1

Тема: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 936

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/90/
https://img-fotki.yandex.ru/get/231315/158289418.3f0/0_1776ae_c82bd0eb_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/94893/1 … b_orig.png

Альфа-спираль длиной 737-322+1=416 аминокислотных остатков

***

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777a1_8b0680a7_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/1 … a_orig.png

310-спираль длиной 308-46+1=263 аминокислотных остатка

***

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/85/
https://img-fotki.yandex.ru/get/152444/158289418.3e9/0_177249_643719e9_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/93500/1 … 5_orig.png

Пи-спираль длиной 206-140+1=67 аминокислотных остатков

***

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/79/

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f3/0_177972_60287a0d_L.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/244791/ … 6_orig.png

Бета-спираль длиной  аминокислотных остатка 132-89+1=44 аминокислотных остатка

***
http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/84/

https://img-fotki.yandex.ru/get/196245/158289418.3e9/0_1771f6_aa23d04d_XL.png

323322-спираль длиной 1000-927+1=74 аминокислотных остатка

***

https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/158289418.3e9/0_1771f7_cca57177_L.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/1 … 7_orig.png

123-спираль длиной 1570-1540+1=31 аминокислотных остатков

***

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/81/
https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/158289418.3e6/0_176ebf_4ec313ac_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/169608/ … 6_orig.png

114-спираль длиной 92-21+1=72 аминокислотных остатка

***

https://img-fotki.yandex.ru/get/117896/158289418.3e6/0_176ec1_caf790d3_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/ … c_orig.png

144-спираль длиной 73-2+1=72  аминокислотных остатка

***

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/79/

https://img-fotki.yandex.ru/get/106972/158289418.3f3/0_177973_d9f3380e_L.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/1 … d_orig.png

12-спираль длиной 47-8+1=40 аминокислотных остатков

***

https://img-fotki.yandex.ru/get/93917/158289418.3f3/0_177974_705acbed_L.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/ … c_orig.png

23-спираль длиной 53-25+1=29 аминокислотных остатков

***

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/79/

https://img-fotki.yandex.ru/get/60436/158289418.3f3/0_177975_71888d3d_XL.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/112407/ … 8_orig.png

35-спираль длиной 230-52+1=179 аминокислотных остатков

***

http://nanoworld.org.ru/topic/1610/page/94/
https://img-fotki.yandex.ru/get/111359/158289418.3f0/0_177797_8ee1686a_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/46400/1 … 8_orig.png

1444-спираль длиной 239-65+1=175 аминокислотных остатков

***

http://nanoworld.org.ru/post/82802/#p82802

https://img-fotki.yandex.ru/get/196070/158289418.3c4/0_17117c_5f938d5_L.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/196070/ … 5_orig.png

Метиониновая спираль длиной 183-154+1=31 аминокислотных остатков

***

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/94/

https://img-fotki.yandex.ru/get/59613/158289418.3f3/0_177971_f1d73d23_L.gif
Полная структура белка: https://img-fotki.yandex.ru/get/58717/1 … 4_orig.gif

1132-спираль длиной 77-25+1=53 аминокислотных остатка

2

Re: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 937

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Ключи от генома найдены!

Кушелев: Мне удалось найти несколько экзотических белков в геноме Symbiodinium microadriaticum: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129213514

Здесь можно посмотреть эти структуры: http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/90/

Вот одна из них:

https://img-fotki.yandex.ru/get/30536/158289418.3f0/0_177790_20c09ef8_orig.png

После того, как я обнаружил сразу несколько экзотических белков, у меня появилась идея загрузить в программу определения вторичной структуры весь геном: https://cloud.mail.ru/public/LmFt/zSUrH964q

Вы видите два html-файла. Один из них - результат обработки прямой последовательности:

https://cloud.mail.ru/public/5tS7/qkejbF2XG

Второй - результат обработки комплементарной последовательности:

https://cloud.mail.ru/public/4Vf8/Mh8y7bPTg

Что же мы видим?

