1

Тема: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 99 043

Ответ из института белка

2018-06-01
Здравствуйте, Александр!

Будет время я подберу для Вас последовательности для предсказаний.

ОВ

Вы писали 1 июня 2018 г., 17:18:58:

    Здравствуйте, уважаемые коллеги! До Вас доходят мои письма?

-------- Пересылаемое сообщение--------
30.05.2018, 11:41, "Александр Кушелев"

Здравствуйте, уважаемые коллеги!

Вы получили моё предыдущее письмо?
Заранее благодарю за ответ.
С уважением,
Александр Кушелев
Руководитель лаборатории Наномир.

-------- Пересылаемое сообщение--------
29.05.2018, 11:04, "Александр Кушелев"

На случай, если предыдущие письма не дошли...

-------- Пересылаемое сообщение--------
25.05.2018, 16:15, "Александр Кушелев"

На случай, если предыдущие письма не дошли.

О серьёзности вопроса можно судить по ответу из Управления президента РФ: https://getfile.dokpub.com/yandex/get/h … m67G3WXPxz

С уважением,
Ваш А.Кушелев

-------- Пересылаемое сообщение--------
24.05.2018, 11:28, "Александр Кушелев"

Повторяю письмо на тот случай, если предыдущее не дошло:

-------- Пересылаемое сообщение--------
23.05.2018, 02:28, "Александр Кушелев"

Да. Вот один из сводных графиков с CASP:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6727/158289418.112/0_d44d2_f0ea4349_XL.png
Подробнее: https://subscribe.ru/archive/science.ne … 94748.html

Только организаторы CASP сильно жульничают. Например, на CASP3 они 2 месяца собирали данные, а перед подведением итогов спрятали данные 5 лабораторий из 33. На CASP10 засекретили списки участников. А когда вынуждены были открыть, выяснилось, что число участников почти в 10 раз меньше, чем было заявлено организаторами CASP. А на последнем конкурсе, в котором мы участвовали, были введены фильтры, которые не пропускают на конкурс данные, если они не соответствуют устаревшим ошибочным представлениям о структуре белка.

Но у нас есть убедительные доказательства правильности пикотехнологических моделей.

В частности, есть модели с дисульфидными мостиками, которые не могут замкнуться случайно,

https://img-fotki.yandex.ru/get/107080/158289418.3c1/0_1705b1_dc9f55fd_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3b3/0_16f622_63ae0418_orig.gif

т.к. вероятность случайного замыкания 22 звеньев модели равна 1/4^22, замкнувшихся через дисульфидные мостики моделей мы получили уже много. Суммарная вероятность случайного замыкания перевалила за 10^-100, т.е. случайность исключена.

В книге "Пикотехнология белков" мы показали достоверную корреляцию с данными РСА для всех типов белков:

https://img-fotki.yandex.ru/get/9803/158289418.20f/0_129778_35eeac24_orig.png

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1150/

По ссылке можно прочесть рецензии к книге.

Специалисты из Института белка могут сами перепроверить пикотехнологию белков. Первую статью мне предложил написать Туманян Владимир Гаевич, когда я показал ему модель его "любимого" гормона панкреатической железы. Дело в том, что для этого белка не было данных РСА, но были данные других методов. Владимир Гаевич очень удивился, когда увидел модель, построенную по кодирующей нуклеотидной последовательности в реальном времени. Он сразу узнал структуру гормона.

Вероятно, что специалисты из Института белка тоже узнают структуры исследуемых белков, но изюминка пикотехнологии белков заключается в том, что программа в автоматическом режиме показывает структуру с точностью до пикометра, т.е. видно, где находится каждый валентный электрон:

https://img-fotki.yandex.ru/get/5506/126580004.42/0_b37ab_6493b0b7_orig.gif
Это - модель димера интерлейкина-34 с CASP.

Наконец, заказ белковых структур ни к чему не обязывает сотрудников Института белка. Они просто получат модели интересующих их белков и решат, полезны эти модели им или нет. Если полезны, сотрудничество продолжается, если нет, "на нет и суда нет".

С уважением,
Ваш А.Кушелев
8-926-5101703
8-903-2003424
8-916-8265031


22.05.2018, 23:09:
А Вы участвовали в CASP соревнованиях?

