11

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 180

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

Как, где, когда Human Receptor "украл" музыку коллагена?

"Как, где, когда... Главное - когда" (из фильма "Назад, в будущее!")

В те незапамятные времена, когда человека ещё не было, заимствование и переработка музыки сборки белковых молекул ещё не считалось недостойным занятием. Понятия "плагиат", "ремейк" ещё не было, и каждая белковая молекула эволюционировала, не нарушая авторских прав музыкальных доноров.

https://img-fotki.yandex.ru/get/196548/158289418.3dc/0_175a97_5d3e10e7_XL.png
Подобное повышение высоты нот может отражать медленное повышения уровня энергии активации химического соединения в области активного центра белковой молекулы. Дело в том, что белковые молекулы могут иметь конвейерные участки, на которых происходит поэтапное воздействие на химическое "сырьё". Меняя его состояние, можно "творить чудеса биологической активности", реализуя биохимические реакции, которые не характерны для неживой природы".

https://img-fotki.yandex.ru/get/4607/158289418.3dc/0_175a98_3af37f4_XL.png
Не следует забывать, что процессы, запрограммированные в структуре белковых молекул, часто бывают многокомпонентными, поэтому сигналы управления, в т.ч. "ноты" становятся понятными лишь в том случае, если обнаружена их связь со всеми составляющими процесса.

https://img-fotki.yandex.ru/get/196142/158289418.3dc/0_175a99_d1ba2c07_XL.png
Этот фрагмент музыки сборки белка Human Receptor представляет собой ни что иное, как фрактальное ускорение ритма. Сначала мы видим три доли, затем 4 и, наконец 5. Разделителем музыкальных долей является аминокислотный остаток Gly, который в обычной музыке ассоциируется с басовым барабаном.

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3dc/0_175a9a_240cadb1_XL.png
Одним из признаков сигнала управления является "скользящая корреляция" или "неразрывность производной". Это - вариант нерезонансного управления.

https://img-fotki.yandex.ru/get/51393/158289418.3dc/0_175aaa_9fb9e280_XL.png
А это пример резонансного управления, когда сигнал раскачивает систему, периодически повышая и понижая частоту управления. В результате за два-два с половиной периода раскачки система может преодолеть энергетический барьер, который "с наскока" взять невозможно.

https://img-fotki.yandex.ru/get/94893/158289418.3dc/0_175a9b_13c6e6f9_XL.png
На слух можно обнаружить гармоничные "осмысленные" сигналы, которые часто соответствуют активным центрам белковой молекулы. Как я уже объяснял, кратные частоты позволяют дистанционно ориентировать и двигать химические соединения, причём в сложных случаях по всем шести степеням свободы, т.е. по трём степеням свободы вращения и по трём степеням свободы смещения.

https://img-fotki.yandex.ru/get/97884/158289418.3dc/0_175a9c_b1aae20b_XL.png
Зачем может понадобиться многократное повторение одной ноты? В действительности, повторение одного и того же аминокислотного остатка может преследовать разные цели. Это может быть решением структурной (архитектурной) задачи, это может быть решением биохимической задачи, но это же может быть решением "музыкальной" задачи, т.е. задачи формирования специального гиперакустического поля. Музыкантам хорошо известно, что в оркестре одну и ту же ноту могут сыграть несколько музыкантов одновременно. Это вызывает более "глубокое" звучание. В мире молекул параллельное звучание одинаковых радикалов позволяет формировать либо более интенсивный гиперзвук, либо специальное распределение "звуковой дорожки" в пространстве. Создание гиперакустической глиссады, по которой, например, движутся химические соединения на участке молекулярного конвейера. Не зная про подобные глиссады можно долго ломать голову над "разумным" поведением молекул.

https://img-fotki.yandex.ru/get/196142/158289418.3dc/0_175a9d_5e51ef54_XL.png
Музыкальные фразы могут "вести" химическое соединение на участке молекулярного конвейера и параллельно менять энергию активации, направляя химическую реакцию по программе.

https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/158289418.3dc/0_175a9e_c61df5c6_XL.png
Иногда мелодия как бы раздваивается на низкие и высокие ноты, т.е. управляет сразу двумя процессами, разнесёнными по частотным диапазонам.

https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.3dc/0_175a9f_2d033710_XL.png
В разных белках обнаруживается ритм вальса/коллагена, который может чередоваться с другими ритмами. В данном случае мы наблюдаем чередование ритмов 3/4-4/4-3/4. Что даёт чередование ритмов? Мы знаем, что в коллагене ритм "вальса" нужен для формирования структуры "танцующей" спирали коллагена. Каждый третий аминокислотный остаток-Gly нужен для правильного контакта с соседними цепями трёхцепочечной спирали коллагена.

http://biomolecula.ru/content/1610

Цитата: Каждая цепочка коллагена закручена в особую левую спираль (напомню, что α-спираль почти всегда правая), а вместе цепочки скручиваются в правую тройную («коллагеновую») суперспираль (рис. 13).

