701

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

Увидите в полноте деталей, чем заполнены "пропуски" диаграмм типовых представлений белковых молекул по данным РСА.

Тут нужно ещё добавить, что РСА часто ошибается при распознании спиральных участков. Иногда вообще не замечает или показывает там, где спирали нет. А перепутать альфа-спираль с 310- Пи- или программной спиралью - элементарно smile

702

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

2) Избежите ошибок  в участках, где изображаются "пучки" альфа-спиралей. В этих сомнительных местах Вы увидите точное изображение и структуру моноспирали и узнаете ей компоненты

Здесь лучше написать: "Вместо тройной спирали коллагена" программа Пикотех показывает одиночную, но "трёхзаходную" программную 335-спираль. Другими словами форма похожа, но микроструктура другая. И получена в автоматическом режиме, т.е. по табличной функции.

https://img-fotki.yandex.ru/get/4000/158289418.421/0_17aaf5_65d3d6c0_orig.gif

703

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

3) Увидите  точное отражение "хвостов" белковых молекул, которые не показывает РСА.  (Как это более научно сформулировать?

В отличие от РСА, который "видит" только 3% белков и не замечает десятки крайних аминокислотных остатков-"хвостов" новая технология показывает 100% структуры 100% белков.

704

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

В таблице композиционного генетического кода только эти углы не прописаны  (сколько градусов и относительно какой оси, вправо , влево, куда и как) . Которые соответствуют четырём буквам.

Кушелев: Углы нужны для третичной структуры, т.е. для 3D модели. Вторичная структура - схема. Для неё углы не нужны.

705

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

Интересно, Александр Юрьевич, как Вам пришла мысль, что 4 буквы кодируют углы поворота?
Переходных угла всего четыре получается? Или больше? 
Ваш композиционный код как-то уж сильно упрощает всё что написано по ссылкам )))))

В упрощённом представлении третья (как бы лишняя) буква управляет углом поворота. Это я понял, когда сделал 3D модель аминокислотного остатка: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 920109.htm
Один аминокислотный остаток можно повернуть относительно другого на углы 0, 120 и 240 градусов. Когда я в этом убедился, построив пластмассовые модели нескольких белковых молекул, начались уточнения. Ведь водородные связи между соседними витками спирали могут слегка менять углы поворота. Анализ белковых структур помог составить таблицу: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 920204.htm

706

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 91 706

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Заказ 2017-10-30_11:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/819324696

>AKG51149
atggatacagatacagatacagatacagatacagatacagatacagatacagatacagat
acagatacagatacagatacagatacagatacagatacagatacagatacagatacagat
acagatacagatacagatacagatacagatacagatacagatacagatacagatacagat
acagatacagatacagatacagatacagatgtagaagatatcatgaacgaaatagataga
gagaaagaagaaatactaaaaaatgtagaaattgaaaataataaaaacattaacaagaat
catcccagtgaatatattagagaagcacttgttattaataccagtagtaatagtgattcc
attgataaagaagttatagaatatatcagtcacgatgtaggaatatag

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/877700/158289418.495/0_185458_3e1afb35_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/880237/158289418.495/0_185459_fe10e10b_orig.png

На этот раз мы видим 100%-ную корреляцию первичной последовательности n(DT) и вторичной структуры, т.е. программной 23-спирали.

707

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Заказ 2017-10-30_12:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/948589713

