391

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 918

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 855

Skype, 2017-12-25:

[24.12.2017 21:12:51] Кушелев Александр Юрьевич: Здравствуйте, уважаемая Виктория!
[24.12.2017 21:13:35] Кушелев Александр Юрьевич: Как Вы относитесь к идее сделать доклад, написать статью, опубликовать каталог на тему: "Определены структуры всех белков человека" ?
[24.12.2017 21:13:59] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/topic/1887/
[24.12.2017 21:15:05] Кушелев Александр Юрьевич: В качестве приложения можно дать ссылку на все структуры, определенные по разным таблицам композиционного генетического кода.
[24.12.2017 21:16:14] Кушелев Александр Юрьевич: При этом часть белков по таблице Виктории Соколик и Александра Кушелева полностью совпадут. Их можно не дублировать.
[24.12.2017 21:17:28] Кушелев Александр Юрьевич: Можно предложить всем желающим составить собственную таблицу композиционного кода и сравнить результаты определения структур по разным таблицам.
[24.12.2017 21:17:49] Кушелев Александр Юрьевич: Мне, например, без разницы, какая таблица окажется более правильной.
[0:43:17] Виктория Соколик: Добрый вечер, Александр Юрьевич. Из Вашего обращения я не поняла, что Вам надо: доклад, статью или каталог структур? Это разные и по назначению и по объёму вещи. И ещё вопрос: где Вы намерены размещать эту информацию? Под каждый ресурс делается специальный проект, Вы ведь должны это понимать.
[0:44:28] Виктория Соколик: И ещё: прежде чем браться писать о "структуре"! уточняйте вторичной "всех белков" надо ещё внимательно на неё посмотреть.
[0:49:15] Виктория Соколик: Не в обиду будет сказано, но Ваши аппетиты и методы решения ГЛОБАЛЬНЫХ задач напоминают мне проповеди проповедников, которые учат любить весь мир, не умея полюбить даже одного человека. Это я к тому, что важнее определить 3D-структуру десятка, но очень нужных и перспективных белков, чем 2D-структуру всех подряд.
[0:51:20] Виктория Соколик: ***** и посмотрим на Ваши ВСЕ БЕЛКИ. smile

[3:07:09] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю! Что и где размещать - это Вам решать. Вы же разместили книгу "Пикотехнология белков". Я считаю, что это самое правильное Ваше решение. А это значит, что Вы сможете решить, что лучше сделать: Доклад на конференции, статью в научный журнал или небольшую книгу-каталог, например, в то же издательство, что и книга "Пикотехнология белков".
Безусловно надо написать "вторичной и выборочно третичной и даже четвертичной". Можно показать пространственные модели ключевых белков. Таких как фундаментальные альфа-310-бета-пи-спирали, программные спирали типа коллагена и наиболее интересные структуры из генома человека. Как выяснилось, каждая хромосома кодирует до 10 белков, представленных преимущественно программными спиралями. Музыка их сборки напоминает народные мелодии: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/page/78/
Дублирую по скайпу одну из таких структур:

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4b9/0_18a0fd_f166188_orig.png

[3:10:09] Кушелев Александр Юрьевич: Очень зрелищными будут 6 циклов разных лизоцимов, которые замкнулись через дисульфидные мостики. Есть и ряд других белков, которые имеет смысл показать читателям/слушателям. Короче, давайте обсудим и сделаем, как проще и лучше. Лучше Вас вряд ли кто-то это сможет.

[25.12.2017 20:44:13] *** Пропущенные звонки от Виктория Соколик ***
[25.12.2017 21:57:55] Кушелев Александр Юрьевич: Добрый вечер, Виктория! Вы звонили?
[25.12.2017 21:58:56] Виктория Соколик: Да, Вы хотите побеседовать?
[25.12.2017 21:59:16] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте через 30 секунд
[25.12.2017 22:00:04] Кушелев Александр Юрьевич: Вы звоните или я?
[25.12.2017 22:01:16] *** Звоним Виктория Соколик ***
[25.12.2017 23:58:54] *** Звонок завершен. Продолжительность: 1:57:39 ***
[26.12.2017 10:46:57] Кушелев Александр Юрьевич: Уважаемая Виктория! Разрешите разместить нашу вчерашнюю дискуссию на форуме с иллюстрациями и аудиозаписью. Я думаю, что участникам и читателям форума лаборатории Наномир будет интересно узнать, что углы пи-спирали и 310-спирали в наших с Вами моделях совпадают уже на уровне геометрического алгоритма. Что касается различия кодирования альфа- и 310-спирали, то это уже мелкие нюансы, т.к. угол альфа-спирали 97...100 градусов отличается от угла 310-спирали 119...121 градус всего градусов на 20. Примечательно и то, что бета-спираль в Вашей модели тоже является спиралью, а не плоским "тяжем", как считалось в старых учебниках молекулярной биологии. Теперь все желающие могут изучать молекулярную биология в т.ч. по новому учебнику "Пикотехнология белков", тем более, что уважаемый рецензент однозначно написал: "более чем полный массивный объем информации, увлекательная и яркая форма ее изложения и оформления делает монографию применимой также и в качестве учебника для студентов естественнонаучных специальностей, особенно таких, как биохимия, биофизика и биотехнология."
***
Полностью рецензии к книге "Пикотехнология белков" можно прочесть здесь: http://nanoworld.org.ru/topic/1150/

Иллюстрации, созданные в процессе дискуссии Соколик-Кушелев:

https://img-fotki.yandex.ru/get/17859/158289418.4b9/0_18a24c_59b08874_XL.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/4102/158289418.4b9/0_18a24d_d70cc4c_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/4102/158289418.4b9/0_18a24e_a6ecf0e1_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/28001/158289418.4b9/0_18a24f_d2627c15_XL.png
Оси вращения для текущего и предыдущего аминокислотных остатков показаны белыми линиями слева и справа соответственно.

https://img-fotki.yandex.ru/get/4102/158289418.4b9/0_18a250_3c0b8fa9_XL.png

Кушелев: Ось вращения аминокислот в модели Кушелева показана белым цветом (слева).
Ось вращения аминокислот в модели Соколик показана желтым цветом.
Ось вращения следующего аминокислотного остатка показана белым цветом (справа) и одинакова в моделях Соколик и Кушелева.

Кушелев: Обратите внимание на цвет колец. Цветом обозначены магнитные полюса электронов, обращенные от ядра атома наружу. В модели Кушелева следующий аминокислотный остаток присоединен таким образом, что чередование магнитных полюсов одинаково для всех аминокислотных остатков, т.е. белок собирается из одинаковых магнитных изомеров.

В модели Соколик четные аминокислотные остатки являются противоположными магнитными изомерами по отношению к нечетным. В них электронная "шкура" молекулы как бы вывернута наизнанку.

Если это не учитывать, то будет нарушен принцип чередования магнитных полюсов электронов, что соответствует правилу Хюккеля для сопряженных химических соединений. Конечно, любой электрон в 8-электронной оболочке можно перевернуть. При этом энергия связи из-за магнитного отталкивания одноименных полюсов изменится на доли процента, но этого достаточно, чтобы магнитный изомер был нестабильным. Поэтому все аминокислоты являются не только L-изомерами, но и одинаковыми магнитными изомерами. Это особенно важно для работы рибосомы, которая держит аминокислоты пятью вандерваальсовыми "присосками", которые одновременно являются и водородными связями. Эти магнитно-водородные "присоски" не будут удерживать магнитный изомер аминокислоты с той же силой, если магнитное притяжение в них сменить на магнитное отталкивание. Однако, Виктория Соколик отвергает факт вращения тРНК, модель которого вы видите ниже:

http://nanoworld88.narod.ru/data/247_files/0_51263_ece58a32_orig.gif

Она считает, что аминокислота удерживается ACC-концом тРНК так, как об этом написано в современных учебниках. Кстати, давайте прочитаем ...

https://img-fotki.yandex.ru/get/3800/158289418.4b9/0_18a252_51911a8c_XL.jpg

В современных учебниках написано и нарисовано, что аминокислота удерживается ССА-концом тРНК через единственную ковалентную или водородную связь. При этом ни о каких разных углах речи не идёт. В старых учебниках считается, что все аминокислоты присоединяются к предыдущим под одним углом, образуя линейную цепочку, которая после выхода из канала рибосомы сама чудесным образом решает, в какую вторичную структуру ей свернуться, в альфа-спираль, в 310-спираль, в пи-спираль или в бета-тяж. Ну или вообще не сворачиваться.

