111

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Zoldrax пишет:
Kushelev пишет:

Круто! Но это - только начало... Фактически управление происходит двумя "браслетами", а должно быть 8-12. Ну и без шланга, естественно smile

Но и на этой гидроустановке можно уже сегодня поставить компенсаторы гравитационного поля, ветра и ... шланга smile

Но, даже в таком виде, оно смотрится достаточно инопланетно по стилю полета. И встают они с колен (см. пред сообщение).

Кушелев: Совершенно верно. Разница лишь в том, что гидробраслеты отталкиваются от воды, а эфирные браслеты отталкиваются от эфира. По ощущениям может быть одинаково. Так что те, кто научатся летать на гидробраслетах (с компенсаторами гравитации, ветра и шланга), смогут сразу полететь на эфирных браслетах, если параметры будут те же.

112

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Kushelev пишет:
Анатолий Шестопалов пишет:

Александр Юрьевич недолюбливает в этой теме конкурирующие с микроволновой энергетики

Кушелев: Протестую! Меня очень интересуют любые результаты по энергетике. Только для этого нужно представить РЕЗУЛЬТАТЫ, а не рассказы из газет smile

   --с газетами вы Александр Юрьевич погорячились. Вся информация из интернета,как в прочем, и вся ваша научная деятельность по биохимии и микроволновой энеогетике !!!! Чему верить или не верить??? Но очевидно что Вы и объективность находитесь на разных полюсах планеты,как видно.... Про какие результаты Вы имели ввиду в случае установки Андреа Росси ??? Если Вы не попали на демонстрационные испытания в Италию--для вас это пустой звук ?? Или очередная шутка флудистов не стоящая внимания??? Ну даа--этого не может быть --потому что не может быть никогда !!!  smile

113

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Не удаётся найти нуклеотидную последовательность в чистом виде. Попадаются гены: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AL10 … splay=text

Попытка посмотреть в формате fasta тоже не проходит. Стандарт расширился, и программа от Prosolver не может адекватно обработать файл...

114

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

universum пишет:

Чему верить или не верить???

Кушелев: Вы путаете науку с религией. Верить в науке не принято. Если экспертам NASA не дали провести полноценную экспертизу установки, то что мы будем обсуждать? Что там внутри может быть засыпано? Никель или бурбуляндий?

Если есть, что конкретно обсуждать, давайте обсудим. Если Вы не в курсе, что за установку мы обсуждаем, то обсуждайте на здоровье, только не в этой теме. smile

115

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

universum пишет:

Если Вы не попали на демонстрационные испытания в Италию--для вас это пустой звук ??

Кушелев: Не пустой, но у меня нет достоверных данных, которые я мог бы обсудить. У Вас есть? Давайте обсудим. Если нет, то обсуждайте за пределами этой темы.

116

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Тут обнаружился тубулин-гамма: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001070.4

Тубулин альфа 3c: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_006001.2

Тубулин альфа 1b: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_006082.2

Я уже запутался, какой из них является первой субъединицей, а какой - второй.

Может быть кто-нибудь подскажет?

Нужны две нуклеотидных последовательности первой и второй субъединиц, чтобы получился полный комплект для сборки микротрубочек smile

117

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Просто надо успеть до выдачи Нобелевской за структуру коллагена успеть построить и структуру тубулина, чтобы второй раз за второй Нобелевской не ездить smile

118

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Skype:

