31

Re: Ответ из института желтка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 102 508

Victoriy пишет:

Чтобы иметь признание в научном мире, а соответственно и спрос (заказы белковых структур) необходимо методично и грамотно доносить информацию до всех желающих о пикотехнологии: я имею ввиду публиковаться в англоязычных широко цитируемых и индексируемых научных журналах.
Они сами начнут за Вами гоняться и просить опубликовать Вашу статью, нужно сделать хотя бы первый шаг.
Пример: мною были опубликованы тезисы в сборнике очередной Парнасовской конференции (FEBS3+ Meeting – XIth Parnas Conference – Young Scientists Forum “Biochemistry and Molecular Biology for Innovative Medicine”) этой осенью (http://www.biochemistry.org.ua/index.ph … e-medicine)

The UKRAINIAN BIOCHEMICAL JOURNAL, Volume 90, Special Issue, 2018, P. 147:

THE MOLECULAR CONSTRUCTOR PROGRAM BUILDS STRUCTURAL TEMPLATES OF PROTEINS ACCORDING TO THEIR DETERMINING NUCLEOTIDE SEQUENCES
V. V. Sokolik
SI Institute of Neurology, Psychiatry and Narcology,
National Academy of Medical Sciences of Ukraine, Kharkiv;
e-mail: Sokolik67@rambler.ru
The Molecular Constructor (MC) program was created to construct an individual structural template
for any protein with an undefined experimental structure and no homology on the basis of information
contained in the determining its nucleotide sequence of mRNA. Until now, the idea of coding the
information about the spatial structure of proteins in the genome has not been sufficiently substantiated.
This is due to the categorical nature of the known postulate that only the amino acid sequences
of proteins are encoded in the genome. At the same time from the concept of the primary structure
of the protein in the form of the amino acid sequence, the characteristic of the peptide bonds between
the amino acid residues involuntarily eludes. This means that they are identical, but it is not so. A
hypothesis was proposed that the information of the third nucleotide of codons should be re-coded
into the corresponding rotamer of the peptide bond directly by the most three-dimensional structure
of isoacceptor tRNAs. The concept of rotamers of the peptide bond as the main element of the protein
structural template formed during matrix synthesis at ω = 120° (R-rotamer), -120° (L-rotamer) and 0°
(0-rotamer) is introduced.
The conformers of the periodic secondary structure (right or left helix, β-sheet) in the protein are
encoded by repeating the corresponding codons at the same nucleotides at their third position, which
leads to the decoding of the patterns of rotamers of the peptide bounds: Rn, Ln or 0n. For example: the
sequence (GCC/G)n encodes the right spiral of polyalanine (Rn is the prototype of all α- and 3/10-helix),
whereas (GCA)n – the left helix (Ln represented in turns), and (GCТ)n – β-strand (0n).
Geometrical algorithm of the MS-program includes such components:
- library of atoms and amino acid residues in a Cartesian coordinate system;
- rotamers of peptide bond;
- table of the genetic code of the protein structural pattern;
- conditions for coding conformers of the secondary structure.
For structural template of protein, the MC-program calculates the coordinates of each atom, taking
into account the covalent radii of the latter, the lengths and multiplicities of the bonds, and the angles
between them. As a result, based on the decoded information of the file with the nucleotide sequence
of mRNA (input file .dne), the MC produces an output file .pdb with the coordinates of all the atoms
of the realized protein template and visualizes its 3D-structure.
http://ukrbiochemjournal.org/wp-content … 2018_s.pdf

После этого пришло приглашение опубликовать полновесную статью на эту тему в американском журнале Journal of Pharmacy and Pharmacology (ISSN 2328-2150):

Dear Sokolik V. V.,
This is Journal of Pharmacy and Pharmacology (ISSN 2328-2150), a professional journal published across the United States by David Publishing Company.
We have learned your paper entitled   " THE MOLECULAR CONSTRUCTOR PROGRAM BUILDS STRUCTURAL TEMPLATES OF PROTEINS ACCORDING TO THEIR DETERMINING NUCLEOTIDE SEQUENCES " 
from   THE FEBS3+ MEETING - XI PARNAS CONFERENCE ‘BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY FOR INNOVATIVE MEDICINE’, UKRAINE, 2018 .

Have you published complete version of this article? We are very interested in your paper and would like to publish your unpublished paper in our journal.
If you have the idea of making our journal a vehicle for your research interests, please send the electronic version in English of your papers or books to us in MS word format via email attachment.
It would be most grateful if you could provide us with a high quality paper in your area which might be published by our Journal of Pharmacy and Pharmacology, USA.
Hope you can consider our journal as a possibility and we look forward to seeing you at our JPP in the future.
Expect to get your reply soon.
Editorial Office
Journal of Pharmacy and Pharmacology
www.davidpublisher.org/Home/Journal/JPP

Я спросила сколько стоит публикация (в американских журналах это ООООчень дорого). Сейчас жду ответ.

Здравствуйте, уважаемая Виктория!