22.05.2018, 21:05, "Александр Кушелев"
Повторяю письмо на случай, если первый раз не дошло...

-------- Пересылаемое сообщение--------
18.05.2018, 18:16, "Александр Кушелев"

Здравствуйте, Оксана!
Ничего страшного.
Вы можете спросить руководство института, интересно ли институту Белка, чтобы лаборатория Наномир бесплатно определила 1000 структур белка по новой технологии? По времени это займёт один рабочий день.

Для выполнения этой работы нам нужны нуклеотидные кодирующие последовательности белков, структура которых интересует сотрудников Института белка.

Если определенные нами структуры белков окажутся полезными для института белка, можно будет обсудить условия дальнейшего сотрудничества.

С уважением,
Александр Кушелев,
руководитель лаборатории Наномир.

P/S
Если институт Белка интересуют структуры белков человека, то мы их уже определили, т.е. все 110 000: http://nanoworld.org.ru/topic/1887/
Если нужны более подробные данные по структурам белка человека, то могу прислать. В архиве лаборатории Наномир они есть.

18.05.2018, 14:16:
К сожалению, руководители института сказали, что доклады только для сотрудников.

Кушелев: Благодарю! Буду ждать...

2

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 99 246

Ответ из института белка

Кушелев: Здравствуйте, уважаемая Оксана Валериановна!

Вы не могли бы назвать ориентировочные сроки, когда Вы пришлете нуклеотидные кодирующие последовательности белков, структура которых Вас интересует?

Новая версия программы "Пикотехнология белков" позволяет определять структуры белков целыми геномами.
В качестве примера можно посмотреть структуры всех белков человека, которые нам удалось определить за неделю на двух персональных компьютерах: http://nanoworld.org.ru/topic/1887/

Новая технология работает в миллиард раз быстрее РСА, а главное - даёт достоверные результаты. Напомню, что с помощью РСА сегодня не удается отличить пи-спирали от альфа-спиралей, не говоря о более тонких нюансах даже вторичной структуры белка.

Заранее благодарю за ответ,
Ваш Александр Кушелев
Руководитель лаборатории Наномир.

3

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 99 323

Ответ из института белка

Институт белка пишет:

2018-06-11:
Здравствуйте Александр,
Постараюсь сделать к концу месяца. Правда я не работаю с нуклеотидными последовательностями. Поэтому мне надо кого-то попросить будет найти отобранные мною последовательности.
До связи,

Кушелев: Благодарю! Буду ждать.
С уважением,

4

Re: Ответ из института белка

http://nanoworld.org.ru/post/106238/#p106238

Ответ из института белка

aest пишет:
Kushelev пишет:

Для начала позвоните в Курчатовский и поинтересуйте, почему полгода не присылают нуклеотидные последовательности в лабораторию Наномир. Им неинтересно проверить новую технологию определения структуры белка?

Вы и так уже выложили тысячи структур белков человека. Наверняка им этого достаточно для проверки. И если уж профессионалы не заинтересовались, то что говорить о нас, дилетантах в молекулярной биологии.

Кушелев: Мой опыт подсказывает, что профессионалы, о которых Вы пишите, либо вообще ничего не слышали о пикотехнологии, либо пропустили мимо ушей, либо им по барабану, либо пытались проверить без помощи автора, т.е. меня и не смогли.

Даже Zoldrax удивлялся, почему не обнаруживажется корреляция между третьей буквой триплетов и структурами белков из базы данных PDB. Если бы он не спросил меня, в чём тут загвоздка, то как и множество профессионалов мог бы подумать, что композиционный код - ошибка. Но он меня спросил, т.к. на белках с надежно установленной структурой корреляция всё же обнаружена и опубликована и в моей статье и в книге "Пикотехнология белков": http://nanoworld.org.ru/topic/1150/

А загвоздка заключается в том, что рентгеноструктурный анализ (РСА) не может отличить пи-спираль от альфа-спирали в подавляющем количестве белков. Поэтому Zoldrax и не обнаружил заметной корреляции между третьей буквой триплета и данными о структурах из PDB. Просто данные в PDB не содержат достаточно детальной информации об отличии пи-спирали от альфа-спирали. Рентген их просто не отличает.

