1

Тема: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3df/0_17616e_d721a65c_XL.png

Сенсационное научное открытие! Вторичная структура белка Q-спираль (спираль Кушелева) 12 аминокислотных остатков на виток: http://nanoworld.org.ru/topic/1610/page/35/

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3df/0_176179_4a1b382f_XL.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3df/0_1760dd_d85de618_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/40987/158289418.3df/0_1760df_fef4666_M.gifhttps://img-fotki.yandex.ru/get/219501/158289418.3df/0_1760de_cc3942eb_M.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/9800/158289418.3df/0_17616f_fe436d66_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3df/0_17616e_d721a65c_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/197807/158289418.3df/0_176170_159afa93_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/174352/158289418.3df/0_176171_4db1a9be_XL.png
Примерно 32 аминокислотных остатка на 11/4 витка спирали. 128 АО на 11 витков. 11.64 АО на виток.

2

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 361

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

diprospan пишет:

https://img-fotki.yandex.ru/get/219501/158289418.3df/0_1761c2_98416ad3_XL.png

QuteMol открывает этот .ent с "битыми блоками".
встречался ли Вам оригинальный файл PDB на каком либо протеиновом
сервере с Q-спиралью ?

Кушелев: Благодарю за обнаруженные ошибки. А что значит "битыми блоками"?
Я жду от программиста новую версию программы, которая будет корректно обрабатывать CDS типа join+complement. А пока мне приходится вручную "лопатить" гены, превращая их к старинному виду типа:

