41

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 041

Готовится 607-ой выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"

http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Дайджест:

607 Коллаген - не тройная, а программная 335-спираль!
Пикотехнологические реакторы анизотропного давления.
Мерцающие ритмы рибосомы
Романтичная мелодия возрастом несколько миллиардов лет
Как устроена программная Leu-Pro 5333-спираль
Белок с рекордным количеством типов программных спиралей
Открыта новая фундаментальная структура белка "Вязь"
Шедевры фольклора белкового мира возрастом более миллиарда лет
Пикотехнология проявила невероятную сложность и красоту белковых структур
Кружева фрактальных спиралей белка
Обсуждаем создание онлайн-сервиса по структурам белка
Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул
Онлайн сервис белковых структур уже функционирует!

https://img-fotki.yandex.ru/get/4000/158289418.421/0_17aaf5_65d3d6c0_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.420/0_17aab4_fce4e23_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/158289418.3e0/0_176329_6d9df850_L.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/158289418.41b/0_17a790_709b37fb_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/143523/158289418.41b/0_17a7f4_4129b19d_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/228174/158289418.41b/0_17a8ab_20d9f8d7_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/53078/158289418.41d/0_17a938_6c033a0f_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/16130/158289418.41d/0_17a942_7ca5bc28_XL.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/6711/158289418.41d/0_17a98a_6beb8e51_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/169608/158289418.41e/0_17a9ac_a8a0b9a8_XL.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/176508/158289418.41e/0_17a9a6_ddc07b5b_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/167717/158289418.41f/0_17aa0e_3fe7a757_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.41f/0_17aa19_402a393_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/3204/158289418.41f/0_17aa1a_36083bf_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/42692/158289418.41f/0_17aa1b_cf3cd1fc_XL.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/56796/158289418.420/0_17aa43_6bf647e2_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/95493/158289418.420/0_17aa94_4ff17bd9_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196070/158289418.423/0_17ac05_aab676ed_orig.png

42

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 042

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Онлайн сервис белковых структур уже функционирует!

Полностью в автоматическом режиме определить структуру белка по кодирующей нуклеотидной последовательности можно будет позже, но заказывать структуры белка в онлайн-режиме можно уже сейчас!

Для заказа достаточно опубликовать в этой теме ссылку на кодирующую нуклеотидную последовательность интересующего Вас белка. Например, в таком виде:

Заказ.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/749158428

или так:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/74 … SDMTTNU015

Можно просто задать саму последовательность:

atgcccggaatgatggccattaactcagggactggtggacccatgtctggtggtcccatg
tctggtggtcccatgtccggtggccccatgtccggtggtcccatgtccggtggccccatg
tccggtagtcccatgcctggtggtcccatgtccggtggtcccatgtccggtggtcccatg
cctggtggtcccatgtctggtggacccatgccgtacaaccaacaaggaatgatgggccca
ggaatgttcatgaatcccgcccaggtaccgccaggggtcatgcatccaggagcgatgcat
ggaatgccgccgggcatgatgcagatggccgggatgtcatctcagggcgggccgttgggt
ccaatgagcataggctccggcggccacctcggaggcatgggccagccgggcggaggaggc
tccaatacaatgggcatgatgcaagccatggggcaaggtccgggatcgaaccacggacct
atggctaaccgcatgcccccaggccagatgccgggaccgggccaaatgccccctggaccg
ggtcaaatgccccctggaccaggtcaaatgccacctggaccgggtcaaatgcctcctggg
cccagtcctggccagctgcctcctggatccggtgcaggacagcagcagtcgtcgggcggc
caacagcccacttcaggccagcccaatggttcgcagcaggggggaacggcgagtccttct
ggaatggtgacgccgaacatgaacggagggaaccccactccgcccgctcaggacggtcag
cgatttcctttctcagtggaggcacggcggttcgcagtggagtcctttacaggtactggt
cggtgcaactttaacaaggccgcgctcaaaaagggatcggaatgcttcttcatggatcga
cgagtacgcaaactatgtccggttttaacgcacgctccggttgaacgcacactgatgaat
accctacacaaataa

