601

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 465

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype, 2017-01-15:

[0:11:06] Кушелев Александр Юрьевич: На первом этапе хотелось бы получить следующую версию композиционного кода.

https://img-fotki.yandex.ru/get/198998/158289418.3c1/0_17066a_325fac7_orig.png
Новые варианты композиции показаны красным цветом в правом столбце.

602

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Кушелев: Продолжим исследование лизоцимов из разных организмов. Эти белки оказались очень полезными для совершенствования пикотехнологии и демонстрации её преимуществ перед старыми методами исследования белковых структур.

Цитата: Были установлены шесть природных мутаций в человеческом лизоциме[13] , и аминокислотные замены (все расположены в B-домена области нативной структуры лизоцима)[14]. Это приводит к появлению нескольких вариантных белков (I56T, F57I, W64R, D67H, T70N и F57I / T70N или W112R / T70N). Все эти варианты кроме T70N были связаны с системным амилоидозами с участием почек, печени и селезенки[9], в то время как не амилоидогенный вариант T70N является довольно распространенным явлением в нормальной британской популяции.

Цитата: Выделено и изучено более 50 лизоцимов из разных источников. Все они состоят из одной полипептидной цепи и являются сильно основными белками (рI 10,5-11).

Кушелев: Два человеческих и один куриный лизоцим мы уже видели. Теперь нужно найти несколько лизоцимов из других организмов.

603

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=1LZB

http://www.uniprot.org/uniprot/P00698

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CAA23711

>ENA|CAA23711|CAA23711.1 Gallus gallus (chicken) hypothetical protein
ATGAGGTCTTTGCTAATCTTGGTGCTTTGCTTCCTGCCCCTGGCTGCTCTGGGGAAAGTC
TTTGGACGATGTGAGCTGGCAGCGGCTATGAAGCGTCACGGACTTGATAACTATCGGGGA
TACAGCCTGGGAAACTGGGTGTGTGTTGCAAAATTCGAGAGTAACTTCAACACCCAGGCT
ACAAACCGTAACACCGATGGGAGTACCGACTACGGAATCCTACAGATCAACAGCCGCTGG
TGGTGCAACGATGGCAGGACCCCAGGCTCCAGGAACCTGTGCAACATCCCGTGCTCAGCC
CTGCTGAGCTCAGACATAACAGCGAGCGTGAACTGCGCGAAGAAGATCGTCAGCGATGGA
AACGGCATGAGCGCGTGGGTCGCCTGGCGCAACCGCTGCAAGGGTACCGACGTCCAGGCG
TGGATCAGAGGCTGCCGGCTGTGA

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=1HEW

http://www.uniprot.org/uniprot/P00698

То же.

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=3A3Q

http://www.uniprot.org/uniprot/P00698

То же

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=1JEF

http://www.uniprot.org/uniprot/P00703

Нет данных

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=1BB5

http://www.uniprot.org/uniprot/P61626

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA36188

>ENA|AAA36188|AAA36188.1 Homo sapiens (human) hypothetical protein
ATGAAGGCTCTCATTGTTCTGGGGCTTGTCCTCCTTTCTGTTACGGTCCAGGGCAAGGTC
TTTGAAAGGTGTGAGTTGGCCAGAACTCTGAAAAGATTGGGAATGGATGGCTACAGGGGA
ATGAGCCTAGCAAACTGGATGTGTTTGGCCAAATGGGAGAGTGGTTACAACACACGAGCT
ACAAACTACAATGCTGGAGACAGAAGCACTGATTATGGGATATTTCAGATCAATAGCCGC
TACTGGTGTAATGATGGCAAAACCCCAGGAGCAGTTAATGCCTGTCATTTATCCTGCAGT
GCTTTGCTGCAAGATAACATCGCTGATGCTGTAGCTTGTGCAAAGAGGGTTGTCCGTGAT
CCACAAGGCATTAGAGCATGGGTGGCATGGAGAAATCGTTGTCAAAACAGAGATGTCCGT
CAGTATGTTCAAGGTTGTGGAGTGTAA

