываю новый стандарт PDB-PIKO: http://nanoworld.org.ru/topic/254/
[12.03.2012 9:39:36] Кушелев Александр Юрьевич: Но его лучше заменить на GENETICS.
[12.03.2012 9:39:54] Кушелев Александр Юрьевич: Там вместо громоздких таблиц координат будут храниться компактные гены виртуальной реальности.
[12.03.2012 11:20:37] V: не вник
[12.03.2012 16:30:58] V: ЕЩЁ РАЗ ДРУГИМИ СЛОВАМИ.
[13.03.2012 0:38:09] Кушелев Александр Юрьевич: Завтра...
[13.03.2012 0:38:53] V: jr
[13.03.2012 0:38:55] V: ок
[13.03.2012 15:03:52] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
[13.03.2012 15:03:57] Кушелев Александр Юрьевич: У меня появилась идея
[13.03.2012 15:04:48] Кушелев Александр Юрьевич: Взять координаты всех атомов из скрипта Дениса Савина, заменить знак у Y-координаты, поможить на масштабный коэффициент, чтобы диаметр кольца получился 1.7А
[13.03.2012 15:05:08] Кушелев Александр Юрьевич: Всё-равно нужно подбирать смещения, так что какая разница, как ориентированы аминокислоты smile
[13.03.2012 15:05:49] Кушелев Александр Юрьевич: При этом нужно в один массив загнать и координаты центров атомов, и координаты колец-электронов (центров колец)
[13.03.2012 15:06:01] Кушелев Александр Юрьевич: И то, и другое есть в скрипте Савина
[13.03.2012 15:06:37] Кушелев Александр Юрьевич: В тот же массив загнать названия атомов и аминокислот
[13.03.2012 15:07:00] Кушелев Александр Юрьевич: И тогда получится тот же простой алгоритм, что и для одной точки
[13.03.2012 15:07:32] Кушелев Александр Юрьевич: Просто добавятся циклы для обработки элементов многомерного массива
[13.03.2012 15:07:44] Кушелев Александр Юрьевич: По соответствующим измерениям smile
[13.03.2012 15:08:25] Кушелев Александр Юрьевич: И естественно добавится кусок скрипта, которые переводит генетический код в композиционный smile
[13.03.2012 15:09:19] Кушелев Александр Юрьевич: Для начала интересно визуализировать координаты из скрипта Дениса Савина для всех центров атомов одной аминокислоты, например, цистеина
[13.03.2012 15:09:31] Кушелев Александр Юрьевич: И для колец той же аминокислоты
[13.03.2012 15:09:44] V: у тебя уже есть скрипт савина в котором видимо так или иначе твоя "идея" реализована
[13.03.2012 15:09:49] Кушелев Александр Юрьевич: Посмотрим, совпадут ли центры атомов с центрами кольцегранников smile
[13.03.2012 15:10:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я и координаты вижу
[13.03.2012 15:10:10] V: у тебя уже есть скрипт савина в кором можно это всё увидеть )
[13.03.2012 15:10:11 | Изменены 15:10:26] Кушелев Александр Юрьевич: Только думаю, как их визуализировать?
[13.03.2012 15:10:23] V: кого их *?
[13.03.2012 15:10:49] Кушелев Александр Юрьевич: координаты центров атомов и координаты колец. Я имею в виду исходные данные (таблицы координат)
[13.03.2012 15:11:07] Кушелев Александр Юрьевич: Ну, взять к примеру, координаты общих атомов и радикал цистеина
[13.03.2012 15:11:20] Кушелев Александр Юрьевич: И посмотреть в 3DS, где они нарисуются
[13.03.2012 15:11:21] V: ты же говоришь они в скрипте савина имеются
[13.03.2012 15:11:32] Кушелев Александр Юрьевич: Я уже кажется знаю, как это сделать
[13.03.2012 15:11:35] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас попробую
[13.03.2012 15:11:59] V: и зачем их смотреть в 3дс если можешь сразу смотреть в Пимоле например
[13.03.2012 15:12:21] V: прямо занеси в PDB руками эти 1-2-3-5 координат и посмотри в пимоле
[13.03.2012 15:13:53] Кушелев Александр Юрьевич: Не, мне в 3DS удобнее. Там оси видны, координаты легко мерить курсором и т.д.
[13.03.2012 15:14:46] Кушелев Александр Юрьевич: И потом в 3DS мне удобно смещения настраивать, но для этого нужно и кольцегранные модели видеть...
[13.03.2012 15:27:16] V: пробуй
[13.03.2012 15:34:16] Кушелев Александр Юрьевич: Угу
[13.03.2012 15:43:14] Кушелев Александр Юрьевич: Центры общих 4 атомов NCCO я визуализировал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6202/126 … 6_orig.png
[13.03.2012 15:43:29] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт:
[13.03.2012 15:43:30] Кушелев Александр Юрьевич: N = sphere radius:0.3 segs:20 pos:[1.42,-0.969,-1.35] wirecolor:[0,0,255]
CA = sphere radius:0.3 segs:20 pos:[0.495,-0.734,0] wirecolor:[100,100,100]
C = sphere radius:0.3 segs:20 pos:[-1.2,-1.07,0] wirecolor:[100,100,100]
O = sphere radius:0.3 segs:20 pos:[-2.27,-0.592,0] wirecolor:[255,0,0]
[13.03.2012 15:43:46] Кушелев Александр Юрьевич: Но теперь нужно визуализировать кольцегранные модели из того же скрипта Дениса Савина