Результат, т.е. вторичная структура белка будет опубликована в этой же теме в таком виде:

https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/158289418.408/0_1789ea_a6723a52_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/117896/ … 6_orig.png

Если интерес заказчика возрастёт, и он захочет увидеть третичную структуру, то буду пробовать определить и её, хотя 3D-версия Пикотех пока до конца не настроена. Тем не менее, для большого класса белков она показывает адекватные модели.

Сервис постоянно совершенствуется, поэтому результаты будут улучшаться.

"Нет предела совершенству" smile

http://img-fotki.yandex.ru/get/5506/126580004.42/0_b37ab_6493b0b7_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/9116/158289418.af/0_ae267_2d0606e3_orig.gif

43

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Skype:

[14.05.2017 16:47:42] Михаил: Добрый день! Как у вас дела?
[14.05.2017 16:52:24] Кушелев Александр Юрьевич: Как обычно, инвесторов много, а денег не хватает на элементарное...
[14.05.2017 16:53:29] Михаил: Странная ситуация...
[14.05.2017 16:54:06] Кушелев Александр Юрьевич: Обычное дело. Сотня интересующихся, как Вы, а реально ...
[14.05.2017 16:54:53] Кушелев Александр Юрьевич: Годами спрашивают вместо того, чтобы быстро сообща сделать
[14.05.2017 16:55:10] Михаил: Нужно что-то осязаемое показать...
[14.05.2017 18:37:16] Кушелев Александр Юрьевич: Испытание Emdrive на околоземной орбите (Китай) Вас не устраивает?
[14.05.2017 18:37:43] Кушелев Александр Юрьевич: Пока ждали, можно было уже с 1992-го года на "летающих тарелках" отечественного производства летать.
[17:32:36] Михаил: Ну где же осязаемый результат? Вы можете его показать?
[17:34:25] Кушелев Александр Юрьевич: Пока Вы ждёте авиацию от супермена, американцы и китайцы уже на орбите испытали Emdrive, который я показал во центральному ТВ в 1992-ом году. Ждите дальше, когда Вас повезут на американских "летающих тарелках" в крематрий wink
[17:34:59] Михаил: Жесть)
[17:35:12] Михаил: А фактически, нужен результат.
[17:36:17] Кушелев Александр Юрьевич: Результат прочувствуете в американском крематории wink
[18:11:40] Михаил: Удачи!
[19:30:51] Кушелев Александр Юрьевич: Это Вам нужна удача. На американских "летающих тарелках" не американцев смогут довезти только до крематория wink

44

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 044

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Онлайн сервис белковых структур уже функционирует!

Ну что же, пока заказчики не в курсе, продолжим тестировать онлайн-сервис.

Заказ:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/937513727#

>ENA|ALI34243|complement 270 nucleotides
atgccaactctgatgccaaagattcgtgtcaccgtcctttattttgccttcatacatgaa
ataactagaaaaaaggaggaaataatggagttgtccacaaatacttcaataaaggaacta
atattaattatactaacccggtatccaaacataaaaaacataaagaacataaaaatttct
gtcaattaccgcattgtcaattcgaactcaaacttaattctaaaaaatgctgacgaagta
gcccttctaccaccgatttctggaggatag

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/177902/158289418.422/0_17abd4_bc2ddfcd_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/3014/15 … 4_orig.png

45

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 045

Онлайн сервис белковых структур уже функционирует!

