71

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

(Сообщение 398) К этому можно добавить, что таким способом можно визуализировать структурный шаблон тех белков, для которых нет никаких экспериментальных данных для моделирования их конформации, кроме аминокислотной последовательности, да и то конвертированной из нуклеотидной, её детерминирующей. Т.е. декодированный структурный шаблон белка может служить той самой первичной информацией о структуре белка (координаты атомов), которую добывают из рентгенограмм его кристаллов и которая служит основой для моделирования его конформации.

Кушелев: Вообще-то из рентгенограмм координат не добывают. Дифракционная картина даёт надёжные данные о симметрии кристалла, но не позволяет при заявленном разрешении в доли ангстрема увидеть даже форму сравнительно крупных фрагментов кристалла, в частности, форму ступени ДНК.

Victoria пишет:

Если говорить о сравнении наших алгоритмов, то справа можно еще предусмотреть столбец для аналогичной схемы, смоделированной по экспериментальным данным (его можно вводить с помощью цифр композиционного кода и отображать теми же фигурами). Это для наглядности.

Действительно, интерпретацию данных РСА и др. методов можно ввести с помощью цветных полос, хотя экспериментальные методы пока не позволяют надёжно отличать 310 спираль от альфа-спирали и даже обе эти спирали от бета-спирали smile

72

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Victoria пишет:

А.Ю., НЕ заметить длину спирали ДНК и точно определить её ширину -- это нонсенс smile даже для прошлого века.

Кушелев: В истории науки много нонсенсов, "и не удивляйтесь" (М.С.Горбачёв) smile

73

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Избегаем узаконенного воровства денег провайдерами мобильной связи...

Для этого нужно входить в офис провайдера мобильной связи с пониманием, что сейчас тебя будут дурить, как Буратину...

Покупая сим-карту нужно сразу в офисе требовать, чтобы отключили все ненужные услуги и подключили "услугу"-блокировку автоматического подключения новых услуг. Если один провайдер будет выполнять такое требование клиента, то и остальным придётся. А пока у них "круговая порука" smile

Те, клиенты, которые ещё не обворованы, наивно считают, что деньги у них воровать не будут. После того, как их первый раз обворуют, они уже начинают адаптироваться. После того, как их обворуют по нескольким разным схемам, они уже полностью перестают доверять провайдерам, и тогда уже проблемы начинаются у провайдеров...

Процесс взаимодействия провайдеров с клиентами похож на маятник. Толкнули, урвали, а потом маятник пошёл в обратную сторону. На всех провайдеров уже судебные иски поданы...

74

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Все мои знакомые пишут на русском и для "Эффективных менеджеров" - а их учёные на дух не переваривают. Думаю, что хорошего копирайтера для ученых нужно искать на каких-нибудь англоязычных научных форумах - там можно почитать по теме, найти людей, которые хорошо пишут и напрямую обратиться с вопросом. Если задать вопрос 30-40 людям, то хоть один наверняка согласится.

Относительно скриптов не помогу. Единственное как идея - генерировать скрипты с помощью VB Script. VBS можно из командной строки запускать и сохранять всё то, что он печатает на диск. Как-то так

А что такое  VB Script? Где его скачать? И что ему нужно на входе?

75

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Kushelev пишет:

А что такое  VB Script? Где его скачать? И что ему нужно на входе?

Visual Basic

76

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

VB - это визуал бэйсик? Не, мне нужны скрипты "ручной работы" smile

77

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Попробуем построить модель фиброина

-- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Pikotechnological peptide - model
-- http://nanoworld.narod.ru/
angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110)
dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
--fibroin
kk = #(1,1,3,2,3,1,2,3,1,1,3,2,1,1,1,3,2,2,4,4,1,1,3,3,1,3,3,3,3,3,2,1,1,3,
3,3,2,3,3,3,1,2,1,2,3,2,1,1,1,1,3,1,3,1,3,1,1,1,3,1,1,3,3,1,1,1,1,1,
1,1,1,1,1,3,3,2,3,3,2,2,4,4,1,3,1,1,2,3,1,1,3,2,3,1,3,1,1,3,3,1,3,2,
1,3,1,3,1,3,4,3,3,4,3,2,3,2,4,2,1,3,3,3,3,3,3,3,1,1,2,2,1,1,3,1,2,3,
2,1,4,3,3,2,1,3,3,1,3,3,3,2,1,1,3,3,3,1,4,3,3,3,3,3,3,3,3,4,3,3,2,3,
4,2,2,2,3,3,1,1,3,3,1,2,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,1,3,2,3,3,3,1,1,3,1,3,3,
3,2,3,1,4,3,4,3,3,1,1,1,2,1,4,3,1,4,1,1,1,1,4,1,1,3,1,1,1,4,1,1,1,1,
2,1,3,1,3,1,3,1,4,2,4,1,3,1,1,1,1,4,1,3,3,3,1,4,3,2,1,3,1,1,1,3,3,3,
2,1,3,3,1)
peptide = box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to 276 do(
element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])

http://img-fotki.yandex.ru/get/5823/126580004.36/0_af5f6_aebaba40_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5823/126 … 0_orig.gif

Да, вполне узнаваем...

78

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Кто может сделать вывод файла с композиционным кодом из программы от Prosolver?

http://nanoworld.narod.ru/Pikotech2D_3.6.zip

Речь идёт о последовательности цифр 1,2,3,4 , показанной в столбце под Kushelev:

http://nanoworld88.narod.ru/data/212.files/0_48c3d_c58d73bb_orig.gif

Конкретная последовательность, соответствующая этой иллюстрации, должна записаться в текстовый файл в формате:

4,3,2,1,2,2,2,2,2,2,4,4,2,2,4,3,4,4,2,2,2,2,1,3,3

Это и есть композиционный код белка, по которому построена вторичная структура.

Далее мы вставляем этот композиционный код в мой скрипт:

angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110)
dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
kk = #(4,3,2,1,2,2,2,2,2,2,4,4,2,2,4,3,4,4,2,2,2,2,1,3,3)
peptide = box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to 25 do(
element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])

http://img-fotki.yandex.ru/get/4526/126580004.36/0_af5f7_bde92619_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4526/126 … 9_orig.gif
и скрипт строит упрощённую 3D-модель этого белка.

79

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Kushelev пишет:

VB - это визуал бэйсик? Не, мне нужны скрипты "ручной работы" smile

Причем тут ручная работе?
VB обычная среда разработки... типа C++ или Delphi... только на базе Basic...
Но на мой взгляд хуже их обоих...

80

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Я так понял, что речь шла о конструировании скриптов для 3DS Max с помощью VB. Тот, кто мне это посоветовал, очень быстро пишет тексты программ на Си в Exel smile