[13.12.2011 11:08:36] V: Саша, привет! ты в каком 3DS релизе работаешь ?
[13.12.2011 11:11:11] Кушелев Александр Юрьевич: 3DS Max 2011
[13.12.2011 11:11:39] Кушелев Александр Юрьевич: До этого работал в 9-ой, 8-ой, 6-ой
[13.12.2011 11:11:55] V: 2011- она русскоязычная? или англишь ?
[13.12.2011 11:12:42] Кушелев Александр Юрьевич: Вроде по-русски пишет, а кнопки "ОК", "Cansel" иероглифами изображает smile
[13.12.2011 11:12:52] V: ясно )
[13.12.2011 11:12:53] Кушелев Александр Юрьевич: Позавчера скачал
[13.12.2011 11:13:02] V: уже 2012 появилась
[13.12.2011 11:13:14] Кушелев Александр Юрьевич: Мне любая подойдёт, какую привезёшь smile
[13.12.2011 11:13:25] V: ок
[13.12.2011 11:13:32] Кушелев Александр Юрьевич: А мой скрипт пойдёт и на 6-ой smile
[13.12.2011 11:14:48] V: он у тебя как 2 пальца
[13.12.2011 11:37:56] Кушелев Александр Юрьевич: Всё гениальное просто tongue
[13:57:31] V: поставил 3Dmax
сделал так:
http://nanoworld.narod.ru/EMBLReader023L_20101113.txt
[12.12.2011 18:34:54] Кушелев Александр Юрьевич: Запускаешь 3DS Max
[12.12.2011 18:34:57] Кушелев Александр Юрьевич: Потом этот скрипт
[12.12.2011 18:35:11] Кушелев Александр Юрьевич: Потом в появившемся окне выбираешь файл dne
[12.12.2011 18:35:49] Кушелев Александр Юрьевич: И скрипт строит тебе 3D-структуру белка с очень высокой реалистичностью форм молекул...
отработало - получилось то что ты высылал картинкой
[14:00:02] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда запускай крутой скрипт: http://nanoworld.org.ru/topic/5/page/43/
[14:00:05] Кушелев Александр Юрьевич: Сообщение 429
[14:05:25] V: не вижу скрипта
[14:05:50] Кушелев Александр Юрьевич:
-- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Peptide pikotechnology  - collagen model
-- http://nanoworld.narod.ru/
p = #()
angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110)
dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
--collagen
kk = #(3,3,1,3,3,1,1,1,1,2,1,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,2,3,1,3,3,1,3,1,3,3,1,1,3,
1,1,3,3,1,3,1,1,3,1,3,3,1,4,1,3,1,1,1,3,3,3,1,3,1,1,3,1,1,1,1,1,3,3,
3,1,3,3,2,3,1,3,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,1,3,1,3,3,3,3,3,3,3,3,1,3,3,3,1,
1,1,3,1,1,1,3,3,1,2,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,1,1,2,1,3,3,1,1,3,3,3,
3,3,3,1,1,3,3,1,3,1,1,3,2,1,3,3,3,3,1,1,3,1,1,1,3,1,3,1,3,4,4,1,1,1,
1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,3,3,1,1,1,3,3,1,1,1,3,1,1,1,4,3,3,1,1,1,1,1,1,1,
1,1,1,1,1,4,3,3,4,1,3,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,4,
1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,4,1,4,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,
4,1,1,1,1,4,3,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,
1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,1,1,1,4,3,3,1,1,1,3,4,1,1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,3,4,4,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,
1,3,2,1,1,1,1,1,3,4,1,1,1,3,1,1,4,3,1,3,2,2,1,1,3,2,4,3,1,1,1,4,4,1,
1,4,1,4,1,1,3,1,1,3,3,1,1,3,1,3,4,1,1,3,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1)
peptide = box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to 473 do(
element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])
rotate peptide 30 [0,1,0]; move peptide [-21.5,5,0]

