Хотите участвовать в обсуждениях?

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

diprospan пишет:

QuteMol открывает этот .ent с "битыми блоками".
встречался ли Вам оригинальный файл PDB на каком либо протеиновом
сервере с Q-спиралью ?

Кушелев: Благодарю за обнаруженные ошибки. А что значит "битыми блоками"?
Я жду от программиста новую версию программы, которая будет корректно обрабатывать CDS типа join+complement. А пока мне приходится вручную "лопатить" гены, превращая их к старинному виду типа:

Locus
FT CDS complement (1..7687)
cttttaattt agatatatta aaatattttt ttaaataagt tttttgttca tcttgtaaaa
ataaaattcg ttcatcttta tatcttaatt ggttttgttt agataataac tcattttgta
aattgtctat atttttttta taatattctt ccatattttt atatttttta tataccgtat
ccgattcatt aggtacatat tcatttttta gattacattc ttttgttaat aatatatatt
tttgatttat ttgattaatt tcatccatct tattatgaat aatattttct ttattacaca
cttgatcttt taatttattt atttcatttt ttaatatctc attattattt ataacttgtt
cgtttgatga tattaaatta ttatatttat cttttaacat attgtaatca ttttcccata
tttttaaagc attttcgatt ttttttaaaa tatatttttt ttttttcttt tctttttcta
tatgtatttt ctgatcatct atatttttgt ttaattctat ttctttcttt tttaaagtat
cacattcgga acataaatcc attatctttt tattatattc ttcattttgg tttatagctt
cttctttaga tttctccaat tcctttattt tacaaactag ttgttgtaaa tcataatgat
gttggtagga ttcttcatct aattcatttt ttaaaatatt attttctttt tgaatttttt
ctatataatg ttcaaaagaa tttttattaa ttcgaagcat ttcattactt tttattacag
tattttctaa taaaaatttc agatattcaa tacttttttt tgcatgttct ttttctttct
tcatattatt atattcgtta taaatatgtt tcatatcttt gtatattttt cttatatatt
tcttatcttt tttttcttct tttattttat tcttatataa tttatctttc acattagata
ataatatctt atacttttta tcacatgtat tttcgacttc aatttgtgta tcatctatta
aattattatt aaatttgtta taattaggag gattattact tttatttata acaatattat
catagttgtc tctatgttca ttaatattaa aataattatt actattgtaa ttattattat
tattattatt attattacta ctactatcat catttacgtt attttttttt ttttttcttt
tttcttccat catattattt ttcatgtctt ctatttttgt ccataatttt tttaataact
tctttttagt ttccttatta gtactactat cattttcttt cttattcttt tttatctttt
tactttcatc atcaaataga agaatgtcgg tctcgtgttg attcctttgt ggattcacaa
tattcatatg ttcatcatca gtttcatttt ttttcttttg aatcttttct ttaatcttct
tggtaacatt tctattcgat gtagttccta tattcttttc tgttttcttt tgtttaatta
atgaatatac atttgtttgt ttgcttattt tattcttctt catattataa tcattaccat
taatatggtc catgttatta tcatcatgaa ctatgctctt accataatta acattgttat
atagagaaaa tgtggaatca tcctttttta tctttttcac ctcatcaaaa tataaggaat
tcattttatc ttgttcactt gtgatttgat ttttagttat attatcctta ctatattttt
catattccat tttattattt atctgatttt caacaaaagg gtaagatgtc atgctgatat
tttctacata atgtgcaggt gtttttcttt tatctgtatc ggaatagtaa ttacaatttt
taattcttga gaaggtgtta tatgtttcgt catttttttt ataattattg acactatgga
taaatgttgc tgatgcgttt ctcttaattt ttaagggtat cctttttttt tcattccttc
taatactact acaactatta ttattattgt tatcatcatc atcatcataa ttattgttat
catcatcatc ataattattg ttatcatcat aattattatt atcatcataa ttattattat
catcataatt aatagaagaa taatttttat tttgtgtatt aacatttaag taagacataa
ataataattt ttttgatgta tcatccgaca aatttttaat atttcttttt tcaattaatt
