381

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

aest пишет:

А к чему вся эта дискуссия по альфа спиралям сейчас ?

А при том, что альфа-спираль является жесткой структурой. Ее можно повернуть на Pro относительно другой спирали:

https://img-fotki.yandex.ru/get/39073/158289418.4b0/0_188d68_2a2cc483_orig.jpg

А Виктория предлагает менять вторичную структуру. А это равносильно размягчению костей:

https://img-fotki.yandex.ru/get/5403/158289418.4b0/0_188d67_868d6879_XL.jpg

382

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Victoriy пишет:
Kushelev пишет:
Victoriy пишет:

Обратите Ваше пристальное внимание на то, что углы композиции между аминокислотными остатками задаются внутри рибосомы, а вот водородные связи, дополнительно фиксирующие их взаимное расположение уже на выходе из неё.

Кушелев: С чего бы это? Если аминокислота соединена с предыдущей, водородная связь образуется за миллисекунду:

https://img-fotki.yandex.ru/get/5306/158289418.4b0/0_188d69_68f6c850_XL.jpg
Подробнее о протонной релаксации водородных связей: http://crm-en.ics.org.ru/uploads/kim3/crm09307.pdf

В рибосоме водородные связи не образуются, только на выходе из неё за те же миллисекунды.

Кушелев: С чего Вы это взяли? В канале рибосомы умещаются даже все радикалы альфа-спирали. Это значит, что там та же среда, что и за пределами рибосомы. Те же молекулы воды, протоны, образующие водородные связи. Как только присоединена очередная аминокислота (0.2 ... 0.6 сек), так уже через миллисекунду образуется водородная связь, т.е. до установки следующей аминокислоты. Другого варианта нет.

Victoriy пишет:

Вы уже заложили свою таблицу композиционного кода и углы для альфа-спирали и Вам проще отстаивать эту ОШИБКУ

Зачем отстаивать? Эксперимент показывает, что для замыкания дисульфидных мостиков "скрипач (фолдинг) не нужен" smile

https://img-fotki.yandex.ru/get/5301/158289418.4b0/0_188d6a_73bef247_XL.jpg

Цикл, собранный по геометрическому алгоритму замыкается и без него:

http://nanoworld88.narod.ru/data/025_files/1.gif

383

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Victoriy пишет:

статистический анализ приведенный в монографии "Пикотехнология белков", на основе которого сделана моя таблица композиционного кода, не показал специфику кодирования альфа- и 3/10 спиралей РАЗНЫМИ кодонами. Вашей статистики на этот счет НЕТ, поэтому такое утверждение ГОЛОСЛОВНО и ненаучно его отстаивать.

Кушелев: Если анализ не показал, то это не означает, что повторный анализ не покажет wink

Мы с Вами знаем, что специалисты по рентгеноструктурному анализу редко отличают 310-спираль от альфа-спирали. Более того, за многие десятилетия существования РСА протяженные участки пи-спиралей вообще оказались незамеченными...

А они есть!

https://img-fotki.yandex.ru/get/872977/158289418.4b0/0_188a4f_2dc82619_orig.png

Так что в следующей книге "Пикотехнология белков-2" у Вас есть возможность продемонстрировать и 6 фрагментов лизоцимов, замкнутых через дисульфидные мостики без фолдинга, и сверхдлинные фундаментальные и программные спирали белковых молекул, структура которых определена по таблице композиционного кода, где Ваши данные для альфа- и пи-спиралей полностью совпадают с моими. Вы ещё хотели показать экспериментальные данные, с которыми совпадают Ваши альфа- и пи-спирали длиной более 63 витков:

https://img-fotki.yandex.ru/get/892397/158289418.4a9/0_186f36_d8ccd8b5_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/892397/ … 5_orig.png

А если этих экспериментальных данных еще нет, то что мешает их получить? В институте белка мне сообщили, что определить структуру с помощью РСА могут в Курчатовском институте. Давайте вместе предложим им определить две структуры полилизина, закодированные триплетами n(AAG) и n(AAA).