Модель механизма трансляции я опубликовал в рассылке "Новости лаборатории Наномир": http://nanoworld88.narod.ru/data/272.htm

http://nanoworld88.narod.ru/data/240_files/0_4f985_f662331c_orig.gif
Механизм декодирования угла поворота аминокислоты.

http://nanoworld88.narod.ru/data/227_files/0_4829f_ebf358c0_XL.png
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

В дискуссии Соколик-Кушелев мы обсудили и модель метионина Met:

http://nanoworld88.narod.ru/data/279_files/0_b3369_fa7106c0_M.gif

392

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 933

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Skype:

[23.12.2017 21:29:42] Va12220(Valqwa): выслал последние с 1 по 7
[23.12.2017 21:29:52] Va12220(Valqwa): остальные уже у тебя
[23.12.2017 21:31:15] Кушелев Александр Юрьевич: А ты сможешь на своих компьютерах структуры считать? У меня два компа круглосуточно считают, но за все время только 13 самых маленьких хромосом посчиталось.
[23.12.2017 21:32:06] Va12220(Valqwa): могу. yjm.? когда спать ухожу
[23.12.2017 21:32:11] Va12220(Valqwa): ночью
[23.12.2017 21:32:29] Va12220(Valqwa): только сначала код 7
[23.12.2017 21:32:34] Va12220(Valqwa): надо сделать
[23.12.2017 21:34:35] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[24.12.2017 10:46:00] Кушелев Александр Юрьевич: При обработке фасты 8-ой хромосомы идут ошибки и остановка программы на некоторых фастах:
[24.12.2017 10:51:32] Кушелев Александр Юрьевич: Если не перезапустить матлаб, то считается ещё одна структура и снова выдается ошибка. Если же перезапустить матлаб, то могут посчитаться сотни структур.
[24.12.2017 15:48:28] Кушелев Александр Юрьевич: На одном из этих файлов выдается ошибка
[24.12.2017 15:52:01] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас проверю, зависит ли это от перезагрузки матлаба
[24.12.2017 15:54:36] Кушелев Александр Юрьевич: Не, не зависит. После перезагрузки матлаба всё равно выдается ошибка на этом файле 3697
[24.12.2017 16:06:45] Кушелев Александр Юрьевич: Судя по задержке после создания компактной картинки, ошибка появляется во время расчета развернутой картинки, если она длинная, т.е. соответствует почти трём частям компактной картинки. Но на другом компе у меня и больше были размеры. Надо будет эту фасту на другом компе запустить.
[24.12.2017 16:07:08] Va12220(Valqwa): проверю
[24.12.2017 16:36:52] Кушелев Александр Юрьевич: Да, 14-килобайтные фасты мой комп, который подключен к инету, не тянет. А тот, что не подключен, тот тянет.
[24.12.2017 16:37:43] Кушелев Александр Юрьевич: Так что надо бы развёрнутые картинки разбить на куски по 5 мегабайт, а компактные можно пока оставить как есть.
[24.12.2017 17:16:34] Va12220(Valqwa): 7й код делается из 6го ?
[24.12.2017 17:23:36] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[24.12.2017 19:16:04] Va12220(Valqwa): 3696 и 3697 у меня без ошибки посчитались
[24.12.2017 20:48:58] Кушелев Александр Юрьевич: На том компе, который не подключен к инету у меня тоже ни без ошибок посчитались.
[24.12.2017 20:49:18] Кушелев Александр Юрьевич: Продвигается код-7?
[24.12.2017 22:47:14] Va12220(Valqwa): ты мне пришли пару тройку фаст где такой код работает. для тестирования. сможешь ?
[24.12.2017 23:01:32] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно
[24.12.2017 23:03:25] Кушелев Александр Юрьевич: Вот первая: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM … port=fasta
[24.12.2017 23:05:48] Кушелев Александр Юрьевич: Вот вторая:
>test
atggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtg
gtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtgggtggt
ggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggggtggtggtggtg
gtggtggtggttggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggt
ggtggtgggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtgg
tggtggtggtggtggtggtggtggtggtgggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtg
gtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtg
gtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtgtggtggtggtggtggtgg
tggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtgg
tggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtgg
tggtggtggtggtggtggtggtgtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggt
ggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggtggt
ggtggtggtggtggtggtggtggtggtctgtttgagaatatcatggaactgtaa
[24.12.2017 23:06:16] Va12220(Valqwa): и что на что надо менять напомни
[24.12.2017 23:06:34] Кушелев Александр Юрьевич: Вот третья:
[24.12.2017 23:06:36] Кушелев Александр Юрьевич: >OLQ03923
atgctgaagaagagcacgctcgtggtgatcgtgagtgagaaggtggtggtgatgctgatg
ctgatgctgatgctgatgctgatgctgacgcggatgcggatgcggatgctggtgattgtg
atggtgatggtgatggatggtgatgatgctgtcgacgctgatgctcaagcttatgctgat
gctgctgctcctgtgctgctgttgatcctgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatg
atgatgatgaagatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgaagatgatgatgaag
atgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgacatgcaagatgcggatgctggtgata
gtgatagtgatggtcatggtgatggtgatgtcggcgctgacgctcacgctaatgcttatg
ctgttgctgctgctcctggtgctgctgctgatgatgatgacgatgatgatgatgatgatg
atgatgatgatgatgatgatgactgatgctgatgctgatgctgatgctgacactgacacg
gatgcggatgctggtgatggtgatggtgatggtgatggtgatggtgacggtgatttcgac
gctgacgatcgtgctaatgcttatcttatgttgttgctgctgctcgtggtgctgctgctg
ttgatcatgatggtgatgatgatgatgatgatgacgacgactctgatgcaaatacggatg
cggatgcggatgctggtgatggtgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcccgctgccgctgccgct
gccgctgccgctgccgctgccgctgccgctgctgctgctgctgctgttgctgctgttgtt
gctgctgctgctcctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgacgat
gacgataacgacaacggtggtggtggtgatgatgatgatgctgatgatgtgatgctgatg
ctgatgctgatgctgatgctggtgctggcgctggtgctgatggtgatgatggtgatgatg
atgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgtggatgatgatgctgatg
atgatgaggagcccggatggttctagcatcccatcgaatgctgccgatcgcgagggttcg
gatcccgatctcatcctcattgtccgtggcgaagacactgaggacctcggggccctggca
ctccgagattccgcgtccgaggtctcatgtctcaattttctgttgcttacttcccggccc
atgctccaagcagaagcgacgcaaagaaaagcagacaagcaagaggagggtgccgcggaa
ggacgcggcagcggaggcatacgggtggagcaggaggggctctag
[24.12.2017 23:10:56] Кушелев Александр Юрьевич: Если подряд идут 5 или более кодов "3", то они должны в компактной картинке остаться синими, а в развернутой стать синими "кирпичами". А если 5 раз подряд не набирается, то тогд это будет не код "3", а код "7", и в компактной картинке будет светло-голубым 0,255,255 а в развернутой картинке вот таким:
[24.12.2017 23:13:05] Va12220(Valqwa): т.е. если коды такие:
33333 333333 3333333 3333333 и т.д. то я оставляю все как есть
а если 3 33 333 или 3333 и не более то я меняю их кубик на кубик цвета (0 255 255)
[24.12.2017 23:13:58] Кушелев Александр Юрьевич: Да. В компактной картинке. А в развёрнутой 33333 - синие кирпичи
[24.12.2017 23:15:31] Кушелев Александр Юрьевич: Как в первом столбце на этой картинке:

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4a9/0_186fc0_a6332fad_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/ … d_orig.png

[24.12.2017 23:15:55] Кушелев Александр Юрьевич: У синих кирпичей код "3"
[24.12.2017 23:16:15] Кушелев Александр Юрьевич: А одиночный пи-код "7"
[24.12.2017 23:16:44] Кушелев Александр Юрьевич: Это - код "7"
[24.12.2017 23:16:52] Кушелев Александр Юрьевич: В компактной картинке он светло-голубой
[24.12.2017 23:20:41] Va12220(Valqwa): ты вот придумал слова компактная сжатая развернутяя - и дрочишь и себя и меня всюду постоянно и там где надо и не надо

ты назови мне нормально (как я папки обозначаю) - что в чем и как в каком столбце и т.д
я не делаю таких картинок

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4a9/0_186fc0_a6332fad_M.png

[24.12.2017 23:31:02] Кушелев Александр Юрьевич: Это - компактная картинка
[24.12.2017 23:31:14] Кушелев Александр Юрьевич: Это - развёрнутая
[24.12.2017 23:31:27] Va12220(Valqwa): так
[24.12.2017 23:32:34] Кушелев Александр Юрьевич: А папки ты так круто обозвал, что я их отличаю только по очередности расположения. Та, что верхняя, там развернутые картинки. А та, что предпоследняя, там компактные smile
[24.12.2017 23:33:04] Va12220(Valqwa): у папок нет понятия верхняя и нижняя
[24.12.2017 23:33:10] Va12220(Valqwa): в принципе нет
[24.12.2017 23:33:17] Кушелев Александр Юрьевич: Code4and6Pict - это вверух
[24.12.2017 23:33:44] Кушелев Александр Юрьевич: А компактные картинки: Html6CodePict у меня на предпоследнем месте
[24.12.2017 23:33:52] Va12220(Valqwa): это картинка с кодом 4 и кодом 6
[24.12.2017 23:34:26] Кушелев Александр Юрьевич: Я её называю одним словом. "Развернуто"
[24.12.2017 23:34:40] Va12220(Valqwa): а это картинка на базе твоего запроса по построению ХТМЛ из кода 6
[24.12.2017 23:34:50] Кушелев Александр Юрьевич: А это я называю "компактная"
[24.12.2017 23:36:31] Кушелев Александр Юрьевич: Нужна будет ещё свехкомпактная (пиксельная), где отдельные пиксели заменяют символы на цветном фоне.
[24.12.2017 23:38:33] Va12220(Valqwa): а то что ты мне показываешь - у меня нет такого
[24.12.2017 23:46:49] Кушелев Александр Юрьевич: Папки с картинками есть? И то славно smile
[24.12.2017 23:47:09] Va12220(Valqwa): эта картинка к чему ?