Заказ:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/937513727#

>ENA|ALI34281|complement 1116 nucleotides
atgaatgatttcattactgtaaacaaagctttaatgactttcgccgtattagcagtatca
tttgtactacttgtaggtccaacttcaatgaccgtgaatgtatttgctacaatcaataca
gctaaccaaggcataggccaatcacaatcctctaaccaaaacgcactatgtgtatcaggt
accggaactttagtttcttgtaataacttgaatgcacaaaaccaagcaaacagcggaaac
aatgcagccgcacaacaaggaggtactggtaaaggcggtaacaaggctaaccaaggcata
ggccaatcacaatcctctaaccaaaacgcagcatgtttgtcaggtaccggaactatagtt
tcttgtaataacttgaatgcacaaaaccaacaaaacaccggaaataacgcattagcacaa
caaggtggcagtggaagcggaaaaggtaaaagtggtggcaacacagctaaccaagcaatc
ggtcaatcacaatcctctaaccaaaacgcactatgtgtatcaggtaccggaactttagtt
tcttgtaataacttgaatgcacaaaaccaacaaaacaccggaaataacgcattagcacaa
caaggtggcagtggaagcggaaaaggtaaaagtggtggtaacacagctaaccaagcaatc
ggtcaatcacaatcctctaaccaaaaaagcggtgtagtatctggtggcaacactgctggt
tcaggaaacaacgcaaacacacaaagtcaaaataacaccggtagtaacgcagcagcacag
agcggtggtagtggaaaaggtggcaacacagctaaccaaggcataggccaatcacaatcc
tctaaccaaggtagtggtgtagtatctggtggcaacactgctggttcaggaaacaacgca
aacacacaaagtcaaacaaacactggaaacaatgcagcagcacaacaaggtggtagtggt
agtggtggcaacacagctaaccaaggcataggccaatcacaatcctctaaccaaggtagt
ggtgtagtatctggtggcaacactgctggttcaggaaacaacgcaaacacacaaagtcaa
acaaacaccggtagtaacgctgtcggacaacaataa

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/6311/158289418.423/0_17abee_2ddc6346_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/ … 2_orig.png

В исследуемом белке обнаружена программная спираль:

https://img-fotki.yandex.ru/get/16167/158289418.423/0_17abef_c9f52e91_orig.png
Программная 53235352-спираль строится под музыку с размером 8/8

46

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Онлайн сервис белковых структур уже функционирует!

Заказ:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/937513727#

>ENA|ALI34296|complement 447 nucleotides
atgaataaaacaaatattcacaacaaaaacaagaacaaaaacaacaagctctttgtcgca
tccattgcaatagtggtagcattagccctatttgtcagtccaatgctcaatgtagatgat
gctttagccacacacaacaagaaaaataaagcaaaacagtccatagaccaatcacaatca
tcaaaccaaaatgcacaatgtgtatcaggtgtaacaacctttatctcatgcaacaatgtc
agcttccaacaccaaaagaacagtggaaacaatgcattagcacaaggtggacagggtgga
aactctgcagaacaaggtatcagtcaatctcaatcttctagccaaaacagccaagtagta
tctggtggagacacaatcggttctggtaacaacattaacgtccaaagtcaagaaaacaca
ggaagtaacgcattagcacaaagctaa

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/196102/158289418.423/0_17abf1_840794b2_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/9809/15 … 2_orig.png

В исследуемом белке обнаружен один виток альфа-спирали NNKL и один виток пи-спирали SQSQSS

47

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 047

Онлайн сервис белковых структур уже функционирует!