[13.03.2012 15:43:54] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас буду пробовать...
[13.03.2012 15:53:26] Кушелев Александр Юрьевич: Нашёл координаты колец для радикала цистеина:
[13.03.2012 15:53:27] Кушелев Александр Юрьевич: #( -- Atoms Cys = Ser lambda
(matrix3 [ 0.1621, 0.9867, 0     ] [ 0.8056,-0.1323,-0.5774] [ 0.5697,-0.0936, 0.8164] [-1.1826,-2.119 , 1.1523] ),
(matrix3 [ 0     , 0     ,-1     ] [ 0.8992, 0.4374, 0     ] [ 0.4374,-0.8992, 0     ] [-1.3695,-3.2561, 0     ] ),
(matrix3 [ 0     , 0     ,-1     ] [-0.712 , 0.7021, 0     ] [-0.7021,-0.712 , 0     ] [-2.9779,-2.9918, 0     ] ),
(matrix3 [ 0.6166,-0.608 , 0.5   ] [-0.5432,-0.7883,-0.2885] [ 0.5696,-0.0936,-0.8165] [-1.1828,-2.1191,-1.1524] ),
(matrix3 [-0.7788,-0.3787, 0.5   ] [ 0.2625,-0.9207,-0.2885] [-0.5696, 0.0935,-0.8165] [-2.7909,-1.8549,-1.1524] ),
(matrix3 [-0.7788,-0.3787, 0.5   ] [ 0.4496, 0.2185, 0.866 ] [-0.4372, 0.8993, 0     ] [-2.604 ,-0.7176, 0.0001] ),
(matrix3 [-0.1032, 0.565 , 0.8185] [ 0.2863, 0.8049,-0.5196] [ 0.9525,-0.1807, 0.2449] [-2.1548,-1.9218, 2.6455] ),
(matrix3 [-0.6123, 0.6123,-0.5   ] [-0.6995,-0.1251, 0.7035] [-0.3682,-0.7806,-0.5049] [-4.019 ,-2.7685, 1.5871] ),
(matrix3 [-0.1032, 0.565 , 0.8185] [-0.9935,-0.0977,-0.0578] [ 0.0473,-0.8192, 0.5715] [-3.4323,-2.823 , 3.1065] ),
(matrix3 [ 0.912 ,-0.1977,-0.3592] [-0.4073,-0.5383,-0.7377] [-0.0475, 0.8191,-0.5716] [-3.5663,-0.5106, 1.4931] ),
(matrix3 [-0.1964,-0.9796, 0.0407] [ 0.2327,-0.0869,-0.9686] [-0.9524, 0.1807,-0.245 ] [-4.8436,-1.4116, 1.954 ] ),
(matrix3 [-0.1964,-0.9796, 0.0407] [ 0.8205,-0.1415, 0.5537] [-0.5367, 0.1421, 0.8316] [-4.2568,-1.4661, 3.4737] ),
(matrix3 [ 0.912 ,-0.1977,-0.3592] [ 0.1805,-0.5929, 0.7847] [ 0.3682, 0.7805, 0.5051] [-2.9795,-0.5651, 3.0128] )
),
[13.03.2012 15:54:26] Кушелев Александр Юрьевич: Координаты колец общих атомов, вероятно, расположены ниже в скрипте Савина, но мне хотя бы для начала разобраться с координатами колец радикала цистеина. Там всего два атома smile
[13.03.2012 15:55:12] Кушелев Александр Юрьевич: Можно даже начать с координат колец радикала аланина:
[13.03.2012 15:55:13] Кушелев Александр Юрьевич: #( -- Atoms Ala
(matrix3 [ 0.1621, 0.9867, 0     ] [ 0.8056,-0.1323,-0.5774] [ 0.5697,-0.0936, 0.8164] [-1.1826,-2.119 , 1.1523] ),
(matrix3 [ 0     , 0     ,-1     ] [ 0.8992, 0.4374, 0     ] [ 0.4374,-0.8992, 0     ] [-1.3695,-3.2561, 0     ] ),
(matrix3 [ 0     , 0     ,-1     ] [-0.712 , 0.7021, 0     ] [-0.7021,-0.712 , 0     ] [-2.9779,-2.9918, 0     ] ),
(matrix3 [ 0.1621, 0.9867, 0     ] [-0.8056, 0.1323,-0.5774] [-0.5697, 0.0936, 0.8164] [-2.791 ,-1.8548, 1.1523] ),
(matrix3 [ 0.6166,-0.608 , 0.5   ] [-0.5432,-0.7883,-0.2885] [ 0.5696,-0.0936,-0.8165] [-1.1828,-2.1191,-1.1524] ),
(matrix3 [-0.7788,-0.3787, 0.5   ] [ 0.2625,-0.9207,-0.2885] [-0.5696, 0.0935,-0.8165] [-2.7909,-1.8549,-1.1524] ),
(matrix3 [-0.7788,-0.3787, 0.5   ] [ 0.4496, 0.2185, 0.866 ] [-0.4372, 0.8993, 0     ] [-2.604 ,-0.7176, 0.0001] )
),
[13.03.2012 15:55:19] Кушелев Александр Юрьевич: Тут вообще один атом smile
[13.03.2012 16:04:33] V: 4 точки в матрице
[13.03.2012 16:15:02] Кушелев Александр Юрьевич: http://img-fotki.yandex.ru/get/6203/126 … c_orig.png
[13.03.2012 16:15:16] Кушелев Александр Юрьевич: По координате из первой строки кольцо построилось
[13.03.2012 16:15:40] Кушелев Александр Юрьевич: Размер вроде тот. Положение похоже на правду, а ориентация не та, т.е. нужен ещё вектор нормали
[13.03.2012 16:16:13] Кушелев Александр Юрьевич: Вот скрипт для кольца: Ala = torus radius1:0.3 radius2:0.03 segs:12 sides:8 pos:[ 0.1621, 0.9867, 0] wirecolor:[255,255,255]
[13.03.2012 16:17:35] Кушелев Александр Юрьевич: Для аланина (один атом) матрица содержит 28 троек координат. Многовато будет
[13.03.2012 16:18:29] Кушелев Александр Юрьевич: Достаточно 7 колец (7 троек координат центров колец + 7 троек координат векторов нормали). Всего 14 троек. А у Дениса в два раза больше
[13.03.2012 16:19:27] Кушелев Александр Юрьевич: На самом деле вектор нормали можно вычислять, вычитая из центра кольца центр атома
[13.03.2012 16:19:51] Кушелев Александр Юрьевич: Начало вектора нормали - центр кольца, а конец вектора - центр атома
[13.03.2012 16:20:40] Кушелев Александр Юрьевич: А Денис каждое кольцо задаёт 4 точками по 3 координаты что ли?
[13.03.2012 16:20:47] Кушелев Александр Юрьевич: Прикольно...