Но на примере белков с надежно установленной структурой корреляция обнаружена. Причём эта корреляция сильная и достоверная.

А несовершенство РСА - это всего лишь несовершенство РСА smile

https://img-fotki.yandex.ru/get/509292/158289418.4a7/0_186c5c_1ebe5075_XL.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1872/

Так что звоните в Курчатовский и спрашивайте, почему РСА не отличает пи-спираль от альфа-спирали. Может быть в процессе объяснения профессионалы поймут, что проблемы не в таблице композиционного кода, а в возможностях РСА smile

5

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 100 277

Ответ из института белка

Совершенствуем программу Пикотех-2D (8-я версия)

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Кушелев: Добрый день!
На Ваш вопрос о цене структуры белка специалист дал неожиданный ответ: "Для нас бесплатно". Это понятно, т.к. они сами вырастили кристаллы белков, а просвечивание кристалла рентгеном - это как на кнопку фотоаппарата нажать. В Курчатовском институте (г.Москва) бесплатно просвечивают рентгеном готовые кристаллы белка.
А реальную цену в Вашей стране легко узнать следующим образом. Нужно его спросить:
"Можете вырастить кристаллы этих двух белков, и сколько это будет стоить? Вторичная структура этих белков, определенная программой Пикотех, представлена в первых двух столбцах:

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4a9/0_186fc0_a6332fad_orig.png
Нас интересуют кристаллы двух белков:
XM_022674627.1 и KGO44433

6

Re: Ответ из института белка

Кушелев: Здравствуйте!
Я ищу специалистов из Института белка, которым нужно определить структуры белков.
Новая технология позволяет это сделать в течение рабочего дня и надежнее, чем с помощью РСА. В качестве примера мы определили вторичные структуры всех 110 000 белков человека: http://nanoworld.org.ru/topic/1887/
Мы готовы определить для Института белка до 1000 структур за наш счёт. Если результаты нашей работы будут полезны сотрудникам Института белка, то мы готовы продолжить сотрудничество на взаимовыгодных условиях.

7

Re: Ответ из института белка

Ответ из института белка

Кушелев: Здравствуйте!
Я ищу специалистов из Института белка, которым нужно определить структуры белков.
Новая технология позволяет это сделать в течение рабочего дня и надежнее, чем с помощью РСА. В качестве примера мы определили вторичные структуры всех 110 000 белков человека: http://nanoworld.org.ru/topic/1887/
Мы готовы определить для Института белка до 1000 структур за наш счёт. Если результаты нашей работы будут полезны сотрудникам Института белка, то мы готовы продолжить сотрудничество на взаимовыгодных условиях.

8

Re: Ответ из института белка

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение: 100 874

Ответ из института белка

... Вам не конкурент?

Кушелев: Если мы с ними установим контакт, то наш канал связи с научным миром расширится. Главное, чтобы они поняли, что с помощью нашей технологии они могут стать многократно сильнее. А симбиоз выгоднее конкуренции, тем более, что против союза РСА и Пикотех конкурентов нет. РСА может конкурировать только против РСА, но никак не против РСА+Пикотех smile

9

Re: Ответ из института белка

Ответ из института белка

Специалист по структурам белка пишет:

РСА даёт абсолютно точную структуру.

Кушелев: -Это - заблуждение. РСА не может даже отличить пи-спираль от альфа-спирали. Пи-спираль левая 4.4 аминокислотных остатка на виток, а альфа-спираль  правая 3.6 аминокислотных остатка на виток. Рентген "видит" их одинаково. Только по косвенным признакам в редких случаях удается отличить пи-спираль от альфа-спирали. Обычно все пи-спиральные участки принимаются за альфа-спиральные.
Пикотехнология основана на таблице композицзионного генетического кода, поэтому со 100%-ной надежностью отличает все типы спиральей друг от друга.
Например, удалось выяснить, что спираль коллагена вовсе не тройная, а программная спираль, которая только кажется тройной.
Обнаружено много типов программных спиралей, где повторяются как бы фрагменты фундаментальных (альфа-, 310-, пи-, бета-) спиралей, которые следуют циклически. Фрагмент альфа-, затем фрагмент пи-, снова альфа-, снова пи и т.д. Вот конкретные примеры таких спиралей (2D-схемы):

