681

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 91 681

Что такое программа "Пикотехнология белков", и как её грамотно использовать

Татьяна Рясина пишет:

В сокращённой форме 2D структуры у Вас есть 4 цвета и ещё белые пробелы (в них - "обесцвеченные"  заглавные буквы и  цвета .  Что они обозначают?

Красный - альфа-спираль.
Оранжевый - 310-спираль.
Розовый - одиночный код альфа/310 спиралей.
Голубой - пи-спираль.
Зеленый - бета-спираль.
Сиреневый - метиониновая спираль. У неё более крупный шаг "резьбы", чем у обычной альфа-спирали.
Черный в сокращённом представлении и белый в развернутом означают либо неизвестный код, либо конец трансляции.

Циклическое повторение цветов - программная спираль.

Я использую два представления. Краткое:

https://img-fotki.yandex.ru/get/373511/158289418.494/0_18536b_91a53f87_XL.png

и развернутое:

https://img-fotki.yandex.ru/get/875526/158289418.494/0_18536c_6a745696_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/875526/ … 6_orig.png

682

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

в сокращённой форме 2D  структуры у Вас есть заглавные латинские буквы. Сколько их, какие и что они обозначают.  Есть ли значение у сочетаний?

Это однобуквенный код аминокислотных остатков. Его развёрнутая форма есть во втором столбце, а однобуквенная - в третьем. Здесь представлена вся таблица композиционного генетического кода в виде структуры абстрактного белка:

https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3e1/0_176443_ec9f3989_orig.png

1 - порядковый номер аминокислотного остатка в белковой молекуле
2 - триплетный код
3 - однобуквенный код аминокислотного остатка
4 - трёхбуквенное обозначение аминокислотного остатка
5 - упрощённый композиционный код
6 - графическая интерпретация упрощенного композиционного кода
7 - композиционный код
8 - графическая интерпретация композиционного кода
9 - нота, которая звучит при установке данной аминокислоты в растущую белковую цепь
10 - графическое изображение ноты (или ударного инструмента)

683

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

Как нуклеотидная последовательность конвертируется в заглавные буквы и 4 цвета?

Согласно таблицы композиционного генетического кода и дополнительному алгоритму, учитывающему предыдущие триплеты.

http://img-fotki.yandex.ru/get/5502/nanoworld.202/0_4840b_b2101c2f_orig.gif

684

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

Вы предложили новую типологию и метод кодированного описания всех возможных форм белковых спиралей?

Кушелев: Скорее слегка модифицировал на базе научного открытия композиционного генетического кода.

В современных базах данных структура белка изображается в виде опознанных участков альфа и 310-спиралей.

Вот типовое представление вторичной структуры белковой молекулы:

https://img-fotki.yandex.ru/get/898391/158289418.495/0_18539f_8954cb79_XL.png

Ещё одно типовое представление:

https://img-fotki.yandex.ru/get/27836/158289418.3b0/0_16f26a_f1ef536d_XL.png
Здесь спиральные участки (альфа- и 310-) показаны красным цветом. Остальное - неопознанная часть. В настоящее время считается, что белок в неопознанной части не имеет определенной структуры, но пикотехнология показала, что это не так. В программе "Пикотех" вся структура определена.

https://img-fotki.yandex.ru/get/52656/158289418.3e5/0_176e45_d9eaf001_orig.png
Данный белок состоит из программных спиралей, но в стандартном представлении его покажут либо вообще без структуры, либо изобразят кусками альфа- и 310-спиралей. Оба варианта в корне ошибочны.

Ещё один типовой пример ошибки - изображение структуры коллагена тройной альфа-спиралью. В действительности структура данного коллагена представляет собой одинарную, но программную 335-спираль:

https://img-fotki.yandex.ru/get/196102/158289418.423/0_17abff_1e4e2a21_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/4000/158289418.421/0_17aaf5_65d3d6c0_orig.gif

Хотя специалисты по РСА (рентгеноструктурному анализу) заявляют, что точность метода достигает долей ангстрема (меньше размера одного атома), но в действительности не могут на протяжении десятилетий отличить тройную альфа-спираль от программной 335-спирали коллагена. Это значит, что они не могут достичь атомной точности даже сегодня. Реальная погрешность РСА находится в диапазоне от нескольких атомных радиусов до сотен атомных радиусов. Например, "хвосты" белковых молекул (до 50 аминокислотных остатков) РСА может вообще не заметить. А это - сотни атомных радиусов в длину.

