1

Тема: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

Продолжение. Предыдущая часть темы: http://nanoworld.org.ru/topic/1530/page/100/

2

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 002

Готовится 582-ой выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"

http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Дайджест:

581Тайна трёх стоп-кодонов.
Как выглядит архитектурный нео-квази-перевертыш?
Анатомия диссонансных архитектурных перевертышей
РСА не может определить даже тип белка!
Найди иголку в стоге сена размером с планету...
Emdrive в СССР зарегистрирован в 1973 году!
https://img-fotki.yandex.ru/get/57797/158289418.3b3/0_16f5fa_44507f09_M.gifhttps://img-fotki.yandex.ru/get/48069/158289418.3af/0_16ee92_bc86a07b_orig.gifhttps://img-fotki.yandex.ru/get/57797/158289418.3b3/0_16f5fa_44507f09_M.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/53993/158289418.3ac/0_16eb67_fbaa04ba_M.png https://img-fotki.yandex.ru/get/197852/158289418.3ac/0_16ebd9_19cb446f_M.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/158289418.3b3/0_16f5f8_4b506400_L.pnghttps://img-fotki.yandex.ru/get/195786/158289418.3ac/0_16ebde_3ea398ad_L.gifhttps://img-fotki.yandex.ru/get/195559/158289418.3b3/0_16f5f9_236703e0_L.gif
https://img-fotki.yandex.ru/get/195786/158289418.3b0/0_16f24d_40e1948e_M.jpghttps://img-fotki.yandex.ru/get/173476/158289418.3b0/0_16f256_12fd56e9_M.jpg

3

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

http://globalwave.tv/forum/viewtopic.ph … 767#p21767

Шестопалов А.В. пишет:

Холодный ядерный синтез признан Росатомом

Кушелев: Холодный ядерный синтез безусловно существует. Вопрос ставится лишь о целесообразности его применения в энергетике.

4

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5M3R

http://www.uniprot.org/uniprot/P02185

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/BAF03579

>ENA|BAF03579|BAF03579.1 Physeter catodon (sperm whale) myoglobin
ATGGTGCTCAGCGAGGGAGAATGGCAGTTGGTTCTGCACGTCTGGGCGAAGGTGGAGGCT
GATGTCGCAGGCCATGGGCAGGACATCCTCATCAGGCTCTTTAAGAGTCATCCCGAGACC
CTGGAGAAATTTGACAGGTTCAAGCACCTGAAGACAGAGGCTGAGATGAAGGCCTCAGAG
GACCTGAAGAAGCATGGCGTCACCGTGCTCACTGCCCTGGGGGCCATCCTCAAGAAGAAG
GGGCATCATGAGGCGGAGCTGAAGCCCCTGGCCCAGTCGCATGCTACCAAGCACAAGATC
CCCATCAAGTACCTGGAGTTCATCTCGGAAGCCATCATCCACGTTCTGCACAGCAGGCAC
CCTGGAGACTTTGGTGCCGACGCCCAGGGAGCCATGAACAAGGCCCTGGAACTGTTCCGG
AAGGACATCGCTGCCAAGTACAAGGAGCTGGGCTACCAGGGCTAA

https://img-fotki.yandex.ru/get/57422/158289418.3b3/0_16f8bc_4adf00fa_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/31027/158289418.3b3/0_16f8bd_28520103_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/43800/158289418.3b4/0_16f8be_8b37aae1_orig.gif
Видео: https://cloud.mail.ru/public/9mDs/ZShGMPvd8

В структуре миоглобина есть несколько пролинов (Pro), поэтому после выхода с рибосомы третичная структура в нескольких местах сгибается, и развёрнутая молекула сворачивается в глобулу. Это и есть фолдинг, при котором молекула гнётся всего в нескольких местах на пролинах.

5

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

DNE-файл белка из организма шелкопряда

FT CDS  1..339
     AATTCGAATT CGAAAGGCTA CGAATACGCT TGGTCGTCAA AATCTGACTT TGAAACTGGA
     AGCGGTGCTG CCTCTGGTGC TGGTTCAGGT GCTGGTGCTG GTTCAGGTGC CGGTGCTGGT
     TCAGGTGCTG GTGCTGGTTC AGGTGCCGGT GCTGGTGGTA GCGTCAGTTA CGGAGCTGGC
     AGGGGATACG GACAAGGTGC AGGAAGTGCA GCTTCCTCTG TGTCATCTGC TTCATCTCGC
     AGTTACGACT ATTCTCGTCG TAACGTCCGC AAAAACTGTG GAATTCCTAG AAGACAACTA
     GTTGTTAAAT TCAGAGCACT GCCTTGTGTG AATTGCTAAT TTTTAATATA AAATAACCCT
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/168237/158289418.3b4/0_16f8c1_7db18ad9_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/166206/158289418.3b4/0_16f8bf_e3a9c563_orig.gif
Видео: https://cloud.mail.ru/public/Mnmg/apTroeXM2

В структуре этого белка тоже есть несколько пролинов, по которым белок может свернуться. Пока это можно смоделировать только в ручном режиме, но в следующих версиях Пикотех фолдинг можно автоматизировать.