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4a9/0_186fc0_a6332fad_M.png

[24.12.2017 23:47:41] Кушелев Александр Юрьевич: Есть картинки крупные с кодами 4 и 6, а есть мелкие. А я тебе показал монтаж, чтобы ты понял, как выглядят синие кирпичи (слева)
[24.12.2017 23:48:00] Кушелев Александр Юрьевич: Могу показать отдельно, если надо
[24.12.2017 23:50:34] Кушелев Александр Юрьевич: Вот эта длинная синяя должна превратиться в синие кирпичи:

https://img-fotki.yandex.ru/get/368754/158289418.4a5/0_18691f_bdb41184_XL.png

[24.12.2017 23:51:47] Va12220(Valqwa): а мы монтажники высотники
[24.12.2017 23:52:08] Кушелев Александр Юрьевич: Вот ещё классный тест будет:
[24.12.2017 23:52:18] Кушелев Александр Юрьевич: >OLQ0500 FRAFMENT
atgtgtgcaatttcgccgagtgcacaggctgatgcagctgatgctgacgttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg
tgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgac
tcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagaccca
gctgatgctcatgttaaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgg
gttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgtt
aaggttgcgggcgagctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgc
aatgtctttgatgtgtgggcagcagacccagctgatgctcatgttaaggttgcgggcgag
ctgcctattgctgactcagccgatgctcgggttgaatgtgagtgcaatgtctttgatgtg..
[24.12.2017 23:52:37] Va12220(Valqwa): хорошо
[24.12.2017 23:53:00] Кушелев Александр Юрьевич: Это компактная картинка фрагмента:

https://img-fotki.yandex.ru/get/368754/158289418.4a4/0_18639b_1f4a4304_XL.png

[24.12.2017 23:53:26] Кушелев Александр Юрьевич: А это - развернутая:

https://img-fotki.yandex.ru/get/896238/158289418.4a4/0_18639c_a930e06b_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/896238/ … b_orig.png

[24.12.2017 23:53:58] Кушелев Александр Юрьевич: Там, где 5 подряд синих должны превратиться в синие "кирпичи"
[24.12.2017 23:54:19] Va12220(Valqwa): а зачем ты мне прислал эту картинку
[24 декабря 2017 г. 23:16] Кушелев Александр Юрьевич:
[24.12.2017 23:55:25] Va12220(Valqwa): обычная синяя
[24.12.2017 23:55:32] Кушелев Александр Юрьевич: Эти символы должны заменяться на синие "кирпичи", если их будет 5 или больше
[24.12.2017 23:56:10] Кушелев Александр Юрьевич: Ты же просил фасту для теста? Вот я тебе и прислал фасту.
[24.12.2017 23:56:27] Va12220(Valqwa): в каком столбце ? "те символы должны заменяться на синие "кирпиче", если их будет 5 или больше"
[24.12.2017 23:57:13] Кушелев Александр Юрьевич: Там, где сейчас картинка по коду "6". Она должна превратиться в картинку по коду "7"
[24.12.2017 23:57:32] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и сам код "6" тоже в код "7"
[24.12.2017 23:57:55] Кушелев Александр Юрьевич: Тебе сфотошопить, что должно получиться?
[24.12.2017 23:58:40] Va12220(Valqwa): нет.
ты мне сделай что я попросил
возьми посленюю картинку
и скажи
в каком столбце я должен менять синие ступеньки на синий кубик
[25.12.2017 0:02:07] Va12220(Valqwa): т.е. в каком стобце?
[25.12.2017 0:02:22] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и циферки там нужно подправить. Ты синие кирпичи видишь? Какой это столбец?
[25.12.2017 0:02:30] Va12220(Valqwa): 8й
[25.12.2017 0:02:31] Кушелев Александр Юрьевич: Вот в нём и должны быть синие кирпичи
[25.12.2017 0:02:34] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и славно
[25.12.2017 0:03:11] Кушелев Александр Юрьевич: А в седьмом должны быть коды "3" там, где в 8-ом "кирпичи"
[25.12.2017 0:03:22] Va12220(Valqwa): не понял
[25.12.2017 0:03:27] Кушелев Александр Юрьевич: А где одиночные, там код "7"
[25.12.2017 0:03:36] Va12220(Valqwa): что такое одиночные?
[25.12.2017 0:05:48] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно, где должна стоять цифра 7 ?
[25.12.2017 0:06:04] Va12220(Valqwa): ты словами скажи.  я не вижу твоими глазами
а словами я могу тебя проверить и спросить если не понимаю
[25.12.2017 0:06:05] Кушелев Александр Юрьевич: Это я называю одиночным пи-кодом
[25.12.2017 0:06:16] Va12220(Valqwa): в каком столбце менять на кубики
[25.12.2017 0:06:17] Кушелев Александр Юрьевич: Ты картинку видишь?
[25.12.2017 0:06:32] Va12220(Valqwa): 10 стлбцов
[25.12.2017 0:06:43] Кушелев Александр Юрьевич: "Синие кирпичи" в 8-ом столбце видишь? Так и должно быть.
[25.12.2017 0:07:18] Кушелев Александр Юрьевич: Цифру 7 в 7-ом столбце видишь? Там и должна быть.
[25.12.2017 0:08:50] Va12220(Valqwa): и все.
[25.12.2017 0:09:17] Кушелев Александр Юрьевич: Надо было сразу монтаж делать. smile
[25.12.2017 0:09:38] Va12220(Valqwa): не надо. монтаж только мешает пониманию
[25.12.2017 0:10:27] Кушелев Александр Юрьевич: Зато ты там сам можешь и 7-ой столбец отсчитать, и 8-ой smile
[25.12.2017 0:11:21] Кушелев Александр Юрьевич: Спокойной ночи!
[25.12.2017 14:31:32] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! Как код-"7" ?
[25.12.2017 14:32:05] Кушелев Александр Юрьевич: У меня на двух компах уже определились структуры белков, закодированных 17-ю хромосомами.
[25.12.2017 14:32:28] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/topic/1887/
[25.12.2017 14:33:01] Кушелев Александр Юрьевич: Осталось 7 самых крупных хромосом перелопатить...
[26.12.2017 11:49:11] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! Как дела с кодом-7 ?
[26.12.2017 11:50:14] Кушелев Александр Юрьевич: Хромосому N1 (11 047 белков) я уже обработал.
[26.12.2017 11:50:42] Кушелев Александр Юрьевич: Крупные белки я обрабатываю на том компе, который не подключен к инету.
[26.12.2017 11:51:46] Кушелев Александр Юрьевич: Жду с нетерпением код-7. Хочется хотя бы одну хромосому обработать новой версией Пикотех
[26.12.2017 11:54:23] Кушелев Александр Юрьевич: Хромосома N2 обработана на 75%
[26.12.2017 11:54:41] Кушелев Александр Юрьевич: Так что осталось обработать хромосомы 3,4,6
[26.12.2017 11:58:48] Кушелев Александр Юрьевич: Запустил обработку хромосомы N6. Так что если будешь запускать обработку фасты, то это актуально только для хромосом N3 и N4. Остальные уже либо обработаны, либо в процессе обработки.
[26.12.2017 13:10:09] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! При обработке хромосомы N1 возникла странная ошибка. После фасты под номером 1033 программа стала обрабатывать фасту под номером 10 000. А всё, что между ними не хочет. Так что, вероятно, тебе придётся обработать остальные фасты хромосомы N1 smile
[26.12.2017 13:48:23] Кушелев Александр Юрьевич: Ещё один странный глюк. Белки, где компактная картинка разбита на 2 части вызывают ошибку на компе, который подключен к инету, а более крупные белки, где компактная картинка разбивается на 3 части, не вызывают ошибки. При этом на другом компе всё считается без проблем.
[26.12.2017 13:49:35] Кушелев Александр Юрьевич: На картинке видно три части компактной картинки, которые не вызвали ошибку.
[26.12.2017 17:58:26] Va12220(Valqwa): буду через пару часов дома. займусь 7м кодом
[26.12.2017 18:33:22] Кушелев Александр Юрьевич: ок
[2:15:47] Кушелев Александр Юрьевич: Номер компактной картинки 0018.
[2:25:07] Кушелев Александр Юрьевич: Имя файла: 0018_NP_597731.2P_01
[2:27:26] Кушелев Александр Юрьевич: А на картинке кажется, что это другой номер. Типа 97731, т.к. N ушло в индекс и 5 тоже. В следующей версии нужно это исправить.
[2:30:49] Кушелев Александр Юрьевич: Какая-то ошибка лезет. И браузер иногда сообщает, что ему не хватает ОЗУ
[3:09:31] Va12220(Valqwa): так и есть - не хватае озу