https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/158289418.3f1/0_1777b5_ba8928e9_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/113457/158289418.3f1/0_1777b6_caceab61_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777b7_7b2f037a_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/55918/158289418.3f1/0_1777b8_e2f152f3_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3f1/0_1777b9_edc186f0_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/228174/158289418.3f1/0_1777ba_17a510d_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3f1/0_1777bb_66098eea_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/196631/158289418.3f1/0_1777bc_eb32eacb_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/198361/158289418.3f1/0_1777c3_1cd181cf_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777bd_75e5357a_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/197807/158289418.3f1/0_1777be_7202389c_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f1/0_1777bf_f8286553_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/61411/158289418.3f1/0_1777c4_b1dd324f_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/236311/158289418.3f1/0_1777c0_2732c8ce_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194492/158289418.3f1/0_1777c1_48d29c04_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f1/0_1777c2_3a7d34d7_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.3f1/0_1777c5_97754561_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/5412/158289418.3f1/0_1777c6_d0f2bf2f_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/235015/158289418.3f1/0_1777c7_142e5726_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/96803/158289418.3f1/0_1777c8_73208e4c_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f1/0_1777c9_81be2d72_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/54787/158289418.3f1/0_1777ca_196a6962_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/214545/158289418.3f1/0_1777cb_fd98b5d_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3f1/0_1777cc_58fbb819_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3f1/0_1777cd_2bca80b0_orig.png

Комплементарная последовательность:

https://img-fotki.yandex.ru/get/479589/158289418.3f1/0_1777fc_e0ee7e43_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.3f1/0_1777fd_f83e12d8_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777fe_7c5120e6_orig.png
Черные поля - стоп-кодоны. Это значит, что эту часть кода нужно читать либо со сдвигом рамки считывания, либо в виде комплементарной последовательности. И ещё не нужно забывать про сплайсинг...

https://img-fotki.yandex.ru/get/243077/158289418.3f1/0_1777ff_f80e8309_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/197102/158289418.3f1/0_177800_8ea562c3_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.3f1/0_177801_e6c83c66_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/51236/158289418.3f1/0_177802_ced64441_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/196245/158289418.3f1/0_177803_12da7027_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/198303/158289418.3f1/0_177804_da838184_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/96803/158289418.3f1/0_177805_29749c85_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/231315/158289418.3f1/0_177806_29c6de39_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3f1/0_177807_17bdd93c_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/93451/158289418.3f1/0_177808_8ed7da0e_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/219501/158289418.3f1/0_177809_688a7dba_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/219501/158289418.3f1/0_17780a_1b5a2e6e_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.3f1/0_17780b_1c502951_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/237726/158289418.3f1/0_17780c_2798ae89_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/109793/158289418.3f1/0_17780d_10308a79_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/249782/158289418.3f1/0_17780e_5802a23e_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/61897/158289418.3f2/0_17780f_ffdb4900_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/467152/158289418.3f2/0_177810_8eac53a9_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/118932/158289418.3f2/0_177811_95fe0b94_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/197923/158289418.3f2/0_177812_a77f631_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/244154/158289418.3f2/0_177813_c0aeb5e4_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/479589/158289418.3f2/0_177814_e03a79eb_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.3f2/0_177815_89b79ce7_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/106693/158289418.3f2/0_177816_a85c2282_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/93500/158289418.3f2/0_177817_9439787f_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/108697/158289418.3f2/0_177818_cd7acc05_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/93500/158289418.3f2/0_177819_4a7b55c9_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3f2/0_17781a_a3a926bd_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/60881/158289418.3f2/0_17781b_cc5cb77d_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/94893/158289418.3f2/0_17781c_65b122b0_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/51057/158289418.3f2/0_17781d_fa7b562b_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/195771/158289418.3f2/0_17781e_fbbd9a88_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3f2/0_17781f_d7dabbbd_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3f2/0_177820_ea28f706_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3f2/0_177821_308c1e49_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/25921/158289418.3f2/0_177822_4f6a4aeb_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.3f2/0_177823_4848bef2_orig.png

Это и есть ключи от генома!