https://img-fotki.yandex.ru/get/6601/158289418.3dc/0_175ab5_1e62ebb1_XL.png
Кушелев: По существу мы видим лишь схему. Какова пространственная структура коллагена, мы сможем узнать лишь построив её адекватную пикотехнологическую модель. Пока что известно, что существует более 9 типов коллагенов человека. Все они образуют разные суперструктуры.

http://img-fotki.yandex.ru/get/9218/158289418.af/0_ae265_e1c4e630_S.gif
Одну из них я пытался строить несколько лет назад.

http://img-fotki.yandex.ru/get/4423/126580004.37/0_afba3_c1570361_orig.gif
Не факт, что модель построена правильно. А как выглядят другие 8 типов суперспиралей коллагена, нужно ещё выяснить.

https://img-fotki.yandex.ru/get/117578/158289418.3dc/0_175aa6_8b2ec09e_XL.png
"Осмысленные" мелодии сборки фрагментов белковых молекул имеет смысл визуализировать, т.е. построить схемы вторичной структуры и пространственные модели.

https://img-fotki.yandex.ru/get/172272/158289418.3dc/0_175aa7_538cc867_XL.png
В этом случае может проясниться смысл "мелодии". Либо это отражение структурной функции, либо сигнал, соответствующий сборке активного центра белка, либо запрограммированная гиперакустическая глиссада, либо что-то ещё, неизвестное современной науке.

https://img-fotki.yandex.ru/get/106693/158289418.3dc/0_175aa8_1332bcb3_XL.png
Понятно, что простые мелодии могут выполнять простые задачи,

https://img-fotki.yandex.ru/get/196161/158289418.3dc/0_175aad_94ef7db7_XL.png
а сложные мелодии и ритмы - комплексные задачи.

https://img-fotki.yandex.ru/get/172017/158289418.3dc/0_175aa9_2ca85956_XL.png
Влушайтесь в эту мелодию. Ведь это же (с 5-ой по 11-ю ноту) оригинал, который после переработки превратился в ... "Чижик-Пыжик, где ты был?"(!)

https://img-fotki.yandex.ru/get/98645/158289418.3dc/0_175aab_d261046e_XL.png
Мы сможем найти корни большинства народных мелодий в генах...

https://img-fotki.yandex.ru/get/100036/158289418.3dc/0_175aac_71fc0c7b_XL.png
Родословная белков поможет понять, как копировались и развивались ритмы и мелодии сборки белков в процессе эволюции.

Музыка Human Receptor CAA26306:
https://img-fotki.yandex.ru/get/54353/158289418.3dc/0_175aae_350dcdf0_XL.png

Музыка Human Receptor AAA51729:
https://img-fotki.yandex.ru/get/96333/158289418.3dc/0_175aaf_8e3f4851_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/55431/158289418.3dc/0_175ab0_360ba1f2_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/51393/158289418.3dc/0_175ab1_e4f79be4_XL.png

Музыка Human Receptor CAA25240:
https://img-fotki.yandex.ru/get/5906/158289418.3dc/0_175ab2_a282edb_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195771/158289418.3dc/0_175ab3_bf3a63c0_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/172272/158289418.3dc/0_175ab4_87ef171e_XL.png

12

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 189

Кушелев: Интересно было бы восстановить в инете фильм "Музыка молекул", который куда-то делся. Я смог найти только слайд-фильм, сделанный из кадров фильма: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … /index.htm

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/slides/990415/014.jpg
Интересно было бы показать этот фильм Дидье Маруани, тем более, что он переведён на английский язык, а русский оригинал режиссёр Люба Павлова "благополучно" потеряла, хотя договаривались, что запишет мне качественную копию.

13

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 197

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

В темпе коллагена

Кушелев: Напомню одну из моделей суперспирали коллагена-9:

http://nanoworld88.narod.ru/data/277_files/0_b1ab0_70fa3004_orig.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/277.htm

14

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 206

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

Знакомьтесь, "Чижик-Пыжик"

https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.3dd/0_175b06_8cae376a_XL.png

Знакомьтесь, "Чижик-Пыжик" smile

Эти 7 нот нашлись только в одном из 100 000 белков. Общая длина "нотной последовательности" генетического банка около 100 000 000.

15

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 207

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

Знакомьтесь, "Чижик-Пыжик"

В банке нуклеотидных последовательностей обнаружен второй "Чижик-Пыжик"!

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.3dd/0_175bec_ddc66841_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/48807/158289418.3dd/0_175b50_95b4e2b7_orig.png
Вторичная структура фрагмента-7

PDB-файл целого белка (Савин): https://cloud.mail.ru/public/3hEG/qbBDM8in4
PDB-файл целого белка (Неделько): https://cloud.mail.ru/public/JdHP/GNuFUTYYV
MIDI-файл целого белка (Неделько): https://cloud.mail.ru/public/FjGz/zLQncwx9Q
PDB-файл фрагмента-7 (Савин): https://cloud.mail.ru/public/AZVa/PkpMbVHxk
PDB-файл фрагмента-90 (Савин): https://cloud.mail.ru/public/GZfY/ZGLyyQiZB
Модель в стандарте 3DS Max: https://cloud.mail.ru/public/DD1h/iyqrLF8cw