cattcgctaa tataacagaa ctacttcttt tatttgattt tattccattt tttgtagttt
taattttttt tgatgctaca atattttttt tttttgtttt tggtgatgaa gacaaattat
ctgaaataat ttgatcattt tgttcatcta ttttattttt tcctttatta acttgtgatt
ttaataaatt tagatgatcc ttatatttca tatctactac tttatttttt tttttgttat
caagtgatgt actcctttta ttaacaatat tattatcatc attatatttc cttgtaacat
tttcatcttt ttttttggat ttaataatgc tagatgtcca ttttttttga tccaagtcta
acggtttact tatattatta ataatatatt tttcatataa taacaaattg ttttcattgt
ttttattttt atcattttgt atattttttt tttttttttt ttttattata attttttctt
tttgtgctat attactatca ctttttttat tatcattata taatatataa ttatctgaaa
ccatgtaaga attattcttt ttagttatat ttgtattttt gtcttttgta tttttgtctt
ttgtattttt gtcttttgta tttttgtctt ttgtattttt gtcttttgta ttttttttct
tttctttctt caacatatta ctattattat catcatcatt atctacattt ttataatatt
cattcgattt atttttttct atatcatcat ttatataatg aatatttttt ataatattaa
atgaattaac atccgaatta tcatttgaat tatcttgttg attaaaagaa aaagaagata
tacttctttt ctttttaata atattattat tttgttgttt acgagaaata tgattccctt
tatttagata tcctacttta taattcctta ctcttaaaat atgtgcttcc ctttgtttta
ttaaatataa atgattgtat aataatttta tattatgatc tttatttttt aattttttta
acaagtcata cattttattt tgtattatca catttttctt tgtttttttc atactatgtt
taacttttaa aacattagtc ttataattac aatttgttaa gacaaatttt atattttttc
ctcttctaat attaacataa tcataatttg tattatatat tttatgtcta ttttttaaaa
cattcttata tgtatatttt gtacaacacg tcttgatttt atttttcatc acattagtat
aattatcata tatataatta ttactattat tattatcata tatattatta ttattattat
ttttcataaa actttctgtg tatatatatt tttttttatt ttttacattt tcaatatgta
taaaattatt cttaacattt ggttcattta tatgattctc cttttcatta tcttgttttc
cttcttcaat attaataaat gtatatttcg attcatcatt tacatattta ttattattat
tattattatt attatgaatc aaacccaatt cgtccatgtg ctttttattt atattactat
ttatatttat attttgattt ataagaaaaa acgaattgtt ttttttttgt tcttccatat
tttcatttgt acgataatta cgaagaatat atccatcctt atgaatttct tcatagttat
tatttatatt attgttatct ttattatcct tgtttggatc taaagaaata ttaacctttt
ttttttcctc ctcaataaat ttatttgact cctttgtatt gtaaaaggta ttgttcaaag
ttttgttata tatttgttct ttttcttcat cagaaaattt tataatacta tccaaattgg
gtgttacacc aaaattattt tttgtactat ccaaattggg tgttacacca aaattatttt
ttgtactatc caaattgtgt gttacaccaa aattattttt tgtactatcc aaactgggtg
ttacaccaaa attatttttt gtactatcca aattgtgtgt tacaccaaaa ttattttttg
tactatccaa attgtgtgtt acaccaaaat tattttttgt actatccaaa ttgggtgtta
caccaaaatt attttttgta ctatccaaat tgtgtgttac accaaaatta ttttttgtac
tatccaaatt gggtgttaca ccaaaattat tttttgtact atccaaactg ggtgttacac
caaaattatt ttttgtacta tccgttccta aattattcac atcattttta catatatctt
catttatatt cttttttaca tactcataat gattattatt attttttagt tcttccttta
gagtgttatt tttattcata tttgttatga gatgatttat ttgaataact tctttttcat
tttgcttgtg actatttaat aaatccttac cttgattatc ttttttttcc tttaaattgt
ccttcatttc aaatgttgat tcataattat ttatggtatc taaagtgtta tcactagtat
cattattcat gtccttttca tatatttttt tatttgttga ttgactaaat gtatgttcag
gtattgtaac atttatgtta tcgtcttgat ccatttcgga catagtaata tcatcaaaag
atttaaaatt cataggttcg taattattct tagctaaatc atatacatac ttagaaaagg
acacactttt ttttatacca tcactacttg aagatttttt taaagatgat tttaaaacaa
