21

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Полный комплект 99 файлов: https://cloud.mail.ru/public/BCAE/9Y2WosHvL
Полный комплект 57 файлов: https://cloud.mail.ru/public/CoMT/WUUhhkFSq

Серия заказов "57"

10 заказов:

001

https://img-fotki.yandex.ru/get/3214/158289418.427/0_17b163_cf8c37ab_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/3302/15 … 1_orig.png

002

https://img-fotki.yandex.ru/get/145691/158289418.427/0_17b165_38a10699_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/5900/15 … c_orig.png

003

https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/158289418.427/0_17b167_956475f_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/98813/1 … 0_orig.png

004

https://img-fotki.yandex.ru/get/9498/158289418.428/0_17b16a_2bcabfe4_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/118982/ … 9_orig.png

005

https://img-fotki.yandex.ru/get/2914/158289418.428/0_17b16c_479b3ffd_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/ … 4_orig.png

006

https://img-fotki.yandex.ru/get/118982/158289418.428/0_17b16e_67ef049b_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/1 … 9_orig.png

007

https://img-fotki.yandex.ru/get/197852/158289418.428/0_17b170_2f62f094_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/ … 2_orig.png

008

https://img-fotki.yandex.ru/get/118982/158289418.428/0_17b172_83abc194_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/ … b_orig.png

009

https://img-fotki.yandex.ru/get/118982/158289418.428/0_17b174_73fa953b_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/ … 7_orig.png

010

https://img-fotki.yandex.ru/get/198488/158289418.428/0_17b176_addc537_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/ … e_orig.png

22

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

10 заказов:

011

https://img-fotki.yandex.ru/get/6107/158289418.428/0_17b178_99780107_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/98050/1 … b_orig.png

012

https://img-fotki.yandex.ru/get/118982/158289418.428/0_17b17a_2b8100a9_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/4605/15 … 1_orig.png

013

https://img-fotki.yandex.ru/get/170749/158289418.428/0_17b17c_3a057a57_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/169608/ … 1_orig.png

014

https://img-fotki.yandex.ru/get/98619/158289418.428/0_17b17e_dab802a4_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/6107/15 … 7_orig.png

015

https://img-fotki.yandex.ru/get/9506/158289418.428/0_17b180_40f986c2_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/ … 0_orig.png

016

https://img-fotki.yandex.ru/get/3302/158289418.428/0_17b182_6534a63b_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/99562/1 … 5_orig.png

017

https://img-fotki.yandex.ru/get/6729/158289418.428/0_17b184_bd39cd94_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/ … 3_orig.png

018

https://img-fotki.yandex.ru/get/170749/158289418.428/0_17b186_4a8360c3_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/6729/15 … c_orig.png

019

https://img-fotki.yandex.ru/get/98619/158289418.428/0_17b188_474d2f87_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/4605/15 … 6_orig.png

020

https://img-fotki.yandex.ru/get/195771/158289418.428/0_17b18a_e224b391_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/ … 2_orig.png

23

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

10 заказов:

021

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.428/0_17b18c_5bf1c913_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/198026/ … e_orig.png

022

https://img-fotki.yandex.ru/get/3308/158289418.428/0_17b18e_c5aa63f6_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/6114/15 … 7_orig.png

023

https://img-fotki.yandex.ru/get/145691/158289418.428/0_17b190_45e5d638_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/17865/1 … a_orig.png

024

https://img-fotki.yandex.ru/get/24/158289418.428/0_17b192_55a01930_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/169608/ … 1_orig.png

025

https://img-fotki.yandex.ru/get/41468/158289418.428/0_17b194_6b46dea7_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/4608/15 … 1_orig.png

026

https://img-fotki.yandex.ru/get/4605/158289418.428/0_17b196_c2276fba_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/95493/1 … 2_orig.png

027

https://img-fotki.yandex.ru/get/6311/158289418.428/0_17b198_2666fffd_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/118982/ … 4_orig.png

028

https://img-fotki.yandex.ru/get/59023/158289418.428/0_17b19a_d824c0fe_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/ … 2_orig.png

029

https://img-fotki.yandex.ru/get/46310/158289418.429/0_17b19c_12bd858d_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/145691/ … 0_orig.png

