371

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 280

Victoriy пишет:

измените не один угол, а несколько и при их согласованном изменении все также сможет замкнуться.

Кушелев: Красивая гипотеза. Осталось её проверить. Слабо?

Вы, вероятно, не в курсе, что изменение нескольких углов может привести к тому, что цикл из 22 аминокислот не замкнется вообще, т.е. не с вероятностью 1/30 000 000 000, а с вероятностью строго равной нулю (=0).

Поэтому я и пишу, что замыкание 6 циклов из разных лизоцимов не может быть случайностью. Эти замыкания показывают, что таблица композиционного генетического кода и композиционные углы правильные. Не все, конечно, а только те, которые принимают участие в формировании этих циклов.

http://nanoworld88.narod.ru/data/025_files/1.gif
Фрагмент лизоцима, который замкнулся через дисульфидный мостик.
Модель построена программой CASP3 (Евгений Неделько, 1998 год).

372

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Victoriy пишет:

Один белок без убедительной статистики это не доказательная база, а с большой вероятностью может быть случайностью, и только Вы не хотите это понять.

Кушелев: Вот именно. Я даже посчитал вероятность случайного замыкания для одного цикла лизоцима. Она оказалась 1/30 000 000 000. По просьбе "трудящихся" я нашёл 6 циклов из разных лизоцимов. При этом вероятность случайного замыкания уменьшилась до 1,37e-63

Поробнее о 6 циклов разных лизоцимов: http://nanoworld88.narod.ru/data/586.htm

373

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 285

Victoriy пишет:

Я с абзаца Вам написала, про слово правильно в общенаучном/общефилософском смысле, а не про пи-спираль.

Кушелев: Вы, вероятно, не видели иллюстрацию из сообщения, которое комментировали. Я специально продублировал иллюстрацию по скайпу сегодня. Для читателей форума повторю её в этом сообщении:

https://img-fotki.yandex.ru/get/872977/158289418.4b0/0_188a4f_2dc82619_orig.png
На иллюстрации показано, что вторичная структура, построенная по алгоритму Виктории Соколик на 100% совпадает со вторичной структурой, полученной по композиционной таблице Кушелева. Это только в программе от Prosolver коду AAA ничего не соответствует, а по алгоритму Виктории Соколик код AAA соответствует левой спирали, т.е. пи-спирали. Вам осталось подправить углы пи-спирали, чтобы не пришлось получать "те же результаты другим способом" уже в 3D версии программы smile

Если я не ошибаюсь, Вы предлагаете строить модель пи-спирали в два этапа. На первом построить неправильную левую спираль (3 АО на виток), т.е. с неправильными водородными связями, соединяющими n-ый АО с (n+3)-им, а на втором этапе переделать неправильную левую спираль в правильную пи-спираль, т.е. разорвать все водородные связи n ... (n+3), изменить все углы между аминокислотными остатками со 120 градусов до 87, после чего сделать заново все водородные связи, но уже не с третьим АО, а с пятым, т.е. n ... (n+5). Другими словами, неправильно построить, потом всё сломать и построить правильно. А почему нельзя сразу сделать правильно по Вашей же таблице композиционного кода, которая в этом месте на 100% совпадает с моей? Просто сразу взять правильные углы пи-спирали. smile

http://img-fotki.yandex.ru/get/4124/158289418.4c/0_9a20d_fd5fc9e_orig.jpg
http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126580004.53/0_bcc31_366c6e2c_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6304/126580004.53/0_bcc32_4f52ef7b_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6302/126580004.52/0_bcc2f_a96d98c5_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6307/126580004.52/0_bcc30_b4791ec4_S.gif
Альфа-спираль Бета-спираль    Пи-спираль        310-спираль
Подробнее можно посмотреть в 287-ом выпуске рассылки: http://nanoworld88.narod.ru/data/287.htm

374

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 313

aest пишет:

А самое смешное, что Кушелев как бы везде бравирует книгой, которую написала Виктория, а сам он ее, судя по его же переписке с Викторией, даже не читал.. Ухохотаться можно smile

Кушелев: Я правильно понял, что Вы лучше Кушелева знаете, что он читал, и что писал? Когда Виктория Соколик, богиня пикотехнологии, писала книгу "Пикотехнология белков", научных открытий, о которых сегодня идет речь, ещё не было. Поэтому эти иллюстрации не могли попасть в книгу из будущего:

https://img-fotki.yandex.ru/get/509292/158289418.4a7/0_186c5c_1ebe5075_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4a9/0_186fc0_a6332fad_orig.png

Но буквально вчера выяснилось, что в программе от Prosolver вторичная структура показана не так, как должна быть показана согласно таблице композиционного кода от Виктории Соколик.

Там, где программа показывает отсутствие вторичной структуры, в действительности по таблице Виктории Соколик вторичная структура есть. Это структура левой спирали, т.е. пи-спирали:

https://img-fotki.yandex.ru/get/872977/158289418.4b0/0_188a4f_2dc82619_orig.png

Так что разногласий во вторичной структуре нет. Разногласие в величине угла, т.е. на уровне пространственной модели, т.е. 3D версии программы.

Виктория считает, что рисобома собирает левую спираль с углами по 120 градусов (три АО на виток), после чего некий "фолдинг" ломает эту структуру, т.е. разрывает водородные связи n ... (n+3), меняет все углы со 120 на 87 градусов и создаёт все водородные связи заново, т.е. уже n ... (n+5). А я считаю, что рибосома строит пи-спираль с первого раза. Без мистического фолдинга.