Это мы уже видели

604

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 476

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Мышиный лизоцим

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4YF2

http://www.uniprot.org/uniprot/Q9D9X8

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAS77887

>ENA|AAS77887|AAS77887.1 Mus musculus (house mouse) lysozyme-like protein 3
ATGGAAGCTAGGAGCCGGGCTCCCAGAAGACAGCTGTGCCCGCCTGGGATCACTTGGCTG
GCCCTGGCCTATCTGCTCAGCTGCCTGCTTGCCTCCAGCAAGGCCAAGGTCTTCAGTCGC
TGTGAGCTGGCCAAAGAGATGCATGACTTCGGTCTGGATGGCTACCGGGGTTATAACCTG
GCTGACTGGGTCTGCCTTGCTTACTACACAAGTGGCTTCAACACAAATGCTGTGGATCAT
GAAGCTGATGGAAGCACCAACAATGGCATCTTCCAGATCAGCAGCCGGAGGTGGTGCAGA
ACCCTCGCCTCGAATGGCCCCAATCTTTGCAGGATATACTGCACTGATTTGTTGAACAAT
GATCTCAAAGATTCTATCGTCTGTGCCATGAAGATAGTTCAAGAACCCCTGGGTCTGGGC
TATTGGGAAGCCTGGAGGCACCACTGCCAGGGCAGGGACCCCAGTGACTGGGTGGATGGC
TGTGACTTCTAG

https://img-fotki.yandex.ru/get/195195/158289418.3c3/0_1706a6_ca39689_orig.gif

605

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 479

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Кушелев: Ура! Пятый фрагмент замкнулся через дисульфидный мостик.

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3c3/0_1706ab_6d81ac31_XL.png
В мышином лизоциме обнаружился дисульфидный мостик между атомом серы Cys 13 и атомом серы Met 1. При этом угол 310-спирали делает структуру этого фрагмента лизоцима напряжённой, т.е. дополнительно прижимает группы атомов, как бы пытаясь вдавить атомные группы друг в друга.

https://img-fotki.yandex.ru/get/66316/158289418.3c3/0_1706ae_dd83ae8d_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/52127/158289418.3c3/0_1706af_5364b993_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/46400/158289418.3c3/0_1706b0_4ab32a77_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196141/158289418.3c3/0_1706b1_147ef30d_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/98619/158289418.3c3/0_1706b3_7dab967d_orig.gif
Пикотехнологическая модель фрагмента мышиного лизоцима (ядра+электронные поверхности)

https://img-fotki.yandex.ru/get/198488/158289418.3c3/0_1706b2_9079404f_orig.gif
Пикотехнологическая модель мышиного лизоцима. Пока неточная, но структуру в общих чертах уже видно.

606

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype, 2017-01-15:

[13:01:39] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь подправить программу от Prosolver?
[13:10:45] Va12220(valqwa): Это старая версия 2D: http://nanoworld.narod.ru/Pikotech2D_3.6.zip ?
[13:13:06] Кушелев Александр Юрьевич: Возьми новую. Она копирует в буфер обмена данными композиционный код.
[13:13:30] Кушелев Александр Юрьевич: Сможешь сделать, чтобы код был таким, как справа?

На первом этапе хотелось бы получить следующую версию композиционного кода. Новые варианты композиции показаны красным цветом в правом столбце:

https://img-fotki.yandex.ru/get/198998/158289418.3c1/0_17066a_325fac7_orig.png
[13:14:05] Va12220(valqwa): справа - это где красные цифры 5 и 6 ?
[13:14:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[13:15:08] Кушелев Александр Юрьевич: Цифра 6 связана только с одним кодом Met, т.е. ATG
[13:15:26] Кушелев Александр Юрьевич: А цифра 5 - одиночные коды "1" или "4"
[13:16:26] Кушелев Александр Юрьевич: Если в составе спиралей, то они "1" и "4", а если до витка спирали не дотягивает, то "5"
[13:19:06] Кушелев Александр Юрьевич: На примере лизоцима я обнаружил, что структура белка может быть напряжённой, т.е. по коду 4 атомные группы как бы вдавливаются в соседние. А если был бы код 1, то не вдавливались бы. Но в этом белке нужно получить напряжённое состояние, поэтому код 1 в процессе эволюции заменился на 4.
[13:19:42] Кушелев Александр Юрьевич: Так что без учёта физики некоторые белки мы не сможем правильно построить.
[13:20:01] Кушелев Александр Юрьевич: Только ненапряжённые.
[13:24:57] Va12220(valqwa): пробую разобраться
[13:26:16] Кушелев Александр Юрьевич: Чем быстрее сможем настроить программу, тем быстрее сможем заинтересовать заказчиков. Не настроенная программа отпугивает. Американский заказчик отвалился.
[13:27:14] Кушелев Александр Юрьевич: Там ещё менеджер схалтурил. Я ему говорил, чтобы он предупредил, что программа ещё не отлажена, есть ошибки. А он не передал американцам. И вторичную структуру вообще не показал...

