411

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Kushelev пишет:
Victoriy пишет:

АБСОЛЮТНОГО не соответствующие реальному механизму трансляции белка.

А соответствует очередь протонов на образование водородных связей в альфа-спирали на выходе из канала рибосомы? wink

Вы же не исповедуете идиш, откуда такой еврейский ответ?

412

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Kushelev пишет:
aest пишет:
Kushelev пишет:

Кушелев: Сказать - одно, а сделать - другое. Или Вы словами строите? wink

https://img-fotki.yandex.ru/get/5403/158289418.4b0/0_188da3_ec3e9786_orig.jpg
"Я припарковалась правильно"

Мозги все таки включить не удалось. Тут уже медицина бессильна..

А Вы проверьте, кому не удалось включить мозги. А то будете, как эта блондинка wink

Вы же сначала вообще думали, что в треугольнике это можно сделать. Но теперь уже иначе считаете, верно? Так у кого мозги в отключке? wink

Треугольник это умышленная ошибка. Ловушка на дурака. Кто ошибку замечает, но не предлагает заменить треугольник на многоугольник с бОльшим количеством углов (как в реальном белке), тому научная истина не интересна wink

413

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Victoriy пишет:
Kushelev пишет:
aest пишет:

переложили типа бремя доказывания

Кушелев: Я продемонстрировал Пикотех в работе. Провёл анализ, который показал достоверную корреляцию с данными РСА.

Приведите пожалуйста значения коэффициентов корреляции и их достоверности в следующем сообщении с указанием объема анализируемой выборки.

Уважаемая Виктория! Вы же меня по этой научной статье нашли smile Ваш статистический анализ безусловно лучше. Я же не спорю. А то, что не выявлена корреляция между моделями альфа-спирали и 310-спирали, это проблема РСА, который даже пи-спираль от альфа-спирали отличить не может. Это видно на примере данных РСА от Черезова:

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 92 926

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Общество вимановладельцев

Комплексный заказ 2017-11-29_11:

Татьяна Рясина пишет:

Вадим Черезов https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17962520

human beta2-adrenergic G protein-coupled receptor

https://www.rcsb.org/pdb/explore/explor … ureId=2RH1

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4ac/0_187938_b0dc3657_XL.png

http://www.uniprot.org/uniprot/P00720

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CAA28212

>ENA|CAA28212|CAA28212.1 Enterobacteria phage T4 hypothetical protein
ATGAATATATTTGAAATGTTACGTATAGATGAACGTCTTAGACTTAAAATCTATAAAGAC
ACAGAAGGCTATTACACTATTGGCATCGGTCATTTGCTTACAAAAAGTCCATCACTTAAT
GCTGCTAAATCTGAATTAGATAAAGCTATTGGGCGTAATTGCAATGGTGTAATTACAAAA
GATGAGGCTGAAAAACTCTTTAATCAGGATGTTGATGCTGCTGTTCGCGGAATTCTGAGA
AATGCTAAATTAAAACCGGTTTATGATTCTCTTGATGCGGTTCGTCGCTGTGCATTGATT
AATATGGTTTTCCAAATGGGAGAAACCGGTGTGGCAGGATTTACTAACTCTTTACGTATG
CTTCAACAAAAACGCTGGGATGAAGCAGCAGTTAACTTAGCTAAAAGTATATGGTATAAT
CAAACACCTAATCGCGCAAAACGAGTCATTACAACGTTTAGAACTGGCACTTGGGACGCG
TATAAAAATCTATAA

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/480022/158289418.4ac/0_187939_bf9f1843_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4ac/0_18793a_6ec915a1_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/ … 1_orig.png