tattatcttt gtcggatact tttttattaa ttataataat atttttatga tttatattat
ctgaattgtt tttttctcca taaaaatttg tagataaaaa actttcttca tcttcatatt
cgttatttgt atcatcatca taattaacaa tatggtattt attatcatcg ttgttatcat
catgatgatg atcatcatct tcatcatcat catcttcatc atcatcatct tcaccatcat
cttcatcatc atcatcatca tcatcattat cttgttcgtt ttcctcataa tattcatcat
cttgtacttc aactacgggt atcccttcat aattattttt tcttatatct ttattcacac
ttgaatcatc acaactaaca tcatcttgtt tagaattata tatatattct tcactatcat
tttgttcatc atttatggta acattatttt tattattaaa agtatcattt ttcatgttat
tttccaaaat attttttctt acatctaaat ttacccccac ctcttcatta tttttgggat
ccttttcttt tttactatta tttatattaa aatctacaga tgcatcttca acatttaata
aagagaattt tatatcatca tttgtatagg tatttatatt attgtccttt atattacaat
tagatgtatg gtaatcatta catttattat ttgtttcatt attattcata gaaatatttg
gattattttc ttttaaacta ttttctaata aatatgtttc tttcttattt ttttctattt
tgcttttatt atcattttgt agaaaactat ttttttcata cacatcattt gtaaaaaagg
aatatatttc tttttcatta tgaaattgtg tatttgattc tttaaatata tcatcaattt
ttttattatg aatatttttc tcactttttt gagaataagt atcatttgcc gatttgacat
ctgatgaatc gatattctta tcagaaaggt tgacgacaac attgtttttg ccatcaccat
attttatttt atcaccatct tttatgttat catcatcatt tgtgttatca tcatcattta
tgttatcacc atattttatt ttatcaccat cttttatgtc atcaccatct tttatgtcat
caccatcttt tattttatca ccatctttta ttttatcacc atcttttatt ttatcaccat
cttttatttt atcaccatct cctttggtgt cgattttttc aattttcatt tcatccatat
taagtttttc caaatcgttc tgatcatttc cctttacctc atcagacacc atactaatat
gcgtattaac aatatcgatg gaattttttt tatcagaaat atctgcatgt aaatcactat
tattttgggt aatattttgt atctgactga tttcattttt tgtttggcta gttgaaacat
ggagatgttt attataattt tccttagagt tgatatccaa attttctact cctattatta
aattatcata tgacgaacac aagtttattt taagattatt tatataatat ccatgtgaga
gattatgaat attttttacc catatatttt tttgtgggga tataccaata agaaaattat
tattaatatg catagaatca aatttatttt taattaagtt tggtttattc ccataattat
caccccatat atatatatct tcgtctgatg ttatacatat gcatattttt cctgcactaa
taaagttggc tttagataga ttatctattt tttttggata atgagaatca ttggcattat
tagtatgtcc taacacgcct ttttcatttt tcccccagga atatacatca ttgtgcatat
ctacacctag aataaaatta tgtcctatgg aaattttttt aaaagatata ttatttgtat
ttataacatg tggttttgtt aatattttat taattttatc tttattcata tctcctttaa
gtaaatgttc atttattaaa ccaacaccat ataaaatacc ttcaatggtt aaaaatagtg
taaatttgta aatgttatta ttattatgat caatattgtt gttattatta tgatcaatat
tgttgttatt attattatca atattgttgt tattattatt atcaatattg ttgttattat
tatgatcaat attgttgtta ttattatgat caatattgtt gttattatta ttattgctgt
tattatcacc atatgtaaat aattctcctt ctttagataa gaaagctata tggttttcac
cacaactaac atcgtgtata aacttatgtt ttattatatt atctactaat aaatatggta
cattcttatc aaaatcattt aattcattca agtgccaaca atatatttta cctgacgctg
acagaaaacc aattattctt tttccacaac ttacctttac aatttttact tgtggatgat
atattttatg agtaatgatt tcttcaaccc tttcattact cttatgttca ttactatctt
tctcatcacc ttttacaatt tcttcattat tatttatatt cttttcattt ttatcaccct
tattttcttt gcttatatta ttatcttttg tattacttaa tgcatcttct ttttttttat
cattctcctt aggattattt ataagaaaca catgtatttt gcttcctttc ttttctatag
ataccat
//

