441

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

aest пишет:

А все ли они такие или нет мне неизвестно.

На этой "оптимистической" ноте предлагаю закруглить дискуссию.

442

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

http://img-fotki.yandex.ru/get/2708/158289418.195/0_fc3b9_fb8aea95_orig.jpg
Судя по этой схеме, Виктория отмеряет углы поворота tRNA вокруг оси белковых спиралей.

Увжаемая Виктория! А Вас не смутил угол 0 градусов? Или Вы его "смело заменили" на 180 градусов? smile

Кстати, эту ошибку легко исправить.

Достаточно организовать "фолдинг" таблицы композиционных углов от Виктории Соколик, чтобы получилась таблица композиционных углов от Александра Кушелева.

Сами структуры белков фолдировать не нужно. Достаточно фолдировать  таблицу углов smile

А я никак не мог понять, откуда Вы такие углы берете? Это можно назвать "антифолдинг" таблицы композиционных углов smile Осталось добавить "фолдинг" таблицы композиционных углов,

"и всех делов" smile

http://www.nanoworld.org.ru/data/20040222/20040621/rm_08.jpg
Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/200402 … images.htm

Получается, что Вы не показывали Prosolver иллюстрации, где показано, вокруг каких осей вращаются модели аминокислотных остатков?

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2p.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2l.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2t.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2f.gif

Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 011202.htm

Есть же описание алгоритма от Евгения Неделько, которое находится в открытом доступе с 1998 года.

В программе Неделько выводились только координаты центров атомов, а углы были взяты у Рамачандрана. Это уже в более поздней версии Дениса Савина программа скрипт стала выводить не только координаты центров атомов, но и кольцегранные оболочки. Помню Вы там ещё ошибку нашли. Правда, программа правильно заработала после исправления второй ошибки. Оказалось, что Денис Савин перепутал в одном месте координату в уравнениях. Потом мы с Валентином поменяли зеркальные отражения аминокислотных остатков на правильные и промасштабировали модели по экспериментальным данным.

Кстати, в программе Дениса Савина вращение тоже реализовано не вокруг одной оси, как было бы естественно, а последовательно вокруг трёх декартовых осей. Это уже связано с вычислительной средой. При этом сначала оказалось, что все спирали строятся правильно, а изломы спиралей неправильно. Выяснилось, что правильные углы между спиралями разных типов получаются при правильном задании начала отсчета углов. Другими словами, нужно поставить аминокислоту в правильную позицию, правильно сориентировать по всем трем осям, после чего получаются корректные модели белков. Но это только геометрический уровень.

443

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Кушелев: Борман прислал по почте 2 эмоциональных письма. Мат я заменил на ***

Письмо N1:

Borman пишет:

Брехло косорылое, как будешь отбёхиваться на очередное наше разоблачение? А то я смотрю, что ты даже не в курсе. Давай, ищи свежий проксик и *** читать: ***

Кушелев: Цена Вашим разоблачениям, как показывает практика предыдущих "разоблачений" равна нулю.

https://img-fotki.yandex.ru/get/5627/158289418.4b0/0_188f63_69cf81ac_L.png

Прокси-серверами я не пользуюсь. На Вашей тусовке мой IP адрес заблокирован, поэтому прочесть там я ничего не могу. Я вообще не понимаю, на что Вы рассчитываете? Кто же в закрытую дверь приглашает? Вы мне старый анекдот напомнили: "Сам за рулём, сам и тормози!" smile

Письмо N2:

Borman пишет:

Инвестор, ***, SB косоголовый, который делает фотки фейковых экспериментов на твой фотик, скотина ты тупая, и суёт свои корявые пальцы под волновод включённого пятиваттного магнетрона. На кого эта *** вообще рассчитана? До чего же ты и твои лизоблюды ***!!!!!