Заказ (часть 2)

http://www.uniprot.org/uniprot/P07550

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CAA28511

>ENA|CAA28511|CAA28511.1 Homo sapiens (human) hypothetical protein
ATGGGGCAACCCGGGAACGGCAGCGCCTTCTTGCTGGCACCCAATGGAAGCCATGCGCCG
GACCACGACGTCACGCAGGAAAGGGACGAGGTGTGGGTGGTGGGCATGGGCATCGTCATG
TCTCTCATCGTCCTGGCCATCGTGTTTGGCAATGTGCTGGTCATCACAGCCATTGCCAAG
TTCGAGCGTCTGCAGACGGTCACCAACTACTTCATCACTTCACTGGCCTGTGCTGATCTG
GTCATGGGCCTGGCAGTGGTGCCCTTTGGGGCCGCCCATATTCTTATGAAAATGTGGACT
TTTGGCAACTTCTGGTGCGAGTTTTGGACTTCCATTGATGTGCTGTGCGTCACGGCCAGC
ATTGAGACCCTGTGCGTGATCGCAGTGGATCGCTACTTTGCCATTACTTCACCTTTCAAG
TACCAGAGCCTGCTGACCAAGAATAAGGCCCGGGTGATCATTCTGATGGTGTGGATTGTG
TCAGGCCTTACCTCCTTCTTGCCCATTCAGATGCACTGGTACCGGGCCACCCACCAGGAA
GCCATCAACTGCTATGCCAATGAGACCTGCTGTGACTTCTTCACGAACCAAGCCTATGCC
ATTGCCTCTTCCATCGTGTCCTTCTACGTTCCCCTGGTGATCATGGTCTTCGTCTACTCC
AGGGTCTTTCAGGAGGCCAAAAGGCAGCTCCAGAAGATTGACAAATCTGAGGGCCGCTTC
CATGTCCAGAACCTTAGCCAGGTGGAGCAGGATGGGCGGACGGGGCATGGACTCCGCAGA
TCTTCCAAGTTCTGCTTGAAGGAGCACAAAGCCCTCAAGACGTTAGGCATCATCATGGGC
ACTTTCACCCTCTGCTGGCTGCCCTTCTTCATCGTTAACATTGTGCATGTGATCCAGGAT
AACCTCATCCGTAAGGAAGTTTACATCCTCCTAAATTGGATAGGCTATGTCAATTCTGGT
TTCAATCCCCTTATCTACTGCCGGAGCCCAGATTTCAGGATTGCCTTCCAGGAGCTTCTG
TGCCTGCGCAGGTCTTCTTTGAAGGCCTATGGGAATGGCTACTCCAGCAACGGCAACACA
GGGGAGCAGAGTGGATATCACGTGGAACAGGAGAAAGAAAATAAACTGCTGTGTGAAGAC
CTCCCAGGCACGGAAGACTTTGTGGGCCATCAAGGTACTGTGCCTAGCGATAACATTGAT
TCACAAGGGAGGAATTGTAGTACAAATGACTCACTGCTGTAA

Результат (часть 2):

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4ac/0_18793b_a02233d9_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/769660/158289418.4ac/0_18793c_25152180_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/769660/ … 0_orig.png

Программа Пикотех показывает, что первый белок состоит преимущественно из пи-спиралей, а второй - преимущественно из альфа-310-спиралей.

Рентгеноструктурный анализ высокого разрешения не может отличить пи-спираль от альфа-310-спирали.

414

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Victoriy пишет:
Kushelev пишет:
Victoriy пишет:

АБСОЛЮТНОГО не соответствующие реальному механизму трансляции белка.

А соответствует очередь протонов на образование водородных связей в альфа-спирали на выходе из канала рибосомы? wink

Вы же не исповедуете идиш, откуда такой еврейский ответ?

Кушелев: Ну вот, ещё и в евреи записали... Вы согласны, что в канале рибосомы присутствуют протоны? Если согласны, то что им мешает через миллисекунду после установки очередного аминокислотного остатка образовать водородную связь? Т.е. ещё до того, как тРНК отпустит аминокислотный остаток, который она держит 4-мя вандерваальсовыми связями:

http://nanoworld88.narod.ru/data/216_files/0_48cd7_9d30f602_S.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/216.htm

http://nanoworld88.narod.ru/data/216_files/bio.gif

http://nanoworld88.narod.ru/data/247_files/0_51263_ece58a32_orig.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/247.htm

415

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

aest пишет:

Треугольник это умышленная ошибка. Ловушка на дурака.