for k = 1 to 48 do(dd = mod k 2; p[k] = copy peptide wirecolor: [250,250*dd,250*dd]; p[k].pivot = [0,0,0]
ang = 30*k; rotate p[k] ang [0,0,1]; move p[k] [0,0,k*4.3])
gr1 = group #(peptide,p[1],p[2],p[3],p[4],p[5],p[6],p[7],p[8],p[9],p[10],p[11],p[12],p[13],p[14],p[15],p[16]
,p[17],p[18],p[19],p[20],p[21],p[22],p[23],p[24],p[25],p[26],p[27],p[28],p[29],p[30],p[31],p[32],p[33],p[34]
,p[35],p[36],p[37],p[38],p[39],p[40],p[41],p[42],p[43],p[44],p[45],p[46],p[47],p[48])
gr1.rotation.controller[3].controller.value = 0
animate on
at time 100 gr1.rotation.controller[3].controller.value = 60
gr1.pos.controller[3].controller.value = 0
animate on
at time 100 gr1.pos.controller[3].controller.value = 8.6
[14:20:02] V: работает.
[14:20:16] V: многогранничкофф много много нарисовалось
[14:24:12] Кушелев Александр Юрьевич: Нажми плэй
[14:24:41] Кушелев Александр Юрьевич: А потом сюда: http://nanoworld.org.ru/topic/5/page/44/
[14:26:22] V: а хде расположена эта пипка play ?
[14:27:23] V: нашёл
[14:27:23] Кушелев Александр Юрьевич: В 3DS Max если нажмёшь "Плэй"
[14:27:39] Кушелев Александр Юрьевич: Но вряд ли потянет...
[14:27:54] V: у меня тянет ))
[14:27:59] Кушелев Александр Юрьевич: Жми сразу сюда: http://nanoworld.org.ru/topic/5/page/44/
[14:28:18] V: то же что и у тбя в виде мувика - у меня в реале тянет
[14:28:54] Кушелев Александр Юрьевич: Я на старом компе делал. На новом у меня HFSS smile
[14:29:30] V: у меня "новый"
[14:30:14] Кушелев Александр Юрьевич: Везёт же людям smile
[14:30:27] V: немного иногда
[14:31:02] V: а почему ты уже лет 20 как постоянно сидишь на одном и том же.
мы и в 93м году колаген обигрывали
и сейчас ты его всё так же слюнявишь
[14:32:34] Кушелев Александр Юрьевич: А ты пробовал построить ту же структуру с помощью скрипта Дениса Савина, точнее уже Савина-Кушелева? Вот с помощью этого: http://nanoworld.narod.ru/EMBLReader023L_20101113.txt
[14:32:51] Кушелев Александр Юрьевич: У тебя коллаген не "новый", ни новый комп не потянет
[14:32:56] Кушелев Александр Юрьевич: Не догоняешь?
[14:33:26] V: что значит "не потянет" ?
[14:33:28] Кушелев Александр Юрьевич: Вот есть белок попроще: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.files/0_48ad1_768200e6_L.png
Оригинал: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.fi … 6_orig.png
[14:33:57] Кушелев Александр Юрьевич: Вот другой попроще: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.files/0_48a02_8b0a1fc2_L.png
Оригинал: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.fi … 2_orig.png
[14:34:10] Кушелев Александр Юрьевич: А коллаген на порядок круче будет
[14:34:26 | Edited 14:34:40] Кушелев Александр Юрьевич: Это у меня скрипт крутой, поэтому твой комп его тянет
[14:34:45] V: а скрипт савина - уже не потянет ?
[14:34:56] Кушелев Александр Юрьевич: А попробовал бы ты своей прогой, и увидел бы, что станет с твоим компом smile
[14:35:11] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт Савина и половину не потянет smile
[14:35:23] Кушелев Александр Юрьевич: И четвертину...
[14:35:31] V: а почему не потянет ? что в нём такого ?
[14:35:48] Кушелев Александр Юрьевич: Он не может показать один аминокислотный остаток одним многогранником
[14:36:06] Кушелев Александр Юрьевич: А 100 000 000 граней твой комп не потянет
[14:36:28] Кушелев Александр Юрьевич: А коллаген - хитрый белок
[14:36:38] Кушелев Александр Юрьевич: Ты видишь гиперспираль...
[14:36:43] V: наверное вижу
[14:37:12] Кушелев Александр Юрьевич: Ну, если сюда зашёл и то же увидел, значит видишь: http://nanoworld.org.ru/topic/5/page/44/
[14:37:40] Кушелев Александр Юрьевич: Каждый многогранник обозначает аминокислотный остаток, т.е. больше 10 атомов
[14:37:42] V: вижу вижу )
[14:38:09] Кушелев Александр Юрьевич: До сих пор биологи думают, что коллаген скручен из микроверёвок
[14:38:25] Кушелев Александр Юрьевич: А каждая микроверёвка скручена из особой спирали коллагена
[14:38:31] Кушелев Александр Юрьевич: Эту спираль никто не видел
[14:38:35] Кушелев Александр Юрьевич: Потому что нет её...