Locus
FT CDS complement (1..7687)
     cttttaattt agatatatta aaatattttt ttaaataagt tttttgttca tcttgtaaaa
     ataaaattcg ttcatcttta tatcttaatt ggttttgttt agataataac tcattttgta
     aattgtctat atttttttta taatattctt ccatattttt atatttttta tataccgtat
     ccgattcatt aggtacatat tcatttttta gattacattc ttttgttaat aatatatatt
     tttgatttat ttgattaatt tcatccatct tattatgaat aatattttct ttattacaca
     cttgatcttt taatttattt atttcatttt ttaatatctc attattattt ataacttgtt
     cgtttgatga tattaaatta ttatatttat cttttaacat attgtaatca ttttcccata
     tttttaaagc attttcgatt ttttttaaaa tatatttttt ttttttcttt tctttttcta
     tatgtatttt ctgatcatct atatttttgt ttaattctat ttctttcttt tttaaagtat
     cacattcgga acataaatcc attatctttt tattatattc ttcattttgg tttatagctt
     cttctttaga tttctccaat tcctttattt tacaaactag ttgttgtaaa tcataatgat
     gttggtagga ttcttcatct aattcatttt ttaaaatatt attttctttt tgaatttttt
     ctatataatg ttcaaaagaa tttttattaa ttcgaagcat ttcattactt tttattacag
     tattttctaa taaaaatttc agatattcaa tacttttttt tgcatgttct ttttctttct
     tcatattatt atattcgtta taaatatgtt tcatatcttt gtatattttt cttatatatt
     tcttatcttt tttttcttct tttattttat tcttatataa tttatctttc acattagata
     ataatatctt atacttttta tcacatgtat tttcgacttc aatttgtgta tcatctatta
     aattattatt aaatttgtta taattaggag gattattact tttatttata acaatattat
     catagttgtc tctatgttca ttaatattaa aataattatt actattgtaa ttattattat
     tattattatt attattacta ctactatcat catttacgtt attttttttt ttttttcttt
     tttcttccat catattattt ttcatgtctt ctatttttgt ccataatttt tttaataact
     tctttttagt ttccttatta gtactactat cattttcttt cttattcttt tttatctttt
     tactttcatc atcaaataga agaatgtcgg tctcgtgttg attcctttgt ggattcacaa
     tattcatatg ttcatcatca gtttcatttt ttttcttttg aatcttttct ttaatcttct
     tggtaacatt tctattcgat gtagttccta tattcttttc tgttttcttt tgtttaatta
     atgaatatac atttgtttgt ttgcttattt tattcttctt catattataa tcattaccat
     taatatggtc catgttatta tcatcatgaa ctatgctctt accataatta acattgttat
     atagagaaaa tgtggaatca tcctttttta tctttttcac ctcatcaaaa tataaggaat
     tcattttatc ttgttcactt gtgatttgat ttttagttat attatcctta ctatattttt
     catattccat tttattattt atctgatttt caacaaaagg gtaagatgtc atgctgatat
     tttctacata atgtgcaggt gtttttcttt tatctgtatc ggaatagtaa ttacaatttt
     taattcttga gaaggtgtta tatgtttcgt catttttttt ataattattg acactatgga
     taaatgttgc tgatgcgttt ctcttaattt ttaagggtat cctttttttt tcattccttc
     taatactact acaactatta ttattattgt tatcatcatc atcatcataa ttattgttat
     catcatcatc ataattattg ttatcatcat aattattatt atcatcataa ttattattat
     catcataatt aatagaagaa taatttttat tttgtgtatt aacatttaag taagacataa
     ataataattt ttttgatgta tcatccgaca aatttttaat atttcttttt tcaattaatt
     cattcgctaa tataacagaa ctacttcttt tatttgattt tattccattt tttgtagttt
     taattttttt tgatgctaca atattttttt tttttgtttt tggtgatgaa gacaaattat
     ctgaaataat ttgatcattt tgttcatcta ttttattttt tcctttatta acttgtgatt
     ttaataaatt tagatgatcc ttatatttca tatctactac tttatttttt tttttgttat
     caagtgatgt actcctttta ttaacaatat tattatcatc attatatttc cttgtaacat
     tttcatcttt ttttttggat ttaataatgc tagatgtcca ttttttttga tccaagtcta
     acggtttact tatattatta ataatatatt tttcatataa taacaaattg ttttcattgt
     ttttattttt atcattttgt atattttttt tttttttttt ttttattata attttttctt
     tttgtgctat attactatca ctttttttat tatcattata taatatataa ttatctgaaa
     ccatgtaaga attattcttt ttagttatat ttgtattttt gtcttttgta tttttgtctt
     ttgtattttt gtcttttgta tttttgtctt ttgtattttt gtcttttgta ttttttttct
     tttctttctt caacatatta ctattattat catcatcatt atctacattt ttataatatt
     cattcgattt atttttttct atatcatcat ttatataatg aatatttttt ataatattaa
     atgaattaac atccgaatta tcatttgaat tatcttgttg attaaaagaa aaagaagata
     tacttctttt ctttttaata atattattat tttgttgttt acgagaaata tgattccctt
     tatttagata tcctacttta taattcctta ctcttaaaat atgtgcttcc ctttgtttta
     ttaaatataa atgattgtat aataatttta tattatgatc tttatttttt aattttttta
     acaagtcata cattttattt tgtattatca catttttctt tgtttttttc atactatgtt
     taacttttaa aacattagtc ttataattac aatttgttaa gacaaatttt atattttttc
     ctcttctaat attaacataa tcataatttg tattatatat tttatgtcta ttttttaaaa
     cattcttata tgtatatttt gtacaacacg tcttgatttt atttttcatc acattagtat
     aattatcata tatataatta ttactattat tattatcata tatattatta ttattattat
     ttttcataaa actttctgtg tatatatatt tttttttatt ttttacattt tcaatatgta
     taaaattatt cttaacattt ggttcattta tatgattctc cttttcatta tcttgttttc
     cttcttcaat attaataaat gtatatttcg attcatcatt tacatattta ttattattat
     tattattatt attatgaatc aaacccaatt cgtccatgtg ctttttattt atattactat
     ttatatttat attttgattt ataagaaaaa acgaattgtt ttttttttgt tcttccatat
