11

Re: Ответ из института белка

https://vk.com/miptru?w=wall-932_28623
Команда исследователей из Московского физико-технического института, Университета Аалто (Финляндия) и Политехнического университета Цюриха продемонстрировала сверхчувствительный кубитный магнитометр — устройство, которое использует квантовые технологии и машинное обучение, чтобы измерять магнитные поля точнее, чем любой классический аналог.

Подобные измерения нужны для работы будущих квантовых компьютеров и современных сверхчувствительных детекторов в медицине, геологоразведке и даже астрономии.

12

Re: Ответ из института белка

https://vk.com/miptru?w=wall-932_28575
Сегодня в 12:45 нобелевский комитет в Стокгольме объявит лауреата по химии.

Clarivate Analytics предлагает в кандидаты американского химика Эрика Якобсена, немецкого химика Джорджа Шелдрика и американку Джоан Стуббе.

Якобсен может получить премию за вклад в каталитические реакции для органического синтеза и в особенности за разработку реакции эпоксидирования, которая носит его имя.

Шелдрик отличился созданием системы компьютерных программ SHELX, используемой в структурной кристаллографии — науке о закономерностях внутреннего строения кристаллов. Стабб открыла механизм работы рибонуклеотидредуктаз, которые превращают рибонуклеотиды в дезоксирибонуклеотиды — последние играют фундаментальную роль в синтезе и починке ДНК.

Правда пока ни один прогноз этого года от Clarivate Analytics не сбылся.



Анатолий Давыдовский
Особого внимания заслуживает тот факт, что Нобелевской премии удостоился разработчик комплекса компьютерных программ SHELX, используемой в структурной кристаллографии. Это обстоятельство знаменует собой начало принципиально нового тренда к переходу научных исследований от экспериментальных к исследованиям с использованием компьютерного математического и программного обеспечения и далее - к численным модельным исследованиям in silico. Очевидно, чем более сложными будут объекты исследований, тем большее место будут занимать инструменты in silico в арсенале исследователей.

13

Re: Ответ из института белка

Кто есть кто
https://helicon.ru/calendar/biomembrany-2018/
С 1 по 5 октября 2018 года Компания Хеликон выступит Генеральным спонсором в международной конференции «Biomembranes'18» в рамках международной серии конференций «Virtual Human – Imaging Across Scales».

Компания Хеликон https://helicon.ru/
https://helicon.ru/contacts/

Пригодится

14

Re: Ответ из института белка

Ответ из института белка

2018-10-11:

Кушелев: Здравствуйте, Оксана Валериановна!

Вы писали, что у Вас другие данные о белках, структуру которых я определил по нуклеотидным последовательностям.

Мы в настоящее время ведем успешные переговоры с лабораториями разных стран. В процессе переговоров выяснилось, что рентгеноструктурный анализ, которому Вы, как я понял, всецело доверяете, не может отличить даже пи-спираль от альфа-спирали, не говоря уже о других нюансах белковой структуры.

Поэтому мне хотелось бы услышать от Вас, чем конкретно Ваши данные о структуре белков отличаются от тех, которые я Вам прислал. Эти отличия могут помочь исправить либо наши данные, либо данные РСА, что тоже очень важно, согласитесь.

Мне бы не хотелось, чтобы Россия в лице Института белка снова потеряла лидерство в молекулярной биологии.

Если Вас структуры белков не интересуют, помогите связаться с сотрудниками Института белка, которых структуры белка интересуют.
Заранее благодарю,

Ваш Александр Кушелев

-------- Пересылаемое сообщение--------
30.07.2018, 11:55, "Александр Кушелев" <79265101703@yandex.ru>:

-------- Пересылаемое сообщение--------
25.07.2018, 12:25, "Александр Кушелев" <79265101703@yandex.ru>:

-------- Пересылаемое сообщение--------
23.07.2018, 13:05, "Александр Кушелев" <79265101703@yandex.ru>:

-------- Пересылаемое сообщение--------
20.07.2018, 13:57, "Александр Кушелев" <79265101703@yandex.ru>:

На случай, если предыдущее письмо не дошло...

Уважаемая Оксана Валериановна!
Жду от Вас ответы на два письма по разным темам.
С уважением,
Ваш А.Кушелев

-------- Пересылаемое сообщение--------
18.07.2018, 11:26, "Александр Кушелев" <79265101703@yandex.ru>:

Здравствуйте, Оксана Валериановна!