685

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

Для обозначения спиралей Вы задействуете цифры 1, 2, 3, 4  а, 5 и 6 не требуются?   И разные их комбинации.  Вероятно, это типы углов поворотов.

В упрощённом композиционном коде используются цифры 1,2,3,4. В продвинутом - 1,2,3,4,5,6

Все эти цифры можно посмотреть в 7-ом столбце этой таблицы:

https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3e1/0_176443_ec9f3989_orig.png
Там нет только цифры 6, которая означает метиониновую спираль:

https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/158289418.3c4/0_170fb1_b3b37b4d_orig.png

686

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

Какие типы спиралей "знает" официальная" наука и что Вы привнесли в дополнение к тому, что она "знает"?  Как они алгоритмизирует (описывают, кодируют) формы спиралей?

Кушелев: Официальная наука "знает" альфа-спираль, 310-спираль, пи-спираль и бета-тяж (не знает, что спираль).

В устаревшей официальной науке спирали не кодируются. Для того, чтобы узнать их код, нужно открыть композиционный генетический код, что, собственно, я и сделал в 1992-ом году. Я составил её по этим данным: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 920204.htm

В 1993-ем году я опубликовал её перед подачей на конкурс министерства образования и науки России: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 930114.htm

http://img-fotki.yandex.ru/get/5905/nanoworld2003.23/0_4a672_1493e464_XL.jpg
Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5905/nan … 4_orig.jpg

687

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

Вы предлагаете некий алгоритмический язык описания и построения белковых спиралей?  Тогда Вы можете просто издать брошюрку 1000 экземпляров или депонировать авторство удобным способом, и тогда можно даже выложить в сеть алгоритмы и кодировки. 

Кушелев: Таблица опубликована в научных статьях, газетах и журналах. В книге "Пикотехнология белков": http://nanoworld.org.ru/topic/1150/

https://img-fotki.yandex.ru/get/103691/158289418.355/0_160218_38606b31_XL.jpg

Алгоритм обсуждался на форуме лаборатории Наномир. Это - не секрет.

688

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

сервис Пикотех можно сделать полностью открытым, и тогда "оплату" Вы получите в признании аудитории, как "минимум".

Кушелев: Сервис Пикотех не нужно делать полностью открытым по той причине, что неграмотное использование, как показала практика, приводит к антирекламе. Например, некто Лео Гордон упростил алгоритм и практически потерял корреляцию между данными упрощённого алгоритма и РСА. После чего стал утверждать, что Пикотехнология белков не работает. Ну так и автомобиль с отвинченными  колёсами далеко не уедет smile

Когда же мне заказывают структуру конкретного белка, и я учитываю все нюансы, то результат получается иногда просто фантастический. Мне нетрудно сделать хоть 100 структур в день. Главное - привлечь заказчиков. Первые 100 структур достанутся им бесплатно, т.е. за мой счёт. А дальше, когда "глаза разгорятся", поговорим о цене smile

689

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

аудитория может по желанию донатить, и финансовый приход всё равно будет

Кушелев: Мне постоянно кто-то переводит по одной копейке в неделю. Если бы я рассчитывал на донаты, то меня давно бы не было smile

690

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 91

Татьяна Рясина пишет:

Айтишники так продают свои продукты и антивирусы - есть бесплатные версии, есть платные. Есть временные лицензии на 2 недели - месяц, которые заканчиваются и потом пора платить.  Это в любом случае приблизит лицензирование в NCBI - раз.  Создаст почву для совместных публикаций в рецензируемых журналах - два.  Вовлечёт штатных научных сотрудников (н.с.) мира в игру по белковому структуростроению с учётом РСА и исследованию как самого метода Пикотеха, так и объектов (белков) - три.  Позволит получить откровенные отзывы научных сотрудников мира о Пикотехе - четыре. Помочь н.с. мира создать некие интересные научные направления - пять. Получить под них гранты - шесть. Когда мечтаешь, не в чём себе не отказывай.

Кушелев: В рассылке опубликованы промежуточные версии Пикотех. Народ поленился ими воспользоваться. Самую продвинутую версию нужно использовать с умом. Но пока нет заказчиков даже на бесплатные структуры белков. Это - недоработка менеджеров. Потенциальные заказчики просто не знают, что можно получить структуры белков в миллион раз быстрее и в тысячу раз точнее, чем с помощью РСА. И первые 100 штук даром.

Работайте, менеджеры! 80% от первого коммерческого заказа - ваши smile