     tttcatttgt acgataatta cgaagaatat atccatcctt atgaatttct tcatagttat
     tatttatatt attgttatct ttattatcct tgtttggatc taaagaaata ttaacctttt
     ttttttcctc ctcaataaat ttatttgact cctttgtatt gtaaaaggta ttgttcaaag
     ttttgttata tatttgttct ttttcttcat cagaaaattt tataatacta tccaaattgg
     gtgttacacc aaaattattt tttgtactat ccaaattggg tgttacacca aaattatttt
     ttgtactatc caaattgtgt gttacaccaa aattattttt tgtactatcc aaactgggtg
     ttacaccaaa attatttttt gtactatcca aattgtgtgt tacaccaaaa ttattttttg
     tactatccaa attgtgtgtt acaccaaaat tattttttgt actatccaaa ttgggtgtta
     caccaaaatt attttttgta ctatccaaat tgtgtgttac accaaaatta ttttttgtac
     tatccaaatt gggtgttaca ccaaaattat tttttgtact atccaaactg ggtgttacac
     caaaattatt ttttgtacta tccgttccta aattattcac atcattttta catatatctt
     catttatatt cttttttaca tactcataat gattattatt attttttagt tcttccttta
     gagtgttatt tttattcata tttgttatga gatgatttat ttgaataact tctttttcat
     tttgcttgtg actatttaat aaatccttac cttgattatc ttttttttcc tttaaattgt
     ccttcatttc aaatgttgat tcataattat ttatggtatc taaagtgtta tcactagtat
     cattattcat gtccttttca tatatttttt tatttgttga ttgactaaat gtatgttcag
     gtattgtaac atttatgtta tcgtcttgat ccatttcgga catagtaata tcatcaaaag
     atttaaaatt cataggttcg taattattct tagctaaatc atatacatac ttagaaaagg
     acacactttt ttttatacca tcactacttg aagatttttt taaagatgat tttaaaacaa
     tattatcttt gtcggatact tttttattaa ttataataat atttttatga tttatattat
     ctgaattgtt tttttctcca taaaaatttg tagataaaaa actttcttca tcttcatatt
     cgttatttgt atcatcatca taattaacaa tatggtattt attatcatcg ttgttatcat
     catgatgatg atcatcatct tcatcatcat catcttcatc atcatcatct tcaccatcat
     cttcatcatc atcatcatca tcatcattat cttgttcgtt ttcctcataa tattcatcat
     cttgtacttc aactacgggt atcccttcat aattattttt tcttatatct ttattcacac
     ttgaatcatc acaactaaca tcatcttgtt tagaattata tatatattct tcactatcat
     tttgttcatc atttatggta acattatttt tattattaaa agtatcattt ttcatgttat
     tttccaaaat attttttctt acatctaaat ttacccccac ctcttcatta tttttgggat
     ccttttcttt tttactatta tttatattaa aatctacaga tgcatcttca acatttaata
     aagagaattt tatatcatca tttgtatagg tatttatatt attgtccttt atattacaat
     tagatgtatg gtaatcatta catttattat ttgtttcatt attattcata gaaatatttg
     gattattttc ttttaaacta ttttctaata aatatgtttc tttcttattt ttttctattt
     tgcttttatt atcattttgt agaaaactat ttttttcata cacatcattt gtaaaaaagg
     aatatatttc tttttcatta tgaaattgtg tatttgattc tttaaatata tcatcaattt
     ttttattatg aatatttttc tcactttttt gagaataagt atcatttgcc gatttgacat
     ctgatgaatc gatattctta tcagaaaggt tgacgacaac attgtttttg ccatcaccat
     attttatttt atcaccatct tttatgttat catcatcatt tgtgttatca tcatcattta
     tgttatcacc atattttatt ttatcaccat cttttatgtc atcaccatct tttatgtcat
     caccatcttt tattttatca ccatctttta ttttatcacc atcttttatt ttatcaccat
     cttttatttt atcaccatct cctttggtgt cgattttttc aattttcatt tcatccatat
     taagtttttc caaatcgttc tgatcatttc cctttacctc atcagacacc atactaatat
     gcgtattaac aatatcgatg gaattttttt tatcagaaat atctgcatgt aaatcactat
     tattttgggt aatattttgt atctgactga tttcattttt tgtttggcta gttgaaacat
     ggagatgttt attataattt tccttagagt tgatatccaa attttctact cctattatta
     aattatcata tgacgaacac aagtttattt taagattatt tatataatat ccatgtgaga
     gattatgaat attttttacc catatatttt tttgtgggga tataccaata agaaaattat
     tattaatatg catagaatca aatttatttt taattaagtt tggtttattc ccataattat
     caccccatat atatatatct tcgtctgatg ttatacatat gcatattttt cctgcactaa
     taaagttggc tttagataga ttatctattt tttttggata atgagaatca ttggcattat
     tagtatgtcc taacacgcct ttttcatttt tcccccagga atatacatca ttgtgcatat
     ctacacctag aataaaatta tgtcctatgg aaattttttt aaaagatata ttatttgtat
     ttataacatg tggttttgtt aatattttat taattttatc tttattcata tctcctttaa
     gtaaatgttc atttattaaa ccaacaccat ataaaatacc ttcaatggtt aaaaatagtg
     taaatttgta aatgttatta ttattatgat caatattgtt gttattatta tgatcaatat
     tgttgttatt attattatca atattgttgt tattattatt atcaatattg ttgttattat
     tatgatcaat attgttgtta ttattatgat caatattgtt gttattatta ttattgctgt
     tattatcacc atatgtaaat aattctcctt ctttagataa gaaagctata tggttttcac
     cacaactaac atcgtgtata aacttatgtt ttattatatt atctactaat aaatatggta
     cattcttatc aaaatcattt aattcattca agtgccaaca atatatttta cctgacgctg
     acagaaaacc aattattctt tttccacaac ttacctttac aatttttact tgtggatgat
     atattttatg agtaatgatt tcttcaaccc tttcattact cttatgttca ttactatctt
     tctcatcacc ttttacaatt tcttcattat tatttatatt cttttcattt ttatcaccct
     tattttcttt gcttatatta ttatcttttg tattacttaa tgcatcttct ttttttttat
     cattctcctt aggattattt ataagaaaca catgtatttt gcttcctttc ttttctatag
     ataccat
//

