1

Тема: Новый уровень молекулярной биологии.

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 98 735

Новый уровень молекулярной биологии.

Кушелев: Моя цель - поднять цивилизацию на новую ступень развития.
По направлению "Молекулярная биология" это мне уже удалось.
Раньше узнать структуру белковой молекулы могла только солидная организация, способная заплатить в среднем 10 000 евро за одну структуру белка.
После создания онлайн-сервиса "Пикотехнология белка" узнать структуру любого белка может не только любой научный сотрудник солидной организации, но и любой аспирант, студент и даже школьник, который интересуется молекулярной биологией.

https://img-fotki.yandex.ru/get/509292/158289418.4a7/0_186c5c_1ebe5075_XL.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1872/

https://img-fotki.yandex.ru/get/228174/158289418.41b/0_17a8ab_20d9f8d7_orig.gif

Тут важно понять, что старая технология, в частности рентгеноструктурный анализ (РСА) не даёт надёжных данных даже о вторичной структуре белка.

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4bc/0_18a508_f1a8196d_XL.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/page/79/

Буквально не отличает пи-спираль от альфа-спирали. Что уж говорить о других участках белка, которые на современных диаграммах вторичной структуры отмечены, как бесструктурные. И из таких "белых пятен" состоит структура большинства белковых молекул!
К сожалению, внедрение новой технологии зависит от уровня развития цивилизации. Наша цивилизация находится на таком низком уровне, что новые технологии внедряются десятилетиями, а часто становятся доступными школьникам по воле случая...

http://nanoworld88.narod.ru/data/250_files/2-04.jpg
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm

2

Re: Новый уровень молекулярной биологии.

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 98 829

Новый уровень молекулярной биологии.

А Вы участвовали в CASP соревнованиях?

Кушелев: Да. Вот один из сводных графиков с CASP:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6727/158289418.112/0_d44d2_f0ea4349_XL.png
Подробнее: https://subscribe.ru/archive/science.ne … 94748.html

Только организаторы CASP сильно жульничают. Например, на CASP3 они 2 месяца собирали данные, а перед подведением итогов спрятали данные 5 лабораторий из 33. На CASP10 засекретили списки участников. А когда вынуждены были открыть, выяснилось, что число участников почти в 10 раз меньше, чем было заявлено организаторами CASP. А на последнем конкурсе, в котором мы участвовали, были введены фильтры, которые не пропускают на конкурс данные, если они не соответствуют устаревшим ошибочным представлениям о структуре белка.

Но у нас есть убедительные доказательства правильности пикотехнологических моделей.

В частности, есть модели с дисульфидными мостиками, которые не могут замкнуться случайно,

https://img-fotki.yandex.ru/get/107080/158289418.3c1/0_1705b1_dc9f55fd_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3b3/0_16f622_63ae0418_orig.gif

т.к. вероятность случайного замыкания 22 звеньев модели равна 1/4^22, замкнувшихся через дисульфидные мостики моделей мы получили уже много. Суммарная вероятность случайного замыкания перевалила за 10^-100, т.е. случайность исключена.

В книге "Пикотехнология белков" мы показали достоверную корреляцию с данными РСА для всех типов белков:

https://img-fotki.yandex.ru/get/9803/158289418.20f/0_129778_35eeac24_orig.png

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1150/

По ссылке можно прочесть рецензии к книге.

Специалисты из Института белка могут сами перепроверить пикотехнологию белков. Первую статью мне предложил написать Туманян Владимир Гаевич, когда я показал ему модель его "любимого" гормона панкреатической железы. Дело в том, что для этого белка не было данных РСА, но были данные других методов. Владимир Гаевич очень удивился, когда увидел модель, построенную по кодирующей нуклеотидной последовательности в реальном времени. Он сразу узнал структуру гормона.

Вероятно, что специалисты из Института белка тоже узнают структуры исследуемых белков, но изюминка пикотехнологии белков заключается в том, что программа в автоматическом режиме показывает структуру с точностью до пикометра, т.е. видно, где находится каждый валентный электрон:

https://img-fotki.yandex.ru/get/5506/126580004.42/0_b37ab_6493b0b7_orig.gif
Это - модель димера интерлейкина-34 с CASP.

Наконец, заказ белковых структур ни к чему не обязывает сотрудников Института белка. Они просто получат модели интересующих их белков и решат, полезны эти модели им или нет. Если полезны, сотрудничество продолжается, если нет, "на нет и суда нет".

С уважением,
Ваш А.Кушелев
8-926-5101703
8-903-2003424
8-916-8265031