Кушелев: Ага. Или демонстрация отключки мозгов. Кстати, параллелограмм тоже. Ведь в белке оси, вокруг которых вращаются аминокислотные остатки не параллельны...

416

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

aest пишет:

Кто ошибку замечает, но не предлагает заменить треугольник на многоугольник с бОльшим количеством углов (как в реальном белке), тому научная истина не интересна

А Вы предложили. Только не подумали о том, что параллелограмм не соответствует 3D структуре белка. Сейчас включим ещё один уровень нейронных сетей, и придём к тому, что изменение углов в 3D модели либо разомкнет дисульфидный мостик, либо сломает механизм белковой молекулы smile

Вы поняли, про какой угол мы с Викторией дискутируем?

Он отсчитывается вокруг этой вертикальной оси:

http://nanoworld88.narod.ru/data/247_files/0_51263_ece58a32_orig.gif

И для каждой аминокислоты эта ось наклонена по-своему...

Для 310-спирали и альфа-спирали этот угол отличается на 120-100=20 градусов. Среднее значение примем за начало отсчета, т.е. 0 градусов. Пи-спираль строится, если аминокислота повернута на 120 градусов от начала отсчета (от альфа-310), а бета-спираль строится, если аминокислота повернута на 240. Время установки аминокислот отличается. Для альфа-спирали оно минимально, дла пи-спирали раза в два больше, а для бета-спирали еще раза в два больше. Поэтому сборка бета-спирали идет примерно в 4 раза медленнее, чем сборка альфа-спирали.

Кстати, угол поворота тРНК не совпадает с углом между остатками аминокислот в альфа-, 310-, пи-, бета-спиралях. Поэтому углы поворота отличаются на 120 градусов, а углы в белковых спиралях, т.е. уже вокруг оси симметрии белковых спиралей получаются 120 для 310-спирали, 100 для альфа-спирали, 87 для пи-спирали и больше 180 для бета спирали.

Это - чистая геометрия, но ... не на плоскости wink

https://img-fotki.yandex.ru/get/5403/158289418.4b0/0_188da3_ec3e9786_orig.jpg

Почему у Виктории получились белковые спирали с углами 0, 120 и 240 градусов при отсчёте вокруг оси белковой спирали? А по той простой причине, что она использовала плоскую схему вместо пространственной модели:

http://img-fotki.yandex.ru/get/2708/158289418.195/0_fc3b9_fb8aea95_orig.jpg

А на плоской схеме тетраэдрический угол в 109 градусов и 28 минут не получится...

И что делать? Нарисовать угол 120 градусов, а потом "дофолдить" его до правильного угла альфа-спирали (100 градусов), пи-спирали (87 градусов) или бета-спирали, которая по плоскому чертежу получается вообще не спираль, т.к. там угол 0 градусов smile

Вы пробовали строить спираль с углом вокруг оси симметрии спирали в 0 градусов? Попробуйте. Виктория утверждает, что у неё получилось!

https://img-fotki.yandex.ru/get/5402/158289418.4b0/0_188f2b_dde04733_XL.png
Виктория умудрилась построить из кольцегранных моделей аминокислот такую структуру, чтобы совпала с учебником молекулярной биологии.

Но тут каждая следующая аминокислота повёрнута на 180 (не путать с нулём!) градусов. И это, кстати, ближе к реальности. Реальный угол между аминокислотными остатками в бета спирали больше 180 градусов, но меньше 270.

А если строить бета-спираль или "тяж", как его любят называть профессионалы, по плоской схеме от Виктории Соколик, то аминокислотные остатки не нужно поворачивать на 180 градусов. Ведь в таблице Виктории однозначно написано, 0 градусов, а никакие не 180. Это значит, что аминокислотные остатки в бета-"тяже" нужно размещать параллельно друг другу, т.е. путём параллельного переноса на шаг одного остатка.

