281

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Victoria пишет:

А.Ю., вопросы для ликбеза:
1. Я подзабыла, хотя когда это и делала, как получить файл с координатами каждого атома для визуализаторов структуры белков, с помощью программ из Ggenedit.exe?
2. В каком абзаце последнего скрипта для 3D Max прописаны белые квадратики водородных связей между комплементарными азотистыми основаниями?
3. После переворачивания модели задом на перёд не удаётся свернуть нуклеотидные цепочки в петли, поскольку любые значения угла 2, отличные от нуля, приводят к выпадению нуклеотида из цепи. Поворот по первому углу остался реализуемым для любых углов,  в том числе 0, 120 и 240 градусов, но это не заворачивает нуклеотидную цепочку, а только вращает нуклеотиды вокруг её оси.
Заранее спасибо за ответы.

Victoria пишет:

как получить файл с координатами каждого атома для визуализаторов структуры белков, с помощью программ из Ggenedit.exe?

Кушелев: Если Вы хотите получить файл в стандарте PDB, то такой файл формирует программа Casp3 (Евгения Неделько). Но там нужно углы настроить. Хотя в Вашем агоритме нет различий, альфа или 310, поэтому Вам можно углы не настраивать.

Программу Casp3 можно скачать отсюда: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … _index.htm

Victoria пишет:

2. В каком абзаце последнего скрипта для 3D Max прописаны белые квадратики водородных связей между комплементарными азотистыми основаниями?

h1 = box length:9.7 width:9.7 height:9.7  position:[0,10,-4.85]
h0 = box length:9.7 width:9.7 height:9.7  position:[0,-10,-4.85]
h2 = box length:9.7 width:9.7 height:9.7  position:[10,0,-4.85]
h3 = box length:9.7 width:9.7 height:9.7  position:[-10,0,-4.85]
Converttomesh h1
Converttomesh h0
Converttomesh h2
Converttomesh h3
attach h1 h2
attach h1 h3
attach h1 h0
h1.material = newmat[13]
attach element1 h1

Victoria пишет:

3. После переворачивания модели задом на перёд не удаётся свернуть нуклеотидные цепочки в петли, поскольку любые значения угла 2, отличные от нуля, приводят к выпадению нуклеотида из цепи. Поворот по первому углу остался реализуемым для любых углов,  в том числе 0, 120 и 240 градусов, но это не заворачивает нуклеотидную цепочку, а только вращает нуклеотиды вокруг её оси.

Кушелев: Благодарю за замеченную ошибку алгоритма! У меня возникало подозрение, что слишком всё просто получилось. Вероятно, нужно будет изменить порядок преобразований или точку привязки. Как только удастся исправить ошибку, сразу сообщу на форуме.

Изменение порядка поворотов на вектор1 и вектор2 не помогает. Так что придётся разбираться основательно...

282

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Victoria пишет:
Kushelev пишет:

Сегодня, 2011-06-24 мне удалось модифицировать скрипт Дениса Савина таким образом, чтобы он строил упрощённые (многогранные) модели белков.

http://img-fotki.yandex.ru/get/5706/nanoworld2003.2d/0_5128a_18732968_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5706/nan … 8_orig.gif

Упрощённая (многогранная) пикотехнологическая модель белка инсулина. Каждый аминокислотный остаток показан своим цветом. Возможны другие алгоритмические варианты раскраски.

Скрипт: http://nanoworld2003.narod.ru/EMBLReade … _Rgreen.ms

Напоминаю, как пользоваться этим скриптом. Нужно запустить программу 3DS Max, затем выбрать в ней Run Script, затем указать в открывшемся окне имя файла, сохранённого по ссылке. Скрипт запустится и снова предложит выбрать файл уже с расширением dne (нуклеотидная последовательность из EMBL или Gen Bank). Указываете имя файла с расширением dne, и скрипт строит модель белка.
Раскраску можно задать алгоритмически в тексте скрипта. Пока проверялись варианты раскраски: моно, плавное изменение цвета вдоль первичной последовательности, мозаика, как в данном скрипте.