Достаточно набрать поиск по характерной последовательности, и команда "найти" в браузере покажет Вам CDS с интересующим Вас кодом белка. Конечно, не все ключи соответствуют белкам, но существенная часть соответствует. Это видно невооружённым взглядом smile

Более того, если Вы не нашли по ключу белок в данном геноме, то у Вас есть много шансов найти его в базе данных EMBL, например, с помощью системы BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

3

Re: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 910

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Полный комплект 99 файлов: https://cloud.mail.ru/public/BCAE/9Y2WosHvL
Полный комплект 57 файлов: https://cloud.mail.ru/public/CoMT/WUUhhkFSq

031

https://img-fotki.yandex.ru/get/21/158289418.419/0_17a72c_fd3a8893_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/3209/15 … b_orig.png

Программная 2233-спираль длиной 273-94+1=180 остатков

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.419/0_17a72d_b9878d68_XL.png
Музыка сборки программной 2233-спирали

https://img-fotki.yandex.ru/get/6112/158289418.419/0_17a72e_47d1051f_XL.png
Вид вдоль оси симметрии 9-го порядка (без коррекции композиционных углов)

https://img-fotki.yandex.ru/get/3208/158289418.419/0_17a72f_51f28463_XL.png
То же

https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/158289418.419/0_17a730_5d29d04_XL.png
Вид поперек оси симметрии

https://img-fotki.yandex.ru/get/169451/158289418.419/0_17a731_4983eedf_XL.png
Вид вдоль оси симметрии с предварительной коррекцией композиционных углов

https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/158289418.41a/0_17a732_db870bf8_XL.png
То же

https://img-fotki.yandex.ru/get/3209/158289418.41a/0_17a733_ba785046_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/49312/158289418.41a/0_17a734_23a5969_XL.png
Вид поперек оси симметрии

https://img-fotki.yandex.ru/get/107473/158289418.41a/0_17a735_5b4a7882_XL.png
Пикотехнологическая модель белка XP_009667955 (с предварительной коррекцией композиционных углов)

https://img-fotki.yandex.ru/get/3209/158289418.41a/0_17a736_7b4dfcc8_XL.png
Пикотехнологическая модель белка XP_009667955. Зона "разводного ключа"

https://img-fotki.yandex.ru/get/16177/158289418.41a/0_17a737_1c3e3081_XL.png
То же. Модель повёрнута на 90 градусов вокруг оси симметрии программной 2233-спирали

https://img-fotki.yandex.ru/get/225650/158289418.41a/0_17a738_325ea9b0_XL.png
Противоположный конец белковой молекулы

https://img-fotki.yandex.ru/get/3912/158289418.41a/0_17a739_f70792d5_XL.png
То же. Модель повёрнута на 90 градусов вокруг оси симметрии программной 2233-спирали

4

Re: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 989

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://img-fotki.yandex.ru/get/9506/158289418.41f/0_17aa02_2312752_orig.png
Программная 3555-спираль длиной 451-341+1=111 аминокислотных остатков.

5

Re: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 006

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3f2/0_17781f_d7dabbbd_orig.png
Напомню, это был код в геноме, т.е. не факт, что бывает 3355-спираль такой длины.

Полный комплект 99 файлов: https://cloud.mail.ru/public/BCAE/9Y2WosHvL
Полный комплект 57 файлов: https://cloud.mail.ru/public/CoMT/WUUhhkFSq

079

А это - структура конкретного белка:

https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/158289418.41f/0_17aa26_f3024f81_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/ … 4_orig.png
Программная 3355-спираль длиной 200-32+1=169 аминокислотных остатков.

Кстати, давайте поищем белок по этой последовательности:

WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … E63ERZV014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129176954