Кушелев: С чего Вы решили, что кто-то фотографирует на мой фотик? Почему Вы решили что магнетрон пятиваттный? В импульсе там 10 кВт. Кстати, на Заводе при мне профи сунул пальцы слишком близко к открытому волноводу 50-киловаттного магнетрона. Обжегся, но не сильно. И там скважность была не 3000, а 1000. Т.е. средняя мощность 50 Вт. И даже волдырь не вскочил. Так что Вы там мозги-то включите wink

444

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Skype, 2017-12-11:

[19:49:19] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! Мне в институте белка (Пущино) сказали, что рентгеноструктурный анализ белков делают только в Курчатовском. А в институте белка обещали повесить моё приглашение на онлайн-сервис.
Пытаюсь достучаться до Курчатовского, но что-то глухо:
---
На случай, если письмо не дошло, повторяю...
-------- Пересылаемое сообщение  --------
08.12.2017, 15:23, "Александр Кушелев" <79265101703@yandex.ru>:
На случай, если письмо не дошло, повторяю...
-------- Пересылаемое сообщение --------
07.12.2017, 19:10, "Александр Кушелев" <79265101703@yandex.ru>:

Предложение для Курчатовского института: http://nanoworld.org.ru/topic/1872/
С уважением,
Руководитель лаборатории Наномир,
Александр Кушелев.
8-926-5101703
8-903-2003424
8-916-8265031
-------- Конец пересылаемого сообщения --------
-------- Конец пересылаемого сообщения --------
[19:54:21] Alexander: А где ссылка нас страничку где можно загрузить файл с последовательностью белка и получить 3D-картинку в ответ ?
[19:54:38] Alexander: ведь именно этои нужно и распространять
[19:58:58] Кушелев Александр Юрьевич: В письме для Курчатовского института: http://nanoworld.org.ru/topic/1872/
[19:59:19] Alexander: это ссылка на форум
[19:59:21] Кушелев Александр Юрьевич: Они же не пойдут по ссылке, если не прочитают письмо
[19:59:44] Кушелев Александр Юрьевич: Тема на форуме так и называется: Предложение для Курчатовского института.
[19:59:55] Кушелев Александр Юрьевич: Поленились кликнуть на ссылке?
[20:00:10] Alexander: киньте сюда ссылку плз
[20:00:14] Alexander: не могу найти
[20:00:25] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/topic/1872/
[20:00:33] Кушелев Александр Юрьевич: Третий раз подряд кидаю...
[20:00:50] Alexander: это тоже ссылка на форум
может я не так открываю ?
[20:01:06] Alexander: куда загружать свои структуры ?
[20:01:30] Alexander: у вас есть автоматический сервис ?
[20:01:46] Кушелев Александр Юрьевич: Загружать нужно прямо в этой теме: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/
[20:01:58] Кушелев Александр Юрьевич: Публикуете заказ, а я в этой же теме публикую результат
[20:02:16] Alexander: ваша программа все это делает автоматически ?
[20:02:21] Кушелев Александр Юрьевич: Это онлайн-сервис, но в полуавтоматическом режиме
[20:02:24] Alexander: зачем нужен форум ?
[20:02:39] Кушелев Александр Юрьевич: Программа пока не может сама на форум загружать. Это будет позже
[20:02:58] Кушелев Александр Юрьевич: Форум нужен для того, чтобы все читатели видели примеры уже выполненных заказов
[20:03:05] Alexander: а форум тут и не нужен совсем
нужна форма запроса файла
и показа результата
[20:03:16] Кушелев Александр Юрьевич: Мне на форуме проще
[20:03:24] Кушелев Александр Юрьевич: И полезнее
[20:03:36] Alexander: боюсь что форумом вы отпугнете 99% потенциальных клиентов
[20:03:39] Кушелев Александр Юрьевич: Пока халява, лучше, чтобы она работала на форуме
[20:03:53] Alexander: сделайте простую форму
[20:04:03] Кушелев Александр Юрьевич: Клиентам можно предложить варианты. Как на конкурсе CASP
[20:04:14] Кушелев Александр Юрьевич: Либо по электронной почте, либо на сайте (на форуме)
[20:04:32] Кушелев Александр Юрьевич: Проще, чем на форуме уже не сделать.
[20:04:43] Кушелев Александр Юрьевич: Тем более, что форум уже функционирует, а форма нет.
[20:04:54] Alexander: не это все снижает отклик клиентов на порядки
это я вам как профи говорю, бесплатно
[20:05:13] Кушелев Александр Юрьевич: Ну придумайте, как лучше. С учётом того, что денег у меня нет
[20:05:19] Кушелев Александр Юрьевич: А форум есть.
[20:05:41] Кушелев Александр Юрьевич: Вы же знаете поговорку "Дарёному коню в зубы не смотрят"
[20:06:06] Кушелев Александр Юрьевич: Если халява, то какая им разница, по почте получить халявный результат, на форуме или на через какую-то форму?