[14:38:57] Кушелев Александр Юрьевич: Гигантская спираль складывается из кусков, которые раскрашены в белый и красный цвет
[14:39:19] Кушелев Александр Юрьевич: Каждый кусок - 3D- структура (одна молекула коллагена)
[14:39:32] Кушелев Александр Юрьевич: А вся гипер-спираль - четвертичная структура коллагена
[14:39:50] Кушелев Александр Юрьевич: Об этом мне стало известно вчера. Тебе - сегодня
[14:40:16] Кушелев Александр Юрьевич: Одна эта гиперспираль - это уже Нобелевка. Догоняешь?
[14:41:13] Кушелев Александр Юрьевич: А то, что мы видели 20 лет назад, была ненастроенная программа, которая неправильно показывала спираль коллагена
[14:41:32] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь запустить свою прогу тех времён и посмотреть, что она за коллаген построит ):
[14:42:34] Кушелев Александр Юрьевич: Настроить все углы (в первом приближении) мне удалось лишь несколько лет назад в скрипте Дениса Савина
[14:44:41] Кушелев Александр Юрьевич: Этот скрипт был написан где-то в 2004-ом году: http://www.nanoworld.org.ru/data/200402 … /index.htm
[14:44:44] V: это я помню.
[14:44:59] Кушелев Александр Юрьевич: А настроить его мне удалось лишь в 2010-ом smile
[14:46:23] Кушелев Александр Юрьевич: И начиная с 2010-года посыпались научные открытия. Вот здесь, например, можно почитать про структуру гистонов, кристаллинов и шаперонов: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm
[14:46:30] V: просто не было времени сесть и понастраивать
[14:46:38] V: фигнёй всякой занимался wink
[14:46:52] Кушелев Александр Юрьевич: А ты уверен, что смог бы?
[14:47:06] Кушелев Александр Юрьевич: Попробуй сам собери коллаген из готовых элементов smile
[14:47:11] V: я уже давно ни в чём не уверен
[14:47:32] Кушелев Александр Юрьевич: Все элементы одинаковые, а из них собирается гиперспираль
[14:47:46] Кушелев Александр Юрьевич: Если бы не открытие структуры шаперонов, то я бы ни за что не догадался...
[14:48:02] Кушелев Александр Юрьевич: А шапероны получились тоже не на пустом месте
[14:48:07] Кушелев Александр Юрьевич: А потом гистоны...
[14:49:05] Кушелев Александр Юрьевич: После коллагена можно уже и за тубулин браться. Там хитрая штука. Элементы двух типов, симметрия 13-ричная...
[14:49:42] Кушелев Александр Юрьевич: Это с учётом физики они сами собираются, а на одной геометрии "чёрта лысого соберёшь" smile
[14:50:03] V: а физику как раз ты и не знаешь
[14:51:59] Кушелев Александр Юрьевич: Я-то знаю, только запрограммировать не могу. Это сложнее будет чем этот скрипт:
[14:52:32] Кушелев Александр Юрьевич: angx=#(-24,180,60,-45,-45); angy=#(-10.89167,83,0,15,15); angz=#(92,120,60,110,110)
dx=#(2,1.5,1.6,2,2); dy=#(0.6,1,0.8,1,0.6); dz=#(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
kk=#(1,1,4,1,1,4,1,4,4,1,4,1,4,1,4,1,1,1,4,1,1,4,1,1,4,4,3,3,4,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1)
peptide=box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to 56 do(
element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])
[14:52:55] Кушелев Александр Юрьевич: А ты, небось уже забыл, как программировать? wink
[14:53:12] V: последние полтора года этим и занимаюсь
[14:53:22] Кушелев Александр Юрьевич: Ну, тогда ещё есть шанс smile
[14:53:36] V: програамированием не известно чего непонятно зачем в поиске кое чего, что нельзя описать словами.
[14:53:49] Кушелев Александр Юрьевич: Евгений Неделько уже бросил программировать. Теперь консультирует smile
[14:54:10] V: не знаю Евгения Неделько
[14:54:26] Кушелев Александр Юрьевич: Он написал программу CASP3
[14:55:02] Кушелев Александр Юрьевич: На её основе Денис Савин написал скрипт для 3DS Max-6
[14:55:37] Кушелев Александр Юрьевич: Ты видел упрощённый вариант. Полный может сохранять файл с координатами атомов в формате ENT (PDB)
[14:55:51] Кушелев Александр Юрьевич: но его так просто не запустишь
[14:55:55] Кушелев Александр Юрьевич: Его инсталлировать надо...
[14:56:51] V: его  - это CASP3 &
[14:57:08] Кушелев Александр Юрьевич: Это он (полновесный скрипт Дениса Савина) делал до настройки углов:

http://img-fotki.yandex.ru/get/9/nanoworld.0/0_5a46_6f779073_L
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/9/nanowo … 79073_orig

[14:59:03] Кушелев Александр Юрьевич: А если в нём углы настроить, то он сможет выдавать структуры белков для стандартных браузеров PDB
[14:59:34] Кушелев Александр Юрьевич: Но я полновесный скрипт не смог инсталлировать под Max - 8 и Max - 9
[14:59:52] Кушелев Александр Юрьевич: Денис Савин сказал, что адаптирует, но "руки не дошли..."
[15:01:54] V: а ещё там вместо шариков надо ставить кубики - тогда тебе легче будет проводить адаптацию
[15:02:01] V: как предположение
[15:04:51] Кушелев Александр Юрьевич: Да там нужно просто таблицу углов из облегчённого скрипта в полновесный скопировать с помощью Ctrl-C, Ctrl-V. Просто я не могу открыть файл. Он упакованный 3DS Max
[15:05:06] V: кинь  - погляжу
[15:05:14] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас.
[15:06:08] Кушелев Александр Юрьевич: http://www.nanoworld.org.ru/data/200402 … /index.htm
[15:06:13] Кушелев Александр Юрьевич: Файл mzp
[15:09:53] V: а какой файл ты не можешь открыть ?
[15:10:14] Кушелев Александр Юрьевич: mzp
[15:10:45] V: а если я тебе то же самое вышлю , упакованное например Зипом или Раром - откроешь ? )
[15:10:49] Кушелев Александр Юрьевич: Он упакован 3D-студией, причём кажется 6-ой
[15:11:37] Кушелев Александр Юрьевич: Я не помню, что там ещё были за проблемы, но инсталляция по инструкции не получилась. В 8-ом максе. А 6-ой мне лень было ставить
[15:11:50] Кушелев Александр Юрьевич: И сейчас лень
[15:12:04] *** V sent emblreader.zip ***
[15:12:12] V: файл бери!
[15:12:29] Кушелев Александр Юрьевич: И чего с ним делать? Он без 6-ого макса работать не будет
[15:13:10] V: а что значит, когда ты говоришь "открыть" файл не удалось и не удалось "прочитать"
[15:13:44] Кушелев Александр Юрьевич: Сначала я открывал его 6-ым максом
[15:13:46] V: я открыл. и прочитал любой файл из этого упакованного файла MZP
более того - даже просто перепаковал в ZIP
[15:14:06] Кушелев Александр Юрьевич: Потом поставил 8-ой, и инсталляция не пошла
[15:14:30] Кушелев Александр Юрьевич: Денис проверил и сказал, что переделает под новую версию Макса, но не переделал
[15:14:44] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы инсталлировать его скрипт, нужно ставить 6-ой Макс
[15:16:25] V: ты мне не ответил на вопрос - что -значит не "смог прочитать"  - ты не можешь в принципе без 3DS открыть и прочитать файлы внутри этого MZP файла ?
[15:17:38] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас не могу
[15:17:57] Кушелев Александр Юрьевич: А раньше мог с помощью 3DS Max-8
[15:18:08] V: а упакованный ZIP - сможешь просто так взять и открыть )?
[15:18:12] Кушелев Александр Юрьевич: Но инсталляция под 8-ым максом не шла
[15:18:15] V: сможешь. только что делать дальше - не знаешь
[15:18:27] Кушелев Александр Юрьевич: ZIP могу точно
[15:18:40] Кушелев Александр Юрьевич: А дальше нужно устанавливать 6-ую версию Макса
[15:19:01] Кушелев Александр Юрьевич: В нём можно инсталлировать полновесный скрипт
[15:19:33] V: там просто набор папок другой. и ссылки или какая-то из ссылок (то что я вижу) настроена именно на набор папок 6го макса,
[15:19:44] Кушелев Александр Юрьевич: Мечта Виктории Соколик - файл ENT в стандарте PDB smile
[15:20:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если тебе удастся инсталлировать скрипт в более поздней версии макса, то это будет очень здОрово smile
[15:33:36] V: у меня нет ни одно файла ЕНТ
[15:34:46] V: и PDB тоже нет
[15:35:01] Кушелев Александр Юрьевич: Не проблема. В PDB (Protein Data Base) их десятки тысяч smile
[15:35:07] V: интеерсно , а можно ли получить ГРАНТ на эт и работы - ты не пытался ?
[15:35:23] Кушелев Александр Юрьевич: Всё можно, только жизнь одна smile
[15:36:13] V: ок.
а виктории зачем PDB - она кто и чем занимается? что у неё настроено на формат PDB &
[15:36:59] Кушелев Александр Юрьевич: Формат PDB можно смотреть крутыми браузерами, которые постоянно обновляются ведущими фирмами
[15:37:47] Кушелев Александр Юрьевич: Вот она и мечтает получить файл, как делала программа CASP3 (но там не настроены углы) и скрипт Дениса Савина (там тоже ещё не те углы)
[15:38:17] Кушелев Александр Юрьевич: А ты с Викторией свяжись на форуме: http://nanoworld.org.ru/topic/5/page/44/
[15:38:21] Кушелев Александр Юрьевич: Это - её тема smile
[15:38:35] V: мне пока что хватает одного тебя
[15:38:37] Кушелев Александр Юрьевич: Она из Харькова
[15:39:19] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и построилась первая из двух субъединиц тубулина...
[15:39:28] Кушелев Александр Юрьевич:

http://img-fotki.yandex.ru/get/4714/126580004.37/0_af676_e93add84_S.gif
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4714/126 … 4_orig.gif

[15:40:07] Кушелев Александр Юрьевич: Осталось вторую построить, и можно микротрубочки собирать smile
[15:40:51 | Edited 15:41:05] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно, какая из этих построилась?
[15:40:53] Кушелев Александр Юрьевич:

http://www.iumsc.indiana.edu/graphics/images/protein_small.jpg

[15:41:14] V: а что значит - ЗВИ - это её тема?
[15:41:16] V: PDB
[15:42:07] Кушелев Александр Юрьевич: Не знаю, что такое ЭВИ, вот её тема на моём форуме: http://nanoworld.org.ru/topic/5/page/44/
[15:44:13] V: ЭВИ - это PDB ))
[15:46:24] V: молекула месяца:
http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=144
[15:54:13] V: Я собираюсь потопаю домой.
переставлю винды - наставлю нужных программ и оболочек.
попробую "отремонтировать" тебе скрипт для 3D
[15:54:58] V: boen$)
Scientific Application Programmer

The Protein Data Bank (RCSB PDB http://www.pdb.org/) project at Rutgers University has a position open for a scientific application programmer with experience in computational biology or chemistry, or structural bioinformatics. The incumbent will work with the staff at Rutgers, The State University of New Jersey, to design, produce and maintain new data processing and annotation tools for macromolecular structure data.

The position requires: Minimum of Bachelor's degree, higher degree preferred, in Computational Biology or related discipline; some further experience in bioinformatics, structural-biology, biology, and/or chemistry; proficiency in programming languages Java, C++,and Python. Demonstrated experience with the following is highly desirable: design and development of large software application systems; webuser interface development using Java, Javascript and AJAX; web service development using SOAP and REST; database application development using JDBC and MySQL. The position holder should be able collaborate with broad, multidisciplinary teams. Excellent written and verbal communication skills are essential.

