1

Тема: Фрактальные структурные/архитектурные перевертыши

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 94 022

Фрактальные структурные/архитектурные перевертыши

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Заказ 2018-01-01_01:

Монстр третьей хромосомы

Monster of the third chromosome

>NP_060876.5 fragment
atg
acccctcttcctgtcaccgacgcttcctcagtgtccacagatcacgccacctctcttcctgtaaccat
cccttccgcagcatccacaggtcacaccacccctcttcctgtcaccgacacttcctcagcatccacaggt
caggccacctctcttcttgtcaccgacacttcctcagtatccacaggtgacaccacgcctcttcctgtca
ctagcacttcctcagcatccacaggtcacgtcactcctcttcatgtcaccagcccttcctcagcatccac
aggtcacgccacccctcttcctgtcaccagcctttcctcagcatccacaggtgacaccatgcctcttcct
gtcactagcccttcctcagcatccacaggtgacaccacccctcttcctgtcaccgacgcttcctcagtat
ccacaggtcacaccacccctcttcatgtcactgatgcttcctcagcatccacaggtcaggccacccctct
tcctgtcaccagcctttcctcagtatccacaggtgacaccacgcctcttcctgtcactagcccttcctca
gcatccacaggtcacgccacccctcttcttgtcaccgacacttcctcagcatccacaggacacgccaccc
ctcttcctgtcaccgacgcttcctcagtgtccacagatcacgccacctctcttcctgtaaccatcccttc
cgcagcatccacaggtcacaccacccctcttcctgtcaccgacacttcctcagcatccacaggtcaggcc
acctctcttcttgtcaccgacacttcctcagtatccacaggtgacaccacgcctcttcctgtcactagca
cttcctcagcatccacaggtcacgtcactcctcttcatgtcaccagcccttcctcagcatccacaggtca
cgccacccctcttcctgtcaccagcctttcctcagcatccacaggtgacaccatgcctcttcctgtcact
agcccttcctcagcatccacaggtgacaccacccctcttcctgtcaccgacgcttcctcagtatccacag
gtcacaccacccctcttcctgtcaccagcccttcctcagcatctacaggtcacaccacccctcttcctgt
caccgacacttcctcagcatccaaaggtgacaccacccctcttcctgtcaccagcccttcctcagcatct
acaggtcacaccacccctcttcctgtcaccgacacttcctcagcatccacaggtgacaccacccctcttc
ctgtcaccaatgcttcctcattatccacaggtcacgccacccctcttcatgtcaccagcccttcctcagc
atccacaggtcacgccacccctcttcctgtcaccagcacttcctcagcatccaccggtcacgccacccct
cttcctgtcaccggcctttcctcagctaccacagatgacaccacccgtcttcctgtcaccgacgtttcct
cggcatccacaggtcaggccacccctcttcctgtcaccagcctttcctcagtatccacaggtgacaccac
gcctcttcctgtcactagcccttcctcagcatccacaggtcacgccagccctcttcttgtcactgacgct
tcctcagcatccacaggtcaggccacccctcttcctgtcaccgacacttcctcagtatccacagctcacg
ccaccccacttcctgtcaccggcctttcttcagcttccacagatgacaccacccgtcttcctgtcaccga
cgtttcctcggcatccacaggtcaggccatccctcttcctgtcaccagcccttcctcagcatccacaggt
gacaccacccctcttcctgtcaccgacgcttcctcagcatccacaggtgacaccacctctcttcctgtca
ccatcccttcctcagcatcttcaggtcacaccacctctcttcctgtcaccgacgcttcctcagtgtccac
aggtcacgccacctctcttcttgtcaccgacgcttcctcagtatccacaggtgacaccacccctcttcct
gtcaccgacactaactcagcatccacaggtgacaccacccctcttcatgtcaccgacgcttcctcagtat
ccacaggtcacgccacctctcttcctgtcaccagcctttcctcagcatccacaggtgacaccacgcctct
tcctgtcactagcccttcctcagcatcctcaggtcacaccacccctcttcctgtcaccgacgcttcctca
gtacccacaggtcacgccacctctcttcctgtcaccgacgcttcctcagtgtccacaggtcacgccaccc
ctcttcctgtcaccgacgcttcctcagtgtccacaggtcatgccacccctcttccggtcaccgacacttc
ctcagtatctacaggacaggccacccctcttcctgtcaccagcctttcctcagcatccactggtgacacc
acgccgcttcctgtcaccgatacttcctcagcatccacaggtcaggacacccctcttcctgtcaccagcc
tttcctcagtatccacaggtgacaccacgcctcttcctgtcactaacccttcctcagcatccacaggtca
cgccacccctcttcttgtcaccgacgcttcctcaatatccacaggtcacgccacctctcttcttgtcacc
gacgcttcctcagtatccacaggtcacgccaccgctcttcatgacaccgatgcttcctcattatccacag
tga

