261

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

А.Ю. А чем плохи существующие официальные "модели", которыми все пользуются ?
тРНК
http://lowelab.ucsc.edu/GtRNAdb/
mRNA
http://www.sumanasinc.com/webcontent/an … emrna.html
и другое:
http://sciuro.livejournal.com/159052.html
http://web-local.rudn.ru/video_upload// … f6db26.swf

262

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:
Kushelev пишет:
Victoria пишет:

Я даже не знаю, что сказать. Давайте абстрагируемся от осей симметрии, т.е. не будем их совмещать и попробуем просто присоединить аминокислоту так, как если бы это был очередной нуклеотид.

Кушелев: Абстрагироваться от осей симметрии не получится. Дело в том, что изменение композиционного угла возможно лишь вокруг оси симметрии акцепторного стебля. Отсюда следует, что связь C-N должна быть параллельна оси симметрии акцепторного стебля тРНК, а она отклонена на ~50 градусов. Это говорит о том, что официальная модель молекулярных биологов ошибочна.

А Вы-то что переживаете? У них и азотистые основания 5-ти и 6-ти-угольные smile


Я не переживаю, а подозреваю, что здесь что-то не так. Но мы с этим разберёмся завтра.

Кушелев: ОК! "Утро вечера мудреней!" smile

263

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

diprospan пишет:

А.Ю. А чем плохи существующие официальные "модели", которыми все пользуются ?
тРНК
http://lowelab.ucsc.edu/GtRNAdb/

Кушелев: Пользование этими моделями не помогло исследователям открыть композиционный генетический код. Его можно открыть лишь на основе пикотехнологии. smile

А композиционный генетический код позволяет экономить на определении структуры каждого из миллионов белков по ~10 000 долл. Причём эта сумма относится к стоимости РСА, т.е. для тех белков, которые можно закристаллизовать. А большинство белков не кристаллизуется, поэтому экономический эффект на несколько порядков больше, чем 1 000 000 белков * 10 000 долл.

Эта информация опубликована мною ещё в 1992-ом году, но "народ не чешется" smile

264

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Diprospanу спасибо за ролик с лейкоцитом. Меня им "угощали" раньше. Там чудесная музыка. Рекомендую всем.

265

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Kushelev пишет:

Преступная деятельность против лаборатории Наномир продолжается ежедневно. Преступники настраивают программы-боты для блокирования регистрации пользователей форума лаборатории Наномир. Администратору приходится ежедневно прочищать буфер регистрации, заполненный тысячами авторегистраций. И это продолжается уже более 5 лет...

А для чего им это нужно?
А IP адреса ботов не проверяли?

266

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

Кушелев: Дело в том, что изменение композиционного угла возможно лишь вокруг оси симметрии акцепторного стебля. Отсюда следует, что связь C-N должна быть параллельна оси симметрии акцепторного стебля тРНК, а она отклонена на ~50 градусов.

Виктория Соколик: Видимо всё не так очевидно и прямолинейно. Изменение композиционного угла действительно осуществляется при повороте вокруг оси акцепторного стебля с периодом 120 градусов. Только надо иметь ввиду, что не сам аминокислотный остаток вращается на хвосте аденина, как Вы показали в анимации, а поворачивается вокруг своей оси весь акцепторный стебель с аминокислотой. При этом положение второй части тРНК с антикодоном не изменяется. Это происходит за счёт трёх видов взаимодействия псевдоуридиловой и дигидроуридиловой петель в пространственной структуре тРНК.
Схематично: нужно взять два диска с отходящими от них хвостами под углом градусов 50, совместить их и вращать один относительно другого. Если левый диск с хвостом будет стационарен, то за счет поворота относительно него правого диска его хвост будет вращаться вокруг своей оси. Разумеется в трёх дискретных положениях (при повороте 0, 120 и 240 градусов) оси акцепторного стебля совпадать не будут. А будут различаться от среднего положения углом наклона в те самые пресловутые 50 градусов.
Но это совсем не помешает аминокислоте на конце акцепторного хвоста тРНК быть повёрнутой нужным местом к присоединяемому пептиду при формировании пептидной связи.