6

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5LPE

http://www.uniprot.org/uniprot/O43240

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAB81602

>ENA|AAB81602|AAB81602.1 Homo sapiens (human) serine protease-like protease
ATGAGAGCTCCGCACCTCCACCTCTCCGCCGCCTCTGGCGCCCGGGCTCTGGCGAAGCTG
CTGCCGCTGCTGATGGCGCAACTCTGGGCCGCAGAGGCGGCGCTGCTCCCCCAAAACGAC
ACGCGCTTGGACCCCGAAGCCTATGGCGCCCCGTGCGCGCGCGGCTCGCAGCCCTGGCAG
GTCTCGCTCTTCAACGGCCTCTCGTTCCACTGCGCGGGTGTCCTGGTGGACCAGAGTTGG
GTGCTGACGGCCGCGCACTGCGGAAACAAGCCACTGTGGGCTCGAGTAGGGGATGATCAC
CTGCTGCTTCTTCAGGGCGAGCAGCTCCGCCGGACGACTCGCTCTGTTGTCCATCCCAAG
TACCACCAGGGCTCAGGCCCCATCCTGCCAAGGCGAACGGATGAGCACGATCTCATGTTG
CTAAAGCTGGCCAGGCCCGTAGTGCCGGGGCCCCGCGTCCGGGCCCTGCAGCTTCCCTAC
CGCTGTGCTCAGCCCGGAGACCAGTGCCAGGTTGCTGGCTGGGGCACCACGGCCGCCCGG
AGAGTGAAGTACAACAAGGGCCTGACCTGCTCCAGCATCACTATCCTGAGCCCTAAAGAG
TGTGAGGTCTTCTACCCTGGCGTGGTCACCAACAACATGATATGTGCTGGACTGGACCGG
GGCCAGGACCCTTGCCAGAGTGACTCTGGAGGCCCCCTGGTCTGTGACGAGACCCTCCAA
GGCATCCTCTCGTGGGGTGTTTACCCCTGTGGCTCTGCCCAGCATCCAGCTGTCTACACC
CAGATCTGCAAATACATGTCCTGGATCAATAAAGTCATACGCTCCAACTGA

https://img-fotki.yandex.ru/get/197923/158289418.3b4/0_16f8cd_7f375e68_XL.gif

7

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

Кушелев:
но в следующих версиях Пикотех фолдинг можно автоматизировать.

осталось найти хорошего правильного программиста.

8

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=2MZI

http://www.uniprot.org/uniprot/P09237

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CAA30678

>ENA|CAA30678|CAA30678.1 Homo sapiens (human) hypothetical protein
ATGCGACTCACCGTGCTGTGTGCTGTGTGCCTGCTGCCTGGCAGCCTGGCCCTGCCGCTG
CCTCAGGAGGCGGGAGGCATGAGTGAGCTACAGTGGGAACAGGCTCAGGACTATCTCAAG
AGATTTTATCTCTATGACTCAGAAACAAAAAATGCCAACAGTTTAGAAGCCAAACTCAAG
GAGATGCAAAAATTCTTTGGCCTACCTATAACTGGAATGTTAAACTCCCGCGTCATAGAA
ATAATGCAGAAGCCCAGATGTGGAGTGCCAGATGTTGCAGAATACTCACTATTTCCAAAT
AGCCCAAAATGGACTTCCAAAGTGGTCACCTACAGGATCGTATCATATACTCGAGACTTA
CCGCATATTACAGTGGATCGATTAGTGTCAAAGGCTTTAAACATGTGGGGCAAAGAGATC
CCCCTGCATTTCAGGAAAGTTGTATGGGGAACTGCTGACATCATGATTGGCTTTGCGCGA
GGAGCTCATGGGGACTCCTACCCATTTGATGGGCCAGGAAACACGCTGGCTCATGCCTTT
GCGCCTGGGACAGGTCTCGGAGGAGATGCTCACTTCGATGAGGATGAACGCTGGACGGAT
GGTAGCAGTCTAGGGATTAACTTCCTGTATGCTGCAACTCATGAACTTGGCCATTCTTTG
GGTATGGGACATTCCTCTGATCCTAATGCAGTGATGTATCCAACCTATGGAAATGGAGAT
CCCCAAAATTTTAAACTTTCCCAGGATGATATTAAAGGCATTCAGAAACTATATGGAAAG
AGAAGTAATTCAAGAAAGAAATAG

