1

Тема: В темпе коллагена

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 850

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Ищем гены по ... нотам!

Я угадаю "плагиат" Шуберта с 7 нот!

В темпе коллагена

Грибной снегопад  (конструктивная фантастика)

Часть: В темпе коллагена

-На Вашей планете это до сих пор называют вальсом?
-А на Вашей?
-Мы давно назваем это коллагеном. Ведь люди начали играть и танцевать вальс совсем недавно...
-В википедии написано: "Появившийся в австрийской области Ландль парный круговой трёхдольный танец ландлер постепенно превратился во всем известный и всеми любимый вальс. На рубеже XVIII и XIX веков, завоевав Вену, вальс быстро распространился по многим странам"
-Мало ли что напишут в Википедии? На самом деле трёхдольный ритм был известен в Африке "с незапамятных времён".
-В википедии ничего не написано о том, когда появился трёхдольный ритм: "Трёхдольный метр — метр, в котором сильные доли повторяются равномерно через 2 доли (состоит из одной сильной доли и двух слабых). Эти метры выражают такие размеры, как «3/2», «3/4», «3/8», реже встречается «3/16»."
-Все музыкальные ритмы описываются обобщённой функцией Уолша. Люди о них узнали сразу, как научились различать ритмы. Случилось это несколько миллионов лет назад.
-Ну вот, а говорите "недавно"
-Конечно недавно. Ведь трёхдольный ритм - это ритм сборки коллагена, а коллагену больше миллиарда лет.
-Ух ты! Значит мы танцуем не в темпе вальса, а в темпе коллагена?
-Естественно...

https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/158289418.3d9/0_174ffa_39bfeed1_orig.png

2

Re: В темпе коллагена

В темпе коллагена

Кушелев: В этом коллагене сначала встречается музыкальный размер 4/4 (c 22-го по 33-ий аминокислотный остаток), а затем 3/4, например с 179 по 1018. Вероятность случайного повторения (1018-179).3=280 аминокислотных остатков Gly (строго каждый третий остаток) равна 20^-280=5*10^-365. Это Вам не обратный гугол...

Напомню, что гугол больше, чем количество атомов в известной нам части Вселенной, которых, по разным оценкам, насчитывается от 10^79 до 10^81. Это значит, что вероятность 10^-100 уже меньше, чем угадать один атом из всех атомов видимой Вселенной. Что уж говорить о вероятности 5*10^-365. По аналогии с гуголом число 10^365 назовём коллагол, раз уж он связан с коллагеном. Примерно таково должно быть число белков со случайной комбинацией аминокислотных остатков, чтобы один из них состоял из 280 аминокислотных остатков Gly в каждой третьей позиции.

https://img-fotki.yandex.ru/get/100036/158289418.3d9/0_1750dc_302a920a_orig.png

3

Re: В темпе коллагена

https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/158289418.3d9/0_1750dd_7f614001_L.png
Фрагмент коллагена с ритмом 4/4

https://img-fotki.yandex.ru/get/171919/158289418.3d9/0_1750df_e27de82_L.png

4

Re: В темпе коллагена

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 887

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

В темпе коллагена

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

Salute, Didier!
We met with you for more than 20 years ago.
Did you like the pyramid of the Rings: 

https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/158289418.3d9/0_17511f_daf19e3b_orig.jpg

But today I want to invite you to listen to music of collagen protein assembly:

https://cloud.mail.ru/public/HSGF/qsivVCegQ

Fragment 4/4: https://cloud.mail.ru/public/3DtJ/Q1kwN7Yfe

https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/158289418.3d9/0_1750dd_7f614001_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/171919/158289418.3d9/0_1750df_e27de82_XL.png

10 midi-files (different collagens): https://cloud.mail.ru/public/Jf9p/C1ASak6RH

Maybe the music will give you a new idea of a musical masterpiece ...
It is interesting to hear your comments.
Your Alexander Kushelev
P/S
This - the sequence of notes (MIDI).
Scores are generated automatically.
Compliance Table:

http://nanoworld88.narod.ru/data/212_files/0_4840b_b2101c2f_orig.png

Details: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm

The protein molecule is built from amino acids.
Each amino acid resonates at a different frequency.
Building a protein molecule is accompanied by music.
This automatic music contained sizes: 4/4, 3/4 and strange
Copy on my site: http://nanoworld.org.ru/topic/1603/
Sorry my bad English and very bad French

