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Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 115

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

https://img-fotki.yandex.ru/get/108697/158289418.3f9/0_177f3f_687e9332_L.png

IN(L,D)NINNINNV

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

http://molbiol.ru/scripts/01_12.html

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … ZFCTC45013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1103666979

CRG93487

>ENA|CRG93487|complement23940 nucleotides
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Интересный фрагмент:

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Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/54522/1 … 1_orig.png

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Укоротим фрагмент:

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Ещё укоротим:

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По нотам 40-ой симфонии Моцарта нашлась ... треугольная спираль!

Однако музыку Моцарта, которая звучит при сборке этого белка мы пока не услышим. Белок слишком крупный для того, чтобы программа могла обработать его целиком. Нужно найти этот фрагмент.

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Он оказался близко к началу аминокислотной последовательности.

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Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/51134/1 … 6_orig.png

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Музыка сборки этого фрагмента (10 нот) совпадают с началом 40-ой симфонии Моцарта.

62

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 120

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Белковая спираль Моцарта-Кушелева

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IDDIDDIDDV

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/25 … ZJ2D64R013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/255722494

>ENA|XP_002546182|5175 nucleotides
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Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/177902/ … 8_orig.png

Фрагмент:

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Получился неполный виток спирали. Давайте нарастим спираль до нескольких витков:

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Спираль Моцарта-Кушелева (533-спираль) интересна тем, что на один виток приходится почти 14 аминокислотных остатков. При этом спираль имеет ось симметрии ~5 порядка.

Любопытно и то, что композиционный код сдвинут относительно музыкального (и первичной последовательности), т.е. разным нотам соответствует одинаковая композиция соседних аминокислотных остатков и в то же время разные углы поворота соответствуют одинаковым нотам. Более того, третья нота, как и в 40-ой симфонии Моцарта звучит вдвое дольше второй!

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Это связано с тем, что вторая нота соответствует коду альфа-спирали, когда нет вращения транспортной РНК, а третья нота соответствует коду пи-спирали, когда тратится время на дополнительное вращение тРНК.

63

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 123

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/14 … ZJ2D64R013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/146261281

>ENA|ABQ14899|6861 nucleotides
atgaaaggacatcaattcaaatcctggattttcgaattgagagagatattgagagagatc
aagaattctcactatttcttagattcatggacccaattcaattcagtgggatctttcatt
cacatttttttccaccaagaacgttttataaaactcttggacccccgaatttggagtatc
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https://img-fotki.yandex.ru/get/177849/158289418.3fc/0_1781c1_6e8aa7aa_orig.png
Кушелев: Напомню, что чёрные элементы соответствуют либо стоп-кодонам (тогда это ошбки, т.е. в кодирующей последовательности белка стоп-кодонов быть не должно), либо символам NNN, т.е. тем, что не удалось определить из эксперимента. В нуклеотидной последовательности символов N я  не вижу. Значит это - ошибки. Тем не менее, часть аминокислотной последовательности, как мы видим, содержит фрагмент IDDIDDIDD, т.е. эта часть последовательности правильная, т.к. совпадает с контрольной.

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Мы видим искомую аминокислотную последовательность

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Спираль 533333 нам уже встречалась.

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Но треугольная спираль строится под другую музыку, которая лишь слегка напоминает фрагмент 40-ой симфонии Моцарта...

64

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 309

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Открыта музыка белка с размером 7/8 (Lymantria_genom)

Размер 7/8 интересен тем, что в земной музыке не используется (пока) wink

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.408/0_1789ca_26e315bb_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.408/0_1789d6_dcf8ef5e_orig.png
Под музыку с музыкальным размером 7/8 строится переходная (спираль-вязь) белковая структура:

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.408/0_1789cd_c36786fc_orig.png
Это ещё спираль, но она уже близка к структуре "псевдовязь".

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Это уже "псевдовязь"

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А это уже "вязь".

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Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 316

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Невозможная музыка белков

https://img-fotki.yandex.ru/get/52790/158289418.408/0_1789f5_1098e9a_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/215222/158289418.408/0_1789f9_e3752f03_orig.png

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https://img-fotki.yandex.ru/get/52325/158289418.408/0_1789f7_e8431976_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/235015/158289418.409/0_1789fa_a86e4c8f_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.408/0_1789f8_923102eb_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/57985/158289418.409/0_1789fc_d7afb38c_orig.png

Слушать (файл в стандарте MIDI): https://cloud.mail.ru/public/AJFi/4d2BwBDCW

Полный комплект файлов: https://cloud.mail.ru/public/BEZt/7CmnpHLB9

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Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 317

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Невозможная музыка белков

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Dear Didier!
Can you write music based on the unusual music of building a protein molecule? The musical size is 7/8. See the attached files.

Warm wishes,
Your Alexander Kushelev

Russian original:

Дорогой Дидье!
Можешь ли ты написать музыку на основе необычной музыки сборки белковой молекулы? Музыкальный размер 7/8. Смотри вложенные файлы.

midi: https://cloud.mail.ru/public/AJFi/4d2BwBDCW

https://img-fotki.yandex.ru/get/57985/158289418.409/0_1789fc_d7afb38c_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194869/158289418.408/0_1789f6_fceef9ba_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/52325/158289418.408/0_1789f7_e8431976_orig.png