https://img-fotki.yandex.ru/get/478662/158289418.4ba/0_18a304_d9c2a88_orig.jpg

[3:10:02] Va12220(Valqwa): 3 трезубца Нептуна, каждый на свою дину волны ? или три одинаковых
[11:39:04] Кушелев Александр Юрьевич: Это трехфазный прототип трезубца. В армии уже почти такие используются, но пока слабенькие...
[11:39:51] Кушелев Александр Юрьевич: Теперь быстро доэволюционирует до настоящих трезубцев smile
[11:40:28] Кушелев Александр Юрьевич: Если включить рубиновый генератор, естественно smile
[11:41:44] Кушелев Александр Юрьевич: Я считаю последние хромосомы. Что-то медленно у тебя код-7 продвигается. Там вроде не так уж сложно. Такое же действие, как с красным кирпичом. А уже больше недели прошло...

393

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.facebook.com/aaidconference … 42/?type=3

https://img-fotki.yandex.ru/get/742275/158289418.4bb/0_18a3f6_cb912bbd_orig.png

Александр Кушелев: Определены структуры всех белков человека! Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1887/

394

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Human Genome Protein Structure: https://subscribe.ru/archive/science.ne … 1148.html/

Part 1: https://cloud.mail.ru/public/BJeH/PdR6tFSsR

Part 2: https://cloud.mail.ru/public/Jxkq/Yt3GQAcC8

***

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 93 950

Human Genome Protein Structure

За всю историю развития науки и техники определено около 100 000 белковых структур (половина неправильно). На это истрачено более миллиарда USD.

https://img-fotki.yandex.ru/get/107080/158289418.3c1/0_1705b1_dc9f55fd_M.gif https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3b3/0_16f622_63ae0418_M.gif
Фрагменты моделей белков, замкнувшихся через дисульфидные мостики в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.

Ещё 4 белковых фрагмента из разных организмов: http://nanoworld88.narod.ru/data/586.htm

https://img-fotki.yandex.ru/get/967052/158289418.4ba/0_18a39b_9a313e96_orig.png

***

База белковых структур "Human Genome Protein", расположенная по этим адресам:

Part 1: https://cloud.mail.ru/public/BJeH/PdR6tFSsR

Part 2: https://cloud.mail.ru/public/Jxkq/Yt3GQAcC8

содержит структуры всех белков человека, для которых известна нуклеотидная последовательность:

https://img-fotki.yandex.ru/get/894414/158289418.4b5/0_189a97_82a0444c_orig.png

Примеры вторичных структур белка:

https://img-fotki.yandex.ru/get/516365/158289418.4bb/0_18a4d0_ab03a1c9_orig.png
В компактном виде.

Эта же структура в развернутом виде:

https://img-fotki.yandex.ru/get/893753/158289418.4b7/0_18a055_f5f116d2_orig.png

Обозначения:

https://img-fotki.yandex.ru/get/893194/158289418.4bb/0_18a4d1_dd90eb8a_orig.jpg

В геноме человека встретились гигантские белки с невероятной структурой. Белки-"монстры":

https://img-fotki.yandex.ru/get/373339/158289418.4bb/0_18a3fa_79817ce3_XL.pnghttps://img-fotki.yandex.ru/get/362196/158289418.4ba/0_18a32c_892dc87b_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/768433/158289418.4bb/0_18a407_6515a742_L.pnghttps://img-fotki.yandex.ru/get/362196/158289418.4bb/0_18a473_a8dfa65d_L.png

Структуры гигантских белков в компактном виде.

***

https://img-fotki.yandex.ru/get/516365/158289418.4b7/0_189ecf_13af3e92_S.png https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4b7/0_189f2f_d2a84234_S.png https://img-fotki.yandex.ru/get/877700/158289418.4b7/0_18a065_70b30230_S.png https://img-fotki.yandex.ru/get/914553/158289418.4b7/0_18a069_6ec5aef6_S.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/876984/158289418.4b7/0_18a06c_288cc96f_S.png https://img-fotki.yandex.ru/get/874316/158289418.4b8/0_18a070_5b715cbf_S.png https://img-fotki.yandex.ru/get/874316/158289418.4b8/0_18a073_e57bd51_S.png https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4b9/0_18a0fd_f166188_S.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/897810/158289418.4b8/0_18a0ba_e3f74559_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/103691/158289418.355/0_160218_38606b31_XL.jpg

395

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 94 081

3D модель "монстра" первой хромосомы (5207 АО)

https://img-fotki.yandex.ru/get/476282/158289418.4bc/0_18a56a_5930b399_orig.gif

Скрипт Кушелева, с помощью которого был построен фрагмент "монстра" первой хромосомы человека.

-- Monster of the first human chromosome (5207 amino acids)
-- Nanoworld Lab. Alexander Kushelev
-- http://nanoworld.org.ru
p = #()
angx=#(10,0,0,10,10); angy=#(30,120,30,30,30); angz=#(97,120,-60,80,80)
--dx=#(2,1.5,1.6,2,2); dy=#(0.6,1,0.8,1,0.6); dz=#(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
dx=#(1.5,1,1.6,1.5,1.5); dy=#(0,-2,-1.5,0,0); dz=#(1.2,-1,-1.2,1.2,1.2)
kk=#(1,3,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,
1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,
4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,
1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,
3,3,3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,
1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,
3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,
3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,
1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,
3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,
4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,
3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,
1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,
1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,3,3,
3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,
1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,
3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,
3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,
1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,
1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,
3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,
2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,
3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,
3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,
3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,
3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,
1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,
3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,
3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,
3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,
2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,
3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,
3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,
1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,
4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,
3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,
1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,
1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,
3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,
2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,
1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,
3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,
2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,
1,3,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,
1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,
1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,
3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,
1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,
3,3,1,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,
1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,
3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,
1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,
2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,
3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,
1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,
3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,
1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,
1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,
1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,
3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,
1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,
1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,
3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,
2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,
2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,
1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,
1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,
1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,
3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,
3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,
3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,
1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,
3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,
3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,
1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,
1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,
3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,
3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,
3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,
2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,
3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,
3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,
2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,
1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,
3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,
3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,
1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,
3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,
4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,
4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,
1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,
3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,
1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,
3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,
1,3,3,4,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,
1,1,1,3,3,3,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,
3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,3,3,3,1,
1,4,1,4,1,3,3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,4,3,3,1,1,1,1,2,
4,3,3,3,3,2,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,2,1,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,3,1,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,4,3,3,
1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,2,4,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,
1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,3,1,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,1,4,4,1,2,2,1,3,3,1,1,1,1,2,
4,3,3,3,3,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,1,4,2,3,3,3,1,1,4,1,4,1,3,
3,1,2,3,3,2,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,4,3,3,3,3,1,2,2,1,1,1,1,1,1,4,4,1,3,4,3,1,3,3,1,3,1,1,2,4,3,2,3,3,3,
3,4,2,1,1,3,3,2,3,1,2,1,1,1,1,3,3,4,3,1,2,3,1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,4,1,3,1,3,3,3,1,4,4,2,3,1,1,4,4,1,1,
1,2,1,2,1,2,3,0)
peptide = box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to 4500 do(
element = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,0,0]; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])

https://img-fotki.yandex.ru/get/373339/158289418.4bb/0_18a3fa_79817ce3_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/373339/ … 3_orig.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/370744/158289418.4bc/0_18a569_fd9446b9_XL.png
0.25 от оригинала: https://img-fotki.yandex.ru/get/370744/ … 9_orig.png
Оригинал: https://cloud.mail.ru/public/8gC2/mkhM3wWW4

https://img-fotki.yandex.ru/get/9494/158289418.4bc/0_18a589_4694862e_orig.gif

Настройки одного из 5 композиционных углов по одной из трёх составляющих заняла около двух часов:

https://img-fotki.yandex.ru/get/371487/158289418.4bc/0_18a588_ce47e849_orig.gif
Настройка 5 композиционных углов по 3 составляющим может занять около 30 часов. Однако это не имеет смысла, т.к. в реальном белке композиционные и транспозиционные (это ещё столько столько же степеней свободы) на разных участках белка разные. А третий угол Pro - ещё одна степень свободы, которая без учета физико-химических взаимодействий тоже представляет собой неопределенность.