030

https://img-fotki.yandex.ru/get/17865/158289418.429/0_17b19e_4fa56c45_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/4605/15 … c_orig.png

24

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

10 заказов:

031

https://img-fotki.yandex.ru/get/41468/158289418.429/0_17b1a0_e95ab86d_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/173476/ … 8_orig.png

032

https://img-fotki.yandex.ru/get/3302/158289418.429/0_17b1a2_2e9885e3_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/ … a_orig.png

033

https://img-fotki.yandex.ru/get/41468/158289418.429/0_17b1a4_29282afa_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/3302/15 … f_orig.png

034

https://img-fotki.yandex.ru/get/4118/158289418.429/0_17b1a6_e9163689_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/ … 6_orig.png

035

https://img-fotki.yandex.ru/get/62701/158289418.429/0_17b1a8_902e97_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/170749/ … 7_orig.png

036

https://img-fotki.yandex.ru/get/198613/158289418.429/0_17b1aa_200c694_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/ … 0_orig.png

037

https://img-fotki.yandex.ru/get/4605/158289418.42a/0_17b1d7_6005d442_orig.png

038

https://img-fotki.yandex.ru/get/198613/158289418.429/0_17b1ad_cd2ae70d_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/5900/15 … 5_orig.png

039

https://img-fotki.yandex.ru/get/106972/158289418.429/0_17b1af_17f40fd2_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/6729/15 … 8_orig.png

040

https://img-fotki.yandex.ru/get/6729/158289418.429/0_17b1b1_c7ea2125_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/53145/1 … b_orig.png

25

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

10 заказов:

041

https://img-fotki.yandex.ru/get/170749/158289418.429/0_17b1b3_246e1185_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/28256/1 … 2_orig.png

042

https://img-fotki.yandex.ru/get/118982/158289418.429/0_17b1b5_f0711ad1_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/6607/15 … 1_orig.png

043

https://img-fotki.yandex.ru/get/3302/158289418.429/0_17b1b7_63131f17_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/198488/ … 8_orig.png

044

https://img-fotki.yandex.ru/get/17865/158289418.429/0_17b1b9_758093eb_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/1 … 0_orig.png

045

https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/158289418.429/0_17b1bb_518ae51_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/6308/15 … 8_orig.png

046

https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/158289418.429/0_17b1bd_e98af018_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/ … 2_orig.png

047

https://img-fotki.yandex.ru/get/41468/158289418.429/0_17b1c1_17863dff_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/9509/15 … 8_orig.png

048

https://img-fotki.yandex.ru/get/4409/158289418.42a/0_17b1de_ed343e69_orig.png

049

https://img-fotki.yandex.ru/get/6300/158289418.429/0_17b1c4_183f0b28_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/197852/ … 8_orig.png

050

https://img-fotki.yandex.ru/get/62701/158289418.429/0_17b1c7_33b42c5e_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/ … 4_orig.png

26

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

7 заказов:

051

https://img-fotki.yandex.ru/get/53145/158289418.429/0_17b1ca_8f43fd47_orig.png

052

https://img-fotki.yandex.ru/get/223280/158289418.429/0_17b1cc_e124e2c6_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/101435/ … 9_orig.png

053

https://img-fotki.yandex.ru/get/56520/158289418.429/0_17b1ce_91911140_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/ … 1_orig.png

054

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.42a/0_17b1d0_177abe8d_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/9798/15 … f_orig.png

055

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.42a/0_17b1d2_917e400e_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/6715/15 … 7_orig.png

056

https://img-fotki.yandex.ru/get/17865/158289418.42a/0_17b1d4_2227862d_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/106972/ … 9_orig.png

057

https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/158289418.42a/0_17b1d6_ee2732ab_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/1 … 6_orig.png

27

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 137

Online service of protein structures is already functioning!

Victoriy пишет:

при определении цены на белковые структуры от наших программ надо ориентироваться на прайсы автоматических белковых серверов (они участвовали в CASPe), а не на Очень затратные "мокрые" эксперименты.