Файл с опцией "complement" программа Евгения Неделько отрабатывает правильно, судя по сохранённому файлу MIDI, ноты из которого мы видим здесь:

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.3df/0_176165_c07ff88a_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.3df/0_176166_31567257_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/55828/158289418.3df/0_176167_2a6d6021_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/158289418.3df/0_176168_cc920569_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/55828/158289418.3df/0_176169_95f0cfb5_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/104403/158289418.3df/0_17616a_35ac45e9_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.3df/0_17616b_28ca9883_XL.png

Дело в том, что стоп-кодоны в программе Евгения Неделько преобразуются в ноты под номером 115, которые в программе MuseScore отображаются красным цветом (за пределом диапазона). Если таких нот мы не видим, значит стоп-кодонов во входной нуклеотидной последовательности не встречается.

Однако этот файл соответствует белку, содержащему QHDQHDQHDQHD-участки (трезвучия "соль-ля-си-"), а не Q-спираль (QHQHQHQ-трель из 2 нот).

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/post/85215/#p85215

3

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 367

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

В базе данных обнаружен музыкальный белок!

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

https://img-fotki.yandex.ru/get/48807/158289418.3df/0_1761ff_65990cf0_orig.png
Кушелев: Вторичная структура фрагмента QHDQHDQHDQHD не является периодической. Только её часть оказалась участком пи-спирали.

4

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/630448775

           atga gcactactaa taatcaaagc aatcaacgca acaatcagca
       61 ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca
      121 ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaagtg tag

https://img-fotki.yandex.ru/get/9746/158289418.3df/0_176286_61a900a7_XL.png

5

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 384

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

В базе данных обнаружен музыкальный белок!

http://www.uniprot.org/uniprot/K8WKA3

MLVFYTALFF ISNQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ
HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHLSIFI KNIKTNSKPY

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKT5 … splay=text

FT   CDS 1..273
     gtgcttgtat tctatacagc actgtttttt atatctaatc aacaccaaca ccaacaccaa        60
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       120
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       180
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacacctctc tatatttata       240
     aaaaatatta aaaccaattc aaaaccatat tga                                    273
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/9803/158289418.3df/0_1762c8_bab6bf02_XL.png
K8WKA3

***

http://www.uniprot.org/uniprot/A0A0M3DL93

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/KKY0 … splay=text

FT   CDS 1..252
SQ   Sequence 252 BP; 114 A; 52 C; 78 G; 8 T; 0 other;
     gtgcagcatc agcatcagca tcagcatcag catcagcatc agcagcagaa gcagaagcag        60
     cagaagcagc agaagcagca gaagcagaag cagcagcaga agaagcagaa gaagaagcag       120
     aagcagcaga agcagcagaa aaagcagaag cagaagcagc agaagcagca gaagcagcag       180
     aagcagaagc agaagcagca gaagcagaag cagaagcaga agcagcagaa gcagaagcag       240
     aagcagaagt ag                                                           252
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/158289418.3df/0_1762c1_aec5b1_XL.png
A0A0M3DL93

***

http://www.uniprot.org/uniprot/L1IC08

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKX3 … splay=text

/translation="MALGFESSGRMRQGASKQHKHKHKHKHKHKHKHKHKHQQHQHQHQ
FT                   HQHQHQHQHHQHQHHQHQHHQHQQHQHQHQHHQHHHQHHQHQSLTSFSPPSTPKESVQS
FT                   LVIAGIIDG"
FT   CDS 1..342
     atggcgctgg gatttgagag ttcaggcagg atgagacagg gtgcaagcaa gcagcacaag        60
     cacaagcaca agcacaagca caagcacaag cacaagcaca agcacaagca ccagcagcac       120
     cagcaccagc accagcacca gcaccagcac cagcaccagc accaccagca ccagcaccac       180
     cagcaccagc accaccagca ccagcagcac cagcaccagc accagcacca ccagcaccac       240
     caccagcacc accagcacca gtctctcaca agtttctcgc caccttcaac ccccaaggaa       300
     tctgtccaat cgcttgtcat cgcaggcatc atagacggct ag                          342
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/103213/158289418.3df/0_1762ca_61c507ec_XL.png
L1IC08

***

http://www.uniprot.org/uniprot/M0MBB4

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EMA4 … splay=text

FT                   /translation="MTLRIRDQYRHRHQHQYQHQHQYHHQHQYQHQHQYHHQHQYQHQH
FT                   QYQHQHQYQHQHQYQHQHQYQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQRRYRYRYQHSHRHRLQIR
FT                   PPSRGPSEK"
FT   CDS 1..342
     ttgacgcttc ggattcggga ccagtatcgg caccggcacc agcatcagta ccagcaccag        60
     catcagtacc atcatcagca tcagtaccag caccagcatc agtaccatca tcagcatcag       120
     taccagcatc agcatcagta ccagcaccag catcagtacc agcaccagca tcagtaccag       180
     caccagcatc agtaccagca tcagcatcag caccagcacc agcaccagca tcagcatcaa       240
     caccagcatc agcatcagcg ccggtaccgg taccggtacc aacactcgca ccggcaccga       300
     ctacaaatca ggccaccgtc tcgaggcccc tcggagaagt ga                          342
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/101435/158289418.3df/0_1762cb_adf3641e_XL.png