[13.03.2012 17:09:44] Кушелев Александр Юрьевич: http://img-fotki.yandex.ru/get/6203/126 … 3_orig.png
[13.03.2012 17:10:02] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, не там тусуются кольца, хотя некоторые близко к тексту...
[13.03.2012 17:10:25] Кушелев Александр Юрьевич: Чем разбираться, проще заново определить их координаты или написать алгоритм построения
[13.03.2012 17:11:36] Кушелев Александр Юрьевич: Тем более, что алгоритм для всех кольцегранных моделей аминокислотных остатков есть: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … netics.zip
[13.03.2012 17:12:07] Кушелев Александр Юрьевич: Правда, он написан на языке Genetics, но его можно переписать и в виде скрипта для 3DS Max...
[13.03.2012 18:53:31] Кушелев Александр Юрьевич: http://img-fotki.yandex.ru/get/6202/126 … a_orig.png
[13.03.2012 18:54:35] Кушелев Александр Юрьевич: Думаю, что проще вернуться к моим скриптам, которые строят модели из колец, добавить туда центры атомов, потом сохранить координаты и использовать в новом скрипте эти координаты.
[13.03.2012 18:55:58] Кушелев Александр Юрьевич: Вот, собственно скрипт, который строит общие атомы (кольцами):
[13.03.2012 18:55:59] Кушелев Александр Юрьевич: -- Created by: NanoWorld laboratory [nanoworld@bigfoot.com]
-- http://ftp.decsy.ru/nanoworld/index.htm
-- http://nanoworld.narod.ru
--
a = #()
b = #()
num = 12
r = 0.99
alfak = 360 / num
for i = 1 to num do (
alfa = i * alfak
a[ii] = [r * cos(alfa),r * sin(alfa),0]
if (i > (num-1)) then b[ii] = [2,num,1] else if (i > (num-2)) then b[ii] = [1,num-1,num] else b[ii] = [i+2,i,i+1])
m0 = torus radius1:0.9 radius2:0.1 segs:15 sides:5 position:[0,0,0] pivot:[0,0,-1.41] wirecolor:[255,0,0]
m = copy m0 pivot:[0,0,-1.41] wirecolor:[0,0,255]
rotate m 70.54 [1,0,0] --Rx 70.54
m1 = copy m pivot:[0,0,0] wirecolor:[0,0,255]
rotate m1 120 [0,0,1] --Rz 120
m2 = copy m1 pivot:[0,0,0] wirecolor:[0,0,255]
rotate m2 120 [0,0,1] --Rz 120
m3 = copy m2 pivot:[0,0,0] wirecolor:[255,0,0]
m3.pivot = [0,0,0]
rotate m3 60 [0,0,1] --rz 60
m3.pivot = [0,0,-1.41]
rotate m3 180 [0,1,0] --ry 180
m4 = copy m3 pivot:[0,0,0] wirecolor:[255,0,0]
rotate m4 120 [0,0,1] --rz 120
rotate m4 120 [0,0,1] --Rz 120
m5 = copy m4 pivot:[0,0,0] wirecolor:[0,0,255]
rotate m5 -120 [0,0,1] --rz -120
m5.pivot = [0,0,-1.41]
rotate m5 -70.54 [1,0,0] --Rx -70.54
zd1=-1.41
m100 = copy m0 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m10 = copy m pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
m11 = copy m1 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
m12 = copy m2 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
m13 = copy m3 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m14 = copy m4 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m15 = copy m5 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
rotate m100 180 [0,1,0]
rotate m10 180 [0,1,0]
rotate m11 180 [0,1,0]
rotate m12 180 [0,1,0]
rotate m13 180 [0,1,0]
rotate m14 180 [0,1,0]
rotate m15 180 [0,1,0]
rotate m100 180 [1,0,0]
rotate m10 180 [1,0,0]
rotate m11 180 [1,0,0]
rotate m12 180 [1,0,0]
rotate m13 180 [1,0,0]
rotate m14 180 [1,0,0]
rotate m15 180 [1,0,0]
m100.pivot = [0,0,-3.82]
rotate m100 -90 [1,0,0] --Sy
m10.pivot = [0,0,-3.82]
rotate m10 -90 [1,0,0]
m11.pivot = [0,0,-3.82]
rotate m11 -90 [1,0,0]
m12.pivot = [0,0,-3.82]
rotate m12 -90 [1,0,0]
m13.pivot = [0,0,-3.82]
rotate m13 -90 [1,0,0]
m14.pivot = [0,0,-3.82]
rotate m14 -90 [1,0,0]
m15.pivot = [0,0,-3.82]
rotate m15 -90 [1,0,0] --r0 0 -3.82 -90 0 0
m200 = copy m0 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m20 = copy m pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m21 = copy m1 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m22 = copy m2 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m23 = copy m3 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
m24 = copy m4 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
m25 = copy m5 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
rotate m200 -35.27 [1,0,0]
rotate m20 -35.27 [1,0,0]
rotate m21 -35.27 [1,0,0]
rotate m22 -35.27 [1,0,0]
rotate m23 -35.27 [1,0,0]
rotate m24 -35.27 [1,0,0]
rotate m25 -35.27 [1,0,0]
move m200 [0,0,1.7] --R 0  0 -1.41 -35.27 0 0
move m20 [0,0,1.7]
move m21 [0,0,1.7]
move m22 [0,0,1.7]
move m23 [0,0,1.7]
move m24 [0,0,1.7]
move m25 [0,0,1.7] -- mz1.7
m300 = copy m200 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m30 = copy m20 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
