161

Re: Ответ из института белка

Kushelev пишет:

Ответ из института белка

Как понять во что угодно. Третичная форма белка имеет низкую энергию, отсутствие пуст - иначе белок не будет выполнять свою функцию

Или по вашему аминокислотную последовательность можно по разному сворачивать? ))
>Выходя из рибосомы, полипептидная цепь сворачивается, и белок принимает определенную конформацию, то есть пространственную структуру

https://hightech.fm/2018/12/03/deep-protein

Вопрос даже в том, как на бытовом уровне получать эффективные молекулы белка, которые будут помогать клетке в жизни деятельности, без генного редактирования это бесполезно?

Кушелев: А Вы разве не в курсе, что существуют белки, например, биназа и барназа, которые имеют одинаковые аминокислотные последовательности, но разные структуры?

http://nanoworld88.narod.ru/data/597_files/0_176a58.png
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/597.htm





А почему у них одинаковые аминокислотные последовательности, но разные структуры?

162

Re: Ответ из института белка

Потому что разные композиционные коды smile

163

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 103 775

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY Part 2

Ответ из института белка

Разрабатываем интерфейс новой версии программы Пикотех 3D интерактив

Первая версия Пикотех 3D интерактив создана!

После предварительной настройки композиционных, транспозиционных и пролиновых углов альфа, бета, пи, 310-спиралей я решил посмотреть, как будет выглядеть программная 75-спираль (Q-спираль, спираль Кушелева). И тут обнаружилось, что она имеет совсем не ту форму, что показала программа Дениса Савина!
Правильное задание начальных композиционных углов привело к совсем другим результатам...

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/nA7kl0lRUD0Ebw

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/wcl-N9nztZwyyA

В программной 75-спирали Кушелева водородные связи образуются между n и n+4 аминокислотными остатками, т.е. как в пи-спирали. При этом 75-спираль правая, т.е. утверждение о существовании правых пи-спиралей связано с тем, что программную 75-спираль исследователи приняли за правую пи-спираль! Однако геометрия 75-спирали отличается от геометрии пи-спирали. 75-спираль имеет эллиптическое сечение и неравноценные четные и нечетные водородные связи.

164

Re: Ответ из института белка

Kushelev пишет:
Татьяна Рясина пишет:

Перепроверила - совпадают. Извините.

А что там совпадает-то?



Последовательность заглавных букв у Вас и у РСА.





Что означают маленькие шарики, зелёные , синие и пр. на строке ниже?

Что отражают другие строчки ниже?

А то как на кассовом чеке - много чего написано, но не нужно.

165

Re: Ответ из института белка

Kushelev пишет:

Потому что разные композиционные коды smile



Т.е. последовательность маленьких букв одинаковая, а последовательность заглавных букв разная?  Как это может быть? Если не военная тайна.  Где там начинаются различия?  Должны они где-то быть.  А то в списке букв различий нет, на на диаграмме - есть.


Я просто сейчас на РСА думаю, некогда думать над  этим ответом.

166

Re: Ответ из института белка

Ответ из института белка

Татьяна Рясина пишет:

Последовательность заглавных букв у Вас и у РСА.

Нуклеотидная последовательность - это библиотечные данные. По ним определяется аминокислотная последовательность (первичная структура белка) по таблице обычного генетического кода:

https://learn.genetics.utah.edu/content/basics/dnacodes/images/LUT.jpg

167

Re: Ответ из института белка

Татьяна Рясина пишет:

Что означают маленькие шарики, зелёные , синие и пр. на строке ниже?

Что отражают другие строчки ниже?

А то как на кассовом чеке - много чего написано, но не нужно.

Если Вы про схему из PDB, то я не в курсе.

168

Re: Ответ из института белка

Татьяна Рясина пишет:

Т.е. последовательность маленьких букв одинаковая, а последовательность заглавных букв разная?  Как это может быть?

Вы посмотрите таблицу композиционного генетического кода (Гугл знает).

