1

Тема: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 92 685

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Victoriy пишет:

фолдинг этих самых структурных шаблонов в энергетически устойчивую функциональную конформацию

Кушелев: Уважаемая Виктория! Как Вы прокомментируете открытие программных спиралей белковых молекул?

https://img-fotki.yandex.ru/get/509292/158289418.4a7/0_186c5c_1ebe5075_XL.png
Здесь Вы видите 19 вторичных структур поливалина. На схеме вторичной структуры представлены фундаментальные спирали:
альфа-, 310-, пи-, бета-
и программные:
14-, 35-, 352-, 144-, 25-, 22225-, 411412-, 255-, 2444-, 1144-, 11444444-, 23-, 335(коллагеновая)-

Помните, как мы с Вами дискутировали по поводу лизиновых "хвостов", т.е. участков пи-спиралей длиной более 10 аминокислотных остатков? Вы ещё писали, что это всё гипотетические структуры...

А как Вы прокомментируете тему: "Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул"?

Там встречаются фундаментальные спирали (альфа-, 310-, пи-, бета-) длиной более 3000 аминокислотных остатков. И программные спирали, в т.ч. фрактальные более 100 периодов, например, по 35 аминокислотных остатков в периоде, т.е. более 3500 аминокислотных остатков в спирали.

Если бы была верна гипотеза фолдинга, то зачем было бы кодировать все эти спиральные структуры?

Антигомология = программная аллотропия опровергает гипотезу фолдинга. Согласны?

2

Re: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 92 838

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4a9/0_186fc0_a6332fad_orig.png

3

Re: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 92 867

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Kushelev пишет:

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 92 853

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Victoriy пишет:

А что Вы можете о них сказать? Выложите досье на один, самый интересный для Вас белок, и мы обсудим его структуру, декодированную Вами и в моей программе.

Давайте начнём с первого:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM … port=fasta

>XM_022674627.1 PREDICTED: Astyanax mexicanus protein FAM133-like (LOC111193520), partial mRNA
GTCCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Если он чем-то плох, то есть аналогичный:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/943392557
>ENA|KXJ25885.1
atgactgagactcggacgttggccaccagttttttactgcttagtattgtatacattgca
gggttttatattctggaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaa
gaagaagaag

Что касается "досье", то я не понимаю, что от меня требуется. Если Вы согласны, что белок реальный, то в чём проблема?

Что показывает для него моя программа, Вы знаете. Одну прямую пи-спираль.

Кушелев: Вот, что для этого белка показывает алгоритм от Кушелева и от Виктории Соколик:

https://img-fotki.yandex.ru/get/893753/158289418.4aa/0_187195_bcb5486a_orig.gif

Мы знаем, что пи-спирали белков существуют. Интересно, как Вы получите ту же пи-спираль "другим способом"?

***

Заказ 2017-11-27_03:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129196593

>ENA|OLQ00697
atggtccctttaagatggttcgtgggaagatcgtcctgctgggcggatatcgtttgggac
ggccgtagcgccggagctgccgctgagtttgcaatcattcctgctgagtccccagcccaa
tacatatacatatacatatacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacana
agactagctctgtactgctgctacatgctcttatgctaa

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/914565/158289418.4aa/0_187196_cc2569d0_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/373339/158289418.4aa/0_187197_6bd6333_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/373339/ … 3_orig.png

Для гипотетического белка с такой же аминокислотной последовательностью алгоритм Виктории Соколик показывает то же, что и алгоритм Александра Кушелева:

https://img-fotki.yandex.ru/get/368796/158289418.4aa/0_187198_6ec76b67_orig.gif

Прямая альфа-спираль по алгоритму Виктории Соколик получилась тем же способом, что и по алгоритму Кушелева, т.е. по табличной функции. А как быть с пи-спиралью? В таблице Виктории Соколик пи-спираль вообще не числится, как я понял. По крайней мере для аминокислот Y и I smile

4

Re: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Заказ 2017-11-27_08:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/11 … mask=65536