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/KZT5 … splay=text

FT                   /translation="MPMPTGSMSIEAALSMLINGGPHPHPHSHHQHQHHPQHQPQPQHQ
FT                   HQHQHQHQHQQHQHQQGQYQMQHALFPLPLHPPHTQQQHSIPVYTPRTDVQQSLNSLAQ
FT                   QFAARGRKSRAGL"
FT   CDS 1..354
     atgcccatgc caaccgggtc gatgtcgatc gaagcagcgc tctcgatgct catcaacggc        60
     ggcccgcacc cgcacccgca ctcgcaccac cagcaccaac accaccccca acaccaaccc       120
     caaccccagc accagcacca gcaccagcac cagcaccagc accagcagca ccagcaccag       180
     cagggccagt accagatgca gcacgcgctc ttcccgctcc ccctccaccc gccgcacacc       240
     cagcagcagc actccatccc cgtgtacacg ccccgcacgg acgtccagca gagcttgaac       300
     agccttgccc agcagtttgc cgcccggggc cggaagagcc gcgcgggctt atga             354
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.3df/0_1762c9_5dd1f656_XL.png
KZT59633

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EFE5 … splay=text

FT                   /translation="MLVFYTALFFISGQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQH
FT                   QHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQ
FT                   HQHQHQHQHQYISKLLM"
FT   CDS  1..366
     gtgcttgtat tttatacagc actgtttttt atttctggtc aacaccaaca ccaacaccaa        60
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       120
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       180
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       240
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       300
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aatatatttc taaactctta       360
     atgtaa                                                                  366
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/118528/158289418.3df/0_1762c6_8a103afe_XL.png
EFE54881

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/JAB8 … splay=text

FT                   /translation="AASTLLGVSETAITNTTTSSTGRTFITPADIPPPPPHPPNTIGRK
FT                   RFLGTSKSVEERTTRDGGSGGGGGGRCQCEHPIEFVGQQHQHQHQHQHQHQQPLTQPSQ
FT                   SSLQQAHQSYGSHHSVYLPTQSSLQQQQQ"
FT   CDS 1..399
     gcagcatcta cgctgcttgg tgtcagtgaa accgccatta ccaacacaac cacctccagc        60
     accggtcgca ccttcatcac gcccgctgac ataccaccgc caccaccaca tccgcccaac       120
     accatcggac gcaaacgctt tctgggcacc agcaagagtg tggaagagcg tacgacgcgt       180
     gatggtggca gtggcggtgg cggtggcgga cgttgtcagt gtgaacatcc gattgagttt       240
     gtgggccaac aacaccaaca ccagcaccag caccaacatc aacatcaaca gccgttaaca       300
     cagccgtctc agtccagttt gcagcaggca catcagtcat atggtagtca tcacagtgtt       360
     tacctaccaa cacaatcgtc actgcaacaa caacagcag                              399
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/52085/158289418.3e0/0_1762c7_42b3f39d_XL.png
JAB88352

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EER3 … splay=text

FT                   /translation="MSSSSSSNSGSSRFRSDAASFSPGQYPNYIPQQFPPHQYMPPMHP
FT                   QQPIYYQYPNYPIMVNQIYGGVYTHGYMQENFFPPQQQQQQQQQHFMIPQHQQPYMTNN
FT                   YQHQHQHQHQHQHQHQHHPPKSLKIANHQK"
FT   CDS 1..405
     atgtcatcgt catcttcttc aaattcagga tctctgcgct ttcgtagtga cgcagccagt        60
     ttctcaccgg gtcagtatcc caattacatc ccacaacaat ttcctcctca tcaatacatg       120
     ccaccaatgc atccgcaaca accaatatat tatcaatacc caaattaccc tattatggtg       180
     aatcagatct atggtggagt gtatacacat ggatacatgc aagaaaactt ttttcctcca       240
     caacaacaac agcagcaaca acaacaacat tttatgattc cacaacatca acaaccatat       300
     atgactaata attaccaaca ccagcaccag caccaacatc agcatcagca tcagcatcag       360
     caccatcctc caaaaagttt aaaaatagca aaccaccaaa agtag                       405
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3df/0_1762c5_18c55db8_XL.png
EER34206