445

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

[20:06:25] Alexander: если у человека есть интерес
он кричит Вася, смотри какая прикольная штука
ты над чем ща работаешь  ?
Давай забьем чисто по приколу твой белок
И сразу видят картинку и охуевают от вашего гения !
[20:06:58] Alexander: а на форум глянут,матернутся, не фига не понятно
и ничего не сдлают
[20:08:24] Alexander: если у вас есть все программы это можно все сделать ну за день
[20:08:25] Кушелев Александр Юрьевич: А какая разница, где размещена форма, в виде отдельной темы форума или нет?
[20:08:46] Alexander: и мне непонятно почему вы этоне сделали до сих пор...
[20:09:14] Кушелев Александр Юрьевич: Мой программист не может пока доделать программу, которая закачивала бы фотки на Яндекс-фотки и размещала ответ на форуме.
[20:09:23] Alexander: еще раз АЮ
человек хочет ввести данные и получить р-т мгновенно
[20:09:31] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы почему не сделали, если можете? Деньги же будут немеренные
[20:09:44] Кушелев Александр Юрьевич: Мгновенно не получится по-любому
[20:09:44] Alexander: ну значит наймите другого
тут работы на полчаса посерьезному
[20:09:55] Кушелев Александр Юрьевич: Ну сделайте, а деньги поделим
[20:09:58] Кушелев Александр Юрьевич: Триллионы...
[20:10:29] Кушелев Александр Юрьевич: Мой программист так замотан на работе, что одно число заменял в программе 2 недели
[20:10:40] Кушелев Александр Юрьевич: а работа растянулась на десятилетия...
[20:11:14] Alexander: я готов сделать Вам автоматический сервис исходя из 2тр за час работы
[20:11:38] Кушелев Александр Юрьевич: Я же сказал, что у меня денег нет. Возьмёте с триллионов будущей прибыли сколько захотите

446

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

[20:15:03] Alexander: ну 2тр в час нормальная цена
тут работы немного -
аналитик проработает функционал сервиса   
дизайнер нарисует вам формочку
программист все сделает
я думаю 50тр всего денег то
и поддержка бесплатная месяц
[20:15:53] Alexander: этопри условии вашего хостинга
[20:19:02] Кушелев Александр Юрьевич: Ну подождите, когда у меня появятся деньги smile
[20:24:29] Alexander: ну вам виднее насколько вам этот сервис нужен
вот только может потратить немного денеги обсудить задачу с теми кто бьется на реальных сайтах за каждого человека
[20:25:00] Alexander: они свой хлеб зря не едят и знают как заинтересовать и тп

447

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Kushelev пишет:
Victoriy пишет:
Kushelev пишет:

Уважаемая Виктория! Вы же меня по этой научной статье нашли smile Ваш статистический анализ безусловно лучше. Я же не спорю. А то, что не выявлена корреляция между моделями альфа-спирали и 310-спирали, это проблема РСА, который даже пи-спираль от альфа-спирали отличить не может.

Где значение коэффициентов корреляции? Кенделла, Спирмана или какую Вы считали? Если Вы НЕ СЧИТАЛИ корреляцию, то и не придумывайте ).

Кушелев: Вот же статья, по которой Вы меня нашли: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … /index.htm

Это усеченный вариант самой первой статьи, которая готовилась в журнал Биохимия: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 000509.htm

Цитата: В нашей выборке из 15 имеем 14 положительных и одно отрицательное отклонение (оно относится к прокариотическому белку, который не обязан подчиняться нашей таблице).

Z = ((14-0.5)-15/2)/корень(15/2) = (13.5-5)/корень(7.5) = 3.10

Из таблицы значений Z можно узнать, что для уровня значимости 0.01 Z составляет 2.33. Поскольку полученная нами величина оказалась выше табличной, нулевую гипотезу следует отвергнуть. Значит, существует корелляция между данными, полученными путем преобразования нуклеотидной последовательности белков (по ТКК) и данными рентгеноструктурного анализа этих белков. Если не учитывать данные по белкам прокариот, то корреляция возрастет.
Конец цитаты.