396

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 94 409

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Дирижер добелкового мира или прабабушка рибосомы.

Составляем таблицу композиционного кода добелкового мира

Уважаемая Виктория! Не желаете принять участие в определении таблицы композиционного кода добелкового мира? Моих ресурсов явно не хватает для этой работы.

На данный момент я предполагаю, что прямые участки вторичной структуры РНК могут кодироваться повтором AAAAAAAAAAAAAAAAAAA...

Ещё у меня есть гипотеза, что тРНК, которая имеет 4 или 5 участков двойной спирали кодируется квази-перевертышем, в состав которого входят несколько повторов типа АААААААААААААА... О том, что в геноме есть всевозможные повторы и перевертыши, я уже прочёл. Однако находить нуклеотидные последовательности, которые могут кодировать вторичную структуру РНК, я ещё не научился.

Кстати, таблица композиционного генетического кода добелкового мира будет очень в тему нашей второй книге "Пикотехнология ДНК/РНК".

Я предполагаю, что таблиц композиционного кода добелкового мира будет составлено несколько. Ведь для белкового мира их у меня уже две (одна - для большинства прокариот и эукариот и вторая для митохондрий). А мы с Вами знаем, что даже простой генетический код отличается для некоторых организмов. Понятно, что композиционный генетический код добелкового мира тоже будет отличаться и для разных организмов, и дла разных органелл эукариот.

Кстати, к определению таблиц композиционного генетического кода добелкового (и белкового!) мира могут подключиться все желающие...

http://img-fotki.yandex.ru/get/5502/nanoworld.202/0_4840b_b2101c2f_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/106972/158289418.3c5/0_1713fb_cf7f7637_orig.png

397

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 98 402

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Фолдинг есть, но на уровне третичной структуры белка.

Подробнее: https://subscribe.ru/archive/science.ne … 0723.html/

На уровне вторичной структуры его нет.

Материал с форума лаборатории Наномир:

aest: Если я не ошибаюсь, альфа спираль у Виктории получается в результате фолдинга.
Кушелев: Совершенно верно! Рибосома по композиционному коду строит сначала 310-спираль (по Виктории):

http://img-fotki.yandex.ru/get/6307/126580004.52/0_bcc30_b4791ec4_S.gifhttp://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126580004.53/0_bcc31_366c6e2c_S.gif
310-спираль . альфа-спираль


после этого мистический фолдинг (будем называть вещи своими именами) разрушает все водородные связи n ... (n+3), меняет все углы между аминокислотными остатками с 120 градусов (3 АО на виток) до 100 градусов (3.6 АО на виток), после чего создает все водородные связи заново. "Травматическая косметика" в двух словах smile

Виктория Соколик: Фолдинг экспериментально показан, описаны белки-шапероны, принимающие в нем участие, Вам стоит только усвоить эту информацию и перестать быть таким категоричным: или кодирование, иди фолдинг. Учитесь у природы: в клетках И кодирование 3D-структуры, И её последующий фолдинг.

Кушелев: Тут нужно уточнить, на каком уровне структуры существует фолдинг? Я утверждаю, что вторичная структура однозначно закодирована. Если код n(GGG), то из канала рибосомы выходит 310-спираль, которую никакой мистический фолдинг не переделает ни в альфа-спираль, ни в пи-спираль. Конечно, если сильно растянуть альфа-спираль, то она сначала перейдёт в бета-спираль с разрывом водородных связей, а после дальнейшего растяжения разорвутся и ковалентные связи. Но при снятии напряжения бета-спираль обратно в альфа-спираль не превращается. Другое дело - участки альфа-спирали, между которыми находится Pro. Они действительно могут работать как сустав:

https://img-fotki.yandex.ru/get/39073/158289418.4b0/0_188d68_2a2cc483_orig.jpg

Виктория Соколик: Углы композиции между аминокислотными остатками задаются внутри рибосомы, а вот водородные связи, дополнительно фиксирующие их взаимное расположение уже на выходе из неё.

Кушелев: С чего бы это? Если аминокислота соединена с предыдущей, водородная связь образуется за миллисекунду:

https://img-fotki.yandex.ru/get/5306/158289418.4b0/0_188d69_68f6c850_XL.jpg

Подробнее о протонной релаксации водородных связей: http://crm-en.ics.org.ru/uploads/kim3/crm09307.pdf

http://www.examen.ru/add/manual/school- … nformaczii

Цитата: Скорость сборки одной молекулы белка, состоящего из 200-300 аминокислот, составляет 1-2 мин.
Конец цитаты.

Кушелев: Это значит, что очередная аминокислота устанавливается рибосомой примерно за 0.2 ... 0.6 сек. Пока будет присоединена следующая аминокислота, водородная связь 200 раз успеет образоваться.

Виктория Соколик: В рибосоме водородные связи не образуются, только на выходе из неё за те же миллисекунды.

Кушелев: С чего Вы это взяли? В канале рибосомы умещаются даже все радикалы альфа-спирали. Это значит, что там та же среда, что и за пределами рибосомы. Те же молекулы воды, протоны, образующие водородные связи. Как только присоединена очередная аминокислота (0.2 ... 0.6 сек), так уже через миллисекунду образуется водородная связь, т.е. до установки следующей аминокислоты. Другого варианта нет.

Виктория Соколик: Вы уже заложили в свою таблицу композиционного кода и углы для альфа-спирали. Вам проще отстаивать эту ОШИБКУ

Кушелев: Зачем отстаивать? Эксперимент показывает, что для замыкания дисульфидных мостиков "скрипач (фолдинг) не нужен" smile

https://img-fotki.yandex.ru/get/5301/158289418.4b0/0_188d6a_73bef247_XL.jpg

Цикл, собранный по геометрическому алгоритму замыкается и без него:

http://nanoworld88.narod.ru/data/025_files/1.gif

Виктория Соколик: статистический анализ приведенный в монографии "Пикотехнология белков", на основе которого сделана моя таблица композиционного кода, не показал специфику кодирования альфа- и 3/10 спиралей РАЗНЫМИ кодонами. Вашей статистики на этот счет НЕТ, поэтому такое утверждение ГОЛОСЛОВНО и ненаучно его отстаивать.

Кушелев: Если анализ не показал, то это не означает, что повторный анализ не покажет wink

Мы с Вами знаем, что специалисты по рентгеноструктурному анализу редко отличают 310-спираль от альфа-спирали. Более того, за многие десятилетия существования РСА протяженные участки пи-спиралей вообще оказались незамеченными...

А они есть!

https://img-fotki.yandex.ru/get/872977/158289418.4b0/0_188a4f_2dc82619_orig.png
Так что в следующей книге "Пикотехнология белков-2" у Вас есть возможность продемонстрировать и 6 фрагментов лизоцимов, замкнутых через дисульфидные мостики без фолдинга, и сверхдлинные фундаментальные и программные спирали белковых молекул, структура которых определена по таблице композиционного кода, где Ваши данные для альфа- и пи-спиралей полностью совпадают с моими. Вы ещё хотели показать экспериментальные данные, с которыми совпадают Ваши альфа- и пи-спирали длиной более 63 витков:

https://img-fotki.yandex.ru/get/892397/158289418.4a9/0_186f36_d8ccd8b5_XL.png

А если этих экспериментальных данных еще нет, то что мешает их получить? В институте белка мне сообщили, что определить структуру с помощью РСА могут в Курчатовском институте. Давайте вместе предложим им определить две структуры полилизина, закодированные триплетами n(AAG) и n(AAA).

aest: лизоцим не является жесткой фигурой, подобной треугольнику, там вполне возможно согласованно поизменять углы без разрыва дисульфидного мостика, подобно тому, как это можно сделать в параллелограмме
Кушелев: Только он замкнулся через дисульфидный мостик без изменения углов. А это значит, что фолдинга нет на уровне вторичной структуры. Кстати, Вы можете "поизменять углы" и выложить на форум результат своего колдовства. Ваши "просто слова" против модельного эксперимента ровным счётом ничего не значат smile

http://nanoworld88.narod.ru/data/025_files/1.gif

Сначала измените согласованно углы, но не в параллелограмме, а в модели фрагмента лизоцима, а мы посмотрим, замкнётся ли он после этого...