Файл с опцией "complement" программа Евгения Неделько отрабатывает правильно, судя по сохранённому файлу MIDI, ноты из которого мы видим здесь:

Дело в том, что стоп-кодоны в программе Евгения Неделько преобразуются в ноты под номером 115, которые в программе MuseScore отображаются красным цветом (за пределом диапазона). Если таких нот мы не видим, значит стоп-кодонов во входной нуклеотидной последовательности не встречается.

Однако этот файл соответствует белку, содержащему QHDQHDQHDQHD-участки (трезвучия "соль-ля-си-"), а не Q-спираль (QHQHQHQ-трель из 2 нот).

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/post/85215/#p85215

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Откуда: Москва
Зарегистрирован: 2011.06.15
Сообщений: 76,238

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 367

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Кушелев: Вторичная структура фрагмента QHDQHDQHDQHD не является периодической. Только её часть оказалась участком пи-спирали.

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Откуда: Москва
Зарегистрирован: 2011.06.15
Сообщений: 76,238

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/630448775

atga gcactactaa taatcaaagc aatcaacgca acaatcagca
61 ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca
121 ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaagtg tag

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Откуда: Москва
Зарегистрирован: 2011.06.15
Сообщений: 76,238

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 384

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

http://www.uniprot.org/uniprot/K8WKA3

MLVFYTALFF ISNQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ
HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHLSIFI KNIKTNSKPY

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKT5 … splay=text

FT CDS 1..273
gtgcttgtat tctatacagc actgtttttt atatctaatc aacaccaaca ccaacaccaa 60
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 120
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 180
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacacctctc tatatttata 240
aaaaatatta aaaccaattc aaaaccatat tga 273
//

K8WKA3

***

http://www.uniprot.org/uniprot/A0A0M3DL93

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/KKY0 … splay=text

FT CDS 1..252
SQ Sequence 252 BP; 114 A; 52 C; 78 G; 8 T; 0 other;
gtgcagcatc agcatcagca tcagcatcag catcagcatc agcagcagaa gcagaagcag 60
cagaagcagc agaagcagca gaagcagaag cagcagcaga agaagcagaa gaagaagcag 120
aagcagcaga agcagcagaa aaagcagaag cagaagcagc agaagcagca gaagcagcag 180
aagcagaagc agaagcagca gaagcagaag cagaagcaga agcagcagaa gcagaagcag 240
aagcagaagt ag 252
//

A0A0M3DL93

***

http://www.uniprot.org/uniprot/L1IC08

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKX3 … splay=text

/translation="MALGFESSGRMRQGASKQHKHKHKHKHKHKHKHKHKHQQHQHQHQ
FT HQHQHQHQHHQHQHHQHQHHQHQQHQHQHQHHQHHHQHHQHQSLTSFSPPSTPKESVQS
FT LVIAGIIDG"
FT CDS 1..342
atggcgctgg gatttgagag ttcaggcagg atgagacagg gtgcaagcaa gcagcacaag 60
cacaagcaca agcacaagca caagcacaag cacaagcaca agcacaagca ccagcagcac 120
cagcaccagc accagcacca gcaccagcac cagcaccagc accaccagca ccagcaccac 180
cagcaccagc accaccagca ccagcagcac cagcaccagc accagcacca ccagcaccac 240
caccagcacc accagcacca gtctctcaca agtttctcgc caccttcaac ccccaaggaa 300
tctgtccaat cgcttgtcat cgcaggcatc atagacggct ag 342
//

L1IC08

***

http://www.uniprot.org/uniprot/M0MBB4

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EMA4 … splay=text

FT /translation="MTLRIRDQYRHRHQHQYQHQHQYHHQHQYQHQHQYHHQHQYQHQH
FT QYQHQHQYQHQHQYQHQHQYQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQRRYRYRYQHSHRHRLQIR
FT PPSRGPSEK"
FT CDS 1..342
ttgacgcttc ggattcggga ccagtatcgg caccggcacc agcatcagta ccagcaccag 60
catcagtacc atcatcagca tcagtaccag caccagcatc agtaccatca tcagcatcag 120
taccagcatc agcatcagta ccagcaccag catcagtacc agcaccagca tcagtaccag 180
caccagcatc agtaccagca tcagcatcag caccagcacc agcaccagca tcagcatcaa 240
caccagcatc agcatcagcg ccggtaccgg taccggtacc aacactcgca ccggcaccga 300
ctacaaatca ggccaccgtc tcgaggcccc tcggagaagt ga 342
//

