1

Тема: Общество вимановладельцев-2

Предыдущая часть темы: http://nanoworld.org.ru/topic/728/page/103/

2

Re: Общество вимановладельцев-2

https://www.researchgate.net/publicatio … _and_Tools

https://www.igi-global.com/chapter/prot … ing/151894

Эту главу выложила и высветила ссылку https://www.researchgate.net/profile/Sonika_Bhatnagar, одна из соавторов книги.

https://img-fotki.yandex.ru/get/1352418/249950893.3/0_176742_6ba26504_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/1352769/249950893.3/0_176743_fe6a57ca_orig.png






Dear Ms. Sonika Bhatnagar and co-authors!
Many thanks for the valuable opportunity to read Chapter 14 of your book.

We took the liberty to speak not of the prediction, but of the exact modeling of the structures of proteins
The protein picotechnology has been developed by us since 1992 as a method for the exact spatial representation of protein molecules without any ambiguity  or  uncertainty.
We do have strict structural patterns  and their assembling algorithms for the precise determination of protein structures.
We justify this possibility in our publications  and in presentations

Perhaps this will in some measure useful for you as addition to your R & D https://www.researchgate.net/project/Ex … -picometer Sinсerely Tatyana Ryasina

3

Re: Общество вимановладельцев-2

Резюме по структурным задачкам на сегодня

1) Protein Kinase C http://nanoworld.org.ru/post/104086/#p104086
2) Rutiximab http://nanoworld.org.ru/post/104094/#p104094
3) Нужна модель белка , белок не обозначен http://nanoworld.org.ru/post/104095/#p104095

Всем отправлю запрос на на  нуклеотидную последовательность. И предложу чтобы мы сделали вторичную структур и пространственную модель.

4

Re: Общество вимановладельцев-2

http://nanoworld.org.ru/post/104086/#p104086

https://www.researchgate.net/post/Where … l_isoforms

Dear  Mr. Pedro Manuel Guillem Gloria !

We could fulfill for you 2D and 3D structures of your protein complex if you sent us its nucleotide sequence.

You can see a brief presentation of Protein Picotechnology here https://www.researchgate.net/project/Ex … -picometer

We took the liberty to speak not of the prediction, but of the exact modeling of the structures of proteins. The Picotechnologyeines of Proteines has been developed by us since 1992 . We do have strict structural patterns  and their assembling algorithms for the precise determination of protein structures for different types, sizes and shapes of molecules . We justify this possibility in our publications  and in presentations.

If you are willing to try, please send me a message with the nucleotide sequence of your protein complex. Or you can send it directly to the author of the method Alexander Kushelev , kushelev20120@yandex.ru

Sincerely, Tatyana Ryasina

5

Re: Общество вимановладельцев-2

http://nanoworld.org.ru/post/104094/#p104094

https://www.researchgate.net/post/How_d … gments_PDB

Dear  Mr. Ruhshan Ahmed Abir !

We could fulfill for you 2D and 3D structures of your protein complex if you sent us its nucleotide sequence.

You can see a brief presentation of Protein Picotechnology here https://www.researchgate.net/project/Ex … -picometer

We took the liberty to speak not of the prediction, but of the exact modeling of the structures of proteins. The Picotechnologyeines of Proteines has been developed by us since 1992 . We do have strict structural patterns  and their assembling algorithms for the precise determination of protein structures for different types, sizes and shapes of molecules . We justify this possibility in our publications  and in presentations.

if you are willing to try, please send me a message with the nucleotide sequence of your protein complex. Or you can send it directly to the author of the method Alexander Kushelev , kushelev20120@yandex.ru

Sincerely,
Tatyana Ryasina

6

Re: Общество вимановладельцев-2

http://nanoworld.org.ru/post/104086/#p104086

https://www.researchgate.net/post/Where … l_isoforms

Ответ:

Спасибо, Татьяна.

Я студент-студент, и белок предназначен для академических упражнений, требуемых для краткого исследования того, как этот белок присоединяется к определенному пептиду.

Большинство общедоступных PDB-моделей с открытым исходным кодом в настоящий момент отлично справятся.

Спасибо за ваше предложение.

7

Re: Общество вимановладельцев-2

Татьяна Рясина пишет:

http://nanoworld.org.ru/post/104086/#p104086

https://www.researchgate.net/post/Where … l_isoforms

Ответ:

Спасибо, Татьяна.

Я студент-студент, и белок предназначен для академических упражнений, требуемых для краткого исследования того, как этот белок присоединяется к определенному пептиду.

Большинство общедоступных PDB-моделей с открытым исходным кодом в настоящий момент отлично справятся.

Спасибо за ваше предложение.

Предложите  ему проверить вторичную структуру белков, с которыми он работает. Скажите, что новая технология надёжнее, а РСА не может отличить даже пи-спираль от альфа-спирали, поэтому модели из PDB часто не соответствуют реальности даже на уровне вторичной структуры. Кроме того РСА может "не заметить" 30-40 аминокислотных остатков, т.к. эти "хвосты" не фиксируются в кристалле.

8

Re: Общество вимановладельцев-2

https://www.researchgate.net/post/Why_D … simulation
Why DNA residues loss planarity after MD simulation?


https://www.researchgate.net/profile/Amen_Shamim

У меня есть структура кристалла ДНК после мутации и протонирования, я следил за явными стадиями моделирования MD янтаря16. На этапе минимизации структура показала некоторые изменения, но после урановешивания структура не является строгальной.


