131

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

Возвращаясь к напечатанному...

http://nanoworld88.narod.ru/data/297.htm

Кушелев: Уважаемая Виктория!
Вы можете сделать pdb-файл по этой нуклеотидной последовательности?
FT   CDS     1..45
     gctctgctgc tgctggcgtc ggcgctgctc gtgtcgctga cgcac
//
Это поможет нам выбрать из двух вариантов моделей более правильную. 310-спираль гонадотропина достаточно хорошо изучена...
Композиционный код:
3,4,4,4,4,4,4,4,4,1,4,4,4,4,1

http://nanoworld88.narod.ru/data/297_files/0_bc7a9_4e32d49_orig.gif

И вообще интересно посмотреть, как будет работать логика Вашего алгоритма в данном случае. Сможете ли Вы построить 310-спираль гонадотропина по Вашему алгоритму или его придётся модифицировать? В частности, можно ли получить эту 310-спираль без варианта 4 в таблице композиционного генетического кода?

Напомню, что этот вопрос был задан в 2012-ом году и до сих пор остаётся без ответа: http://nanoworld.org.ru/topic/295/page/6

132

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

Уважаемая Виктория!
Для работы программы "Молекулярный конструктор" чего-то не хватает...

https://img-fotki.yandex.ru/get/196121/158289418.3a6/0_16d8d0_35254b12_XL.png

133

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

Кушелев: Обнаружился ещё один дисульфидный мостик в молекуле лизоцима, который тоже не мог возникнуть случайно. Это означает, что вся структура лизоцима в банке PDB полностью перепутана.

https://img-fotki.yandex.ru/get/59977/158289418.3a6/0_16d8d8_ed991823_XL.jpg

134

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

http://4pda.ru/2016/12/20/331839/

135

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

Таблица композиционных углов из программы Евгения Неделько:

10
30
97
0
120
120
0
30
-60
10
30
80
10
30
90

Таблица композиционных углов из скрипта Дениса Савина:

-- Kushelev's tuning...
-- alpha-helix
        Point3    (-24.0000)    (-10.89167)    92.000    ,    -- 10 30 97
-- beta-helix
        Point3    180.00        (83.0000)    120.000    ,    -- 0 120 120
-- pi-helix
        Point3    60.000        (0.0000)    60.000    ,    -- 0  30 -60
-- 310-helix   
        Point3    (-45.0000)    (15.0000)    110.000    ,    -- 10 30  80
-- Single-alpha
        Point3    (-45.0000)    (15.0000)    110.000    )    -- 10 30  89

Script_Angles = #(
          Point3    0    20    20    ,    --    0    -5    -60
        Point3    0    20    145    ,    --    0    -5    141
        Point3    0    20    265    ,    --    0    -5     21
        Point3    0    20    30    ,    --    0    -5 -138
        Point3    0    20    25    )    --    0    -5     99


https://img-fotki.yandex.ru/get/99562/158289418.3a6/0_16d901_484e4e6_XL.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/195419/158289418.3a6/0_16d902_f39c1c6b_XL.jpg

Кушелев: В программе Евгения Неделько использовались три угла.
На карте Рамачандрана мы видим два (фи и пси)
В программе Дениса Савина мы снова видим 3 угла, но не таких, как у Евгения Неделько.
В пикотехнологической модели один угол.

С этим делом придётся досканально разобраться, т.к. замыкание фрагмента лизоцима получается только в программе Евгения Неделько. И это не может быть случайностью.

Кстати, в программе Дениса Савина замыкается другой фрагмент лизоцима Cys78-Cys82, что тоже правильно. Однако, не факт что этот фрагмент замкнётся в программе Евгения Неделько. Это нужно, кстати, проверить...

136

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

Фрагмент лизоцима Cys78-Cys-82, построенный программой Дениса Савина.

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/3Pi8/5t7hcReRH

https://img-fotki.yandex.ru/get/196997/158289418.3a6/0_16d97d_76c8b296_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3a6/0_16d97e_e9632a0b_XL.png
Расстояние между группами серы соответствует длине дисульфидного мостика.

https://img-fotki.yandex.ru/get/54905/158289418.3a6/0_16d982_a09ba5f3_orig.gif
Файл GIF, сформированный программой Prosolver.

https://img-fotki.yandex.ru/get/44951/158289418.3a6/0_16d97f_c637523e_orig.gif
Вторичная структура (фрагмент файла GIF из программы Prosolver)
Обратите внимание, что структура по таблице Виктории соколик отличается для одного и того же фрагмента лизоцима. С этим ещё предстоит разобраться...

https://img-fotki.yandex.ru/get/54522/158289418.3a6/0_16d983_d593bda5_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196141/158289418.3a6/0_16d985_d8d46205_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/104700/158289418.3a6/0_16d984_c968b66b_XL.png
Третичная структура (PDB-файл сформирован программой Евгения Неделько)

https://img-fotki.yandex.ru/get/109793/158289418.3a7/0_16d987_df2f385c_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195132/158289418.3a6/0_16d986_3dd32305_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196722/158289418.3a7/0_16d988_6b57ec61_XL.png
Третичная структура (PDB-файл сформирован программой Дениса Савина)

Таким образом, программа Евгения Неделько правильно замыкает цикл лизоцима Cys96-Cys117, но ошибается при замыкании цикла Cys78-Cys-82.