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/KZT5 … splay=text

FT /translation="MPMPTGSMSIEAALSMLINGGPHPHPHSHHQHQHHPQHQPQPQHQ
FT HQHQHQHQHQQHQHQQGQYQMQHALFPLPLHPPHTQQQHSIPVYTPRTDVQQSLNSLAQ
FT QFAARGRKSRAGL"
FT CDS 1..354
atgcccatgc caaccgggtc gatgtcgatc gaagcagcgc tctcgatgct catcaacggc 60
ggcccgcacc cgcacccgca ctcgcaccac cagcaccaac accaccccca acaccaaccc 120
caaccccagc accagcacca gcaccagcac cagcaccagc accagcagca ccagcaccag 180
cagggccagt accagatgca gcacgcgctc ttcccgctcc ccctccaccc gccgcacacc 240
cagcagcagc actccatccc cgtgtacacg ccccgcacgg acgtccagca gagcttgaac 300
agccttgccc agcagtttgc cgcccggggc cggaagagcc gcgcgggctt atga 354
//

KZT59633

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EFE5 … splay=text

FT /translation="MLVFYTALFFISGQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQH
FT QHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQ
FT HQHQHQHQHQYISKLLM"
FT CDS 1..366
gtgcttgtat tttatacagc actgtttttt atttctggtc aacaccaaca ccaacaccaa 60
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 120
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 180
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 240
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 300
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aatatatttc taaactctta 360
atgtaa 366
//

EFE54881

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/JAB8 … splay=text

FT /translation="AASTLLGVSETAITNTTTSSTGRTFITPADIPPPPPHPPNTIGRK
FT RFLGTSKSVEERTTRDGGSGGGGGGRCQCEHPIEFVGQQHQHQHQHQHQHQQPLTQPSQ
FT SSLQQAHQSYGSHHSVYLPTQSSLQQQQQ"
FT CDS 1..399
gcagcatcta cgctgcttgg tgtcagtgaa accgccatta ccaacacaac cacctccagc 60
accggtcgca ccttcatcac gcccgctgac ataccaccgc caccaccaca tccgcccaac 120
accatcggac gcaaacgctt tctgggcacc agcaagagtg tggaagagcg tacgacgcgt 180
gatggtggca gtggcggtgg cggtggcgga cgttgtcagt gtgaacatcc gattgagttt 240
gtgggccaac aacaccaaca ccagcaccag caccaacatc aacatcaaca gccgttaaca 300
cagccgtctc agtccagttt gcagcaggca catcagtcat atggtagtca tcacagtgtt 360
tacctaccaa cacaatcgtc actgcaacaa caacagcag 399
//

JAB88352

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EER3 … splay=text

FT /translation="MSSSSSSNSGSSRFRSDAASFSPGQYPNYIPQQFPPHQYMPPMHP
FT QQPIYYQYPNYPIMVNQIYGGVYTHGYMQENFFPPQQQQQQQQQHFMIPQHQQPYMTNN
FT YQHQHQHQHQHQHQHQHHPPKSLKIANHQK"
FT CDS 1..405
atgtcatcgt catcttcttc aaattcagga tctctgcgct ttcgtagtga cgcagccagt 60
ttctcaccgg gtcagtatcc caattacatc ccacaacaat ttcctcctca tcaatacatg 120
ccaccaatgc atccgcaaca accaatatat tatcaatacc caaattaccc tattatggtg 180
aatcagatct atggtggagt gtatacacat ggatacatgc aagaaaactt ttttcctcca 240
caacaacaac agcagcaaca acaacaacat tttatgattc cacaacatca acaaccatat 300
atgactaata attaccaaca ccagcaccag caccaacatc agcatcagca tcagcatcag 360
caccatcctc caaaaagttt aaaaatagca aaccaccaaa agtag 405
//

EER34206

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CDJ3 … splay=text

FT /translation="MIENWTAAAAAPAPAAAPAAPAPAAAAPAPAAPAPAPAPAAPAAA
FT AAAAAAAAQHQQQQQQQQLQQQPHHHHQQQHQHHHHQQQQQQHQHQQHQHQHQQQQHQH
FT QHQHQHQHQQHQQQHQHQQQQQQQQQQQQQQQQQQYTY"
FT CDS 1..429
atgatagaga attggacagc agcagcagca gcaccagcac cagcagcagc accagcagca 60
ccagcaccag cagcagcagc accagcacca gcagcaccag caccagcacc agcaccagca 120
gcaccagcag cagcagcagc agcagcagca gcagcagctc agcatcagca gcagcagcag 180
cagcagcaac tgcagcagca gccgcatcat catcatcagc agcagcatca gcatcatcat 240
catcagcagc agcaacagca gcaccagcac cagcagcacc agcaccagca ccagcagcaa 300
cagcaccaac accagcacca gcaccagcac cagcaccagc agcaccagca gcagcaccag 360
caccagcagc agcagcagca gcagcaacag cagcagcagc agcagcagca gcagcagtat 420
acatactag 429
//