Заказ:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/937513727#

>ENA|ALI34365|complement 1830 nucleotides
ttgagtcttacagaaaaatgtgatatttatgcagctcttcatgatgcaggaattaataga
gtggttaaacatcttatgcaacagcgcccgtctctttttaattttggtacttccttttta
gcatcaaatccaaatctattgtgtgaaaaaattatagctgtgcaagaagtaaacagacaa
cagaatcctcttttaacaatactagaaccaattcctgtcattggtctaccattaagccaa
tctagttcaaacaatttggcaataaattttgcaattcaactttctaaagctgaaatagat
ttccatgaagggaatgtatttcctttaccttcagaacttgtcccattggcaaatcaacgt
ttggctactcatttcaaagtttgtgccggcttggattgtctcggggacttgcctgttctt
agaaggcctccaaataccagaccgtctacttccaaactagaatgtttttgtctagatttg
tatgctataggtggatgcaaaatctctggattagcagaaaaccaaaaaatagggctcaaa
attgatgggatagagatagtggatttaaaaccccaaggattggaaaatgcaatcgaatgt
tatgcaaaatctgtacttaatcatggaatttttccccatgttgctgagattatttccaaa
ttgacatttgggataattactattcctccatccaatggtaacttccaagtatcaggaaat
ttgcagctttcaggaactacgaccgttcctagtaatcctgcaatcgaagatgatcaatta
aaaacatttatcaatttagacaatttggacttggatatcgtattctcaccaaatggtggc
ggtagtggcggtagtggcggtagtggcggcagtggcggcagtggcggtagtggcggcagt
ggaacaataacaagaacagtgaggccgcgatcaagaacaggcacctttgatctaaccgct
gctatatccgaaactacatttaaaaaaatatatggtgcccttcttgaaggatttaaattt
tcagtatcagacacgggcggctctggtatattctcagtaggttatacagtttcggctcat
ttagagaatggcacaatcgatctgcggaataatggttctattctaataagtgaattagac
gtgaaatgggacacattgcagcttaacataggcatagatattccaacacaaactattggt
ggcttttgcctcgttccaaatccatttggtggatgtttgattcgtgctccgtcaattgat
ctttttgaagcatcacctgatatttctttacccttgaacttgggtggactaataacatct
gaaattactttgagtgtaattccaaaggtgttttatggagttggctctggaattccaaac
agatggcaacttaccttagtccctacgcttccaatcgacttggatataattgacgtagca
gacacaattggagatttatttcataatctgattacaaatgcaattgtcagtcttcttagt
tctttgggactccctgattgggctatatcttttatagataccgtgcttggtggaatagaa
ggaataatccgaaacattctagatattggagacgatgtgggtgaatttattttaagtttg
attagtaatgttggtctattccaggatttgattgataagctggctcaattcatagcgctt
acgattctggaactcaaggatcccttggaagttcttgagggaaattctgccataccttta
attccagtaaagttaccaattgaatttttggatgttcggatcgatggtaatggtaatgag
ttgatccttgaaggggatgtgggtaattag

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/6109/158289418.423/0_17abfe_d7a43aa6_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/97884/1 … 0_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196102/158289418.423/0_17abff_1e4e2a21_orig.png
В исследуемом белке обнаружен переход программной 335-спирали, характерной для коллагена первого типа в программную 553-спираль, которые строятся под музыку с размером 3/8 (в темпе вальса, точнее в темпе коллагена). Далее программная спираль переходит в бета-спираль длиной 4 аминокислотных остатка.

48

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 048

Онлайн сервис белковых структур уже функционирует!

Заказ:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/937513727#

ALI34379

Результат:

>ENA|ALI34379|complement 1002 nucleotides
gtggtagttagtacaactcatgcaggagttcaagatagtgaagaacaatcaaatgccagt
gatccagtatggcataatcactatgtaacattgagccaagattctgataattgcggaaat
gattcaaaggtagaatctataacttttgaatcccccggagaggtcgatattagagatgac
aatgctgacctgacaaaacttccatcttcattctcaggcacagatgccttgagtggagct
gacctgacaataaaacctggaaccagcgttaaagacgtagtgtcttttaaactggcacca
caatttaacgataatggtgagttggaagctgtatgtgtaactaatctccaatccgccgag
aatattgtattcgataataacaatggcaatagtaatagtgacagtagtaatagtgacagt
agtaatagtgacagtagtaatagtgacagtagtaatagtgacagtagtaacgacgatagt
tctagttctagttccaatgatgatagtaacgaagcatctcaaggaatacgccaatcacaa
atatcaacccaactcggtgtttgtgtatcaggtgacggcacctttttttcatgtaacaat
ctaagtgaccaaagtcaaacaaacactggaaacaacgcagcagcacaaagtggtggcagc
gatgacgatgacgatgatgacaacacagctaaccaaggaatagatcaagcacaatcttct
gaccaaaatgctctatgtgtatcaggttcgggaacttttgattcttgtaacaatttcaat
gcacaaaaccaacaaaatagcggaaacaatgcactggcacaacaagatggtagtggtagt
ggtggcaattcagccaatcaaggcataggccaatcacaatcctctaaccaaggtagtgat
gtagtatctggtggcaatactgctggttctggaaacaacgcaaacatacaaagtcaaaca
aacactggaaacaacgcagcagcacaaaaaggcggtagatag