OLP85327

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/LS … mask=65536

/translation="MLLLLLLLLPLLLVGLLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLGGW
LVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLV
GWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGW
LVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLV
GWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGW
LVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLV
GWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGW
LVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLV
GWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGW
LVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLV
GWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVXVVVVAVVAVAVVAVVVV
VVWWWWCGGGGGVVVVMWWCCGGVRVGVGVRVGVGVGGVVVVAVAVAAAVAVAVAVDV
AVAVAVAVAVAVAVAVAVAVAVAVADDDGDDVLMPLRVDDDDDMKPLVTLFVPGMTLV
AGETLVDIDDGDGVGDVNGVLEIARTEEASVIILVIGYFERDDSYHVVSLLSTNSHVT
VAVLFESSTDGGMGLTEHVIACFWFGLGQTKSGGEETWISVSPYAEQGFMNQYLAALR
WALAQQGMGNTEIEAVSLREGIYTCGVALSARITRFLQYTYHQVASESYSQPPILELL
PRSLHAELQFACYESCMRKITFLKEIMPRRGSVSAKQEQVVHKIATHAISLMHAAEAA
RKQRVRLGQIPPAGYPTAKAAIASTLKVTAAMPSMADADVQAQLVSAESAHVLLVRLG
LAGMRCFVRSGVTRASHKLECFLVSSDPTMYCLGVIKDQEAKLKDLQHFKHGSCWLLS
KVKLDAKADVRYNSCPKKVTATLSTTTASPAEDNTLANMANEVVPAHGVNDIQLCDNR
SIDLMGVLRDTEDNDVIATAKESQWCSDLAKYKSSVVRLFGIYADFPNGNLALTASSS
FRVADAGGSEKAKRLQQASADLLTGDAVTLPAAATRSAVLENLKQSTVQKSDCLVVLA
AAAPMTWQPPSKNTCDLIKNGMQLTSNMCTGCLEKSKWALVNPDQPEGACKVSTKVVD
LLGDGATSFCITGICKDDLIFANGTEAEIVFWPTQGNFRYVQTEQAQQVQEGLWISEM
CLWCQWAHVGDFISDGFTKLVTIHADEFCKCVAKVMELQMHAHRHATTYVDALNCEDF
LSDLWQFRSVLSVRSDADALKDEESRKKCCGWFPWREADHEPHELSITTRSVRTMKIS
PQQSRAAQAQTWSLEQKVPEELPQKACGAPCHWVTEAGQDQQNKAQETKPVVLKEAGQ
RFKNELFESGSSDIMGLKIDMLVCFSAAACAAERATQWRQVLALLRSMDAQDLAADRM
TLHACLRACAAASSWRSSCALLAAMEEREVALDEWEVQASAGVLPSCSGPSSPQSSVV
LSDSGGVSPESEASTPGSPRRRRRGSAKLELSQVLKLSDEVALDLDMDHIYLALVPFL
WGQIFIGLPAWANMLFGAKDTPGALRFGFWQLLYRLGYPRPLAKDPRKTCAELLLETS
LAIYFQEQRVGGDGRKLGHFKIPSVPHLTGEDFCTIQHEDLSLELDLGERLLCTASYG
DQQIRPDETMVLLNLAVSIMLHPMLHAFANWSTTPESPNSYTRRNSIVTVLFNYYGIK
AFAHWCDFLCYLGLGKVSGQTFATMVRSGMRQHVPPHAQVSLLMPHSRLVNFTVCVRS
YFLRKFQKYQGQFPGIDGEALFLATVLHPLEHFNLVTLQSAYDMVCANPAFEGDLQLV
RSAIIITSDKLWLSHLLYDFSFRSNASAEIKEDRSCEFPALNSALASLGSALRWERAL
HCLTTHEKLRDTVSEDTVMAAGARAAAWEEALRLWRAQASSRMPSSAALGALLTAWAA
AREWEEALELLEFVSDLAAVGAALGACGRSLRWRQALALTAVRPSQEVRGDATLLERA
MGVALEVQQPSLAMDLVLRVGSASISERLRILAGVTWHAARCRCSEAGMTSLEVQTWL
QSKTITCERPSSCVTSARAWRIRGRSK"

Первая часть нуклеотидной кодирующей последовательности:

> (5' --> 3' complementary sequence)   -  2121 nucleotides
atgttgttgctgctgttgctgttgctgccgttgttacttgttggtttgctggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ctgggtggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttgg
ttggttggttggttggttgnggtggtggtggtggcggtggtggcggtggcggtggtggcg
gtggtggtggtggtggtgtggtggtggtggtgtggtggtggtggtggtgtggtggtggtg
atgtggtggtgttgtggtggtgttcgtgttggtgttggtgttcgtgttggtgttggtgtt
ggtggtgttgttgttgttgctgttgcggttgcggctgctgttgctgttgctgttgccgtt
gatgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgcggttgccgttgctgttgctgtt
gctgttgctgttgctgttgct

https://img-fotki.yandex.ru/get/244821/158289418.420/0_17aa3f_5a217a1e_orig.png
Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/3912/15 … d_orig.png