Full secondary structure of collagen:

https://img-fotki.yandex.ru/get/100036/158289418.3d9/0_1750dc_302a920a_orig.png

5

Re: В темпе коллагена

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 919

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

В темпе коллагена

Skype, 2017-03-05:

[13:37:39] Кушелев Александр Юрьевич: Привет, Валентин!
[13:37:46] Кушелев Александр Юрьевич: Когда планируешь приехать?
[13:37:57] Va12220(Valqwa): 7-9
[13:38:02] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь добавить в программу ещё один столбец "кирпичиков"?
[13:38:11] Va12220(Valqwa): Думаю что конечно.
[13:38:37] Va12220(Valqwa): Описывай, что надо сделать.
[13:39:24] Кушелев Александр Юрьевич: Первый столбец - код 4, второй - код 6, а третий - набор кирпичиков, соответствующий названиям аминокислот (их там 23 вроде)
[13:39:51] Кушелев Александр Юрьевич: По названию аминокислоты нужно вставлять кирпичик с соответствующим названием png
[13:40:28] Va12220(Valqwa): а сейчас что там ?
[13:40:39] Кушелев Александр Юрьевич: Это будет выглядеть примерно так: https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/ … 1_orig.png
[13:40:39] Va12220(Valqwa): картинки кусочек отрисуй посмотреть
[13:41:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я заменил код-6 на то, что должно быть в 3-ем столбце
[13:41:34] Va12220(Valqwa): не понял
[13:41:36] Кушелев Александр Юрьевич: В данном случае 22 кирпичика красные, а 23-ий (Gly) - голубой
[13:41:56] Кушелев Александр Юрьевич: Но я буду менять этот набор png-кирпичиков
[13:42:14] Va12220(Valqwa): вот хоть убей ( не понял
[13:42:16] Кушелев Александр Юрьевич: Один из наборов, когда один голубой, а остальные 22 красные
[13:42:45] Кушелев Александр Юрьевич: Для 9 типов коллагенов (и нескольких цепей для каждого) появилась специальная задача
[13:43:22] Кушелев Александр Юрьевич: Я по голубым кирпичикам (Gly) определяю ритмы сборки разных участков разных коллагенов
[13:43:59] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и закрашивать 300 "кирпичиков" из 900 или 600 кирпичиков из 1800 вручную "не камильфо" smile
[13:44:21] Va12220(Valqwa): вручную не надо
[13:44:31] Кушелев Александр Юрьевич: А в будущем появятся другие частные задачи, где достаточно будет сменить набор из 23 кирпичиков, и задача решится автоматически
[13:46:25] Кушелев Александр Юрьевич: Может появиться и более специфическая задача или круг задач, где кирпичиков будет уже не 23, как аминокислот, а 64, как триплетов. Но там и работы с 64 кирпичиками будет больше, поэтому хотелось бы сначала иметь версию с 23 кирпичиками для каждой аминокислоты, а в будущем уже и с 64 кирпичиками для каждого триплета.
[13:46:57] Va12220(Valqwa): стой.

bs нарисуй - что есть и снизу что должно быть.
[13:47:55] Кушелев Александр Юрьевич: В левом столбце - код 4, второй стоблец - код 6, а то, что ты видишь по образцу во втором столбце, должно быть в третьем.
[13:48:09] Кушелев Александр Юрьевич: https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/ … 1_orig.png
[13:48:39] Кушелев Александр Юрьевич: Я второй столбец кирпичиков переделал в третий. А нужно, чтобы и второй остался и третий добавился
[13:49:01] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас сделаю монтаж
[13:49:08] Va12220(Valqwa): ниче не понимаю.
[13:49:35] Va12220(Valqwa): вижу сейчас
6 столбцов
1 2 3 4 5 6
[13:50:01] Va12220(Valqwa): что было и что должно стать?
[13:50:15] Кушелев Александр Юрьевич: Один момент
[14:00:48] Кушелев Александр Юрьевич:

https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.3da/0_175193_e4c18e2c_orig.png
[14:00:59] Кушелев Александр Юрьевич: Примерно такая штука должна получиться
[14:01:34] Va12220(Valqwa): а была какая ?
[14:01:34] Кушелев Александр Юрьевич: Перед последним столбиком "кирпичей" нужны ещё обозначения нот, т.е. бука и октава
[14:01:48] Кушелев Александр Юрьевич: Было без последнего столбика "кирпичей"
[14:02:16] Кушелев Александр Юрьевич: А буква и октава - табличные данные. Я тебе таблицу напишу.
[14:02:31] Va12220(Valqwa): пиши
[14:03:45] Кушелев Александр Юрьевич: Айн момент
[14:09:29] Кушелев Александр Юрьевич: Вот в этой таблице: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 990520.htm
В предпоследнем стоблце - частоты, а в последнем номера нот в стандарте MIDI.
Сейчас я попробую восстановить буквы по номерам MIDI или по частотам. Номера миди взяты с транспонированием на +5 по отношению к частотам. Именно такие ноты с транспонированием мне и нужно видеть между вторым и третьим столбцами "кирпичей".
[14:10:54] Кушелев Александр Юрьевич: Я тут подумал, что может быть не имеет смысла заморачиваться с двумя наборами (23 и 64 кирпича), а сделать сразу один (64) по числу триплетов.
[14:11:34] Va12220(Valqwa): правильно подумал
[14:12:48] Кушелев Александр Юрьевич: Я бы и символы между стрлбцами кирпичей сделал бы универсальным набором, чтобы его тоже можно было менять под новые задачи
[14:13:14] Va12220(Valqwa): тоже правильно
[14:13:35] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда просто по триплетам выводи два набора по 64 "кирпича", а я эти наборы сделаю в фотошопе
[14:13:37] Va12220(Valqwa): т.е. хочешь сказать что бы они были "внешними" так же как и "кубики" ?
[14:14:13] Кушелев Александр Юрьевич: Ты выводи .png такого же размера, а я их сделаю в фотошопе
[14:15:10] Кушелев Александр Юрьевич: Цифры и буквы я сделаю на "белых кирпичах" чёрным цветом, а последний столбец для первой задачи такой и будет, как здесь:

https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.3da/0_175193_e4c18e2c_orig.png
[14:15:46] Кушелев Александр Юрьевич: Просто я обнаружил ошибки в названиях нот в этой таблице: http://nanoworld88.narod.ru/data/212_fi … f_orig.png
[14:16:25] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому наборы "кирпичиков" лучше, т.к. помогут исправлять ошибки, замеченные в будущем
[14:16:25] Va12220(Valqwa): 1 - такое "триплет"
[14:16:42] Кушелев Александр Юрьевич: Триплеты - во втором столбце
[14:16:50] Кушелев Александр Юрьевич: Это генетический код аминокислот
[14:16:59] Кушелев Александр Юрьевич: Для глицина триплет GGC
[14:16:59] Va12220(Valqwa): ttc aag и т.п. ?
[14:17:04] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[14:18:14] Кушелев Александр Юрьевич: Короче нужно добавить два столбца "кирпичей" по 64 штуки в каждом наборе.
[14:18:22] Кушелев Александр Юрьевич: А я их разрисую
[14:19:11] Кушелев Александр Юрьевич: Каждый кирпич лучше всего прямо так и назвать: aaa.png ... ttt.png
[14:19:54] Va12220(Valqwa): хорошо
первый набор кирпчей назову именно так по названию аминокислотных остатков (триплетов)
[14:20:01] Va12220(Valqwa): а второй как обозвать ?
[14:20:17] Кушелев Александр Юрьевич: А второй, вероятно, aaa2.png и т.д.
[14:20:42] Va12220(Valqwa): тогда будет aaa1 и aaa2 png
[14:20:48] Кушелев Александр Юрьевич: Правильно
[14:21:25] Кушелев Александр Юрьевич: А размеры такие же, как и у тех, что уже есть. Я сейчас буду "делать кирпичи"
[14:22:42] Va12220(Valqwa): размеры такие же
[14:22:48] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[15:00:23] Кушелев Александр Юрьевич: Набор "кирпичей-2"
[15:00:41] Кушелев Александр Юрьевич: Это для последнего столбца "кипричей"
[15:01:09] Кушелев Александр Юрьевич: А для предпоследнего сейчас сделаю ...
[15:03:18] Va12220(Valqwa): монстр
[15:27:48] Va12220(Valqwa): получил
[15:27:51] Кушелев Александр Юрьевич: Тестировать программу можно на этих "кирпичиках". А потом я номера доделаю для остальных белых, которые в наборе N1
[15:28:04] Va12220(Valqwa): хорошо
[15:28:22 | Изменены 15:28:35] Va12220(Valqwa): но вывод кирпчиков будет соответствовать "триплетам"
[15:29:40] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[15:32:17] Кушелев Александр Юрьевич: Файлы fasta / dne для тестирования можно взять здесь: http://nanoworld.org.ru/topic/1575/page/91/
[15:32:31] Кушелев Александр Юрьевич: Там именно файлы коллагенов
[15:33:16] Va12220(Valqwa): любой из двух ?
[15:34:39] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[17:11:30] Кушелев Александр Юрьевич: Привет, как программа?
[17:12:08] Va12220(Valqwa): делаю.
[17:12:11] Va12220(Valqwa): приступил
[17:13:10] Кушелев Александр Юрьевич: ЗдОрово!
[17:13:25] Va12220(Valqwa): а можно уменьшить 'ne твою колагеновую структуру раза в 4ре ? и на ней тренироваться ?
[17:13:39] Кушелев Александр Юрьевич: Да хоть в 100
[17:14:57] Кушелев Александр Юрьевич: А кирпичики, вероятно, лучше по отдельным папкам разложить, чтобы они не перепутывались с другими файлами
[17:15:14] Va12220(Valqwa): так и сделаю .. конечно же
[17:25:37] Кушелев Александр Юрьевич: Тут ещё одна задача нарисовалась: "Найти генетический код белка по ... нотам": http://nanoworld.org.ru/topic/1600/
Для этого нужно написать программу, которая конвертирует ноты, например, из файла MIDI в последовательность символов, обозначающих аминокислоты. Правда, там есть одна хитрость. Ведь одной ноте соответствует иногда несколько разных аминокислот, а значит придётся выдать не одну, а набор последовательностей. Если хотя бы одна из них совпадёт с последовательностью реального белка из базы данных PDB, то это - удача. Но эта задача на будущее. Сейчас интересно с "кирпичиками" доделать.

6

Re: В темпе коллагена

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 924

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

В темпе коллагена

https://img-fotki.yandex.ru/get/28561/158289418.3da/0_1751b5_21a94fc0_XL.jpg
Кушелев: Профессионал сразу нашёл ноты, которые ни я, ни участники форума лаборатории Наномир найти не смогли.

https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.3da/0_1751b6_92a72168_XL.jpg
Вот они, ноты из "Сказок Венского леса" Штрауса!

Но и ему не удалось найти эти ноты здесь: http://www.notarhiv.ru/zarubkomp/shtrau … 20(47).pdf

Кушелев: В чём же дело?

Михаил: А их там просто нет.

Кушелев: Как же так? Это же ноты тех же самых "Сказок Венского леса"!

Михаил: "Федот, да не тот"

Кушелев: А что, бывают разные "Сказки Венского леса"?

Михаил: Бывают разные ноты. В интернете ты нашёл упрощённый вариант.

Кушелев: Понятно. А я уже подумал, что ничего не понимаю в нотах и музыке...

Михаил: Ты просто нашёл упрощённый вариант произведения Штрауса, где этих нот просто нет.

https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/158289418.3da/0_1751b7_49bb2ec7_XL.jpg
Кушелев: Да, здесь нижняя нота повторяется, как в собачьем вальсе. Это - в чистом виде музыка сборки активного центра коллагена!

Михаил: Вариант аккомпанемента без чередования практически не используется даже у классиков. Это примитивный, устаревший вариант.

Кушелев: Это и понятно. Ведь коллагену больше миллиарда лет!

