Пикотехнология белков, ДНК, РНК
Victoria пишет:Kushelev пишет:
Уважаемая Виктория!
К сожалению, в Вашей модели альфа-спирали на один виток приходится не 3.6 аминокислотных остатка, а меньше трёх, т.е. ~2.5
Попытайтесь ещё раз сделать модель альфа-спирали.
Виктория: Не может быть. А Вы не ошиблись? Вертикальные водородные связи образуются в этой модели как раз между кислородом первого а.о. и азотом четвёртого. Это значит, что всё-таки 3,5 - 4 а.о. на виток.
Водородные связи - дело десятое. Важно, на сколько аминокислотных остатков поворачивается спираль, совмещаясь со своим прежним положением. В Вашей модели явно меньше 2.5 аминокислотных остатков на виток, а экспериментальное значение 3.6 ... 3.7
Вы однозначно проделали большую работу, провели ряд модельных экспериментов. Фактически Вы получили доказательство того, что от модели альфа-спирали из современного учебника неизбежен переход к кольцегранной пикотехнологической модели. Строение аминокислот и аминокислотных остатков имеют особенности, характерные для полуацеталей, в которых углы между направлениями на центры атомов не просто отличаются от тетраэдрических, а могут плавно меняться.
Именно плавное изменение угла позволяет программировать альфа-спираль и 310-спираль, пи-спираль и бета-спираль белка. Чередуя значения альфа- и 310-спирали можно плавно гнуть спираль белка, а вставляя коды бета- и пи-спиралей можно "ломать" спираль белка.
Альфа-спираль из многогранников никак не получается, т.е. поворот на каждом аминокислотном остатке получается существенно больше, чем на угол 360/3.6=100 градусов.
В частности, в этой модели поворот на каждом аминокислотном остатке происходит на угол, превышающий 150 градусов:
Можно сделать, как в учебнике, т.е. уменьшить этот угол, но при этом грани многогранников уже не сойдутся. Более того, из учебника органической химии известно, что углы в альфа-спирали не тетраэдрические:
Модель группы R-COOH из учебника.
Пикотехнологическая модель группы -COO-
Все видят, что атомы лежат в одной плоскости?
Модель альфа-спирали из учебника. Угол, на который поворачивает спираль на каждом аминокислотном остатке ~100 градусов.
На этой модели альфа-спирали (из учебника) видно, что атомы группы СО, атом Сальфа и атом азота следующего аминокислотного остатка лежат в одной плоскости. Единственная неточность - радикалы перепутаны с атомами водорода. Отсюда и разговор об L-форме аминокислот. Достаточно переставить радикалы, и форма L1 перейдёт в D2 
4 типа спиралей (альфа-, 310-, бета- и пи-) можно посмотреть в 205-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир": http://nanoworld88.narod.ru/data/205.htm
В частности, пикотехнологическая модель альфа-спирали: http://video.yandex.ru/users/nanoworld/view/2352/#hq
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/220.htm
Пи-спираль и альфа-спираль (пикотехнологические модели).
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/221.htm