>KRK22802
atgccgctagtttggccgcatccgtatgctgcagatggtgagtataaatcagctgccttg
caacaaagctatgccgcactacgtctgacttatgcgactgatcaagttgctgcagcttca
agtgccgccagtgcaatgactgagacagttgttgaagcgcagtctagttactacaactca
attgcaactgctgcttccagtgctgccagtgcagcttcttcagctgcgacgaccgcctcg
agcgttgcaagttcattgggtgccaaatacacgtcaaacacggtgttgggtagctcatat
gttgccgacacgaatagttacgcaaccagtactttaggggctgccgcagctgcaacatct
gcagccgcaatggcaactcagtataccagtcaagcttcctcagcggttgctgcgggtgac
tatgctgctgcaagttcgtatgtcaccaatgcttcagctgcagcgagtgaagcaacttcc
tatgctgctcttgcaacaagttatgcggcacttggctccacggccgcttcttcagcagtc
gcttattcgaatgataccagttcactgcaatcatcaaacgtaggcgatgcaatcagtatc
tggggtatcaccatttcgggtggggtgacctcgcagccgtcaacagttacgtcaacggtt
actgggggaactgtaacattatcacccgcaactgcaactggtttgttctccgttgccact
acttcgtcaggaacttggtatgtacagattaatgggacttggcggacattgtcctatgcc
actagcaacggctatgtaacgcttgtttcaagcagctcgtcaaataatgcgacgaccaat
acgagttcgatcacgtttacggttccaaataccggaacattgctattccagtatgtttca
aactattcattccttggaatcgtcggcacaaccacgtttgcaagtaacattgcagaagtt
gacgtttacgagagtgatattccagcaacggatatcagcatctcaggtgatgattacgtt
gttaacccaacgacgagttcgacttcaagtagctcagtgacaagtcaatatacctcaacg
actaatccatcgaacgcgactggcgaaatcacatggacaactagtgattctagtgttgca
acaatcgatgattctggacttttgaccgttgttgctgatggtacggtgacgatcaccgta
acgatcacaaatgcggatgggacaacctattcggcttcgaagaccgttacgatcggtaat
gggcttgatgacgaaactgccgatgcaggtagtgatcttacctggacaccaaacggtagt
tataccagcgatactggtgatagcacgtttacgtatcaatggtactattcttcaactgct
gatggcactggtaccgcattgagtggccaaactagtgcggagttacagttggatgactta
acgactagcgaatccggttactactatctagttatcacaggtaccagtggttcaacgact
tcgacagtaacattaggccgagcatatttgaccgttaacgcagttcaaacttcagcagct
gattccgctgcaagtgaagcggctgactacgctaaccaagccacagaatacggatcggtt
gcgagttcatatgcgactgttgctaacgaatacgcaagcagcaattcaactgctagttct
tatgctgaacaagcagccgcagctgcatccgaagcacaatcagctgcaaccgcagcatca
actgcagcttcaaatgcggcaaccgctcaatcaagtgctgattccgcagaagctgatggt
gacaattcagccgcttcaagctatgcagaagaagctaagtcaaaagcttccgaagcttca
gaggctaagaagaaggcttccagtgctgcggatgatgcagggtactatgctgatttagct
gctacagcaacttatactgatacggatactgatgctgattcggatactgattcagatacc
gacaccgactcggatactgattcagatactgatactgactcagataccgatactgacacg
gatactgacacagataccgataccgacacggatactgacacagataccgatactgacaca
gataccgatactgacacagatactgatactgatactgacacagatactgatactgatacg
gataccgacacggatactgacacagataccgatactgacacagatactgatactgacaca
gatacggatacggatacggataccgacacggatactgacacagataccgataccgatact
gacacagatactgatactgactcagatactgactcagatactgatactgattcggatacc
gatactgactcggatactgacacagatacggatacggacacggataccgataccgatacc
gactcagatacagatactgacacagataccgatactgataccgatacggatactgactca
gacacggataccgatacggatactgactcagacacggatactgactcggatacagatact
gacacggataccgatactgacacagataccgatactgacacagataccgatactgacacg
gatacagatactgacacagataccgatactgactcagatacggacacggataccgacacc
gatagtgatgccgatactgattcggatacggattcagataccgacacggatactgatact
gatactgattccgatacggatactgacacggatactgataccgactcagatacggatact
gactcagatactgactccgatactgacacagataccgatacagatactgacacagatact
gataccgactcagatacggataccgactcagatactgattccgatacggacacggatact
gattcagatactgactccgataccgattccgacacggatactgacacagatactgacaca
gataccgactcagacacggataccgatactgattcggatactgataccgactcagacacg
gatactgactcagacacggatacggataccgactcagatacggatactgacactgactca
gatactgattccgatacggatactgactcggataccgataccgacacggatactgacaca
gatactgactcggatactgatactgacacggatactgactcagacacggatactgactca
gatacagataccgacacggatactgacacagataccgataccgacacagatacggatact
gactcagatactgactccgatactgacacagataccgatacagatactgacacagatact
gataccgactcagatacggataccgactcagatactgattccgatactgacactgactca
gatacggatactgatacagatactgactcggatactgacaccgataccgatgctgacacg
gatactgattcggataccgataccgatgctgacacggatactgattcggataccgatacc
gatgctgacacggatactgattcggataccgataccgactcagacacggatactgactca
gacaccgataccgactcagatacggatactgattccgacactgaaactgattctggcgcg
acaaccgacaacaatgcatctactggcacaggttctggtaacactggatcaacttctaat
ggttcaactggaagtgctgcaggtagcactggttcgactacgactgactcagcacaaacc
agttcaactggtaccggctcaagtacgtcgacgactacaaacactgcaacgagtggtatc
tcggccacagcggcaacgttggcggttacgaacccagccagtgatggtgcggcaactacg
gctggcacggtagcaactcctgttgtttatgcagcagcaggcgctgaaggcacgacagat
acggctactgacggtcaaactgttgcgactgcatcagatcaatcagatgatagtgattct
aatgattctaagagcgatgattctgataagaacaagacatcggattcagatgctacggat
gataagattgcttcaactggaactaagcatagtaagaccgcttctgcagcggatgtcaac
aatcacacaggtgcaatctttggtggattgctcactgcagttgcagcggccggactcggc
tggtggttcttcttgttcgggcgtcgtcgtaaagatgatgacgatgatgaggatcaacaa
aaatag

