851

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Александр Юрьевич, может быть Вы откроете тему Музыка белков, чтобы там размещать ссылки на MP3 файлы c музыкой белков ну и с постами где есть их диаграммы? Хотя у Вас дел по горло. Но было бы шоколадно.   
И может быть, белковый концерт постепенно удастся записать. Или пьесу. Или несколько пьес. По мере возникновения.

852

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Получается красивая музыка белков.
Можно сказать, с своём стиле.
Интересно, мажорная и минорная тональности как-то влияют на функции и структуры?

853

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

https://img-fotki.yandex.ru/get/768139/158289418.4b9/0_18a129_9ad15a79_L.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/768139/ … 9_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/893194/158289418.4b9/0_18a12a_ee498d86_orig.png

854

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

krooto пишет:

АЮ, если по вашему нуклеотидная последовательность однозначно определяет все структуры белка, то любой приличный компьютер за пару секунд по вашему алгоритму рассчитает все белки человека. 
Какой смысл хранить эти данные ?

Ваш композиционный код и алгоритм дешифровки открыт же, а программа для этого open source ?

А Вы рассчитайте за пару секунд хотя бы вторичные структуры, закодированные первой хромосомой человека. Вместе посмеёмся wink

А пока каждый желающий может скачать структуры белков, закодированных в 5, 8, 9, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23(X), 24(Y)-хромосомами человека: https://cloud.mail.ru/public/BJeH/PdR6tFSsR

По старой технологии эти структуры нельзя определить даже за триллион триллионов долларов...

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4b9/0_18a0fd_f166188_orig.png

855

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 855

Skype, 2017-12-25:

[24.12.2017 21:12:51] Кушелев Александр Юрьевич: Здравствуйте, уважаемая Виктория!
[24.12.2017 21:13:35] Кушелев Александр Юрьевич: Как Вы относитесь к идее сделать доклад, написать статью, опубликовать каталог на тему: "Определены структуры всех белков человека" ?
[24.12.2017 21:13:59] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/topic/1887/
[24.12.2017 21:15:05] Кушелев Александр Юрьевич: В качестве приложения можно дать ссылку на все структуры, определенные по разным таблицам композиционного генетического кода.
[24.12.2017 21:16:14] Кушелев Александр Юрьевич: При этом часть белков по таблице Виктории Соколик и Александра Кушелева полностью совпадут. Их можно не дублировать.
[24.12.2017 21:17:28] Кушелев Александр Юрьевич: Можно предложить всем желающим составить собственную таблицу композиционного кода и сравнить результаты определения структур по разным таблицам.
[24.12.2017 21:17:49] Кушелев Александр Юрьевич: Мне, например, без разницы, какая таблица окажется более правильной.
[0:43:17] Виктория Соколик: Добрый вечер, Александр Юрьевич. Из Вашего обращения я не поняла, что Вам надо: доклад, статью или каталог структур? Это разные и по назначению и по объёму вещи. И ещё вопрос: где Вы намерены размещать эту информацию? Под каждый ресурс делается специальный проект, Вы ведь должны это понимать.
[0:44:28] Виктория Соколик: И ещё: прежде чем браться писать о "структуре"! уточняйте вторичной "всех белков" надо ещё внимательно на неё посмотреть.
[0:49:15] Виктория Соколик: Не в обиду будет сказано, но Ваши аппетиты и методы решения ГЛОБАЛЬНЫХ задач напоминают мне проповеди проповедников, которые учат любить весь мир, не умея полюбить даже одного человека. Это я к тому, что важнее определить 3D-структуру десятка, но очень нужных и перспективных белков, чем 2D-структуру всех подряд.
[0:51:20] Виктория Соколик: ***** и посмотрим на Ваши ВСЕ БЕЛКИ. smile

[3:07:09] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю! Что и где размещать - это Вам решать. Вы же разместили книгу "Пикотехнология белков". Я считаю, что это самое правильное Ваше решение. А это значит, что Вы сможете решить, что лучше сделать: Доклад на конференции, статью в научный журнал или небольшую книгу-каталог, например, в то же издательство, что и книга "Пикотехнология белков".
Безусловно надо написать "вторичной и выборочно третичной и даже четвертичной". Можно показать пространственные модели ключевых белков. Таких как фундаментальные альфа-310-бета-пи-спирали, программные спирали типа коллагена и наиболее интересные структуры из генома человека. Как выяснилось, каждая хромосома кодирует до 10 белков, представленных преимущественно программными спиралями. Музыка их сборки напоминает народные мелодии: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/page/78/
Дублирую по скайпу одну из таких структур:

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4b9/0_18a0fd_f166188_orig.png

[3:10:09] Кушелев Александр Юрьевич: Очень зрелищными будут 6 циклов разных лизоцимов, которые замкнулись через дисульфидные мостики. Есть и ряд других белков, которые имеет смысл показать читателям/слушателям. Короче, давайте обсудим и сделаем, как проще и лучше. Лучше Вас вряд ли кто-то это сможет.

