881

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 881

Определим структуры всех белков человека к Новому, 2018-ому году?

Число разновидностей белков человека около 5 000 000.

За всю историю развития науки и техники определено около 100 000 белковых структур (половина неправильно). На это истрачено более миллиарда USD.

https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/158289418.3e0/0_176329_6d9df850_L.gif
Пример пикотехнологической 3D-модели белка.

Кушелев: На данный момент база белковых структур "Human Genome Protein", расположенная по этим адресам:

Part 1: https://cloud.mail.ru/public/BJeH/PdR6tFSsR

Part 2: https://cloud.mail.ru/public/Jxkq/Yt3GQAcC8

содержит структуры белков, закодированных

5, 7, 8, 9, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23(X), 24(Y)-хромосомами человека:
https://img-fotki.yandex.ru/get/894414/158289418.4b5/0_189a97_82a0444c_orig.png

Примеры вторичных структур белка в компактном и развёрнутом виде:

https://img-fotki.yandex.ru/get/897810/158289418.4b6/0_189e73_8f3b4a12_orig.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/893753/158289418.4b7/0_18a055_f5f116d2_XL.png

***

https://img-fotki.yandex.ru/get/516365/158289418.4b7/0_189ecf_13af3e92_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4b7/0_189f2f_d2a84234_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/877700/158289418.4b7/0_18a065_70b30230_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/914553/158289418.4b7/0_18a069_6ec5aef6_orig.png






https://img-fotki.yandex.ru/get/876984/158289418.4b7/0_18a06c_288cc96f_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/874316/158289418.4b8/0_18a070_5b715cbf_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/875526/158289418.4b8/0_18a072_8eef4d58_orig.png

Укрупнение:

https://img-fotki.yandex.ru/get/874316/158289418.4b8/0_18a073_e57bd51_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/897810/158289418.4b8/0_18a0ba_e3f74559_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4b9/0_18a0fd_f166188_orig.png

882

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Kushelev пишет:
Татьяна Рясина пишет:

https://mipt.ru/news/biofiziki_zamenili … _struktury

Биофизики заменили мыло на нанодиски в борьбе за честные белковые структуры

Они сами говорят, что РСА нужно улучшать.

Кушелев: Те, кто пилит бюджет, не будут заниматься "другой наукой", в частности внедрением даже готовых высоких технологий.


В МФТИ царит культ старт-апа.
Влекут лавры Сколково.
За триллиарды может и внедрят.
Тем более внедрение проще некуда. Сделал сервис и в путь.

883

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Татьяна Рясина пишет:
Kushelev пишет:
Татьяна Рясина пишет:

https://mipt.ru/news/biofiziki_zamenili … _struktury

Биофизики заменили мыло на нанодиски в борьбе за честные белковые структуры

Они сами говорят, что РСА нужно улучшать.

Кушелев: Те, кто пилит бюджет, не будут заниматься "другой наукой", в частности внедрением даже готовых высоких технологий.


В МФТИ царит культ старт-апа.
Влекут лавры Сколково.
За триллиарды может и внедрят.
Тем более внедрение проще некуда. Сделал сервис и в путь.

Лавры Сколково - это "лавры" бюджетопилки.

Хотите за пару минут узнать, что такое Сколково?

Посмотрите эту шутку: https://www.youtube.com/watch?v=xmisVJSYJLM

"Не я её придумал" wink

Вот, кстати, нашлась шутка покороче: https://www.youtube.com/watch?v=FhYeCcL008I

Чего там влечёт?

https://www.youtube.com/watch?v=9ZzgXoDLw9Q

Консерватория - гастроли - валютные махинации - золото - суд - сибирь smile

884

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Аександр Юрьевич, я конечно не по годам умна и ещё красива.
Умею жарить яичницу по инструкции.

