21

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

Айтишники так продают свои продукты и антивирусы - есть бесплатные версии, есть платные. Есть временные лицензии на 2 недели - месяц, которые заканчиваются и потом пора платить.  Это в любом случае приблизит лицензирование в NCBI - раз.  Создаст почву для совместных публикаций в рецензируемых журналах - два.  Вовлечёт штатных научных сотрудников (н.с.) мира в игру по белковому структуростроению с учётом РСА и исследованию как самого метода Пикотеха, так и объектов (белков) - три.  Позволит получить откровенные отзывы научных сотрудников мира о Пикотехе - четыре. Помочь н.с. мира создать некие интересные научные направления - пять. Получить под них гранты - шесть. Когда мечтаешь, не в чём себе не отказывай.

Кушелев: В рассылке опубликованы промежуточные версии Пикотех. Народ поленился ими воспользоваться. Самую продвинутую версию нужно использовать с умом. Но пока нет заказчиков даже на бесплатные структуры белков. Это - недоработка менеджеров. Потенциальные заказчики просто не знают, что можно получить структуры белков в миллион раз быстрее и в тысячу раз точнее, чем с помощью РСА. И первые 100 штук даром.

Работайте, менеджеры! 80% от первого коммерческого заказа - ваши smile

22

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

Пока писала вопросы, начала всматриваться в посты со структурами.  Есть ещё 4 формы спиралей - ступеньки "вверх", ступеньки "вниз", сплошная короткая и сплошная длинная. Комбинируются с цветами.  Или это отсылка к ДНК и её 4-м компонентам?

Цветные элементы - интерпретация цифр композиционного кода. Я пробовал разную интерпретацию. И в виде "кирпичиков" и в виде "ступенек" и даже в виде "спиралей":

https://img-fotki.yandex.ru/get/60436/158289418.3c5/0_17165b_1530363_orig.png

23

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

Там комбинаторный такой способ описания.  Очень похоже на структуры языка.  Ну ДНК - текст, и белки - текст.  Как там один текст переводится в другой и почему?

Триплеты ДНК кодируют аминокислоты. По таблице обычного генетического кода:

https://img-fotki.yandex.ru/get/477847/158289418.495/0_1853a1_8f0af4fd_orig.jpg

Моё открытие заключается в том, что третья буква (это упрощённое представление) управляет углом поворота очередной аминокислоты. Вариант композиции находится в зеленом столбце таблицы:

http://img-fotki.yandex.ru/get/5502/nanoworld.202/0_4840b_b2101c2f_orig.gif

24

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

Потом каждой комбинации вы присваиваете музыкальный тон и длительность с размером ритма.

Как это происходит?  Должно быть это "Музыка молекул".  Нужно посмотреть. Если возможно, скажите, почему при синтезе белка образуется гиперзвук?  На Форумах нашла пару фраз на эту тему.

У каждой аминокислоты есть радикал, который "отзванивает" ноту на частоте, которую я рассчитал по формуле пружинного и математического маятников: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 930219.htm

Формула эта имеет вид: f = sqrt(1/(Sum(ml))), где
f - частота
m - масса атома в радикале
l - Расстояние атома до точки закрепления радикала

Суммируются произведения масс на расстояние до точки закрпления для одного радикала. Из обратной величины извлекается квадратный корень.

Понятно, что это - грубая оценка резонансных частот, поэтому они многократно уточнялись, в частности, по гармоничности мелодий, звучащих в зонах активных центров белковых молекул. Эта работа ещё далека до завершения. Очевидно, что в частотах есть ошибки. Поэтому встречаются "фальшивые нотки" smile

25

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

если получится изготовить мануал к Пикотеху, понятный домохозяйке, то глядишь, созреет и рынок.

Кушелев: Это не нужно. Есть простые примеры, как заказать структуры конкретных белков. Причём пока бесплатно: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/

Если заказчики распробуют пикотехнологию, то "и так сойдёт" smile

Не нужно всех подряд делать рентгенологами.

26

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

Да, Фолдинг - это укладка четвертичной структуры?  Как его алгоритмизировать?
Или если не заалгоритмизировать - то сделать возможность "скрутить" самокуртку вручную.

В официальной науке фолдингом называется укладка третичное (и более) структуры белка.

Но пикантность ситуации заключается в том, что РСА не может надёжно определить даже вторичную структур белка, которая задана на 100% таблицей композиционного генетического кода smile

Так что начинать нужно с простого. Когда специалисты начнут широко пользоваться пикотехнологией для определения вторичной структуры белка, тогда появится возможность продолжить совершенствование третичной и т.д. моделей. Для этого нужны более широкие возможности, чем голый энтузиазм.

27

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

Тогда ТЗ на сайт по Пикотеху такой получается.
Юзер вбивает в строчку нуклеотидную последовательность. Сайт выдаёт табличку 2D. Затем выдаёт музыку по табличке и нотную запись. Затем выдаёт 3D.  И затем делается переход на четвертичные структуры, которые крутятся вручную специалистами в симуляторе.

Пока что реализована 100%-но достоверная вторичная структура. По возможности заказчик увидит и 3D-модель. Что касается четвертичной и более структур, то это в будущем. Или с использованием существующих технологий, но с оговорками, что они работают "от случая к случаю".

28

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

Обыграть Пикотех просто.  Выцепляем из открытых публикаций белки и рисуем во всех видах. В МФТИ изучают G-белки, мембранные белки и KR2.  и тому подобные вещи.  Ну докладики пишем по ходу и публикуем. В Пущино видала институт компьютерного моделирования белков. Грех туда не публинуться, если он ещё стоит.