m31 = copy m21 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
m32 = copy m22 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
m33 = copy m23 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m34 = copy m24 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[0,0,255]
m35 = copy m25 pivot:[0,0,zd1] wirecolor:[255,0,0]
move m300 [0,0,2]
move m30 [0,0,2]
move m31 [0,0,2]
move m32 [0,0,2]
move m33 [0,0,2]
move m34 [0,0,2]
move m35 [0,0,2] --Mz2
m200.pivot = [0,0,-3.82]
m20.pivot = [0,0,-3.82]
m21.pivot = [0,0,-3.82]
m22.pivot = [0,0,-3.82]
m23.pivot = [0,0,-3.82]
m24.pivot = [0,0,-3.82]
m25.pivot = [0,0,-3.82]
m300.pivot = [0,0,-3.82]
m30.pivot = [0,0,-3.82]
m31.pivot = [0,0,-3.82]
m32.pivot = [0,0,-3.82]
m33.pivot = [0,0,-3.82]
m34.pivot = [0,0,-3.82]
m35.pivot = [0,0,-3.82]
rotate m200 -45 [1,0,0]
rotate m20 -45 [1,0,0]
rotate m21 -45 [1,0,0]
rotate m22 -45 [1,0,0]
rotate m23 -45 [1,0,0]
rotate m24 -45 [1,0,0]
rotate m25 -45 [1,0,0]
rotate m300 -45 [1,0,0]
rotate m30 -45 [1,0,0]
rotate m31 -45 [1,0,0]
rotate m32 -45 [1,0,0]
rotate m33 -45 [1,0,0]
rotate m34 -45 [1,0,0]
rotate m35 -45 [1,0,0] -- r 0 0 -3.82 -45 0 0
delete m200
delete m20
delete m25
delete m35
select #(m,m0,m1,m2,m3,m4,m5,m100,m10,m11,m12,m13,m14,m15,m21,m22,m23,m24,m300,m30,m31,m32,m33,m34)
macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"
attach m0 m
attach m1 m2
attach m3 m4
attach m5 m100
attach m10 m11
attach m12 m13
attach m14 m15
attach m21 m22
attach m23 m24
attach m300 m30
attach m31 m32
attach m33 m34
attach m0 m1
attach m3 m5
attach m10 m12
attach m14 m21
attach m23 m300
attach m31 m33
attach m0 m3
attach m10 m14
attach m23 m31
attach m0 m10
attach m0 m23
obj = copy m0 pivot:[-1.2,2.0,-4.4] wirecolor:[0,0,255]
delete m0
[13.03.2012 19:20:14] V: согласен
[13 марта 2012 г. 19:52] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< Думаю, что проще вернуться к моим скриптам, которые строят модели из колец, добавить туда центры атомов, потом сохранить координаты и использовать в новом скрипте эти координаты.
[13.03.2012 19:21:07] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда буду делать...
[13.03.2012 19:22:08] Кушелев Александр Юрьевич: Сегодня понёс системный блок, который подарил Будда в ремонт. Выяснилось, что видеокарта - мертвяк и оба DVD-рома тоже.
[13.03.2012 19:22:24] Кушелев Александр Юрьевич: Купил у них видеокарту и теперь собираюсь ставить винды.
[13.03.2012 19:23:05] Кушелев Александр Юрьевич: По дури сунул в один из буддиных ДВД-ромов дистрибутив 7-ой винды, и угробил единственную копию.
[13.03.2012 19:23:22] Кушелев Александр Юрьевич: Теперь надо где-то доставать дистрибутив хотя бы XP
[13.03.2012 19:23:29] V: сучувствую. когда дури много - последствия ужасающи
[13.03.2012 19:23:52] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Во-первых нужно было сделать резервную копию хотя бы на новом компе
[13.03.2012 19:24:04] V: интересно, а почему так быстро умерли приводы и видеокарта? или это старая машина ?
[13.03.2012 19:24:05] Кушелев Александр Юрьевич: А во-вторых не сувать в хрен знает какой DVD-ром
[13.03.2012 19:24:30] Кушелев Александр Юрьевич: Я так понял, что видеокарта была мёртвой ещё когда Будда её втыкал в системник
[13.03.2012 19:24:43] Кушелев Александр Юрьевич: И DVD-ромы тоже были конченные
[13.03.2012 19:24:56] Кушелев Александр Юрьевич: Ну хрен с ними.
[13.03.2012 19:25:13] V: достать легко - там есть дырочка на передней панельке
нужно туда сунуть скрепочку, которую педварительно разогнуть
где-то на 2-2.5 см утопить - скрепочка там нажмёт на рычажок и дверца привода откроется
[13.03.2012 19:25:26] Кушелев Александр Юрьевич: Вроде материнка работает, память тоже, винд и новая (б/у) видеокарта
[13.03.2012 19:25:51] Кушелев Александр Юрьевич: Да нет, диск-то я вытащил. С него стружку сняли...
[13.03.2012 19:25:57] Кушелев Александр Юрьевич: Он больше не читается
[13.03.2012 19:26:03] V: о! - это худовато
[13.03.2012 19:26:19] Кушелев Александр Юрьевич: Мне на этом компе ничего кроме инета не нужно
[13.03.2012 19:26:20] V: качай с торента на новой машине - и запиши
[13.03.2012 19:26:30] Кушелев Александр Юрьевич: А ссылку можешь дать?
[13.03.2012 19:26:50] Кушелев Александр Юрьевич: Там всякие винды бывают. Можно и битую качать зря...
[13.03.2012 19:27:16] Кушелев Александр Юрьевич: Мне для нового компа классную 7-ую привезли, а я с неё стружку снял, дурень...
[13.03.2012 19:27:49] Кушелев Александр Юрьевич: Если чего случится с новым компом, то придётся снова дистрибутив доставать