Я надеюсь, что инвесторы понимают, что цена публикации статьи - пыль по сравнению с доходом от пикотехнологии smile

32

Re: Ответ из института желтка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 102 515

Ответ из института белка

Victoriy пишет:
Kushelev пишет:

Здравствуйте, уважаемая Виктория!

Я надеюсь, что инвесторы понимают, что цена публикации статьи - пыль по сравнению с доходом от пикотехнологии smile

Добрый вечер, Александр Юрьевич. Цена публикации -- это не "пыль", а сотни долларов:

Dear Victoria Sokolik,
Nice to get your quick response Concerning "publishing fee".
The total fee (for example) = the number of formatted pages x $60 + bank commission $20.
The price of publication depends on the number of fomatted pages of the paper.
Some authors publish their paper in $200 (3 pages) and some authors publish their paper in $2120 (35 pages).
<l:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" />We will send two hard copies containing your articles for free shipping.
Should you feel free to contact us if you have any other questions.
Please do not very anxious about the publishing fee and hope we can seeing you at our journal soon.

Т.е., 3 странички = 200 $, это минимум.

Кушелев: Ну что же, цена публикации известна. Ждём инвесторов. Кто успеет профинансировать научную статью по пикотехнологии в престижном журнале, тот будет в доле. А я пока выполняю пробный заказ для Института белка путем распечатки на 3D принтере жестких участков для последующей сборки пластмассовой модели с учетом изгиба на остатках пролина (Pro) и метионина (Met). В данном белке 15 жестких участков, разделенных пролинами и 12 метионинов. Работа по сборке пикотехнологической модели из жестких фрагментов, распечатанных на 3D принтере будет сделана впервые. Если профессору понравится решение его задачи, то он организует коммерческие заказы, т.к. сам выращивает кристаллы белков на заказ. Понятно, что новая технология фантастически увеличит его возможности за счет лаборатории Наномир.

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/NuxvsGJ4bavr1w
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/2007/page/3/

33

Re: Ответ из института желтка

Kushelev пишет:

А я пока выполняю пробный заказ для Института белка путем распечатки на 3D принтере жестких участков для последующей сборки пластмассовой модели с учетом изгиба на остатках пролина (Pro) и метионина (Met). В данном белке 15 жестких участков, разделенных пролинами и 12 метионинов. Работа по сборке пикотехнологической модели из жестких фрагментов, распечатанных на 3D принтере будет сделана впервые. Если профессору понравится решение его задачи, то он организует коммерческие заказы, т.к. сам выращивает кристаллы белков на заказ. Понятно, что новая технология фантастически увеличит его возможности за счет лаборатории Наномир.

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/NuxvsGJ4bavr1w
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/2007/page/3/

А как, после сборки пластиковой 3D-модели, Вы вернетесь к его виртуальному аналогу с координатами каждого атома в трехмерном пространстве? Такие пластиковые модели-игрушки нужны только если проблема с пространственным воображением и Вы еще не пользуетесь программой Молекулярный Конструктор, в которой можно делать виртуальные модели любой сложности без 3D принтера и получать не только модель структуры на экране, а и координатный файл.

34

Re: Ответ из института желтка

Ответ из института белка

Victoriy пишет:
Kushelev пишет:

А я пока выполняю пробный заказ для Института белка путем распечатки на 3D принтере жестких участков для последующей сборки пластмассовой модели с учетом изгиба на остатках пролина (Pro) и метионина (Met). В данном белке 15 жестких участков, разделенных пролинами и 12 метионинов. Работа по сборке пикотехнологической модели из жестких фрагментов, распечатанных на 3D принтере будет сделана впервые. Если профессору понравится решение его задачи, то он организует коммерческие заказы, т.к. сам выращивает кристаллы белков на заказ. Понятно, что новая технология фантастически увеличит его возможности за счет лаборатории Наномир.

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/NuxvsGJ4bavr1w
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/2007/page/3/

А как, после сборки пластиковой 3D-модели, Вы вернетесь к его виртуальному аналогу с координатами каждого атома в трехмерном пространстве? Такие пластиковые модели-игрушки нужны только если проблема с пространственным воображением и Вы еще не пользуетесь программой Молекулярный Конструктор, в которой можно делать виртуальные модели любой сложности без 3D принтера и получать не только модель структуры на экране, а и координатный файл.

Кушелев: Да, программа "Молекулярный конструктор" могла бы сильно помочь, но тут есть вопросы:

1. Может ли эта программа построить модель белковой молекулы по произвольному файлу PDB?

Если да, то

2. Может ли эта программа повернуть фрагмент модели на очередном пролине?

Если опять да, то нужно срочно устанавливать Вашу программу на мой компьютер. Буду пробовать делать модель в виртуальном пространстве.

Но 3D распечатки жестких участков белка всё равно могут сильно  облегчить задачу точного моделирования.

Я уже убедился, что виртуальную модель значительно проще сделать, если пластмассовая уже получилась. А пластмассовую делать гораздо проще, чем двигать фрагменты в виртуальном пространстве.

