21 Ответ от Victoria

  • Victoria
  • Постоянный участник
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Kushelev пишет:

На сайте CASP должно быть объявлено об условиях конкурса 2012 года. Если у Вас есть желание и возможность участвовать, то давайте поучаствуем. Там есть возможность участвовать и в конкурсе вторичных структур, и в конкурсе третичных структур.

PDB-файлы, которые я готов делать по нуклеотидной последовательности (кстати, они дают только аминокислотную), будут мало отличаться от тех, что хотите делать Вы по своему алгоритму. Думаю, что различия просто не заметят smile

Но если нас не выкинут из участников на этот раз, то даже в том случае, если нам не дадут призового места, а отодвинут в конец списка, всё-равно смысл участвовать есть. А выкинуть нас из списка участников будет сложнее, чем в прошлый раз. Почему? Это я Вам в скайпе объясню smile

Ну раз так, давайте участвовать. Я буду на уровне предсказания вторичной структуры, а Вы по полной программе. Подскажите сайт CASP, там мне придётся зарегистрироваться.

22 Ответ от Kushelev

  • Kushelev
  • Модератор
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

Да, но модели аминокислот в радикалах которых наблюдается сопряжение электронов до сих пор вызывают у меня сомнение. Я об этом ещё немного подумаю или обсудим завтра на форуме механизм сопряжения электронов ещё раз.

ОК!

Вы пока пришлите те, в которых Вы уверены

23 Ответ от Kushelev

  • Kushelev
  • Модератор
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Victoria пишет:

Я буду на уровне предсказания вторичной структуры, а Вы по полной программе. Подскажите сайт CASP, там мне придётся зарегистрироваться.

Если мне не изменяет память, в прошлый раз там было странное условие. Можно было участвовать либо в предсказании 2D-структуры, либо 3D. Поэтому мы можем выступить как две разные лаборатории. Вы будете участвовать в конкурсе 2D, а я - в конкурсе 3D. Вместе мы перекроем оба конкурса.

У них там старый стандарт представления данных и в 2D, и в 3D. Я им ещё в прошлый раз предлагал новый стандарт, но они отмахнулись. Думаю, что и в этот раз отмахнутся. Кстати, в старом стандарте наши с Вами варианты 2D-структуры вообще неразличимы. В старом стандарте либо спираль, либо нет спирали.

Вот ссылка на конкурс CASP: http://www.predictioncenter.org/

Лаборатория Наномир участвовала в конкурсе CASP3: http://www.predictioncenter.org/casp3/s … stics.html

Но наши данные были удалены накануне подведения итогов. Вот так выглядела таблица конкурса накануне: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … cafasp.htm

Так что нам нужно регистрироваться не на автоматизированном CAFASP, а на ручном (CASP) варианте конкурса.

Могу предложить Вам название лаборатории Виктории Соколик, например, Pikotech, а я буду выступать под именем Nanoworld. На самом деле разделение на две лаборатории - формальность. Иначе мы просто не сможем участвовать одновременно в конкурсе 2D- и 3D-. Хотя, может быть у них изменились условия...

24 Ответ от Kushelev

  • Kushelev
  • Модератор
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

http://nanoworld.org.ru/post/10166/#p10166

Анатолий Шестопалов пишет:

... предлагать термин ион к отрицательно заряженному атому ... - в мои "ворота не лезит"

Кушелев: Вы предлагаете отказаться от общепринятого определения ионов?

Ион (др.-греч. iov — идущее) — одноатомная или многоатомная электрически заряженная частица, образующаяся в результате потери или присоединения атомом или молекулой одного или нескольких электронов.

25 Ответ от Victoria

  • Victoria
  • Постоянный участник
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Kushelev пишет:

Если мне не изменяет память, в прошлый раз там было странное условие. Можно было участвовать либо в предсказании 2D-структуры, либо 3D. Поэтому мы можем выступить как две разные лаборатории. Вы будете участвовать в конкурсе 2D, а я - в конкурсе 3D. Вместе мы перекроем оба конкурса.

У них там старый стандарт представления данных и в 2D, и в 3D. Я им ещё в прошлый раз предлагал новый стандарт, но они отмахнулись. Думаю, что и в этот раз отмахнутся. Кстати, в старом стандарте наши с Вами варианты 2D-структуры вообще неразличимы. В старом стандарте либо спираль, либо нет спирали.

Вот ссылка на конкурс CASP: http://www.predictioncenter.org/

Лаборатория Наномир участвовала в конкурсе CASP3: http://www.predictioncenter.org/casp3/s … stics.html

Но наши данные были удалены накануне подведения итогов. Вот так выглядела таблица конкурса накануне: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … cafasp.htm

Так что нам нужно регистрироваться не на автоматизированном CAFASP, а на ручном (CASP) варианте конкурса.

Могу предложить Вам название лаборатории Виктории Соколик, например, Pikotech, а я буду выступать под именем Nanoworld. На самом деле разделение на две лаборатории - формальность. Иначе мы просто не сможем участвовать одновременно в конкурсе 2D- и 3D-. Хотя, может быть у них изменились условия...

ОК!

26 Ответ от Kushelev

  • Kushelev
  • Модератор
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

Я ещё вчера Вам все прислала.

Круто! Вот, оказывается, кто горы свернуть может...

27 Ответ от Kushelev

  • Kushelev
  • Модератор
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

http://img-fotki.yandex.ru/get/5000/126580004.41/0_b2b1c_b233ee74_M.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5000/126 … 4_orig.gif

Кушелев: Я правильно подписал атомные группы в Вашей модели аланина?

28 Ответ от Kushelev

  • Kushelev
  • Модератор
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Бародинамика Шестопалова А.В.

Уважаемый Анатолий Васильевич!
У Вас ещё не появилась возможность сделать масс-спектральный анализ?

29 Ответ от diprospan

  • diprospan
  • Постоянный участник
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

непонятно, почему один и тот же пост среду 11 янв 2012
в 12:02 выглядит в оригинале eng и после перевода rus
по разному ?
http://i065.radikal.ru/1202/fa/0865767d2cdf.jpg
http://s018.radikal.ru/i505/1202/eb/698a63f671ae.jpg

30 Ответ от Kushelev

  • Kushelev
  • Модератор
  • Неактивен

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 34

Вести c ускорителей и не только!

Добрый день, Александр!

У нас есть несколько источников на разную мощность и на разный диапазон. Типы TWT и MR-Klystron. Не могли бы Вы уточнить примерную мощность (+- 2-3 квт) и диапазон? И какой тип нужен: импульсный или непрерывный. Если импульсный - какова длительность импульса и характеристики его фронтов?

Кушелев: Я не знаю, какая минимальная мощность позволит включить рубиновый генератор, поэтому лучше начать эксперимент с максимальной мощности, которая у Вас есть. Сферический резонатор в Дубне светился. Мощность пучка 100 МВт, но в резонатор попадало меньше мегаватта однозначно. Может быть хватит и 1 киловатта, но заранее сказать затрудняюсь.

Диапазон желательно 5...8 мм. Это - наиболее удобный диапазон для изготовления резонаторов в моих условиях. Очень желательна плавная перестройка частоты хотя бы на уровне +-0.5ГГц. Когерентность должна быть не хуже ухода фазы на 90 градусов за длительность импульса. Длительность импульса >40 микросекунд.

Это - желаемые параметры. В реальности обычно всё хуже...

Я могу изготовить девайсы под Ваши параметры.