Кушелев: Конечно, выборка небольшая, но результат вполне достоверный.

Коэффициент корреляции - это статистический показатель зависимости двух случайных величин. Коэффициент корреляции может принимать значения от -1 до +1. При этом, значение -1 будет говорить об отрицательной корреляции между величинами, 0 - о нулевой корреляции, а +1 - о полной корреляции величин.
Добавлю, что речь идет о коэффициентах r или p.
Вы посчитали какое-то Z, которое получилось аж 3,1 и выдаете мне за неведомую для биологов корреляцию.

448

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Kushelev пишет:

http://img-fotki.yandex.ru/get/2708/158289418.195/0_fc3b9_fb8aea95_orig.jpg
Судя по этой схеме, Виктория отмеряет углы поворота tRNA вокруг оси белковых спиралей.

Увжаемая Виктория! А Вас не смутил угол 0 градусов? Или Вы его "смело заменили" на 180 градусов? smile

Кстати, эту ошибку легко исправить.

Достаточно организовать "фолдинг" таблицы композиционных углов от Виктории Соколик, чтобы получилась таблица композиционных углов от Александра Кушелева.

Сами структуры белков фолдировать не нужно. Достаточно фолдировать  таблицу углов smile

А я никак не мог понять, откуда Вы такие углы берете? Это можно назвать "антифолдинг" таблицы композиционных углов smile Осталось добавить "фолдинг" таблицы композиционных углов,

"и всех делов" smile

http://www.nanoworld.org.ru/data/20040222/20040621/rm_08.jpg
Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/200402 … images.htm

Получается, что Вы не показывали Prosolver иллюстрации, где показано, вокруг каких осей вращаются модели аминокислотных остатков?

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2p.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2l.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2t.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2f.gif

Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 011202.htm

Есть же описание алгоритма от Евгения Неделько, которое находится в открытом доступе с 1998 года.

В программе Неделько выводились только координаты центров атомов, а углы были взяты у Рамачандрана. Это уже в более поздней версии Дениса Савина программа скрипт стала выводить не только координаты центров атомов, но и кольцегранные оболочки. Помню Вы там ещё ошибку нашли. Правда, программа правильно заработала после исправления второй ошибки. Оказалось, что Денис Савин перепутал в одном месте координату в уравнениях. Потом мы с Валентином поменяли зеркальные отражения аминокислотных остатков на правильные и промасштабировали модели по экспериментальным данным.

Кстати, в программе Дениса Савина вращение тоже реализовано не вокруг одной оси, как было бы естественно, а последовательно вокруг трёх декартовых осей. Это уже связано с вычислительной средой. При этом сначала оказалось, что все спирали строятся правильно, а изломы спиралей неправильно. Выяснилось, что правильные углы между спиралями разных типов получаются при правильном задании начала отсчета углов. Другими словами, нужно поставить аминокислоту в правильную позицию, правильно сориентировать по всем трем осям, после чего получаются корректные модели белков. Но это только геометрический уровень.

В монографии с картинками показаны оси вращения и точки отсчета углов, которые реализованы в моей программе. Я умышлено не шла по Вашему пути трех осей и углов для них, чтобы не повторять Ваших заблуждений. Читайте матчасть. Кстати Prosolver здесь совсем не причем, а программу Молекулярный конструктор написал Сергей Мельник по моему алгоритму.

449

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Skype, 2017-12-11:

[22:12:09] Alexander Alexander: https://www.youtube.com/watch?v=fxRJ8oCvbIE
[22:12:27] Alexander Alexander: ПЛАЩЬ  НЕВИДИМКА
[22:15:07] Кушелев Александр Юрьевич: "Что ты всему веришь, Макклай?" (Из фильма "Назад, в будущее!")

450

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 381

Готовится 637-ой выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"

http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Дайджест:

637 Фолдинг есть, но на уровне третичной структуры белка. На уровне вторичной структуры его нет.

https://img-fotki.yandex.ru/get/39073/158289418.4b0/0_188d68_2a2cc483_orig.jpg