375

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 342

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

aest пишет:

Вы приводите в качестве примеров жесткие фигуры, у которых грани как раз треугольники. Но масса таких фигур ничтожна по сравнению с массой нежестких фигур. Так что основной, имеющий важность для науки вывод не опровергнут: фолдинг есть. А вы можете и дальше его не замечать, пусть он тут для других зияет

Кушелев: Вы очень настойчиво не хотите изучать азы философии. Кстати, Ваше заявление по поводу "массы таких фигур", применительно к белкам, тоже ошибочно. Подавляющее большинство белков содержат альфа-спиральные участки. На этой иллюстрации они показаны красным цветом:

https://img-fotki.yandex.ru/get/962386/158289418.4ae/0_187d05_fb266b6c_XL.png
Их может быть много, как здесь

https://img-fotki.yandex.ru/get/893904/158289418.4af/0_188265_9e1f5dfb_orig.png
Их может быть мало, как здесь,

но альфа-спиральные участки присутствуют в подавляющем большинстве белков. Их отсутствие является редким исключением. Так что Вам срочно нужна новая ошибка "для оправдания" wink

https://img-fotki.yandex.ru/get/4701/158289418.4b0/0_188d66_d24e8b17_orig.jpg
Поколдуйте, например, над жёсткостью альфа-спирали wink

376

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

aest пишет:

фолдинг происходит благодаря наличию у белка "суставов", т.е. мест, где он легко может гнуться, о чем и говорит Виктория. Так что, повторюсь, основной, имеющий важность для науки вывод не опровергнут: фолдинг есть, а пикотехнология Кушелева ошибочна

Кушелев: Вы, вероятно, не поняли моего объяснения. На суставах может гнуться третичная структура белка, т.е. состоящая, например, из жёстких альфа-спиральных участков. Действительно, на уровне третичной структуры есть и фолдинг, т.е. однократная "укладка жестких участков вторичной структуры на суставах Pro", и динамический "фолдинг", т.е. по существу функционирование пико-механизмов. Я даже показал динамические модели белков, демонстрирующие этот динамический "фолдинг":

http://img-fotki.yandex.ru/get/2712/126580004.3f/0_b1b0c_a4931b42_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/9116/158289418.af/0_ae267_2d0606e3_orig.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/5506/126580004.42/0_b37ab_6493b0b7_S.giff

Однако Виктория пишет не об этом "фолдинге третичной структуры", а именно о мистическом фолдинге вторичной структуры, когда этот мистический "фолдинг" должен сначала разрушить построенные рибосомой "шаблоны", например, левую спираль с углами между аминокислотными остатками в 120 градусов, разорвать все водородные связи n ... (n+3), изменить все углы со 120 на 87 градусов и замкнуть заново все водородные связи уже по схеме n ... (n+5). Вот о чём дискуссия, а не о том, что угол между альфа-спиральными участками может меняться на Pro.

377

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

aest пишет:

помимо жестких фигур есть бесконечно бОльшее количество нежестких, т.к. этот факт ставит крест...

Кушелев: Научитесь различать обычную ходьбу от размягчения костей wink

https://img-fotki.yandex.ru/get/5403/158289418.4b0/0_188d67_868d6879_XL.jpg

378

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

aest пишет:

Напоминаю слова Виктории:
"Кстати фолдинг это не кардинальное изменение закодированного структурного шаблона, а лишь его "косметическая" оптимизация."

Кушелев: А за этими словами кроется разрушение всех водородных связей, изменение всех углов и создание всех водородных связей заново. Вот такая "травматическая косметика" wink

http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126580004.53/0_bcc31_366c6e2c_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6302/126580004.52/0_bcc2f_a96d98c5_S.gif
. . . Было . . . . . . . . . . Стало

379

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

aest пишет:

Если я не ошибаюсь, альфа спираль у Виктории получается в результате фолдинга.

Кушелев: Совершенно верно! Рибосома по композиционному коду строит сначала 310-спираль (по Виктории):

http://img-fotki.yandex.ru/get/6307/126580004.52/0_bcc30_b4791ec4_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126580004.53/0_bcc31_366c6e2c_S.gif
310-спираль . альфа-спираль

после этого мистический фолдинг (будем называть вещи своими именами) разрушает все водородные связи n ... (n+3), меняет все углы между аминокислотными остатками с 120 градусов (3 АО на виток) до 100 градусов (3.6 АО на виток), после чего создает все водородные связи заново. "Травматическая косметика" в двух словах smile

380

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Victoriy пишет:

А как насчет Вашего обобщения частного случая лизоцима до всей когорты белков? Это ли не грубейшая философская ошибка, ведь дисульфидные мостики имеет менее 1 % белков.

Кушелев: Давайте разберёмся. Если 1% белков строится по композиционному генетическому коду, то какой вывод можно сделать о принципах сборки белков? Могут ли белки, в которых есть дисульфидные мостики строиться по иным принципам, чем остальные белки? Может ли альфа-спираль собираться по композиционному коду, а пи-спираль без композиционного кода?

Если уж композиционный код обнаружен, значит он работает для всех белков рибосомальной сборки. Не может же рибосома "тут работать, а там не работать". Это же абсурд!

Конечно есть нюансы. Рибосомы митохондрий работают по слегка другой таблице композиционного кода:

https://img-fotki.yandex.ru/get/106972/158289418.3c5/0_1713fb_cf7f7637_orig.png

Более того, в некоторых организмах используется своя таблица генетического кода, но это нюансы. Если рибосома работает, то она работает одинаково при сборке любых рибосомальных белков.