[13.03.2012 19:27:53] V: тебе чисто английскую?
[13.03.2012 19:28:24] Кушелев Александр Юрьевич: Лучше русифицированную. У меня жена хочет тексты на русском писать в ворде
[13.03.2012 19:28:44] Кушелев Александр Юрьевич: Она добралась до нового компа, а на нём русские символы не включаются...
[13.03.2012 19:28:44] V: хорошо
64 разрядную?
[13.03.2012 19:28:51] Кушелев Александр Юрьевич: Не, попроще
[13.03.2012 19:29:00] V: наверное 32 хватит
[13.03.2012 19:29:06] Кушелев Александр Юрьевич: Только для инета
[13.03.2012 19:29:17] Кушелев Александр Юрьевич: Главное, чтобы не глючила
[13.03.2012 19:29:32] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и от вирусов надо как-то защититься...
[13.03.2012 19:29:44] V: хорошо. найду и вышлю торент
[13.03.2012 19:30:18] *** Кушелев Александр Юрьевич отправил [rutracker.org].t3539723.torrent ***
[13.03.2012 19:30:29] Кушелев Александр Юрьевич: Мне Будда кинул эту ссылку.
[13.03.2012 19:30:39] Кушелев Александр Юрьевич: Может её и качать?
[13.03.2012 19:30:53] Кушелев Александр Юрьевич: Просто я уже боюсь после такой подставы с железом...
[13.03.2012 19:55:32] V: качай
[13.03.2012 19:56:08] Кушелев Александр Юрьевич: Уже
[13.03.2012 21:40:15] Кушелев Александр Юрьевич: Ну вот, первый центр атома уже получился...
[13.03.2012 21:40:21] Кушелев Александр Юрьевич: http://img-fotki.yandex.ru/get/6203/126 … 9_orig.png
[13.03.2012 21:41:19] V: yikes
[13.03.2012 21:46:16] Кушелев Александр Юрьевич: http://img-fotki.yandex.ru/get/5903/126 … 4_orig.png
[13.03.2012 21:46:23] Кушелев Александр Юрьевич: Вот их уже два smile
[13.03.2012 21:46:41] Кушелев Александр Юрьевич: Ядра в каркас из колец вставлять "одно удовольствие" smile
[13.03.2012 21:47:49] V: т.е. ты сначала делаешь кольцегранную моделЪку
и потом руками вставляешь (подбираешь визуально) центры
[13.03.2012 21:50:39] Кушелев Александр Юрьевич: http://img-fotki.yandex.ru/get/6102/126 … e_orig.png
[13.03.2012 21:50:53] Кушелев Александр Юрьевич: Да в 3DS подбирать не нужно
[13.03.2012 21:51:10] Кушелев Александр Юрьевич: Тыкаешь мышкой в центр симметрии кольцегранника, а внизу читаешь координаты
[13.03.2012 21:51:31] Кушелев Александр Юрьевич: При хорошем укрупнении 3 знака элементарно получаются
[13.03.2012 21:51:36] V: но это даёт конечно какое-то приближение по координатам
но совершенно неточное
[13.03.2012 21:51:47] Кушелев Александр Юрьевич: Нам особой точности не требуется
[13.03.2012 21:52:00] Кушелев Александр Юрьевич: Стандарт PDB больше 3 знаков не берёт, кажется
[13.03.2012 21:52:45] V: эт пока короткие цепочк
а вот надлинных - она нужна
просто очень много преобразований на координату прходится
при вычислениях точность уплыват
[13.03.2012 21:52:52] V: "уплывает"
[13.03.2012 21:53:03] Кушелев Александр Юрьевич: А реальная точность определения координат центров атомов современными экспериментальными методами лежит в интервале от тысяч до сотен тысяч пикометров smile
[13.03.2012 21:53:41] Кушелев Александр Юрьевич: На длинных цепочках точность сильнее уплывёт по другим причинам
[13.03.2012 21:53:46] V: т.е. ещё хуже
[13.03.2012 21:53:53] Кушелев Александр Юрьевич: Она особо и не нужна на длинных цепочках
[13.03.2012 21:54:26] V: ты вычисляй остальные точки )
[13.03.2012 21:54:32] V: не отвлекайся
[13.03.2012 21:54:39] Кушелев Александр Юрьевич: В реальных белках точность на длинных цепочках достигается с помощью дополнительных связей, например, дисульфидных мостиков.
[13.03.2012 21:55:00] Кушелев Александр Юрьевич: Для вычисления 4-ой точки нужно достроить модель аминокислоты smile
[13.03.2012 21:55:51] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, нужно будет потом масштабировать и, вероятно, менять знак Y-координаты. Мне лень переписывать старые скрипты с правых аминокислот на левые. Проще знаки потом поменять
[13.03.2012 21:58:35] V: достраивай
[13.03.2012 21:58:40] V: ех ))
[13.03.2012 21:58:54] V: "дурной" алгоритм ))
[13.03.2012 21:59:41] Кушелев Александр Юрьевич: Так нам-то от этого алгоритма нужно будут только координаты, которые можно сохранить в файле ASE
[13.03.2012 22:00:05] V: странно что вы не пошли делать всё это на SOLID моделях
намного меньше мне кажется было бы работы
[13.03.2012 22:02:44] V: любая солид модель - это центр + параметры фигуры = раиус для шарика, 2 радиуса для тора. радиус и высота для цилиндра
[13.03.2012 22:03:40] V: а у вас всё в виде мегатонн полигонов