Кушелев: На прайсы автоматических белковых серверов ориентироваться не нужно, т.к. они дают информацию низкого качества (достоверность не лучше РСА, точность не лучше РСА). Мы же предлагаем вторичную структуру практически со 100%-ной достоверностью. А это вообще-то дороже мокрых экспериментов, которые не позволяют часто определить даже тип белка, не говоря уже о тонкой структуре на уровне отдельных аминокислотных остатков.

Сравните вторичную структуру, полученную с помощью программы Пикотех и вторичную структуру из PDB. Для конкретики предлагаю сравнить данные из PDB с этой структурой:

https://img-fotki.yandex.ru/get/170749/158289418.425/0_17ae17_dc3c6ae0_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/3703/15 … f_orig.png

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/page/2/

28

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 192

Online service of protein structures is already functioning!

Кушелев: Попробуем оценить количество разных типов программных спиралей белков.

Самый длинный период, который встретился в программной спирали - 28 аминокислотных остатков. Вариантов композиций 6. Это значит, что число разных программных спиралей с периодом 28 и числом композиций 6 равно 6^28=6140942214464815497216=6*10^21.
А если учесть, что период может быть и длиннее, то нетрудно догадаться, что число типов программных спиралей белка может быть больше и соизмеримо, скажем, с числом Авогадро. Большинство белков содержит короткие участки спиралей. БОльшую часть белка обычно составляет нерегулярная структура. А длина первичной последовательности может превышать 100 000 аминокислотных остатков. Это значит, что число разных белковых структур может превышать 6^100 000=10^70 000 (приблизительно). Естественно, что в результате эволюции получилось сравнительно небольшое число функциональных белковых структур.

Например, геном человека "весит" приблизительно 10 гигабит, т.е. около 3 000 000 000 нуклеотидов. Таким количеством нуклеотидов можно закодировать 1 000 000 000 аминокислотных остатков. При средней длине белковых молекул 300 аминокислотных остатков, количество разных белков будет 3 000 000. На самом деле один и тот же участок нуклеотидной последовательности может использоваться многократно для кодирования разных участко разных белков. С другой стороны не вся нуклеотидная последовательность генома кодирует белки. По независимым оценкам в организме человека есть 5 000 000 разных типов белков.

Это составляет 5*10^6 / 10^70 000 = 10^-69 993 часть от возможного количества белковых структур. Понятно, что в таком случае все белки человека могут быть невероятно совершенными.

059

https://img-fotki.yandex.ru/get/103213/158289418.425/0_17adf5_5c77e2d7_orig.png

Развёрнуто (регулярная часть): https://img-fotki.yandex.ru/get/6435/15 … f83_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/6427/158289418.42b/0_17b4f4_e86a3ef1_XL.png
Онлайн-сервис белковых структур помогает увидеть это совершенство уже на уровне вторичной структуры: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/

29

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 212

Online service of protein structures is already functioning!

https://img-fotki.yandex.ru/get/4412/158289418.42c/0_17b57b_fe63967a_orig.gif
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/page/2/
Кушелев: Параметры этой программной 535333532-спирали очень похожи на параметры двойной спирали ДНК.

http://nanoworld88.narod.ru/data/236_files/0_4e1a8_e8302c5f_M.gif

Белковая имитация ДНК вполне может использоваться, например, для введения в заблуждение вражеских организмов... Представьте себе, что вирус пытается встроить свою ДНК в ДНК клетки, а вместо настоящей ДНК ему "подсунули" белковую имитацию...

30

Re: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 289

Online service of protein structures is already functioning!

Полный комплект файлов:
99 файлов: https://cloud.mail.ru/public/BCAE/9Y2WosHvL
57 файлов: https://cloud.mail.ru/public/CoMT/WUUhhkFSq
102 файла: https://cloud.mail.ru/public/7fLa/qDsMgc7jw

Заказ:

073 (из 102)

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/233354/158289418.42d/0_17b925_77293a5c_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/194492/ … 8_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/206909/158289418.42d/0_17b926_33b76460_orig.png

В исследуемом белке обнаружена программная 53333-спираль

https://img-fotki.yandex.ru/get/95108/158289418.42d/0_17b927_96d5a348_orig.png

В исследуемом белке обнаружена программная 5553332-спираль (период 7 аминокислотных остатков).

Интересно будет посмотреть 3D-модель...