Михаил: Скока скока?

Кушелев: Больше миллиарда.

Михаил: Тогда понятно, почем нет чередования.

Кушелев: Да, в новом миллиардлетии вместо одной нижней ноты положено играть две. Например, ми-ля-ми-ля.

https://img-fotki.yandex.ru/get/56796/158289418.3da/0_1751b8_77fa8be5_XL.jpg
Здесь, кстати, два раза подряд повторяется музыка сборки активного центра белка коллагена.

https://img-fotki.yandex.ru/get/3902/158289418.3da/0_1751b9_b4be4304_XL.jpg
Михаил: Кстати, это не "Сказки Венского леса" Штрауса, а "Щелкунчик" Чайковского.

https://img-fotki.yandex.ru/get/53680/158289418.3da/0_1751bc_c8361df1_XL.jpg
Вальс цветов.

Кушелев: -А где "Сказки Венского леса"?

https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3da/0_1751ba_f87aedde_XL.jpg
Михаил: Вот они. Здесь тоже нет чередования. Правда музыка сборки активного центра белка коллагена не повторяется дважды, как у Чайковского.

https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.3da/0_1751bd_b99e3af_XL.jpg

Кушелев: Это понятно. Чайковский же позже Штрауса писал, вот и удвоил smile

https://img-fotki.yandex.ru/get/109111/158289418.3da/0_1751bb_7dff7cb3_XL.jpg
А почему в Internet этих нот нет?

Михаил: Потому что в инет выложили упрощённые ноты Штрауса. Сократили раза в полтора...

7

Re: В темпе коллагена

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 994

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

В темпе коллагена

Ноты, которым больше миллиарда лет!

Музыка сборки коллагена P20908

https://img-fotki.yandex.ru/get/104083/158289418.3da/0_17537c_1641812b_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/97201/158289418.3da/0_17537d_219b5269_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195132/158289418.3da/0_17537e_1e85c882_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195132/158289418.3da/0_17537f_2f56e630_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/62989/158289418.3da/0_175380_24f7a9b5_XL.png

8

Re: В темпе коллагена

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 002

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Виртуальные "кирпичи" для музыкального плагина программы "Пикотех"

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

В темпе коллагена

https://img-fotki.yandex.ru/get/197756/158289418.3da/0_17548d_8f4651bb_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/197756/ … b_orig.png
8 разных цепей человеческого коллагена.

Интересно разобраться с третичной и четвертичной структурой коллагенов, а так же с музыкальными особенностями сборки этих необычных белковых молекул.

9

Re: В темпе коллагена

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 130

В темпе коллагена

Daren пишет:

Для того чтобы корректно произвести оценку вероятности о которой вы меня спрашивали у вас просто нет достаточно данных. Для этого нужно знать все поле вариативности (в данном случае белков) т.е. сколько их вообще может существовать

Кушелев: Я Вам лучше скажу, сколько их не может существовать. Учитывая, что атомов в видимой Вселенной не больше 10^81 степени, а число комбинаций 20 кодируемых аминокислот в последовательности, состоящей из 280 звеньев = 20^280=2*10^364, то даже в том случае, если все атомы видимой Вселенной войдут в состав белковых молекул, будет реализована ничтожная часть из возможных комбинаций аминокислотных остатков.

Так что речь идёт об абстрактной задаче, т.е. какова вероятность угадать последовательность из 2*10^364 возможных вариантов?

Вот такая вероятность существования коллагена, если бы он получился случайно. Понятно, что случайно он получиться не мог, а тем более повторяться в каждом человеке миллиарды миллиардов раз.

Но речь-то идёт не о случайности структуры коллагена, а о неслучайности совпадения аккомпанемента практически всех вальсов с нотами, полученными автоматически по генам коллагена.

По гену коллагена компьютер исполняет аккомпанемент вальса, и это не случайно!

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3d9/0_174fb2_5166df44_XL.png

10

Re: В темпе коллагена

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 154

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

В темпе коллагена

Письмо Дидье Маруани от Кушелева

https://img-fotki.yandex.ru/get/97201/158289418.3dc/0_175944_32a1d10a_XL.png