Please respond to: pdbjobs@rcsb.rutgers.edu.
[16:06:38] Кушелев Александр Юрьевич: А по английски я не понимаю...

119

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Вот коды трёх разных тубулинов в формате fasta, который однако уже не понимает программа от Prosolver:

>gi|57013275|ref|NM_006082.2| Homo sapiens tubulin, alpha 1b (TUBA1B), mRNA
GGCGGCCAGGCCGGGCGCGGAGTGGGCGCGCGGGGCCGGAGGAGGGGCCAGCGACCGCGGCACCGCCTGT
GCCCGCCCGCCCCTCCGCAGCCGCTACTTAAGAGGCTCCAGCGCCGGCCCCGCCCTAGTGCGTTACTTAC
CTCGACTCTTAGCTTGTCGGGGACGGTAACCGGGACCCGGTGTCTGCTCCTGTCGCCTTCGCCTCCTAAT
CCCTAGCCACTATGCGTGAGTGCATCTCCATCCACGTTGGCCAGGCTGGTGTCCAGATTGGCAATGCCTG
CTGGGAGCTCTACTGCCTGGAACACGGCATCCAGCCCGATGGCCAGATGCCAAGTGACAAGACCATTGGG
GGAGGAGATGACTCCTTCAACACCTTCTTCAGTGAGACGGGCGCTGGCAAGCACGTGCCCCGGGCTGTGT
TTGTAGACTTGGAACCCACAGTCATTGATGAAGTTCGCACTGGCACCTACCGCCAGCTCTTCCACCCTGA
GCAGCTCATCACAGGCAAGGAAGATGCTGCCAATAACTATGCCCGAGGGCACTACACCATTGGCAAGGAG
ATCATTGACCTTGTGTTGGACCGAATTCGCAAGCTGGCTGACCAGTGCACCGGTCTTCAGGGCTTCTTGG
TTTTCCACAGCTTTGGTGGGGGAACTGGTTCTGGGTTCACCTCCCTGCTCATGGAACGTCTCTCAGTTGA
TTATGGCAAGAAGTCCAAGCTGGAGTTCTCCATTTACCCAGCACCCCAGGTTTCCACAGCTGTAGTTGAG
CCCTACAACTCCATCCTCACCACCCACACCACCCTGGAGCACTCTGATTGTGCCTTCATGGTAGACAATG
AGGCCATCTATGACATCTGTCGTAGAAACCTCGATATCGAGCGCCCAACCTACACTAACCTTAACCGCCT
TATTAGCCAGATTGTGTCCTCCATCACTGCTTCCCTGAGATTTGATGGAGCCCTGAATGTTGACCTGACA
GAATTCCAGACCAACCTGGTGCCCTACCCCCGCATCCACTTCCCTCTGGCCACATATGCCCCTGTCATCT
CTGCTGAGAAAGCCTACCATGAACAGCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGCTTGCTTTGAGCCAGCCAA
CCAGATGGTGAAATGTGACCCTCGCCATGGTAAATACATGGCTTGCTGCCTGTTGTACCGTGGTGACGTG
GTTCCCAAAGATGTCAATGCTGCCATTGCCACCATCAAAACCAAGCGCAGCATCCAGTTTGTGGATTGGT
GCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATCAACTACCAGCCTCCCACTGTGGTGCCTGGTGGAGACCTGGCCAA
GGTACAGAGAGCTGTGTGCATGCTGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCAC
AAGTTTGACCTGATGTATGCCAAGCGTGCCTTTGTTCACTGGTACGTGGGTGAGGGGATGGAGGAAGGCG
AGTTTTCAGAGGCCCGTGAAGATATGGCTGCCCTTGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGT
TGAAGGAGAGGGTGAGGAAGAAGGAGAGGAATACTAATTATCCATTCCTTTTGGCCCTGCAGCATGTCAT
GCTCCCAGAATTTCAGCTTCAGCTTAACTGACAGACGTTAAAGCTTTCTGGTTAGATTGTTTTCACTTGG
TGATCATGTCTTTTCCATGTGTACCTGTAATATTTTTCCATCATATCTCAAAGTAAAGTCATTAACATCA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

пептидная последовательность из файла dne:

/translation="MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGG
                     GDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANN
                     YARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVD
                     YGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLD
                     IERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVI
                     SAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIAT
                     IKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLD
                     HKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEE
                     Y"