607

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

http://www.myshared.ru/slide/643151/

Цитата: 15  МЕТИОНИН - незаменимая АМК. Необходима для синтеза белков, участвует в реакциях дезаминирования, является источником серы для синтеза цистеина. Метионил-тРНК участвует в инициации трансляции. Метильная группа метионина - мобильный одноуглеродный фрагмент, используемый для синтеза ряда соединений в реакциях переноса этой группы на соответствующий акцептор (реакция транс- метилирования) Метильная группа в молекуле метионина прочно связана с атомом S, поэтому непосредственным донором этого одноуглеродного фрагмента служит активная форма метионина - S-аденозилметионин (SAM)
16  S-аденозилметионин (SAM) - сульфониевая форма метионина, образующаяся при его присоединении к молекуле аденозина (продукта гидролиза АТФ) Реакция активации метионина Присутствует во всех типах клеток Структура (S + -CH 3 ) в SAM - нестабильная группировка, определяющая высокую активность метильной группы (отсюда термин «активный метионин»). Это уникальная реакция, единственная, в результате которой освобождаются все три фосфатных остатка АТФ. Отщепление метильной группы от SAM и перенос ее на соединение -акцептор катализируют метилтрансферазы в реакциях транс- метилирования. SAM в ходе реакции превращается в S-аденозилгомоцистеин (SAГ).
Конец цитаты.

Кушелев: Понятно. Связь Met-Cys косвенно подтверждается, т.к. Cys образуется из Met, а значит, что в мышином лизоциме тоже возможно превращение Met в Cys в процессе дозревания белка.

https://img-fotki.yandex.ru/get/196070/158289418.3c3/0_17074a_a85f2577_XL.gif

608

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 482

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

См. Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 458

В общей сложности построены модели 5 замкнутых через дисульфидные мостики участков.

1. Cys 95 - Cys 113 в человеческом лизоциме.
2. Cys 96 - Cys 117 в альтернативном человеческом лизоциме.
3. Cys 78 - Cys 82  в альтернативном человеческом лизоциме.
4.  Cys 94 - Cys 98  в лизоциме куриного яйца
5.  Met 1 - Cys 13  в мышином лизоциме

Вероятность случайного совпадения результата работы геометрического алгоритма с экспериментальными данными ничтожна. Для каждого участка отдельно она не превышает:

1. 4^-18
2. 4^-21
3. 4^-4
4. 4^-4
5. 4^-12

Вероятность угадать все 5 участков не превышает 4^-(18+21+4+4+12)=4^-59 Примерно такая же вероятность случайно нащупать иголку в стоге сена размером с Солнечную систему, не вынимая руки из кармана.

В процессе моделирования фрагментов лизоцима и др. обнаружилась необходимость учёта 6 вариантов композиции, т.е. настройки 6 вариантов композиционных углов.

1. Код альфа-спирали
2. Код бета-спирали
3. Код пи-спирали
4. Код 310-спирали
5. Одиночный код альфа или 310.
6. Код метионина в составе спирали.
Но это только геометрический алгоритм. В будущем нужно учесть физико-химические взаимодействия. Модификация белка после рибосомальной сборки - отдельная "песня".

609

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 84 488

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

https://img-fotki.yandex.ru/get/222565/158289418.3c3/0_170881_f56f1106_orig.png

Обнаружился 6-ой фрагмент, замкнутый через дисульфидный мостик. На этот раз это Met 1 - Cys 24 куриного яйца.

Рекордная длина фрагмента и рекордно малая вероятность случайного замыкания 4^-23 = 1.4*10^-14.