856

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

https://mipt.ru/news/poluchena_struktur … nstrumenta

Получена структура самого известного оптогенетического инструмента
«Получением структуры, безусловно, занималось много разных групп по всему миру с самого открытия ChR2 в 2003 году, однако без особых успехов — до сих пор структуры белка в его естественном виде известно не было. Наличие структуры позволит оптогенетике делать осмысленные мутации в белке, подстраивая его под конкретные эксперименты. Конечно, раньше это было невозможно и большинство мутаций делались трудоёмким перебором или на основании структур родственных белков», — комментирует открытие Валентин Борщевский, заместитель заведующего лабораторией перспективных исследований мембранных белков МФТИ и первый автор статьи.

http://science.sciencemag.org/content/358/6366/eaan8862
The inner workings of an optogenetic tool

Отзыв
http://science.sciencemag.org/content/358/6366/1000


Oleksandr Volkov1,*, Kirill Kovalev1,2,3,4,*, Vitaly Polovinkin1,2,3,5,*, Valentin Borshchevskiy3,*, Christian Bamann6, Roman Astashkin2,3, Egor Marin3, Alexander Popov7, Taras Balandin1, Dieter Willbold1,2,8, Georg Büldt3, Ernst Bamberg6,†, Valentin Gordeliy1,2,3,†


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/ … shchevskiy

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/ … n+Gordeliy




Большинство мутаций, однако, сделаны сравнительно вслепую, методом направленной эволюции или исходя из данных по структурам похожих белков. Самая похожая структура, имеющаяся на данный момент — химера C1C2, в структуре которой примерно 70% от родственного белка ChR1 и 30% от ChR2. Эта структура, однако, не позволяет полностью объяснить все свойства белка, а значит, и интересные для оптогенетики мутации, спрогнозированные по этой структуре, не несут особенной правдоподобности.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/?term=ChR2

Родственныe

Белок СhR1
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/?term=ChR1

C1C2
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/?term=C1C2


Чтобы изучить структуру белка, учёные использовали метод рентгеновской кристаллографии. Для его использования необходимо получить кристалл, в узлах которого сидят молекулы белка. Это было сделано при помощи кристаллизации in meso — метода получения кристаллов мембранных белков, при котором для роста кристаллов используется особая среда, позволяющая белкам свободно перемещаться в пространстве, не выходя при этом из мембраны — липидная кубическая фаза. После этого кристаллы облучают рентгеновским излучением с длиной волны порядка 1 ангстрема (чуть меньше длины межатомной связи в белке) и снимаются данные рентгеновской дифракции, из которых затем восстанавливается структура белка.

857

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Татьяна Рясина пишет:

Александр Юрьевич, может быть Вы откроете тему Музыка белков, чтобы там размещать ссылки на MP3 файлы c музыкой белков ну и с постами где есть их диаграммы? Хотя у Вас дел по горло. Но было бы шоколадно.   
И может быть, белковый концерт постепенно удастся записать. Или пьесу. Или несколько пьес. По мере возникновения.

https://img-fotki.yandex.ru/get/6709/158289418.4b9/0_18a12b_d96f5db4_orig.png

Татьяна Рясина пишет:

Получается красивая музыка белков.
Можно сказать, с своём стиле.
Интересно, мажорная и минорная тональности как-то влияют на функции и структуры?

Кушелев: Безусловно. Трезвучие позволяет дистанционно смещать или поворачивать, например, молекулу. Измените мажор на минор, и может измениться, например, направление смещения или вращения.

858

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Спасибо!

А прослушивание мелодии может помочь  построить неоднознчную 3D  структуру?

859

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Странное сборище у Иллюминатов.
Лучше уж с РСА-шниками из  МФТИ общаться.
Они хотя бы не матерятся.

860

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 93

Татьяна Рясина пишет:

Спасибо!

А прослушивание мелодии может помочь  построить неоднознчную 3D  структуру?

Нет. Мелодия определяется первичной последовательностью. От композиционных углов частоты не зависят. Только длительности нот. Но это пока в программе "Пикотех" не учтено.