Но как связана Ваша библиотека хромосом человека с G-белками, KR2 и ксенородопсином ChR2/ChRs/NsXeR и родственных, химер и пр?
Они там есть?
Где и как?
http://nanoworld.org.ru/post/97928/#p97928

Кстати, белка NsXeR  в базе NCBI нету  http://nanoworld.org.ru/post/97942/#p97942 .  Он кристаллизуется?

Есть родственные https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/ … Shevchenko
и химеры https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/ … shchevskiy.





Дальше едем.




Давайте отнесёмся к сообществу МФТИ антрополгически и исследуем их как племя. Надеюсь, племя не съест исследователей. Ружжо надо, и не только ружжо.

Как антрополог антропологу Вы мне говорите, что аборигены этого племени пилят бюджеты с наглостью и цинизмом. Допустим.  Валентин мне рассказывал, как шкурно и мелочно они расталкивают друг друга локтями, в частности - его тоже. Англо-саксонская модель , пусть.

Но в каждом физтехе живёт дух юности. Думаю, с этим духом юности можно договориться. В теории уж точно. А значит - и в эксперименте.

Что касается шкурности, пусть будет шкурность.  Если Пикотех как метод впишется в их занятия  (охоты, рыболовство, выкапывание корешков, обряды инициации и пр. и пр.),
то вероятно звёзды этого племени придумают, как получить гранты для себя и чуть-чуть для Вас, Виктории и Золдракса.  И как начать шебуршить этот рынок структур.Который безмерен как океан, и ещё весь ваш.

В публикациях,которые я вытащила с Твиттера ФМТИ, мелькали странные словосочетания.  Во-первых, словосочетание

честные структуры       -            белков.   Любопытное выражение https://mipt.ru/news/biofiziki_zamenili … _struktury .

Во вторых - локальный  вечный двигатель - который не нарушает Второй   з-н термодинамики.   Тоже любопытные слова (поищу отдельно).

Это знаки.  Если такие высказывания позволяются, значит это кому-нибудь нужно.

МФТИ отчаянно борется за пиар и за рейтинги.
У них смешной бюджет на пиар, просто ничтожный. 
А надо подняться на фоне Запада и Азии.
Пикотехнология может поднять международный понт МФТИ  кардинально.

Валентин видел новые конференции МФТИ, и он и я прослезились.  Там действительно всё обновилось. Всёв безумном американском стандарте. Да, подковёрная шкурная борьба идёт. Но общий стиль - мама не горюй. И пафос, и спокойная вальяжность, и мы круты что бы ни было и пр. и пр.  пр.

Предположим, Виктория публикует доклад, статью и книгу Пикотех-2 с Вами. Раз.

Предположим, Валентин публикует статьи с Вами или книгу тоже . Два.


Три.
Борщевский, Черезов, Бюльдт, Горделий, Ищенко и все кто по мембранным белками специализируются, предположительно, затем пишут статьи с Вами, Викторией, Валетином, Золдраксом.

Или Вы напишете и опубликуете статьи по мембранным белкам, процитировав их статьи.

А потом идёте к ним и предлагаете взять рынок.

Четыре.
В том числе и по вечной молодости. Потому что есть кого цитировать - статьи, которые нашли Виктория, Золдракс, и в Израиле полибионт.

Тогда можно брать гранты. Это взаимосвязано.

Ещё есть правило, что под каждой статьёй указано, на какой грант она сделана.




Дальше у меня вопрос . Посчитаем суставы Pro в 2D структурах.

Сколько суставов Pro в KR2.  Посмотрю. 

Виктория, кстати, писала в дискуссии, что заказчикам нужны 3D модели. 

Если они циничные бюджетопильщики, то им красота метода не нужна.  Им нужно знать, сколько бабла и как они его получат.  Про бабло понятно.  Если получить грант, то можно привлечь дарителей-спонсоров-инвесторов на лицензию NCBI и делать бизнес.

Это-  схема старт-апа на структурах белков. Схему старn-апа придумали Вы.  Давно.  Сейчас Физтех развился и разросся до того, что стал соответствовать этой идее.
На Физтехе сейчас бум старт-апов.
Продуктивный старт-ап может быть интересен спецам МФТИ по РСА.