а у тебя собственно весь поиск и подбор алгоритма основан именно на Solid vjltkz[
[13.03.2012 22:03:47] V: мделях
[13.03.2012 22:05:26] Кушелев Александр Юрьевич: Колечки 3DS может рисовать по координатам центра и вектору нормали вроде бы...
[13.03.2012 22:05:42] Кушелев Александр Юрьевич: Очень компактное представление...
[13.03.2012 22:05:59] Кушелев Александр Юрьевич: А если не сможет, то нарисует другой браузер
[13.03.2012 22:06:26] Кушелев Александр Юрьевич: Евгений Неделько делал браузер, который может рисовать колечки вообще по генам виртуальной реальности...
[13.03.2012 22:06:53] Кушелев Александр Юрьевич: Я думаю, что нащупаем удобную форму представления
[13.03.2012 22:09:19] V: наверное
[13.03.2012 22:12:07] Кушелев Александр Юрье

http://img-fotki.yandex.ru/get/5902/126580004.4a/0_b6f67_679443eb_orig.png

[13.03.2012 22:12:45] Кушелев Александр Юрьевич: Голубым показан атом азота следующего аминокислотного остатка, который заместил группу OH этого аминокислотного остатка
[13.03.2012 22:13:25] Кушелев Александр Юрьевич: А атом, точнее группу азота этого аминокислотного остатка я сейчас дорисую...
[13.03.2012 22:48:13] V: дорисовал?
[13.03.2012 22:50:43] Кушелев Александр Юрьевич: Дорисовываю. Кольцегранники двигать - это не шарики в них вставлять...
[13.03.2012 22:51:06] V: жутко дурное дело
умел бы пограмить - уже бы давно всё вычислил )
[13.03.2012 22:51:16] V: может в вых доеду - посидимс
[13.03.2012 22:53:08] Кушелев Александр Юрьевич: ОК

http://img-fotki.yandex.ru/get/5902/126580004.4a/0_b6f69_4fc53f37_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5902/126 … 7_orig.png

[13.03.2012 23:07:50] Кушелев Александр Юрьевич: Кольцегранную модель группы азота кривенько, но присобачил.
[13.03.2012 23:08:28] V: невыразительно
переделывай

http://img-fotki.yandex.ru/get/6102/126580004.4a/0_b6f6a_a21d1e96_L.png
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6102/126 … 6_orig.png