https://img-fotki.yandex.ru/get/194778/158289418.3b4/0_16f8ce_e1682ae6_XL.gif

9

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4D7Z

http://www.uniprot.org/uniprot/P0A790

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA24274

>ENA|AAA24274|AAA24274.1 Escherichia coli aspartate-1-decarboxylase
ATGATTCGCACGATGCTGCAGGGCAAACTCCACCGCGTGAAAGTGACTCATGCGGACCTG
CACTATGAAGGTTCTTGCGCCATTGACCAGGATTTTCTTGACGCAGCCGGTATTCTCGAA
AACGAAGCCATTGATATCTGGAATGTCACCAACGGCAAGCGTTTCTCCACTTATGCCATC
GCGGCAGAACGCGGTTCGAGAATTATTTCTGTTAACGGTGCGGCGGCCCACTGCGCCAGT
GTCGGCGATATTGTCATCATCGCCAGCTTCGTTACCATGCCAGATGAAGAAGCTCGCACC
TGGCGACCCAACGTCGCCTATTTTGAAGGCGACAATGAAATGAAACGTACCGCGAAAGCG
ATTCCGGTACAGGTTGCTTGA

https://img-fotki.yandex.ru/get/172931/158289418.3b4/0_16f8cf_c27de2fc_XL.gif

10

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 84

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5BWY

http://www.uniprot.org/uniprot/P46925

https://img-fotki.yandex.ru/get/166206/158289418.3b4/0_16f8d2_3bd68872_XL.png
Кушелев: С альфа-спиральными участками специалисты по РСА не угадали...

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA68217

>ENA|AAA68217|AAA68217.1 Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) partial aspartic proteinase
TGAACCAAATGGATATTACAGTAAGAGAACATGATTTTAAACATGGCTTTATCAAAAGCA
ATTCAACATTTGATGGATTAAACATTGACAATTCAAAGAACAAAAAAAAAATACAGAAAG
GATTTCAAATACTATATGTACTTCTCTTTTGTAGTGTAATGTGTGGTTTATTTTATTATG
TGTATGAAAATGTATGGCTTCAAAGAGATAATGAAATGAATGAAATTTTAAAAAATTCCG
AACATTTAACTATTGGATTTAAAGTTGAAAATGCACATGATAGAATTTTGAAAACTATAA
AAACACATAAATTAAAAAATTACATTAAAGAATCTGTCAATTTTCTTAATTCAGGACTTA
CTAAAACAAATTATTTAGGTAGTTCAAATGATAATATCGAATTAGTAGATTTCCAAAATA
TAATGTTTTATGGTGATGCAGAAGTTGGAGATAACCAACAACCATTTACATTTATTCTTG
ATACAGGATCTGCTAATTTATGGGTCCCAAGTGTTAAATGTACAACTGCAGGATGTTTAA
CTAAACATCTATATGATTCATCTAAATCAAGAACATATGAAAAAGATGGAACCAAAGTAG
AAATGAATTATGTGTCAGGAACTGTTAGTGGATTTTTCAGTAAAGATTTAGTAACTGTTG
GTAATTTATCTCTTCCATATAAATTTATTGAAGTAATAGATACTAATGGATTCGAACCAA
CTTATACTGCTTCAACATTTGATGGTATCCTTGGTTTAGGATGGAAAGATTTATCAATAG
GTTCAGTAGATCCAATTGTTGTTGAATTAAAAAACCAAAACAAAATTGAAAATGCTCTTT
TCACCTTTTACTTACCTGTACATGATAAACATACAGGATTCTTAACCATTGGTGGTATTG
AAGAAAGATTTTATGAAGGACCACTAACTTACGAAAAATTAAACCACGATTTATATTGGC
AAATAACTTTAGATGCACACGTTGGAAATATAATGTTAGAAAAAGCAAACTGTATTGTAG
ATAGTGGTACTAGTGCCATTACTGTACCAACTGACTTTTTAAATAAAATGTTGCAGAATT
TAGATGTTATCAAAGTCCCATTCTTACCTTTCTATGTAACTCTTTGTAACAACAGCAAAT
TACCAACTTTTGAATTTACCTCAGAAAATGGTAAATACACATTAGAACCTGAATACTACC
TTCAACACATAGAAGATGTTGGTCCAGGATTATGTATGCTTAATATCATAGGATTAGATT
TTCCAGTACCAACCTTTATTCTAGGTGACCCATTCATGAGAAAATATTTTACCGTCTTTG
ATTATGATAATCACAGTGTTGGTATTGCTCTTGCTAAAAAGAATTTATAA

https://img-fotki.yandex.ru/get/194989/158289418.3b4/0_16f8d0_c108b447_XL.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/196631/158289418.3b4/0_16f8d1_9f054e04_orig.png
Программная спираль 233331233331233331