>ENA|OLQ15382
atggagagatcttcaagccctagcggctgccatgccgtgctctgtgctgtccgctctctt
cttcaatcactgggcccaaacaagttcaatctatctacctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctac
atctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctatatctat
atctatatctatatctatctatctatgtcgtcgtcggacggatctgtgtga

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/914553/158289418.4aa/0_187313_90df92da_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4aa/0_187314_c22913a5_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/ … 5_orig.png

Фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/509063/158289418.4ab/0_187315_1cd7c5f9_orig.png

Здесь прямая альфа спираль неожиданно переходит в программную 35-спираль, а ранее мы видиле переход в программную 25-спираль: http://nanoworld.org.ru/post/96143/#p96143

https://img-fotki.yandex.ru/get/765007/158289418.4aa/0_1871a7_66750bb7_orig.png

5

Re: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Заказ 2017-11-27_12:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/307178018

>ENA|EFN66879
atgccaatacggaaacaattggacggtggtaacaaagacggcataatatggacgcatttt
gacacgactcccatcatttctacctatctcgtagcgtttgtagtggccgattttgttcgc
gttcctactgaagatgagaccattaatctatggtgtagatcgaaattggtaccggacaca
aaacttgcacaagaagttgtccaaaaatctaaaacgctattgacagaatataccaacagc
acctctaaagttccaaaaatggatctcgtagcactcccgcgattcacagttggtgcaatg
gaaaattggggacttattattgttgttaatgtagtcactccattatggtggtctcagaca
tggttaagtgaaggatttgcgacattcttccaaatgtatattctcaatcagatgtttgag
gatttgcgaataatggaatactttgttgttggtattcagcaaacaattcttcacaaggat
attaatatgagtatgacaccaattacattagatgttagtagcccagaagaaattaaatca
ctcttccttgattccagttatggcaaagcacccgctataatgcgcatgttacaacatata
attaccgatgaggtatttcgaaatggtcttattaaatatttacgcactcatcagtttagt
tctgctacttccgacgatttatggaacgctttgcaagcagtactagacacatcagatgtc
ccacatgatgcttatagattgaaagagataatggatacttggataaaacaatcggatttt
cctgtagttcatgtgacccgaaagaaagacactaatgagataatattaacgcaagaatat
tttattaaaataaatgaaaaatatcacatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatacatacatatatatatacacacatatacata
tatatataa

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/897810/158289418.4ab/0_187466_2925fbe8_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/893753/158289418.4ab/0_187467_c08696f4_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/893753/ … 4_orig.png

А что покажет алгоритм от Виктории Соколик?

https://img-fotki.yandex.ru/get/897385/158289418.4ab/0_187468_94ffaaa4_XL.gif
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/897385/ … 4_orig.gif

Фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/509739/158289418.4ab/0_187469_bfea33be_XL.gif

Мы уже знаем, что программные спирали алгоритм Виктории Соколик не показывает.

6

Re: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Заказ 2017-11-27_13:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129182259

>ENA|OLP89396_03
gttcaacacatatacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatctacatc
tacatctacatctacatctacanacatacatacatacatacatacatacatacatacata
catacacacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacaca
catacatacatacatac

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/766807/158289418.4ab/0_18746d_413cc3ad_XL.png

Сдвинем рамку считывания на 1 позицию

https://img-fotki.yandex.ru/get/769553/158289418.4ab/0_18746b_5b4f93f_XL.png

Сдвинем рамку считывания еще на 1 позицию

https://img-fotki.yandex.ru/get/766807/158289418.4ab/0_18746c_201cf8d9_XL.png

С контрольной аминокислотной последовательностью совпадает первый вариант.

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/9091/158289418.4ab/0_18746e_82e3791e_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/9091/15 … e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/768139/158289418.4ab/0_18746f_79e9db05_XL.gif
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/768139/ … 5_orig.gif

Фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/897810/158289418.4ab/0_187470_5d3ee82_XL.gif
Алгоритм Виктории Соколик показал альфа-спираль, но не показывает программные спирали.

Программа от Prosolver с ошибкой показывает триплет под номером 262...