Вот это - рекорд! Программная 3355-спираль длиной 593 аминокислотных остатка строится под эту жизнеутверждающую музыку:

https://img-fotki.yandex.ru/get/51393/158289418.420/0_17aa40_88369cdc_XL.png

6

Re: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 007

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129202547

OLQ05370

https://img-fotki.yandex.ru/get/56796/158289418.420/0_17aa43_6bf647e2_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/97884/1 … 0_orig.png

Программная 35-спираль длиной 631 аминокислотный остаток собирается под музыку с размером 2/8

7

Re: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 008

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129202547

OLQ05376

/translation="MAQSILRLSLRKKSGAERKEHRDNIQFTVHFQIRVLMAVRLRLF
EAAPRAERLTAVGGVLGAGTKAGDWSVDAEFVWLRSAASDPAAPKIDIQTLNPYPSVK
ENLKLCPAYNEKVQREWVGPFRLLGYECSFNFLVAAGKGIGCGTGKSVAFMNSIRCWG
YCRNVKSMDVFNLKPKLLLEKANFLLVVWQSSCCHETFETEQLKFYNESFFQEKLLRM
DDHRQAVQRAASYLTPDRPWYQPVLFSSLACYQGWCQAGVRPQQLVPLDLLCRRQQLF
RSLRYVLLSLSVARPIIANTAHADSAGLHPVVVVVVVVLLLLLLLLLLLLLLILMLML
LLLPLPLSSLLLLLSLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLYVAGMI
CFSCNITWFQYLVLDGLQESSGGAQRDASVLPDFGGTDSLSSTPPGHPSFTWRVANSR
KDADTLYAAQRFLEKGALCQSFGREVKALKEAIRLPCIHFESEVTRMPICRHHEESGR
QSFDAGAETGKTLHVAAACCLVGTLASLWQKPTRCTVRLASLCVLLGALPNVLATEEV
AHARRLEAKFDSSTILTQLEHAPNAAIFRLKLISRIEEILKRIHTCDVRHPTTCTLAF
AAALVRVKGDADLQDADSHCAMQLNNNDAPKVASRASDLQFPQAWISHSTNECVQTET
KRSLRCCHGIL"

https://img-fotki.yandex.ru/get/41743/158289418.420/0_17aa8e_63d601f4_orig.png
Программная 14-спираль.

Заявленная аминокислотная последовательность получается при сдвиге рамки считывания на один символ к началу (я удалил первый символ нуклеотидной последовательности).

https://img-fotki.yandex.ru/get/467152/158289418.420/0_17aa8d_461a9076_orig.png
Пи-спираль (3-спираль)

Здесь я вернул удалённый символ.

https://img-fotki.yandex.ru/get/51236/158289418.420/0_17aa8f_d9d6ff19_orig.png
Q-спираль (программная 35-спираль)

Удалил два символа нуклеотидной последовательности

https://img-fotki.yandex.ru/get/174613/158289418.420/0_17aa90_e9c0e948_orig.png
Альфа-спираль (1-спираль)

Сделал комплементарное преобразование последовательности

https://img-fotki.yandex.ru/get/244821/158289418.420/0_17aa91_95403344_orig.png
Бета-спираль (2-спираль)

Комплементарное преобразование и удаление одного символа

https://img-fotki.yandex.ru/get/174613/158289418.420/0_17aa92_c11a787e_orig.png
Q-спираль (программная 35-спираль)

Комплементарное преобразование и удаление двух символов

Интуиция подсказывает, что все эти варианты используются или использовались в структурах белков процессе эволюции.