Кушелев: Не понял. Вы хотите сказать, что акцепторный стебель где-то изогнут градусов на 50? Если акцепторный стебель представляет собой классическую двойную спираль РНК, т.е. без изломов, то связь C-N отклонена от оси симметрии стебля на ~50 градусов. Чтобы она стала параллельна оси симметрии, нужно "ломать" или "гнуть" стебель. Или он у Вас вращается при движении тРНК не вокруг своей оси симметрии? Тогда давайте посмотрим на вращение Вашей модели тРНК в процессе движения к рибосоме.

http://img-fotki.yandex.ru/get/4608/nanoworld2003.2d/0_51207_6ca41494_orig.gif
Глядя на вращение этой модели очевидно, что стебель вращается вокруг оси симметрии и не имеет изломов и изгибов ~50 градусов. Азотистые основания, конечно, не вертикальны, как в идеальной модели, но модель мы уточнили, и отклонение связи C-N оказалось ещё больше, чем на пластмассовой модели.

267

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Victoria пишет:
Kushelev пишет:

http://nanoworld.org.ru/post/485/#p485

diprospan пишет:

А.Ю. А чем плохи существующие официальные "модели", которыми все пользуются ?
тРНК
http://lowelab.ucsc.edu/GtRNAdb/

Кушелев: Пользование этими моделями не помогло исследователям открыть композиционный генетический код. Его можно открыть лишь

на основе пикотехнологии. smile

А композиционный генетический код позволяет экономить на определении структуры каждого из миллионов белков по ~10 000 долл.

Причём эта сумма относится к стоимости РСА, т.е. для тех белков, которые можно закристаллизовать. А большинство белков не кристаллизуется, поэтому экономический эффект на несколько порядков больше, чем 1 000 000 белков * 10 000

долл.

Эта информация опубликована мною ещё в 1992-ом году, но "народ не чешется" smile

Дело в том, что наука развивается вглубь, пытаясь объяснить не только как, но и почему.
Существующие модели тРНК иллюстрируют как она устроена и как функционирует (при этом с большими натяжками), но не отвечает на вопрос: почему именно так? Тот методологический уровень, которым пользуются молбиологи сильно их ограничивает в возможностях.
Александр Юрьевич несколько преувеличивает роль композиционного кода. Называя вещи своими именами надо понимать, что доселе самыми убедительными результатами моделирования белка были экспериментальные. Полученную в эксперименте информацию о конечной конформации белка обрабатывали и строили приближенные модели его пространственной структуры. Выбор между множеством моделей является вероятностным.
Моделирование in silico по аминокислотной последовательности белка тоже имеет много ограничений, поскольку эталоном (или идеалом для сравнения) всегда служат экспериментальные данные, а они есть для меньшинства белков. Есть ещё третий вариант исследований: симуляция молекулярной динамики. Это, когда по файлу с экспериментально установленными координатами каждого атома белка моделируют его поведение в растворе, флуктуации структуры отдельных частей, подвижность конформации.
Я считаю этот метод самым перспективным, ведь белок в растворе функционирует и меняет свою конформацию, поэтому быть только таким как в кристалле он не может.
Этот же метод симуляции молекулярной динамики открывает перспективы для реализации процесса фолдинга структурного шаблона белка, который мы уже научились декодировать по его гену (и программы есть SSP, TSP, Ggenedit.exe), в реальную модель(и) его функциональной конформации. Главное преимущество такого подхода состоит в том, что мы можем сделать модель конформации любого неисследованного белка, опираясь только на детерминирующего его нуклеотидную последовательность и ограничение в виде отсутствия экспериментальных данных снимается само собой. Т.е. догма биологии о том, что вся информация о структуре белка содержится в его гене наконец -то стала работать в полную силу.

... результатами моделирования белка были экспериментальные ...

Кушелев: Чесслово, не въезжаю... Может быть Вы имеете в виду результаты модельных экспериментов?

Выбор между множеством моделей является вероятностным

В нанотехнологии да. В пикотехнологии - нет. Классические модели однозначны.