***

>gi|222352112|ref|NM_001070.4| Homo sapiens tubulin, gamma 1 (TUBG1), mRNA
ACAACATCCGGGGCCGTGGCCCGACAAGTCACAATAACAGCAACTGCGCAGATGCGCGATTCGGCGGGGG
AGGTGGCTTCGCACCACAGCGCGCTTGCGCGCAGGCCCAAGCAGGCGCCCACCCAGAGGGGAGGGAGGAC
GCCGTACCCCGCCCTCACTGAGGCGCGGAGCCGGATCCGGAGGCGCCGAGCCGCATCCGGAGCCGCGCAC
GCGCAATCTGCATGAACGAAGGCCAGTGCTTAAAGACGTGCCATTCATTGCCAGAACTCGATTCTCATTG
GAGCGGAGGAAGTTCGTGGGTGGAGCTGGTTGTTTGGCGCCTGCGTCTTGCGGCGAGCGGGCTGGCGTGC
GGCGCCGTTGCGGGCGGGAGCGGCTGCAACGCCGGTGCCTGAGGAGCGATGCCGAGGGAAATCATCACCC
TACAGTTGGGCCAGTGCGGCAATCAGATTGGGTTCGAGTTCTGGAAACAGCTGTGCGCCGAGCATGGTAT
CAGCCCCGAGGGCATCGTGGAGGAGTTCGCCACCGAGGGCACTGACCGCAAGGACGTCTTTTTCTACCAG
GCAGACGATGAGCACTACATCCCCCGGGCCGTGCTGCTGGACTTGGAACCCCGGGTGATCCACTCCATCC
TCAACTCCCCCTATGCCAAGCTCTACAACCCAGAGAACATCTACCTGTCGGAACATGGAGGAGGAGCTGG
CAACAACTGGGCCAGCGGATTCTCCCAGGGAGAAAAGATCCATGAGGACATTTTTGACATCATAGACCGG
GAGGCAGATGGTAGTGACAGTCTAGAGGGCTTTGTGCTGTGTCACTCCATTGCTGGGGGGACAGGCTCTG
GACTGGGTTCCTACCTCTTAGAACGGCTGAATGACAGGTATCCTAAGAAGCTGGTGCAGACATACTCAGT
GTTTCCCAACCAGGACGAGATGAGCGATGTGGTGGTCCAGCCTTACAATTCACTCCTCACACTCAAGAGG
CTGACGCAGAATGCAGACTGTGTGGTGGTGCTGGACAACACAGCCCTGAACCGGATTGCCACAGACCGCC
TGCACATCCAGAACCCATCCTTCTCCCAGATCAACCAGCTGGTGTCTACCATCATGTCAGCCAGCACCAC
CACCCTGCGCTACCCTGGCTACATGAACAATGACCTCATCGGCCTCATCGCCTCGCTCATTCCCACCCCA
CGGCTCCACTTCCTCATGACCGGCTACACCCCTCTCACTACGGACCAGTCAGTGGCCAGCGTGAGGAAGA
CCACGGTCCTGGATGTCATGAGGCGGCTGCTGCAGCCCAAGAACGTGATGGTGTCCACAGGCCGAGACCG
CCAGACCAACCACTGCTACATCGCCATCCTCAACATCATCCAGGGAGAGGTGGACCCCACCCAGGTCCAC
AAGAGCTTGCAGAGGATCCGGGAACGCAAGTTGGCCAACTTCATCCCGTGGGGCCCCGCCAGCATCCAGG
TGGCCCTGTCGAGGAAGTCTCCCTACCTGCCCTCGGCCCACCGGGTCAGCGGGCTCATGATGGCCAACCA
CACCAGCATCTCCTCGCTCTTCGAGAGAACCTGTCGCCAGTATGACAAGCTGCGTAAGCGGGAGGCCTTC
CTGGAGCAGTTCCGCAAGGAGGACATGTTCAAGGACAACTTTGATGAGATGGACACATCCAGGGAGATTG
TGCAGCAGCTCATCGATGAGTACCATGCGGCCACACGGCCAGACTACATCTCCTGGGGCACCCAGGAGCA
GTGAGTCCCCCAGGACAGGGACCCTCATCTGCCTTACTGGTTGGCCCAAGCCCTGCCTGACTGACCACCC
CCTCAGAGCACAGATCAGGGACCTCACGCATCTCTTTCTCATATACATGGACTCTCTGTTGGCCTGCAAA
CACATTTACTTCTCCTCTTATGAGACTATTTATCTTTAATAAAGCACTGGATATAAATCAAAAAAAAAAA
AAAAAAAA

пептидная последовательность из файла dne:

/translation="MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEG
                     TDRKDVFFYQADDEHYIPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGN
                     NWASGFSQGEKIHEDIFDIIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDR
                     YPKKLVQTYSVFPNQDEMSDVVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRL
                     HIQNPSFSQINQLVSTIMSASTTTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPL
                     TTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQPKNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVH
                     KSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVALSRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFERTC
                     RQYDKLRKREAFLEQFRKEDMFKDNFDEMDTSREIVQQLIDEYHAATRPDYISWGTQE
                     Q"