https://img-fotki.yandex.ru/get/509292/158289418.4a7/0_186c5c_1ebe5075_XL.png
Подробнее:
http://nanoworld.org.ru/topic/1672/
http://nanoworld.org.ru/topic/2007/
Таким образом, выясняется, что рентген не может надежно определить даже вторичную структуру белка, т.е. разные типы спиралей. Альфа-спираль отличает от 310-спирали, но не отличает от пи-спирали.
Сильная сторона рентгена - дальний порядок расположения атомов.
Сильная сторона Пикотех - ближний порядок расположения атомов.
Поэтому эти две технологии удачно дополняют друг друга.

10

Re: Ответ из института белка

Kushelev пишет:

Ответ из института белка

Специалист по структурам белка пишет:

РСА даёт абсолютно точную структуру.

Кушелев: -Это - заблуждение. РСА не может даже отличить пи-спираль от альфа-спирали. Пи-спираль левая 4.4 аминокислотных остатка на виток, а альфа-спираль  правая 3.6 аминокислотных остатка на виток. Рентген "видит" их одинаково. Только по косвенным признакам в редких случаях удается отличить пи-спираль от альфа-спирали. Обычно все пи-спиральные участки принимаются за альфа-спиральные.
Пикотехнология основана на таблице композицзионного генетического кода, поэтому со 100%-ной надежностью отличает все типы спиральей друг от друга.
Например, удалось выяснить, что спираль коллагена вовсе не тройная, а программная спираль, которая только кажется тройной.
Обнаружено много типов программных спиралей, где повторяются как бы фрагменты фундаментальных (альфа-, 310-, пи-, бета-) спиралей, которые следуют циклически. Фрагмент альфа-, затем фрагмент пи-, снова альфа-, снова пи и т.д. Вот конкретные примеры таких спиралей (2D-схемы):

https://img-fotki.yandex.ru/get/509292/158289418.4a7/0_186c5c_1ebe5075_XL.png
Подробнее:
http://nanoworld.org.ru/topic/1672/
http://nanoworld.org.ru/topic/2007/
Таким образом, выясняется, что рентген не может надежно определить даже вторичную структуру белка, т.е. разные типы спиралей. Альфа-спираль отличает от 310-спирали, но не отличает от пи-спирали.
Сильная сторона рентгена - дальний порядок расположения атомов.
Сильная сторона Пикотех - ближний порядок расположения атомов.
Поэтому эти две технологии удачно дополняют друг друга.




АЛександр Юрьевич, как объяснить биологам, что РСА вылаёт не фотографию.


Метод РСА - взят из физики. Пользуются результатами - биологи.   Тут уже заложен "принцип Бормана" - дезинформация.  Биологи не могут увидеть ограничения метода.  Потому что просто не изучали сообтветствующие разделы физики.

Даже Викторию трудно убедить доводами теории вероятности, потому что она не изучала этот раздел так как положено глубоко - в профильном (физмат) институте.

Разделяй и властвуй.  В МФТИ  РСА занимаются хотя бы физики.   А вот какое у них знание молекулярной биологии - уже вопрос. Явно не абсолютное.   Завлаб МФТИ дизайн эксперимента по вечной молодости не понял, к примеру. А.Ю., если разобрать РСА как партсобрании - по полочкам, (чтобы жене не изменял и не пьянствовал на работе)  - будет что сказать Борщевскому, Бюльдту и Черезову, чтобы не надували щёки. Хотя они пишут статьи именно по улучшению метода РСА и его информативности, математические и по физике метода РСА .


Биологи не знают оптики, физики - поэтому и верят свято, что РСА - это чуть ли не цветная фотография молекулы белка чуть ли не с фотошопом и рекламными слоганами.


Не могли бы Вы перечислить ступени искажений (потерь)  информации о белке, которая заложена в методе РСА

1) Кристаллизация - какая информация теряется
2) Кристаллограмма- какая информация теряется
3) Воссоздание структуры по кристаллограмме - какая информация теряется?



Если совсем уже по полочка раскладывать.   ДАльше -если взять примеры лазоцимов с мостиками, и сравнить из с РСА, получится статья про то, как Пикотехнология "дорисовывает" белые пятна РСА.  Это можно слать в CASP.