384

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

aest пишет:

лизоцим не является жесткой фигурой, подобной треугольнику, там вполне возможно согласованно поизменять углы без разрыва дисульфидного мостика, подобно тому, как это можно сделать в параллелограмме

Кушелев: Только он замкнулся через дисульфидный мостик без изменения углов. А это значит, что фолдинга нет на уровне вторичной структуры. Кстати, Вы можете "поизменять углы" и выложить на форум результат своего колдовства. Интересно посмотреть, что за углы Вы будете менять, и удастся ли Вам поменять их согласованно? Язык-то без костей, а как начнёте менять, так и облом может получиться... wink

Ваши "просто слова" против модельного эксперимента ровным счётом ничего не значат smile

http://nanoworld88.narod.ru/data/025_files/1.gif
Сначала измените согласованно углы, но не в параллелограмме, а в модели фрагмента лизоцима, а мы посмотрим, замкнётся ли он после этого или "а ля у лю" wink

385

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Victoriy пишет:

Вы строите свою таблицу кодирования разновидностей спиралей опираясь на свои фантазии и отмахиваясь от результатов статистики.

Кушелев: Вообще-то я сразу показал, как я строил свою таблицу композиционного генетического кода: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 920204.htm

Я воспользовался данными РСА для наиболее изученных белков. При этом на пластмассовых моделях я получил параметры альфа-спирали, 310-спирали, пи-спирали и бета-спирали. Модельные эксперименты показали, что составленная таблица композиционного кода работает без ошибок. Позднее, когда сборка моделей белка была автоматизирована, обнаружился цикл лизоцима, замкнувшийся через дисульфидный мостик без фолдинга, т.е. строго по таблице композиционного кода. Ещё позднее я нашел ещё 5 фрагментов разных лизоцимов, замнувшихся без фолдинга. Более того, в процессе этого исследования я обнаружил замыкание дисульфидных мостиков не только между цистеинами, но и между цистеином и метионином, что явилось научным открытием, согласитесь. Вам известно, что дисульфидные мостики могут образовываться между цистеином и метионином?

http://nanoworld88.narod.ru/data/586_files/0_1706ab.png
Здесь программа от Prosolver показывает отсутствие вторичной структуры по композиционному коду пи-спирали, но мы уже выяснили, что таблицы композиционного кода по части пи-спирали совпадают, поэтому в действительности эти циклы лизоцима обязаны замкнуться и по алгоритму Виктории Соколик smile Кстати, эти модели совпадают и с экспериментальными данными, если не считать дисульфидных мостиков между цистеином и метионином. Но тут уж дело времени. Должны появлиться экспериментальные данные и по дисульфидным мостикам между метионином и цистеином. Рано или поздно экспериментаторы должны обнаружить эти мостики...

http://nanoworld88.narod.ru/data/586_files/0_1706ae.png
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/586.htm

386

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

aest пишет:
Kushelev пишет:

Меняйте согласованно углы. Но не забывайте, что эти углы не лежат в одной плоскости wink

Возьмите металлическую цепь о тысячи звеньях, замкните. Бросьте комком на землю. Сколько там углов между звеньями согласованно изменились не лежа при этом в одной плоскости? Цепь не разомкнулась. Мистика...

Кушелев: Жаль, что Вы не отличаете механизм белковой молекулы от механизма цепи. В молекуле белка вращение происходит вокруг некоторых осей:

http://img-fotki.yandex.ru/get/9217/158289418.af/0_ae268_6a1e1ddb_S.gif https://img-fotki.yandex.ru/get/39073/158289418.4b0/0_188d68_2a2cc483_S.jpg
В учебнике молекулярной биологии есть такой термин: "вращение затоможено". Это определяется как раз структурой электронной оболочки молекулы. Так же, как рука может гнуться в локте не по любому направлению. Сустав - это не шарнир wink

387

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Victoriy пишет:
Kushelev пишет:
Victoriy пишет:

АБСОЛЮТНОГО не соответствующие реальному механизму трансляции белка.

А соответствует очередь протонов на образование водородных связей в альфа-спирали на выходе из канала рибосомы? wink

Вы же не исповедуете идиш, откуда такой еврейский ответ?