"И это правильно", - утверждает Виктория. Или неправильно? smile

417

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Kushelev пишет:
aest пишет:

Треугольник это умышленная ошибка. Ловушка на дурака.

Кушелев: Ага. Или демонстрация отключки мозгов. Кстати, параллелограмм тоже. Ведь в белке оси, вокруг которых вращаются аминокислотные остатки не параллельны...

Так параллелограмм просто показывает принцип. Как и пример с цепью. Принцип по которому меняются согласованно углы не размыкая замкнутую структуру. А оси в белке бывают как параллельны, так и не параллельны, так что за вами еще одна философская ошибочка wink

418

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

aest пишет:
Kushelev пишет:

в белке оси, вокруг которых вращаются аминокислотные остатки не параллельны...

Так параллелограмм просто показывает принцип.

Кушелев: Ну-ну. Принцип тетраэдричности на примере параллельности. Такие штуки до добра не доводят. У Виктории, например, по плоской схеме получились спирали с углами 0, 120 и -120 градусов. А таких спиралей в природе только одна 310-спираль. И то приближенно. На самом деле и 310-спираль имеет другой угол.

http://xn--i1abbnckbmcl9fb.xn--p1ai/%D1%81%D1%82%D0%B0%D1%82%D1%8C%D0%B8/418696/

Цитата:  310- и пи-спирали содержащие соответственно 3 и 4,4 аминокислотных остатка на 1 виток
Конец цитаты.

Кушелев: В инете для пи-спирали встречается два числа. 4.1 остатка на виток и 4.4. Какое из значений правильное?

число 3 для 310-спирали тоже нужно уточнить.  Но это можно сделать только на достаточно длинных 310-спиралях. А официально считается, что длинных 310-спиралей не бывает. Это совсем недавно мне удалось обнаружить 310-спираль длиной более 1000 витков. Учитывая, что спирали белков упругие, понятно, почему для альфа-спирали пишут значение 3.6 ... 3.7 аминокислотных остатка на виток. Хотя в последнее время уже упростили до 3.6. Понятно, что и для 310-спирали на самом деле есть некий интервал типа 2.95 ... 3.05 аминокислотных остатка на виток. Это же относится и к пи-спиралям, и к бета-спиралям.

Итак, углы 0, а точнее -10 для альфа-спирали и +10 для 310-спирали, 120 для пи-спирали и 240 для бета-спирали соответствуют совсем другим углам, если их отсчитывать вокруг оси симметрии белковых спиралей.

Для 310-спирали это получается примерно 120 градусов, для альфа-спирали примерно 100 градусов, где-то я встречал значения 97...100 градусов, для пи-спирали 87 градусов, что соответствует 4.1 ... 4.2 остатка на виток. Для бета-спирали официально считается 180 градусов, что тоже нужно уточнять... На самом деле после настройки углов 310-, альфа- и пи-спиралей угол бета-спирали "лежит на поверхности". В бета-спирали на виток получается где-то 1.5 АО, а угол относительно оси спирали 240 градусов соответственно.

419

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Kushelev пишет:
Victoriy пишет:
Kushelev пишет:

Кушелев: Я продемонстрировал Пикотех в работе. Провёл анализ, который показал достоверную корреляцию с данными РСА.

Приведите пожалуйста значения коэффициентов корреляции и их достоверности в следующем сообщении с указанием объема анализируемой выборки.

Уважаемая Виктория! Вы же меня по этой научной статье нашли smile Ваш статистический анализ безусловно лучше. Я же не спорю. А то, что не выявлена корреляция между моделями альфа-спирали и 310-спирали, это проблема РСА, который даже пи-спираль от альфа-спирали отличить не может.

Где значение коэффициентов корреляции? Кенделла, Спирмана или какую Вы считали? Если Вы НЕ СЧИТАЛИ корреляцию, то и не придумывайте ).

420

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

aest пишет:

оси в белке бывают как параллельны, так и не параллельны

Кушелев: Вы хоть понимаете, о каких осях речь ведете?

У Вас в октаэдре "бывают параллельные оси"? wink