[13.03.2012 23:12:31] Кушелев Александр Юрьевич: Вот теперь все шарики тоже на месте
[13.03.2012 23:12:44] Кушелев Александр Юрьевич: Что значит "не выразительно"?
[13.03.2012 23:13:00] Кушелев Александр Юрьевич: Промасштабировать и вывести координаты шариков и колец.
[13.03.2012 23:13:05] Кушелев Александр Юрьевич: Какие проблемы?
[13.03.2012 23:14:20] V: давай. масштабь и выводи! )
[13.03.2012 23:19:27] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас. Сначала анимацию надо посчитать, как выглядит аминокислота с переферии транспортной РНК...
[13.03.2012 23:21:28] V: хороо
[13.03.2012 23:25:49] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/5903/126580004.4a/0_b6f78_79c2f2ce_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5903/126 … e_orig.gif

[13.03.2012 23:25:57] Кушелев Александр Юрьевич: Вот такая штуковина...
[13.03.2012 23:26:34] V: далее что с ней делать нуно?
[13.03.2012 23:40:15] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас мы из неё вытащим координаты шариков и колечек и засунем в наш скрипт smile
[13.03.2012 23:46:17] Кушелев Александр Юрьевич: Надо только сразу промасштабировать...
[13.03.2012 23:46:48] V: давай
[13.03.2012 23:49:00] Кушелев Александр Юрьевич: Только что-то я устал сегодня. Придётся завтра утром...
[13.03.2012 23:51:59] V: давай сегодня уже утром как проснёшься. я тоже спать пора топать
[13.03.2012 23:52:06] V: Спокойной ночи!
[0:10:45] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[11:01:51] V: продолжим ? )
[11:03:40] Кушелев Александр Юрьевич: Да я уже продолжаю
[11:04:19] Кушелев Александр Юрьевич: Определил масштабный коэффициент 0.58555
[11:05:54] Кушелев Александр Юрьевич: Пытаюсь определить координаты колец, но тут сложности. При уменьшении радиуса колец модель аминокислоты слегка сдвигается. Надо понять, почему? Возможно, что это происходит из-за изменения габаритов, что влияет на точку привязки группы...
[11:08:26] V: ну да - у тебя все точки связаны наверное. и меняя одно - трогаешь всё сразу
[11:09:04] Кушелев Александр Юрьевич: Я уже справился с этой проблемой
[11:09:35] Кушелев Александр Юрьевич: Перед масштабированием группы задал точку привязки 0,0,0
[11:12:31] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6202/126580004.4a/0_b6fd5_bfc67f59_L.jpg
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6202/126 … 9_orig.jpg

[11:12:54] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь видны центры колец. Это кольца, уменьшенные в 100 раз smile
[11:13:59] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас мы уменьшим их ещё в 100 раз, и можно будет выводить координаты центров электронов
[11:14:57] Кушелев Александр Юрьевич: Правда, этим выводом придётся заняться чуть позже. Нужно идти покупать видеокарту. Старая постоянно вешает комп...
[11:19:23] V: жду. на работе
[11:52:54] *** V отправил IMG_14032012_125116.png ***
[13:48:38] Кушелев Александр Юрьевич: Что за фото?
[13:49:25] V: из фильма про немеччину окультную
чёрное солнце
[13:50:28] V: ты наверное всю Блаватскую должен был уже прочесть?
[13:50:46] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[13:51:06] V: точно? и кто тебя надоумил?
[13:51:26] V: как ты к ней пришёл?
[13:51:50] Кушелев Александр Юрьевич: Понаписала тётка до фига лажи...
[13:57:26] V: я не читал
[13:58:31] Кушелев Александр Юрьевич: Ничего не потерял smile
[13:58:42] V: спасибо )
[14:12:50] V: заработала новая видеокарта ?
[14:57:06] V: может потом на цепочку натравить вот такую штуку: программный комплекс для расчета строительных конструкций и сооружений на прочность, устойчивость и динамические воздействия методом конечных элементов.
[15:43:33] Кушелев Александр Юрьевич: Новую видеокарту нельзя вставить в старый комп. Поэтому пришлось купить радиатор с вентиллятором от процессора, ножовку по металлу и надфели. Сейчас отпиливаю лишние куски радиатора...
[15:44:06] Кушелев Александр Юрьевич: По поводу программного комплекса благодарю!
[16:04:51] V: http://anysoftik.net/softall/sistem/311 … l-rus.html
[16:58:20] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю!
[17:08:54] V: не за что. с этим ещё надо будет учиться работать
[17:09:17] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[17:09:36] V: но сначала докалякаем твой алгоритм
[17:09:42] Кушелев Александр Юрьевич: Поставил таки виндовс XP на системный блок А.Будды
[17:10:19] Кушелев Александр Юрьевич: Мне нужно интернет настроить на буддовском компе, иначе меня с компа дочка с женой выгоняют...
[17:10:49] V: делай делай то что нужно, а потом то что НУЖНО

894

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

c1=a1*cos(30)-a2*sin(30)

имхо это выполнится поочерёдно, надо так:
c1=(a1*cos(30))-(a2*sin(30))

895

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

..." Так, например, для синтеза  разных  минералов, в частности ювелирных, время от времени,   мне требуется  сверхчистый оксид  алюминия  Al2O3.  С этой целью я загружаю в автоклав металлический алюминий, заливаю чистой водой,  поднимаю давление до 217 атмосфер  и температуру до  374 С.   При этих параметрах вода переходит в сверхкритическое состояние, проявляя при этом сильнейшие окислительные свойства.  Через восемь часов  я получаю  Аl2О3 соответствующий по чистоте исходных материалов."
Цитата отсюда: http://blog.dp.ru/post/3507/

896

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

http://blog.dp.ru/post/3507/
Изучая способы безопасного хранения водорода,
информацию о интерметалидах – соединениях на основе никеля,
проявляющие свойства  аномального поглощения водорода.