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/897810/158289418.495/0_18545a_1e98784b_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/893194/158289418.495/0_18545b_feaf9083_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/893194/ … 3_orig.png

Протяженная регулярная последовательность n(DT) не образует протяженных регулярных структур. Есть лишь короткие участки в т.ч. фрактальных программных спиралей.

708

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Заказ 2017-10-30_13:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … DWVXXCW014

>OLP89733
atgctcttcatcattagctttgtcttgaaaaacgcagactccccacagatgcagaagctc
ggcttcttcatggctgcctccggcagggacacggacacggacacggacacggacacggac
acggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggac
acggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggac
acggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggac
acggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggac
acggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggacacggac
accgggaaacgtgttggcgaaatttgctctctgggcgatgtggagatgtgcttcgagtcg
gagcagaatgccatggcaatcgatcacagcaacatcgagagtccgacactgctggaagag
acttcgcaaatcaagaagcattaa

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.495/0_18545c_ad931eac_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/893240/158289418.495/0_18545d_4a2c86ea_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/893240/ … a_orig.png

А здесь мы видим 100%-ную корреляция последовательности n(DT) и вторичной структуры (программной 14-спирали)

709

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

https://www.facebook.com/permalink.php? … 4556101331

https://img-fotki.yandex.ru/get/878590/158289418.494/0_18536e_ffccc514_XL.png

Вячеслав Мамедов: Александр! Попробуй обратиться к основателю Facebook у него жена этим занимается

Александр Кушелев: А как с ним (с ней) связаться? Я писал Марку Цукербергу, но он не ответил. А мог бы омолодить всю планету за считанные годы. С его финансовыми возможностями это вполне реально. Нужно правильно профинансировать: http://nanoworld.org.ru/topic/3/page/47/

Александр Кушелев: А на пикотехнологии белков можно зарабатывать миллионы евро в день. Но для этого нужно войти на рынок высоких биотехнологий. Бесплатно это не получится. Кстати, Марк Цукерберг мог бы за несколько дней помочь создать рубиновую энергетику и транспорт. Просто он об этом не знает. А это здесь: http://nanoworld.org.ru/topic/1707/

710

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Заказ 2017-10-30_14:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129182705

>OLP89741_frag1
atgtgttgctttttgttggtgacggtgacggtgacgatgatgatgatgatgatgatgatg
atgatgatgatgaccatgatgatgattatgatgatgatgatgatgacgatggtgatgatg
atgatgatggtactggtcatggtggtggccatggtgatggtggtggcgctgttgttgttg
atggtgatgacgatggtgctggcgcgggtggtgatgacgatgaaaaaacatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgaccatgatgatgatgatgatggtgatgatgatgatggt
gatggtgatggtgatggtgatggtgatggtgatgatgacggtgatgacaatgacgatggt
gttagtggtgatgaagattccaatgaagatgatgtcgttgatggcgatgctgcagatggt
tacgatgatgatggtg

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/767871/158289418.495/0_185469_7407bada_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/893904/158289418.495/0_185468_265c5e1e_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/893904/ … e_orig.png