7

Re: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Заказ 2017-11-27_18:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/30 … mask=65536

>ENA|EFN85113
ctgcctgcctatttacctgcttacctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgc
ctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgt
ctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgc
ctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgt
ctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgc
ctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgt
ctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgc
ctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgt
ctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgcctgtctgc
ctgtctgcctgtctgcctgtctacctgtctgcctgtccgcctacctgtctgcttcaccct
gcaaaaatacttccacttttatccttgattaagatatatgtgtataaatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataca
cattacacacacacacacacacacacacacacacacatgtatacatatatggaaagcggt
acgtgtgtacatgaatatctaaagatccttccttccttccttccttccttccttccgtcc
ttccttccttccttccttccttccttttttccttccttccttccttccttccttctttcc
ttccttccttccttccttccttcctaccttccttctttccttccttccttccttccttcc
ttcctaccttccttccttccttccttcgtgaat

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/892397/158289418.4ab/0_18748b_19c8897a_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/897385/158289418.4ab/0_18748c_9d0446e2_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/897385/ … 2_orig.png

Очень интересный белок. Сплошные программные спирали...

https://img-fotki.yandex.ru/get/478662/158289418.4ab/0_18748d_111e5437_XL.gif
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/478662/ … 7_orig.gif

Очень интересно посмотреть, какую 3D модель построит алгоритм Виктории Соколик. Вот будет прикольно, если вторичная структура пропадает частично или полностью, а третичная снова появляется "как черт из коробочки" smile

8

Re: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Заказ 2017-11-27_19:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/30 … mask=65536

>ENA|EFN85114
atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacacatac

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/766807/158289418.4ab/0_18748e_92aa18af_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/766807/158289418.4ab/0_18748f_c9064123_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/766807/ … 3_orig.png

Что покажет 2D алгоритм Виктории Соколик мы уже знаем...

https://img-fotki.yandex.ru/get/768433/158289418.4ab/0_187490_5db38191_XL.gif
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/768433/ … 1_orig.gif

Осталось узнать, неужели чудо-алгоритм 3D структуры из неопределённой на 50% структуры соберёт-таки программную спираль? Кстати, Виктория против программных спиралей, но мы уже знаем, что 3D алгоритм Виктории собирает метиониновые спирали против воли автора. Может и программные спирали против воли автора соберёт? wink

9

Re: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Татьяна Рясина пишет:

Структуры 3D выражают конечный результат.   Их легко сопоставлять с данными NCBI.

Кушелев: Во-первых, в NCBI, а точнее в PDB есть данные не только 3D, но и 2D.

Вот же:

https://img-fotki.yandex.ru/get/914553/249950893.1/0_16ae8a_dcd68537_orig.png

Для данного белка очень хорошее совпадение.

А для другого, мягко выражаясь, "не очень":

https://img-fotki.yandex.ru/get/872132/249950893.1/0_16ae8b_767d0d51_orig.png

Поэтому начинать сравнение разных методов определения структуры белка нужно с простого:

https://img-fotki.yandex.ru/get/509292/158289418.4a7/0_186c5c_1ebe5075_XL.png

А лучше с элементарного:

https://img-fotki.yandex.ru/get/892397/158289418.4a9/0_186f36_d8ccd8b5_orig.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1670/page/35/

10

Re: Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 249

Victoriy пишет:

На основе структурного шаблона правой спирали в ходе ФОЛДИНГА могут быть смоделированы все три основных разновидностей правых спиралей: 3/10-, альфа- и пи-.

Кушелев: Так-так-так... Пи-спираль вообще-то левая, 4.4 остатка на виток. Но я уже писал, что бог с ними, с этими переделками 310-спирали в разные спирали белков. Вы скажите, откуда "фолдинг" узнает, во что переделывать "310-шаблон". Ведь информация о том, что полилизин будет пи-спиралью, содержится в кодах: n(AAA), а информация о том, что полилизин будет альфа-спиралью, содержится в кодах n(AAG). В шаблоне информации типа AAA/AAG уже не содержится. Верно? Так откуда "фолдинг" узнает, во что переделывать шаблон? Где инфу брать? smile

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4b0/0_188a4d_9aa25f67_XL.png
Пи-спираль полилизина, построенная по триплетам AAA и альфа-спираль полилизина, построенная по триплетам AAG.