21

Re: Ответ из института белка

Ответ из института белка

Skype, 2018-10-19:

Кушелев: Привет! Биолога не интересует вторичная структура. Ему нужно решать задачи в пространстве. Когда сможешь модифицировать программу? От этого зависит, будут деньги или нет...

22

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 102 352

Ответ из института белка

Skype, 2018-10-19:

Кушелев: Привет! Пока ты на связь выходил, я уже написал скрипт, который гнёт модель белка на пролине и метионине:

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/NuxvsGJ4bavr1w

23

Re: Ответ из института белка

Кушелев: Здравствуйте, Менеджер лаборатории Наномир!
Я написал скрипт, который позволяет увидеть, как белок ***** складывается в "грушу":

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/NuxvsGJ4bavr1w

24

Re: Ответ из института белка

Ответ из института белка

Skype, 2018-10-20:

[19.10.2018 19:31:01] Кушелев Александр Юрьевич: Куда же ты исчез?
[19.10.2018 19:42:38] ***** Ну ты прям меня задэдосил
[19.10.2018 19:43:02] ***** Я жив, просто ооочень занят
[19.10.2018 19:44:41] ***** Я еще появлюсь, не переживай. С пустыми карманами мне тебе не помочь. Нужно многое сделать успеть
[1:14:31] Кушелев Александр Юрьевич: А ты на языке СИ умеешь программировать?
[1:15:17] Кушелев Александр Юрьевич: Я тут замучился программировать:

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/NuxvsGJ4bavr1w
[1:16:43] Кушелев Александр Юрьевич: Такой скрипт для 3DS Max строит модель белка по композиционному коду:
[1:16:44] Кушелев Александр Юрьевич: angx=#(-24,180,60,-45,-45); angy=#(-10.89167,83,0,15,15); angz=#(92,120,60,110,110)
dx=#(2,1.5,1.6,2,2); dy=#(0.6,1,0.8,1,0.6); dz=#(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
kk=#(
1,2,1,1,2,1,2,1,4,1,4,2,4,1,1,4,1,4,3,1,2,4,2,4,1,3,3,1,3,4,1,3,1,4,4,4,4,3,3,1,1,1,1,3,2,1,1,1,1,4,
1,4,4,1,1,1,1,1,1,3,3,1,1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,3,1,1,1,1,1,2,2,2,1,1,4,3,4,1,4,4,1,3,4,1,1,4,
3,1,4,1,1,4,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1,1,3,3,3,3,4,1,3,3,1,4,1,1,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,1,4,4,1,2,3,4,4,4,
1,1,1,4,1,1,1,1,4,1,4,3,2,4,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,4,1,1,1,4,4,1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,3,1,1,
1,3,3,3,3,2,1,4,4,1,4,3,1,1,1,1,3,3,1,1,4,1,1,1,3,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,1,1,3,1,
1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,3,1,1,3,1,1,1,3,4,1,1,1,1,3,3,1,1,2,1,1,4,2,1,1,4,1,1,4,3,4,2,
2,3,1,1,1,1,1,3,1,3,1,3,2,4,1,4,1,4,2,4,3,1,1,4,1,4,1,3,1,4,3,4,1,1,1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,4,1,1,2,1,1,
1,3,3,3,1,1,1,2,1,1,1,4,1,1,4,4,4,1,1,1,1,1,1,4,1,1,3,4,3,4,3,1,1,2,4,4,1,2,1,1,4,3,1,1,1,1,1,2,3,4,
2,1,2,1,3,1,1,1,4,4,3,1,3,1,1,1,1,4,1,3,1,4,3,3,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,3,1,3,1,1,1,1,1,
1,4,4,1,4,2,1,2,1,1,4,4,4,4,1,1,4,4,1,1,1,4,4,1,2,2,3,3,1,1,2,1,1,1,1,1,1,2,1,1,3,1,4,1,1,1,1,3,1,3,
4,3,1)
peptide=box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to 503 do(
element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])
[1:17:27] Кушелев Александр Юрьевич: А чтобы менять угол пролина, как видно на анимации, пришлось дописать скрипт:
...
[1:21:24] Кушелев Александр Юрьевич: А если бы ты аналогично модифицировал скрипт-программу Дениса Савина, которую он писал тоже для 3DS Max на адаптированном Си, то я бы смог сделать крутую модель белка, согнутого на пролинах. Эта модель нужна профессору из института белка. Если мы его задачу решим таким образом, то он начнет для нас брать заказы у западных фирм, т.к. он занимается определением структур белков по старой технологии (выращивает кристаллы белков и сдает на рентген). А по новой технологии он сможет выполнять в сто раз больше заказов, т.к. мы ему будем помогать их выполнять. А деньги (и немалые!) делить smile