Виктория Соколик: Вы строите свою таблицу кодирования разновидностей спиралей опираясь на свои фантазии и отмахиваясь от результатов статистики.
Кушелев: Вообще-то я сразу показал, как я строил свою таблицу композиционного генетического кода: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 920204.htm

Я воспользовался данными РСА для наиболее изученных белков. При этом на пластмассовых моделях я получил параметры альфа-спирали, 310-спирали, пи-спирали и бета-спирали. Модельные эксперименты показали, что составленная таблица композиционного кода работает без ошибок. Позднее, когда сборка моделей белка была автоматизирована, обнаружился цикл лизоцима, замкнувшийся через дисульфидный мостик без фолдинга, т.е. строго по таблице композиционного кода. Ещё позднее я нашел ещё 5 фрагментов разных лизоцимов, замнувшихся без фолдинга. Более того, в процессе этого исследования я обнаружил замыкание дисульфидных мостиков не только между цистеинами, но и между цистеином и метионином, что явилось научным открытием, согласитесь. Вам известно, что дисульфидные мостики могут образовываться между цистеином и метионином?

http://nanoworld88.narod.ru/data/586_files/0_1706ab.png

Здесь программа от Prosolver показывает отсутствие вторичной структуры по композиционному коду пи-спирали, но мы уже выяснили, что таблицы композиционного кода по части пи-спирали совпадают, поэтому в действительности эти циклы лизоцима обязаны замкнуться и по алгоритму Виктории Соколик smile Кстати, эти модели совпадают и с экспериментальными данными, если не считать дисульфидных мостиков между цистеином и метионином. Но тут уж дело времени. Должны появиться экспериментальные данные и по дисульфидным мостикам между метионином и цистеином. Рано или поздно экспериментаторы должны обнаружить эти мостики...

http://nanoworld88.narod.ru/data/586_files/0_1706ae.png

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/586.htm

Kushelev: Aest, меняйте согласованно углы. Но не забывайте, что эти углы не лежат в одной плоскости wink

aest: Возьмите металлическую цепь о тысячи звеньях, замкните. Бросьте комком на землю. Сколько там углов между звеньями согласованно изменились не лежа при этом в одной плоскости? Цепь не разомкнулась. Мистика...

Кушелев: Жаль, что Вы не отличаете механизм белковой молекулы от механизма цепи. В молекуле белка вращение происходит вокруг некоторых осей:

http://img-fotki.yandex.ru/get/9217/158289418.af/0_ae268_6a1e1ddb_S.gifhttps://img-fotki.yandex.ru/get/39073/158289418.4b0/0_188d68_2a2cc483_S.jpg

В учебнике молекулярной биологии есть такой термин: "вращение затоможено". Это определяется как раз структурой электронной оболочки молекулы. Так же, как рука может гнуться в локте не по любому направлению. Сустав - это не шарнир wink

aest: Есть цепи, где звенья не болтаются как шарнир. Берите проверяйте, убеждайтесь (разубеждайтесь). Мне и так все очевидно.
Кушелев: Безусловно есть цепи, где звенья не болтаются, как шарнир. Но это не означает, что они согласованы именно так, как в молекуле белка. То, что для Вас очевидно, может быть банальной ошибкой по теме школьной геометрии smile

Я Вам и на примере спиралей белка показал, что фолдинг вторичной структуры - мистика. Спирали формируются рибосомой сразу по таблице композиционного кода. Их структура фиксируется водородными связями в 100 раз быстрее, чем добавляются новые аминокислотные остатки.

Мне даже удалось смоделировать процесс трансляции: http://nanoworld88.narod.ru/data/240.htm

http://nanoworld88.narod.ru/data/240_files/0_4f984_78556da6_L.png

http://nanoworld88.narod.ru/data/240_files/0_4f985_f662331c_orig.gif

Теперь мы знаем, как реализована таблица композиционного кода в механизме трансляции белка.

aest: изменение углов согласовано, чтобы не разрушить мостик

Кушелев: Сказать - одно, а сделать - другое. Или Вы словами строите? wink

https://img-fotki.yandex.ru/get/5403/158289418.4b0/0_188da3_ec3e9786_orig.jpg
"Я припарковалась правильно"

Виктория Соколик: Приведите пожалуйста значения коэффициентов корреляции и их достоверности в следующем сообщении с указанием объема анализируемой выборки.

Кушелев: Уважаемая Виктория! Вы же меня по этой научной статье нашли smile Ваш статистический анализ безусловно лучше. Я же не спорю. А то, что не выявлена корреляция между моделями альфа-спирали и 310-спирали, это проблема РСА, который даже пи-спираль от альфа-спирали отличить не может. Это видно на примере данных РСА от Черезова: http://nanoworld.org.ru/topic/1866/page/42/

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4ac/0_187938_b0dc3657_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/480022/158289418.4ac/0_187939_bf9f1843_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4ac/0_18793b_a02233d9_XL.png

Программа Пикотех показывает, что первый белок состоит преимущественно из пи-спиралей, а второй - преимущественно из альфа-310-спиралей. Рентгеноструктурный анализ высокого разрешения не может отличить пи-спираль от альфа-310-спирали. На схемах Черезова оба белка альфа-спиральные.

Теперь по поводу образования водородных связей в канале рибосомы...

Вы согласны, что в канале рибосомы присутствуют протоны? Если согласны, то что им мешает через миллисекунду после установки очередного аминокислотного остатка образовать водородную связь? Т.е. ещё до того, как тРНК отпустит аминокислотный остаток, который она держит 4-мя вандерваальсовыми связями:

http://nanoworld88.narod.ru/data/216_files/0_48cd7_9d30f602_S.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/216.htm

http://nanoworld88.narod.ru/data/216_files/bio.gif

http://nanoworld88.narod.ru/data/247_files/0_51263_ece58a32_orig.gif

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/247.htm

aest: Кто ошибку замечает, но не предлагает заменить треугольник на многоугольник с бОльшим количеством углов (как в реальном белке), тому научная истина не интересна

А Вы предложили. Только не подумали о том, что параллелограмм не соответствует 3D структуре белка. Сейчас включим ещё один уровень нейронных сетей, и придём к тому, что изменение углов в 3D модели либо разомкнет дисульфидный мостик, либо сломает механизм белковой молекулы smile

Вы поняли, про какой угол мы с Викторией дискутируем?

Он отсчитывается вокруг этой вертикальной оси:

http://nanoworld88.narod.ru/data/247_files/0_51263_ece58a32_orig.gif

И для каждой аминокислоты (в разных спиралях белка) эта ось (ось вращения tRNA) наклонена по-своему...

Для 310-спирали и альфа-спирали угол поворота tRNA отличается на 120-100=20 градусов. Среднее значение примем за начало отсчета, т.е. 0 градусов. Пи-спираль строится, если аминокислота повернута на 120 градусов от начала отсчета (от альфа-310), а бета-спираль строится, если аминокислота повернута на 240. Время установки аминокислот отличается. Для альфа-спирали оно минимально, для пи-спирали раза в два больше, а для бета-спирали еще раза в два больше. Поэтому сборка бета-спирали идет примерно в 4 раза медленнее, чем сборка альфа-спирали.

Кстати, угол поворота тРНК не совпадает с углом между остатками аминокислот в альфа-, 310-, пи-, бета-спиралях. Поэтому углы поворота tRNA отличаются на 120 градусов, а углы в белковых спиралях, т.е. уже вокруг оси симметрии белковых спиралей получаются ~120 для 310-спирали, ~100 для альфа-спирали, ~87 для пи-спирали и больше 180 для бета спирали.

Это - чистая геометрия, но ... не на плоскости wink

https://img-fotki.yandex.ru/get/5403/158289418.4b0/0_188da3_ec3e9786_orig.jpg

Почему у Виктории получились белковые спирали с углами 0, 120 и 240 градусов при отсчёте вокруг оси белковой спирали? А по той простой причине, что она использовала плоскую схему вместо пространственной модели:

http://img-fotki.yandex.ru/get/2708/158289418.195/0_fc3b9_fb8aea95_orig.jpg

А на плоской схеме тетраэдрический угол в 109 градусов и 28 минут не получится...

И что делать? Нарисовать угол 120 градусов, а потом "дофолдить" его до правильного угла альфа-спирали (100 градусов), пи-спирали (87 градусов) или бета-спирали, которая по плоскому чертежу получается вообще не спираль, т.к. там угол 0 градусов smile

Вы пробовали строить спираль с углом вокруг оси симметрии спирали в 0 градусов? Попробуйте. Виктория утверждает, что у неё получилось!

https://img-fotki.yandex.ru/get/5402/158289418.4b0/0_188f2b_dde04733_XL.png

Виктория умудрилась построить из кольцегранных моделей аминокислот такую структуру, чтобы совпала с учебником молекулярной биологии.
Но тут каждая следующая аминокислота повёрнута на 180 (не путать с нулём!) градусов. И это, кстати, ближе к реальности. Реальный угол между аминокислотными остатками в бета спирали больше 180 градусов, но меньше 270.

А если строить бета-спираль или "тяж", как его любят называть профессионалы, по плоской схеме от Виктории Соколик, то аминокислотные остатки не нужно поворачивать на 180 градусов. Ведь в таблице Виктории однозначно написано, 0 градусов, а никакие не 180. Это значит, что аминокислотные остатки в бета-"тяже" нужно размещать параллельно друг другу, т.е. путём параллельного переноса на шаг одного остатка.

"И это правильно", - утверждает Виктория. Или неправильно? smile

***

Kushelev: в белке оси, вокруг которых вращаются аминокислотные остатки не параллельны...
aest: Так параллелограмм просто показывает принцип.