когда по файлу с экспериментально установленными координатами каждого

атома белка

Кушелев: Я Вас умоляю, не надо о координатах каждого атома белка. С помощью РСА не удаётся увидеть даже многих участков альфа-спиралей, не говоря уже о более мелких деталях. Реальная точность РСА для тРНК - хуже 50 нанометров. Даже приближенную форму тРНК не удалось определить экспериментально... РСА не отличает крест от уголка при размерах ~100нм. В банке белковых структур в действительности содержатся координаты моделей атомов, причём с погрешностью, которая превышает размер атома иногда в 1000 раз. Более точные пикотехнологические модели помогли заметить ряд крупных ошибок в интерпретации РСА. В частности, азотистые основания оказались не пяти-шести-членными циклами, а "шахматными досками", где атомы расположены в шахматном порядке. Экспериментаторы до сих пор не обнаружили поперечные диэфирные связи в ДНК/РНК. Не заметили они и замкнутость акцепторной петли тРНК, хотя длина 4 нуклеотидов превышает 50 нм. Даже фора тРНК гипотетическая, т.к. молекулы таких размеров до сих пор не удаётся увидеть даже с помощью туннельного микроскопа. Отдельные атомы в виде пятнышек видны, если они входят в состав кристалла, а целые нуклеотиды ДНК/РНК исследователи до сих пор не увидели, поэтому в учебниках продолжают изображать азотистые основания в виде шестиугольников и фигур, состоящих из 5- и 6-угольников, что в корне неверно.

268

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Victoria пишет:

Вы действительно не поняли, угол наклона образуется в месте стыковки с псевдоуридиловой петлёй, а так акцепторный стебель+псевдоуридиловый стебель одна прямая труба.

Кушелев: Давайте посмотрим на Вашу модель тРНК во вращении. Как она вращается при движении к рибосоме?

Эту макро-модель тРНК можно сделать из проволоки. Подвесить проволочную модель на нитку, крутануть и сделать десяток фотографий. А я сделаю из них анимированный GIF, как этот:

http://img-fotki.yandex.ru/get/4608/nanoworld2003.2d/0_51207_6ca41494_orig.gif

Сделайте, пожалуйста проволочную модель тРНК, чтобы было видно, как вращается вся тРНК и акцепторный стебель.

"По многочисленным и настойчивым просьбам трудящихся" smile

А я сейчас сделаю свой вариант проволочной модели тРНК. И сравним, какая из моделей проще и логичнее объясняет ориентацию связи C-N аминокислоты относительно тРНК.

269

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Diplodok пишет:
Kushelev пишет:

Преступная деятельность против лаборатории Наномир продолжается ежедневно. Преступники настраивают программы-боты для блокирования регистрации пользователей форума лаборатории Наномир. Администратору приходится ежедневно прочищать буфер регистрации, заполненный тысячами авторегистраций. И это продолжается уже более 5 лет...

А для чего им это нужно?
А IP адреса ботов не проверяли?

Зачем нужно?
Зачем-то уничтожили тираж научной книги с пикотехнологическими моделями Протодьяконова и Огжевальского. Зачем-то преследовали и преследуют исследователей и создателей нового. Вероятно, пытаются сохранить власть над кормушкой. В народе даже название появилось: "Комиссия по борьбе за тёплые места" smile

А IP-адреса - бесплатные прокси. Они десятками в день появляются...

270

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 29

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

http://img-fotki.yandex.ru/get/5304/nanoworld2003.2d/0_51250_691e7ee1_M.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5304/nan … 1_orig.gif
Макромодель тРНК.

http://img-fotki.yandex.ru/get/5707/nanoworld2003.2d/0_5124f_f63ce048_orig.gif
Связь C-N совпадает с осью вращения тРНК

http://nanoworld88.narod.ru/data/216.files/0_48cd7_9d30f602_S.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/216.htm
Более точная пикотехнологическая модель акцепторного стебля с аминокислотой, удерживаемой четырьмя Ван-дер-Ваальсовыми связями ("макро-взаимодействие").

Хорошо бы сделать ещё более точную компьютерную модель акцепторного стебля с аминокислотой. Может быть сегодня успею...