Это получаются модели, на которые нужно смотреть в зеркало?

Кушелев: Конечно, куда же без него? Хотя это в том случае, если радикал аминокислоты торчит вбок. Если же радикал начинается в плоскости симметрии СООН-группы, то зеркало не нужно smile

А вообще-то нужно дополнить программу зеркальным преобразованием координат модели. Или делать это средствами 3DS. Это преобразование сработает за доли секунды. Вы даже глазом моргнуть не успеете smile

283

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nanoworld2003.2d/0_512ba_a6e2c3d6_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nan … 6_orig.gif

"Мозг пикомашины"

Упрощенная (многогранная) пикотехнологическая модель белка инсулина и его зеркальное отображение.

В 3DS зеркально преобразовать объект можно нажатием одной кнопки. Возможно, что в скрипте Дениса Савина достаточно добавить несколько строчек, чтобы сразу получалась зеркально симметричная модель белка. Сегодня попробую это сделать.

284

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Victoria пишет:

она вращается вокруг оси, которая проходит через этот угол и совпадает с осью симметрии обоих хвостов (с антикодоновой петлёй и аминокислотой, соответственно).

Кушелев: И как Вы представляете себе вращение вокруг осей, угол между которыми ~50 градусов? Законы геометрии усилием воли нарушить нельзя.

Давайте посмотрим, как вращается Ваша модель на ниточке...

285

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Victoria пишет:

... Обе тРНК в рибосоме располагаются рядом, параллельно, настолько близко, чтоб могла сформироваться пептидная связь между аминокислотами.

Кушелев: Две тРНК, точнее оси симметрии акцепторных концов располагаются под углом, образуемым связью C-N и направлением "выдавливания" ОН-группы, т.е. под тетраэдрическим углом.

Я в ближайшее время сделаю компьютерную модель с двумя тРНК

286

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Kushelev пишет:

http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nanoworld2003.2d/0_512ba_a6e2c3d6_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nan … 6_orig.gif

"Мозг пикомашины"

Упрощенная (многогранная) пикотехнологическая модель белка инсулина и его зеркальное отображение.

В 3DS зеркально преобразовать объект можно нажатием одной кнопки. Возможно, что в скрипте Дениса Савина достаточно добавить несколько строчек, чтобы сразу получалась зеркально симметричная модель белка. Сегодня попробую это сделать.

А как быть с тем, что из D-аминокислот получаются пи-срирали, а из L-аминокислот -- 3-10 спирали?

287

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Может просто заменить в скрипте Дениса Савина D-модели на  L?

288

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

http://nanoworld.org.ru/post/552/#p552

Victoria пишет:

... я написала об одной оси, относительно которой симметричны и вращаются оба хвоста тРНК, угол между которыми -- 50 градусов.

Это надо увидеть. Можете подвесить на ниточку и крутануть? И фоток 10 сделать.

289

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Victoria пишет:
Kushelev пишет:

http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nanoworld2003.2d/0_512ba_a6e2c3d6_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4406/nan … 6_orig.gif

"Мозг пикомашины"

Упрощенная (многогранная) пикотехнологическая модель белка инсулина и его зеркальное отображение.

В 3DS зеркально преобразовать объект можно нажатием одной кнопки. Возможно, что в скрипте Дениса Савина достаточно добавить несколько строчек, чтобы сразу получалась зеркально симметричная модель белка. Сегодня попробую это сделать.

А как быть с тем, что из D-аминокислот получаются пи-срирали, а из L-аминокислот -- 3-10 спирали?

Кушелев: Сейчас я сделаю модель альфа-спирали и её зеркальное отражение. А Вы выберете, какая из моделей правильная. ОК? Ту и оставим smile

290

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

95.107.91.167
89.222.180.226
62.140.249.139
95.111.167.173
95.31.4.231
194.1.193.22
95.107.91.167
Кто скрывается за этими ай пи, они меня уже достали на   http://tarasenko.3dn.ru/forum/2-2-19?lLVq5B