Ноты целого белка:

https://img-fotki.yandex.ru/get/115272/158289418.3dd/0_175bee_589296b9_XL.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/196258/158289418.3dd/0_175bef_37b2c0c2_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/104700/158289418.3dd/0_175b4f_4224c24d_orig.gif
Анимация фрагмента-7 (Avi): https://cloud.mail.ru/public/4Bfk/XpDP5aexE

https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.3dd/0_175b51_f2a04b53_orig.gif
Анимация (только ядра атомов): https://cloud.mail.ru/public/CKpM/wL9ev5Sfo

https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.3dd/0_175b4b_f6cee3e6_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/198569/158289418.3dd/0_175b42_db1cfc07_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/143188/158289418.3dd/0_175b43_eb81268d_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.3dd/0_175b44_85a1dc20_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/9800/158289418.3dd/0_175b45_61dcc65_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/96333/158289418.3dd/0_175b46_72cd633e_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/104403/158289418.3dd/0_175b47_b8bafa26_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/98645/158289418.3dd/0_175b48_3a25a5e9_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/158289418.3dd/0_175b49_2d5f57ee_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194858/158289418.3dd/0_175b4a_1836e9a2_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.3dd/0_175b4c_4ce40555_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/96770/158289418.3dd/0_175b4d_91a3ff1d_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/48807/158289418.3dd/0_175b52_f5a2b70e_XL.png
Модель фрагмента-90

https://img-fotki.yandex.ru/get/49312/158289418.3dd/0_175b53_4c6fd845_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/53145/158289418.3dd/0_175b54_64835572_XL.jpg
Оригинал (10 мегабайт, 6400*4800): https://img-fotki.yandex.ru/get/53145/1 … 2_orig.jpg
3D модель целого белка (489 аминокислотных остктков)

https://img-fotki.yandex.ru/get/196258/158289418.3dd/0_175b55_f427f411_orig.png

16

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 208

7 нот "Чижика-Пыжика" в окружении соседних нот белка:

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3dd/0_175c76_6282096a_XL.png

Второй фрагмент из того же белка:

https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/158289418.3dd/0_175c77_d7a146bd_XL.png

Третий фрагмент из того же белка:

https://img-fotki.yandex.ru/get/50455/158289418.3dd/0_175c78_4446395a_XL.png

17

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 209

Кушелев: В базе нуклеотидных последовательностей общей длиной около 100 000 000 000 нот обнаружилось 2(два) белка, с фрагментом из 7 нот "Чижик-Пыжик, где ты был?", что невероятно, т.к. 6^20=3 656 158 440 062 976

Первый "Чижик":
https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.3dd/0_175bec_ddc66841_orig.png

Второй "Чижик":
https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.3dd/0_175b06_8cae376a_XL.png

Кстати, 8-ая нота в этих двух белках тоже совпадает, а

7^20=79 792 266 297 612 001

А последовательность нот в генбанке всего ~100 000 000 000

18

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 215

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Является ли эта музыка плагиатом?

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

Кушелев: Понятно, что в песню "Жестокая любовь", которую поёт Филипп Киркоров, ноты попали из песни SPACE - Symphonic Space Dream: https://www.youtube.com/watch?v=MiJ3yv_jek8

https://img-fotki.yandex.ru/get/198998/158289418.3dd/0_175cc0_56cd9c7f_XL.png

Но откуда эти ноты попали в песню Дидье Маруани?

Давайте проверим, может быть это тоже музыка сборки белковых молекул?

Фактически узнаваемое ядро припева Symphonic Space Dream (7 нот) играется на трёх разных нотах:

фа-диез ... Lys K
соль ......... Met M, Gln Q, Glu E, Val V, Phe F
до ............ Ile I

А последовательность аминокислот выглядит так:

MMMIMMK (Met-Met-Met-Ile-Met-Met-Lys)

При этом любая M может быть заменена на Q,E,V или F

Результат поиска превзошёл все ожидания!

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/55 … DMEMCTD016

С этой мелодии начинается структура белка "Magnesium transporter" XP_005977565.1 !

1 mmmmimmkkv kkrmrpggss pgtlplwaas fspppgpdpg swprwdssqp papepgsrga ...

Более того, за пределами 7 нот мы видим ноты, которые тоже входят в мелодию!

https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/158289418.3dd/0_175cc1_73bc5fc1_XL.png

19

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 218

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

Dear Didier! I found 9 notes from your song in the human genome!

https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/158289418.3dd/0_175cc1_73bc5fc1_XL.png

Details: http://nanoworld.org.ru/topic/1603/

My film Music of molecules (1992 Year, English): https://my.mail.ru/mail/gopri/video/89/173.html

Warm wishes,
Your Alexander Kushelev

20

Re: Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 223

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

Музыка сборки белка "Magnesium transporter" XP_005977565.1 начинается с этих нот:

https://img-fotki.yandex.ru/get/172931/158289418.3dd/0_175ccf_bddbf127_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/44819/158289418.3dd/0_175cd0_617cfa3b_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/219501/158289418.3dd/0_175cd1_d26ca8af_XL.png