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CDJ3 … splay=text

FT                   /translation="MIENWTAAAAAPAPAAAPAAPAPAAAAPAPAAPAPAPAPAAPAAA
FT                   AAAAAAAAQHQQQQQQQQLQQQPHHHHQQQHQHHHHQQQQQQHQHQQHQHQHQQQQHQH
FT                   QHQHQHQHQQHQQQHQHQQQQQQQQQQQQQQQQQQYTY"
FT   CDS 1..429
     atgatagaga attggacagc agcagcagca gcaccagcac cagcagcagc accagcagca        60
     ccagcaccag cagcagcagc accagcacca gcagcaccag caccagcacc agcaccagca       120
     gcaccagcag cagcagcagc agcagcagca gcagcagctc agcatcagca gcagcagcag       180
     cagcagcaac tgcagcagca gccgcatcat catcatcagc agcagcatca gcatcatcat       240
     catcagcagc agcaacagca gcaccagcac cagcagcacc agcaccagca ccagcagcaa       300
     cagcaccaac accagcacca gcaccagcac cagcaccagc agcaccagca gcagcaccag       360
     caccagcagc agcagcagca gcagcaacag cagcagcagc agcagcagca gcagcagtat       420
     acatactag                                                               429
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/57551/158289418.3df/0_1762c3_ce00e51e_XL.png
CDJ31753

***

http://www.uniprot.org/uniprot/E9DFU9

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EFW1 … splay=text

FT                   /translation="MNQPPIPYPQPFPQQLPAASNPPGYHPIHLQHQHQHHQQHQHQQH
FT                   QQPQQHQQHQQHQQPQHIAPQPVQSMSFYPNPNLYAQETLPPQIHQQHQPQQQHQHQHQ
FT                   HQHQHQQPPQPQPQQPQQQQHPFPHVVGAVPPHAGVGGAMMMSPAPLPHHASAN"
FT   CDS 1..474
     atgaaccaac caccgatccc ctacccacag cccttccccc agcagttgcc cgccgcttca        60
     aatcctcccg gctatcatcc cattcacctc caacaccagc atcagcacca ccagcagcac       120
     cagcatcagc agcatcaaca gcctcaacag catcaacagc atcaacagca tcaacagcct       180
     cagcacatcg ccccgcagcc tgttcagtcg atgtccttct acccgaaccc caacctgtac       240
     gcccaggaga ccctcccgcc ccagatccac cagcagcacc agccgcaaca acagcaccag       300
     caccagcacc agcaccagca ccagcaccag caaccacctc aaccgcaacc tcagcagcct       360
     cagcagcagc aacatccctt cccgcatgtc gtcggtgctg ttccaccaca tgccggcgtg       420
     ggtggagcca tgatgatgtc cccggcgccg ctaccccatc atgcgtctgc taat             474
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.3e0/0_1762c4_a3100cd2_XL.png
E9DFU9

***

http://www.uniprot.org/uniprot/C6SW03

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ACU1 … splay=text

FT   CDS             BT089346.1:29..574
FT                   /translation="MAESDNESGGHTGNASGSNELSGCREQDRFLPIANMSRIMKKALP
FT                   ANAKISKEAKETVQECVSEFISFITGEASDKCQKEKRKTINGDDLLWAMTTLGFEDYVD
FT                   PLKIYLHKYREMEGEKTAMMGRPHERDEGYGHGHGHATPMMTMMMGHQPQHQHQHQHQH
FT                   QHQGHVYGSGSASSARTR"
     atggctgagt ccgacaacga gtcaggaggt cacacgggga acgcgagcgg gagcaacgag        60
     ttgtccggtt gcagggagca agacaggttc ctcccaatag caaacatgag caggatcatg       120
     aagaaggcgt tgccggcgaa cgcgaagata tcgaaggagg cgaaggagac ggtgcaggag       180
     tgcgtgtcgg agttcatcag cttcataaca ggagaggctt ccgataagtg ccagaaggag       240
     aagaggaaga cgatcaacgg cgacgatctt ctctgggcca tgactaccct gggcttcgag       300
     gactacgtgg atcctctcaa gatttacctg cacaagtata gggagatgga gggggagaaa       360
     accgctatga tgggaaggcc acatgagagg gatgagggtt atggccatgg ccatggtcat       420
     gcaactccta tgatgacgat gatgatgggg catcagcccc agcaccagca ccagcaccag       480
     caccagcacc agcaccaggg acacgtgtat ggatctggat cagcatcttc tgcaagaact       540
     agatag                                                                  546
//