25

Re: Ответ из института белка

Ответ из института белка

Skype, 2018-10-20:

[18:41:34] Кушелев Александр Юрьевич: Я придумал, как решить задачу для профессора.
[18:42:21] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно распечатать на 3D принтере жесткие фрагменты белка, которые оканчиваются пролинами (Pro). После этого собрать из этих фрагментов пластмассовую модель всего белка.
[18:45:35] Кушелев Александр Юрьевич: В структуре этого белка всего 14 пролинов, на которых структура может гнуться. А это значит, что белок состоит из 15 жестких участков. Распечатать их в пластике и собрать из 15 деталей модель белка не так сложно. А модель гема можно распечатать отдельно. Она тоже у меня есть.
[18:46:23] Кушелев Александр Юрьевич:

http://nanoworld88.narod.ru/data/243_files/0_5025c_b3664499_L.jpg
[18:47:26] Кушелев Александр Юрьевич: Имеет смысл распечатать фрагменты белка в двух вариантах. Многогранном и кольцегранном. Это поможет получить больше информации о свойствах.
[18:48:19] Кушелев Александр Юрьевич:

http://nanoworld88.narod.ru/data/479_files/0_129784.png
[18:49:09] Кушелев Александр Юрьевич: Однако для распечатки 3D моделей понадобятся деньги...
[20:00:25] Менеджер лаборатории Наномир: Деньги найдем.
[20:05:41] Менеджер лаборатории Наномир: В академии или в институте возможно и принтер свой есть.
[20:47:42] Кушелев Александр Юрьевич: Отлично!
[20:59:55] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда я подготовлю модели для распечатки
[21:13:59] Менеджер лаборатории Наномир: Александр Юрьевич, могу я вас попросить делать пометки в сообщениях: "для профессора". Что бы я понимал точно что Вы только мне сообщаете, а что передать профессору. Потому что в текстовом формате не всегда могу определить точный контекст. Кому адресовано. (Особенно при дефиците времени, например)
[21:20:47] *** Пропущенные звонки от Менеджера лаборатории Наномир ***
[21:36:43] Кушелев Александр Юрьевич: Можете всё передавать профессору
[21:37:14] Менеджер лаборатории Наномир: Понял
[21:42:06] Менеджер лаборатории Наномир: У вас голосом получится поговорить? Я дома.
[23:18:20] Кушелев Александр Юрьевич: Голосом? Можно попробовать.

26

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 102 453

Ответ из института белка

Татьяна Рясина пишет:

Пластиковые молекулы - верное решение.

Кушелев: Должны быть программы, которые по файлу в стандарте PDB делают файл для 3D принтера. Поможете достать такую программу? Тогда я смогу быстро подготовить файлы для распечатки для профессора из Института белка.

https://www.smileexpo.ru/public/userfiles/news/untitled%20folder13/moltoys-turns-a-series-of-3d-printed-amino-acid-beads-into-scientific-jewelry-4.jpg
Подробнее: https://3d-expo.ru/ru/article/kompaniya … krasheniya

27

Re: Ответ из института белка

http://nanoworld.org.ru/post/109439/#p109439

ПРО ПЕЧАТЬ МОЛЕКУЛ PDB

28

Re: Ответ из института белка

Общество вимановладельцев-2

Татьяна Рясина пишет:

Класс!
Микроволновка - хорошая тема, в ней обычно нормально идут испытания.

https://www.google.ru/search?q=%D0%BA%D … mp;bih=458

https://www.google.ru/search?q=%D0%BA%D … &dpr=1

Ребята продают модели белков по 185 у.е.
https://biologicmodels.com/contact/

https://habr.com/post/238451/ 3D-печать моделей молекул белка

ИНСТРУКЦИЯ ПО ПЕЧАТИ НА 3D ПРИНТЕРЕ    PDB  http://www.mce.su/masterclass/3D/

МОЖЕТ ТУТ ЗАРЕГИСТРИРОВАТЬСЯ?
СМ. https://habr.com/users/OlegKovalevskiy/

Надо посоветоваться с Менеджером лаборатории Наномир, который держит связь с профессором...

29

Re: Ответ из института белка

Татьяна Рясина пишет:

Ну и к менеджеру по Пикотехнологии - тоже предложение.

Сделать новую регистрацию на ResearchGate  и повторить раздел - Пикотехнология.
(Так как это один раз уже было сделано).

Рассылать предложения в ЛС сделать бесплатно 100 структур (цель - проверка алгоритмов, а также запрос на "мокрые" эксперименты по  длинным спиралям).

Сделать, аккуратно, чтобы "коммерцией" не "пахло" даже издали.

Проработать все отзывы первой волны по новой,там сотрудничество предлагали, например, программирование.   У них можно 3D доделать версию запросить, кстати.


Ну и я посмотрела, здесь https://habr.com/post/238451/  много полезных ссылок,

в частности  https://www.researchgate.net/profile/Masaru_Kawakami

https://www.crystalproteins.com/

https://3dprint.nih.gov/discover



Если вас вдохновили приведённые выше картинки и есть доступ к 3D-принтеру, то напечатать самому структуру белка достаточно легко. В интернетах есть много пошаговых инструкций, вот две самые толковые и подробные:
http://www.instructables.com/id/3D-Prin … /?ALLSTEPS
http://www.over-engineered.com/projects … ed-protein


Если вкратце, то вначале необходимо установить одну из программ для отображения белковых структур. Затем — найти структуру для печати. Все структуры находятся в Protein Data Bank, там есть поиск по ключевым словам. Помимо поиска, у них есть дивный проект «Молекула Месяца» — они выбирают некий белок и подробно рассказывают о его структуре и функции для широкой аудитории непрофессионалов. Главная страничка проекта выглядит устрашающе из-за обилия непонятных названий белков, но если начать щёлкать по ссылкам, там будут красивые картинки и понятные описания работы и структуры того или иного белка. Надеюсь, эта информация поможет выбрать белок для печати.


После загрузки структуры (в Protein Data Bank есть замечательная кнопочка «Download files») и её отображения в соответствующей программе, надо выбрать, в каком виде хотите молекулу напечатать. В приведенных выше инструкциях предлагается отобразить белок в виде поверхности, окрашенной по электростатическому потенциалу, экспортировать поверхность, конвертировать её в формат для печати и — voila! Похожую на картофелину объёмную модель белка печатать, действительно, легко.




(Видимо, это в иностранной науке будет теперь увлечение массовое).






В сети Akademia мой эккаунт тоже пометили как "проблемный" и доступ мне закрыли.






Видимо, пространственное моделирование на принтерах - тренд сегодня.  Они его в научные методы зачислят ещё, с них станется.

30

Re: Ответ из института белка

Kushelev пишет:

[18:49:09] Кушелев Александр Юрьевич: Однако для распечатки 3D моделей понадобятся деньги...
[20:00:25] Менеджер лаборатории Наномир: Деньги найдем.
[20:05:41] Менеджер лаборатории Наномир: В академии или в институте возможно и принтер свой есть.
[20:47:42] Кушелев Александр Юрьевич: Отлично!

Александр Юрьевич, вы неисправимый оптимист!   )))))))
Так держать!