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/508799/158289418.4bc/0_18a503_a013567f_orig.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/900241/158289418.4bc/0_18a504_b4065481_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/900241/ … 1_orig.png

3D модель:

https://img-fotki.yandex.ru/get/900241/158289418.4bc/0_18a502_98c45a81_XL.png

Кушелев: Мы видим фрагмент "монстра" третьей хромосомы, который по существу является ... фрактальным структурным (архитектурным) перевертышем! Его структура возвращается не только на фрактальном уровне вторичной структуры, но и на фрактальном уровне программной спирали! Тут уже о случайных совпадениях не может быть и речи, т.к. вероятность случайного образования фрактального перевертыша такого размера порядка 4^-900 = 10^-540, т.е. ноль целых и 540 нулей после запятой smile

2

Re: Фрактальные структурные/архитектурные перевертыши

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 94 023

Фрактальные структурные/архитектурные перевертыши

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Татьяна Рясина пишет:

Александр Юрьевич,
что означает фрактальный перевёртыш
структурный перевёртыш
Что относительно чего перевёрнуто?
Что значит, что структура возвращается
на уровне вторичной структуры
на фрактальном уровне программной спирали

Что там имеет свойство фрактальности?
Фрактальность - самоподобие?

Что самоподобно чему?

Как Вы сделали эту 3D  структуру?
Она сделана из программных спиралей?

Суставы есть в этом фрагменте белка?

Для МФТИ сделаете 3D&

Кушелев: Знакомиться с фрактальными структурными/архитектурными перевертышами нужно постепенно.

Сначала узнать, что такое перевертыш вообще. Это когда что-то переворачивается с сохранением некого свойства. В случае структурного перевертыша вторая половина структуры возвращается к началу первой. Представьте, что Вы прошли половину некоторого маршрута, развернулись и вернулись обратно практически по той же траектории. Это я называю структурным перевертышем белковой структуры. В отличие от маршрута на плоской поверхности, траектория вторичной структуры белка пролегает в пространстве, образуя 3D структуру. Поэтому возвращение вдоль 3D траектории - более сложная задача. чем возвращение вдоль плоской траектории. Тем не менее во многих белках это происходит. Причём реализуется просто. Реверсом композиционных кодов. Этот метод одинаково хорошо работает и на плоскости, и в пространстве. На плоскости его легко представить последовательностью команд: Прямо, налево, направо, кругом. Если первая половина задана последовательностью: прямо, прямо, прямо, налево, прямо, направо, прямо, прямо, то вторая половина перевертыша должна быть задана командами: кругом, прямо, прямо, налево, прямо, направо, прямо, прямо, прямо. В случае 3D-траектории достаточно реверсировать последовательность композиционных кодов. Например,

http://nanoworld88.narod.ru/data/210_files/0_480df_c1431c83_orig.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/210.htm

Нюансом структурных перевертышей белков является набор композиционных кодов для команды "кругом". Одним из таких наборов является последовательность кодов 131. Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 000509.htm

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/slides/f&m/188.jpg http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/slides/f&m/187.jpg

Далее от простых перевертышей можно переходить к фрактальным. Для этого нужно ознакомиться с программными спиралями, которые по существу являются фрактализацией фундаментальных спиралей белков.

Что касается самоподобия фракталов, то нетрудно увидеть, что программные спирали подобны фундаментальным. Это спирали, состоящие из спиральных элементов. Программные спирали могут иметь неограниченное число фрактальных уровней. Реальные белки естественно имеют ограничение, которое можно назвать рекордным значением числа фрактальных уровней в геноме данного организма.