Вот из неё 4 строки:

gga -> Gly (G) Композиционный код 2/8/08/98 (в зависимости от версии Пикотех 2D)
ggc -> Gly (G) 1/5/05/95
ggg -> Gly (G) 4/5/05/95
ggt -> Gly (G) 3/7/07/97

4 разным кодам соответствует одна и та же каминокислота G, но под разными композиционными углами.

169

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 103 804

Ответ из института белка

Независимое подтверждение пикотехнологии белков из США

Кушелев: Американцы победили на конкурсе CASP, используя НУКЛЕОТИДНУЮ кодирующую последовательность белка для определения его структуры. Таким образом мы имеем независимое подтверждение пикотехнологии белков!

http://www.nanonewsnet.ru/news/2018/nei … vatelnosti

Нейросеть научили предсказывать структуру белка по нуклеотидной последовательности

Опубликовано gumarov в 6 декабря, 2018 - 22:11

Разработчики из компании DeepMind создали нейросетевой алгоритм, способный с высокой точностью предсказывать структуру белков на основе соответствующих им нуклеотидных последовательностей. Знание структуры белка позволяет определить его свойства в организме, рассказывают разработчики в своем блоге.

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/Vf-vGoz-v_2Lsg
Белки представляют собой линейные молекулы, состоящие из остатков аминокислот, выстроенных в определенном порядке. Однако они существуют не в виде прямой линии, а самопроизвольно складываются в куда более сложные структуры. От того, какую структуру имеет белок, зависит то, какие функции он будет выполнять в организме. Именно поэтому ученые уже десятки лет работают над методами предсказания структуры и функций белка по его аминокислотной последовательности. Но это крайне сложная задача, потому что при расчете сборки белков в структуры более сложных уровней приходится учитывать взаимодействие между большим количеством аминокислот.

Исследователи из DeepMind разработали алгоритм AlphaFold, способный принимать последовательность нуклеотидов, кодирующую белок, и предсказывать на ее основе расстояния между всеми парами аминокислотных остатков и углы между связями, соединяющими аминокислоты. При этом алгоритм выдает не только сами параметры, но и оценивает уверенность их расчета. После расчета параметров алгоритм начинает поиск похожего белка. Также он меняет комбинации фрагментов белков и даже придумывает новые, благодаря чему постепенно система подбирает структуру, максимально соответствующую расчетам.

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/Zo523ncjFeWc9w

neyroset1.jpgСхема работы алгоритма / DeepMind

Для оценки своего алгоритма DeepMind решила принять участие в ежегодном эксперименте CASP (критическая оценка предсказания белковых структур), который оценивает существующие методы моделирования и предсказания структуры белков. В результате алгоритм исследователей занял первое место, показав наивысшую точность среди участников.

В 2016 году исследователи из США показали, что игроки в компьютерные игры, использующие краудсорсинговую платформу, способны предсказывать кристаллическую структуру белков более эффективно, чем специалисты или компьютерные алгоритмы. Во время эксперимента игроки использовали программу, в которой они в ручном режиме подбирали конфигурацию белка, имеющую наименьшую энергию, поскольку такая его трехмерная структура с наибольшей вероятностью соответствует реальности.

170

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 104 088

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY Part 2

Ответ из института белка

Что не смогли программисты, смог 3D принтер!

Распечатав наборы элементов пикотехнологического конструктора удалось определить комплект углов (композиционный, транспозиционный и пролиновый) к фундаментальным спиралям (альфа-310-пи-бета-). Перед Вам модель одного витка пи-спирали, замкнувшаяся на 5-ом аминокислотном остатке. Водородная связь находится между разноименными магнитными полюсами параллельно расположенных электронов, принадлежащих 1-му и 5-му аминокислотным остаткам.

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/6V4VButguyZO2w

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/xhU-E8xF5B_O7g

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/T98BX0DApGihmg

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/ujEqJKN1d2IzFQ
Протон водородной связи должен находиться между коричневым и голубым АО на оси симметрии винта.
Величины найденных углов для пи-спирали могут использоваться в Пикотех 3D в автоматическом режиме для всех участков пи-спиралей. Получить значения этих углов с помощью программ не удавалось на протяжении ряда лет. С помощью пикотехнологического конструктора, распечатанного на 3D принтере, задача решилась за 10 минут.