8

Re: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 009

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129202547

OLQ05373

/translation="MSCCGRMVLWVVAAALPVVWAAIPWQGEPSGRNGKEMATALRQG
YAILDVGPNSASSHVLSMQNRSLNCSQGPQEHVNVLASSDGIHWALPPCWRFGESVGH
PQALVGLAAEMSQEGREQKREELIVFVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL
VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL
VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL
VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL
VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL
VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL
VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVG
WLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL
VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVDGDEEYLLNGNESYATNHRHL
QELQRLSAFQQVTTKVPPSYDGRSSWFAYEDAIDDWCDITELDGDKRGPALRNRLEGE
AAIHKRLLDRDRLKDPNNGVKYFKSFLRPLFVNGNCYASGDCFRHDFCYEEAEEKPFP
GGWCALPPCMPQRLRAVGAAPCLRVPLGGGRGGTTKASTNSAIEGFQDVAKLLTATLK
SVSPLALRCFAMPVSPLTPKSKRSAFGKSIAQNCSDNLDLIDQDQSGDLDHAEVETLL
AAMGLQGDDSKNILLAIFRDGGRKTNHLELTEAILDNSNLDQETLEVMLGRVALFGKV
FRRLDANGDGQLSLSEIIKMMEMLNIDTKLAADMMAFLDADDSGEVTWQEFVRGVCSN
QFKVLFPEITLEALVDLPSSLQWDKFVSEDEQVSAIKGLPTVEKTLYWVLSLMYGSSS
HRRISPEDDEDLRSLLHSSDQVVKRLSEKSGRKSGQSGLDTAIANVQEPAQPLTLERE
ALPSTAPPCMAHVEAVSKGAFAVSDIPALVKTMNQKTVVVVTRKQPKHPSKVQPATLR
LGHAFSGTHTIVVRKEAKDPTSAYARPASVQLKVPMPALPEKAEAPEPGDFQLVHFPV
AEAGALVIPGDASAHGSPAGSPETPQQLDKRLAFLFSRYSLGLDMCIGRQPNEDALFT
C"

https://img-fotki.yandex.ru/get/95493/158289418.420/0_17aa94_4ff17bd9_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/177849/ … f_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196102/158289418.420/0_17aa95_d71cdd15_XL.png
Программная 3355-спираль длиной 764 аминокислотных остатка строится под эту жизнеутверждающую музыку

https://img-fotki.yandex.ru/get/198361/158289418.404/0_1786b7_b3c198c8_orig.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/post/86738/#p86738

9

Re: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 015

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129202547

>ENA|OLQ05370|1929 nucleotides
atgcatcatcagttccagcagccggccgagttcctgttagcccgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtgggtgtg
ggtccctag

https://img-fotki.yandex.ru/get/4002/158289418.421/0_17aac6_795679cb_XL.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/95493/1 … 8_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/57797/158289418.420/0_17aa9c_a334b38d_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/3602/158289418.420/0_17aa9d_291275eb_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/106972/158289418.420/0_17aa9e_85ee6a48_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/102548/158289418.420/0_17aa9f_47ff3e31_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/9/158289418.420/0_17aaa0_8aa8c1c9_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/4013/158289418.420/0_17aaa1_8305173a_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/3906/158289418.420/0_17aaa2_e620ecc7_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/145691/158289418.420/0_17aaa3_73481e3e_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/4128/158289418.420/0_17aaa4_2b72a6ac_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/4013/158289418.420/0_17aaa5_89b107d4_XL.png

Q-спираль (35-спираль) длиной 642-12+1=631 аминокислотных остатков строится под музыку с размером 2/8:

https://img-fotki.yandex.ru/get/198026/158289418.421/0_17aac7_dae91294_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/158289418.420/0_17aaa6_82ff07ab_XL.png