Один из моих инвесторов интересуется, в какой научной группе Института белка могли бы вырастить кристаллы этих двух белков, и сколько это будет стоить? Вторичная структура этих белков, определенная программой Пикотех, представлена в первых двух столбцах:

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4a9/0_186fc0_a6332fad_orig.png

Нас интересуют кристаллы двух белков:

XM_022674627.1 и KGO44433

С уважением,
Ваш Александр Кушелев

-------- Конец пересылаемого сообщения --------

-------- Конец пересылаемого сообщения --------

-------- Конец пересылаемого сообщения --------

-------- Конец пересылаемого сообщения --------

-------- Конец пересылаемого сообщения --------

15

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 102 141

Ответ из института белка

aest пишет:

Или микробиолога, которого так усердно пыталась завлечь использовать ваш "онлайн-сервис" Рясина Татьяна ?

Кстати, о микробиологах...

В процессе обсуждения пробных заказов белковых структур с микробиологами выяснилось, что интерпретаторы данных
рентгеноструктурного анализа часто принимают пи-спиральные участки за альфа-спиральные. Более того, за альфа-спиральные участки принимаются комбинации альфа и пи спиралей, т.е. чередование альфа- и пи-спиральных участков принимается за протяженную альфа-спираль.

Это понижает планку серьёзности данных рентгеноструктурного анализа до уровня "спираль - не спираль", т.е. РСА может показать спираль, но не может различить типы спиралей между собой. Более того, разные типы комбинаций альфа-спиральных и пи-спиральных участков РСА "видит" либо как альфа-спираль, либо как неструктурированный участок. Это совсем плохо. Это значит, что РСА не может отличить не только тип спирали, но даже спиральный участок от не спирального.

В таком случае только статистический метод, т.е. метод корреляционного анализа пригоден для проверки пикотехнологии с помощью РСА. Для других способов проверки РСА оказался слишком грубым методом.

А после проверки корреляционным методом пикотехнологию можно считать наиболее точным и достоверным методом определения вторичной структуры белка. Теперь уже пикотехнология позволяет выявлять реальные возможности РСА и других методов определения структуры белка. И тут как раз выясняется, что возможности РСА сильно преувеличены...

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4a9/0_186fc0_a6332fad_orig.png

16

Re: Ответ из института белка

Ответ из института белка

Skype, 2018-10-15:

[15:48:48] Менеджер лаборатории Наномир: Отказ в продолжении сотрудничества.
[15:50:49] Кушелев Александр Юрьевич: Да... Что-то непонятно.
[15:51:41] Кушелев Александр Юрьевич: Темнят-С...
[15:52:57] Кушелев Александр Юрьевич: И непонятно, почему скрывают причину
[15:55:03] Кушелев Александр Юрьевич: А если позвонить и спросить: "Вы передумали становиться мировым лидером по структурам белка"? Интересно, что он ответит ? Может быть хотя бы причину отказа назовёт? Иначе даже как-то несолидно получается...
[15:56:38] Кушелев Александр Юрьевич: Вспоминается фильм "Матрица", где главному герою предлагают выбрать красную или синюю таблетку. Похоже, что он выбрал таблетку, чтобы "спокойно спать дальше" smile
[16:10:59] Менеджер лаборатории Наномир: Мда. Не солидно. Причину я постараюсь выяснить.
[16:13:29] Кушелев Александр Юрьевич: Новые технологии обычно большинство специалистов отвергают. Но те, кто вникают и начинают развивать, становятся лидерами. Это - исторический факт.
[16:15:17] Кушелев Александр Юрьевич: Возможно, что ещё возраст сильно влияет на желание "оставить всё, как есть"
[16:16:48] Кушелев Александр Юрьевич: Это молодежь может ввязаться в новую технологическую гонку. А те, кто уже в возрасте, мечтают о спокойной жизни и заслуженном отдыхе smile
[16:18:04] Кушелев Александр Юрьевич: А тут получается как в фильме "Люди в черном". По сравнению с новой технологией цена старой оказывается где-то около нуля smile
[16:23:39] Кушелев Александр Юрьевич: Тут полезно вспомнить историю открытия обычного генетического кода. Ведь перед этим много лабораторий определяли первичную последовательность белков с большими трудностями и затратами. А как только было признано открытие генетического кода, все работы по определению первичной последовательности белка обесценились. И никто не вспомнит сейчас про тех тружеников, который продолжали определять первичные структуры белков после открытия обычного генетического кода. Ведь их труд обесценился...
[16:26:08] Кушелев Александр Юрьевич: Любопытно, что в наше время определением первичной последовательности снова занимаются. Но уже с целью уточнение таблицы генетического кода для каждого биологического вида. Оказалось, что вариантов генетического кода очень много... Это, кстати, относится и к композиционному генетическому коду. Мне уже удалось составить три таблицы композиционного кода.