Кушелев: Ну-ну. Принцип тетраэдричности на примере параллельности. Такие штуки до добра не доводят. У Виктории, например, по плоской схеме получились спирали с углами 0, 120 и -120 градусов. А таких спиралей в природе только одна 310-спираль. И то приближенно. На самом деле и 310-спираль имеет другой угол.

Открытый урок: http://открытыйурок.рф/%D1%81%D1%82%D0%B0%D1%82%D1%8C%D0%B8/418696/

Цитата:  310- и пи-спирали содержащие соответственно 3 и 4,4 аминокислотных остатка на 1 виток
Конец цитаты.

Кушелев: В инете для пи-спирали встречается два числа. 4.1 остатка на виток и 4.4. Какое из значений правильное?

число 3 для 310-спирали тоже нужно уточнить.  Но это можно сделать только на достаточно длинных 310-спиралях. А официально считается, что длинных 310-спиралей не бывает. Это совсем недавно мне удалось обнаружить 310-спираль длиной более 1000 витков. Учитывая, что спирали белков упругие, понятно, почему для альфа-спирали пишут значение 3.6 ... 3.7 аминокислотных остатка на виток. Хотя в последнее время уже упростили до 3.6. Понятно, что и для 310-спирали на самом деле есть некий интервал типа 2.95 ... 3.05 аминокислотных остатка на виток. Это же относится и к пи-спиралям, и к бета-спиралям.

Итак, углы 0, а точнее -10 для альфа-спирали и +10 для 310-спирали, 120 для пи-спирали и 240 для бета-спирали соответствуют совсем другим углам, если их отсчитывать вокруг оси симметрии белковых спиралей.

Для 310-спирали это получается примерно 120 градусов, для альфа-спирали примерно 100 градусов, где-то я встречал значения 97...100 градусов, для пи-спирали 87 градусов, что соответствует 4.1 ... 4.2 остатка на виток. Для бета-спирали официально считается 180 градусов, что тоже нужно уточнять... На самом деле после настройки углов 310-, альфа- и пи-спиралей угол бета-спирали "лежит на поверхности". В бета-спирали на виток получается где-то 1.5 АО, а угол относительно оси спирали 240 градусов соответственно.

Виктория Соколик: за правильными цитатами завуалированы умышленно НЕПРАВИЛЬНЫЕ трактовки Кушелева, которые он активно мне приписывает.

Кушелев: Ну так поправьте. Как Вы считате, вращение аминокислот на углы 0, 120, 240 градусов соответствует таким же углам между аминокислотными остатками в альфа-, 310-, пи-, бета-спиралях или другим?

http://nanoworld88.narod.ru/data/247_files/0_51263_ece58a32_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/2708/158289418.195/0_fc3b9_fb8aea95_orig.jpg

Судя по этой плоской схеме Вы эти углы не отличаете друг от друга...


Кушелев: Фолдинг у Виктории, как я понял, это перевод углов из одной системы отсчета (ось тРНК) в другую систему отсчета (ось белковой спирали) smile

Но это кажущийся фолдинг, согласитесь. Вы поворачиваете аминокислоту вокруг одной оси, потом наклоняете эту ось и наблюдаете другой угол. Так же как с тетраэдром. Поверните тетраэдр вокруг вертикальной оси на 120 градусов, а потом наклоните, чтобы посмотреть вдоль ребра. И угол в 120 градусов "сфолдирует" в вашем сознании (но не в реальном мире) в угол 109 градусов 28 минут smile

https://img-fotki.yandex.ru/get/5403/158289418.4b0/0_188f48_a4656260_orig.jpg
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1866/page/44/

Увжаемая Виктория! А Вас не смутил угол 0 градусов? Или Вы его "смело заменили" на 180 градусов? smile

Кстати, эту ошибку легко исправить.

Достаточно организовать "фолдинг" таблицы композиционных углов от Виктории Соколик, чтобы получилась таблица композиционных углов от Александра Кушелева.

Сами структуры белков фолдировать не нужно. Достаточно фолдировать  таблицу углов smile

А я никак не мог понять, откуда Вы такие углы берете? Это можно назвать "антифолдинг" таблицы композиционных углов smile Осталось добавить "фолдинг" таблицы композиционных углов, "и всех делов" smile

http://www.nanoworld.org.ru/data/20040222/20040621/rm_08.jpg

Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/200402 … images.htm

Получается, что Вы не показывали Prosolver иллюстрации, где показано, вокруг каких осей вращаются модели аминокислотных остатков?

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2p.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2l.gif

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2t.gifhttp://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/acid2f.gif

Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 011202.htm

Есть же описание алгоритма от Евгения Неделько, которое находится в открытом доступе с 1998 года.

В программе Неделько выводились только координаты центров атомов, а углы были взяты у Рамачандрана. Это уже в более поздней версии Дениса Савина программа скрипт стала выводить не только координаты центров атомов, но и кольцегранные оболочки. Помню Вы там ещё ошибку нашли. Правда, программа правильно заработала после исправления второй ошибки. Оказалось, что Денис Савин перепутал в одном месте координату в уравнениях. Потом мы с Валентином поменяли зеркальные отражения аминокислотных остатков на правильные и промасштабировали модели по экспериментальным данным.

Кстати, в программе Дениса Савина вращение тоже реализовано не вокруг одной оси, как было бы естественно, а последовательно вокруг трёх декартовых осей. Это уже связано с вычислительной средой. При этом сначала оказалось, что все спирали строятся правильно, а изломы спиралей неправильно. Выяснилось, что правильные углы между спиралями разных типов получаются при правильном задании начала отсчета углов. Другими словами, нужно поставить аминокислоту в правильную позицию, правильно сориентировать по всем трем осям, после чего получаются корректные модели белков. Но это только геометрический уровень. Нужно ещё учесть транспозиционные углы, которые отличаются в разных спиралях и зафиксированы водородными связями. Met и Pro - отдельная "песня".

Подробности: http://nanoworld.org.ru/topic/1866/page/45/

Виктория Соколик: В монографии с картинками показаны оси вращения и точки отсчета углов, которые реализованы в моей программе. Я умышлено не шла по Вашему пути трех осей и углов для них, чтобы не повторять Ваших заблуждений. Читайте матчасть. Кстати Prosolver здесь совсем не причем, а программу Молекулярный конструктор написал Сергей Мельник по моему алгоритму.

Кушелев: поворот аминокислот в рибосоме и при вращении белковых спиралей происходит вокруг разных осей. Поэтому набору углов 0, 120, 240, которые отсчитываются вокруг оси вращения тРНК соответствуют углы 97..100, 119...121, ~87 и ~240 в альфа-, 310-, пи- и бета-спиралях.

Чтобы это понять, нужно посмотреть на тетраэдр сверху. Кажется, что между его гранями углы в 120 градусов. Но на самом деле в пространстве эти углы по 109 градусов 28 минут. Почему? А потому что они отмеряются не вокруг вертикальной оси, вдоль которой мы смотрим на тетраэдр сверху, а вокруг оси двухгранного угла, совпадающей с наклонным ребром тетраэдра.

Давайте посмотрим, куда Вы "умышленно не шли и куда пришли"...

https://img-fotki.yandex.ru/get/874316/158289418.4b3/0_189562_91000773_XL.png

Кушелев: В книге "Пикотехнология белков" Вы пишите бета-спираль, а не тяж. Это правильно? Я просто уточняю, т.к. Вы обычно меня поправляете по вопросу "бета-спираль".

Из книги "Пикотехнология белков": Случайное чередование R-, 0- и L-ротамеров пептидной связи в полипептидной цепи образует неструктурированный фрагмент белка или выпетливание между мотивами с вторичной структурой (рис. 3.17). Однако протяженные участки левой спирали не только экспериментально не выявлены, но и не коди руются в генах белков. Как правило, можно наблюдать 3-4-х аминокислотные единичные витки левой спирали, которые мы склоны отнести к структуре поворотов, экспериментально уверенно регистрируемых методами ЯМР и РС.