В этом фрагменте встречаются два одиночных кода 310-спирали ("5") и два кода 310-спирали в составе спиралей ("4"). Поэтому старая версия Пикотех даёт ошибку при любой настройке композиционных углов варианта "4". Минимальная ошибка получается в случае правильных углов в составе спирали. Этот вариант и помог обнаружить ещё один дисульфидный мостик куриного лизоцима.

https://img-fotki.yandex.ru/get/53993/158289418.3c3/0_170898_94d9b5cd_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/228174/158289418.3c3/0_170895_c5cd18ed_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/197741/158289418.3c3/0_170894_84ab3deb_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/41743/158289418.3c3/0_170896_ce33a59a_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/228174/158289418.3c3/0_170897_8a66f3b7_XL.png

В общей сложности построены модели 6 замкнутых через дисульфидные мостики участков.

1. Cys 95 - Cys 113 в человеческом лизоциме.
2. Cys 96 - Cys 117 в альтернативном человеческом лизоциме.
3. Cys 78 - Cys 82  в альтернативном человеческом лизоциме.
4.  Cys 94 - Cys 98  в лизоциме куриного яйца
5.  Met 1 - Cys 13  в мышином лизоциме
6.  Met 1 - Cys 24  в лизоциме куриного яйца

610

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Кушелев: Создаём новую версию Пикотехнологии 2D...

Skype, 2017-01-15:

[0:11:06] Кушелев Александр Юрьевич: На первом этапе хотелось бы получить следующую версию композиционного кода. Новые варианты композиции показаны красным цветом в правом столбце:

https://img-fotki.yandex.ru/get/198998/158289418.3c1/0_17066a_325fac7_orig.png
[11:45:58] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, я могу и вручную написать композиционный код 6, но программа сильно сэкономила бы время...
[12:46:46] Va12220(valqwa): не напишешь
[12:46:54] Va12220(valqwa): я вернулся. ты скучал ?
[13:01:39] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь подправить программу от Prosolver?
[13:10:45] Va12220(valqwa): Это старая версия 2D: http://nanoworld.narod.ru/Pikotech2D_3.6.zip ?
[13:13:06] Кушелев Александр Юрьевич: Возьми новую. Она копирует в буфер обмена данными композиционный код.
[13:13:30] Кушелев Александр Юрьевич: Сможешь сделать, чтобы код был таким, как справа?

https://img-fotki.yandex.ru/get/198998/158289418.3c1/0_17066a_325fac7_orig.png
[13:14:05] Va12220(valqwa): справа - это где красные цифры 5 и 6 ?
[13:14:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[13:15:08] Кушелев Александр Юрьевич: Цифра 6 связана только с одним кодом Met, т.е. ATG
[13:15:26] Кушелев Александр Юрьевич: А цифра 5 - одиночные коды "1" или "4"
[13:16:26] Кушелев Александр Юрьевич: Если в составе спиралей, то они "1" и "4", а если до витка спирали не дотягивает, то "5"
[13:19:06] Кушелев Александр Юрьевич: На примере лизоцима я обнаружил, что структура белка может быть напряжённой, т.е. по коду 4 атомные группы как бы вдавливаются в соседние. А если был бы код 1, то не вдавливались бы. Но в этом белке нужно получить напряжённое состояние, поэтому код 1 в процессе эволюции заменился на 4.
[13:19:42] Кушелев Александр Юрьевич: Так что без учёта физики некоторые белки мы не сможем правильно построить.
[13:20:01] Кушелев Александр Юрьевич: Только ненапряжённые.
[13:24:57] Va12220(valqwa): пробую разобраться
[13:26:16] Кушелев Александр Юрьевич: Чем быстрее сможем настроить программу, тем быстрее сможем заинтересовать заказчиков. Не настроенная программа отпугивает. Американский заказчик отвалился.
[13:27:14] Кушелев Александр Юрьевич: Там ещё менеджер схалтурил. Я ему говорил, чтобы он предупредил, что программа ещё не отлажена, есть ошибки. А он не передал американцам. И вторичную структуру вообще не показал...
[13:41:55] Va12220(valqwa): ну... ничего про него не скажу.
[13:41:58] Va12220(valqwa): жди немного
[13:55:11] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, если Met не в составе альфа- или 310-спирали, то его код 5.
[14:04:35] Va12220(valqwa): погоди. я запутался. пару шагов обратно:

(я с тобой) мы делали ранее 2 задачи
1 - преобразование .fast (.dne) в композиционный вид (код)
2 - а далее этот комппозитный код "крутили-вертели" и получали .PDB результат. (неплохой кстати), но только остановились на ... структуре.
а ты сейчас предлагаешь старую программу на паскале "исправить"
[15:17:39] Va12220(valqwa): мы работали с такой таблицей
[15:19:33] Va12220(valqwa): согласно этой табилце мы преобразовывали элементы FAST ('aca') в композитный код ('2')
[15:22:23] Va12220(valqwa): получив композитный код (мы это делали на примере кода коллагена), мы строили цепочку (точек, вершин) методом сдвигов и поворотов.
полученную цепочку записывали в файл PDB формата. и далее "смотрели " полученную молекулу в PDB-вьювере.
[17:18:35] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[17:21:43] Кушелев Александр Юрьевич: В 3D алгоритме было заложено "альфа-спираль", если коду "1" предшествуют 3 кода  "1" или "4" и "310-спираль", если коду "4" предшествуют 2 кода  "1" или "4". В противном случае это не код "1" или "4", а код "5"
[17:22:18] Кушелев Александр Юрьевич: В программе от Prosolver это нужно реализовать.
[17:22:45] Кушелев Александр Юрьевич: Т.е. чтобы номера кодов выводились в схему и в буфер обмена данными.
[18:21:30] Va12220(valqwa): понятно. не прочел то что я пишу. все о своем пишешь. того что ты пишешь - недостаточно. пропускаешь полезные моменты.

и так.  все преобразования что ты делаешь - они закодированы в первичном варианте таблицей (ту что я тебе скинул).
Таблица сопоставляет тройки (буквенного)кода определенным вариантам преоброзований. До нынешнего момента - это были варианты: 1 2 3 и 4

верно ?
[18:25:02] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[18:25:29] Кушелев Александр Юрьевич: Но нам мало таблицы
[18:25:41] Va12220(valqwa): стоп.
[18:26:40] Кушелев Александр Юрьевич: Нам нужно добавить алгоритм. "Если коду "1" предшествуют коды "1" или "4" (не менее 3), то это - код "1". Если менее, то это - код "5"
[18:27:16] Va12220(valqwa): и так - берем фаст код. и получаем (используя таблицу) - кодовую таблицу (вероятных) будущих преобразований.

НО - этого недостаточно.

прежде чем делать будущие преобразования - необходимо полученный кодовый набор обработать.

верно ? что бы учесть варианты спиралей и прочие тонкости структуры
[18:27:31] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[18:29:31] Va12220(valqwa): ну слава богу.

значит сл. этап  - взять кодовый (цифровой) набор и с ним пработать. сл. образом:
по очереди давай смотреть:

если встретилась цепочка "1 1 1 1" - то она должна быть преобразована в цепочку "1 1 1 6"
[18:29:34] Va12220(valqwa): верно ?
[18:30:45] Va12220(valqwa): у тебя так по картинке выходит
[18:30:48] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Должна остаться 1111, если там нет Met
[18:31:41] Кушелев Александр Юрьевич: Met в окружении "1" или "4" должен из "1" превратиться в "6"
[18:31:59] Va12220(valqwa): т.е. условие более сложное. надо анализировать так же и буквенную последовательность
[18:32:11] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Это только для Met
[18:34:03] Кушелев Александр Юрьевич: А коды:
212 -> 252
313 -> 353
2113 -> 1553
[18:34:41] Кушелев Александр Юрьевич: 21142 -> 24442
[18:35:11] Va12220(valqwa): 213 - 253 ?
[18:35:19] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[18:35:28] Кушелев Александр Юрьевич: 243 - 253
[18:35:33] Va12220(valqwa): и много таких комбинаций ?
[18:36:07] Кушелев Александр Юрьевич: Прилично
[18:36:12] Кушелев Александр Юрьевич: Под сотню
[18:36:22] Кушелев Александр Юрьевич: Теоретически можно и таблицей задать
[18:37:25] Кушелев Александр Юрьевич: Но можно и логически
[18:38:39] Кушелев Александр Юрьевич: Если встречается менее 3 подряд символов 1 или 4, то они заменяются на 5
[18:39:46] Va12220(valqwa): так или так но надо описать. включая примеры. что бы я мог логику встроить в программу и проверить потом.
[18:40:25] Va12220(valqwa): а преобразования кодам 5 и 6 ты знаешь какие надо применить ?
[18:40:26] Кушелев Александр Юрьевич: Если встречается менее 4 символов подряд 1 или 4 (последний "1"), то они заменяются на 4
[18:40:44] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Углы другие
[18:42:17] Кушелев Александр Юрьевич: Сначала нужно заменить 1 на 4, если 1 или 4 подряд меньше 4. А потом заменить 4 на 5, если подряд меньше 3
[18:42:36] Va12220(valqwa): вот смотри  - ты пишешь:
[18:40] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< Если встречается менее 4 символов подряд 1 или 4 (последний "1"), то они заменяются на 4
это обозначаем - 1 2 или 3 символа, последний 1  - я так понимаю - это все же 2 или 3 символа

