1

Тема: Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 229

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

https://img-fotki.yandex.ru/get/241199/158289418.405/0_17875d_f2a6832c_orig.png
Неточный композиционный угол пи-спирали приводит к "слипанию" витков программной спирали.

https://img-fotki.yandex.ru/get/42618/158289418.405/0_17875e_fb9092e0_orig.png
Варьированием композиционного угла (в скрипте приходится менять три угла, соответствующих одному композиционному коду) можно добиться правильных параметров пи-спирали и программных спиралей, содержащих композиционный код "3".

https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.405/0_17875c_e1e3ebe9_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/177849/158289418.405/0_17875b_f1ed5bdb_XL.gif

Более точную настройку композиционных углов можно будет осуществить в интерактивной 3D-версии Пикотех, которую планируется создать.

2

Re: Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Алексанрд Юрьвич, Вам зачот по телепатии
Хотела спросить, для чего вы удлиняете спирали )))))) Думала, потом вспомню, спрошу.
Думала может, ищете управляющие ищете коды следующего уровня - коды над кодами или что-то похожее - через принципы  симметрии, что-то вроде языка программирования, который тоже как бы читается через нуклеотидную последовательность.
Слава Богу, всё яснее и проще - сложно это не хорошо )))))). А я уже выдумывать начала.

3

Re: Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Татьяна Рясина пишет:

Алексанрд Юрьвич, Вам зачот по телепатии
Хотела спросить, для чего вы удлиняете спирали )))))) Думала, потом вспомню, спрошу.
Думала может, ищете управляющие ищете коды следующего уровня - коды над кодами или что-то похожее - через принципы  симметрии, что-то вроде языка программирования, который тоже как бы читается через нуклеотидную последовательность.
Слава Богу, всё яснее и проще - сложно это не хорошо )))))). А я уже выдумывать начала.

Кушелев: Я сам не знал, что программные спирали помогут уточнить композиционные углы. Но так получилось...

4

Re: Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Посмотрим, как будет выглядеть модель программной 35-спирали (Q-спирали) при разных значениях одного из трёх компонент композиционного угла пи-спирали.

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.405/0_1787f7_5b22868e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.405/0_1787fb_da7c81c1_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.405/0_1787f6_3a7a775c_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.405/0_1787f8_ea83628b_orig.png
Первая составляющая композиционного угла = -30 градусов.

https://img-fotki.yandex.ru/get/102548/158289418.405/0_1787fa_6059c2bc_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.405/0_1787f9_bdf8bbc_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/202427/158289418.405/0_1787fc_65fe6898_orig.png
-20 градусов

https://img-fotki.yandex.ru/get/50936/158289418.405/0_1787fd_3f3ef421_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.405/0_1787ff_ec74f186_orig.png
-10 градусов

https://img-fotki.yandex.ru/get/104700/158289418.405/0_178800_6eedd5a0_orig.png
-5 градусов

https://img-fotki.yandex.ru/get/194858/158289418.405/0_178801_89256618_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.405/0_17880a_761f2886_orig.png
-30

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.405/0_178802_acc3b5d7_orig.png
-30

https://img-fotki.yandex.ru/get/249782/158289418.405/0_178809_945f4a83_orig.png
-20

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.405/0_178803_7b9385e2_orig.png
-20

https://img-fotki.yandex.ru/get/108697/158289418.405/0_178808_b13d30dc_orig.png
-10

https://img-fotki.yandex.ru/get/216915/158289418.405/0_178804_9a2ba4c7_orig.png
-10

https://img-fotki.yandex.ru/get/143523/158289418.405/0_178807_ab063ec1_orig.png
-5

https://img-fotki.yandex.ru/get/244791/158289418.405/0_178806_931bf82d_orig.png
-5

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.405/0_178805_e2aa47d8_orig.png
-5

Осталось выбрать наиболее правильную модель. Для этого нужно узнать экспериментальные значения числа аминокислотных остатков на виток Q-спирали, радиус и шаг спирали. Возможно, что эти данные уже имеются в Protein Data Base...

5

Re: Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 250

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Продолжаем уточнять композиционные углы...

http://subscribe.ru/archive/science.new … 2016.html/

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.405/0_178802_acc3b5d7_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.405/0_178805_e2aa47d8_orig.png

Кушелев: Здесь видно, что изменение одной из составляющих угла пи-спирали с -30 до -5 градусов меняет правую 35-спираль (Q-спираль) на левую. А это значит, что можно провести сравнительно дешёвый эксперимент с измерением вращения поляризации света в растворе, содержащим Q-спираль белка. Эксперимент поможет выяснить, является ли Q-спираль правой или левой. А вместе с этим определится и композиционный угол пи-спирали. Хотя модельный эксперимент может оказаться ещё проще и дешевле.

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/avi/bio.gif