Программа Дениса Савина правильно замыкает цикл  Cys78-Cys-82, но ошибается при замыкании цикла Cys96-Cys117.

Отсюда следует, что обе программы содержат не одинаковую ошибку. Её надо найти и исправить. Тогда исправленная программа будет правильно строить всю структуру лизоцима.

Ошибка в программе Евгения Неделько, вероятно, связана с небольшим смещением атомов, что не сильно искажает модель структуры белка.

Ошибка в программе Дениса Савина, вероятно, неправильно откладывает углы. И это уже радикально ухудшает результаты.

137

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

Skype, 2016-12-20:

[18:34:51] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! Я сегодня обнаружил ошибку в программе Пикотех, которая портит модель белка. Так что придётся сообщить об этом заказчику. Пока мы не найдём и не исправим эту ошибку, модели белков будут строиться с ошибками, а это не есть хорошо. Корреляцию мы определяли по вторичной структуре, поэтому тут ошибок нет. А третичная структура, т.к. координаты атомов в программе Пикотех (и у Виктории Соколик тоже) не соответствуют вторичной структуре из-за этой ошибки.
[18:36:07] Andrei: А как же тогда совпало все
[18:37:01] Кушелев Александр Юрьевич: Структура лизоцима была получена с помощью программы Евгения Неделько, где есть несущественные ошибки ближнего порядка. Они не влияют на замыкание того же лизоцима
[18:37:41] Кушелев Александр Юрьевич: А в новой версии от Дениса Савина вкралась какая-то ошибка, которая размыкает цикл лизоцима, причём конкретно, т.е. больше, чем на 10 А
[18:37:57] Andrei: Причем тут он?
[18:38:18] Andrei: Вы чужой программой пользуетесь?
[18:38:41] Кушелев Александр Юрьевич: Лизоцим является тестом для алгоритма Пикотех
[18:38:52] Кушелев Александр Юрьевич: Оба программиста делали программы по моему заказу
[18:39:24] Кушелев Александр Юрьевич: Просто вторая программа (Дениса Савина) имеет больше возможностей, но туда вкралась ошибка
[18:40:00] Кушелев Александр Юрьевич: А с помощью старой программы получить PDB-файлы сложнее, т.к. она их делает не в масштабе и ещё зеркально
[18:40:06] Andrei: Думаю, пока их дергать не буду
[18:40:23] Кушелев Александр Юрьевич: Нужна дополнительная обработка PDB-файлов
[18:40:25] Andrei: Пусть пока это посмотрят а потом новую версию пришлем
[18:41:05] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть смотрят, но координаты атомов рассчитаны с принципиальной ошибкой.
[18:41:43] Кушелев Александр Юрьевич: Она может вообще не сказаться в каких-то участках, а в случае лизоцима сказывается очень существенно.
[18:42:32] Кушелев Александр Юрьевич: Это ошибка определения углов. Вероятно, относится к одному из вариантов композиции, например, к варианту N2
[18:42:57] Andrei: Ну ищите пока ошибку
[18:43:24] Кушелев Александр Юрьевич: Мы уже одну подобную ошибку находили. Она оказалась связана с левой тройкой координат в программе 3DS.
[18:43:54] Кушелев Александр Юрьевич: Из-за этой левой троки там нужно было писать знак "-" вместо "+"
[18:44:13] Кушелев Александр Юрьевич: Возможно, что в какой-то формуле осталась подобная ошибка

138

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

Кушелев: Я сделал тест для сравнения работы программ Дениса Савина и Евгения Неделько:

ggcggcggcggtggtggtggaggaggaggcggcggcggtggtggtggaggaggaggcggcggc

Композиционный код 111333222111333222111

https://img-fotki.yandex.ru/get/196070/158289418.3a7/0_16d995_433d02d8_XL.png
По этому коду программа Дениса Савина строит антипараллельные цепи белка

https://img-fotki.yandex.ru/get/195195/158289418.3a7/0_16d994_5c86420d_XL.png
А программа Евгения Неделько строит цепи, которые не антипараллельны...

Любопытно, что при наличии ошибки все спирали (альфа-, бета-, пи-, 310-) строятся одинаково обеими программами...

139

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

Второй тест показал, в чём проблема алгоритма Дениса Савина...

https://img-fotki.yandex.ru/get/196102/158289418.3a7/0_16da07_a5376ec0_XL.png
Модель двух участков альфа-спирали, разделенных одиночным кодом пи-спирали

https://img-fotki.yandex.ru/get/172684/158289418.3a7/0_16da08_9b1b2788_XL.png
То же показано программой Hyperchem по файлу PDB

https://img-fotki.yandex.ru/get/148218/158289418.3a7/0_16da06_9c7f843_XL.png
Совсем другой угол между альфа-спиралями получается в программе Евгения Неделько.

Вероятно, дело в начале отсчёта углов.

У Дениса Савина альфа-спираль гнётся на одной фазе витка, а у Евгения Неделько на другой. Теперь нужно понять, как "гнуть на той же фазе" в программе Дениса Савина?

140

Re: Формы, механизмы, энергия наномира - 83

http://s1.bild.me/bilder/240416/2306920n1.png