CDJ31753

***

http://www.uniprot.org/uniprot/E9DFU9

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EFW1 … splay=text

FT /translation="MNQPPIPYPQPFPQQLPAASNPPGYHPIHLQHQHQHHQQHQHQQH
FT QQPQQHQQHQQHQQPQHIAPQPVQSMSFYPNPNLYAQETLPPQIHQQHQPQQQHQHQHQ
FT HQHQHQQPPQPQPQQPQQQQHPFPHVVGAVPPHAGVGGAMMMSPAPLPHHASAN"
FT CDS 1..474
atgaaccaac caccgatccc ctacccacag cccttccccc agcagttgcc cgccgcttca 60
aatcctcccg gctatcatcc cattcacctc caacaccagc atcagcacca ccagcagcac 120
cagcatcagc agcatcaaca gcctcaacag catcaacagc atcaacagca tcaacagcct 180
cagcacatcg ccccgcagcc tgttcagtcg atgtccttct acccgaaccc caacctgtac 240
gcccaggaga ccctcccgcc ccagatccac cagcagcacc agccgcaaca acagcaccag 300
caccagcacc agcaccagca ccagcaccag caaccacctc aaccgcaacc tcagcagcct 360
cagcagcagc aacatccctt cccgcatgtc gtcggtgctg ttccaccaca tgccggcgtg 420
ggtggagcca tgatgatgtc cccggcgccg ctaccccatc atgcgtctgc taat 474
//

E9DFU9

***

http://www.uniprot.org/uniprot/C6SW03

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ACU1 … splay=text

FT CDS BT089346.1:29..574
FT /translation="MAESDNESGGHTGNASGSNELSGCREQDRFLPIANMSRIMKKALP
FT ANAKISKEAKETVQECVSEFISFITGEASDKCQKEKRKTINGDDLLWAMTTLGFEDYVD
FT PLKIYLHKYREMEGEKTAMMGRPHERDEGYGHGHGHATPMMTMMMGHQPQHQHQHQHQH
FT QHQGHVYGSGSASSARTR"
atggctgagt ccgacaacga gtcaggaggt cacacgggga acgcgagcgg gagcaacgag 60
ttgtccggtt gcagggagca agacaggttc ctcccaatag caaacatgag caggatcatg 120
aagaaggcgt tgccggcgaa cgcgaagata tcgaaggagg cgaaggagac ggtgcaggag 180
tgcgtgtcgg agttcatcag cttcataaca ggagaggctt ccgataagtg ccagaaggag 240
aagaggaaga cgatcaacgg cgacgatctt ctctgggcca tgactaccct gggcttcgag 300
gactacgtgg atcctctcaa gatttacctg cacaagtata gggagatgga gggggagaaa 360
accgctatga tgggaaggcc acatgagagg gatgagggtt atggccatgg ccatggtcat 420
gcaactccta tgatgacgat gatgatgggg catcagcccc agcaccagca ccagcaccag 480
caccagcacc agcaccaggg acacgtgtat ggatctggat cagcatcttc tgcaagaact 540
agatag 546
//

>ENA|ACU13426|ACU13426.1 Glycine max (soybean) unknown
ATGGCTGAGTCCGACAACGAGTCAGGAGGTCACACGGGGAACGCGAGCGGGAGCAACGAG
TTGTCCGGTTGCAGGGAGCAAGACAGGTTCCTCCCAATAGCAAACATGAGCAGGATCATG
AAGAAGGCGTTGCCGGCGAACGCGAAGATATCGAAGGAGGCGAAGGAGACGGTGCAGGAG
TGCGTGTCGGAGTTCATCAGCTTCATAACAGGAGAGGCTTCCGATAAGTGCCAGAAGGAG
AAGAGGAAGACGATCAACGGCGACGATCTTCTCTGGGCCATGACTACCCTGGGCTTCGAG
GACTACGTGGATCCTCTCAAGATTTACCTGCACAAGTATAGGGAGATGGAGGGGGAGAAA
ACCGCTATGATGGGAAGGCCACATGAGAGGGATGAGGGTTATGGCCATGGCCATGGTCAT
GCAACTCCTATGATGACGATGATGATGGGGCATCAGCCCCAGCACCAGCACCAGCACCAG
CACCAGCACCAGCACCAGGGACACGTGTATGGATCTGGATCAGCATCTTCTGCAAGAACT
AGATAG

C6SW03

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Откуда: Москва
Зарегистрирован: 2011.06.15
Сообщений: 76,238

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 393

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Кушелев: Я вспомнил, где я слышал эту "трель" музыкального белка QHQHQHQHQHQ!