По плану после публикаций Виктории с Вами можно двигаться пошагово.


Александр Юрьевич,
тогда повторюсь.

Может быть Вы сделаете 3D.

KR2 https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/344395

В нём 4 сустава Pro -
99, 118, 198, 219. 
Получается, нужна программа по перебору вариантов? Или Вы решите структуру совместно с Викторией и Золдраксом?

G-белки https://picotechnology-of-proteines.net … les/376791
1.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ … p;uid=5TUD
В нём суставов Pro - 20 -
15, 40, 67, 109, 122, 129, 160, 191, 202, 229, 255, 265, 274, 278, 294, 339, 377, 420, 439, 445


Ведь можно помимо диаграмм Пикотеха смотреть на диаграмму РСА и делать выводы, какие повороты можно выбрать. Ведь чего-то смутно, но РСА всё-ткаи показывает.  Может чего-то можно разглядеть будет.



Может быть Вы зададите вопрос Виктории и Золдраксу о 3D структурах KR2 и G-белков?
И заодно - по поводу   ChR2/ChRs/NsXeR.

Если из сделать, их можно опубликовать - раз.
Подвести под гранты - два.
Сделать старт-ап - три.


Потому что если сделать, это реальная демонстрация метода будет. 
Здесь будущим партнёрам возразить будет нечего. И незачем будет возражать. Потому что рынок весь в руках.

885

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

По солидному презентоваться в МФТИ нужно после публикаций.

886

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Они пусть пилят. Завлабам крохи видимо перепадают.
Но может бытьзавлабам будет интересно иметь свою фигу в кармане относительно  Запада и относительно Роснано.
И свои академические каналы использовать для скромной миллиардной подработки.

887

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Татьяна Рясина пишет:

как связана Ваша библиотека хромосом человека с G-белками, KR2 и ксенородопсином ChR2/ChRs/NsXeR и родственных, химер и пр?
Они там есть?
Где и как?

Кушелев: Если речь идёт о белках из организма человека, для которых известна кодирующая нуклеотидная последовательность, т.е. они относятся к 108 596 структурам, которые я планирую закончить размещать на сервере в первых числах 2018 года, то нужно просто узнать идентификатор интересующего кого-то белка и взять его из Human Genome Protein, размещенному по этим адресам:

Part 1: https://cloud.mail.ru/public/BJeH/PdR6tFSsR

Part 2: https://cloud.mail.ru/public/Jxkq/Yt3GQAcC8

На вторичной структуре белка вверху слева размещён идентификатор: XP_016869648.1

Перед ним Вы видите порядковый номер кода белка в хромосоме 3376

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4b9/0_18a0fd_f166188_orig.png
Он же является именем файла-картинки png

Найти код белка по идентификатору или другим способом можно здесь: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=HUMAN

https://img-fotki.yandex.ru/get/894414/158289418.4b5/0_189a97_82a0444c_orig.png

888

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

А.Ю., покажите МФТИ 3D
Когда Вы им пишете про 2D , Вы как бы чего- просите - обратить внимание, оценить и пр.
А когда Вы им пишете про 3D, вы уже с ними - на равных.

И можете бряцать своими преимуществами перед их недостатками. Кстати, как Вы сами могли видеть,они сами начинают обсуждать недостатки РСА. 

Они на этом хотят поднять собственные рейтинги  в мире. У Вас что-ли учатся опять?

889

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Вот про вечный двигатель в кавычках

https://mipt.ru/news/v_mfti_sozdayut_lo … orogo_roda

В МФТИ создают «локальный» вечный двигатель второго рода



Вот те крест, не нарушаем закон сохранения энергии.


В бесконечном по мерности, длительности во времени и протяженности пространстве закон сохранения энергии является фейком, флудом и спамом. 


Беспредельность ибо есть.

890

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Я скоро сойду с радаров на пару месяцев. Если чего, не теряйте меня.  Буду заглядывать на Форум, но пореже.