В 20 производственном опыте, первый и последний остатки сильно изменились. Вы знаете какое-либо предположение, почему эти остатки теряют планартность (плоскостность) ? Как я могу сделать более симулированную модель в янтаре16 без потери планартности?
При предварительной обработке я использовал такие силовые поля,



https://www.researchgate.net/profile/Martin_Klvana

Это явление называется «измельчение базовой пары». Клеммные пары оснований, как правило, нестабильны в решении, и, тем более, в MD моделирования. Если вас не интересует поведение терминалов, и пока эта терминальная неустойчивость не распространяется на соседние базовые пары, вы можете игнорировать ее.
Статья https://www.researchgate.net/publicatio … NA_and_RNA



https://www.researchgate.net/profile/Amen_Shamim
Дорогой Мартин Клвана,
Спасибо за ваш ценный ответ. Эти первые и последние остатки являются частью нашей неканонической структуры, и я также пробовал моделирование MD после добавления цикла с обоих концов, но в этом случае вся структура теряла плоскостность.
Можно ли каким-либо образом применять умеренные ограничения в этих остатках?

https://www.researchgate.net/profile/Ra … ari_Salmas
Вы должны быть осторожны в том, как постепенно предварительно уравновешивать вашу систему; вначале структура ДНК должна быть почти жесткой, или вы можете применить гармонические ограничения, в то время как молекулы воды свободны.

https://www.researchgate.net/profile/Ranylson_Savedra
Я согласен с Рамином Эхтейари Салмасом, имейте в виду, что минимизация энергии будет стабилизировать состояние при T = 0K. т.е. будет высокое тепловое изменение энергии между начальным состоянием и имитируемым MD. Поэтому разумный протокол заключается в стабилизации энергий растворителей вокруг жесткой макромолекулы. После этой предварительной обработки примените шаги уравновешивания к системе.

https://www.researchgate.net/profile/Amen_Shamim
Я буду применять эти предложения. Спасибо

https://www.researchgate.net/profile/Amen_Shamim
В прошлый раз я делал минимизацию, удерживая растворенное вещество фиксированным, применяя гармонические ограничения, а на втором этапе минимизировал всю систему. Могу ли я пропустить этот шаг для минимизации всей системы?
Затем нагревал со слабыми ограничениями 10,0 и tempi = 0,0, temp0 = 300,0. После этого в уравновешенном состоянии вся система без каких-либо ограничений в tempi = 300,0, temp0 = 300,0.
Это моя предыдущая стратегия, могу ли я усилить сдерживание в моем растворе?

https://www.researchgate.net/profile/Andrey_Zimin
Теперь ребята, пожалуйста, посмотрите на меня и послушайте.
Квантовые химики отстают.
Подождите и позвольте мне помочь вам сделать настоящую науку. Я обещаю ответить на все ваши вопросы.








https://www.researchgate.net/post/How_c … mCsETyk5_1

В процессе проверки нового поликлонального первичного антитела для вестерн-блоттинга я обнаружил некоторые странные результаты.
Антитела очищали с использованием аффинного хроматографа из-за первоначального вестерн-блоттинга против клеточного лизата, который обнаруживал многие неспецифические полосы. Очищенное антитело способно распознавать рекомбинантный белок, переносимый из SDS-PAGE.
Однако, когда я пытался использовать это антитело для обнаружения белка из клеточного лизата (также SDS-PAGE), я не видел сигнала. Также странным было наблюдение, что меченый целевой белок eYFP можно обнаружить в одном и том же западном.
Надеюсь услышать все ваши идеи о том, как это может произойти!





https://www.researchgate.net/post/What_ … mCsETyk5_3

Коллеги, я хочу извлечь гены, относящиеся к colorectum, но база данных TIGER только показала тканевую картину толстой кишки. Пожалуйста, предложите любую базу данных, которая может дать EST или профиль экспрессии этой ткани.

9

Re: Общество вимановладельцев-2

https://www.researchgate.net/post/How_c … ell_lysate

Как первичное антитело обнаруживает рекомбинантный белок, но не белок из клеточного лизата?


В процессе проверки нового поликлонального первичного антитела для вестерн-блоттинга я обнаружил некоторые странные результаты.
Антитела очищали с использованием аффинного хроматографа из-за первоначального вестерн-блоттинга против клеточного лизата, который обнаруживал многие неспецифические полосы. Очищенное антитело способно распознавать рекомбинантный белок, переносимый из SDS-PAGE.
Однако, когда я пытался использовать это антитело для обнаружения белка из клеточного лизата (также SDS-PAGE), я не видел сигнала. Также странным было наблюдение, что меченый целевой белок eYFP можно обнаружить в одном и том же западном.
Надеюсь услышать все ваши идеи о том, как это может произойти!



https://www.researchgate.net/profile/Luciano_Huergo
Я бы сначала проверил пределы обнаружения вашего вестерн-блоттинга, выполнив кривую разбавления вашего очищенного рекомбинантного белка. С этим результатом под рукой вы можете иметь грубую идею о том, сколько вашего белка вам нужно иметь в экстракте клетки, чтобы получить обнаружение
Если ваш антибиотик работает хорошо, возможно, вы находитесь ниже пределов обнаружения из-за плохого или даже никакого выражения у всего вашего целевого белка в клеточном лизате
Обратите внимание, что в случае целевого белка eYFP у него могут быть разные коэффициенты поворота - стабильность из-за tagg, и это может объяснить ваши результаты

10

Re: Общество вимановладельцев-2

https://www.researchgate.net/post/how_c … sh_objects

Как мы можем использовать волны, чтобы толкать объект?



a few seconds ago

Tatyana Ryasina
Added an answer

Dear Mr. Mohsen Darabi !

We can make an engine that repels from the ether. https://www.researchgate.net/project/Ru … ickThrough

The paradigm of the ether was suggested by Maxwell. Today we can expand somewhat the Maxwell's model - basing on modern research .
https://www.researchgate.net/project/Ne … -phenomena

Sincerely, Tatyana Ryasina