Это древний африканский танец, изображающий инопланетного геодезиста.

https://www.youtube.com/watch?v=vE5Y0n2FFfg

Вот он, этот танец "шамана дождя". Только музыку с "трелью" QHQHQHQHQ заменили на современную.

А мы сейчас найдём оригинальную...

http://videos.nur.kz/kk/view=j8cu3twz

Здесь была оригинальная музыка, но почему-то не работает. В инете остались одни ремейки с наложением современной музыки. Оригинал недоступен...

Всё-таки нашёл: https://www.youtube.com/watch?v=WX0H85tj1yU
A dancing man on a stick - amazing african tribal dance - Zaouli Dance
Не всё ещё стёрли
Продублировал на всякий случай на облаке мэйл.ру: https://cloud.mail.ru/public/8QMX/LimGkuFys

Нашлась и более сложная мелодия: https://www.youtube.com/watch?v=p6OKy9u5_V8

Давайте попробуем разобраться, зачем нужен сигнал типа QHQHQHQHQ ?

Сигнал QHQHQHQHQ записан в середине музыки сборки белка: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKT5 … splay=text

Музыка QHQHQHQHQ звучит во время сборки Q-спирали:

C 15 по 46 строку.

При вращении Q-спирали белка соседние аминокислотные остатки будут звучать "трелью", т.е. как в процессе сборки, т.е. "по нотам". Правда, скорость проигрывания будет зависеть от угловой скорости вращения белковой молекулы. Гиперзвук с переходом на полутон туда и обратно может вызывать периодическое изменения вектора силы гиперзвукового давления на объект воздействия, т.е. на другое химическое соединение. Если этот объект обладает резонансными свойствами, то он будет раскачиваться. Через несколько периодов колебаний объект может раскачаться до пороговой амплитуды, после чего он может передать энергию, например, для химической реакции превращения АДФ (ADP) в АТФ (ATP). Это позволяет субклеточному организму питаться тепловой энергией. Конечно, фотосинтез даёт больше энергии, но не помогает выжить в темноте...

А зачем такой сигнал ("трель" на двух соседних нотах) могла понадобиться инопланетянам, которых копируют африканские шаманы дождя?

Вероятно, речь идёт об аналогичном воздействии на резонансную систему или о сигнале, который управляет электромагнитным двигателем, раскачивающим некий объект в резонанс.

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Откуда: Москва
Зарегистрирован: 2011.06.15
Сообщений: 76,238

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 405

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Музыкальный триумф пикотехнологии белков

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Откуда: Москва
Зарегистрирован: 2011.06.15
Сообщений: 76,238

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 408

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Кушелев: Посмотрим, как будет выглядеть 3D модель белковой молекулы с Q-спиралью длиной 100 аминокислотных остатков (c 14 по 114).

Это её 2D-структура и ноты сборки:

Анимация в формате avi: https://cloud.mail.ru/public/N5bF/bUViNuwqo
Музыка сборки в стандарте MIDI: https://cloud.mail.ru/public/9bkb/CtgJt9pYx
3D структура в стандарте PDB: https://cloud.mail.ru/public/GEj7/CAdbKGnWe
3D структура с электронными оболочками в стандарте 3DS Max: https://cloud.mail.ru/public/9wTk/Ltcwy4i6h
Кодирующая нуклеотидная последовательность DNE: https://cloud.mail.ru/public/7uZS/32J8iXqns
Кодирующая нуклеотидная последовательность fasta: https://cloud.mail.ru/public/BPWe/zUX3XVsxy
Все эти файлы можно посмотреть в папке: https://cloud.mail.ru/public/3urL/EnXBJyzct

**Kushelev**

Kushelev
Модератор
Неактивен

Откуда: Москва
Зарегистрирован: 2011.06.15
Сообщений: 76,238

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 554