Кушелев: Ну вот, ещё и в евреи записали... Вы согласны, что в канале рибосомы присутствуют протоны? Если согласны, то что им мешает через миллисекунду после установки очередного аминокислотного остатка образовать водородную связь? Т.е. ещё до того, как тРНК отпустит аминокислотный остаток, который она держит 4-мя вандерваальсовыми связями:

http://nanoworld88.narod.ru/data/216_files/0_48cd7_9d30f602_S.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/216.htm

http://nanoworld88.narod.ru/data/216_files/bio.gif

http://nanoworld88.narod.ru/data/247_files/0_51263_ece58a32_orig.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/247.htm

388

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

http://img-fotki.yandex.ru/get/2708/158289418.195/0_fc3b9_fb8aea95_orig.jpg
Судя по этой схеме, Виктория отмеряет углы поворота tRNA вокруг оси белковых спиралей.

Увжаемая Виктория! А Вас не смутил угол 0 градусов? Или Вы его "смело заменили" на 180 градусов? smile

Кстати, эту ошибку легко исправить.

Достаточно организовать "фолдинг" таблицы композиционных углов от Виктории Соколик, чтобы получилась таблица композиционных углов от Александра Кушелева.

Сами структуры белков фолдировать не нужно. Достаточно фолдировать  таблицу углов smile

А я никак не мог понять, откуда Вы такие углы берете? Это можно назвать "антифолдинг" таблицы композиционных углов smile Осталось добавить "фолдинг" таблицы композиционных углов,

"и всех делов" smile

http://www.nanoworld.org.ru/data/20040222/20040621/rm_08.jpg
Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/200402 … images.htm

Получается, что Вы не показывали Prosolver иллюстрации, где показано, вокруг каких осей вращаются модели аминокислотных остатков?

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2p.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2l.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2t.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2f.gif

Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 011202.htm

Есть же описание алгоритма от Евгения Неделько, которое находится в открытом доступе с 1998 года.

В программе Неделько выводились только координаты центров атомов, а углы были взяты у Рамачандрана. Это уже в более поздней версии Дениса Савина программа скрипт стала выводить не только координаты центров атомов, но и кольцегранные оболочки. Помню Вы там ещё ошибку нашли. Правда, программа правильно заработала после исправления второй ошибки. Оказалось, что Денис Савин перепутал в одном месте координату в уравнениях. Потом мы с Валентином поменяли зеркальные отражения аминокислотных остатков на правильные и промасштабировали модели по экспериментальным данным.

Кстати, в программе Дениса Савина вращение тоже реализовано не вокруг одной оси, как было бы естественно, а последовательно вокруг трёх декартовых осей. Это уже связано с вычислительной средой. При этом сначала оказалось, что все спирали строятся правильно, а изломы спиралей неправильно. Выяснилось, что правильные углы между спиралями разных типов получаются при правильном задании начала отсчета углов. Другими словами, нужно поставить аминокислоту в правильную позицию, правильно сориентировать по всем трем осям, после чего получаются корректные модели белков. Но это только геометрический уровень.

389

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 881

Определим структуры всех белков человека к Новому, 2018-ому году?

Число разновидностей белков человека около 5 000 000.

За всю историю развития науки и техники определено около 100 000 белковых структур (половина неправильно). На это истрачено более миллиарда USD.

https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/158289418.3e0/0_176329_6d9df850_L.gif
Пример пикотехнологической 3D-модели белка.

Кушелев: На данный момент база белковых структур "Human Genome Protein", расположенная по этим адресам:

Part 1: https://cloud.mail.ru/public/BJeH/PdR6tFSsR

Part 2: https://cloud.mail.ru/public/Jxkq/Yt3GQAcC8

содержит структуры белков, закодированных

5, 7, 8, 9, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23(X), 24(Y)-хромосомами человека:
https://img-fotki.yandex.ru/get/894414/158289418.4b5/0_189a97_82a0444c_orig.png

Примеры вторичных структур белка в компактном и развёрнутом виде:

https://img-fotki.yandex.ru/get/897810/158289418.4b6/0_189e73_8f3b4a12_orig.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/893753/158289418.4b7/0_18a055_f5f116d2_XL.png