17

Re: Ответ из института белка

Кушелев: Может быть имеет смысл начать с фразы типа: "Если Вам некогда сейчас заниматься прогрессивной технологией, то не могли бы Вы познакомить нас с теми коллегами, которым было бы интересно выйти в мировые лидеры по структурам белка".
Мы в любом случае к ним пойдём, но с Вашей помощью это будет быстрее, а значит мы Вас отблагодарим при первой же возможности...
Нужно показать, что у нас "свет клином" на конкретной лаборатории не сошелся. Осчастливим первого структурного биолога, который хочет лидировать в этой области.

18

Re: Ответ из института белка

Ответ из института белка

Skype, 2018-10-16

[9:10:17] *** Звонит Менеджер лаборатории Наномир ***
[9:27:09] Кушелев Александр Юрьевич: Связь в кабинете не очень надежная
[9:29:31] Кушелев Александр Юрьевич: Я предложил рассмотреть простые белки с протяженными спиральными участками. Он согласился. Но потом что-то передумал.
[9:29:40] *** Звонок завершен. Продолжительность: 19:23 ***
[9:30:22] Кушелев Александр Юрьевич: Новая технология надежно проверена корреляционным методом. Поэтому отвергать её сходу бесперспективно.
[9:31:00] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно, сколько будет стоить вырастить структуры таких белков:
[9:31:31] Кушелев Александр Юрьевич:

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4a9/0_186fc0_a6332fad_orig.png
[9:31:48] Кушелев Александр Юрьевич: По ним можно получить надёжную информацию о сравнении технологий
[9:33:44] Кушелев Александр Юрьевич: При сравнении с данными РСА видно, что по композиционному коду показаны те же спиральные участки. Только РСА не различает пи-спираль от альфа-спирали, поэтому смешанные пи-альфа-спиральные участки по РСА интерпретируются как длинные альфа-спирали.
[9:35:04] Кушелев Александр Юрьевич: Что касается превращения альфа-спиральных участков в бета-спиральные, то наша технология это не покажет, т.к. наша технология моделирует лишь процесс сборки белка рибосомой.
[9:35:06] *** Звонит Менеджер лаборатории Наномир ***
[9:36:43] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно. Давайте смоделируем этот активный центр с точностью до пикометра
[9:38:50] *** Звонок завершен. Продолжительность: 03:43 ***
[9:38:56] Кушелев Александр Юрьевич: Нужны номера
[9:39:01] *** Звонит Менеджер лаборатории Наномир ***
[9:39:09] Кушелев Александр Юрьевич: аминокислотных остатков
[9:39:24] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда я смогу сделать точную модель активного центра
[9:39:38] Кушелев Александр Юрьевич: Пикотехнология сильна точностью в ближней зоне
[9:39:58] Кушелев Александр Юрьевич: Как расположены далёкие участки хорошо видит рентген, а ближний порядок лучше покажет пикотехнология
[9:40:10] Кушелев Александр Юрьевич: С точностью до толщины электрона, 1 пикометр
[9:40:35] Кушелев Александр Юрьевич: 381
[9:40:37] Кушелев Александр Юрьевич: 488
[9:40:40] Кушелев Александр Юрьевич: 487
[9:40:44] Кушелев Александр Юрьевич: 231
[9:40:47] Кушелев Александр Юрьевич: 116
[9:40:55] Кушелев Александр Юрьевич: 310
[9:40:58] Кушелев Александр Юрьевич: 318
[9:42:52] *** Звонок завершен. Продолжительность: 03:52 ***
[9:43:16] Кушелев Александр Юрьевич: По этим номерам я смогу определить конфигурацию активного центра
[9:43:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это будет вечером сегодня
[9:44:34] *** Менеджер лаборатории Наномир ***
[9:47:50] *** Звонок завершен. Продолжительность: 03:15 ***

19

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 102 266

Ответ из института белка

Skype, 2018-10-17:

Кушелев: Я посмотрел внимательно вторичную структуру белка, который исследует *****. Там целый набор суставов Pro, на которых белок складывается, как кровать-раскладушка. Это нужно доставать подходящую программу-браузер белковых структур, в которой есть возможность поворачивать фрагменты белка относительно друг друга. И дальше пытаться вручную сложить модель белка из жестких фрагментов, соединенных суставами. Очень сложная, кропотливая работа, которой я пробовал заниматься в программе 3DS Max, но она не приспособлена для таких работ. Нужна специальная программа. Будем искать...
У нас с программистом в плане создание 3D-версии программы Пикотех, где будет возможность ручного складывания структуры на суставах-Pro, но это в будущем. Такую программу быстро не написать. Уйдут месяцы, а может быть и годы...

20

Re: Ответ из института белка

Картинка

Кушелев: На этой схеме вторичной структуры белка отмечены аминокислотные остатки, которые назвал *****. Они относятся к активному центру. Модель можно собрать, но нужно программу подходящую найти...