>ENA|ACU13426|ACU13426.1 Glycine max (soybean) unknown
ATGGCTGAGTCCGACAACGAGTCAGGAGGTCACACGGGGAACGCGAGCGGGAGCAACGAG
TTGTCCGGTTGCAGGGAGCAAGACAGGTTCCTCCCAATAGCAAACATGAGCAGGATCATG
AAGAAGGCGTTGCCGGCGAACGCGAAGATATCGAAGGAGGCGAAGGAGACGGTGCAGGAG
TGCGTGTCGGAGTTCATCAGCTTCATAACAGGAGAGGCTTCCGATAAGTGCCAGAAGGAG
AAGAGGAAGACGATCAACGGCGACGATCTTCTCTGGGCCATGACTACCCTGGGCTTCGAG
GACTACGTGGATCCTCTCAAGATTTACCTGCACAAGTATAGGGAGATGGAGGGGGAGAAA
ACCGCTATGATGGGAAGGCCACATGAGAGGGATGAGGGTTATGGCCATGGCCATGGTCAT
GCAACTCCTATGATGACGATGATGATGGGGCATCAGCCCCAGCACCAGCACCAGCACCAG
CACCAGCACCAGCACCAGGGACACGTGTATGGATCTGGATCAGCATCTTCTGCAAGAACT
AGATAG

https://img-fotki.yandex.ru/get/198786/158289418.3df/0_1762c2_3dd0a140_XL.png
C6SW03

6

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 393

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

В базе данных обнаружен музыкальный белок!

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Кушелев: Я вспомнил, где я слышал эту "трель" музыкального белка QHQHQHQHQHQ!

Это древний африканский танец, изображающий инопланетного геодезиста.

https://img-fotki.yandex.ru/get/98619/158289418.3e0/0_1762e1_c218d99d_XL.png
https://www.youtube.com/watch?v=vE5Y0n2FFfg

Вот он, этот танец "шамана дождя". Только музыку с "трелью" QHQHQHQHQ заменили на современную.

А мы сейчас найдём оригинальную...

http://videos.nur.kz/kk/view=j8cu3twz

Здесь была оригинальная музыка, но почему-то не работает. В инете остались одни ремейки с наложением современной музыки. Оригинал недоступен...

Всё-таки нашёл: https://www.youtube.com/watch?v=WX0H85tj1yU
A dancing man on a stick - amazing african tribal dance - Zaouli Dance
Не всё ещё стёрли smile
Продублировал на всякий случай на облаке мэйл.ру: https://cloud.mail.ru/public/8QMX/LimGkuFys

Нашлась и более сложная мелодия: https://www.youtube.com/watch?v=p6OKy9u5_V8

Давайте попробуем разобраться, зачем нужен сигнал типа QHQHQHQHQ ?

https://img-fotki.yandex.ru/get/9803/158289418.3df/0_1762c8_bab6bf02_XL.png
Сигнал QHQHQHQHQ записан в середине музыки сборки белка: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKT5 … splay=text

Музыка QHQHQHQHQ звучит во время сборки Q-спирали:

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3df/0_1760dd_d85de618_orig.png
C 15 по 46 строку.

При вращении Q-спирали белка соседние аминокислотные остатки будут звучать "трелью", т.е. как в процессе сборки, т.е. "по нотам". Правда, скорость проигрывания будет зависеть от угловой скорости вращения белковой молекулы. Гиперзвук с переходом на полутон туда и обратно может вызывать периодическое изменения вектора силы гиперзвукового давления на объект воздействия, т.е. на другое химическое соединение. Если этот объект обладает резонансными свойствами, то он будет раскачиваться. Через несколько периодов колебаний объект может раскачаться до пороговой амплитуды, после чего он может передать энергию, например, для химической реакции превращения АДФ (ADP) в АТФ (ATP). Это позволяет субклеточному организму питаться тепловой энергией. Конечно, фотосинтез даёт больше энергии, но не помогает выжить в темноте...

А зачем такой сигнал ("трель" на двух соседних нотах) могла понадобиться инопланетянам, которых копируют африканские шаманы дождя?

Вероятно, речь идёт об аналогичном воздействии на резонансную систему или о сигнале, который управляет электромагнитным двигателем, раскачивающим некий объект в резонанс.

7

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 405

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

В базе данных обнаружен музыкальный белок!

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Музыкальный триумф пикотехнологии белков

https://img-fotki.yandex.ru/get/195637/158289418.3e0/0_176318_254e97dd_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196142/158289418.3e0/0_176319_ab9a9122_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/55828/158289418.3e0/0_17631a_8c0b6fd8_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/166206/158289418.3e0/0_17631b_b8082151_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/197102/158289418.3e0/0_17631c_61a680e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/103091/158289418.3e0/0_17631d_20bef567_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/164839/158289418.3e0/0_17631e_51f0bd1a_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196142/158289418.3e0/0_17631f_ed6b1800_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.3e0/0_176320_37f62064_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/223280/158289418.3e0/0_176321_4b6920a1_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3e0/0_176322_9bbcdbd1_orig.png

8

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 408

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Кушелев: Посмотрим, как будет выглядеть 3D модель белковой молекулы с Q-спиралью длиной 100 аминокислотных остатков (c 14 по 114).