***

>gi|325053695|ref|NM_006001.2| Homo sapiens tubulin, alpha 3c (TUBA3C), mRNA
AATCCCAGACAGCGCACGGCGGGAGGCTGTCGTTGGGCGTGCGCAGCTGCAGCGGCGGTTGAGGTCAAGT
AGTAGCGTTGGGCTGCGGCAGCGGAGGAGCTCAACATGCGTGAGTGTATCTCTATCCACGTGGGGCAGGC
AGGAGTCCAGATCGGCAATGCCTGCTGGGAACTGTACTGCCTGGAACATGGAATTCAGCCCGATGGTCAG
ATGCCAAGTGATAAAACCATTGGTGGTGGGGACGACTCCTTCAACACGTTCTTCAGTGAGACTGGAGCTG
GCAAGCACGTGCCCAGAGCAGTGTTTGTGGACCTGGAGCCCACTGTGGTCGATGAAGTGCGCACAGGAAC
CTATAGGCAGCTCTTCCACCCAGAGCAGCTGATCACCGGGAAGGAAGATGCGGCCAATAATTACGCCAGA
GGCCATTACACCATCGGCAAGGAGATCGTCGACCTGGTCCTGGACCGGATCCGCAAACTGGCGGATCTGT
GCACGGGACTGCAGGGCTTCCTCATCTTCCACAGTTTTGGGGGTGGCACTGGCTCTGGGTTCGCATCTCT
GCTCATGGAGCGGCTCTCAGTGGATTACGGCAAGAAGTCCAAGCTAGAATTTGCCATTTACCCAGCCCCC
CAGGTCTCCACGGCCGTGGTGGAGCCCTACAACTCCATCCTGACCACCCACACGACCCTGGAACATTCTG
ACTGTGCCTTCATGGTCGACAATGAAGCCATCTATGACATATGTCGGCGCAACCTGGACATCGAGCGTCC
CACGTACACCAACCTCAATCGCCTGATTGGGCAGATCGTGTCCTCCATCACGGCCTCCCTGCGATTTGAC
GGGGCCCTGAATGTGGACTTGACGGAATTCCAGACCAACCTAGTGCCGTACCCCCGCATCCACTTCCCCC
TGGCCACCTACGCCCCGGTCATCTCAGCCGAGAAGGCCTACCACGAGCAGCTGTCCGTGGCTGAGATCAC
CAATGCCTGCTTCGAGCCAGCCAATCAGATGGTCAAGTGTGACCCTCGCCACGGCAAGTACATGGCCTGC
TGCATGTTGTACAGGGGGGATGTGGTCCCGAAAGATGTCAACGCGGCCATCGCCACCATCAAGACCAAGC
GCACCATCCAGTTTGTAGATTGGTGCCCAACTGGATTTAAGGTGGGCATTAACTACCAGCCCCCCACGGT
GGTCCCTGGGGGAGACCTGGCCAAGGTGCAGCGGGCTGTGTGCATGCTGAGCAACACCACGGCCATCGCG
GAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCATAAGTTCGATCTCATGTATGCCAAGCGGGCCTTTGTGCACTGGTACG
TGGGAGAAGGCATGGAGGAGGGGGAGTTCTCTGAGGCCCGCGAGGACCTGGCAGCTCTGGAGAAGGATTA
TGAAGAGGTGGGCGTGGATTCCGTGGAAGCCGAGGCTGAAGAAGGTGAAGAATACTGAGGGGAGGGTGTG
GTGGGTTCTCCACTCCACTGCCACCCCCAGCGTGGCTGCTTTCAAGTTCTTTGCAATTAAAGGTTCTGTA
TAAAACCAAGAAAAAAAAAAAAAA

пептидная последовательность из файла dne:

/translation="MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGG
                     GDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVVDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANN
                     YARGHYTIGKEIVDLVLDRIRKLADLCTGLQGFLIFHSFGGGTGSGFASLLMERLSVD
                     YGKKSKLEFAIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLD
                     IERPTYTNLNRLIGQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVI
                     SAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCMLYRGDVVPKDVNAAIAT
                     IKTKRTIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLD
                     HKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDLAALEKDYEEVGVDSVEAEAEEGEEY
                     "

120

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 32

Несоответствие генетического кода аминокислотной последовательности очевидно.

Начало первого файла: GGCGGC - 2 одинаковых триплета. Должны кодировать две одинаковых аминокислоты. Прямой код - Gly (G), а если это комплементарный код, то CCG означает Pro (P). Другими словами аминокислотная последовательность должна начинаться либо с GG, либо с PP, а она начинается с MRE

Короче, лажа...

Эта лажа постоянно встречается в генетических банках данных.

Давайте попробуем удалить первый символ.

Получается GCGGCC. Прямой код означает Ala (A) Ala (A) Опять на MRE не похоже.

Попробуем ещё один символ удалить.

Получается CGGCCA. Прямой код означает Arg (R) Pro (P)

Все последовательности заканчиваются кодом AAAAAAAAAAAAAAAA, который должен кодировать полилизин, т.е. KKKKKKKKK, но ничего подобного во всех трёх аминокислотных последовательностях мы не видим. Похоже, что нуклеотидная последовательность вообще не имеет отношения к аминокислотной... Во всех трёх файлах тубулинов в формате fasta...