Кушелев: Работоспособность пикотехнологии имеет смысл демонстрировать во-первых на уровне вторичной структуры длинных спиралей. В т.ч. программных: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/
Для них легко получать точные 3D-модели.

Акцент имеет смысл сделать на замыкании циклов лизоцима. Случайно получить замыкание циклов невозможно. Вероятность типа 1/30 000 000 000. А для программных спиралей случайность имеет вероятность типа 4^-3982=4e-2398 Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/page/5/

Далее имеет смысл демонстрировать возможности Пикотех на примере белков заказчиков. Заказчики сами увидят свои белки более точно, чем о них рассказывают специалисты по РСА. Именно это и привлечёт заказчиков к более тщательному ознакомлению и использованию новой технологии. Они должны убедиться в её работоспособности и эффективности не по наслышке.

У меня уже был негативный опыт работы с заказчиками через посредников. Искаженная и неполная информация о новой технологии только отпугивает заказчиков. Они думают, что результаты работы Пикотех должны полностью совпасть с результатами РСА. Это не так. На уровне вторичной структуры Пикотех имеет 100%-ную достоверность, а РСА на уровне 70%. 97% белков для РСА вообще недоступны, т.к. они не кристаллизуются.

Преодолеть барьер слепой веры в РСА - дело тонкое. С помощью "испорченного телефона" задача не решается. Так что ждём потенциальных заказчиков, например, на форуме лаборатории Наномир или в скайпе. В этом случае есть шанс донести до них информацию о новой технологии без искажений.

29

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

Сколько тогда углов поворота есть возможных?

В упрощённой модели учитывается поворот вокруг одной оси на 3 разных угла:

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/avi/bio.gif

Вариант "альфа" в дальнешем расщепляется на "Альфа-спираль", "310-спираль", "одиночный альфа-код"

Татьяна Рясина пишет:

Увидите в полноте деталей, чем заполнены "пропуски" диаграмм типовых представлений белковых молекул по данным РСА.

Тут нужно ещё добавить, что РСА часто ошибается при распознании спиральных участков. Иногда вообще не замечает или показывает там, где спирали нет. А перепутать альфа-спираль с 310- Пи- или программной спиралью - элементарно smile

Татьяна Рясина пишет:

2) Избежите ошибок  в участках, где изображаются "пучки" альфа-спиралей. В этих сомнительных местах Вы увидите точное изображение и структуру моноспирали и узнаете ей компоненты

Здесь лучше написать: "Вместо тройной спирали коллагена" программа Пикотех показывает одиночную, но "трёхзаходную" программную 335-спираль. Другими словами форма похожа, но микроструктура другая. И получена в автоматическом режиме, т.е. по табличной функции.

https://img-fotki.yandex.ru/get/4000/158289418.421/0_17aaf5_65d3d6c0_orig.gif

Татьяна Рясина пишет:

3) Увидите  точное отражение "хвостов" белковых молекул, которые не показывает РСА.  (Как это более научно сформулировать?

В отличие от РСА, который "видит" только 3% белков и не замечает десятки крайних аминокислотных остатков-"хвостов" новая технология показывает 100% структуры 100% белков.

Татьяна Рясина пишет:

В таблице композиционного генетического кода только эти углы не прописаны  (сколько градусов и относительно какой оси, вправо , влево, куда и как) . Которые соответствуют четырём буквам.

Кушелев: Углы нужны для третичной структуры, т.е. для 3D модели. Вторичная структура - схема. Для неё углы не нужны.

Татьяна Рясина пишет:

Интересно, Александр Юрьевич, как Вам пришла мысль, что 4 буквы кодируют углы поворота?
Переходных угла всего четыре получается? Или больше? 
Ваш композиционный код как-то уж сильно упрощает всё что написано по ссылкам )))))

В упрощённом представлении третья (как бы лишняя) буква управляет углом поворота. Это я понял, когда сделал 3D модель аминокислотного остатка: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 920109.htm
Один аминокислотный остаток можно повернуть относительно другого на углы 0, 120 и 240 градусов. Когда я в этом убедился, построив пластмассовые модели нескольких белковых молекул, начались уточнения. Ведь водородные связи между соседними витками спирали могут слегка менять углы поворота. Анализ белковых структур помог составить таблицу: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 920204.htm

30

Re: Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использ

Татьяна Рясина пишет:

что такое есть фрактальные спирали?

Это спирали, состоящие из спиралей. Вот пример:

https://img-fotki.yandex.ru/get/105980/158289418.2ae/0_15008c_df8789f2_XL.jpg

Татьяна Рясина пишет:

что нужно для построения двоичной структуры?  Как композиционный код указывает на двоичную структуру?

Для определения вторичной структуры необходимо и достаточно таблицы композиционного генетического кода:

http://img-fotki.yandex.ru/get/5502/nanoworld.202/0_4840b_b2101c2f_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3e1/0_176443_ec9f3989_orig.png

Татьяна Рясина пишет:

Программные - это которые описываются цифрами.

Кушелев: Нет. Программные - это повторение последовательности композиций. Например, один код альфа-спирали, затем один код пи-спирали. n(35) задаёт программную спираль, а n3 или n5 - простые спирали (пи-спираль и альфа-310-спираль).

1111111111111111111 - прямая альфа-спираль
4444444444444444444 - прямая 310-спираль
3333333333333333333 - прямая пи-спираль
2222222222222222222 - прямая бета-спираль

232323 - программная 23-спираль
141414 - программная 14-спираль