Это её 2D-структура и ноты сборки:

https://img-fotki.yandex.ru/get/103091/158289418.3e0/0_17631d_20bef567_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/158289418.3e0/0_176329_6d9df850_L.gif
Анимация в формате avi: https://cloud.mail.ru/public/N5bF/bUViNuwqo
Музыка сборки в стандарте MIDI: https://cloud.mail.ru/public/9bkb/CtgJt9pYx
3D структура в стандарте PDB: https://cloud.mail.ru/public/GEj7/CAdbKGnWe
3D структура с электронными оболочками в стандарте 3DS Max: https://cloud.mail.ru/public/9wTk/Ltcwy4i6h
Кодирующая нуклеотидная последовательность DNE: https://cloud.mail.ru/public/7uZS/32J8iXqns
Кодирующая нуклеотидная последовательность fasta: https://cloud.mail.ru/public/BPWe/zUX3XVsxy
Все эти файлы можно посмотреть в папке: https://cloud.mail.ru/public/3urL/EnXBJyzct

9

Re: Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 554

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

OVOVO

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/14 … 9W913W8016

vtvtvtv
ngngng
vxvxv

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … 9W913W8016

cvcvcvcvc vcvcvcvcvc vcvcvcvcvc vcvcvcvcvc vcvcvcvcvc

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/620599692

   mRNA            complement(270825..275334)
                     /locus_tag="GSONMT00073257001"
     CDS             complement(join(270825..271193,271415..271609,
                     272107..272263,273504..273652,273905..274186,
                     275203..275208))
                     /locus_tag="GSONMT00073257001"
                     /note="unnamed protein product"
                     /codon_start=1
                     /protein_id="CDQ57559.1"
     5'UTR           complement(275209..275334)
                     /locus_tag="GSONMT00073257001"

fasta:

>(FR904289.1:c275208-275203, FR904289.1:c274186-273905, FR904289.1:c273652-273504, FR904289.1:c272263-272107, FR904289.1:c271609-271415, FR904289.1:c271193-270825) Oncorhynchus mykiss genomic scaffold, scaffold_24, whole genome shotgun sequence
ATGGAGGATAAAGGTCAAAAGCCAGAAGCAGATGAGAACAGTTTTGAATCACTGGAGAAGGAGTTCCAGG
AGGTTCTCGATGAGCTGGTGGGAGACAAGAGCCTGGACAAATTCCGGGTTGAATATGAGAAACTGACCAA
TGCCCTGAAGAAGTCCCACGAGAGCGAGAAGAGGCTGATGACAAAATGCAGGGAGCTGAATGCAGAGATA
GTGTCCAATTCAGTAAAAGTTGCTACTGCACTGAAGTTGTCCCAGGAAGATCAAACAACTATAACTTCTC
TGAAGAAGGAAATAGAAAAGGCTTGGAAAATGGTTGATGCAGCCCACGATAAAGAGCTCAGAGCAAAAGA
GACAATTCAAACATTGAAACATGAAATTTCAAATCTAACAAAACTTGTTGAACAAGGTGCTGGCTTGTCC
GTGGGTCAAGAACATGGTGTAAATGATCTGCTGAAAATCAAAGAGGAACTAACCAAGGAAAGAGATGAAC
TGCTTACGGAAGTGGTGACACTGCGAAAGAATCTAACAAAGGCCACCGCCAGTCAACAAGAGATGGAGGT
TCAAAAAGAAAAGGCGATGGAAACCATATCTCAGCTCCAGCAAGACATTCAGGTCCGTCAGAACGAGTGC
TCGCGGGAGACACGGCGGAAGGAGAAGCTAGAGAAGGAAGTGAAGCAGCTGCACACAGACCTGGACACCA
AGCAGTCGGACATTAAAGTGCTGAACCTGCAGAGCCAGCGCAGCAAAGAGGAGCAGCAGAGGCTGGAGCA
GCAGCTGCGGGAGCAGAAGATTCTCAATGAGCGGGCCACAAAGGAGCTGGAGCAACTGCAAGTGAGAAAC
ACCAAACTCCAGCAGGAGAATGAACAGAATGCCCTGAGTTTGGAGCAGCTCTCCCTCGACACACAGCAAA
GGGCATCTGACCTTAAGGTAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTCAAGGGG
GCCGAATACTTTCGCAAGGCACTGTATCCCGGGATTGA

Кушелев: Это уже знакомая нам Q-спираль Кушелева:

https://img-fotki.yandex.ru/get/196060/158289418.3e2/0_1768dc_7fee2b1e_orig.gif