пиши примеры
[18:44:16] Va12220(valqwa): и ещё вопрос.
в наборе 1-3-4-4-2-1-3 попалась цепочка из 3х символов - например  1-3-4  я её меняю на 1-3-5
далее я начинаю рассматривать сл варианты  из этой последовательности 3-4-4 - её я должен поменять на 3-4-5

НО при этом я уже ранее поменял среднюю 4 на 5
[18:46:12] Кушелев Александр Юрьевич: 111->555
411->555
141->555
441->555
114->444
144->444
414->444
444->444
[18:46:43] Кушелев Александр Юрьевич: 1114->1444
[18:47:21] Кушелев Александр Юрьевич: 1141->4441
[18:47:37] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что придётся таблицу составлять. Там не всё так просто
[18:48:01] Va12220(valqwa): ну вот слава богу - дошло до тебя. )
[18:49:36] Va12220(valqwa): пока ты будешь выводить правило замены - я закончу то что не доделал почти год тому. программу "савина-неделько"
[18:49:39] Кушелев Александр Юрьевич: Тут придётся повторять логику рибосомы.
[18:50:10] Кушелев Александр Юрьевич: Рибосома ставит аминокислоты по очереди.
[18:50:32] Va12220(valqwa): мне это не знакомо так как тебе. извини. не помогу
[18:50:33] Кушелев Александр Юрьевич: Если она ставит по варианту 2 или 3, то ничего менять не нужно
[18:51:25] Va12220(valqwa): у вас там есть где парковаться у дома ?
[18:51:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если она ставит по варианту 4, то нужно проверить предыдущие 2. Если все они 1 или 4, то вариант 4 остаётся. Если нет, то превращается в вариант 5.
[18:51:36] Кушелев Александр Юрьевич: Есть
[18:51:48] Va12220(valqwa): )) и дворники чистят дороги ?
[18:52:11] Кушелев Александр Юрьевич: Но если следующий вариант будет 1 или 4, то предыдущий вариант 5 нужно будет вернуть на место smile
[18:52:17] Кушелев Александр Юрьевич: Вроде чистят
[18:53:01] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, с логикой рибосомы придётся ещё разобраться...
[18:53:17] Va12220(valqwa): хооршо. описывай логику. и делай описание в примерах
т.е. так:
[18:53:23] Кушелев Александр Юрьевич: Понял
[18:53:48] Va12220(valqwa): "если она ставит по варанту 2 или 3, то не меять ничего" - например:  "несколько примеров" в коде
[18:54:08] Va12220(valqwa): и т.д.
[20:01:06] Кушелев Александр Юрьевич: Вроде разобрался.
[20:01:09] Кушелев Александр Юрьевич:
1. Если встречается код 2 или 3, ничего не менять.
2. Если встречается код 1 или 4, запомнить их и поменять на 5.
3. Если второй раз подряд встречается код 1 или 4, замомнить и поменять на 5.
4. Если третий раз подряд встречается код 1 или 4, то в случае 1 запомнить и поменять на 5, а в случае 4 поменять два предыдущих кода на коды "4"
5. Если четвёртый раз подряд встречается код 1 или 4, то если последний код 1, три предыдущих поменять на коды "1". Если последний 4, то ничего не менять.
6. Если больше, чем 4 раза подряд встречается код 1 или 4 или их комбинация, то ничего не менять.
После первого прохода идёт второй:
7. Если встречается код Met, то если он 5, то не менять. Если он 1, то поменять на 6.