Кушелев: Тут интересно проверить утверждение "протяженные участки левой спирали не только экспериментально не выявлены, но и не кодируются в генах белков"

Дело в том, что по нашим таблицам композиционного кода эти спирали (левая и правая) имеют длину более 263 витков:

https://img-fotki.yandex.ru/get/872977/158289418.4b0/0_188a4f_2dc82619_orig.png

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1859/

Как быть с длинными левыми спиралями, которые показывает Пикотех и Молекулярный конструктор?
Перечитываем книгу "Пикотехнология белков"...

https://img-fotki.yandex.ru/get/892702/158289418.4b3/0_189564_19016db6_orig.png

Кушелев: Что мы видим на этой схеме? Поворот аминокислот вокруг оси tRNA на 120 градусов. Но оси симметрии белковых спиралей НЕ СОВПАДАЮТ с осью, вокруг которой поворачиваются аминокислоты! Этот факт не лежит на поверхности, но ... именно он превращает значения одних углов (0, 120, 240) в значения ДРУГИХ углов (альфа=97...100, пи=-86...88, бета). Если учесть это преобразование углов, то вместо неправильных 0, 120, 240 получатся правильные углы альфа-, бета-, пи-спиралей, которые не деформированы и не зафиксированы водородными связями. Если же учесть водородные связи, то альфа-угол будет изменен в альфа-спирали в одну сторону, а в 310-спирали в другую примерно на 10 градусов. Изменен он будет и в пи-спирали. Тоже на несколько градусов. Изменение коснётся не только композиционных, но и транспозиционных углов. Если это учесть, то геометрический алгоритм поможет получить более точную 3D модель. Учесть нужно и изменение в первую очередь транспозиционного угла в случае Met. Учет изменение третьего угла (угла Pro) даст дополнительную гибкость модели на остатках Pro. Это всё - чистая геометрия. Далее начнётся учет физико-химических взаимодействий. Но делать это нужно с учетом кольцевой формы электрона и соответственно кольцегранной формы аминокислотных остатков.

А теперь попробуем найти то место в рассуждениях, где вкралась эта фатальная ошибка.

Виктория Соколик: В монографии с картинками показаны оси вращения и точки отсчета углов, которые реализованы в моей программе. Я умышлено не шла по Вашему пути трех осей и углов для них, чтобы не повторять Ваших заблуждений. Читайте матчасть.

Кушелев:

http://nanoworld88.narod.ru/data/220_files/0_503e6_cb99c452_S.gif

Аминокислота поворачивается вокруг вертикальной оси (оси симметрии tRNA)

http://nanoworld88.narod.ru/data/220_files/0_503e9_fccb30bd_M.gif

Поворот на 120 градусов относительно оси симметрии tRNA формирует углы альфа-310-, бета-, пи-спиралей соответственно. Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/220.htm
Технология трансляции генетического кода в структуру белка: http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

Виктория докладывала о кодировании углов поворота аминокислот:

http://nanoworld88.narod.ru/data/231_files/0_552e3_563af408_XL.gif

http://nanoworld88.narod.ru/data/231_files/0_552e5_2767a0db_XL.gif

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/231.htm


Казалось бы, что Виктория пишет всё правильно:

https://img-fotki.yandex.ru/get/897385/158289418.4b3/0_189568_9c471778_orig.png

На уровне логики всё верно, если не делать тонких отличий 310-спирали от альфа-спирали.

https://img-fotki.yandex.ru/get/921322/158289418.4b3/0_189569_a2a0aecf_orig.png

А здесь и на геометрическом уровне всё правильно! Карты Рамачандрана... Это карты углов поворота следующего аминокислотного остатка относительно предыдущего. Вокруг этой самой оси:

http://nanoworld88.narod.ru/data/220_files/0_503e6_cb99c452_S.gif

Казалось бы, что Виктория всё понимает, правильно докладывает, показывает правильные картинки, называет правильные карты Рамачандрана...

https://img-fotki.yandex.ru/get/877700/158289418.4b3/0_18956a_8fdf8fd4_XL.jpg

И тут, вдруг, бац! И после правильных картинок в верхнем ряду идёт ...
нижний ряд, где показана другая ось, т.е. не ось вращения tRNA, не ось вращение аминокислоты относительно соседней, а ось белковой спирали. А углы ... антифолдировались! Как же я не заметил раньше? Просто не мог даже представить ошибку такого уровня...

https://img-fotki.yandex.ru/get/5403/158289418.4b0/0_188da3_ec3e9786_orig.jpg

Это всё равно, что рулить в другой плоскости smile

Смотрим ещё раз внимательно:

https://img-fotki.yandex.ru/get/878590/158289418.4b3/0_18956b_688c2dbb_XL.jpg

Здесь Виктория показывает вращение вокруг оси симметрии tRNA, т.е. правильно.

https://img-fotki.yandex.ru/get/921322/158289418.4b3/0_18956c_d07adb70_XL.jpg

А о чём идёт речь на этом слайде? Что это за мистический фолдинг, который превращает угол 0 градусов в угол альфа-спирали, угол 120 градусов в угол бета-спирали, а угол 240 градусов в угол пи-спирали?
А здесь Виктория поменяла ось симметрии tRNA на ось симметрии белковой спирали. При этом смена системы координатных осей автоматически приводит к изменению углов, т.е. это преобразования координат при переходе в другую систему отсчета, а вовсе не фолдинг!

398

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Татьяна Рясина пишет:

точные структурные шаблоны

Кушелев: А здесь лучше писать не "шаблоны", а "вторичные структуры", т.е. композиционный генетический код позволяет с достоверностью 100% определить вторичную структуру.

"Шаблон" у Виктории Соколик получился в результате ошибки, когда она приняла изменение угла при переходе в другую систему координат за физический процесс (фолдинг).

Виктория поменяла ось симметрии tRNA на ось симметрии белковой спирали. При этом смена системы координатных осей автоматически приводит к изменению углов, т.е. это преобразования координат при переходе в другую систему отсчета, а вовсе не фолдинг!

399

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 98  414

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Структурный шаблон от Виктории Соколик

Виктория Соколик: Не берусь расписываться за Кушелева, но я на конкурс 2011 выкладывала координатные файлы декодированных СТРУКТУРНЫХ ШАБЛОНОВ (исходники или прообразы готовых белков), а не сфолдированные функциональные конформации заданных белков. Поэтому и результат был не самым блестящим. Делать виртуальный фолдинг структурного шаблона у меня ещё нет компьютерных мощностей и времени. А очень бы хотелось поучаствовать в очередном предсказательном конкурсе по полной программе, а не только со скромными (но самыми правильными:)) результатами работы моей программы Молекулярный конструктор.

Александр Кушелев:  Угол поворота тРНК не совпадает с углом между остатками аминокислот в альфа-, 310-, пи-, бета-спиралях, измеренный относительно осей симметрии спиралей. Поэтому углы поворота tRNA отличаются на 120 градусов, а углы в белковых спиралях, т.е. уже вокруг оси симметрии белковых спиралей получаются ~120 для 310-спирали, ~100 для альфа-спирали, ~87 для пи-спирали и больше 180 для бета спирали. Таким образом Вы называете фолдингом пересчет углов в другую систему координат. Подробнее: https://subscribe.ru/archive/science.ne … 0723.html/

400

Re: Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 101 603

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Уважаемая Виктория!

Я не понимаю, почему Вы так болезненно реагируете на геометрическую ошибку? Вы же - молекулярный биолог. Это для Пифагора было бы позорно допустить ошибку по геометрии. а для молекулярного биолога это простительно. Главное - вовремя эту ошибку признать и исправить.

Иначе Вы и дальше будете пытаться строить спираль с углом 0 градусов между аминокислотными остатками, откладывая этот нулевой угол вокруг оси белковой спирали. Что же это за спираль получится?

Один аминокислотный остаток на виток спирали? smile

http://s1.drollmotion.com/s2-ssl.dmcdn.net/MCUUY.jpg

http://ogonekdance.narod.ru/cimg0599sir.jpg

В таком случае молекулярная динамика бессильна...

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/CnHskNT7YdHM7Q
Радикалы всех аминокислотных остатков в этом случае будут направлены в одну сторону...

Если в программе "Молекулярный конструктор" радикалы всех аминокислотных остатков не направлены в одну сторону, то это означает, что программа написана по алгоритму, который не соответствует Вашей иллюстрации из научной статьи:

https://img-fotki.yandex.ru/get/877700/158289418.4b3/0_18956a_8fdf8fd4_XL.jpg
Поэтому я и спрашивал Вас, по какому же алгоритму написана программа "Молекулярный конструктор"? smile

Кстати, и средняя модель на иллюстрации из Вашей научной статьи не соответствует углу 0 градусов, отложенному вокруг оси белковой спирали. Обозначение "стрелка вверх" не соответствует форме модели.

https://obrmos.ru/do/do_dance/Im/cl_chor.jpg
В модели радикалы не направлены в одну сторону, а значит между аминокислотными остатками угол, отложенный вокруг аминокислотной спирали вовсе не 0 градусов.

Поэтому алгоритм программы "Молекулярный конструктор" остаётся неразгаданной загадкой smile

Раньше я думал, что он просто повторяет алгоритм программы Пикотех (упрощённый вариант), но теперь выясняется, что он не соответствует ни алгоритму Пикотех, ни Вашей научной статье... Какой же он на самом деле, этот загадочный алгоритм программы "Молекулярный конструктор"?

http://primgazeta.ru/search_resorces/images/archive/kult/IMG-9408.jpg

http://images.pobeda26.ru/images_new/images/4/a/3/c/d/d/5/9/1/3/4a3cdd59136e55126d031643cabc63af.jpg
Так должна выглядеть спираль из 0-ротамеров. Согласны? Если откладывать угол 0 градусов относительно оси симметрии аминокислотной спирали, естественно.