Что касается проблем с пространственным воображением, то я бы хотел вернуться к вопросу о повороте аминокислотных остатков на углы 0, 120 и 240 градусов. Вы уже убедились, что эти углы откладываются вовсе не вокруг осей симметрии белковых спиралей?

Если не убедились, то убеждайтесь, что угол 0, отложенный вокруг оси белковой спирали выглядит примерно так:

http://ogonekdance.narod.ru/cimg0599sir.jpg
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1670/page/40/

Если же откладывать этот нулевой угол относительно оси, соединяющей центры атомов С-альфа и N, то это - угол альфа-спирали.

http://nanoworld88.narod.ru/data/220_files/0_503e6_cb99c452_S.gif
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1670/page/40/

Наконец, нужно решить техническую проблему с точкой и запятой, из-за которых установить Вашу программу на компьютер не так-то просто...

35

Re: Ответ из института желтка

Три ДА, и да, Вы загружали мою программу Молекулярный конструктор к себе на компьютер.
Можете прислать мне код белка из Института белка для моделирования и я посмотрю, что можно для Вас сделать в моей программе, если хотите..

36

Re: Ответ из института желтка

Ответ из института белка

Victoriy пишет:

Три ДА, и да, Вы загружали мою программу Молекулярный конструктор к себе на компьютер.
Можете прислать мне код белка из Института белка для моделирования и я посмотрю, что можно для Вас сделать в моей программе, если хотите..

Хорошо. Только я не хочу, чтобы бормонята названивали в Институт белка и лично профессору. Особенно по ночам. Поэтому надо передать Вам код и PDB-файл (всего белка до изгибов на пролинах и фрагменты жестких участков) конфиденциально. Почту Вашу бормонята читают. Скайп тоже. Остается телефон. Я завтра пришлю Вам СМС со ссылкой, по кторой Вы сможете все скачать.

37

Re: Ответ из института желтка

Ответ из института белка

Skype:

[23.10.2018 15:38:02] Кушелев Александр Юрьевич: Здравствуйте, Виктория! Вы на связи?
[23.10.2018 15:45:23] Кушелев Александр Юрьевич: Вторичная структура _active_pro.png
[23.10.2018 15:45:58] Кушелев Александр Юрьевич: Желтым цветом отмечены остатки Pro, на которых белок гнётся.
[23.10.2018 15:46:58] Кушелев Александр Юрьевич: Один изгиб на 377-ом Pro я показал на этой анимации:

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/NuxvsGJ4bavr1w
[23.10.2018 18:49:17] Виктория Соколик: Добрый вечер, А.Ю. Давайте говорить голосом
[23.10.2018 18:49:48] *** Звонит Виктория Соколик ***
[23.10.2018 19:11:07] *** Звонок завершен. Продолжительность: 21:19 ***
[23.10.2018 21:30:43] *** Звонит Виктория Соколик ***

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/Z3t4nv9P1cYf4A
Фрагмент 1..96

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/xLNA0LeCl2UEwA
Фрагмент 94..111

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/4vmENwKlUAtDEQ
Фрагменты 1..96 + 94..111 наложились друг на друга

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/-VfNmdLxwjBJsA
Модель белка, построенная по алгоритму Виктории Соколик

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/jAu0O4P9l9AOsg
Первые два фрагмента, введенные из файла PDB (получен в программе Пикотех) в программу "Молекулярный конструктор" (программа Виктории Соколик)

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/7cZN2ivSuXLkdA
Кушелев: Вокруг какой оси гнётся пролин (Pro)

[23.10.2018 21:56:37] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6308/126580004.58/0_bda3a_4d8ab233_orig.png
[23.10.2018 22:37:38] *** Звонок завершен. Продолжительность: 1:06:56 ***

Виктория Соколик: В программе "Молекулярный конструктор" можно поворачивать фрагменты белковой молекулы вокруг оси, соединяющей центры двух соседних атомов.

Кушелев: А вокруг произвольной ости можно?

Виктория Соколик: Нет.

Кушелев: Очень жаль. Придётся искать программу, которая может повернуть фрагмент белковой молекулы вокруг произвольной оси. 3D Studio может, но она не сохраняет координаты атомов в стандарте PDB. Кроме того, поворачивать фрагменты белков в программе 3DS Max неудобно и трудоёмко. Поэтому нужно искать специализированную программу, которая позволяет это делать "легко и непринуженно"

38

Re: Ответ из института желтка

Ответ из института белка

http://img-fotki.yandex.ru/get/6203/126580004.4a/0_b71cc_c3b3d7c6_M.gif
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/223/page/91/

Кушелев: Белыми шариками показаны центры электронов общей группы атомов аминокислотных остатков.

39

Re: Ответ из института желтка

http://img-fotki.yandex.ru/get/6202/126580004.4a/0_b84ed_b613e191_orig.gif
Как работает транспозиционный угол...

40

Re: Ответ из института желтка

Программное 2421133-кольцо белковой молекулы

http://nanoworld88.narod.ru/data/599_files/0_177452.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/599.htm