https://img-fotki.yandex.ru/get/196142/158289418.423/0_17ac01_ee1c43e2_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/177849/ … 1_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196245/158289418.423/0_17ac02_a306a5d5_orig.png
В исследуемом белке обнаружена программная 53333-спираль

49

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Skype, 2017-05-27:

[19:30:51] Кушелев Александр Юрьевич: Это Вам нужна удача. На американских "летающих тарелках" не американцев смогут довезти только до крематория wink
[21:14:07] Михаил: Вы очень остроумны.
[21:16:15] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы хотите на халяву получить стратегический результат от супермена? Вы вообще с какой Луны свалились? smile
[21:27:55] Кушелев Александр Юрьевич: Можете сделать заказ структуры белка в онлайн-сервисе лаборатории Наномир: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/
Аналогичные заказы в лабораториях РСА обходятся заказчикам в среднем по 10 000 евро. При этом надёжность РСА такова, что рентгенологи часто не могут определить даже тип белка, т.е. есть там альфа-спирали или их там нет.
В лаборатории Наномир заказ выполняется в миллион раз быстрее. Точность пикотехнологии в 1000 раз выше, чем точность РСА. РСА может определить структуру только кристаллов, а белков, способных кристаллизоваться всего 3%. Новая технология лишена этого недостатка, т.е. может гарантированно определить вторичную (а иногда и третичную) структуру любого белка.
Первые 100 заказов будут выполнены бесплатно, а дальше цена договорная...
Так что ловите халяву smile
http://nanoworld.org.ru/topic/1699/

50

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 88

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 88 050

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Онлайн сервис белковых структур уже функционирует!

Заказ:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/937513727#

ALI34573

Результат:

https://img-fotki.yandex.ru/get/41743/158289418.423/0_17ac04_831ca574_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/177849/ … 4_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196070/158289418.423/0_17ac05_aab676ed_orig.png
В исследуемом белке обнаружена программная 53323-спираль рекордной длины (124-69+1=56 аминокислотных остатков), которая строится под музыку с размером 5/8

https://img-fotki.yandex.ru/get/41743/158289418.423/0_17ac07_c96cd3e6_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/98619/158289418.423/0_17ac08_8070de12_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/3705/158289418.423/0_17ac09_140a4330_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/99813/158289418.423/0_17ac0a_443c4c8_XL.png

Это - "пятиугольная спираль"

https://img-fotki.yandex.ru/get/17835/158289418.423/0_17ac06_92392ac_orig.png
Ещё обнаружена программная 52532225333-спираль, которая строится под музыку с размером 11/8

https://img-fotki.yandex.ru/get/167717/158289418.423/0_17ac0b_86d7b16c_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/169608/158289418.423/0_17ac0c_e41b8ba6_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196245/158289418.423/0_17ac0d_32e0a68d_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194869/158289418.423/0_17ac0e_b16c9081_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/167717/158289418.423/0_17ac0f_ab80e0eb_XL.png

Фрактальная программная 52532225333-спираль состоит из участков простых альфа-, бета- и пи-спиралей. На вид трудно определить, что это - спираль