1

Тема: Структурный шаблон от Виктории Соколик

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 98  414

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Структурный шаблон от Виктории Соколик

Виктория Соколик: Не берусь расписываться за Кушелева, но я на конкурс 2011 выкладывала координатные файлы декодированных СТРУКТУРНЫХ ШАБЛОНОВ (исходники или прообразы готовых белков), а не сфолдированные функциональные конформации заданных белков. Поэтому и результат был не самым блестящим. Делать виртуальный фолдинг структурного шаблона у меня ещё нет компьютерных мощностей и времени. А очень бы хотелось поучаствовать в очередном предсказательном конкурсе по полной программе, а не только со скромными (но самыми правильными:)) результатами работы моей программы Молекулярный конструктор.

Александр Кушелев:  Угол поворота тРНК не совпадает с углом между остатками аминокислот в альфа-, 310-, пи-, бета-спиралях, измеренный относительно осей симметрии спиралей. Поэтому углы поворота tRNA отличаются на 120 градусов, а углы в белковых спиралях, т.е. уже вокруг оси симметрии белковых спиралей получаются ~120 для 310-спирали, ~100 для альфа-спирали, ~87 для пи-спирали и больше 180 для бета спирали. Таким образом Вы называете фолдингом пересчет углов в другую систему координат. Подробнее: https://subscribe.ru/archive/science.ne … 0723.html/

2

Re: Структурный шаблон от Виктории Соколик

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 98 682

Структурный шаблон от Виктории Соколик

Уважаемая Виктория!

Я предлагаю Вам заменить термин "шаблон" на термин "структура" белка. Это связано с тем, что на уровне вторичной структуры нет фолдинга, а то, что Вы называли фолдингом вторичной структуры, является пересчёт углов из системы координат, привязанной к пептидной группе, в систему координат, привязанную к оси симметрии белковой спирали. Этот пересчет - математическая операция, которая не меняет углы физически. Так же, как пересчет тетраэдрического угла в другую систему координат не деформирует тетраэдр.

Подробнее: Структурный шаблон от Виктории Соколик

https://studfiles.net/html/2706/287/html_gdNQmmnLVH.JdbX/img-Q8RtHf.png

Хотя проекция этого угла на произвольную плоскость будет отличаться от 109 градусов smile

http://www.razlib.ru/himija/kratkaja_istorija_himii_razvitie_idei_i_predstavlenii_v_himii/pic_16.jpg