10

Re: Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 019

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129202547

>ENA|OLQ05385|2544 nucleotides
atgcgttgccgagctgccgacgcccacgtgatttatgcttgctgggctcttgacggcatt
gcgcgggcgagtgatcgcgggagcttcgacagaaggcctgcaccagagagtcgaagccac
tcctctcttgcactctgccatcctttaggaaatcatggcccgggcctggccaggtgggcg
gcccttaccagtttggcgcaggctgtagcctttgagcacaagggccatcgcttccaggcg
cagctctacagttgcccacaggtgccgctgctggctgcagagaacgatgcgggtgctgcc
aatgctcatgctttgaggcatgtaggcctggggtcgtggacgacgcttgctgcagcggct
tttgaggaggatgggcatgatgatgatgttgttcgtgacgctggtgacatgaagaacatg
accagcaaggtggtggtgatgatgatgatcgtgctgctgctactgatgatgatcatgatg
atcacggcgatgcaaacgatgaggacggatatgactcagatggcaagcatgaggaggatg
agcaggtccttgaacaagactatcccgatcatgatgctcgggtcgatggagcagaggctg
ctggtgacgactgacgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgacgatgatgatgac
aaagatgaagcaatgacgtgtgtgatgctggtcaccataatgttgactttgctggtgagg
atgctggtgatgctcatgaagatgatgatgccgacgacgacgacgacgacgacgacgacg
aggacaacgactaggacgacgacaaggatgaggatgaggatgaggatgaggatgatgagg
atgatgatgatgatgatgatgatgatagtaatgttgctgctgctgctgctgctgctgctg
ctgctgctgctgctgctgctgctggtgctggtgctggtgctggtggtggtgctggtgctg
gtggtggtggtggtgctggtggtggtggtggtggcggtgacgatcatgatgttttttgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgctgtcgatgatgatattgttacactgttgttg
atgatgatcacgacgcggatgatattgctgttgatgatggtcacgacgatgatgatgtcg
atgttgattgtcttcggcttctccggtgttgtcatgccggctcccacgagctcgacacct
tggaccgctcctgcaaagccgttgaagggtgctccacccggggacgaagagtcagcacga
cctcatcgattcttctccttggtgattgtcggatggtcgcctgttctcggcacccacaac
ctcgggccatttgacgttcccgagtttgcggtcagattggccggactggtgatcatcagt
ctcacattgcccggatcgcctggggagttcgtggcccagttcaatgacatcgtttcctac
gactgtaagtggttgattgaggacgtcatagggtgcgcccagtgttggacagtggtttgc
ccggagctgattccccatctcccgtcccgttttacgcaggggcaacttgcaatgagccgg
agtcaaaaaggggcctcgaaggacgtcatctatctgctggttgaagggtcaaacgaagct
gaggtcggcagaaagtgggaagagttctgggggtctttgggctttgtgaggctgcaattg
gaggtcctttttcaaactaatttcggagctacgtttgagaagcttctgcccgtgagggaa
cgattggccgcgccgggtcaggtcggaaagtctcggatcacaggaggggatgcgactctt
tctcggataggggctgtggattggacttccaaagtgcttattgcccaggaggagccgaac
ttcctcaccacggaggacgattggcttcctcaaccttatggaagggtgaagggctttaag
tgcctggtgcagaagcgcagcggcccagcctgtgtgcttttgttgcaaagccgggccaag
tacgaggtggcagccgtggcgatgggggcttggaatgtcaagcagaaagttgcttggacc
ccgaggtcacagctcaccgtcagctcagcccgaattgctgaggaagctaaggaggcggtg
cttagtaagttggctgactccacccaccgttcctatgggagcggcaagaagcagtgggag
atattcatgagtggcaccggggtctcctccttcccgaaagctggggcgtacgattacttc
aacaacacgccggtggaccccaacgtcgacccgatgcacaacctcacccaggaggagcgg
gaggaagtcgagaggccggtgcaccaccggccggcggtgccacgcttgaaggcttcgaac
gggttcaggaacgacccactggtccaagaggacgccgatgcaaggtacacctacgcccag
caatggcgtcgccataagtctcgcctcagagccatccaacaccagatggcgaagggcacg
gtggacttgtatccgaagtcgagggctgcgccgccgaaagcatcatcctccactgaggag
gatgagccggagtccctgtcctga

https://img-fotki.yandex.ru/get/97884/158289418.421/0_17aaee_80363af4_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/56406/1 … 4_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/109878/158289418.421/0_17aaef_a74948f3_orig.png
Переход 16-спирали в метиониновую 6-спираль Кушелева, что описывается простой функцией Кушелева:

http://nanoworld88.narod.ru/data/475_files/0_1182f2.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/55828/158289418.421/0_17aaf0_32936307_orig.png
310-спираль (4-спираль) длиной 334-293+1=42 аминокислотных остатка. Причём L (лейциновая) спираль переходит в V (валиновую) по фрактальной функции Кушелева: LLLLLLLLLLLLLLLLLVLVLVLVVVLVLVVVVVLVVVVV