***

https://img-fotki.yandex.ru/get/516365/158289418.4b7/0_189ecf_13af3e92_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4b7/0_189f2f_d2a84234_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/877700/158289418.4b7/0_18a065_70b30230_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/914553/158289418.4b7/0_18a069_6ec5aef6_orig.png






https://img-fotki.yandex.ru/get/876984/158289418.4b7/0_18a06c_288cc96f_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/874316/158289418.4b8/0_18a070_5b715cbf_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/875526/158289418.4b8/0_18a072_8eef4d58_orig.png

Укрупнение:

https://img-fotki.yandex.ru/get/874316/158289418.4b8/0_18a073_e57bd51_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/897810/158289418.4b8/0_18a0ba_e3f74559_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4b9/0_18a0fd_f166188_orig.png

390

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 855

Skype, 2017-12-25:

[24.12.2017 21:12:51] Кушелев Александр Юрьевич: Здравствуйте, уважаемая Виктория!
[24.12.2017 21:13:35] Кушелев Александр Юрьевич: Как Вы относитесь к идее сделать доклад, написать статью, опубликовать каталог на тему: "Определены структуры всех белков человека" ?
[24.12.2017 21:13:59] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/topic/1887/
[24.12.2017 21:15:05] Кушелев Александр Юрьевич: В качестве приложения можно дать ссылку на все структуры, определенные по разным таблицам композиционного генетического кода.
[24.12.2017 21:16:14] Кушелев Александр Юрьевич: При этом часть белков по таблице Виктории Соколик и Александра Кушелева полностью совпадут. Их можно не дублировать.
[24.12.2017 21:17:28] Кушелев Александр Юрьевич: Можно предложить всем желающим составить собственную таблицу композиционного кода и сравнить результаты определения структур по разным таблицам.
[24.12.2017 21:17:49] Кушелев Александр Юрьевич: Мне, например, без разницы, какая таблица окажется более правильной.
[0:43:17] Виктория Соколик: Добрый вечер, Александр Юрьевич. Из Вашего обращения я не поняла, что Вам надо: доклад, статью или каталог структур? Это разные и по назначению и по объёму вещи. И ещё вопрос: где Вы намерены размещать эту информацию? Под каждый ресурс делается специальный проект, Вы ведь должны это понимать.
[0:44:28] Виктория Соколик: И ещё: прежде чем браться писать о "структуре"! уточняйте вторичной "всех белков" надо ещё внимательно на неё посмотреть.
[0:49:15] Виктория Соколик: Не в обиду будет сказано, но Ваши аппетиты и методы решения ГЛОБАЛЬНЫХ задач напоминают мне проповеди проповедников, которые учат любить весь мир, не умея полюбить даже одного человека. Это я к тому, что важнее определить 3D-структуру десятка, но очень нужных и перспективных белков, чем 2D-структуру всех подряд.
[0:51:20] Виктория Соколик: ***** и посмотрим на Ваши ВСЕ БЕЛКИ. smile

[3:07:09] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю! Что и где размещать - это Вам решать. Вы же разместили книгу "Пикотехнология белков". Я считаю, что это самое правильное Ваше решение. А это значит, что Вы сможете решить, что лучше сделать: Доклад на конференции, статью в научный журнал или небольшую книгу-каталог, например, в то же издательство, что и книга "Пикотехнология белков".
Безусловно надо написать "вторичной и выборочно третичной и даже четвертичной". Можно показать пространственные модели ключевых белков. Таких как фундаментальные альфа-310-бета-пи-спирали, программные спирали типа коллагена и наиболее интересные структуры из генома человека. Как выяснилось, каждая хромосома кодирует до 10 белков, представленных преимущественно программными спиралями. Музыка их сборки напоминает народные мелодии: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/page/78/
Дублирую по скайпу одну из таких структур:

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4b9/0_18a0fd_f166188_orig.png

[3:10:09] Кушелев Александр Юрьевич: Очень зрелищными будут 6 циклов разных лизоцимов, которые замкнулись через дисульфидные мостики. Есть и ряд других белков, которые имеет смысл показать читателям/слушателям. Короче, давайте обсудим и сделаем, как проще и лучше. Лучше Вас вряд ли кто-то это сможет.