к слову, никелевую монету уже почти всю заменили на железячную.
и вообще, поговаривают, что никель подорожает немеряно...
Nickel - озорник (нем.)
http://s1.bild.me/bilder/060112/1659251stall.jpg
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0% … 0%BB%D1%8C

897

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

А.Ю., Вы напрасно меня упрекаете в том, что я пришла к моделям L-аминокислот с отличными от Ваших моделей положениями радикалов (в то время как Вы вначале моделировали D-аминокислоты, потом т.н. "остатки" аминокислот с пептидной связью внутри), якобы игнорируя Ваши модели и не признавая Вашего участия. Вовсе нет. Просто у меня кольцегранные модели были другими.
Сейчас я рассчитываю с помощью аналитической геометрии координаты атомов аминокислот в декартовой системе с учётом длин связей между атомами и их атомных радиусов. Поэтому обращаю и Ваше внимание на то, что межцентровые расстояния в кольцегранной модели аминокислоты должны быть разными даже если Вы используете одинаковые октаэдры. Тогда модель получиться. Удачи Вам.
Ещё рекомендую просмотреть любые pdb. файлы белков из PDB банка, основанные на экспериментальных данных и доказать себе самому, что радикалы в аминокислотах расположены по моему smile.

898

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Victoria пишет:

А.Ю., Вы напрасно меня упрекаете в том, что я пришла к моделям L-аминокислот с отличными от Ваших моделей положениями радикалов (в то время как Вы вначале моделировали D-аминокислоты, потом т.н. "остатки" аминокислот с пептидной связью внутри), якобы игнорируя Ваши модели и не признавая Вашего участия. Вовсе нет. Просто у меня кольцегранные модели были другими.

Я Вас не упрекаю. Вам показалось. Но хочу обратить Ваше внимание на то, что ацетальные углы из тетраэдрических не получаются. Более того, ацетальный угол нежёсткий. Аминокислота напоминает по механическим свойствам сустав, который легко гнётся в одном направлении и практически не гнётся в перпендикулярном направлении. Именно свойство сустава позволяет программировать не только форму, но и гибкость спирали или другой структуры белка в нужных местах и в нужном направлении.

Октаэдрические структуры принципиально непригодны для программирования этих свойств белковых молекул. Вы согласны?

899

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Victoria пишет:

Сейчас я рассчитываю с помощью аналитической геометрии координаты атомов аминокислот в декартовой системе с учётом длин связей между атомами и их атомных радиусов. Поэтому обращаю и Ваше внимание на то, что межцентровые расстояния в кольцегранной модели аминокислоты должны быть разными даже если Вы используете одинаковые октаэдры. Тогда модель получится. Удачи Вам.

Кушелев: На октаэдрических связях адекватной модели не получится. И мне очень жаль, если Вы этого не понимаете. Но в любом случае трагедии нет. Ведь всегда можно сравнить альтернативные модели, альтернативные технологии и выбрать то, что подходит для конкретного класса задач. Даже сильно упрощённая или не совсем правильная модель может занять свою нишу по каким-то, возможно рекордным показателям. И я совершенно не возражаю против любых альтернатив. Всё бесполезное само ляжет на полку Истории, а всё пригожее будет использоваться вопреки тем, кто этому сопротивляется smile

900

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Victoria пишет:

Ещё рекомендую просмотреть любые pdb. файлы белков из PDB банка, основанные на экспериментальных данных и доказать себе самому, что радикалы в аминокислотах расположены по моему smile.

Кушелев: PDB-файлы из банка белковых структур (Protein Data Base) основаны, конечно и на экспериментальных данных, но все они сильно гипотезированы smile
Дело в том, что из физики в химию и молекулярную биологию пришла ошибочная модель атома с дурной неопределённостью квантовой "механики". Современные эксперименты (РСА, ЯМР, нейтронная дифракция...) не позволяют заметить ошибочность квантово-"механической" модели. Точнее это позволяет даже эксперимент Штерна-Герлаха, проведённый почти 100 лет назад, но ... не всем wink
Реальная точность натурно-экспериментальных методов лежит в интервале от ангстрема (для некоторых периодических структур) до десятков нанометров для некоторых участков белков и ДНК/РНК. Некоторые участки белков длиной до 50(!) аминокислотных остатков натурно-экспериментальными методами зафиксировать вообще не удаётся. Поэтому пытаться проверить пикотехнологию с помощью таких грубых методов можно только статистическими методами, что, собственно я и сделал по подсказке профессора Владимира Гаевича Туманяна. Как только была получена достоверная корреляция результатов работы программы Пикотех с данными РСА, можно полностью переключаться на точные модельные пикотехнологические эксперименты, а если где-то остаются сомнения, то их можно проверять лишь статистическими методами на белках с надёжно установленной структурой. Таких белков на самом деле десятки. Даже не сотни. А все разговоры о невероятной точности РСА, ЯМР, нейтронной дифракции и квантовой "механики" - это всего лишь досужие домыслы. При оценке размера электрона в атоме физики ошибаются в сотни тысяч раз на протяжении сотни лет. Так что ни о какой точности официальной атомной физики не может быть и речи...